5/16/2018 Analisis Keragaman DNA - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-keragaman-dna 1/4

 

Analisis Keragaman DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu reaksi in vitro untuk menggandakan

molekul DNA pada target tertentu dengan cara mensintesa molekul DNA baru yang

berkomplemen dengan molekul DNA tersebut dengan enzim polymerase dan

oligonukleotida pendek sebagai primer dalam mesin Thermal Cycler . Teknik ini berjalan

secara enzimatik melalui mekanisme perubahan suhu. Proses yang terjadi dalam mesin

PCR meliputi tiga tahap utama yaitu denaturasi (pemisahan untai ganda

DNA),annealing (penempelan primer) dan ekstensi (pemanjangan primer). Proses dari

mulai denaturasi, penempelan hingga pemanjangan disebut sebagai satu siklus. Produk

PCR dapat langsung divisualisasikan melalui proses elektroforesis dan dapat

digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno, 2002). Keragaman DNA amplikon atau

produk PCR dapat dilakukan dengan berbagai cara, antara lain RFLP, SSCP, TGGE

dan sequencing . 

Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) PCR-RFLP  merupakan teknik analsis lanjutan dari produk PCR. Teknik PCR

memanfaatkan perbedaan pola pemotongan enzim restriksi atau enzim pemotong yang

berbeda pada tiap-tiap mikroorganisme. Analisis RFLP sering digunakan untuk

 

mendeteksi lokasi genetik dalam kromosom yang menyandikan penyakit yang

diturunkan (Orita et al ., 1989) ataupun untuk mendeteksi adanya keragaman gen yang

berhubungan dengan sifat ekonomis, seperti produksi dan pertumbuhan.  

Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik yang digunakan

untuk memperbanyak segmen DNA secara in vitro (Ausubel, 1995). Segmen DNA

tersebut kemudian dapat diketahui runutan nukleotidanya, salah satunya yaitu dengan

menggunakan enzim restriksi. Enzim restriksi dapat memotong DNA secara spesifik

dan terbatas pada situs yang dikenalinya (Lewin, 1994). Perbedaan pola pemotongan

DNA dari jenis gen yang sama antara beberapa ternak disebut Restriction Fragment 

5/16/2018 Analisis Keragaman DNA - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-keragaman-dna 2/4

 

Length Polymorphism (RFLP). Pada prinsipnya, RFLP merupakan semua mutasi yang

menghilangkan atau menciptakan sekuen rekognisi baru bagi enzim restriksi.

Penyisipan (inersi), penghilangan (delesi), maupun subtitusi nukleotida yang terjadi

pada daerah rekognisi suatu enzim restriksi menyebabkan tidak lagi dikenalinya situs

pemotongan enzim restriksi dan terjadinya perbedaan pola pemotogan DNA (Lewin,

1994). 

Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP)merupakan salah satu metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR.

Metode ini didasarkan pada asumsi bahwa perubahan yang terjadi pada fragmen DNA

akan mempengaruhi bentuk dari fragmen DNA untai tunggalnya yang terlihat dari

perubahan pola migrasi pada gel poliakrilamidanon-denaturasi . Metode SSCP dapat

mendeteksi adanya mutasi pada fragmen DNA, akan tetapi tidak dapat memberikan

 

informasi tentang posisi dimana terjadinya mutasi pada fragmen DNA, dan memiliki

keterbatasan dalam menentukan jumlah alel (Barroso et al ., 1999). 

5/16/2018 Analisis Keragaman DNA - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-keragaman-dna 3/4

 

 

Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE) dan Denaturing Gradient Gel  Electrophoresis (DGGE) Polymerase Chain Reaction-Temperature Gradient Gel Electrophoresis (PCR-TGGE)

adalah suatu metode analisis keragaman yang mendeteksi adanya mutasimenggunakan gel yang memiliki perbedaan suhu (Jasik dan Reichert,

2006). Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) merupakan salah satu metode

yang dapat membedakan adanya mutasi berdasarkan berat molekul fragmen DNA

pada gel yang memiliki perbedaan konsentrasi bahan untuk menyamakan berat molekul

 

(denaturing) (Liu et al ., 2008). Sequencing  Sequencing merupakan satu terobosan utama dalam genetika molekuler untuk

menganalisis keragaman molekul DNA.Sequencing merupakan proses penentuan

urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sequencing menghasilkan

penggambar linear simbolik yang disebut sekuen yang meringkas sebagian besar

struktur tingkat atom atas molekul yang disekuensing. Sequencing DNA akan

menghasilkan sekuen DNA yang digambarkan sebagai untaian abjad lambang

nukleotida-nukleotida penyusun DNA (Muladno, 2002). Tipe polimorfisme yang

dideteksi yaitu pertukaran satu basa dan menghasilkan informasi sekuen yang

dibutuhkan. Proses Sequencing dapat dilakukan dengan secara cepat dan hasil yang

diperoleh tinggi (akurat), akan tetapi biaya yang dibutuhkan cukup besar (Gupta et al .,

2002). 

5/16/2018 Analisis Keragaman DNA - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-keragaman-dna 4/4

 

 Sumber: Barroso, A., S. Dunner, dan J. Canon. 199. Technical note: use PCR-single strand

conformation polymorphism analysis for detection of Bovine β-casein variantsA1, A2,

A3, and B.J. Anim. Sci. 77:2629-2632. Gupta, P.K., R.K. Varshney dan M. Prasad. 2002. Molecular Markers: Principles and

Methodology. Dalam: Jain, S.M., D.S. Brar, dan B.S. Ahloowalia (Eds.).Molecular

Techniques in Crop Inprovement. P.9-54. Liu, G., T. Amemiya, dan K. Itoh. 2008. Two-dimensional DNA gel electrophoresis mapping: a

novel approach to diversity analysis of bacterial communities in environmental soil. J. ofBioscience and Bioengineering, 105:127-133. 

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda dan USESEFoundation. Bogor. Orita, M., H. Iwahana, H. Kanazawa, K. Hayashi, dan T. Sekiya. 1989. Detection of

polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as a single-strandconformation

polymorphism. Proc. Natl. Acad. Sci. 86:2766-2770.