cancerres.aacrjournals.org · 8/17/2006 · Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data Chip Chip position Probe Set RS ID# Chrom Physical Position ASPC1 BxPc3 Capan1 CFPAC

Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataChip Chip position Probe Set RS ID# Chrom Physical PositionASPC1 BxPc3 Capan1 CFPAC COLO357 HS766T MIAPACA-2 Panc-1 PK8 PK9PL-1 PL-3 PL-5 PL-9 PL-11 PL-13 PL-19 (TSO111) PL-20 (TSO120)PL-21 (TSO129) PL-22 (TSO226) PL-23 (TSO31) PL-24 (TSO65) Su.8686 XPA1 XPA2XPA3 ASPC1 BxPc3 Capan1 CFPAC COLO357 HS766T MIAPACA-2Panc-1 PK8 PK9 PL-1 PL-3 PL-5 PL-9 PL-11 PL-13 PL-19 (TSO111) PL-20 (TSO120) PL-21 (TSO129) PL-22 (TSO226) PL-23 (TSO31)PL-24 (TSO65) Su.8686 XPA1 XPA2 XPA32 1 SNP_A-1677174 #N/A 1 886727 1.86 2.45 1.59 2.352.00 2.73 2.51 3.24 2.31 3.01 0.96 1.76 2.63 1.95 1.311.79 2.00 1.48 1.21 1.47 1.77 2.00 2.20 2.15 0.91 1.96

AA AA AA AB NoCall AA AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AB AA AA AANoCall NoCall AA AA AB2 2 SNP_A-1678466 rs1338382 1 2948696 2.07 3.24 1.912.51 1.64 2.88 3.15 4.54 2.24 2.88 0.92 1.56 1.62 1.221.12 1.09 1.89 1.32 0.96 1.17 1.52 1.31 2.83 2.07 1.172.32 BB BB BB BB AA BB BB BB ABAB NoCall BB BB NoCall BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB2 3 SNP_A-1676440 rs10492936 1 2960027 3.07 5.01 2.413.94 1.64 6.12 2.25 8.37 3.63 3.78 0.77 0.62 0.69 0.960.69 0.78 1.90 1.14 0.84 0.87 1.06 1.31 4.13 1.29 1.171.20 AA AA AB AA BB AA AA AA AAAB NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall2 4 SNP_A-1662392 rs10489589 1 2974401 2.09 2.41 1.942.87 1.67 2.99 2.64 3.92 1.95 2.73 1.07 1.04 1.52 1.531.47 1.46 1.99 1.58 1.88 1.28 1.48 1.33 2.27 1.21 1.561.85 AA AA AB AA BB AA AA AA AAAB BB AB AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AB ABAA AA NoCall AA AA AA2 5 SNP_A-1685736 rs10489588 1 2974991 2.28 3.14 2.303.17 1.67 3.36 3.60 4.33 2.10 3.69 0.98 0.95 1.28 0.851.01 0.96 1.99 1.59 1.43 1.00 1.29 1.33 3.06 1.56 1.892.37 AA AA AB AA BB AA AA AA AAAB BB AB AA NoCall NoCall AA AB AA NoCallNoCall AA AA AB AA AA AA2 6 SNP_A-1681384 rs4472706 1 2996733 1.83 2.47 1.782.64 1.67 2.41 2.65 3.47 1.69 2.39 1.49 2.37 3.20 2.441.74 2.39 1.99 1.96 2.84 2.42 2.18 1.33 2.16 1.83 1.251.98 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AA AB BB NoCall NoCall BB BB BB AB ABAB BB NoCall BB BB BB2 7 SNP_A-1642581 rs10492941 1 3150294 1.75 1.97 1.712.83 1.68 2.58 2.86 2.95 1.88 2.19 1.63 1.69 3.18 2.011.42 2.49 2.02 1.89 5.02 2.21 1.75 1.33 1.86 2.08 1.212.11 BB BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB2 8 SNP_A-1669029 rs1112213 1 3160856 1.82 3.98 1.622.56 1.68 2.72 3.50 3.94 1.65 2.74 1.41 2.11 2.92 2.041.68 2.09 2.02 2.28 1.61 1.91 2.52 1.34 2.33 2.67 1.113.25 AA NoCall AA AA BB AA AA AANoCall AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 9 SNP_A-1718237 rs2455122 1 3211300 1.37 2.12 1.331.88 1.83 2.25 1.93 3.32 1.81 2.10 1.01 1.50 2.63 1.471.23 2.06 2.19 1.55 1.15 1.80 1.55 1.44 1.90 1.63 0.831.64 AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AAAA AA AA AA AA AB2 10 SNP_A-1748467 rs2455124 1 3211662 1.53 2.90 1.39

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.90 1.83 2.29 2.84 3.87 1.37 2.26 1.06 1.97 2.59 1.831.53 1.71 2.19 2.00 1.48 1.59 2.42 1.44 2.12 2.32 0.942.31 AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AAAA AA AA AA AA AA2 11 SNP_A-1705537 rs1181876 1 3704838 1.64 2.34 1.852.46 1.64 2.89 2.12 3.39 2.02 2.63 1.77 1.73 3.07 1.911.68 2.39 2.02 2.49 2.52 2.44 2.51 1.50 2.74 1.63 2.261.76 BB AA AA AB AB BB AA AA ABAB AA AA AA BB NoCall AA AA AA NoCall AAAA BB AA BB AA AA2 12 SNP_A-1683756 rs1181875 1 3704988 1.51 2.31 1.882.53 1.64 2.64 2.19 3.32 1.64 2.27 1.15 1.49 2.73 1.371.19 1.81 2.02 2.44 3.29 2.02 1.98 1.50 2.13 1.41 2.091.90 AA AA AA AA BB AA AA BB ABAB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA2 13 SNP_A-1696782 rs10492942 1 3787373 1.74 1.85 1.742.82 1.87 2.85 1.81 3.88 1.88 2.65 0.86 1.05 1.47 1.240.85 1.14 2.14 1.69 2.02 1.39 1.65 1.68 1.83 1.28 1.481.56 BB AB AB BB BB AB NoCall BB BBBB BB BB AB BB BB AB AB AB BB ABBB AA AB BB AA NoCall2 14 SNP_A-1673422 rs4131373 1 3830545 1.60 2.41 1.412.14 1.87 2.65 2.33 3.48 1.77 2.39 1.48 1.77 2.22 1.811.52 1.96 2.14 2.07 1.55 1.93 2.40 1.68 2.39 2.26 1.212.36 BB AB AA AB AB BB AA BB BBBB NoCall AB BB BB AA BB AB BB BB BBAB BB BB NoCall AB BB2 15 SNP_A-1670878 rs3935559 1 3977053 1.89 3.42 2.222.50 1.78 2.94 3.56 4.96 2.36 2.89 1.84 1.66 2.23 2.231.78 2.60 2.03 1.88 2.81 2.17 2.08 1.58 2.77 2.84 1.452.91 BB BB NoCall AB BB BB BB BB BBBB BB AB AA AB AA NoCall NoCall AB NoCall AAAB AA BB BB AB AB2 16 SNP_A-1743511 rs4128222 1 3977154 1.80 2.65 1.972.56 1.78 2.79 2.44 4.29 1.97 3.02 2.17 1.83 3.56 2.651.82 3.08 2.03 2.45 2.55 2.85 2.52 1.58 2.62 2.07 1.902.13 BB BB BB BB AA BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB ABAB AA BB BB NoCall BB2 17 SNP_A-1736635 rs10492945 1 4084214 1.94 2.79 1.972.51 1.82 3.13 2.40 4.26 1.52 2.38 1.20 1.76 1.98 1.341.07 1.22 2.06 1.56 1.65 1.55 1.61 1.72 2.44 1.26 1.271.67 BB BB BB BB BB BB BB BB AAAB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 18 SNP_A-1666738 rs966321 1 4225577 1.85 4.74 1.622.51 1.74 3.07 1.50 3.14 1.95 2.31 1.13 1.96 2.26 1.621.38 2.02 1.91 1.65 1.66 1.76 1.94 1.57 2.53 1.58 1.071.64 AA AB AB AA BB AB AA BB ABAA NoCall AB BB AB AA AA AB AA BB AAAB BB AB BB AA BB2 19 SNP_A-1721407 rs1495244 1 4252977 2.24 3.03 1.842.62 1.57 2.99 2.72 4.31 1.67 2.62 0.91 1.61 1.39 1.311.24 1.32 1.84 1.65 1.63 1.38 1.69 1.46 2.62 2.13 1.532.33 AA NoCall AB AB BB AA AB BBNoCall BB AA AB AB AA NoCall AB AA AA ABAA AA BB NoCall AA AA AB2 20 SNP_A-1686722 rs3912752 1 4287405 2.12 2.00 1.682.80 1.57 2.55 2.77 2.66 1.57 2.27 1.38 1.27 2.29 1.691.56 2.13 1.84 2.28 2.93 1.86 1.89 1.46 2.36 1.66 1.601.94 BB NoCall AA AA AB AA AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA NoCall AB AA AA BB AA AA AA AA AAAA AA AB NoCall NoCall AB2 21 SNP_A-1737197 rs4654438 1 4470274 2.69 2.97 2.363.51 1.66 3.21 3.01 5.24 2.66 3.34 1.28 1.00 1.39 1.481.76 1.65 1.86 1.45 1.67 1.47 1.70 1.39 3.37 1.85 1.381.83 AA BB AB AB BB AA AA BB ABAA NoCall BB NoCall NoCall AA NoCall NoCall AB NoCall AANoCall BB NoCall AA BB NoCall2 22 SNP_A-1754224 rs10489135 1 4492572 1.82 2.80 1.662.47 1.67 2.71 1.75 2.91 1.65 2.12 1.25 2.19 2.85 1.951.48 2.67 1.87 2.07 1.97 1.98 2.31 1.38 2.44 1.73 0.901.71 BB BB BB BB AA BB BB BB ABAB BB BB AB BB BB AB NoCall BB BB BBBB BB BB BB AB BB2 23 SNP_A-1642231 rs515279 1 4554061 1.69 1.65 1.522.62 1.68 2.43 2.05 2.14 1.56 2.34 1.40 2.05 2.66 2.161.05 2.42 1.82 1.81 1.82 1.66 2.05 1.26 2.33 1.61 0.742.02 BB BB BB BB AB NoCall BB BB ABAB BB BB AB BB AA BB BB BB BB BBBB AA AB BB NoCall BB2 24 SNP_A-1712765 rs10489133 1 4584310 2.03 3.57 1.812.87 1.68 3.74 3.48 6.07 2.52 3.13 0.90 0.75 1.10 1.171.06 0.97 1.82 1.55 1.14 0.93 1.63 1.26 2.74 1.65 1.122.28 AA AA AB AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA2 25 SNP_A-1710770 rs7518469 1 4666649 1.51 1.78 1.442.35 1.68 2.45 1.80 2.84 1.86 2.14 1.62 1.92 3.92 2.161.45 2.55 1.87 2.19 2.49 2.07 2.22 1.32 1.81 1.35 1.242.01 AA AA AA AA BB AA NoCall AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA2 26 SNP_A-1684884 rs10489136 1 4843608 1.81 3.67 1.321.80 1.71 2.37 2.54 3.20 1.23 1.77 1.09 1.38 1.72 1.381.08 1.43 2.14 2.11 2.49 1.44 2.08 1.52 1.73 1.00 1.312.20 BB AB NoCall AA BB BB BB BB AANoCall BB BB BB BB BB NoCall NoCall AB BBNoCall BB BB NoCall AA BB BB2 27 SNP_A-1658786 rs10489137 1 4843868 2.04 2.34 1.492.10 1.71 2.33 2.46 3.17 1.60 2.44 0.93 1.28 1.51 1.111.04 1.23 2.14 1.77 1.16 1.16 2.00 1.52 2.04 1.95 0.952.21 BB AB AA AA BB AB AB BB AAAA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA2 28 SNP_A-1688090 rs10489138 1 4844440 2.09 3.16 2.212.89 1.70 2.99 3.21 4.01 2.01 2.80 1.44 1.39 1.70 1.771.68 1.81 2.11 1.99 2.07 1.43 1.94 1.54 2.63 2.32 1.672.42 NoCall AA AA AA AA AB NoCall BB AAAA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA NoCall NoCall AA AA2 29 SNP_A-1645394 rs1563793 1 5004114 1.53 2.00 1.351.96 1.74 1.98 2.16 2.85 1.36 2.18 1.18 2.20 1.79 1.571.26 1.60 2.00 2.13 1.80 1.77 2.45 1.51 1.85 1.85 1.381.84 AA AB AA BB BB BB NoCall AA AAAA AA AA BB AB BB NoCall AA AA NoCall ABAA AA AA AA AA AA2 30 SNP_A-1680604 rs4456140 1 5045004 1.49 1.65 1.602.50 1.74 2.16 1.64 1.76 1.65 1.82 1.73 2.73 3.16 2.921.56 3.45 2.00 2.37 3.37 2.67 2.33 1.51 1.88 1.65 1.461.92 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 31 SNP_A-1665024 rs4356099 1 5094298 1.68 2.38 1.59

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.39 1.76 2.64 2.75 3.37 1.67 2.79 1.41 1.89 1.96 1.501.33 1.51 2.01 1.79 1.82 1.53 1.81 1.53 2.25 2.08 1.522.33 AA NoCall AA AA AA NoCall NoCall AA AAAA AA AB AB AB AA AA AA AB AB ABAB BB NoCall AA NoCall AB2 32 SNP_A-1743269 rs10492923 1 5103399 2.47 9.61 2.193.06 1.75 3.33 2.56 5.19 2.12 3.05 1.58 1.54 1.88 1.591.59 1.82 2.01 2.33 2.73 1.74 2.30 1.52 2.51 1.58 1.831.92 BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB NoCall NoCall BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB2 33 SNP_A-1703367 rs10492924 1 5103489 1.99 3.78 1.632.66 1.75 2.91 2.43 6.41 2.31 3.69 1.39 1.77 2.11 1.461.24 1.47 2.01 2.17 1.97 1.69 2.24 1.52 2.40 1.57 1.881.71 AA AA NoCall AA BB AA NoCall AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA2 34 SNP_A-1722718 rs10492925 1 5105744 2.16 2.41 2.072.45 1.75 2.90 1.96 3.56 1.76 2.51 1.12 1.54 1.53 1.090.98 1.32 2.01 1.63 1.85 1.34 1.59 1.52 2.43 1.48 1.491.83 BB BB AB BB BB BB BB BB ABBB AA BB BB BB BB AB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 35 SNP_A-1677514 rs9286977 1 5143657 1.91 2.35 1.632.57 1.75 2.95 1.73 3.36 2.00 2.30 1.01 1.49 1.46 1.151.02 1.28 2.01 1.82 2.00 1.33 1.80 1.52 2.07 1.52 1.391.70 AA AB NoCall NoCall BB NoCall NoCall AANoCall AB AA AA AA AA BB AB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 36 SNP_A-1747841 rs10492927 1 5144176 1.65 2.00 1.612.64 1.75 2.40 1.86 2.38 1.45 2.05 1.00 1.50 1.45 1.150.96 1.38 2.01 2.19 2.79 1.58 1.54 1.52 1.79 1.46 1.441.88 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 37 SNP_A-1737335 rs10492928 1 5144364 2.02 5.42 1.702.40 1.75 2.66 3.13 3.29 1.97 2.77 1.34 1.55 1.61 1.751.63 1.41 2.01 1.77 1.84 1.41 1.62 1.52 2.23 2.26 1.372.18 BB AB AB BB AB BB AB AA BBAB AA AB AB BB BB AB AA AB AB ABAB BB AB NoCall AB AB2 38 SNP_A-1670902 rs10492930 1 5157455 1.77 2.02 1.722.38 1.75 2.67 2.43 2.95 1.83 2.03 0.99 1.57 1.17 1.180.89 1.08 2.01 1.84 1.96 1.32 1.60 1.52 2.15 1.55 1.141.55 BB AB BB BB AB BB NoCall BB BBBB AA AB AB BB BB AB BB BB BB ABBB BB BB AA AB BB2 39 SNP_A-1734642 rs10492931 1 5157728 1.87 2.32 1.673.03 1.75 3.13 2.06 3.91 2.06 3.00 1.10 1.81 1.52 1.201.08 1.34 2.01 2.37 2.06 1.67 1.86 1.52 2.14 1.99 1.561.78 AA NoCall AB AA AA AA AB BB AAAA BB AB AB AA AA NoCall BB AB NoCall ABAB AA AB BB NoCall AB2 40 SNP_A-1667036 rs2353169 1 5207217 1.68 2.97 1.332.02 1.75 2.42 2.26 3.32 1.55 2.25 1.29 2.59 2.41 1.851.50 2.55 2.01 1.91 2.22 2.11 2.23 1.52 1.66 1.51 1.271.90 BB AA AB AB AB NoCall NoCall BB BBAB AA AA BB BB AA AA AA AB NoCall AAAB BB AB AA NoCall AB2 41 SNP_A-1667950 rs4475768 1 5222538 1.30 2.54 1.151.95 1.75 2.06 1.98 4.06 1.48 1.89 1.40 2.31 3.49 2.321.55 2.64 2.01 2.07 1.44 2.16 1.83 1.52 1.69 1.51 0.761.58 AA AA AA AA BB AA AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA2 42 SNP_A-1740923 rs2153900 1 5529003 1.79 3.54 1.932.87 1.85 3.01 2.07 4.71 1.97 3.24 0.94 1.81 1.60 1.371.26 1.26 2.01 2.25 1.45 1.40 1.98 1.24 3.38 1.96 1.141.73 BB AA AA AB AA AA AA BB AAAA AA AB AA NoCall AA NoCall AB AA AA ABAA AA AA AA AA AA2 43 SNP_A-1745466 rs1418632 1 5547222 1.71 1.91 1.712.51 1.85 2.47 2.45 2.62 1.83 2.33 1.38 1.94 2.42 1.991.46 2.44 2.01 1.87 1.64 2.00 1.85 1.23 2.33 1.86 0.911.89 NoCall NoCall AB BB AB AA BB BB ABAA AA AB AA AB AA AB BB AB AB ABAB AA AA AA NoCall NoCall2 44 SNP_A-1739955 rs709184 1 5644099 1.82 2.60 1.902.77 1.85 2.22 3.68 2.96 1.75 2.70 1.10 1.43 2.08 1.201.15 1.54 2.02 1.66 1.86 1.65 1.90 1.23 2.18 2.14 1.303.10 BB AB AB BB AA NoCall BB BBNoCall BB BB BB BB AA BB AB BB BB BBNoCall AB BB BB NoCall NoCall BB2 45 SNP_A-1748063 rs707586 1 5644709 1.84 2.91 1.642.45 1.85 3.25 3.24 3.38 1.77 2.63 0.76 0.85 1.07 1.130.82 1.05 2.02 1.84 1.45 1.11 2.08 1.23 2.29 1.87 1.512.79 AA AB AB AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB AB AA AA AAAB AA AA AA AB AA2 46 SNP_A-1656665 rs10489535 1 6278091 2.71 3.68 2.473.45 1.61 3.52 2.49 4.87 2.35 3.64 1.39 1.23 1.74 1.531.31 1.52 2.04 1.58 1.96 1.48 2.10 1.42 3.48 1.85 1.701.98 BB BB NoCall BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB AB2 47 SNP_A-1755914 rs10489536 1 6314553 2.65 3.78 2.633.53 1.61 4.33 3.20 5.26 2.83 4.09 1.31 0.81 1.46 1.351.41 1.47 2.04 1.83 1.87 1.39 2.17 1.42 3.17 1.83 1.902.25 BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB2 48 SNP_A-1676650 rs1396904 1 6830551 2.31 1.76 1.963.06 2.65 2.81 2.93 2.50 2.04 2.86 3.30 1.99 4.53 3.893.10 4.63 2.04 3.28 4.68 3.64 2.64 1.91 2.75 2.56 1.972.81 AA AB AB AB BB AB NoCall BBNoCall AB AA AA AA NoCall AA AB AB BB ABAB AA AA NoCall NoCall AA AB2 49 SNP_A-1643131 rs7546903 1 6870538 2.54 3.05 2.322.79 2.37 3.37 4.42 4.78 2.11 4.01 1.99 2.35 2.70 2.872.24 2.88 1.93 2.23 2.30 2.03 3.84 1.76 3.52 3.95 2.022.85 AA NoCall AB BB AA BB NoCall BB ABAB AA BB AA NoCall AA BB BB BB NoCall ABNoCall BB BB BB NoCall NoCall2 50 SNP_A-1758748 rs950493 1 6879070 1.47 2.03 1.672.47 2.37 2.38 1.70 2.62 1.69 1.95 1.81 2.15 3.34 1.911.70 3.01 1.93 2.32 3.07 2.56 2.51 1.76 2.12 1.51 1.331.80 BB BB AB BB BB AB BB AA ABAB BB BB BB AB BB AB BB AB BB BBBB BB AB AA BB BB2 51 SNP_A-1698235 rs1317017 1 6983045 1.56 2.51 1.342.19 2.34 2.19 3.72 3.43 1.43 2.38 1.12 1.48 1.74 1.481.34 1.49 1.91 1.91 1.65 1.43 2.08 1.74 1.76 1.94 1.002.87 AA NoCall AA AA AB AA AA AA ABNoCall AA AA AA AB AA AA AA AB AA ABBB BB BB NoCall AA AA2 52 SNP_A-1748913 rs10489139 1 7112079 2.04 3.24 1.70

