A RANDOM GRID BASED A RANDOM GRID BASED MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL STUDY ON EBLV ISOLATES FROM STUDY ON EBLV ISOLATES FROM

GERMANYGERMANY

C. FreulingC. Freuling11, N. Johnson, N. Johnson22, D. , D. MarstonMarston22, T. Selhorst , T. Selhorst 11, L. , L.

GeueGeue11, A. Fooks, A. Fooks22, N.Tordo, N.Tordo33 and and T. Müller T. Müller 11

1)1) Friedrich-Loeffler-Institut, Federal Friedrich-Loeffler-Institut, Federal Research Institute for Animal Health, Research Institute for Animal Health, D-16868 Wusterhausen, GermanyD-16868 Wusterhausen, Germany

2)2) Veterinary Laboratories Agency Veterinary Laboratories Agency (Weybridge), Surrey, United Kingdom(Weybridge), Surrey, United Kingdom

3)3) Unité de la Rage and Laboratoire des Unité de la Rage and Laboratoire des Lyssavirus, Institut Pasteur, Paris, Lyssavirus, Institut Pasteur, Paris, FranceFrance

ObjectiveObjective

Molecular characterization of a representive panel Molecular characterization of a representive panel of German EBLV isolatesof German EBLV isolates

• Germany has one of the highest numbersGermany has one of the highest numbers

• Geographic distribution as a key determination for Geographic distribution as a key determination for selection in contrast to random samplingselection in contrast to random sampling

• Spatiotemporal correlation to phylogenetic informationSpatiotemporal correlation to phylogenetic information

Bat rabies in Europe Bat rabies in Europe 1977-20061977-2006

N= 831

Materials and MethodsMaterials and Methods

Application of a Application of a random grid with 30 random grid with 30 km lengthkm length

Selection of 1 isolate Selection of 1 isolate per grid cellper grid cell

48 out of 120 isolates 48 out of 120 isolates selectedselected

Phylogenetic analysis Phylogenetic analysis based on complete N-based on complete N-gene sequencesgene sequences

ResultsResults Identification of EBLV1b Identification of EBLV1b

isolates from the isolates from the southwest of Germanysouthwest of Germany

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

EBLV1a

EBLV1b

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

5776N.seq

4895N.seq

5778N.seq

5782N.seq

3132N.seq

13450N.seq

13452N.seq

6795N.seq

15548N.seq

13394N.seq

915N.seq

11647N.seq

13323N.seq

Bat-Hamburg-N.seq

12865N.seq

13415N.seq

4644N.seq

13416N.seq

13414N.seq

13445N.seq

5226N.seq

13408N.seq

13406N.seq

13409N.seq

8624N.seq

12871N.seq

13407N.seq

5254N.seq

2976-N.seq

992.seq

3131N.seq

13418N.seq

5250N.seq

976N.seq

13401N.seq

13428N.seq

13438N.seq

13453N.seq

13439N.seq

15730N.seq

933N.seq

5248N.seq

10927N.seq

10924N.seq

13422N.seq

13403N.seq

15571N.seq

5006N.seq99

64

67

96

77

74

59

58

50

68

70

63

38

57

65

80

76

65

33

60

99

59

52

64

41

30

19

36

15

65

0.005

ResultsResults

3‘ 5‘NN MM GG LLPP

Is. No 976 AATTGGAAAGAAAAA------AA-CTAACACCACT

Is. No 5006 AATTGAAAAGAAAAAGAAAAAAA-CTAACACCACT

Is. No 15571 AATTGAAAAGAAAAAGAAAAAAA-CTAACACCACT

Is. No 5776 AATTGGAAAGAAAAA------AAACTAACACCACT

Is. No 3132 AATTGGAAAGAAAAA------AAACTAACACCACT

• short genomic insertions in the 3‘ UTR of the N – gene

• 6 bp insertion in EBLV-1b (Johnson et al, 2007)

• 1 bp insertion in EBLV-1a

Conclusions/DiscussionConclusions/Discussion Further confirmation of EBLV1b in southern Further confirmation of EBLV1b in southern

GermanyGermany High sequence homology in N-Gene High sequence homology in N-Gene Indication for geographical clustering of EBLV1aIndication for geographical clustering of EBLV1a No species differencesNo species differences Identification of short genomic insertions in the Identification of short genomic insertions in the

3‘ UTR of the N-gene3‘ UTR of the N-gene

Further research nessesary Further research nessesary Other gene segments (e.g. G, Other gene segments (e.g. G, ψψ – pseudogene) – pseudogene) More isolates from different time periodsMore isolates from different time periods

Thanks for attention!!Thanks for attention!!