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Analysis Program Installation Manual
Advanced class v1.1
- 목 차 -
1. mRNA-Seq Sample Data
2. ExDEGA
3. JAVA Setup
4. Cytoscape Setup (STRING, ClueGO)
5. GSEA Setup
6. MeV Setup
7. 분석매뉴얼
★ Installer 다운로드 후, 설치까지 진행 꼭 부탁드립니다.
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1. mRNA-Seq Sample Data
mRNA-Seq Sample Data Download
분석 워크샵에서 설명할 때 사용할 human mRNA-seq data입니다. ExDEGA 설치 후 파일을 열면 ExDEGA와 연동
됩니다.
2. ExDEGA
ExDEGA_v2.5.0_Installer.zip
ExDEGA 설치 파일입니다. 압축을 풀고 ‘Setup’ 파일을 실행하여 ExDEGA를 설치합니다.
설치 후 1번에서 다운로드 받은 sample data을 열면 ExDEGA 시작 화면이 나옵니다.
시작 버튼을 누르면 아래와 같이 좌측에 Gene category, 우측에 DEG Analysis 필터 창이 열립니다.
ExDEGA 설치 및 구동에 오류가 있으면 ExDEGA 오류 해결 매뉴얼 (Download link)을 확인해주세요.
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3. JAVA Setup
https://www.java.com/ko/download/win10.jsp
Cytoscape, MeV, GSEA 프로그램을 실행하기 위해서는 Java가 필요합니다. JAVA 홈페이지에서 Windows용 Java를
다운로드 받아 설치합니다.
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4. Cytoscape Setup
https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/3.7.0/
상기 링크로 접속하여 Cytoscape_3_7_0_windows_64bit.exe을 다운로드 받아 설치합니다.
설치 후 Cytoscape 프로그램을 실행하면 아래와 같이 프로그램이 실행됩니다.
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4-1. String App
Cytoscape의 상단메뉴 Apps에서 App Manager를 클릭합니다. stringApp을 선택하고 Insatll 버튼을 눌러 STING
을 설치합니다.
Apps 하위목록에 STRING이 추가되면 STRING이 제대로 설치된 것입니다.
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4-2. ClueGO App
Cytoscape의 상단메뉴 Apps에서 App Manager 클릭합니다. ClueGO를 선택하고 Install 버튼을 눌러 ClueGO
를 설치합니다.
Apps 하위목록에 추가된 ClueGO를 클릭합니다.
License를 받으라는 창이 뜨면 Get-license 버튼을 눌러 ClueGO license를 신청하는 웹사이트로 들어갑니다.
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Request a license key를 누릅니다.
Accept를 선택하고 Continue 버튼을 누릅니다.
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본인의 이름, 소속 등의 정보를 입력하고 Submit 버튼을 누릅니다. 분홍색으로 표시된 칸의 내용은 모두 입
력해야 합니다. 소속이 기업인 경우엔 발급에 제한이 있을 수 있으니 출신학교를 입력하여 신청해주시길 바
랍니다.
ClueGO license는 2~3일 안에 본인의 이메일로 옵니다. (3일 후에도 license가 오지 않으면 말씀해주세요.)
Cytoscape 상위 메뉴 중 Apps 하위목록에서 ClueGO를 클릭하고 license를 받으라는 창이 뜨면 Re-license
버튼을 누릅니다.
License String에 이메일로 받은 ClueGO license를 입력하고 Name or Organisation에는 본인의 이름을 입력한
후 Register Application 버튼을 누릅니다.
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Cytoscape의 왼쪽에 있는 Control Panel에 ClueGO가 추가되면 ClueGO가 제대로 설치된 것입니다.
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5. GSEA Setup
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/register.jsp
GSEA 홈페이지에서 본인의 이메일 주소와 소속을 입력하여 회원가입을 합니다.
GSEA 홈페이지에서 Downloads를 누르고 가입한 이메일 주소로 로그인합니다.
download GSEA_Win_4.0.3-installer.exe를 클릭하여 GSEA 설치 파일을 다운로드 받습니다.
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설치 후 GSEA 프로그램을 열면 아래와 같이 프로그램이 실행됩니다.
GSEA Sample Data
GSEA input, results 파일입니다.
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6. MeV Setup
MeV Download
MeV 설치 파일입니다. 압축을 해제한 후 MeV 또는 TMEV 파일을 클릭하여 MeV 프로그램을 실행합니
다.
MeV 프로그램을 실행하였을 때 아래와 같은 화면이 나와야 MeV가 제대로 작동하는 것입니다.
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7. 분석 매뉴얼
Data Analysis Manual
ExDEGA, MeV를 이용한 Clustering, GSEA, STRING, ClueGO의 분석 방법이 설명되어 있는 매뉴얼입니다.