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.76 1.90 2.71 2.53 4.89 1.61 2.70 1.00 1.37 1.23 1.220.95 0.98 2.04 1.25 1.32 1.21 1.48 1.64 2.31 1.23 1.261.65 BB AB BB AB AA NoCall NoCall BB BBBB NoCall AA BB BB NoCall BB AB BB AB AAAA BB NoCall BB AA BB2 53 SNP_A-1680344 rs2412150 1 7237609 1.58 1.97 1.562.16 1.99 2.48 3.16 2.70 1.74 2.69 1.96 1.68 2.63 2.241.70 2.22 2.11 2.84 2.51 2.07 2.41 1.50 2.02 1.96 1.572.07 NoCall NoCall AB AB BB AA BB AA AANoCall BB AB AB NoCall AA AB AB AB AB AAAB AA AA NoCall AA NoCall2 54 SNP_A-1732642 rs2301460 1 7324210 2.34 2.76 1.672.93 1.95 3.09 3.29 3.18 1.91 2.96 1.26 1.72 2.19 1.321.14 1.35 2.09 1.99 2.52 1.62 1.92 1.53 1.90 2.17 2.012.37 BB AA AA AA AB AB AA AA BBAA BB AA BB AA AA AA AB AB AB ABAA BB AB BB AB AA2 55 SNP_A-1739789 rs2301461 1 7324243 1.99 1.82 1.672.82 1.95 2.77 2.80 2.57 1.73 2.31 1.13 1.69 2.04 1.361.04 1.63 2.09 2.24 2.94 1.71 1.48 1.53 1.82 1.74 1.642.40 AA BB AA AA BB NoCall AA BB AAAB AA AB AA NoCall BB AA AA AA AA ABBB AA NoCall AA AB AA2 56 SNP_A-1736295 rs2097518 1 7394699 1.66 2.12 1.502.20 1.99 2.33 2.36 2.69 1.65 1.67 2.01 2.68 3.04 2.752.24 3.34 2.15 1.97 3.98 2.54 2.09 1.54 1.69 2.20 1.192.29 AA AA BB BB BB BB NoCall AA AABB AA BB AA BB BB BB NoCall BB BB ABAB AA BB NoCall AA BB2 57 SNP_A-1645816 rs6664987 1 7465604 2.02 2.24 1.652.59 1.99 2.87 3.49 3.34 1.85 2.86 1.21 1.04 1.91 1.501.29 1.83 2.14 1.69 2.04 1.55 1.75 1.54 2.33 1.57 1.322.20 BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall NoCall BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 58 SNP_A-1648760 rs10492961 1 7572245 2.13 2.54 2.003.09 1.94 2.61 2.51 3.37 1.95 1.36 1.51 1.43 2.34 1.621.41 2.36 2.10 2.30 3.98 2.42 2.14 1.54 2.17 1.42 1.812.32 AA NoCall AB AB BB AA AA AA AABB AA AB BB NoCall AA AA AB AA AB AAAA AA AB BB AB AB2 59 SNP_A-1675914 rs10495757 1 7573574 2.04 3.56 1.912.99 1.94 3.01 2.54 4.35 2.15 1.71 1.06 1.13 1.36 1.461.17 1.44 2.10 2.07 1.93 1.48 1.75 1.54 2.55 1.67 1.342.05 AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA NoCall AA AA NoCall AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA2 60 SNP_A-1683704 rs10495758 1 7623655 1.73 2.20 2.112.92 1.90 3.27 1.82 2.89 2.27 1.77 0.90 1.16 2.05 1.271.07 1.55 2.05 2.01 2.14 1.60 1.56 1.63 2.52 1.73 1.282.04 AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AB BB AB BB AA AB AA AB AAAA AA AB BB AA AB2 61 SNP_A-1727182 rs2032563 1 7735554 2.54 2.98 2.223.66 1.56 3.94 2.55 4.38 2.51 3.13 1.27 1.02 1.47 1.881.46 1.87 2.10 1.89 2.65 1.60 1.67 1.72 2.86 1.21 2.231.94 AA AB AA AA BB NoCall AA BB AAAA NoCall NoCall AA NoCall BB AA AB NoCall AA AANoCall AA NoCall BB AA AA2 62 SNP_A-1709821 rs228651 1 7845365 1.50 2.37 1.802.92 1.49 3.29 1.96 2.10 2.18 2.78 1.25 2.20 3.15 1.801.22 2.49 2.13 2.16 2.60 2.31 2.37 1.76 3.23 1.07 1.141.91 AA BB BB BB BB BB NoCall AA AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AA AB AB AB AA AB AA AA BB BBAA BB BB AA AB BB2 63 SNP_A-1678544 rs228714 1 7872914 1.51 2.30 1.632.52 1.49 2.75 1.86 3.27 1.57 2.12 1.35 1.63 2.28 1.511.22 1.61 2.14 2.31 3.03 2.13 2.08 1.76 2.08 1.50 1.721.91 AA AB BB BB AA BB AA AA ABBB BB BB AB BB AA AB AB AB AB BBAB AA BB AA BB BB2 64 SNP_A-1703997 rs161811 1 7933868 1.84 3.85 1.753.11 1.48 3.35 3.45 5.09 2.20 3.35 1.32 1.33 1.78 1.331.41 1.76 2.17 2.29 2.20 1.78 2.21 1.89 2.98 1.56 1.791.89 BB BB AB BB AA BB BB BB BBBB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB AA BB AB2 65 SNP_A-1691698 rs4350217 1 8306802 2.00 2.19 1.312.96 1.65 2.23 2.60 2.97 1.62 1.99 1.01 1.24 1.64 1.261.14 1.29 2.35 2.04 1.31 1.77 2.00 1.57 2.06 1.54 0.932.03 NoCall AB AB NoCall AB BB AB BB ABBB BB AB BB AA BB BB BB AB BB ABBB AA BB BB BB AA2 66 SNP_A-1662288 rs1058790 1 8348105 2.25 1.86 1.792.70 1.65 3.02 4.23 2.59 1.80 2.91 1.34 1.41 2.28 1.931.55 2.11 2.35 2.22 1.98 1.84 2.03 1.57 2.38 1.82 1.292.55 BB AB AB AA AB AA BB AA ABAA AA BB AB BB AA AA BB AB AA AAAA BB AA AA AA AB2 67 SNP_A-1687400 rs172531 1 8429856 1.48 5.94 1.442.38 1.64 2.30 2.61 3.54 1.53 2.05 1.77 2.40 3.50 2.121.63 2.10 2.35 2.92 3.07 2.57 2.71 1.57 1.77 1.46 1.622.16 BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB AA BB BB BB AA AA BB AB AA BBAB BB AB BB AB BB2 68 SNP_A-1679806 rs301801 1 8430211 1.58 2.84 1.502.33 1.64 2.66 1.85 2.70 1.67 2.36 1.24 1.66 1.98 1.351.18 1.76 2.35 1.88 2.49 2.08 1.86 1.57 2.26 1.45 1.361.72 AA NoCall AA AA BB AA AA AA AAAA BB AA AA AA BB BB AA AB BB AAAB AA NoCall AA NoCall AA2 69 SNP_A-1671386 rs10492966 1 8532271 2.13 3.74 1.942.14 1.53 3.04 2.63 3.44 2.08 2.78 1.14 1.81 1.50 1.291.36 1.48 2.25 1.56 2.35 1.54 1.73 1.53 2.15 1.54 1.861.95 BB BB AB AA AB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB AA BB BB ABAB BB NoCall BB BB BB2 70 SNP_A-1659592 rs10492965 1 8532393 2.09 3.33 1.793.62 1.53 3.19 2.75 4.41 2.38 3.04 1.22 2.02 1.56 1.321.16 1.58 2.25 2.02 2.30 1.75 1.79 1.53 2.26 1.51 1.911.77 BB BB AB AA AA BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB AA BB BB ABAB BB AB BB BB BB2 71 SNP_A-1754848 rs10492963 1 8744607 1.95 2.75 1.452.46 1.22 2.60 1.57 3.69 1.90 2.35 0.85 1.06 0.95 0.820.88 1.00 1.99 1.95 2.28 1.28 1.32 1.49 2.17 1.03 1.261.48 BB BB AB AA BB BB AB BB BBBB BB BB BB NoCall BB NoCall AA BB BB ABAB BB NoCall BB BB BB2 72 SNP_A-1750171 rs10492968 1 9834429 2.65 5.19 2.402.31 1.88 2.97 2.95 5.56 2.43 3.25 1.58 1.70 2.37 1.611.69 1.80 1.86 1.72 1.46 1.84 1.94 1.94 2.87 2.84 1.362.28 NoCall AA NoCall AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA2 73 SNP_A-1750891 rs10492971 1 10277241 1.53 2.02

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.56 2.50 1.85 2.20 3.13 2.29 1.48 2.28 2.06 1.56 2.462.44 1.77 2.26 2.39 2.62 3.99 2.74 2.68 1.72 1.96 2.012.13 2.25 BB BB NoCall AA BB AB BB AANoCall AA BB AB BB NoCall BB BB AA AB ABBB NoCall BB NoCall BB AA BB2 74 SNP_A-1718979 rs10492972 1 10287378 1.71 2.621.50 2.55 1.85 2.49 3.31 3.04 1.60 2.67 1.24 1.52 2.101.58 1.60 1.80 2.39 2.24 2.36 2.04 2.25 1.72 2.24 1.851.63 2.67 AA AA AB BB BB AB AA AAAB BB AA AB AA AB AA AA BB AB ABAA AB AA AB AA BB AA2 75 SNP_A-1654229 rs3737155 1 10394045 2.10 3.361.72 2.52 1.84 2.70 4.25 4.70 1.73 2.79 1.46 1.41 2.001.67 1.42 1.69 2.39 1.84 2.17 1.60 2.15 1.72 2.56 2.511.29 3.06 AA AA AB BB BB NoCall AA AANoCall BB AA AB AA AB AA AA BB NoCall ABAA AB AA AB AA BB AA2 76 SNP_A-1666506 rs4846219 1 10398154 1.54 2.561.91 2.75 1.84 2.97 2.05 3.45 1.67 2.05 1.69 1.54 3.361.97 1.78 2.04 2.39 2.78 3.57 2.26 2.61 1.72 2.39 1.932.19 2.63 AA BB NoCall AA AA AB AA AAAB AA NoCall AB BB AA NoCall NoCall AA AB ABBB AA BB NoCall BB AA AB2 77 SNP_A-1686500 rs622623 1 10489523 2.15 2.992.04 2.64 1.86 2.65 2.63 4.33 1.86 2.78 1.16 1.17 2.051.42 1.28 1.58 2.40 1.90 2.23 1.56 2.08 1.68 2.36 1.451.50 1.88 BB AB AB AA BB NoCall BB AANoCall AB BB AB BB NoCall BB AA NoCall ABNoCall AB AA BB NoCall AA BB AB2 78 SNP_A-1717751 rs67969 1 10683463 2.02 2.24 1.812.21 1.70 3.02 4.46 2.48 1.79 2.87 1.39 0.99 1.91 1.781.24 1.60 2.45 1.73 1.52 1.50 1.72 1.63 2.26 2.13 1.222.43 BB AA BB AB AB BB BB AA ABAA BB AA AA BB AA AB BB AB AB AAAB BB AB BB AA AA2 79 SNP_A-1697953 rs205474 1 10767127 1.80 2.441.43 2.41 1.77 2.32 2.67 2.98 1.39 1.86 1.34 1.33 2.421.66 1.51 2.11 2.61 2.13 2.43 2.02 2.79 1.62 2.06 1.671.26 2.23 BB BB AB AB BB BB AB BBAA BB AA BB AB BB BB AB BB BB ABBB AB BB BB BB BB AB2 80 SNP_A-1664654 0 1 10801340 1.74 2.09 1.542.62 1.77 2.94 1.89 2.53 1.84 2.57 1.15 1.61 2.51 1.421.31 2.04 2.61 2.18 2.31 1.87 2.23 1.62 2.36 1.78 1.401.99 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 81 SNP_A-1756835 rs2387420 1 10890911 1.82 1.681.34 2.55 1.91 2.48 2.06 1.75 1.39 1.07 1.26 1.63 2.611.81 1.45 2.21 2.53 2.73 2.95 2.17 2.56 1.64 2.36 1.441.27 1.76 AA AA AB AB AB AB BB AABB BB BB BB AB AA AA AB AA AB ABAA BB AA AA AA AB BB2 82 SNP_A-1702747 rs6701524 1 11132768 1.58 2.031.19 2.16 1.84 1.94 2.41 2.37 1.52 1.20 1.52 1.78 2.602.11 1.80 2.15 2.36 2.08 2.50 2.27 2.16 1.61 2.08 1.741.10 2.28 BB AA NoCall AB BB AB AB AAAA BB AA AB AA AA BB AB AA AA BBAA AA AA AB AA AB AB2 83 SNP_A-1747089 rs10492975 1 11169742 1.69 2.041.68 2.57 1.85 2.50 2.26 2.79 1.79 1.49 1.71 1.69 3.471.94 1.68 2.30 2.20 1.97 2.63 2.40 2.07 1.55 2.43 1.651.39 1.76 BB BB NoCall BB AB BB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB AB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 84 SNP_A-1733392 rs2076655 1 11223427 1.74 2.811.70 3.05 1.85 3.14 2.71 3.34 1.97 1.32 0.97 1.06 1.241.33 0.90 1.02 2.20 2.26 1.78 1.46 2.18 1.55 2.61 1.211.70 1.25 BB AA AB AB AB AB AB AAAA BB AA BB AB AA BB AB AA AA BBAA AA AA AB AA NoCall BB2 85 SNP_A-1646710 rs2817611 1 11547429 1.92 2.211.72 2.71 2.24 2.94 2.67 2.42 1.71 1.57 1.53 2.02 2.782.01 1.75 2.77 2.75 2.70 2.92 2.41 2.89 1.90 2.29 2.221.49 2.55 AA AA AA AA BB AA AA BBAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA BB2 86 SNP_A-1729910 rs1810563 1 11988296 2.61 2.582.36 2.79 1.74 3.74 2.81 4.48 2.50 1.95 1.69 1.64 2.361.86 1.39 1.87 1.92 2.38 2.39 2.15 2.41 1.63 3.92 1.671.73 1.73 BB AA NoCall AB AA AA BB AANoCall AA AA BB AA AA AA AA NoCall AANoCall AB AA BB NoCall AA NoCall AA2 87 SNP_A-1754728 rs652284 1 12153078 1.90 2.922.07 2.36 1.66 2.93 2.57 4.77 2.30 2.25 1.32 1.54 1.951.45 1.54 1.57 2.00 1.46 1.52 1.63 1.57 1.74 2.46 2.080.97 1.81 NoCall AB NoCall AB BB NoCall NoCall BBAB NoCall BB NoCall AB BB BB NoCall AA AB AAAB AB AA AB BB BB BB2 88 SNP_A-1706913 rs10492976 1 12393063 3.08 4.682.86 3.24 1.60 3.54 3.02 7.35 3.95 1.85 1.96 1.30 1.491.73 1.46 1.57 1.99 2.08 1.82 1.53 2.16 1.69 3.85 1.342.46 1.35 AA AA AA NoCall BB AB NoCall AAAA BB AA AA NoCall NoCall AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA BB2 89 SNP_A-1706423 rs1361912 1 12674800 1.91 2.011.67 2.40 1.83 2.59 2.17 2.20 1.55 1.26 1.32 1.77 1.981.93 1.48 2.35 1.96 1.89 2.83 1.97 1.77 1.41 1.83 1.791.44 2.19 AB BB BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 90 SNP_A-1735683 rs1419299 1 12675173 1.65 2.051.73 2.23 1.83 2.51 3.32 2.71 1.85 1.93 1.89 1.99 2.822.75 2.14 3.24 1.96 1.85 2.38 2.33 1.97 1.41 2.21 2.351.38 2.31 NoCall BB NoCall BB AA AB NoCall BBBB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB NoCall2 91 SNP_A-1677240 rs2223390 1 12787138 1.95 1.811.81 2.26 1.82 2.75 1.97 2.57 1.99 0.78 1.46 1.44 1.340.88 0.92 1.08 1.95 1.51 1.13 1.19 1.45 1.40 2.93 1.751.21 1.46 AB AB BB BB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB AB BB BB2 92 SNP_A-1698013 rs10492979 1 13737786 1.62 2.511.40 2.28 1.69 2.36 2.86 2.89 1.47 1.19 1.56 1.15 1.320.97 0.92 1.20 1.92 1.63 1.81 1.24 1.83 1.47 1.83 1.391.05 1.63 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AB AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AB2 93 SNP_A-1722724 rs2495037 1 13738152 1.59 2.811.40 2.10 1.69 2.17 2.95 4.14 1.69 1.15 2.45 1.58 1.641.53 1.18 1.54 1.92 1.70 1.61 1.41 1.74 1.47 1.78 1.760.89 1.94 BB BB BB BB AB BB BB BBBB NoCall AB BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall AA2 94 SNP_A-1746172 rs10489152 1 13800209 1.57 2.67

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.50 2.08 1.71 2.78 1.79 2.66 1.54 1.35 1.91 1.53 1.781.00 1.01 1.43 1.96 1.71 1.30 1.51 1.63 1.50 2.41 1.460.75 1.35 BB BB NoCall AB AA NoCall AB AABB AA AB BB AB BB BB AB AB BB AABB BB BB BB AA AB NoCall2 95 SNP_A-1700181 rs10489151 1 13801015 1.58 1.911.45 2.34 1.71 1.95 1.52 2.26 1.37 0.68 3.42 1.89 3.091.56 1.32 1.85 1.96 2.55 2.47 2.45 2.13 1.50 1.55 1.001.53 1.62 AA AA AB AB AA NoCall NoCall BBAA BB AB AA AB AA AA NoCall NoCall AA BBAA AA AA AA BB NoCall AA2 96 SNP_A-1642343 rs1406417 1 13838171 2.55 1.632.38 3.10 1.68 3.42 3.17 1.90 2.48 1.87 4.86 1.79 3.562.45 2.39 3.56 1.94 2.61 5.17 3.08 2.07 1.47 2.21 2.482.23 2.97 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 97 SNP_A-1689757 rs2884788 1 13841941 1.61 1.941.48 2.38 1.68 2.73 1.94 2.38 1.79 1.24 2.97 1.83 2.131.71 1.61 2.12 1.94 2.13 1.56 1.91 2.03 1.47 2.06 1.930.85 1.85 NoCall AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA2 98 SNP_A-1644542 rs1210110 1 13842127 1.82 1.491.99 3.08 1.68 2.81 1.79 2.56 1.80 1.32 6.54 2.45 5.272.72 2.15 4.14 1.94 2.36 4.09 3.18 2.42 1.47 1.79 1.581.50 1.99 AA AA NoCall AB AB AB AB BBAA AA AB AA AB AA AA AB AB AA BBAA AA AA AA BB AA AA2 99 SNP_A-1758051 rs1203642 1 13864391 2.01 6.052.07 2.76 1.72 2.84 2.62 9.43 2.32 1.88 1.91 1.85 1.791.42 1.21 1.77 1.93 1.75 1.85 1.45 1.97 1.47 2.76 2.151.30 1.81 AA AA AB AB AA AB AB BBAA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AB AA BBAA NoCall AA AA BB AA AA2 100 SNP_A-1651556 rs1203690 1 13907329 1.90 2.421.56 2.16 1.87 2.89 2.34 3.88 1.57 1.55 2.17 1.90 2.051.33 1.00 1.48 1.95 1.87 1.15 1.51 1.80 1.50 2.61 1.520.86 1.33 BB AA AB AA BB NoCall AB AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AAAB AB BB BB AA AA AA2 101 SNP_A-1707834 rs4661451 1 14005868 1.69 2.261.80 2.56 1.95 2.49 1.43 2.17 1.48 1.28 4.11 1.58 3.721.99 2.23 2.67 1.98 2.15 3.56 2.24 1.79 1.54 1.18 1.511.46 0.92 BB BB BB AB BB AA AA AAAB BB AA AA AA AB BB AA AB AB AAAB AA BB AB AA NoCall AA2 102 SNP_A-1712855 rs725398 1 14049062 1.70 1.871.61 2.35 1.90 2.30 2.83 2.64 1.45 1.35 4.15 2.88 4.193.02 1.99 3.42 1.95 2.21 4.27 2.63 2.52 1.53 1.48 2.261.76 2.33 NoCall BB NoCall BB AB BB BB BBNoCall NoCall BB AA BB BB NoCall BB BB AB ABBB BB BB AB BB BB BB2 103 SNP_A-1678500 rs725397 1 14049474 1.35 2.681.31 2.08 1.90 2.30 1.74 2.44 1.55 1.40 2.66 2.05 2.811.80 0.96 2.07 1.95 1.77 1.37 1.78 2.00 1.53 1.78 1.580.97 1.57 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB BB AA AB AA AAAA AA BB AA AA AA AA2 104 SNP_A-1692682 rs10489148 1 14058786 1.26 2.121.88 2.36 1.95 2.04 1.37 2.41 1.99 1.18 2.39 1.48 1.781.67 1.25 2.07 1.96 1.32 1.80 1.66 1.22 1.54 1.78 1.470.81 1.26 AA AB AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AB AA AA AB BB AA AB AA AAAA AA BB AA AA AA AA2 105 SNP_A-1708464 rs2013482 1 14105729 2.55 2.792.65 2.46 2.00 2.52 2.20 2.77 2.54 2.33 4.25 2.17 2.852.16 1.69 2.72 1.94 1.84 1.55 2.00 1.82 1.57 2.20 2.780.88 1.93 AA NoCall AA BB BB BB NoCall BBNoCall AA AA BB BB BB BB AB AB BB ABAB BB BB NoCall AA NoCall BB2 106 SNP_A-1743411 rs4661468 1 14131865 2.22 2.011.64 2.56 2.04 2.43 3.33 2.56 1.54 1.65 3.30 2.09 3.382.55 2.00 3.14 1.95 2.19 3.40 2.32 2.13 1.56 1.99 2.741.57 2.49 AA AA AA AB AA AB NoCall AAAA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 107 SNP_A-1652320 rs10489147 1 14132269 1.24 1.391.20 2.01 2.04 1.79 1.20 2.07 1.36 0.71 4.42 2.46 3.922.15 1.47 3.37 1.95 2.11 3.80 2.84 2.07 1.56 1.60 1.141.07 1.52 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 108 SNP_A-1723776 rs1339365 1 14291712 1.71 3.251.89 1.69 2.08 2.37 2.33 5.56 2.14 1.65 1.16 2.68 1.471.70 1.25 1.84 1.92 1.40 1.80 1.58 1.52 1.56 1.94 1.701.17 1.46 AA NoCall NoCall AA AA AA AA BBNoCall AA NoCall BB NoCall NoCall NoCall BB AA ABNoCall NoCall AB AA AB AA NoCall NoCall2 109 SNP_A-1657129 rs10492980 1 14293105 1.90 2.031.47 2.55 2.08 2.25 1.88 2.70 1.35 1.25 1.23 1.62 1.331.30 1.16 1.61 1.92 2.03 2.63 1.79 1.82 1.56 1.76 1.401.43 1.65 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 110 SNP_A-1723002 rs4631686 1 14322780 2.26 5.452.02 2.75 2.16 2.91 2.34 3.19 1.98 1.93 1.49 2.81 3.062.11 1.44 2.05 1.91 1.96 2.38 2.04 2.14 1.57 2.94 2.031.56 2.25 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB BBBB AB BB BB NoCall BB AB2 111 SNP_A-1715477 rs10492981 1 14331700 2.96 3.762.22 3.36 2.16 3.64 3.66 4.41 2.65 2.76 2.10 1.34 1.592.15 1.64 2.01 1.91 1.63 1.76 1.53 2.05 1.56 3.10 2.411.57 2.43 NoCall NoCall AA BB AA BB NoCall AANoCall NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall AA NoCall NoCall AANoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 112 SNP_A-1716643 rs4662137 1 14331848 3.06 4.002.86 3.70 2.16 4.34 3.32 4.97 2.63 2.68 1.45 0.97 1.351.34 1.40 1.30 1.91 1.61 1.57 1.24 1.46 1.56 2.70 1.841.83 2.48 AA AA BB AA AB AA NoCall BBAB AA AA BB AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA ABAA NoCall AA AB NoCall AB BB2 113 SNP_A-1652992 rs6694249 1 14345660 2.41 2.902.06 2.63 2.15 2.51 4.36 4.59 1.72 2.59 2.03 2.67 2.562.56 2.30 2.47 1.91 2.05 2.02 1.79 2.41 1.56 2.63 3.271.56 3.30 BB AA BB AA AB AA NoCall BBAA AA AA BB AA AA AA NoCall AB AB ABAA NoCall AA AA AA NoCall NoCall2 114 SNP_A-1719635 rs6678924 1 14496782 1.71 2.621.62 2.63 2.02 3.29 2.60 1.96 1.84 1.40 1.19 1.61 2.171.97 1.42 1.66 1.95 1.86 2.67 1.37 1.91 1.60 1.66 1.461.96 2.11 AA NoCall AB BB AB NoCall BB AABB BB BB AB BB NoCall BB AB AA AB BBAA AB BB AA AA NoCall BB2 115 SNP_A-1693483 0 1 14549960 2.31 3.98 2.37

