Alternate sigma factor usage: controls selective transcription of entire sets of genes

s32

s60

vegetative(principal s)

heat shock

nitrogen starvation

s70

TTGACA TATAAT(16-19 bp) (5-9 bp) A

+1

CNCTTGA CCCATNT(13-15 bp) (5-9 bp) A

+1

CTGGNA TTGCA(6 bp) (5-9 bp) A

+1

Ways to Regulate Transcription

צמיחה

!19.6.2008התרגיל ביום חמישי זה –

באוקריוטיםטרנסקריפציה

Pre-mRNA

* microRNAs (miRNA) RNA molecules of about 21–23 nucleotides in length, which regulate gene expression. are processed from primary transcripts known as pri-miRNA.

5’UTR

3’UTR

בעכבר כבד בתאי

RNA polymerase

ותדירות יעילות 1מיקום +) בזלית ) נמוכה רמה

ESRE

אינטרונים

אין אחידות במיקום וברצפי הבקרה בין

גנים שונים.

הטרנסקריפציה שלבי

•Initiation

•Elongation

•Termination

- איניציציה פרה קומפלקס

ותדירות יציבותזה קומפלקס יצירתוקצב כמות את קובעת

- ה RNAסינטזת

אוקריוטים בתאים טרנסקריפציה של אקטיבציה אופן

Stages in Initiation of Transcription

• Bacterial transcription• Closed complex:

holoenzyme+promoter• Open complex (DNA

melting, not need ATP)• Abortive transcripton• Productive initiation

– Transcribe past +9

– Sigma dissociates

• Elongation

• Eukaryotic transcription

• Preinitiation complex (PIC) assembly

• PIC activation (DNA melting, needs ATP)

• Abortive transcription• Productive initiation

– CTD phosphorylated

– Promoter clearance

• Elongation

initiation

Elongation

NTPs

TERMINATION

• RNA polymerase meets the terminator• Terminator sequence: AAUAAA

• RNA polymerase releases from DNA• Prokaryotes-releases at termination

signal• Eukaryotes-releases 10-35 base pairs

after termination signal

קומפלקס האלונגציה

transcription

Transcription regulation

Gene expression

Basics of cell biology:development

Fertilized egg

Basics of cell biology:development

Cells differentiationis due to different geneSwitches going on and off

These cells are differentbecause they express a subset of their 24,000 genes

GenePromoter

To specify a new cell: place it in the right environment

or

GenePromoter

To specify a new cell: place it in the right environment

orSubstitute drugs/proteins for environmentMophogens

FGF

Hedgehog

EGF

Wnt

Retinoic acid

HGF

Chromosome localization in interphase

In interphase, chromosomes appearto be localized to a sub-region of thenucleus.