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data3.08 2.00 3.51 3.51 4.01 2.32 2.41 2.29 1.91 2.20 2.022.00 2.16 1.97 1.81 1.56 1.72 2.18 1.55 2.84 2.77 1.652.40 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 116 SNP_A-1707563 rs4369222 1 14550521 1.95 2.431.43 2.77 2.00 2.69 2.88 3.32 1.80 1.38 1.97 1.20 1.231.20 0.91 1.27 1.97 1.71 2.10 1.08 1.55 1.55 1.95 1.371.32 2.11 BB NoCall AA AB AB AB BB AABB BB NoCall BB AB NoCall BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 117 SNP_A-1719311 rs1934489 1 14558299 1.70 1.581.51 2.50 2.00 2.56 1.64 1.83 1.53 0.85 3.53 1.70 2.051.63 1.42 2.49 1.97 2.60 3.34 2.23 2.23 1.55 1.78 1.211.35 1.95 BB NoCall AA AB AB AB BB AABB BB AB BB AB AB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 118 SNP_A-1663158 rs6666337 1 14645660 2.43 2.782.12 3.08 1.89 3.22 2.85 4.43 1.98 1.63 2.20 1.85 2.201.87 1.87 2.14 2.09 2.19 2.69 1.98 2.28 1.63 3.05 2.161.79 2.42 BB BB BB BB AA AB BB BBBB NoCall BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB ABAB BB BB BB BB BB BB2 119 SNP_A-1701293 rs809755 1 14656311 1.74 1.881.68 2.53 1.89 2.51 2.37 2.57 1.99 1.48 3.40 1.82 2.782.34 1.59 2.79 2.10 2.30 2.42 2.48 2.38 1.63 2.21 2.201.45 2.32 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall2 120 SNP_A-1682928 rs4661513 1 14755753 1.85 1.571.64 2.75 1.87 2.70 1.93 2.28 1.59 1.32 1.56 1.15 1.380.76 0.77 0.84 2.16 1.89 2.19 1.21 1.37 1.61 2.09 1.241.27 1.36 BB AB AB BB AB AA NoCall BBAB BB NoCall BB BB NoCall BB AB AA AANoCall AA AA AA AA BB BB BB2 121 SNP_A-1683962 rs1569635 1 14788323 1.95 2.142.16 3.01 1.87 3.45 2.49 3.04 2.50 1.97 2.02 1.23 1.681.23 0.98 1.31 2.16 1.90 1.68 1.55 1.65 1.61 3.21 1.681.31 1.80 AA NoCall AB AA BB BB NoCall AAAB AA AB AA AB NoCall AA NoCall BB AB ABBB AA BB AB AA AA AA2 122 SNP_A-1726304 rs10489353 1 14885668 1.75 3.522.02 2.60 1.80 3.24 2.42 5.60 2.14 1.92 1.82 1.28 1.571.37 1.19 1.67 2.25 1.92 1.32 1.57 1.87 1.69 3.25 1.991.02 1.59 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall AB AB BB BB NoCall BB AB BBBB NoCall BB BB BB NoCall AA2 123 SNP_A-1651410 rs10489354 1 14889611 2.02 1.792.00 2.90 1.80 2.47 2.89 3.38 1.93 1.20 5.65 2.13 4.923.15 2.57 3.49 2.25 2.95 6.60 3.65 3.76 1.69 1.57 2.361.97 2.72 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA NoCall NoCall NoCall AA AA NoCall AA NoCall AAAA NoCall AA AA AA AA BB2 124 SNP_A-1705081 rs2807562 1 14979335 2.09 6.651.69 2.64 1.75 2.87 3.00 3.93 1.92 1.65 0.99 1.40 1.521.11 1.02 1.12 2.43 1.79 1.40 1.30 1.85 1.56 2.49 2.121.59 2.43 AA AA AB AA AA AA BB BBNoCall BB AA AA AA AB AA NoCall AA AA AAAA AB AA NoCall AA NoCall AB2 125 SNP_A-1758124 rs1000313 1 15150795 2.13 2.122.17 3.18 1.88 3.70 3.25 3.14 2.42 2.07 2.05 1.69 3.822.65 2.02 3.29 2.50 2.71 2.36 2.58 2.32 1.58 3.05 1.911.36 2.75 BB AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB AA AA AB AA AA AA AB AB BBAB AA AA AA BB BB AB2 126 SNP_A-1717655 rs6659639 1 15185462 1.56 3.731.80 2.05 1.89 2.27 3.23 3.89 1.99 1.76 1.20 1.61 3.281.86 1.95 1.68 2.50 2.42 2.95 1.82 2.15 1.58 2.60 2.171.33 2.66 BB BB AB BB AA NoCall AA AANoCall BB BB BB AB AB AA BB NoCall AB AABB AB BB AB AA AB AB2 127 SNP_A-1686366 rs10489453 1 15235123 1.33 2.351.17 2.18 1.91 2.11 1.54 3.38 1.41 1.06 1.56 2.09 3.011.55 1.41 2.40 2.48 1.87 1.97 1.94 2.05 1.75 1.98 1.000.90 1.27 AA AA NoCall AA BB AA AA AAAB AA AA AA AB NoCall AA AA AA AB ABAA AB AA AA BB AA BB2 128 SNP_A-1678816 rs10489452 1 15235190 1.83 2.031.66 2.58 1.91 3.00 2.07 2.54 1.67 1.29 1.58 1.88 2.921.75 1.63 2.32 2.48 2.45 2.86 2.39 2.44 1.75 2.31 1.781.91 1.83 AA AA AB AA BB AA NoCall AAAB AA AA AA AB AB AA AA AA AB ABAA AB AA AA BB AB BB2 129 SNP_A-1654121 rs10489962 1 15384887 3.0416.77 2.78 3.68 1.90 4.18 3.57 5.94 2.85 2.90 2.18 1.682.56 2.66 2.82 2.66 2.39 1.77 2.25 2.01 2.48 1.74 3.873.06 2.30 3.03 BB BB BB BB AA BBNoCall AA BB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BB BBAB BB BB NoCall BB BB BB BB NoCall2 130 SNP_A-1729516 rs742362 1 15472097 2.34 3.012.26 2.25 1.88 3.41 2.34 4.43 2.21 1.87 0.88 1.51 1.291.51 1.64 1.79 2.20 2.59 2.09 2.13 2.55 1.85 3.58 1.882.12 2.18 BB BB BB BB AA AB BB BBAB BB NoCall AB BB BB NoCall AB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB NoCall2 131 SNP_A-1665880 rs2042370 1 15587048 1.40 2.391.64 2.53 1.84 2.45 2.44 4.39 1.80 1.28 1.43 1.67 1.941.70 1.25 1.82 2.29 2.16 2.33 1.61 2.25 1.82 2.30 1.361.24 1.39 AA NoCall AB AB AA AB NoCall BBAB BB NoCall AB BB BB BB AA AB AA BBAB AA BB AA BB BB AB2 132 SNP_A-1711991 rs10492987 1 15738644 1.52 2.481.38 2.32 1.69 2.67 2.75 2.56 1.45 1.25 0.99 1.40 1.381.23 1.03 1.32 2.30 2.04 2.03 1.73 2.22 1.47 2.36 1.521.37 2.54 AA BB AB AB AB AB AB BBAB BB BB AB BB BB BB AA BB AA BBAB AB BB AA BB BB BB2 133 SNP_A-1687110 rs10489455 1 16002562 1.78 5.211.87 2.41 1.38 2.86 2.56 4.74 1.87 1.97 1.13 1.84 1.871.57 1.26 1.39 1.69 1.55 1.98 1.37 1.66 1.28 2.49 1.941.48 1.85 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 134 SNP_A-1697551 rs10489599 1 16331124 2.70 3.912.93 3.72 2.07 4.66 2.75 5.68 2.93 2.30 1.24 1.14 1.271.70 1.68 2.10 2.52 1.81 1.84 1.55 2.28 1.96 3.25 1.601.98 1.54 BB BB NoCall BB AA AB NoCall BBBB BB NoCall NoCall BB NoCall BB NoCall BB NoCall AABB NoCall BB BB BB AB BB2 135 SNP_A-1670958 rs10489597 1 16367852 1.53 2.211.17 2.22 2.07 2.08 2.10 3.27 1.47 1.22 1.52 1.71 2.371.98 1.55 2.29 2.52 1.96 2.21 2.07 1.92 1.96 2.15 1.641.09 1.79 AA AA BB AA AB NoCall NoCall AAAA AA BB AB AA AB AA BB AA AB BBAA AB AA AA AA NoCall AB2 136 SNP_A-1673750 rs650298 1 16410914 1.88 1.74

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.56 3.16 2.07 2.42 3.12 2.37 1.86 1.75 1.41 1.18 2.241.90 2.06 2.64 2.52 3.06 3.54 2.51 2.99 1.96 2.52 2.301.47 2.37 BB AB BB AB BB AB BB BBBB AA BB AB AB AB AA BB AB AB BBAB AB AA NoCall AA BB BB2 137 SNP_A-1741853 rs2076616 1 17157807 2.33 3.122.20 2.57 3.06 2.94 3.54 3.90 1.89 1.94 1.35 1.57 2.681.64 1.61 2.02 1.89 1.81 1.90 2.15 2.38 1.51 3.21 2.761.34 2.28 AA AA AA AB BB AB AANoCall BB NoCall NoCall AB AA NoCall BB NoCall AB BBAA AA AB AA NoCall NoCall NoCall AB2 138 SNP_A-1712561 rs2977313 1 17315255 0.94 2.632.08 2.94 2.75 3.29 2.07 3.75 2.45 1.77 1.12 1.28 1.261.31 1.12 1.28 1.93 1.37 1.46 1.10 1.56 1.50 2.73 1.381.23 2.44 AA AA AA AA BB NoCall AA AANoCall AA AA NoCall AA AA AA AA NoCall AA ABNoCall NoCall AA NoCall AA NoCall NoCall2 139 SNP_A-1669999 rs10492990 1 17356594 1.75 2.981.76 2.79 2.75 2.93 2.34 4.13 2.34 1.81 1.57 1.30 1.661.43 1.36 1.43 1.93 1.84 1.66 1.62 2.11 1.50 3.06 1.801.45 1.90 BB BB AA BB BB NoCall BB BBNoCall BB BB BB AA BB BB BB BB BBNoCall NoCall BB BB BB BB NoCall BB2 140 SNP_A-1674383 rs6678862 1 17490158 1.76 2.651.97 2.81 2.85 3.07 2.15 3.79 2.19 1.47 1.32 0.91 1.691.36 1.32 1.39 1.77 2.50 2.88 1.93 2.14 1.42 2.09 1.521.63 2.33 BB BB BB BB AB AA BB AAAA AA BB AB AB NoCall BB AB BB BB BBBB AB AA AB AA BB BB2 141 SNP_A-1673838 rs4311853 1 18220747 3.26 3.062.58 3.82 1.48 3.99 3.64 6.26 1.31 2.59 1.03 1.06 1.441.28 1.34 1.80 2.00 2.01 1.98 1.25 1.51 1.30 3.49 1.041.96 2.88 NoCall AB NoCall AA AA BB AB AANoCall AA BB AB BB BB BB AA BB ABNoCall AB AB AA AB NoCall BB BB2 142 SNP_A-1752247 rs223192 1 18356322 1.79 2.481.49 3.78 1.63 2.26 3.27 4.09 1.53 0.96 1.53 2.17 3.051.79 1.67 2.32 2.00 1.35 3.05 2.64 2.61 1.35 1.72 1.581.18 1.70 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB AA AB BB BB BBNoCall NoCall BB BB BB BB AB2 143 SNP_A-1744175 rs10489573 1 18430508 1.72 2.031.02 2.38 1.74 2.37 1.63 2.23 1.73 0.72 1.26 1.54 2.521.50 1.18 2.03 2.02 2.02 1.98 2.02 2.14 1.45 1.89 1.201.04 1.97 AA AA BB AB AB AB AA BBAA BB AA AA AB AA AA AB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA2 144 SNP_A-1673926 rs10492995 1 18452679 1.93 1.961.88 3.02 1.74 2.88 1.93 2.65 2.02 1.39 1.18 1.45 2.161.38 1.12 1.38 2.02 1.85 3.68 1.59 1.76 1.45 2.12 1.721.35 2.49 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB AB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB AB2 145 SNP_A-1709273 rs3007734 1 18548328 1.86 2.051.92 2.36 1.86 2.38 3.28 3.15 1.84 1.76 1.51 1.47 2.381.66 1.58 1.95 2.02 2.05 1.89 1.47 1.96 1.56 2.40 2.141.55 2.35 BB AB NoCall AB BB BB BB AABB NoCall AA AA BB BB BB BB NoCall BB BBAA AA AA BB BB NoCall BB2 146 SNP_A-1655289 rs725389 1 18627286 1.90 2.681.81 2.63 1.88 2.83 1.98 3.24 2.31 1.62 2.38 1.81 4.252.81 2.18 3.23 2.10 2.44 3.14 2.61 2.45 1.56 2.53 1.901.45 2.11 AA NoCall AA AA AA NoCall NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AA BB NoCall BB NoCall BB AA AA BB AAAA BB AA NoCall AA NoCall AA2 147 SNP_A-1728267 rs951908 1 19245141 1.58 2.581.32 3.08 2.15 2.55 2.53 2.11 1.65 1.26 1.84 1.69 2.572.38 1.74 2.60 1.93 2.71 3.96 2.38 2.41 1.59 1.72 1.711.39 2.61 BB AA AB AA BB AA AA AAAA BB BB AA AA AA AA AB AB BB AAAB BB AA AB AA NoCall AA2 148 SNP_A-1659730 rs1009806 1 19245857 1.83 2.951.65 2.47 2.15 2.87 1.83 3.69 1.73 1.58 1.34 2.13 2.202.31 1.46 2.16 1.93 1.91 2.31 2.13 1.96 1.59 2.83 1.381.17 1.47 AA AA AA BB AB AB NoCall BBBB AA AA AA AB AB BB NoCall NoCall AA AAAA AA AA AB BB NoCall AB2 149 SNP_A-1678616 rs2013249 1 19359370 1.47 2.511.52 2.93 1.87 2.95 3.49 3.31 1.44 1.15 1.73 1.60 3.082.29 1.73 2.74 1.87 1.99 1.71 1.93 2.01 1.43 2.29 1.810.83 2.12 BB AB BB AB AB AA BB AAAA BB BB AB AB AA AA AB BB BB BBBB BB BB BB AA AB AB2 150 SNP_A-1744415 rs10492998 1 19518153 2.14 3.881.94 2.75 1.66 3.47 2.56 5.61 2.13 2.14 0.87 1.00 1.100.89 0.87 0.79 2.34 1.52 1.48 1.02 1.42 1.51 2.66 1.201.90 1.70 AA AA AA AB AA AA AA AAAA AA BB AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA2 151 SNP_A-1705893 rs10489858 1 19692562 1.67 2.821.31 2.32 1.71 2.16 2.52 2.29 1.39 1.19 1.23 1.56 2.131.62 1.45 1.96 2.40 2.38 3.03 1.97 2.63 1.61 2.01 1.371.60 2.03 AA AA AA AA BB AA NoCall BBAA AA AA AA AB BB BB AA BB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 152 SNP_A-1734936 rs10489859 1 19693112 1.34 2.261.51 2.44 1.71 2.30 2.11 2.98 1.35 1.37 1.45 2.08 2.772.04 1.73 2.39 2.40 2.82 2.93 2.55 3.02 1.62 2.24 1.881.40 1.22 BB BB BB BB BB BB AB AABB BB BB BB AB AA AA BB AA BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 153 SNP_A-1739395 rs728611 1 19693813 1.56 1.551.44 2.81 1.71 2.25 1.97 2.24 1.47 0.98 1.77 1.59 2.512.24 1.83 2.76 2.40 2.45 3.65 2.45 2.29 1.62 1.78 1.031.42 2.10 BB BB BB AA BB BB AB AABB NoCall BB AB AB AA AA BB AA BB BBBB BB BB BB NoCall AB AA2 154 SNP_A-1721784 rs6669059 1 19855145 1.91 4.021.52 2.53 1.94 2.29 3.12 2.69 1.56 0.89 1.99 1.58 2.701.73 1.61 2.45 2.50 2.84 4.79 2.93 2.55 1.73 1.87 1.791.61 2.66 BB AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AB AA AA AA AA ABAA AB BB AA AA AB AA2 155 SNP_A-1755718 rs6690967 1 19928648 1.73 5.771.44 2.72 1.94 2.87 1.83 2.46 2.23 1.02 1.54 1.24 2.151.74 1.50 2.07 2.43 2.40 3.39 2.70 2.21 1.67 1.84 1.441.44 1.64 BB BB AB AA AB AA AA BBBB BB BB AB AB BB BB BB NoCall AB BBAA AB AA AA BB BB AA2 156 SNP_A-1695799 rs10492999 1 19983066 2.22 2.401.84 2.56 2.04 2.68 2.59 3.13 1.90 1.80 0.95 1.58 1.811.29 1.23 1.28 2.30 2.10 2.23 1.64 2.12 1.62 2.46 1.741.63 2.29 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 157 SNP_A-1656203 rs3738122 1 19984166 2.47 3.04

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.24 3.55 2.04 3.21 2.82 4.32 2.20 2.49 2.15 1.34 2.262.56 2.47 2.29 2.30 2.48 2.84 2.05 2.44 1.62 2.59 2.822.25 2.58 AA AA AA AB AA AA NoCall AAAA AA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall AA AB AABB NoCall BB NoCall AA AA AA2 158 SNP_A-1691286 rs719543 1 20144358 1.76 2.481.69 2.82 1.94 2.61 2.55 2.84 2.11 1.53 2.29 1.53 2.431.93 1.62 2.61 2.24 2.21 2.29 2.07 2.31 1.59 2.54 1.491.20 1.65 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB AA BB AB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 159 SNP_A-1661003 rs719542 1 20144486 1.88 2.731.81 2.52 1.94 2.77 2.05 2.81 2.01 1.61 1.37 1.76 2.321.73 1.65 2.19 2.24 1.96 1.62 1.84 1.96 1.59 2.55 1.630.95 1.69 AA AA BB AB BB AB AB BBBB AA AA AA AA AA BB AA AB AA ABAA BB AA AB BB AA AA2 160 SNP_A-1703621 rs7523307 1 20271376 2.37 3.622.03 2.69 1.90 3.17 2.98 5.74 2.99 2.21 1.07 0.97 1.341.44 1.11 1.15 2.20 1.21 1.03 1.11 1.30 1.58 3.09 1.751.06 1.74 BB BB NoCall BB AA BB BB BBBB NoCall NoCall AB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBNoCall BB BB NoCall NoCall AB NoCall2 161 SNP_A-1682690 rs10489155 1 20296514 1.34 2.811.21 2.17 1.90 2.20 1.91 3.02 1.46 1.10 1.16 1.65 2.031.54 1.11 1.70 2.20 2.14 1.41 1.89 2.48 1.58 1.88 1.471.18 2.37 AA BB AB AB AA NoCall AA BBAB BB BB BB AB BB NoCall BB AB BB AAAB AB BB BB AA BB BB2 162 SNP_A-1671610 rs10489156 1 20321208 1.67 3.151.41 2.38 1.90 2.46 2.00 2.57 1.61 1.29 1.58 2.29 2.692.44 1.75 2.66 2.20 2.84 3.35 2.61 2.58 1.58 2.20 1.811.62 2.06 AA BB AB AA AB BB AA AABB BB BB AB AA AA AA AB AB AB AAAA AA BB BB AA AA AB2 163 SNP_A-1745536 rs10489157 1 20321562 1.89 3.101.51 2.61 1.90 2.31 1.80 2.71 1.48 1.24 1.56 2.30 2.361.99 1.65 2.55 2.20 2.45 2.23 2.37 2.43 1.58 2.22 1.891.36 1.93 BB AA AB BB BB AB BB BBAA AA AA AB BB BB BB AB BB BB BBBB BB AA AA BB BB AB2 164 SNP_A-1657367 rs966366 1 20337646 1.94 2.471.63 2.65 1.90 2.65 2.85 2.93 1.76 1.41 1.01 1.35 1.551.15 1.00 1.26 2.20 2.02 2.13 1.59 1.73 1.58 2.00 1.691.76 2.49 AA BB BB AA AB BB AA BBAB NoCall BB AB AA NoCall NoCall BB BB BB AABB NoCall BB AB AA BB AB2 165 SNP_A-1691360 rs9287032 1 20338181 1.78 2.601.66 2.17 1.90 2.69 3.26 3.64 1.79 1.70 0.99 1.54 1.281.33 1.05 1.17 2.20 1.75 1.44 1.33 1.99 1.58 2.38 2.231.01 2.39 NoCall AA AA AB AA AA BB AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA BBAA AB AA AA NoCall AA AA2 166 SNP_A-1661960 rs9287033 1 20338261 1.54 2.021.67 2.77 1.90 3.03 1.87 2.51 1.83 1.24 1.17 1.48 1.531.27 1.20 1.43 2.20 2.43 2.47 1.93 2.37 1.58 2.17 1.341.94 2.90 BB AA AA AB AB AA BB AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA BBAA AB AA AA BB AA AA2 167 SNP_A-1741675 rs4233298 1 20346366 2.11 1.972.02 2.51 1.90 2.57 2.02 3.05 1.70 1.42 1.71 1.97 3.302.31 1.98 2.39 2.20 2.48 3.97 2.77 2.37 1.58 1.89 2.112.00 2.40 BB AA AA AB AA AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA BBAA NoCall AA AA NoCall AA AA2 168 SNP_A-1716543 rs4422977 1 20358369 1.48 2.111.54 2.02 1.91 2.23 2.66 3.01 2.22 1.52 1.58 1.89 3.092.06 1.38 3.05 2.18 1.95 1.93 2.41 1.86 1.58 1.96 1.971.09 2.01 AA AA AA BB BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA BB AA AA AB AAAA AA AA AB AA AA AA2 169 SNP_A-1704683 rs4520389 1 20358764 1.23 4.131.23 1.82 1.91 2.18 1.62 3.13 1.45 1.32 1.24 1.74 2.441.27 1.21 1.96 2.18 1.60 1.51 1.62 1.50 1.58 2.09 1.380.88 1.39 BB BB BB BB AB AB NoCall BBBB BB NoCall AB BB BB BB BB AA ABNoCall BB AB BB AB BB AB AB2 170 SNP_A-1737095 rs230186 1 20419114 1.46 2.521.16 1.78 1.91 1.73 2.05 3.44 1.24 1.20 1.28 2.18 2.951.68 1.37 1.72 2.17 1.82 1.91 2.01 1.91 1.60 1.71 2.011.28 2.39 AA AA AB BB AB AB BB BBNoCall NoCall BB BB AA BB BB AB BB BB ABAB BB BB BB AA NoCall AB2 171 SNP_A-1745470 rs721360 1 20517793 2.11 2.652.36 3.26 1.92 3.19 2.04 3.63 2.07 2.06 2.25 2.01 4.492.55 2.20 3.83 2.17 2.37 2.92 3.04 2.19 1.60 3.06 1.652.55 1.76 BB BB BB BB BB BB NoCall BBAB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AA BB2 172 SNP_A-1654181 rs616145 1 20607412 1.86 1.721.83 2.79 1.84 2.38 2.65 2.52 1.67 1.20 1.41 1.45 2.552.10 1.86 2.46 2.20 2.14 3.00 2.27 2.01 1.74 2.23 1.761.15 2.00 AA AB AB AB AB AB AB BBNoCall NoCall BB BB AB AA AA AB AB AB ABAB AB AA BB BB AB AB2 173 SNP_A-1757983 rs951805 1 20805662 1.76 2.071.52 2.62 1.83 2.56 2.67 2.38 1.75 1.52 1.61 2.04 3.652.20 1.59 3.02 2.35 1.93 2.47 2.20 1.96 1.89 2.25 1.871.31 2.37 NoCall NoCall AA BB AA BB NoCall BBNoCall NoCall BB AB AB NoCall BB AB AB BB ABBB BB BB AB NoCall BB AB2 174 SNP_A-1708763 rs3767237 1 20844997 1.60 1.471.26 2.41 1.83 2.00 2.45 1.68 1.18 0.78 2.11 1.98 2.422.76 1.70 3.00 2.36 2.51 5.28 3.05 2.85 1.89 1.25 1.662.10 2.37 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 175 SNP_A-1701699 rs10493001 1 20846222 2.42 3.082.29 3.45 1.83 3.53 2.35 4.65 2.44 1.69 1.53 1.65 1.731.80 1.91 2.44 2.36 2.41 2.54 2.03 2.52 1.89 2.77 2.001.81 2.29 BB BB BB BB AA BB BB BBAB NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall BB BB BB BB NoCall BB BB2 176 SNP_A-1715345 rs2320590 1 20900501 1.44 3.701.55 2.09 1.76 2.31 1.22 4.00 1.70 1.27 1.57 1.97 1.991.62 1.48 2.11 2.48 2.51 2.06 2.46 2.72 1.97 1.89 1.270.96 1.80 BB NoCall AA BB AA BB NoCall BBAA BB BB AA AB NoCall AA NoCall NoCall BB ABAB BB BB AB NoCall BB NoCall2 177 SNP_A-1699617 rs10493002 1 20958673 1.45 1.741.25 2.27 1.75 2.06 1.91 2.10 1.28 0.75 1.69 2.16 2.422.49 1.61 2.77 2.48 2.36 4.54 2.69 2.00 1.98 1.65 1.621.32 2.06 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 178 SNP_A-1746524 rs6692244 1 21142192 2.17 2.50

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.94 3.04 1.59 3.30 2.26 3.17 1.65 2.08 1.76 1.82 2.331.67 1.50 1.70 2.32 2.64 4.87 2.70 2.67 1.94 2.28 1.932.78 1.84 BB AB AA BB AA BB BB BBAA NoCall BB AB AB NoCall AA AB AB BB ABBB BB BB NoCall BB BB AB2 179 SNP_A-1675169 rs950922 1 21625374 1.80 1.740.94 2.81 2.28 2.80 2.03 0.51 1.41 1.28 1.78 1.41 2.912.36 1.62 2.96 1.96 2.37 3.51 2.28 2.34 1.77 2.15 1.661.32 2.64 BB BB AA BB AB BB AA BBAB AA BB AB BB BB BB BB AB BB BBAB BB AA BB BB BB BB2 180 SNP_A-1731929 rs1384673 1 21813565 1.10 1.081.45 2.66 2.25 2.30 1.35 1.42 1.30 1.11 1.30 1.14 2.382.19 1.12 1.94 1.93 2.69 2.89 2.27 2.63 1.77 1.89 0.920.94 2.02 AA AB AB AB AB AB BB BBBB BB AA BB BB AB AA AA AA BB BBBB BB BB BB AA AA BB2 181 SNP_A-1757353 rs10493011 1 22221122 2.04 2.821.78 2.48 2.09 2.98 1.81 3.89 1.90 1.81 1.27 1.33 1.851.30 1.47 1.57 2.19 1.90 1.29 1.78 1.87 1.55 2.81 1.851.31 1.96 BB BB BB BB BB BB AA BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 182 SNP_A-1652088 rs3920498 1 22238193 1.53 2.451.56 2.33 2.09 2.42 1.76 3.55 1.69 1.63 1.33 1.64 2.751.78 1.62 2.29 2.19 2.07 1.17 2.17 2.12 1.55 2.26 2.111.04 1.89 AA AB AA AA AA AA AA AAAB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA BB AB BB AA AA2 183 SNP_A-1644808 rs10489158 1 22245702 2.03 2.701.85 2.93 2.09 3.01 2.50 4.12 2.11 1.88 0.90 1.00 1.311.00 0.96 0.92 2.19 1.82 0.97 1.16 1.69 1.55 2.74 1.811.60 2.27 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 184 SNP_A-1693280 rs2870448 1 22270247 2.59 3.402.36 3.43 2.09 3.29 2.99 2.65 1.93 2.04 2.18 2.15 3.623.37 2.92 4.17 2.19 2.20 3.21 2.99 2.24 1.55 3.02 2.891.72 2.82 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 185 SNP_A-1649154 rs2505722 1 22287751 1.70 2.631.42 2.64 2.07 2.59 1.60 3.45 1.42 1.32 1.47 1.67 2.881.97 1.68 2.03 2.14 1.88 1.08 1.99 1.84 1.59 2.24 1.611.19 1.95 AA BB AA AB AA BB BB BBAA AA AA BB AA NoCall AA AB AB BB AAAB BB BB AA AA AA NoCall2 186 SNP_A-1749601 rs10489160 1 22318565 2.39 2.651.90 2.86 2.07 3.02 3.98 3.52 1.73 1.63 1.86 1.62 2.392.27 1.95 2.19 2.13 2.19 2.81 1.98 2.29 1.59 1.95 2.852.60 3.75 BB BB BB BB BB BB AA AABB BB BB AB BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBAB NoCall BB BB BB BB BB2 187 SNP_A-1736363 rs10493012 1 22418152 3.34 6.373.45 4.31 2.11 5.01 3.14 11.07 3.88 3.88 2.12 1.45 4.302.19 2.51 2.20 2.13 2.36 1.56 1.96 2.58 1.61 5.40 2.271.66 2.05 NoCall BB NoCall BB AA NoCall NoCall BBBB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall2 188 SNP_A-1661704 rs1320596 1 22435110 1.98 2.111.82 2.72 2.11 2.92 1.86 2.96 1.21 1.40 1.02 1.21 1.901.25 1.13 1.44 2.13 1.85 1.23 1.59 1.93 1.61 2.63 1.451.16 1.88 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 189 SNP_A-1647930 rs10493014 1 22533017 1.78 2.531.24 2.29 1.94 1.93 1.99 3.31 1.33 1.07 1.69 2.36 2.392.05 2.07 2.64 2.17 2.68 1.15 2.18 2.61 1.65 2.16 1.740.92 1.89 BB AB AB AB BB AA BB BBAA AA BB AB AA AA BB AB AA BB AAAA AB AA AB AA AB AA2 190 SNP_A-1669413 rs10493015 1 22533530 1.56 1.981.56 2.31 1.94 2.12 1.28 2.78 1.70 1.32 1.74 1.81 2.991.84 1.79 2.76 2.17 2.84 1.90 2.67 2.46 1.65 2.19 1.751.45 1.85 AA AB NoCall AB AA BB AA AABB AA AA AB AA NoCall AA AA AB AA ABBB AA BB AA AA AB AA2 191 SNP_A-1667994 rs482156 1 22656684 1.89 1.701.93 2.93 1.89 3.21 1.32 2.56 2.18 1.24 2.01 1.98 3.802.46 2.05 3.37 2.15 2.68 2.13 2.81 2.37 1.65 2.30 1.871.06 2.19 AA AB AA AB BB AA BB AAAA AA BB AA AA AA BB AA AB AA AAAA AA BB AB AA BB AB2 192 SNP_A-1729326 rs665691 1 22705660 1.58 3.411.58 2.87 1.94 3.28 2.95 3.74 1.46 1.72 1.44 1.94 2.952.18 1.95 2.59 2.12 2.18 0.94 1.71 2.30 1.58 2.21 2.690.86 2.86 NoCall BB NoCall NoCall BB AB AA AANoCall NoCall BB BB AB AB BB AB AA AB AABB AB AA NoCall AA AA AB2 193 SNP_A-1673508 rs1809834 1 22746670 1.63 3.061.54 2.15 1.94 2.39 2.20 4.57 1.39 1.54 0.74 1.00 1.300.98 0.94 0.93 2.12 1.43 0.79 1.04 1.65 1.58 2.16 1.671.12 2.07 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 194 SNP_A-1658476 rs2869513 1 22791249 2.22 2.931.71 2.52 2.08 2.69 2.52 3.48 2.03 1.92 1.21 1.53 1.691.21 1.16 1.29 2.09 2.00 1.05 1.62 2.05 1.46 2.74 2.071.39 2.31 BB NoCall AA AA AB AA AA AAAA BB BB AB AB AA AA AA AA ABNoCall BB AA BB AB BB AA AA2 195 SNP_A-1710107 rs1832047 1 23012245 1.24 2.321.56 2.03 2.28 2.11 1.05 3.04 1.78 1.12 1.37 1.80 2.611.80 1.49 2.29 2.04 1.71 1.67 2.08 1.81 1.52 2.21 1.291.20 1.58 BB NoCall AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 196 SNP_A-1708186 rs3845520 1 23047249 1.92 2.271.52 2.48 2.41 2.60 2.19 3.39 1.67 1.63 1.39 1.74 2.172.13 1.76 2.38 2.04 2.30 1.57 2.20 2.57 1.48 2.44 2.341.25 2.01 AA AB AB AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AB2 197 SNP_A-1652606 rs10489564 1 23117227 1.98 2.892.04 2.98 2.28 2.90 2.10 3.21 2.34 1.81 1.59 1.72 1.861.66 1.44 1.41 2.06 2.15 1.68 1.85 2.25 1.53 2.70 1.681.44 1.79 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 198 SNP_A-1704403 rs639802 1 23351307 1.78 1.481.83 2.85 1.73 3.00 0.82 1.91 2.16 1.16 2.21 1.92 3.262.43 2.04 3.91 2.24 2.43 2.34 3.67 2.17 1.95 2.46 1.280.95 1.35 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 199 SNP_A-1678086 rs588316 1 23377859 1.66 2.97

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.64 2.71 1.77 2.26 1.21 1.83 1.38 0.97 2.21 2.59 3.482.83 1.87 3.31 2.35 2.34 3.55 3.15 2.57 2.04 1.60 1.651.67 2.11 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 200 SNP_A-1709807 rs621262 1 23398733 2.85 3.942.46 3.55 1.77 3.88 2.01 5.81 2.70 1.91 1.63 1.38 1.731.60 1.49 2.45 2.35 2.52 2.01 1.78 2.56 2.04 2.77 1.662.08 2.07 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB BB2 201 SNP_A-1657323 rs6679217 1 23743442 2.21 4.782.15 2.93 1.04 4.07 1.34 6.58 2.96 2.11 1.01 1.11 1.621.17 1.37 1.49 1.77 2.03 1.14 1.49 1.99 1.69 3.18 1.511.34 1.42 BB NoCall BB AB AA AA NoCall BBAA AA NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AABB NoCall AA AB BB NoCall BB2 202 SNP_A-1658232 #N/A 1 24081273 2.12 3.96 2.132.84 2.00 3.19 2.79 5.93 2.00 2.46 2.45 2.14 2.93 2.953.03 3.30 2.00 2.45 2.19 2.66 3.33 2.00 3.44 3.29 1.812.54 BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBNoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB NoCall BB NoCall BB AB2 203 SNP_A-1752335 #N/A 1 24081549 2.22 2.82 2.103.11 2.00 3.58 1.75 3.31 1.60 1.67 1.21 1.31 1.93 1.410.60 1.61 2.00 2.02 1.95 2.07 2.06 2.00 2.48 1.43 1.791.54 AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AA AAAA NoCall AA AA AA AB2 204 SNP_A-1740465 #N/A 1 24081830 1.73 2.82 1.782.41 2.00 2.69 2.17 4.29 1.41 1.62 1.25 1.52 1.76 1.711.37 1.88 2.00 1.68 1.52 1.57 2.15 2.00 2.69 2.29 1.211.74 AA AA NoCall AA NoCall AA AA AA AANoCall NoCall AA AA AA NoCall AA NoCall AA AA AAAA NoCall AA AA AA AB2 205 SNP_A-1758455 rs4649175 1 24151953 1.77 3.311.79 2.23 1.69 3.17 2.86 5.22 2.17 1.69 1.35 1.36 1.671.58 1.42 1.56 1.93 1.56 0.84 1.41 1.84 1.56 2.74 2.221.09 2.38 BB AB AA AB AB NoCall BB BBAB NoCall BB BB NoCall NoCall BB NoCall NoCall ABNoCall AB AA AA BB NoCall NoCall BB2 206 SNP_A-1718217 rs4330872 1 24221676 3.29 3.522.02 3.50 1.62 3.93 1.85 6.71 2.79 1.65 1.14 1.39 1.941.19 1.13 1.73 2.04 2.01 1.93 2.03 2.34 1.54 3.26 1.632.19 1.66 BB AA AB AA AA AA AA BBAA AA BB AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 207 SNP_A-1705683 rs1416834 1 24231966 1.83 1.891.87 2.91 1.62 2.78 1.10 2.29 2.08 1.30 1.70 1.83 3.522.10 1.65 3.29 2.04 2.52 1.79 2.73 2.10 1.54 2.76 1.551.10 1.98 BB BB AA BB AB AA BB AAAA AA BB BB BB BB AA AA AB AB ABAB AB BB BB BB AB BB2 208 SNP_A-1672028 rs519782 1 24458961 2.08 2.971.55 3.18 1.54 2.88 2.64 3.83 1.84 1.58 0.96 1.16 0.970.94 1.07 1.08 2.05 2.03 1.58 1.26 1.80 1.43 2.54 1.581.84 1.90 AA NoCall NoCall AB BB AA AA AANoCall AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA NoCall NoCall2 209 SNP_A-1642591 rs10489439 1 24459702 2.07 3.832.09 3.28 1.54 3.80 1.90 5.18 2.79 2.14 1.26 1.71 1.471.34 1.32 1.23 2.05 2.29 1.20 1.89 2.03 1.43 3.31 1.971.84 2.01 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AA AA AA BB BB AA BB AB BB AAAB BB BB NoCall AA BB BB2 210 SNP_A-1715311 rs10489442 1 24494385 1.43 2.701.49 2.30 1.47 2.50 1.34 2.84 1.62 1.55 1.43 1.57 2.961.58 1.54 2.39 2.01 2.18 1.35 2.20 1.98 1.33 2.29 1.541.18 1.79 AA AB AB AB BB AA AA AANoCall AA AA AA AB NoCall AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA NoCall AB2 211 SNP_A-1726670 rs10489443 1 24495012 2.02 3.361.62 2.73 1.47 3.04 1.52 4.15 1.96 2.04 1.07 0.98 0.750.60 0.65 0.70 2.01 1.12 1.59 0.92 0.95 1.33 2.54 1.331.23 1.34 BB BB BB BB BB BB BB BBAB AA AA AA BB BB NoCall BB AB BB AAAB BB BB AB AA BB BB2 212 SNP_A-1647080 rs2361150 1 24939605 1.76 2.241.72 2.80 1.90 3.06 1.60 2.25 1.76 1.41 1.22 1.49 2.421.60 1.43 2.11 1.96 2.01 1.25 1.96 1.85 1.39 2.56 1.601.02 1.78 BB AA AA AA BB AB BB AAAA AA AA AB BB BB AA AA AB AB BBAB AA AA AB AA BB AB2 213 SNP_A-1747597 rs1006265 1 25026349 1.78 3.191.79 2.28 1.89 2.41 2.09 2.56 1.62 1.37 1.50 1.97 3.182.00 1.82 2.20 1.96 2.08 1.76 1.97 1.99 1.38 2.14 2.001.39 1.93 BB AB AA BB BB AB AA BBBB NoCall AA AA BB BB AA AA AB AA ABAB BB BB AB NoCall AB BB2 214 SNP_A-1652634 rs7536848 1 25039651 2.15 2.381.75 2.54 1.89 2.67 2.17 3.33 1.87 2.21 1.36 1.34 2.711.74 1.32 1.47 1.96 1.76 1.90 1.65 2.08 1.38 1.94 1.821.90 2.00 AA AB AB AB AB AA AA AABB BB AA AA BB AB NoCall AA AB AB BBBB BB AA AB NoCall BB AA2 215 SNP_A-1642665 rs1555220 1 25082893 1.86 1.841.74 2.57 1.89 2.89 1.34 2.25 1.95 1.25 1.23 1.77 2.281.81 1.48 2.14 1.96 2.22 1.29 1.86 1.86 1.38 2.19 1.850.94 1.96 BB BB AA BB BB BB BB BBAA BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB AA BB AB2 216 SNP_A-1676666 rs1007354 1 25083202 1.91 2.091.68 2.69 1.89 2.76 2.07 2.57 1.93 1.48 1.73 2.04 2.892.29 1.55 2.27 1.96 2.35 1.44 2.10 2.26 1.38 2.08 2.211.30 2.49 AA AA BB AA BB AA AA AABB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AA BB AA AA2 217 SNP_A-1682568 rs10489161 1 25084105 2.15 6.151.41 2.59 1.89 3.25 2.25 4.86 1.92 1.45 0.82 1.18 1.011.10 0.79 0.81 1.96 1.38 0.91 1.19 1.45 1.38 2.60 1.201.33 2.06 BB BB AA BB BB BB BB BBAA NoCall BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB AB BBBB BB BB BB AA AB AB2 218 SNP_A-1687098 rs966102 1 25148011 1.53 1.381.62 2.70 1.89 2.51 0.96 2.12 1.66 0.92 1.43 1.41 1.981.60 1.39 2.63 1.95 1.92 2.92 2.34 1.64 1.38 1.65 1.011.43 1.83 BB NoCall AA AA BB AA AA AANoCall NoCall AA AA BB AB AA AA BB AA ABAB AA AA AA NoCall AA AA2 219 SNP_A-1699127 rs443523 1 25149089 1.28 1.580.98 2.18 1.89 2.04 1.25 1.81 1.03 0.81 1.42 1.64 1.811.80 1.40 2.05 1.95 2.31 1.94 1.87 1.80 1.38 1.67 1.511.32 2.17 BB BB AA AB BB NoCall BB BBAB BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB AA NoCall BB AB BB2 220 SNP_A-1643473 #N/A 1 25369283 0.98 3.06 0.96

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.15 2.00 2.37 1.74 3.50 1.40 1.05 0.91 1.49 2.24 0.961.04 1.63 2.00 2.02 1.47 1.32 1.49 2.00 1.69 1.56 0.912.04 BB BB AB AB NoCall AB AB AB ABAB BB BB BB AB AB BB NoCall AB BB ABBB NoCall NoCall AB AB AB2 221 SNP_A-1643922 rs213628 1 25855696 2.34 3.172.46 2.79 2.51 3.24 1.94 5.41 2.30 1.92 2.32 1.58 2.202.19 2.35 2.59 2.36 2.43 2.29 2.31 2.93 1.83 2.45 2.072.26 1.92 AA NoCall AB AB AA BB NoCall AANoCall NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBAB BB AA BB NoCall NoCall AB2 222 SNP_A-1652712 rs1938404 1 26042344 1.99 2.941.94 2.61 2.53 2.99 1.94 4.53 2.19 2.23 1.02 1.23 1.701.45 1.20 1.39 2.37 1.60 1.05 1.46 1.65 1.68 2.77 2.061.01 2.21 AA AA AA AA BB AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 223 SNP_A-1708370 rs1343829 1 26043388 1.22 2.101.77 2.49 2.53 3.27 1.35 3.02 1.97 1.56 1.60 2.04 4.421.98 1.73 3.19 2.37 2.18 1.41 2.33 2.09 1.68 2.13 2.061.27 1.99 AA BB BB AB BB BB AA BBBB BB BB BB AB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB2 224 SNP_A-1669337 rs4585968 1 26219288 1.79 2.421.47 1.53 2.59 2.47 1.48 3.02 1.46 1.49 1.43 1.70 2.211.84 1.49 2.08 2.18 1.98 2.29 2.15 2.11 1.35 1.96 1.531.40 1.45 BB BB BB BB AB NoCall AA BBBB BB BB BB BB AB BB AB BB AB BBBB AB AA NoCall BB BB AA2 225 SNP_A-1671442 rs2045343 1 26485432 1.70 2.401.65 1.35 1.59 2.38 1.90 3.59 1.50 1.61 1.60 1.99 2.801.74 1.37 1.53 2.51 2.32 2.27 1.97 2.22 1.81 2.04 2.152.06 2.45 NoCall BB NoCall BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB AB2 226 SNP_A-1659484 rs10493038 1 26549830 2.05 4.172.08 1.44 1.59 2.74 1.95 8.02 2.09 1.73 1.62 1.56 1.882.49 1.68 1.96 2.50 1.61 1.17 1.57 1.86 1.81 2.98 1.641.21 1.75 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 227 SNP_A-1682432 rs10493037 1 26932787 1.97 6.062.46 1.85 1.43 3.71 2.31 11.04 2.67 2.50 1.60 0.82 1.041.83 1.45 1.60 1.87 1.59 1.38 1.50 2.09 1.73 3.37 1.571.33 1.58 BB AB BB BB AA BB BB BBBB BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB AB NoCall NoCall BB2 228 SNP_A-1716085 rs7543784 1 27322925 1.53 1.781.46 1.43 2.15 2.35 1.58 2.16 0.88 0.92 2.27 2.02 4.002.72 2.19 4.10 2.64 2.55 1.97 3.25 2.59 2.00 1.61 1.721.87 2.29 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 229 SNP_A-1715865 rs1292081 1 27655644 2.28 3.981.78 1.47 1.75 2.84 2.11 4.80 1.87 1.94 1.62 1.79 2.461.82 1.67 1.94 2.14 1.78 0.87 1.95 2.05 1.82 2.80 2.380.73 1.99 NoCall BB BB BB BB BB BB AAAB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 230 SNP_A-1674303 rs1292080 1 27656223 2.02 4.042.05 1.76 1.75 3.00 3.29 6.95 1.80 2.14 1.74 1.25 1.532.64 1.63 1.74 2.14 1.35 1.12 1.29 1.69 1.82 2.46 2.111.18 1.85 AA AA AA AA AA AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB NoCall NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 231 SNP_A-1656705 rs9438591 1 27744716 1.77 6.931.68 1.22 1.75 2.97 1.57 6.03 3.00 1.45 1.97 1.66 2.322.20 2.08 2.57 2.15 2.36 2.07 2.34 3.19 1.83 2.42 1.571.52 1.67 BB BB BB BB AA BB NoCall BBNoCall BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 232 SNP_A-1682466 rs490149 1 28056134 2.28 2.221.95 3.04 1.67 3.27 2.36 3.62 1.86 1.40 1.44 1.87 2.832.66 2.24 2.83 2.10 2.94 3.45 2.48 3.58 1.91 2.09 2.982.24 2.76 BB AA BB NoCall AA BB AA AAAA BB BB AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA AAAB NoCall AA AA AA AA AA2 233 SNP_A-1686796 rs3767303 1 28247792 1.38 2.771.29 1.64 1.67 2.09 0.77 4.56 1.70 1.19 1.87 2.26 4.142.52 1.80 3.30 2.07 1.48 1.43 2.54 1.75 1.86 2.07 1.500.82 1.31 BB BB BB BB BB BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 234 SNP_A-1706505 rs10494394 1 28292480 1.48 2.281.29 1.67 1.67 2.46 1.64 2.91 1.66 1.42 1.09 1.33 2.111.83 1.41 2.24 2.06 1.60 1.13 1.80 1.88 1.85 2.02 1.620.96 1.74 AA AA AA AA BB NoCall AA AANoCall NoCall NoCall AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 235 SNP_A-1748629 rs595725 1 28993331 2.07 2.971.71 2.18 1.74 3.01 2.71 3.88 1.82 2.29 1.71 2.34 3.262.17 1.82 2.75 2.47 2.47 0.95 2.19 3.11 1.74 3.21 2.280.99 1.65 BB AB AB BB AB AB NoCall BBAA BB AA BB AB AA AA AB AB AANoCall NoCall AA AA AB AA AA NoCall2 236 SNP_A-1746747 rs957634 1 29119625 1.52 2.021.20 1.69 1.95 2.20 1.88 2.21 1.43 1.11 1.43 1.70 2.151.68 1.53 2.26 2.58 2.37 1.86 2.06 2.06 1.68 1.83 1.411.10 1.62 NoCall BB BB NoCall BB BB BB BBNoCall BB BB BB AB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB NoCall BB2 237 SNP_A-1698551 rs553253 1 29266130 2.93 2.951.98 2.24 1.82 3.19 3.55 4.31 1.87 2.34 1.82 1.27 2.582.70 2.43 2.21 2.43 2.42 2.31 2.59 2.44 1.55 2.86 2.711.80 2.62 NoCall NoCall NoCall NoCall BB AA AA AANoCall NoCall NoCall AB AB AA AA NoCall AA AANoCall AA AB BB AA NoCall NoCall NoCall2 238 SNP_A-1667230 rs2319404 1 29441503 1.68 3.271.56 1.93 1.83 2.44 2.15 2.82 1.28 1.12 1.48 1.82 3.461.87 1.59 2.64 2.49 1.90 1.45 2.24 2.34 1.55 2.17 1.641.12 2.05 AA AA AA NoCall AB NoCall AB AABB BB AA AA AB AA AA AA AB AB ABAA AA BB AA AA AA AB2 239 SNP_A-1687944 rs873654 1 29498977 1.85 2.341.67 1.96 1.83 3.00 1.67 2.66 1.94 1.19 1.08 1.60 2.801.32 0.94 1.80 2.38 2.13 1.38 2.35 2.10 1.51 2.77 1.201.31 1.29 BB AB BB AB AB BB BB AAAA AA BB AB AB AB AA AB NoCall AB AABB BB BB BB AA BB BB2 240 SNP_A-1707251 rs761429 1 29499208 1.92 2.481.43 1.90 1.83 2.52 2.12 2.67 1.69 1.19 1.29 1.85 2.431.53 1.17 1.73 2.38 1.98 1.74 2.17 2.32 1.51 2.39 1.641.37 1.70 BB AB BB AB AB BB NoCall AAAA NoCall BB AB AB AB AA AB AB AB AABB BB BB BB NoCall BB AA2 241 SNP_A-1662498 rs761430 1 29499390 1.81 2.07

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.65 1.92 1.83 2.48 2.75 2.95 1.60 1.69 1.57 1.93 2.811.86 1.51 2.00 2.38 1.96 1.49 2.04 2.15 1.51 2.05 2.091.62 2.51 NoCall AB AA AB AA AA NoCall BBBB BB AA AB NoCall BB NoCall NoCall AB NoCallNoCall AA AA BB AA NoCall AA AA2 242 SNP_A-1655113 rs271306 1 29751757 1.71 2.381.45 1.99 1.99 2.28 1.87 1.78 1.92 1.28 1.60 2.13 2.392.13 1.71 2.77 2.31 2.10 1.83 2.52 1.57 1.67 1.86 1.231.17 1.87 BB BB BB BB BB BB BB AABB BB BB BB AB BB BB AB BB AB BBBB NoCall AA BB NoCall BB BB2 243 SNP_A-1734846 rs446335 1 29796199 2.09 2.101.99 2.40 2.11 3.19 3.27 3.04 2.33 2.01 1.75 1.98 3.332.68 2.02 2.89 2.24 2.40 1.98 2.21 2.59 1.73 2.23 2.291.59 2.88 AA BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB AB BB BB BBAA BB AA BB AA BB BB2 244 SNP_A-1718525 rs1441835 1 29841728 2.36 2.062.33 2.78 2.11 2.98 3.35 3.10 1.83 2.36 1.52 1.42 2.061.81 1.69 2.18 2.24 2.04 2.09 2.01 2.07 1.73 2.77 2.112.00 2.34 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA BB2 245 SNP_A-1681918 rs894219 1 29852552 1.24 2.011.05 1.37 2.11 2.19 3.34 3.08 1.09 1.09 1.40 1.43 2.102.22 1.75 2.20 2.24 1.52 1.01 1.40 2.00 1.73 1.43 1.630.89 1.72 BB AA AA BB AA BB BB BBBB BB AA NoCall BB AA BB NoCall AB AB ABAA BB BB AA BB BB AA2 246 SNP_A-1717957 rs1074073 1 29956103 1.87 1.641.74 2.18 2.13 2.53 2.06 2.28 1.61 1.49 2.24 2.16 4.452.93 2.20 3.53 2.22 2.21 3.43 2.91 2.41 1.70 1.77 1.781.83 2.74 AA NoCall AB AA AB AB NoCall AABB BB BB AB AB AB BB BB AB AB BBAA AA BB AA NoCall AB BB2 247 SNP_A-1740603 rs409914 1 30157433 1.63 2.621.30 1.68 2.39 2.04 2.25 3.44 1.89 1.37 1.26 2.07 2.491.49 1.23 1.94 2.41 1.74 1.01 1.81 2.17 1.84 1.62 1.690.87 2.03 BB AA AB BB AB BB BB BBNoCall BB BB AB AB BB BB BB BB BB BBAB AB BB AB BB AB AB2 248 SNP_A-1689919 rs267661 1 30210284 3.35 2.952.30 2.42 2.41 2.75 4.89 7.03 1.66 2.25 2.56 2.42 3.123.70 2.88 2.70 2.39 1.97 2.44 1.90 2.84 1.76 1.85 4.553.23 4.03 BB AA AA AA AA AA AB BBAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall BB AB ABAA AA AA AB AA NoCall AA2 249 SNP_A-1671046 rs722377 1 30265653 1.95 1.821.57 2.08 2.41 2.93 2.91 2.50 1.66 1.54 1.54 1.88 3.462.10 1.73 2.87 2.39 2.33 1.58 2.05 2.32 1.76 2.09 1.941.38 2.09 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 250 SNP_A-1707381 rs10493043 1 30315079 1.56 2.751.47 1.75 2.19 2.33 2.18 4.34 1.52 1.55 1.42 2.30 2.731.97 1.84 2.29 2.25 2.38 1.27 2.21 2.54 1.65 2.23 2.651.10 2.12 AA AB AB AB AB AA AA AAAA BB AA AB AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 251 SNP_A-1738252 rs6684063 1 30368433 1.53 2.421.61 2.04 2.18 2.43 1.16 4.23 1.47 1.10 1.56 2.94 5.602.25 1.81 3.62 2.24 2.02 1.39 2.33 1.99 1.65 2.54 1.450.80 1.05 AA AA NoCall AA BB AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB NoCall AA AA AA NoCall AA AA AA AA AAAB AA AA AA BB AA NoCall2 252 SNP_A-1723916 rs10489163 1 30561519 1.39 2.911.38 1.82 1.87 2.88 2.27 3.90 1.97 1.31 1.23 1.59 2.041.72 1.45 1.73 1.93 1.61 0.75 1.53 1.51 2.30 2.09 1.400.76 1.72 BB AA AA AA AA NoCall AA AANoCall BB AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA BB AA AB2 253 SNP_A-1652570 rs728337 1 30562634 1.77 2.401.60 1.77 1.87 2.60 2.13 3.28 1.55 1.52 1.47 1.53 3.232.11 1.46 2.65 1.93 1.88 1.62 1.96 1.98 2.30 2.24 1.771.10 1.98 AA NoCall AA AB BB NoCall AB AAAA AA BB AB AA AA AA AA BB AA AAAB BB BB NoCall AA AB AB2 254 SNP_A-1758329 rs924268 1 30697094 1.60 1.861.37 2.00 1.69 2.43 2.27 2.09 1.44 1.90 1.10 1.25 1.571.48 1.14 1.59 2.08 2.08 1.53 1.68 1.88 2.11 1.92 1.471.00 1.61 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 255 SNP_A-1684298 rs924266 1 30697376 1.40 2.421.42 1.76 1.69 2.06 2.68 3.00 1.34 1.85 1.17 1.60 1.731.69 1.77 1.56 2.08 1.96 1.37 1.57 1.96 2.11 1.98 1.730.84 2.13 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB AA BB BB BB BB2 256 SNP_A-1740303 rs3104437 1 30713190 2.32 4.632.07 2.51 1.69 2.77 3.09 3.58 2.22 3.36 1.84 1.53 2.551.97 2.01 2.20 2.08 2.12 1.92 2.24 2.13 2.11 2.66 1.841.56 1.99 AA AA AA NoCall BB AA NoCall AAAA BB AA AA AA NoCall AA AA AA AB AAAA AA BB AA AA AB AB2 257 SNP_A-1684602 rs1188414 1 30769022 1.55 2.891.62 2.03 1.74 2.63 2.05 4.21 1.85 2.60 1.54 1.96 2.221.67 1.50 1.59 2.13 2.50 1.82 2.07 2.20 2.12 2.72 1.821.65 2.01 AA AB AB AB BB AA BB AAAA AA NoCall BB BB AA NoCall BB AB BB ABAA BB AA AA BB AB BB2 258 SNP_A-1659931 rs724512 1 30816951 1.86 1.511.68 2.46 1.77 2.94 2.36 3.24 1.85 2.71 1.94 2.17 2.822.58 2.01 3.92 2.18 2.30 2.99 2.80 2.11 2.27 1.86 1.531.74 2.12 BB AA BB BB AB NoCall BB BBBB AA BB AA AB BB BB AA BB AB ABAB BB AA BB BB BB AB2 259 SNP_A-1659190 rs1920423 1 30820312 1.42 2.241.63 1.87 1.77 2.46 2.60 3.31 1.62 2.21 1.18 2.12 2.571.65 1.31 1.99 2.18 2.23 1.46 1.90 2.41 2.27 2.45 1.511.16 1.99 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 260 SNP_A-1712645 rs2700541 1 30820412 1.87 2.101.68 2.64 1.77 3.67 2.71 2.94 1.56 2.15 1.48 2.11 2.551.46 1.29 2.01 2.18 2.20 2.26 1.95 2.63 2.27 2.22 1.881.88 2.59 BB AA AA NoCall BB NoCall AB AAAA AA AA AA AB BB BB AA AB AB AAAB BB AA AA BB BB AA2 261 SNP_A-1676740 rs1408151 1 30820545 1.66 2.401.82 2.01 1.77 2.96 2.56 2.98 1.83 2.38 1.13 1.91 2.401.24 1.11 1.42 2.18 2.38 1.63 1.75 2.25 2.27 2.31 1.731.56 2.25 BB BB AA AB AB BB NoCall AANoCall BB AA BB BB BB BB BB AB BB ABBB BB BB AB BB BB BB2 262 SNP_A-1709885 rs1188390 1 30820593 1.61 2.00

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.51 1.82 1.77 2.64 2.03 3.12 1.72 2.32 0.87 1.75 2.201.09 1.00 1.22 2.18 2.24 1.04 1.70 2.21 2.27 2.67 1.730.99 2.12 AA BB AA AA AB AB AA AAAA BB AA BB AB AA AA BB AA AB ABAB AA BB AB AA AA AB2 263 SNP_A-1749045 rs4551635 1 30980511 1.81 1.971.96 2.34 1.78 2.46 2.08 2.94 1.88 2.10 1.81 1.80 3.072.10 1.80 2.35 2.33 2.91 2.94 2.72 2.76 2.45 2.11 1.951.85 2.72 AA NoCall AA AA BB AB NoCall AAAB AB AA AA AA AB BB NoCall AA AB AAAB AB AA AB BB AA AA2 264 SNP_A-1697577 rs7539952 1 31418408 1.99 2.752.41 2.28 1.81 3.03 3.31 4.37 1.91 3.07 2.27 1.43 2.542.67 2.46 2.17 2.05 2.07 2.39 2.35 2.89 1.70 2.73 2.761.94 2.87 AA AA NoCall AA AA AB AA AABB AA NoCall AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA AAAB AA AA NoCall AA AA NoCall2 265 SNP_A-1655991 rs1995585 1 31524567 1.71 3.591.55 1.84 1.80 2.48 2.73 4.41 1.94 2.40 1.05 0.96 1.161.11 0.81 0.93 2.05 1.26 0.89 1.20 1.22 1.69 2.27 1.240.97 1.38 BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBAB AB BB BB BB AB BB2 266 SNP_A-1750225 rs10493048 1 31662963 2.05 2.962.03 2.25 1.63 2.74 3.09 4.22 1.94 3.16 1.72 1.96 2.151.98 1.76 2.08 2.14 2.25 1.84 1.93 2.30 1.65 2.53 2.311.85 2.19 AA AA NoCall NoCall BB AA AA AAAA AA NoCall AB AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA NoCall NoCall AA AB2 267 SNP_A-1682872 rs10493049 1 31837972 1.89 2.151.72 2.24 1.46 3.16 2.18 3.38 1.89 2.52 1.42 1.02 2.471.26 1.20 1.60 2.41 2.10 2.11 2.05 1.65 1.71 1.90 1.141.93 1.65 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AB AA AB AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 268 SNP_A-1656045 rs1338384 1 32556944 1.90 1.861.48 2.27 1.64 2.74 1.96 2.13 1.67 2.26 1.22 1.14 2.121.62 1.39 1.99 1.89 1.88 2.17 1.97 1.87 1.32 2.53 1.231.15 1.83 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 269 SNP_A-1677842 rs10493051 1 32558316 1.06 2.801.63 2.07 1.73 2.61 1.82 3.24 1.83 2.57 0.83 1.02 1.280.89 0.72 0.64 2.00 1.80 1.44 1.34 1.66 1.45 2.63 1.251.56 1.99 AA BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB AB BB BB NoCall AA BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 270 SNP_A-1742207 rs1320511 1 32807698 2.03 5.272.12 2.08 1.63 2.87 3.08 3.73 2.01 2.93 1.61 1.54 2.301.84 2.01 1.96 2.01 1.99 1.94 2.27 2.05 1.49 3.39 2.281.56 2.41 BB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BBBB BB BB BB AB BB NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB NoCall NoCall BB BB2 271 SNP_A-1697020 rs360511 1 32815594 1.43 1.811.40 1.96 1.71 2.21 1.42 2.24 1.44 2.00 1.69 1.99 3.482.10 1.70 3.10 2.13 2.25 1.84 2.76 1.98 1.64 2.21 1.471.08 1.25 AA AA AB AA BB NoCall AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 272 SNP_A-1689462 rs6686546 1 33353826 1.32 2.411.37 1.81 1.46 2.21 1.31 3.59 1.36 1.74 2.03 1.33 1.771.12 0.84 1.36 1.86 1.55 0.86 1.49 1.44 2.66 2.13 1.030.64 1.25 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 273 SNP_A-1721411 rs1566231 1 33382223 1.80 2.041.56 2.18 1.46 2.66 2.43 2.54 1.71 2.39 2.50 1.27 1.681.34 0.70 1.52 1.87 2.24 1.66 1.92 2.18 2.66 2.24 1.661.40 2.42 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBAB BB BB BB AB BB AA AB AB AB BBAB BB BB BB BB BB BB2 274 SNP_A-1730889 rs2641957 1 33650111 1.58 1.642.12 2.17 1.72 2.64 2.56 2.01 1.58 1.01 3.08 1.39 2.511.74 1.47 2.26 1.94 2.19 1.67 2.00 2.19 1.47 2.07 1.521.08 2.25 AA BB BB AA AB NoCall BB BBAB BB BB AA AB BB BB AB AB AB ABAB AB BB AB AA BB AB2 275 SNP_A-1725694 rs721306 1 33720529 2.21 1.662.98 2.35 1.67 3.20 1.65 3.02 1.81 2.71 3.35 1.75 2.431.71 1.73 2.31 2.06 2.30 2.20 2.56 2.05 1.51 2.21 1.841.28 1.98 BB BB BB AA AB BB NoCall AAAA AA AA AB AB AB AA AB BB AB AABB AB BB NoCall AA AB AB2 276 SNP_A-1757904 rs2131774 1 33737816 2.05 2.072.94 2.85 1.67 3.41 3.46 2.08 2.31 3.47 3.47 1.75 3.342.82 2.52 2.66 2.06 2.13 2.30 2.56 2.09 1.51 3.31 2.311.67 2.68 NoCall AA NoCall AA AA AA NoCallNoCall AB BB AB AB BB NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall BB AB BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 277 SNP_A-1662078 rs3754063 1 33818167 1.31 1.881.63 1.81 1.75 1.96 1.17 2.70 1.42 1.46 3.07 2.23 3.261.87 1.62 2.75 2.07 1.49 1.62 1.95 1.47 1.53 1.73 1.180.89 1.37 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 278 SNP_A-1653240 rs1036756 1 33822539 1.42 3.191.90 1.64 1.75 2.28 1.88 3.45 1.52 2.02 2.59 2.47 2.541.68 1.40 2.07 2.07 1.60 0.98 1.75 1.61 1.53 2.41 1.800.84 1.86 AA AA BB AB BB AB AA AAAA AB AA AA AA AB AA BB AB AB AAAA AB AA AA AA AA AB2 279 SNP_A-1719419 rs508796 1 33866151 1.81 2.231.93 1.83 1.75 2.31 1.73 2.37 1.63 1.77 2.84 1.75 2.221.70 1.22 1.79 2.07 2.34 2.12 1.85 2.52 1.53 1.76 1.471.60 2.48 BB BB AA AA BB AA AA AAAA AA AB AB AB AA AA AA AB AB ABBB AB BB AB AA AB BB2 280 SNP_A-1737515 rs512332 1 33876026 1.60 2.623.65 3.04 1.75 4.10 2.12 4.16 2.65 3.35 1.97 1.52 1.991.31 1.41 1.61 2.07 1.84 1.32 1.70 1.73 1.53 3.15 1.641.14 1.68 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB NoCall BB BBBB AB BB BB NoCall BB BB2 281 SNP_A-1666422 rs513049 1 33876072 1.71 3.402.35 1.94 1.75 2.85 3.29 6.15 2.12 2.76 1.77 2.05 1.971.48 1.18 1.41 2.07 1.65 0.98 1.29 1.61 1.53 2.69 1.761.26 2.01 AA AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB NoCall BB BB BB BB BBNoCall BB NoCall AA BB BB NoCall AB2 282 SNP_A-1697314 rs4393118 1 33877235 2.14 2.872.76 2.40 1.75 3.21 3.66 3.92 2.17 3.51 1.73 1.68 1.791.66 1.53 1.66 2.07 1.51 1.16 1.22 1.74 1.53 2.89 2.451.55 2.33 AA AB AA BB AA BB NoCall AABB BB NoCall AB AA NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall AA NoCall AA BB BB NoCall BB2 283 SNP_A-1745630 rs490109 1 33890903 1.87 4.50

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.11 1.72 1.75 2.61 2.14 3.94 1.55 2.42 2.88 2.27 2.291.78 1.62 2.29 2.07 2.48 1.88 2.41 2.52 1.53 2.57 2.211.42 2.25 AA AA AB AB BB AA AA AABB AB AB AA AA AA AA AA AA AB AAAB AA AA AA AA AA AA2 284 SNP_A-1667434 rs770410 1 33891417 1.80 3.062.09 1.75 1.75 2.36 2.43 3.65 1.47 2.33 2.56 1.93 1.601.32 1.09 1.42 2.07 1.75 1.29 1.51 2.07 1.53 2.30 1.371.05 1.94 AA NoCall NoCall AA BB AA AA AAAB AB NoCall AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA AB AAAB AA AA AA NoCall AA AA2 285 SNP_A-1650328 rs1348174 1 33898223 1.78 2.382.67 2.15 1.75 2.91 1.38 3.34 2.35 3.10 2.55 1.63 2.341.35 1.07 1.72 2.07 1.57 1.46 2.07 1.85 1.53 2.67 1.091.69 1.14 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AB BB AB BB AA BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 286 SNP_A-1654891 rs570915 1 33898294 2.19 2.102.36 2.17 1.75 2.87 1.99 2.92 1.54 2.64 2.15 1.50 1.531.39 1.10 1.40 2.07 2.02 1.73 1.69 2.16 1.53 2.72 1.481.52 1.85 BB BB AB BB BB BB BB BBAB AB AB AB BB BB BB BB BB AB BBAB BB BB BB BB BB BB2 287 SNP_A-1678122 rs1372279 1 33902484 1.88 1.882.22 2.06 1.73 2.88 1.88 2.08 1.75 2.54 3.16 2.06 1.891.90 1.26 2.24 2.08 2.32 1.51 2.12 2.04 1.54 2.19 1.561.07 2.39 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 288 SNP_A-1671690 rs502585 1 33910036 1.31 1.921.74 1.64 1.73 2.24 1.09 2.63 1.18 1.84 3.25 2.46 3.981.90 1.18 2.61 2.08 2.11 1.87 2.11 1.84 1.54 1.86 1.441.45 1.80 AA AA NoCall AA BB AA AA AANoCall NoCall NoCall AA AA AA NoCall AA AA NoCall AAAB AA AA AA AA AA AA2 289 SNP_A-1704069 rs1441523 1 33919539 1.82 2.502.07 2.07 1.73 2.57 2.26 2.95 1.80 2.10 2.51 1.48 1.991.19 1.11 1.56 2.12 2.24 1.59 1.82 1.75 1.55 2.28 1.481.35 1.85 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 290 SNP_A-1659208 rs3845476 1 33952987 1.88 2.572.18 1.96 1.73 2.43 2.91 2.72 1.62 2.43 1.71 2.03 1.680.99 0.82 0.96 2.12 2.26 0.93 1.36 2.23 1.55 2.15 1.790.99 1.96 AA AB AB AB BB AB NoCall AAAA AB AA AA AB AA BB AA AB AA AAAA AB AA AB AA BB AB2 291 SNP_A-1643401 rs3842834 1 33953211 1.91 2.612.57 2.03 1.73 2.63 1.79 3.37 1.91 2.50 2.27 2.31 2.971.21 1.11 1.59 2.12 2.46 1.98 1.96 2.08 1.55 2.55 1.721.26 2.00 BB AB AB AB BB AB AB BBBB AB BB BB AB BB NoCall BB AB BB BBBB AB BB AB BB AA AB2 292 SNP_A-1660463 rs2358509 1 33955677 1.75 2.152.28 2.05 1.73 2.35 2.72 2.70 1.53 2.51 3.66 2.32 4.313.10 1.97 3.15 2.12 2.49 3.47 2.55 2.43 1.55 1.81 1.992.42 2.58 AA AB AB AB BB AB NoCall AAAA AB AA AA AB AA BB AA AB AA AAAA AB AA AB AA BB BB2 293 SNP_A-1726508 rs3845477 1 33960929 2.05 3.872.68 2.05 1.73 2.70 2.13 3.67 1.94 2.80 1.58 1.39 1.540.91 0.85 0.99 2.12 1.74 1.10 1.27 1.60 1.55 2.76 1.380.91 1.90 BB NoCall NoCall NoCall BB AB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB BB BB AB BB AA BB AB BB BBBB AB BB AB BB AA AB2 294 SNP_A-1706077 rs4396092 1 34002026 2.10 2.612.42 2.14 1.70 3.12 2.23 3.24 1.77 2.40 3.42 2.22 2.482.16 2.04 2.47 2.12 2.10 1.85 2.06 2.42 1.55 2.48 1.781.11 2.43 BB AB BB BB BB AA AB BBBB BB BB BB AB BB AA BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 295 SNP_A-1672650 rs10489915 1 34066036 2.83 3.253.25 2.45 1.73 3.40 4.67 4.59 2.26 4.27 2.63 1.90 2.262.71 2.53 2.31 2.20 1.86 1.40 1.69 2.44 1.60 3.17 3.052.10 2.96 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA NoCall AA AA NoCall AA AA AA AA ABAA NoCall AA AA NoCall AA AB2 296 SNP_A-1731731 rs6701264 1 34168985 1.85 2.862.32 1.95 1.85 2.25 3.43 4.58 1.60 2.37 2.53 2.17 1.722.28 1.41 2.02 2.26 2.12 2.63 1.76 2.22 1.67 2.03 2.101.91 2.47 NoCall AB NoCall BB BB BB AB AABB BB BB AA BB NoCall NoCall BB AB BB BBBB BB BB NoCall BB AB AB2 297 SNP_A-1680196 rs1382600 1 34243784 1.63 2.422.35 1.85 1.92 2.49 1.57 2.82 2.08 1.89 3.28 2.04 2.641.84 1.38 2.55 2.19 2.04 1.55 2.17 1.79 1.71 1.88 1.260.69 1.49 AA NoCall NoCall AB AB AA BB AANoCall AB AB AA AB AB AA AB AA AB AAAB AA AA BB BB NoCall AB2 298 SNP_A-1664780 rs1382601 1 34243934 2.19 1.942.61 1.94 1.92 2.71 1.88 2.60 1.85 2.26 4.12 2.21 3.252.29 1.56 2.96 2.19 2.34 2.61 2.66 2.15 1.71 1.71 1.761.53 2.34 BB AA AB AA BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 299 SNP_A-1673476 rs1065965 1 34251725 1.71 1.721.70 2.07 1.92 2.11 2.61 2.11 1.47 1.83 4.17 1.94 2.182.26 1.76 2.72 2.19 2.52 2.56 2.34 2.26 1.71 1.40 1.641.44 1.77 AA NoCall AB NoCall AB AA BB AANoCall NoCall NoCall AA AB AB AA AB AA AB AAAB AA AA BB BB AB AB2 300 SNP_A-1668074 rs10493055 1 34295433 1.26 1.642.45 2.51 1.86 2.31 1.64 3.38 1.50 1.46 3.98 1.52 4.282.92 1.72 3.37 2.20 3.41 3.48 3.65 2.66 1.72 1.42 1.963.21 2.04 AA AA AA BB BB AA AB BBAA AA AB AB AB AA AA AA BB NoCall ABNoCall AA BB AA AA NoCall AA2 301 SNP_A-1661175 rs1771363 1 34328702 2.82 3.172.80 2.23 1.79 3.09 3.00 4.50 2.34 3.14 1.75 1.14 1.431.23 1.22 1.42 2.20 1.60 1.05 1.31 1.59 1.71 2.65 1.811.62 2.16 AA BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB NoCall NoCall AA BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 302 SNP_A-1744207 rs722652 1 34329262 1.64 2.032.23 1.90 1.79 2.87 1.65 3.01 1.79 2.40 3.10 1.93 2.721.91 1.77 2.67 2.20 1.92 1.55 2.00 1.95 1.71 2.17 1.640.97 1.63 BB NoCall NoCall AA AB AA AA AAAA AA AA AB AA AB AA BB AA BB ABAA AB AA AA AA AB AA2 303 SNP_A-1725614 rs899379 1 34329391 1.82 1.422.53 2.38 1.79 2.63 2.51 1.43 1.77 2.56 3.47 1.27 2.602.36 1.71 3.12 2.20 2.14 2.03 1.87 1.79 1.71 1.77 1.721.38 2.44 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 304 SNP_A-1697653 rs719769 1 34349412 1.47 1.81

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.65 1.55 1.82 2.06 1.44 2.69 1.66 1.55 3.03 1.84 2.521.74 1.28 2.14 2.19 1.43 1.21 1.90 1.41 1.75 1.97 1.250.91 1.80 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB AB BB AB BB BB AB AB BB ABBB BB BB AB BB BB BB2 305 SNP_A-1649902 rs10493056 1 34423437 1.67 1.911.90 1.13 1.84 2.24 1.98 2.81 1.59 2.12 2.63 2.34 2.141.69 1.36 1.85 2.16 2.00 1.41 1.90 2.29 1.72 1.92 1.790.76 2.28 AA BB NoCall AA AB AA AA AANoCall AB AA AA AA AB AA AA AB AB AAAB AA BB AA AA AA AB2 306 SNP_A-1677866 rs4653014 1 34424289 1.69 1.622.19 2.04 1.84 2.61 1.41 2.52 1.57 1.59 2.82 2.54 2.671.72 1.15 2.22 2.16 2.17 2.60 2.29 1.95 1.72 2.01 1.261.36 1.33 AA BB AB AA AA AA AA AAAB AB AA AA AA AB AA AA AB AB AAAB AA BB AA AA AA AB2 307 SNP_A-1705109 rs4653036 1 34585214 3.25 2.983.43 3.01 1.79 3.32 5.11 5.22 1.86 3.05 2.62 1.77 2.082.64 2.39 2.35 2.11 2.20 2.11 1.84 2.15 1.65 3.77 3.182.74 3.15 BB AB NoCall NoCall AA AA NoCall BBAB AB AA AB AB NoCall AA NoCall AB AA ABBB AB AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 308 SNP_A-1722070 rs2075933 1 34590168 1.34 9.162.05 1.73 1.79 2.22 1.85 3.13 2.09 1.73 3.80 2.02 3.131.85 1.52 2.51 2.11 2.10 1.79 2.01 2.17 1.65 1.92 1.270.96 1.80 AA NoCall BB BB AA BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB BB NoCall BB BBBB NoCall BB AA AA AB AB2 309 SNP_A-1655257 rs798076 1 34605661 1.78 2.191.99 1.52 1.81 2.78 2.70 1.93 1.61 2.08 3.81 2.32 3.072.18 1.56 2.19 2.16 2.61 2.89 1.77 2.19 1.68 1.73 1.742.41 2.80 AA AA AB BB BB AA AA BBAB AB AA AB AB AB AA AB AA AB ABBB AA AA AA AA AA AA2 310 SNP_A-1684308 rs798075 1 34606085 1.83 2.332.30 1.97 1.81 2.65 3.10 2.66 1.43 2.85 2.78 2.38 3.151.92 1.79 2.05 2.16 2.23 2.12 2.03 2.27 1.68 1.90 2.601.79 2.90 BB AA BB BB BB BB NoCall BBAB NoCall AB BB AB BB NoCall BB AB AB BBBB AB BB AA AA AB AA2 311 SNP_A-1645486 rs798074 1 34606445 1.97 2.082.26 1.99 1.81 2.65 2.13 2.99 1.84 2.64 2.87 1.86 2.691.48 1.39 2.02 2.16 1.84 1.90 1.91 1.58 1.68 2.09 1.941.49 1.96 BB NoCall BB BB AB BB NoCall BBNoCall AB AB BB AB BB NoCall BB AB AB BBBB NoCall BB BB BB NoCall AB2 312 SNP_A-1661874 rs719355 1 34628978 1.83 2.402.12 2.06 1.81 2.05 2.30 2.40 1.58 2.23 4.05 2.62 2.452.29 1.90 3.03 2.16 1.94 1.88 2.29 1.75 1.67 1.80 2.081.22 2.30 AA AA AB AA AA BB AA BBAA AA AA AB AB NoCall AA AB NoCall AA AAAA AB BB NoCall AA NoCall AA2 313 SNP_A-1648172 rs6425904 1 34763964 1.60 1.831.94 1.83 2.04 2.26 2.30 2.19 1.44 1.91 3.26 1.86 2.341.97 1.49 2.24 2.12 2.33 1.58 2.13 2.42 1.68 1.64 1.251.10 2.06 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AB AB AB BB BB AB BB BB BBAB BB BB NoCall BB BB AB2 314 SNP_A-1691032 rs10493062 1 34796031 1.42 2.352.25 2.10 2.04 3.03 1.96 2.94 1.88 2.24 2.97 1.57 2.121.56 1.41 2.04 2.11 1.80 1.09 1.93 1.87 1.68 1.98 1.780.92 1.83 AA AA AB AB BB BB AA BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AB AA AA AA AB AA AA AA AA BBAA AA AA AA AA NoCall AB2 315 SNP_A-1756659 rs10493063 1 34833485 1.99 2.812.61 2.01 2.05 2.97 2.51 3.40 1.79 2.91 2.43 1.85 2.621.40 1.46 1.70 2.11 2.06 1.62 1.93 2.20 1.68 2.26 1.891.58 2.35 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAB AA AA NoCall AA AA AB2 316 SNP_A-1666392 #N/A 1 34843798 1.42 2.68 2.051.93 2.00 2.48 2.12 3.79 1.32 1.95 3.63 2.35 2.58 2.191.39 2.44 2.00 2.04 1.18 2.12 2.03 2.00 2.05 1.54 0.841.77 AA BB NoCall AA NoCall AA BB AANoCall AB BB BB BB AA AA BB NoCall BB ABAB AB NoCall BB BB BB AB2 317 SNP_A-1677366 #N/A 1 34843919 1.87 2.42 2.692.27 2.00 3.16 1.66 3.12 2.38 2.43 2.78 2.05 2.81 1.501.44 2.54 2.00 1.84 1.34 2.40 1.97 2.00 2.75 1.63 1.041.42 AA AA AA AB NoCall BB AA BB ABAA AA AA AA AB AA AA NoCall AA AB AAAA NoCall AA AA AA AA2 318 SNP_A-1755404 #N/A 1 34893405 1.85 2.98 2.241.90 2.00 2.73 2.90 4.06 1.60 3.21 2.14 1.72 2.76 1.661.32 1.75 2.00 1.75 1.07 1.81 1.95 2.00 3.02 2.00 1.102.18 NoCall AB BB AB NoCall NoCall AA BB BBAB AB AA NoCall AA BB BB NoCall AA AA AAAB NoCall AA BB AA AB2 319 SNP_A-1688098 #N/A 1 34899380 1.60 3.02 2.352.02 2.00 2.81 2.93 4.04 1.81 2.68 1.28 1.38 1.76 1.140.97 1.25 2.00 1.46 0.91 1.32 1.60 2.00 2.24 1.44 1.032.01 BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB NoCall BB AB BB BB BB NoCall BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB2 320 SNP_A-1652800 #N/A 1 34900471 2.12 3.31 2.572.26 2.00 2.71 2.36 4.71 1.93 2.55 2.64 2.06 2.80 1.761.50 1.99 2.00 2.42 2.18 2.25 2.35 2.00 2.43 1.95 1.841.97 BB BB AB AB NoCall AB BB BB BBBB AA AB AB NoCall BB AB NoCall AB AB BBBB NoCall BB BB BB AB2 321 SNP_A-1668540 #N/A 1 34938622 1.69 1.48 2.512.13 2.00 2.96 2.03 1.61 1.99 2.10 2.99 1.60 2.40 1.831.41 2.16 2.00 2.05 2.14 1.88 2.50 2.00 2.07 1.48 1.621.86 BB BB NoCall BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB2 322 SNP_A-1669509 #N/A 1 34939750 1.95 2.17 2.061.91 2.00 2.44 2.36 3.05 1.83 2.28 2.40 1.93 2.06 1.511.37 1.95 2.00 1.76 1.43 1.83 2.04 2.00 2.37 1.72 1.011.58 AA AB NoCall AA NoCall BB AB AA BBBB BB BB BB AB BB BB NoCall BB AB ABBB NoCall AB BB BB AB2 323 SNP_A-1696820 #N/A 1 34939820 1.56 1.59 2.021.95 2.00 1.91 2.10 2.04 1.24 1.86 3.00 1.82 2.49 1.781.29 2.09 2.00 1.58 1.77 1.78 1.61 2.00 1.53 1.15 0.931.60 AA NoCall AB AA NoCall BB NoCall AA BBBB BB BB BB NoCall BB BB NoCall BB AB ABBB NoCall AA BB BB AB2 324 SNP_A-1746468 rs6686484 1 35037853 3.76 6.112.14 2.64 2.27 2.99 3.39 4.99 2.82 4.29 2.12 1.27 2.251.58 1.84 1.94 1.93 1.98 1.21 1.74 1.76 1.60 2.92 2.191.13 1.71 NoCall NoCall BB NoCall AA BB NoCall BBBB BB BB BB NoCall NoCall BB NoCall AB BB BBBB NoCall BB NoCall BB AB NoCall2 325 SNP_A-1752347 rs10493067 1 35321056 1.37 1.93

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.65 1.76 1.46 2.10 1.89 2.14 1.08 1.41 1.16 1.66 1.621.51 1.30 1.64 2.03 1.94 1.53 1.81 2.22 1.69 1.92 1.161.06 1.69 AA AA AA AA BB AA AA AABB AB AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 326 SNP_A-1666166 rs3738696 1 35321360 1.42 1.421.95 1.77 1.46 2.03 1.35 1.62 1.22 1.43 1.44 1.67 2.471.95 1.55 2.27 2.03 1.46 1.84 2.45 1.47 1.69 1.98 1.130.89 1.12 AA AA AA AA BB AA AA AABB AA AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 327 SNP_A-1756008 rs10493071 1 35460370 1.44 1.752.45 2.19 1.75 2.41 1.38 2.40 1.73 2.07 2.18 1.76 3.132.34 1.40 2.78 2.03 2.57 2.62 2.89 2.66 1.64 1.86 1.351.38 1.64 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 328 SNP_A-1708524 rs10493069 1 35593644 1.85 2.522.25 2.00 1.74 2.96 1.85 3.24 1.95 2.17 1.29 1.61 2.291.35 1.29 1.73 2.25 1.92 1.41 2.18 1.79 1.58 2.51 1.281.09 1.51 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 329 SNP_A-1672744 rs10493070 1 35593702 1.74 3.022.21 2.07 1.74 2.66 2.89 4.67 1.57 2.29 1.61 1.85 2.231.97 1.69 2.18 2.25 1.74 1.60 1.94 1.97 1.58 2.43 2.031.20 2.06 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 330 SNP_A-1707820 rs1635718 1 35643562 1.46 2.151.88 1.67 1.73 1.79 1.86 2.69 1.41 2.04 1.75 2.29 2.262.30 1.88 2.47 2.25 1.92 1.81 2.41 2.10 1.58 1.84 1.671.23 2.05 NoCall BB BB NoCall AA NoCall NoCall BBAA AB BB BB BB BB AA BB BB BBNoCall BB BB BB NoCall AA NoCall AB2 331 SNP_A-1724678 rs10489761 1 35738839 2.35 2.702.81 2.47 1.74 3.45 1.90 3.37 2.08 3.14 1.13 1.21 2.131.51 1.30 1.72 2.15 2.60 1.98 2.15 2.35 1.51 2.73 1.591.85 1.65 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 332 SNP_A-1668150 rs953035 1 35748601 1.88 1.732.27 2.26 1.74 2.79 2.54 1.81 2.08 2.88 1.31 1.29 1.721.79 1.93 2.08 2.15 2.28 1.89 1.88 2.51 1.51 1.89 2.311.69 1.71 AA AA AA AA BB AA AA AABB BB AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA BB2 333 SNP_A-1649070 rs681969 1 35783326 2.19 3.002.46 2.05 1.74 2.92 3.26 3.49 1.99 3.17 0.81 1.04 1.171.08 0.92 1.00 2.15 1.38 0.92 1.02 1.43 1.50 2.67 1.681.33 2.12 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 334 SNP_A-1647590 rs9701827 1 36547117 1.67 1.922.56 2.33 1.62 3.13 2.45 3.53 2.17 2.83 2.13 1.95 3.402.58 1.98 3.65 2.14 2.52 1.81 3.01 1.89 1.46 2.53 2.111.23 1.51 AA AA AA AA AB AA NoCall BBAA AB BB AB AA AA AA AA AB NoCall AAAA AA AA AB BB NoCall AA2 335 SNP_A-1720933 rs10493072 1 36551294 1.91 1.502.57 2.38 1.62 2.94 1.81 1.93 2.11 2.83 1.50 0.93 2.361.97 1.64 2.37 2.14 1.78 1.98 2.08 1.94 1.46 2.43 1.401.23 1.66 AA AA AB AB BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 336 SNP_A-1741545 rs2153337 1 36556426 1.15 1.811.68 1.55 1.62 2.02 1.93 2.22 1.35 1.87 1.17 1.50 2.181.25 1.12 1.92 2.14 2.35 1.76 2.00 2.48 1.46 1.82 1.351.25 1.87 BB AB AB AB BB BB AB BBAA AB BB AB AA BB AA AA AB BB ABAB AA AA AB BB AB AA2 337 SNP_A-1748115 rs10493073 1 36556555 1.36 1.921.61 1.64 1.62 2.31 2.03 2.12 1.30 1.92 1.04 1.34 1.571.30 1.14 1.42 2.14 1.98 1.19 1.63 2.06 1.46 2.10 1.190.84 1.83 BB BB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 338 SNP_A-1705513 rs10493074 1 36556578 1.30 1.951.76 1.74 1.62 2.11 1.80 2.46 1.39 1.69 1.31 1.57 1.951.54 1.26 1.74 2.14 1.82 1.39 1.97 1.99 1.46 1.95 1.200.77 1.80 NoCall BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 339 SNP_A-1654737 rs2282354 1 36556624 1.66 3.221.87 1.62 1.62 2.23 2.85 3.47 1.79 2.35 1.61 1.87 2.611.78 1.49 2.15 2.14 2.06 1.71 2.28 1.78 1.46 2.32 2.011.28 2.48 AA AA NoCall NoCall BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 340 SNP_A-1643177 rs10493075 1 36583635 1.67 2.132.30 2.27 1.62 2.82 1.82 2.43 1.42 2.41 0.85 1.02 1.541.04 0.93 1.16 2.14 2.14 1.98 1.55 2.01 1.46 2.46 1.341.69 1.79 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 341 SNP_A-1688484 rs10493076 1 36583840 1.72 2.332.28 2.25 1.62 2.53 2.85 2.77 1.41 1.43 0.80 1.12 1.540.97 0.72 1.09 2.14 1.88 1.45 1.37 2.05 1.46 2.43 1.361.35 2.14 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 342 SNP_A-1694891 rs10493077 1 36584107 2.03 2.442.62 2.46 1.62 2.94 2.88 3.07 1.61 2.44 1.95 1.59 3.162.17 1.81 2.25 2.14 2.54 2.81 2.22 2.60 1.46 2.10 2.472.20 2.38 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA2 343 SNP_A-1676366 rs10489528 1 36795021 1.35 2.051.61 1.55 1.72 1.93 2.29 2.70 1.21 1.65 1.16 1.81 2.041.43 1.17 1.71 2.10 1.90 1.32 1.65 2.15 1.44 1.63 1.441.01 2.08 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 344 SNP_A-1737385 rs4652921 1 36843866 1.73 1.861.76 2.14 1.94 2.20 1.99 2.62 1.43 2.27 1.03 1.41 2.491.28 0.96 1.57 2.05 1.73 1.20 1.42 1.65 1.39 2.45 1.341.03 1.71 BB AB NoCall BB BB AA BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBAB BB BB BB BB BB AB2 345 SNP_A-1708408 rs1395455 1 36854283 1.93 2.842.25 1.99 1.94 2.62 1.81 2.89 1.57 2.25 1.57 2.21 3.201.93 1.54 2.81 2.05 2.00 2.14 2.19 2.18 1.39 2.57 1.231.16 1.68 AA NoCall AA AB BB BB AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AB AAAB AA BB AA AA AA BB2 346 SNP_A-1737898 rs514262 1 36955568 1.96 1.86

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.14 1.95 1.73 2.36 2.09 2.53 1.66 1.70 1.83 2.51 3.482.13 1.73 3.25 1.84 2.57 2.32 2.56 2.13 1.29 1.91 1.781.48 2.46 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB AB AA BB BB BB BB2 347 SNP_A-1714843 rs10489413 1 37182999 1.97 3.062.74 2.51 1.68 3.14 2.30 4.72 2.20 3.04 0.92 0.89 0.881.32 0.93 0.97 1.80 1.01 0.87 0.75 0.96 1.39 2.37 1.171.08 1.71 AA NoCall AA BB AA AB AA BBAA AB NoCall BB NoCall AA BB AA AA BBNoCall AA NoCall AA NoCall NoCall AA AB2 348 SNP_A-1747057 rs10489414 1 37194096 2.32 2.702.87 2.13 1.68 2.60 3.17 4.92 2.13 3.26 0.98 1.47 1.411.29 0.98 1.11 1.80 1.79 1.28 1.30 1.65 1.39 2.46 1.591.59 1.99 AA NoCall AA NoCall BB AB AA AAAA AA BB AB AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AB AA NoCall AA AA AB2 349 SNP_A-1708857 rs218417 1 37209269 1.61 2.082.30 2.05 1.58 2.66 2.49 3.81 1.77 2.10 1.63 1.72 2.682.16 1.21 1.89 1.75 2.45 2.59 2.14 2.08 1.36 1.65 1.472.34 2.42 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 350 SNP_A-1713726 rs218428 1 37213316 1.80 2.422.75 2.52 1.58 2.90 2.23 3.49 2.03 2.75 0.80 1.05 1.571.04 1.08 1.25 1.75 1.47 1.06 1.09 1.42 1.36 2.28 1.961.41 1.81 BB BB BB NoCall AA BB BB BBNoCall AB NoCall BB AB NoCall NoCall NoCall BB AB ABBB BB BB BB AA BB BB2 351 SNP_A-1751287 rs4652939 1 37292767 2.10 1.892.29 1.86 1.64 3.25 2.09 2.28 1.77 2.07 1.80 1.92 2.952.06 1.73 2.89 1.77 2.82 2.34 2.58 1.92 1.41 2.03 1.951.91 2.23 AA AA AB AB AB AA AB BBBB BB BB BB AB AB AA AB BB AA ABAB AB AA NoCall AA AA AB2 352 SNP_A-1675517 rs2202094 1 37309644 2.57 2.143.00 2.37 1.76 3.25 2.97 4.43 2.22 3.41 2.05 2.17 2.602.15 1.94 2.61 1.86 1.89 1.25 2.04 2.79 1.54 3.25 2.521.40 2.31 AA NoCall NoCall NoCall AA BB BBNoCall BB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall BBBB NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall2 353 SNP_A-1652532 rs218390 1 37309727 1.24 3.252.30 1.88 1.76 2.69 1.82 4.40 2.00 2.10 0.86 1.48 1.591.16 0.95 1.12 1.86 1.60 0.89 1.46 1.30 1.54 2.41 0.960.97 1.36 AA BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 354 SNP_A-1674925 rs3905365 1 37383681 1.57 2.681.99 1.62 1.84 2.25 1.53 3.26 1.89 2.11 1.15 1.90 2.401.19 1.14 1.58 1.88 1.57 0.83 1.62 1.63 1.54 2.27 1.540.75 1.69 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 355 SNP_A-1711937 rs10489425 1 37526281 3.33 3.573.94 3.06 2.02 4.65 5.35 5.02 2.72 4.90 1.93 1.16 1.782.38 2.56 2.17 1.95 1.66 1.71 1.53 2.16 1.68 4.06 3.522.21 3.50 AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall AA NoCall AAAA AA AA AA NoCall NoCall AA2 356 SNP_A-1671132 rs10908348 1 37547703 2.42 2.913.23 2.83 2.01 3.35 3.41 5.83 2.36 2.83 1.88 1.68 2.021.96 2.00 2.10 1.97 2.35 1.97 1.43 2.70 1.69 3.04 1.811.81 2.49 BB AB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall AB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 357 SNP_A-1718749 rs2745492 1 37556769 1.96 1.842.79 2.32 2.01 2.78 2.30 2.73 1.68 2.48 2.05 1.56 3.302.42 2.23 2.78 1.97 2.49 3.17 3.00 2.61 1.69 1.75 2.381.78 2.68 BB NoCall BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB NoCall BB2 358 SNP_A-1662416 rs10493079 1 37556838 1.68 2.243.61 1.92 2.01 2.12 2.62 3.24 1.79 2.99 1.42 2.12 3.661.91 1.68 2.02 1.97 2.44 2.12 2.32 2.37 1.69 2.49 2.022.50 2.20 AA AA NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AB AA AB AAAA AA AA AA AA NoCall AA2 359 SNP_A-1693000 rs10493078 1 37578581 1.88 1.462.36 2.20 2.10 2.10 1.93 2.26 1.56 2.04 1.17 1.36 2.281.30 1.05 1.70 2.01 1.79 2.57 2.01 1.44 1.72 1.55 1.181.52 1.81 AA AA BB AB BB AA BB BBBB BB BB BB BB AB BB AB BB AB BBAB AB BB NoCall BB BB BB2 360 SNP_A-1738457 #N/A 1 38018699 2.36 3.08 3.222.96 2.00 3.49 1.92 4.19 2.33 3.72 1.88 1.20 2.17 2.072.34 2.10 2.00 1.90 1.88 1.89 2.11 2.00 2.85 1.40 1.531.34 BB AA BB BB NoCall BB NoCall AA ABNoCall NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall AB AB BBNoCall NoCall BB NoCall AB NoCall2 361 SNP_A-1659278 rs6693777 1 38299955 2.26 3.232.93 2.24 1.77 3.30 2.76 5.33 2.37 3.54 1.10 1.89 1.661.12 1.69 1.28 1.83 1.63 0.88 1.51 1.68 1.47 3.19 2.431.11 2.20 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 362 SNP_A-1649856 rs10493080 1 38387158 1.62 2.391.93 1.71 1.62 2.31 2.38 3.54 1.66 2.07 1.22 1.97 2.591.61 2.22 2.04 1.92 1.87 1.18 1.97 2.04 1.59 1.93 1.411.09 2.11 BB AB BB BB BB NoCall BB BBBB AB AA BB BB AB AB BB BB AB BBAB BB AA BB AA BB AA2 363 SNP_A-1750119 rs1755296 1 38422594 1.73 2.591.99 2.10 1.62 2.58 2.63 3.09 1.57 2.39 1.09 1.62 2.231.36 2.13 1.59 1.93 1.96 1.60 1.72 1.84 1.59 2.20 1.521.43 1.95 AA BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB AB BB AB BB BB AB BBBB BB BB NoCall AA BB BB2 364 SNP_A-1663972 rs7534892 1 38520090 1.54 1.942.06 1.86 1.61 2.03 2.67 1.78 1.38 1.84 1.63 1.50 2.162.27 2.46 2.41 1.93 2.28 2.67 2.39 2.09 1.60 1.40 1.551.79 2.50 AA NoCall AA AA AB AA NoCall AANoCall AA BB AA AB AB AB AA BB AB AAAA AA AA AA AA AA AB2 365 SNP_A-1648330 rs6678679 1 38520766 1.92 3.651.98 1.64 1.61 2.51 3.20 3.37 2.04 2.66 1.38 1.77 2.092.04 2.41 2.07 1.93 1.77 1.21 1.98 2.24 1.60 2.41 2.201.23 2.15 BB NoCall BB BB AB BB AB BBAB BB AA BB AB NoCall NoCall BB AA AB BBBB BB BB BB NoCall BB AB2 366 SNP_A-1753129 rs2252153 1 38588516 2.35 3.842.02 1.69 1.55 3.21 2.94 5.62 2.05 3.06 1.09 1.67 1.621.42 1.67 1.21 2.03 1.80 0.72 1.26 2.13 1.62 2.66 2.240.78 1.96 NoCall AA AB AA BB NoCall NoCallNoCall NoCall AA BB NoCall NoCall NoCall AA NoCall AANoCall NoCall NoCall NoCall BB AB AA AA AA2 367 SNP_A-1657838 rs2248323 1 38597585 1.39 2.39

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.66 1.65 1.55 1.99 2.67 4.22 1.66 1.80 2.48 2.47 2.273.29 2.52 3.05 2.03 2.11 2.17 2.26 2.64 1.62 1.90 1.481.77 1.55 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 368 SNP_A-1756018 rs10493083 1 38621261 2.43 3.553.62 2.56 1.55 4.06 2.35 5.37 2.49 3.44 1.13 1.14 1.861.46 1.55 1.38 2.03 1.60 1.34 1.46 1.65 1.62 3.06 1.561.61 1.47 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AB2 369 SNP_A-1658496 rs724321 1 38792696 1.53 1.672.24 2.20 1.71 2.69 1.66 1.79 1.85 2.33 1.66 1.78 3.052.00 2.64 2.82 2.34 2.47 2.09 2.31 2.01 1.69 2.03 1.451.44 1.90 BB AB BB AB BB BB AB BBBB AB BB AA AB BB BB AB AB AB BBAB BB BB BB AA BB BB2 370 SNP_A-1728973 rs10493085 1 38917367 1.67 2.182.12 1.87 1.86 2.26 1.84 2.16 1.64 1.71 1.46 1.76 2.861.70 2.46 2.10 2.45 2.16 2.36 2.45 1.99 1.66 1.71 1.411.39 2.06 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 371 SNP_A-1694021 rs581595 1 38917806 2.10 2.092.69 2.38 1.86 4.48 4.43 2.11 1.97 3.03 1.44 1.81 3.101.86 2.93 1.49 2.45 2.44 1.65 2.37 2.17 1.66 2.21 1.733.57 2.47 AA AA AA AA BB NoCall NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA AB AB AA ABAA AB AA AA AA BB AA2 372 SNP_A-1730545 rs2209477 1 38917979 2.34 3.382.63 2.37 1.86 2.93 2.55 2.99 2.08 2.68 1.85 2.24 3.322.39 3.67 2.89 2.45 2.72 2.14 2.52 3.00 1.66 3.21 1.951.59 2.64 BB BB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AB BB BB AA AA AA AAAB AA BB BB AA AA AA2 373 SNP_A-1756665 rs1320454 1 38960237 1.53 2.142.23 1.88 1.87 2.36 2.41 2.38 1.44 2.63 1.46 1.87 2.591.94 3.18 2.32 2.45 2.36 1.43 2.27 2.55 1.66 2.44 2.021.20 2.13 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 374 SNP_A-1715911 rs1171466 1 38960342 1.40 3.151.83 1.61 1.87 2.22 2.57 3.28 1.54 2.39 1.48 1.93 2.241.77 2.79 2.12 2.45 1.79 0.91 2.01 2.19 1.66 2.26 2.180.82 1.76 AA AA AA AA BB AA AA AAAA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 375 SNP_A-1685704 rs880303 1 39009375 1.61 2.612.49 2.12 1.87 2.47 1.75 2.95 2.00 2.21 2.06 2.07 4.052.13 3.18 3.18 2.45 2.72 2.03 3.28 2.55 1.66 2.63 1.751.22 1.72 BB BB BB AA AB AA NoCall AANoCall AB AA BB BB AA AA BB AA AA AAAB AB AA NoCall AA NoCall AA2 376 SNP_A-1721990 rs472310 1 39268707 1.61 2.382.16 1.93 1.62 2.66 2.89 2.91 1.32 2.36 0.99 0.93 1.201.21 1.61 1.26 2.17 2.05 1.85 1.54 2.23 1.48 1.75 2.051.81 2.42 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 377 SNP_A-1668416 rs950805 1 39374551 1.22 1.552.65 2.36 1.69 3.09 2.13 2.26 1.95 2.39 1.59 1.59 3.161.98 2.94 3.24 2.11 2.49 1.83 2.80 2.40 1.57 2.43 2.681.28 2.32 AA AB NoCall NoCall AA BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB AB AB BB BB BB AB BBAB AA BB BB AA BB AA2 378 SNP_A-1652076 rs2484756 1 39384477 0.57 1.582.29 1.90 1.69 2.40 1.18 1.98 1.82 1.98 1.32 1.44 2.751.55 2.33 2.59 2.11 2.25 1.57 2.55 1.67 1.57 2.01 1.401.00 1.21 BB AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AB AA AA BB AA BB2 379 SNP_A-1687826 rs3116387 1 39411962 1.04 2.121.08 1.69 1.69 2.58 2.82 2.11 1.58 2.52 1.82 1.82 2.652.21 3.24 3.35 2.11 2.11 2.23 2.30 2.38 1.57 2.09 2.361.61 1.95 AA BB NoCall AB BB BB BB BBBB BB BB BB AB AB BB BB BB AB BBAB AA BB BB AA BB AA2 380 SNP_A-1751995 rs2484749 1 39428048 0.71 2.292.17 1.78 1.69 2.61 1.70 2.90 1.80 2.25 1.80 2.70 2.861.78 2.81 2.64 2.10 2.61 1.64 3.04 2.58 1.57 2.49 2.321.21 1.50 AA BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB AB BB BB BB AB BBAB AA BB BB AA BB AA2 381 SNP_A-1655357 rs597708 1 39490056 1.71 3.542.55 2.22 1.69 2.60 2.45 3.56 1.97 2.30 1.01 1.38 1.130.85 1.60 1.32 2.10 1.81 1.40 1.51 1.63 1.58 2.59 1.531.52 1.12 AA BB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB AB AB BB BB BB AB BBAB AA BB BB AA BB AA2 382 SNP_A-1649864 rs636156 1 39490830 2.48 3.373.27 2.53 1.69 3.59 1.54 3.05 2.34 3.13 0.63 1.12 1.040.50 1.13 0.91 2.10 2.02 1.12 1.29 1.04 1.58 3.04 2.031.39 1.94 AA BB AB AB BB BB BB BBBB BB BB BB AB NoCall BB BB BB AB BBAB AA BB BB AA BB AA2 383 SNP_A-1653104 rs683135 1 39564553 1.72 4.432.06 1.94 1.73 2.57 1.51 2.06 1.91 2.02 1.46 1.34 1.971.69 2.57 2.53 2.05 2.39 2.51 2.72 2.37 1.55 2.12 1.931.42 1.69 BB AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AB AB AA AA AA AB AAAB BB AA AA BB AA BB2 384 SNP_A-1742319 rs783817 1 39565935 1.52 3.182.18 2.06 1.73 2.29 1.86 3.03 2.02 2.00 1.85 2.15 2.272.24 2.54 2.81 2.05 1.90 1.98 2.49 2.29 1.55 2.14 1.921.09 1.64 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 385 SNP_A-1729238 rs1148945 1 39765146 1.50 1.851.84 1.62 1.79 2.26 2.26 2.01 1.34 1.57 1.09 1.23 1.981.40 2.14 1.46 2.11 1.78 1.36 1.55 1.65 1.47 1.91 1.831.14 1.62 BB NoCall BB AB BB AB BB AABB AA BB AB AB AB BB AB NoCall AB ABBB BB BB NoCall BB AA BB2 386 SNP_A-1685310 rs524469 1 39926250 1.90 1.952.29 2.33 1.71 2.91 3.03 2.28 1.92 2.23 1.15 1.07 1.921.55 2.40 1.93 2.18 2.14 1.41 2.03 1.95 1.30 2.72 2.501.27 1.39 AA BB BB NoCall BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB AB BB AB ABBB BB BB AA BB BB NoCall2 387 SNP_A-1757533 rs3738671 1 39984981 1.85 2.602.20 1.88 1.90 2.50 2.42 3.09 1.84 2.47 0.99 1.31 1.481.32 1.60 1.25 2.26 1.81 1.62 1.54 1.80 1.52 2.32 1.541.34 1.51 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA BB NoCall NoCall2 388 SNP_A-1715699 rs10489534 1 39994857 1.68 3.17

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.56 1.92 1.90 2.74 2.08 4.21 1.70 2.56 1.14 1.37 1.971.53 1.80 1.66 2.26 1.67 1.34 1.59 1.62 1.52 2.26 1.951.37 1.61 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 389 SNP_A-1755986 rs4660378 1 40185489 1.74 2.832.94 2.90 2.07 3.17 2.29 3.86 2.09 2.62 2.34 2.45 4.992.21 3.14 2.48 2.20 3.51 3.34 3.25 2.88 1.77 2.30 3.592.25 2.98 BB NoCall BB BB BB AB BB AANoCall AB AA AB BB BB BB BB BB AA BBBB BB BB BB AA AB BB2 390 SNP_A-1747685 rs3122426 1 40212031 1.28 1.961.80 1.74 2.08 2.01 1.39 2.49 1.34 1.93 1.50 1.89 3.951.90 2.97 3.10 2.20 2.11 1.76 2.81 2.26 1.77 2.18 1.650.92 1.24 BB NoCall BB BB BB BB BB BBNoCall BB AA AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 391 SNP_A-1702565 rs3122427 1 40212518 1.45 2.012.11 2.07 2.08 2.63 1.96 2.30 1.63 2.14 1.30 1.43 2.561.78 2.87 2.91 2.20 2.35 1.95 2.50 2.36 1.77 2.41 2.381.13 1.80 NoCall AB AA AA BB AA AA AAAB AA BB AB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA2 392 SNP_A-1725098 rs10493089 1 40253891 1.92 3.102.48 2.07 2.25 2.79 2.76 4.19 1.95 2.78 1.71 1.85 2.092.01 2.70 1.88 2.26 2.65 1.81 2.20 2.82 1.87 2.33 2.751.83 2.17 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA NoCall AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA BB AA AA AA2 393 SNP_A-1693589 rs10493090 1 40296011 1.75 3.612.24 1.80 2.19 2.57 3.64 4.75 1.80 2.41 1.10 0.67 0.641.43 1.67 1.35 2.22 1.39 1.09 1.23 1.43 1.84 3.23 1.981.09 2.09 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 394 SNP_A-1743993 rs10493088 1 40353653 1.49 1.692.22 1.99 2.27 1.91 1.33 2.23 1.54 2.04 2.84 2.06 4.533.83 3.97 4.60 2.22 2.83 5.18 4.26 3.15 1.86 1.76 2.722.22 1.91 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 395 SNP_A-1718463 rs6700912 1 40353897 1.46 3.021.85 1.75 2.27 1.96 1.47 1.65 1.50 1.90 1.55 2.05 3.012.45 2.73 2.47 2.22 1.78 2.34 2.00 1.77 1.86 1.60 2.101.22 1.79 AA AB AA AA BB AA NoCall BBNoCall AA AA AB AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 396 SNP_A-1753655 rs10489429 1 40379164 1.77 1.802.40 2.00 2.27 2.80 2.06 2.23 1.70 2.53 1.47 1.34 2.541.82 2.69 2.32 2.22 2.21 2.00 2.33 2.21 1.86 2.12 2.141.57 1.68 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 397 SNP_A-1672824 rs10489430 1 40417848 2.04 4.183.00 2.16 2.28 2.97 2.90 4.65 2.03 2.36 2.15 1.41 2.062.24 2.42 2.17 2.22 2.77 2.66 2.17 2.92 1.86 2.34 2.542.31 2.03 AA NoCall AA AB AA BB NoCall BBNoCall NoCall NoCall NoCall AB NoCall AA AA AA BBNoCall AA AA AA BB AA NoCall AB2 398 SNP_A-1680754 rs4660407 1 40532490 1.67 2.391.91 1.89 2.15 2.14 2.26 2.61 1.51 2.08 1.50 1.93 2.161.73 2.56 2.29 2.07 2.02 1.49 2.11 2.04 1.77 1.96 2.301.03 2.01 BB AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AB AA AA AB AAAA AA AA AB AA AA AA2 399 SNP_A-1744213 rs10489433 1 40579089 1.92 3.392.46 2.14 2.16 2.78 3.62 4.30 1.63 2.92 1.36 2.03 1.731.67 2.18 1.76 2.13 2.17 1.99 1.89 2.39 1.83 2.36 3.112.08 2.65 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 400 SNP_A-1722596 rs10489434 1 40591155 2.10 1.842.33 2.01 2.16 2.22 2.57 2.32 1.36 1.94 2.40 1.71 2.753.31 3.04 3.60 2.13 2.55 3.42 3.01 2.66 1.83 2.47 2.611.97 2.63 BB AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB AA AA AB AAAA AB AA NoCall AA AA AA2 401 SNP_A-1691844 rs10489435 1 40591470 1.57 3.642.35 2.10 2.16 2.52 1.82 2.21 1.62 2.20 1.58 1.62 2.662.19 2.82 2.82 2.13 2.34 2.55 2.44 2.06 1.83 2.12 2.441.35 2.03 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 402 SNP_A-1758045 rs736861 1 40600096 1.51 2.911.95 2.05 2.15 2.35 2.27 3.70 1.42 1.99 1.43 1.83 2.421.56 2.28 1.75 2.12 2.29 2.69 2.11 2.05 1.81 1.73 2.021.65 1.83 BB AB BB AB AB NoCall BB AABB AA AA AB AB AB BB AB BB AB BBBB BB BB AB BB NoCall AB2 403 SNP_A-1742055 rs10489164 1 40680233 1.58 1.712.12 1.81 1.97 2.23 1.43 1.99 1.54 1.87 1.41 1.35 2.511.51 2.34 2.04 2.07 2.05 2.22 2.12 1.93 1.72 1.65 1.811.35 1.38 BB AB BB AB BB AB BB BBBB BB BB BB BB AB BB AB AB AB BBBB BB BB AB BB BB BB2 404 SNP_A-1683136 rs10489165 1 40690129 1.42 2.811.67 1.67 1.97 2.49 1.89 3.25 1.50 1.85 1.40 1.89 2.751.95 2.98 2.43 2.07 1.77 1.64 2.10 2.22 1.72 1.98 1.861.13 1.35 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 405 SNP_A-1726134 rs500586 1 40744302 1.77 2.902.37 2.21 1.95 2.91 2.05 4.43 2.19 2.51 1.58 1.38 1.792.15 1.75 2.05 2.06 1.57 1.18 1.91 1.69 1.71 2.77 1.831.04 1.67 BB AA AA AA BB AA NoCall AANoCall AA NoCall AB BB NoCall NoCall AA AA AB ABAB AB AA AB AA AB AB2 406 SNP_A-1724486 rs671704 1 40818739 1.98 2.892.70 2.19 1.99 2.99 2.22 3.62 1.83 2.48 1.54 1.61 2.621.69 2.54 2.20 2.07 2.40 2.05 2.42 2.23 1.72 2.22 2.441.70 1.82 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB BB AA AA AA AA AB AAAA AB AA NoCall AA AB NoCall2 407 SNP_A-1655729 rs10489167 1 40845559 1.40 1.731.83 1.60 1.88 2.05 2.35 2.46 1.29 1.78 1.12 1.80 1.751.60 2.53 1.87 2.01 2.41 2.41 2.11 2.24 1.61 1.77 2.121.48 1.91 BB AB BB AB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB BB AB AB BB ABBB BB BB BB BB BB AB2 408 SNP_A-1699487 rs2094468 1 40970766 1.56 2.932.12 2.03 1.91 2.74 2.01 4.48 1.73 2.43 1.95 2.76 4.972.42 2.82 3.19 1.96 1.83 1.24 2.37 2.04 1.69 2.58 2.280.76 1.59 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 409 SNP_A-1665486 rs2802549 1 41169639 1.96 2.67

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.82 2.03 1.93 2.85 2.79 3.46 2.17 2.64 1.87 1.78 4.611.96 2.24 1.73 1.97 2.25 2.23 2.18 2.51 1.64 2.76 2.702.22 2.51 BB AB NoCall BB BB AB AA BBAB BB AA AB NoCall BB NoCall AA AA BBNoCall AA NoCall AA AA BB NoCall NoCall2 410 SNP_A-1690459 rs10489522 1 41173535 1.90 2.772.72 2.43 1.93 2.99 2.75 3.70 2.21 3.12 1.47 1.69 2.121.98 2.17 1.59 1.97 1.85 1.44 1.52 2.02 1.64 2.15 3.131.28 2.25 BB AB AB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB NoCall AA BB BB BBAA AB AA AA BB AB BB2 411 SNP_A-1692098 rs7531344 1 41176524 2.82 4.053.53 2.66 1.93 3.68 3.92 5.90 2.74 4.49 1.77 1.72 2.022.23 2.54 2.16 1.97 1.79 1.57 1.54 2.45 1.64 4.21 3.161.99 2.60 NoCall NoCall NoCall BB BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB NoCall NoCall AA AA NoCall BBNoCall AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall2 412 SNP_A-1671208 rs10489521 1 41177583 2.8313.37 3.56 2.68 1.93 4.50 3.18 5.22 3.08 4.99 1.61 1.401.69 1.88 1.84 1.68 1.97 1.80 1.25 1.33 1.81 1.64 3.192.23 1.41 1.74 BB BB BB AB AA AB BBBB BB AB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall ABNoCall BB NoCall BB BB NoCall BB BB2 413 SNP_A-1721890 rs10489520 1 41180848 1.13 2.091.61 1.39 1.93 1.92 1.87 3.05 1.41 1.80 1.56 2.31 3.001.83 2.98 2.53 1.97 2.10 1.40 2.42 1.86 1.64 1.89 2.070.84 1.67 BB BB BB AB BB AB BB BBBB AB BB BB AB BB BB BB BB AB BBBB AB BB BB BB BB BB2 414 SNP_A-1703549 rs213744 1 41288987 1.54 1.982.14 1.81 1.82 2.38 1.98 2.18 1.66 1.86 1.22 2.20 1.661.64 1.86 1.88 1.93 2.39 1.88 1.80 2.47 1.55 1.83 2.041.46 1.99 BB AB AB BB BB AB AA BBNoCall BB AA AB BB BB NoCall NoCall AA BB BBAA AB AA NoCall BB AB AB2 415 SNP_A-1655443 rs10493093 1 41371279 1.70 2.262.05 1.84 1.81 2.63 2.28 2.19 1.68 2.46 1.21 1.96 2.311.82 1.96 2.02 1.93 2.03 1.73 2.05 2.21 1.54 2.15 2.651.34 2.18 AA AB AB AA BB AB BB AAAB AA BB AB AA AA AB AB BB AA AABB AB BB BB AA AB AB2 416 SNP_A-1735252 rs10493094 1 41372035 1.90 4.622.30 2.03 1.81 2.25 3.15 2.62 1.64 2.10 1.75 2.39 2.241.82 2.47 2.13 1.93 2.37 2.29 2.22 2.05 1.54 2.37 3.011.78 2.65 BB BB BB BB BB AB NoCall BBNoCall BB AA AB BB BB BB BB AA BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 417 SNP_A-1752123 rs2363810 1 41452966 1.69 2.702.52 2.48 1.70 2.76 1.95 3.14 1.72 2.92 0.72 1.10 1.401.01 1.32 1.00 1.92 1.67 0.86 1.34 1.32 1.42 3.03 1.871.00 1.41 AA AB NoCall AB BB AA AB BBAA AB AA AA AB AA AA AA AA AB AAAA BB BB AB AA AA AA2 418 SNP_A-1689046 rs3845572 1 41533457 1.39 2.311.61 1.74 1.69 2.68 1.52 3.24 1.72 1.63 1.54 2.05 3.241.91 1.90 2.80 1.91 1.85 1.38 2.31 1.80 1.42 2.18 1.640.81 1.25 BB BB AB AB BB NoCall NoCall BBBB BB BB BB AB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 419 SNP_A-1752193 rs7527409 1 41702503 2.02 2.362.70 2.34 1.76 2.87 3.76 3.01 2.02 3.26 1.52 1.36 2.401.89 2.03 2.10 2.08 2.04 2.63 2.07 2.03 1.43 2.16 3.451.79 2.63 BB AB BB BB AB BB AA BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB AA BB BB2 420 SNP_A-1758273 rs6600381 1 41728915 1.93 3.732.37 2.32 1.82 3.51 1.78 2.94 2.49 2.97 1.13 1.91 2.791.64 2.19 2.26 2.19 1.98 1.04 2.50 1.94 1.52 2.31 2.451.41 1.67 AA AB AA AB BB AB AA AAAA AA AA AB AA AB AA AA AB AA AAAB AB AA BB AA AB AA2 421 SNP_A-1738190 rs10493100 1 41730274 1.52 4.771.92 1.72 1.82 2.33 1.92 4.38 1.69 1.94 1.36 2.22 2.481.42 1.80 1.94 2.19 1.83 1.14 1.80 2.19 1.52 1.96 1.950.89 1.68 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 422 SNP_A-1696234 rs10493099 1 41856298 2.84 3.913.68 3.09 1.81 3.75 3.94 6.19 2.42 3.84 1.76 1.58 2.102.59 2.52 2.44 2.30 2.02 1.91 1.73 2.49 1.55 3.26 2.641.67 2.96 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA NoCall NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 423 SNP_A-1735556 rs871343 1 41899778 1.69 2.372.57 2.33 1.85 3.12 1.96 2.81 2.15 2.92 1.04 1.45 2.101.31 1.55 1.64 2.23 1.89 0.98 1.93 2.10 1.55 2.61 1.990.82 1.60 BB BB BB BB AB AB BB AAAB AA AA BB BB BB BB BB BB BB ABAB AB BB BB AA BB AA2 424 SNP_A-1684324 rs4531288 1 41930170 1.25 2.561.69 1.67 1.85 2.27 1.87 3.14 1.58 2.14 1.32 2.14 2.811.88 2.46 3.01 2.23 2.16 1.41 2.79 2.06 1.55 1.62 2.350.91 1.67 BB AB NoCall NoCall BB NoCall AA AAAA AA AA AA BB BB AB AB AB AA AAAB AA AA BB AA AB AA2 425 SNP_A-1719309 rs10493098 1 41930982 1.49 2.492.02 1.97 1.85 2.46 2.14 3.47 1.78 2.24 1.07 1.81 1.761.36 1.58 1.72 2.23 1.81 1.41 1.69 1.80 1.55 2.06 1.991.06 1.55 AA AA NoCall AB AB AB AB BBBB BB NoCall AB AA AA AA AB AB AB BBAB BB BB AA BB AB BB2 426 SNP_A-1651834 rs10493097 1 41931231 2.28 2.552.44 2.15 1.85 3.27 3.79 2.82 1.95 3.13 1.41 1.46 1.751.64 2.00 1.87 2.23 2.17 1.67 1.97 2.10 1.55 2.12 2.191.79 2.33 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 427 SNP_A-1702729 rs681511 1 41970394 2.16 3.092.20 1.94 1.82 2.72 2.34 3.31 1.74 2.42 1.42 2.77 3.231.76 2.40 2.20 2.23 2.13 1.32 2.34 2.60 1.47 2.51 2.331.12 1.83 BB AA AA AB BB AA AA AAAA AA BB AA AA AB AA AB AB AA AAAB AA AA AB AA AB AA2 428 SNP_A-1742263 rs811461 1 42029806 2.05 2.882.41 2.18 1.85 2.80 3.29 2.82 1.55 2.70 0.81 1.51 1.521.11 1.48 1.21 2.28 2.08 1.48 1.52 2.00 1.48 2.20 3.001.45 2.88 AA AB AB AA BB AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 429 SNP_A-1683794 rs1408945 1 42033970 1.67 1.692.14 2.17 1.85 2.47 1.87 2.22 1.52 2.13 1.40 1.44 2.631.63 1.63 1.63 2.28 2.52 2.99 2.16 2.51 1.48 1.50 2.072.20 2.00 AA AA BB AB AB AA BB AAAA AA AA BB AB BB BB AA AB BB ABBB BB AA AB AA AB AA2 430 SNP_A-1659290 rs189426 1 42134821 2.34 3.10

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data3.41 3.17 1.92 3.40 2.36 3.85 2.88 3.30 1.12 1.51 1.511.06 1.36 1.09 2.25 2.17 2.11 1.73 2.03 1.56 3.39 1.432.17 0.96 AA NoCall BB BB AA AB BB BBBB AB AA BB BB NoCall BB NoCall NoCall BB BBBB BB BB NoCall AA BB BB2 431 SNP_A-1690916 rs10493103 1 42142461 1.29 4.992.26 1.96 1.92 2.40 1.67 2.74 1.97 2.68 1.51 1.85 2.091.88 2.66 2.81 2.25 2.01 1.46 2.45 2.05 1.56 2.26 2.020.89 1.61 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 432 SNP_A-1712691 rs953194 1 42186260 1.71 1.782.40 1.93 2.02 3.07 2.07 1.70 2.06 2.49 1.35 1.81 2.141.74 2.21 2.01 2.27 2.25 1.49 2.31 1.91 1.70 2.48 1.830.98 1.56 BB BB BB AB BB BB BB BBBB AB BB BB AB BB BB NoCall BB AB BBBB BB AA BB BB BB BB2 433 SNP_A-1744013 rs9326120 1 42335739 2.47 2.732.62 2.42 1.77 2.98 3.86 2.97 1.82 2.20 2.34 2.54 3.542.64 3.05 2.69 1.96 3.65 2.94 3.78 2.48 1.57 2.34 3.632.02 3.06 BB BB AB AB BB AB BB BBBB AB BB AB NoCall BB NoCall AB BB AA BBNoCall AB AA BB BB AB NoCall2 434 SNP_A-1696646 rs1393009 1 42446117 2.36 4.703.10 2.37 1.61 3.89 3.04 5.98 2.21 3.59 1.20 1.61 1.451.58 1.45 1.36 1.97 2.03 1.22 1.70 1.62 1.70 3.59 2.911.23 1.94 BB BB AB AB BB AB BB BBBB AB BB AB AA BB NoCall NoCall BB AA BBNoCall AB AA BB BB AB AB2 435 SNP_A-1692844 rs3768262 1 42454796 1.83 2.512.02 2.00 1.61 2.24 2.17 2.11 1.60 2.46 0.74 1.39 0.950.74 0.95 1.01 1.97 2.14 1.52 1.47 1.43 1.70 1.91 1.871.80 1.93 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 436 SNP_A-1687004 rs10493104 1 42460577 2.03 3.692.55 2.29 1.60 3.00 2.35 3.56 1.98 2.80 1.09 1.45 1.221.15 1.31 1.30 1.97 1.57 1.32 1.30 1.49 1.70 2.22 1.931.49 1.64 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 437 SNP_A-1724746 rs10493105 1 42461098 2.23 2.842.89 2.44 1.60 3.11 2.29 3.95 2.08 2.16 1.61 1.76 1.681.70 1.65 1.95 1.97 2.45 2.37 2.09 2.39 1.70 2.41 1.791.89 1.74 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 438 SNP_A-1745638 rs4660227 1 42599768 2.58 2.653.06 2.78 1.42 3.79 2.76 2.69 2.21 3.40 1.32 1.44 2.041.58 1.76 1.33 1.88 2.06 2.00 1.50 1.68 1.43 2.41 2.072.24 2.43 AA AB AA AA BB AA AA AAAB AB AA BB BB NoCall NoCall AA AA BB BBNoCall AA BB AB AA AB AB2 439 SNP_A-1693769 rs10493112 1 42827523 2.03 2.092.21 2.04 1.69 2.87 2.89 2.37 1.61 2.30 1.12 1.46 1.461.54 1.90 1.77 1.87 1.90 1.59 1.98 1.95 1.50 2.28 2.651.16 2.32 BB AB AA AB AB BB AA BBAB AB AA AB AA NoCall AA BB AB AA ABAB AA BB AA AA AA BB2 440 SNP_A-1679946 rs10493113 1 42827603 1.67 2.751.88 1.91 1.69 2.44 2.33 2.92 1.63 1.90 1.37 1.45 1.511.63 1.70 2.05 1.87 2.07 1.76 2.13 1.88 1.50 1.87 1.511.12 1.20 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AB AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA NoCall2 441 SNP_A-1720401 rs841851 1 43070922 1.96 5.213.34 2.14 2.39 2.80 3.34 3.13 2.49 3.02 1.41 1.28 1.831.51 1.92 1.74 1.91 2.86 1.74 1.95 2.09 1.62 2.87 3.001.53 3.05 BB NoCall NoCall BB AA BB BB BBBB AB NoCall AB AB NoCall BB BB AB AA ABBB AB BB BB BB BB BB2 442 SNP_A-1699453 rs841396 1 43177798 2.26 3.193.07 2.37 2.40 3.42 1.84 3.54 2.48 2.92 0.94 1.03 1.420.97 1.11 1.15 1.95 1.33 1.04 1.34 1.18 1.60 3.08 1.491.16 1.37 BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 443 SNP_A-1741393 rs610200 1 43285846 2.04 2.883.38 2.35 2.20 3.07 2.46 5.47 2.42 2.55 2.13 2.31 2.851.96 2.19 2.14 1.83 2.39 2.26 2.42 3.07 1.52 2.90 1.961.92 1.53 AA NoCall AA AA AA NoCall NoCall AAAA NoCall AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 444 SNP_A-1691438 rs2367190 1 43338148 1.63 1.302.01 2.61 2.27 2.54 1.54 1.79 1.58 2.12 1.39 1.69 2.401.97 2.18 2.37 1.81 2.39 2.15 2.09 1.96 1.49 1.92 1.781.22 2.04 AA AA NoCall AA BB AA AA AANoCall AB AA AB AA AB NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AB2 445 SNP_A-1669575 rs632866 1 43339717 1.63 3.021.63 2.34 2.27 2.31 1.81 3.87 1.65 1.88 1.50 1.81 2.441.36 1.96 1.81 1.81 2.12 1.75 2.31 2.26 1.49 2.09 1.471.02 1.54 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB AB BB AB BB AB NoCall AB BB AB BBBB BB BB BB NoCall BB AA2 446 SNP_A-1653604 rs839763 1 43494737 2.76 4.894.48 3.96 2.43 4.87 2.40 6.60 3.37 4.78 0.72 0.79 1.030.89 0.81 0.97 1.91 1.32 0.93 0.95 1.20 1.56 3.61 1.641.23 1.68 AA AB BB BB AA BB AA BBBB BB AA AA NoCall NoCall AA NoCall NoCall BBNoCall BB NoCall BB AB BB AB BB2 447 SNP_A-1754998 rs7516647 1 43906558 2.39 4.543.06 3.21 2.32 3.75 2.46 5.53 2.68 2.94 1.58 1.18 1.592.10 2.10 2.17 2.23 2.05 1.34 1.57 1.98 1.63 3.81 1.961.58 1.59 BB BB BB AB AA BB NoCall AAAB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BBNoCall NoCall NoCall BB BB NoCall BB BB2 448 SNP_A-1745272 rs917294 1 43918578 1.76 2.471.80 2.11 2.32 2.35 2.88 3.14 1.76 2.19 1.62 1.34 1.621.62 1.67 1.64 2.23 1.80 1.36 1.71 1.91 1.63 2.12 2.881.04 2.48 BB BB AB AB AB NoCall NoCall BBBB AB BB AB BB AA AB AB AB BB ABBB BB BB BB BB AB NoCall2 449 SNP_A-1646440 rs9326136 1 44059485 1.32 2.091.72 2.05 2.03 1.97 3.02 4.40 1.30 1.76 1.37 1.66 2.671.64 2.10 1.76 2.11 2.20 1.35 2.11 2.53 1.59 1.99 3.151.16 2.61 AA AA AB AA BB AA BB AAAB AB AA AB AA BB NoCall AB AB AA BBAA AA AA AA NoCall AB BB2 450 SNP_A-1657251 rs10493116 1 44199447 1.89 3.933.09 2.76 1.38 3.69 2.43 4.33 2.14 3.11 1.32 1.32 1.571.50 1.23 1.61 2.18 2.16 1.57 1.48 1.95 1.53 3.20 1.672.02 1.58 AA AB NoCall AB AA NoCall AA AAAB BB NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall AA AB ABAB NoCall AA NoCall BB AA BB2 451 SNP_A-1672962 rs161723 1 44452460 2.14 2.81

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.42 2.74 1.58 2.89 2.67 3.83 1.85 2.42 1.25 2.14 2.251.26 1.67 1.50 1.91 2.10 1.85 1.92 2.40 1.35 2.20 2.471.76 2.44 BB AB AB AB BB AB BB BBNoCall BB AA AB BB BB AB NoCall BB AB BBAB AB BB BB BB BB AB2 452 SNP_A-1694657 rs4660275 1 44514051 1.40 2.152.06 2.50 1.64 2.17 1.54 3.07 1.63 1.68 1.48 1.60 2.521.73 2.12 2.32 2.04 2.25 1.70 2.28 2.03 1.46 2.19 1.800.88 1.30 AA AB AB AB BB NoCall AA AAAA AA AA AB AA AA NoCall AA AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA2 453 SNP_A-1757999 rs1890948 1 44598958 1.68 2.712.21 2.64 1.64 2.79 2.02 3.28 1.48 2.17 0.93 1.94 1.741.43 1.45 1.74 2.04 1.74 1.68 2.17 1.28 1.47 2.16 2.021.10 1.28 AA AA NoCall AA BB NoCall AA AAAA AA NoCall AB AB NoCall BB AA AB AB AAAB BB BB NoCall AA AB NoCall2 454 SNP_A-1750407 rs10493119 1 44618622 1.94 3.332.26 2.81 1.64 3.80 3.68 3.78 1.86 3.12 0.70 1.51 1.390.91 1.07 0.93 2.04 1.88 1.17 1.37 1.65 1.47 2.22 2.811.75 2.30 AA AB AA AB BB AA AB AAAB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA BB AB AA2 455 SNP_A-1728313 rs3862233 1 44658748 1.82 3.231.11 2.69 1.65 3.11 3.39 3.64 1.69 2.74 0.32 0.71 1.360.83 0.70 0.70 2.04 0.83 0.86 1.36 1.86 1.47 2.66 2.740.47 2.27 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 456 SNP_A-1681124 rs270754 1 44675857 2.92 2.411.96 2.49 1.65 3.95 2.86 3.14 1.81 2.59 1.47 1.54 2.881.46 1.54 2.23 2.04 2.02 1.66 2.20 2.11 1.47 2.11 4.501.29 2.48 AA BB AB BB BB AA BB BBAB AB BB AB BB AB AB BB BB BB BBBB BB BB AB AA BB AB2 457 SNP_A-1740913 rs270703 1 44729780 2.51 2.343.78 3.95 1.64 3.90 1.80 3.37 2.74 3.76 2.32 2.50 5.622.44 2.74 4.08 1.97 3.10 2.25 3.41 2.93 1.45 4.07 2.841.44 2.23 BB AA AA AA BB AB NoCall BBAA BB AA AB AA AA AB AA AA AA AAAB AA AA AA BB AA AB2 458 SNP_A-1757507 rs263975 1 45027620 1.71 3.812.17 2.60 2.25 3.00 2.43 3.73 1.70 2.31 0.99 1.26 1.020.91 1.29 0.96 2.15 1.76 1.24 1.29 1.54 1.56 2.43 1.741.30 1.62 AA NoCall BB AB BB NoCall NoCall AABB AA AA AA AB AB AA AB AA AB AAAB AB AA NoCall BB AA BB2 459 SNP_A-1738709 rs7519454 1 45100710 1.79 2.022.73 2.86 2.12 3.23 2.46 3.34 1.98 2.51 1.46 1.13 1.691.44 1.76 1.85 2.10 2.07 2.16 2.05 1.89 1.57 2.10 2.601.52 2.63 AA AA AA AA BB NoCall AA BBAA AA AA AB AA AA NoCall NoCall AB AB ABAA AA AA AA AA AA NoCall2 460 SNP_A-1674757 rs546354 1 45100757 2.20 2.342.22 2.80 2.12 3.03 2.52 3.63 1.23 2.56 1.56 1.53 1.751.36 1.79 1.84 2.10 2.92 2.34 2.09 2.30 1.57 2.09 2.032.06 3.00 AA AB AB AB BB AA AB AABB AA AA AA AB NoCall AA AA AA AA AANoCall NoCall AA AB BB AA AB2 461 SNP_A-1735889 rs346718 1 45279522 1.93 2.322.17 2.34 2.35 2.45 2.37 2.31 2.12 2.76 1.28 1.58 1.681.72 2.00 1.99 2.30 1.84 1.70 1.91 1.70 2.95 2.24 2.191.78 1.61 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 462 SNP_A-1742295 rs1938301 1 45344213 2.89 3.373.45 3.02 2.18 3.75 3.87 3.76 3.13 3.57 1.35 1.60 1.991.64 1.53 1.72 2.22 1.84 1.89 1.54 2.05 2.76 3.47 2.282.08 2.53 AA AA AA AA AB BB AA BBNoCall AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 463 SNP_A-1731927 rs2096437 1 45417474 2.36 3.813.08 3.41 1.87 3.61 1.70 3.32 2.31 2.77 2.21 3.26 3.952.33 2.47 3.50 2.15 2.98 2.59 3.58 2.96 3.22 3.00 2.461.45 1.98 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 464 SNP_A-1659084 rs10493120 1 45572581 1.56 2.542.39 2.65 1.96 2.82 1.71 2.69 1.98 2.64 1.05 1.18 1.781.05 1.20 1.55 2.21 2.12 1.51 1.86 1.57 3.79 2.23 1.871.28 1.44 AA AA AB AB BB AB AB AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA BB AA AA AA2 465 SNP_A-1690765 rs4073846 1 46174901 2.08 2.803.02 3.17 1.60 3.03 2.39 4.28 2.03 3.18 1.21 1.11 1.680.99 1.06 0.93 2.32 2.11 1.68 1.48 1.86 1.67 2.13 1.491.99 1.63 AA AB NoCall AB BB AB AA AAAA BB NoCall BB AA AA NoCall AA AA AB ABAB AA AA BB AA BB AB2 466 SNP_A-1647892 rs785506 1 46252672 1.99 3.022.52 2.63 1.61 3.22 2.24 3.70 1.97 2.26 1.74 1.42 2.721.93 2.05 2.35 2.32 2.14 1.97 2.38 2.64 1.68 2.55 2.811.71 2.12 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall BB AA BB AA AA NoCall AA AA AB ABAB AA AA AB AA AA AB2 467 SNP_A-1676376 rs10493121 1 46331047 1.51 1.972.08 2.29 1.57 2.41 1.99 2.31 1.42 2.06 1.09 1.41 1.971.28 1.64 1.66 2.23 2.34 1.80 2.08 2.28 1.56 2.21 2.461.29 1.94 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AB AB ABAA AA AA AA AA AB AB2 468 SNP_A-1702809 rs10493122 1 46331572 1.83 2.342.42 2.87 1.57 3.07 1.76 2.67 1.77 2.48 1.06 1.45 1.981.36 1.72 1.93 2.23 2.09 1.91 2.00 2.02 1.56 2.67 2.321.30 1.76 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 469 SNP_A-1718583 rs10489769 1 46518723 1.16 2.302.69 2.92 1.82 3.43 2.48 3.58 2.03 2.78 0.93 0.71 1.190.81 1.00 0.78 2.16 1.81 0.93 1.19 1.58 1.57 2.50 1.971.17 1.54 BB BB AB AB BB AA AA BBAA AA AA AA AB AA NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 470 SNP_A-1672946 rs10489770 1 46519617 2.19 3.812.82 3.09 1.82 3.50 4.73 5.36 2.34 3.59 1.10 0.96 1.251.27 1.37 1.12 2.16 1.66 1.24 1.25 2.02 1.57 2.72 2.891.47 2.82 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA AA AB AA ABAA AA AA AA AA AA AB2 471 SNP_A-1711402 rs952947 1 46714909 1.79 1.962.62 2.69 1.68 2.62 1.96 2.81 1.76 2.29 1.92 2.02 3.912.52 2.33 3.23 2.31 1.82 2.43 2.70 1.94 1.83 2.48 2.291.27 2.10 BB AB BB AB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB BB AA AB BBBB AB BB BB BB AB AB2 472 SNP_A-1644400 rs1273237 1 46821271 1.86 2.00

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.53 3.03 1.68 2.77 1.99 1.92 1.59 2.57 1.81 2.01 2.502.32 2.37 2.63 2.36 2.72 2.42 2.64 2.57 1.89 2.01 2.351.59 2.48 BB BB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 473 SNP_A-1726574 rs1933932 1 46821348 1.72 2.802.35 2.65 1.68 3.08 1.13 2.56 1.71 2.00 1.39 2.01 2.031.61 1.83 2.35 2.36 2.32 1.50 2.36 2.20 1.89 2.54 1.630.87 1.27 BB BB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 474 SNP_A-1744333 rs631840 1 46829964 1.53 1.781.98 2.37 1.68 2.32 1.81 1.80 1.47 1.90 2.31 1.37 1.431.51 1.83 1.89 2.36 2.62 1.88 2.37 2.50 1.89 1.88 2.241.34 1.86 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 475 SNP_A-1692270 rs620913 1 46830087 1.85 2.961.57 2.72 1.68 2.61 1.97 3.01 1.35 1.57 2.41 1.92 1.612.10 2.17 2.08 2.36 3.63 1.62 2.14 3.74 1.89 2.13 2.851.07 3.23 NoCall AB AB AB AB AB BB BBAB BB AB AB AB AB AB AB AB AB BBAB AB AB AB BB AB AB2 476 SNP_A-1716769 rs2289447 1 46830188 1.38 2.151.98 2.45 1.68 2.35 1.70 2.58 1.32 1.82 2.88 1.92 1.962.32 2.49 2.97 2.36 2.25 2.47 3.00 2.50 1.89 1.97 1.961.31 1.50 AA AA NoCall AA AB AA BB BBAA AB AB AB AA AA AB AA AB AA BBAB AB AA AA BB AB AA2 477 SNP_A-1720179 rs1150068 1 46830938 1.44 2.312.02 2.10 1.68 2.17 2.77 2.82 1.59 2.75 1.42 1.74 1.060.91 1.21 1.00 2.36 1.90 1.33 1.54 1.96 1.89 1.93 3.171.15 2.34 AA AA NoCall AA AB AA BB BBNoCall BB AB AB AA AA AB AA AB AA BBAB AB AA AA BB AB AA2 478 SNP_A-1663042 rs1048380 1 46854558 1.96 1.902.21 2.42 1.68 2.29 2.39 2.23 1.31 2.38 1.85 2.10 3.172.26 2.02 2.59 2.36 2.71 3.09 2.65 2.74 1.89 2.10 2.622.12 2.78 AA AA AB AA AB AA BB BBAA AB NoCall AB AA AA NoCall AA AB AA BBAB AB AA AA BB AB AA2 479 SNP_A-1714266 rs1440487 1 46879095 2.03 2.642.89 2.90 1.68 3.24 2.47 3.00 2.05 2.40 1.20 1.69 1.541.46 1.75 1.74 2.36 2.72 2.07 2.11 1.97 1.89 2.72 2.281.68 2.45 AA AB AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AB AB AAAA AB AA AA AA AB AA2 480 SNP_A-1740585 rs1440486 1 46879258 2.01 2.662.76 2.85 1.68 3.50 1.90 3.06 2.18 2.80 0.93 1.77 1.381.16 1.42 1.56 2.36 2.44 1.47 2.11 2.05 1.89 3.10 2.001.40 1.74 BB BB NoCall BB AA BB AA AABB AB AA AB BB BB NoCall BB AB BB AAAB NoCall BB BB AA AB BB2 481 SNP_A-1670029 rs720413 1 46931843 1.82 1.612.43 2.67 1.68 3.11 2.19 2.13 1.82 2.37 1.71 1.48 2.312.09 2.27 2.67 2.36 2.78 2.66 2.63 2.58 1.89 2.21 2.241.73 2.20 AA AB AB AA AB AB AB AABB BB BB AB AB BB BB AB BB BB BBAA BB AA BB BB AB AB2 482 SNP_A-1664054 rs10493125 1 47037690 1.88 2.852.97 2.82 1.57 3.74 2.27 3.29 2.18 3.37 0.99 1.56 1.341.10 1.12 1.11 2.33 2.20 1.37 1.52 1.82 1.86 2.49 2.201.76 2.29 BB AB BB BB BB AB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AB NoCall BB BB NoCall AA NoCall BB BB BBBB AB BB BB BB AB AB2 483 SNP_A-1699173 rs1002378 1 47257332 2.45 2.173.16 3.51 1.59 3.73 1.41 1.65 2.63 2.85 1.42 1.97 2.301.88 2.43 3.33 1.92 2.52 1.93 3.16 2.23 1.41 3.03 1.681.35 1.32 AB AB NoCall AB AB AB AB BBBB BB AB AB AB AB AB AB BB AB BBAB AB BB NoCall BB AB AB2 484 SNP_A-1706053 rs2798353 1 47353061 1.93 2.452.64 2.81 1.67 3.07 2.56 3.61 1.77 2.32 1.31 1.66 2.051.38 1.71 1.54 1.79 2.23 1.84 1.75 2.45 1.44 2.43 1.981.45 1.73 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAB AA AA AA BB AA AB2 485 SNP_A-1657968 rs881261 1 47657326 2.82 3.513.68 3.62 1.69 3.89 3.26 6.15 2.32 4.10 1.29 1.26 1.491.85 1.87 1.69 2.02 1.37 1.48 1.28 1.71 1.46 2.87 2.431.84 2.26 AA AB NoCall AB AA NoCall NoCall BBNoCall BB NoCall AA NoCall NoCall NoCall AB BB AANoCall NoCall BB BB BB BB BB BB2 486 SNP_A-1722792 rs688540 1 47714467 1.88 2.332.31 2.38 1.69 2.52 2.62 4.15 1.75 2.09 0.97 1.45 1.531.42 1.35 1.43 2.03 2.03 1.98 1.99 1.66 1.46 1.82 2.031.60 2.24 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 487 SNP_A-1757830 rs2485446 1 47731908 1.51 3.072.05 2.32 1.70 2.21 3.06 4.95 1.22 1.75 1.25 1.67 2.211.63 1.75 1.96 2.05 1.47 1.09 1.45 1.64 1.45 1.86 2.110.91 1.95 BB AB AB AB BB AA NoCall BBNoCall BB BB AB BB AA AB BB BB AA ABAB AB AA BB BB AB BB2 488 SNP_A-1712275 rs10493127 1 47826437 2.56 4.553.36 3.07 1.70 3.32 3.00 4.84 2.26 3.56 1.29 1.25 1.541.59 1.87 1.78 2.06 1.65 1.79 1.46 2.17 1.45 2.56 1.822.23 2.21 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA NoCall NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 489 SNP_A-1654567 rs7530242 1 47901273 1.87 2.952.51 2.80 1.70 3.12 1.70 2.41 1.93 2.95 1.25 1.73 3.071.65 1.69 2.17 2.06 2.30 1.33 1.86 1.91 1.46 2.65 2.261.21 2.05 AA AA AA AA BB AA AB BBNoCall AB AA AB AB AA AB AB AA AA AAAA NoCall AA AA BB AA AB2 490 SNP_A-1704029 rs4927069 1 47974639 1.67 1.842.35 2.66 1.65 2.62 2.17 2.51 2.07 2.70 1.95 1.64 4.372.55 2.00 2.84 2.17 2.10 2.10 2.40 2.40 1.53 2.02 2.001.30 1.58 AA AB BB BB BB AB NoCall AABB BB BB AB AB BB NoCall AB BB AB BBBB BB AA BB BB BB AB2 491 SNP_A-1688038 rs10493132 1 48195006 1.69 2.302.54 2.93 1.81 2.84 2.50 3.47 2.04 1.94 2.69 2.70 2.841.50 1.43 1.48 2.36 2.38 2.21 1.93 2.47 1.69 2.06 2.251.71 2.24 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 492 SNP_A-1670722 rs1693258 1 48195217 1.86 2.962.17 2.57 1.81 2.98 1.93 4.13 1.85 2.63 2.74 2.65 2.251.85 1.74 1.56 2.36 1.96 1.77 1.88 2.01 1.69 2.42 1.651.39 1.44 AA BB NoCall BB BB NoCall BB BBAA BB NoCall AB BB NoCall NoCall BB AB AA ABBB AB AA NoCall NoCall AA BB2 493 SNP_A-1702469 rs647888 1 48245200 1.53 1.24

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.05 2.37 1.83 2.29 1.56 1.88 1.47 1.62 4.14 1.71 3.832.11 1.48 3.20 2.40 2.41 4.23 2.80 2.10 1.74 1.52 2.211.37 1.79 BB NoCall AB BB BB AB BB AAAB AB BB BB AB AB NoCall AB AB BB BBAB BB BB BB AA BB BB2 494 SNP_A-1749463 rs560004 1 48261693 1.48 2.582.07 2.58 1.83 2.66 1.98 3.54 1.30 2.17 2.35 1.99 1.491.38 1.34 1.30 2.40 2.12 1.37 1.68 2.05 1.74 1.82 2.001.17 1.75 BB AB AB AB AB AB BB BBBB AB AB BB BB AB AB BB BB AB BBAA BB AA AB BB BB AA2 495 SNP_A-1684806 rs10489600 1 48412345 2.07 1.972.49 3.00 1.80 2.95 2.36 3.09 1.69 2.11 3.68 1.67 3.062.08 2.16 2.42 2.39 1.92 2.38 2.49 2.21 1.73 1.71 3.151.43 2.79 BB AA AB BB BB BB BB BBAB AB BB AB AB AB BB BB BB AB BBAB BB AA AB BB AB BB2 496 SNP_A-1729788 rs212970 1 48429828 1.74 2.332.33 2.50 1.80 2.73 2.16 3.78 1.88 2.06 3.32 2.26 2.762.58 2.40 2.53 2.39 2.83 2.25 2.45 2.82 1.74 2.50 2.511.34 1.58 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAB AA AA AA AA AA AA2 497 SNP_A-1645024 rs2063712 1 48515625 2.28 2.632.19 2.72 1.75 2.45 2.87 1.47 1.61 2.59 2.37 1.78 1.101.70 1.95 1.65 2.19 2.13 1.97 1.71 1.99 1.80 1.87 2.601.84 2.70 BB AA AB BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB AA AB NoCall BB NoCall2 498 SNP_A-1653644 rs1343124 1 48684830 1.57 2.211.75 2.01 1.49 2.44 2.41 2.64 1.26 2.04 3.05 1.51 1.541.45 1.36 1.89 1.96 2.19 1.42 1.64 1.94 1.70 1.77 2.361.00 1.80 BB BB BB BB BB AB AB BBAB AB NoCall AA AB AB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB AA BB2 499 SNP_A-1740263 rs2256030 1 48686889 1.65 2.452.17 2.32 1.49 2.50 2.16 3.04 1.68 2.42 2.31 2.12 1.661.49 1.39 1.64 1.96 2.14 1.94 1.73 2.13 1.70 1.66 2.141.63 2.09 BB AA AB BB BB AB NoCall BBBB BB BB AB BB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB AA NoCall BB NoCall BB2 500 SNP_A-1669457 rs1539530 1 48686953 1.64 2.572.27 2.13 1.49 2.52 2.11 3.69 1.74 2.10 2.40 2.40 1.581.37 1.53 1.70 1.96 2.10 1.49 1.75 2.13 1.70 2.40 2.101.20 1.72 AA BB AB AA BB AB NoCall AABB BB AA BB AB BB NoCall AA AA AB AAAA AA BB AB AA BB AB2 501 SNP_A-1721447 rs2354462 1 48687466 1.57 1.581.82 2.33 1.49 2.46 1.34 2.14 1.49 1.77 2.88 1.81 1.681.56 1.75 2.16 1.96 2.37 1.60 1.97 2.64 1.70 1.76 1.980.93 1.74 BB AA AB BB BB AB NoCall BBBB BB BB AB BB AB AB BB BB BB BBBB BB AA AB BB AB BB2 502 SNP_A-1713263 rs1113487 1 48715276 2.20 2.362.92 2.92 1.47 3.72 3.51 4.56 2.94 3.82 3.42 3.69 3.602.36 3.03 3.28 1.93 2.11 1.22 2.45 2.59 1.71 3.51 3.401.16 2.47 BB AB AB BB BB BB BB BBNoCall BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 503 SNP_A-1739885 rs10493133 1 48753114 1.47 1.432.26 2.59 1.48 2.23 1.56 2.42 1.41 2.09 2.20 1.68 2.291.24 1.20 1.49 1.91 2.23 1.42 1.43 1.74 1.71 1.85 1.581.04 1.86 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB AB2 504 SNP_A-1681632 rs320035 1 48801217 2.15 2.542.80 2.92 1.48 2.76 3.15 3.45 2.05 2.78 3.25 2.37 3.171.92 2.41 2.17 1.89 2.27 2.27 2.37 2.55 1.72 2.41 2.931.90 2.03 AA AB BB AB BB AB BB BBNoCall NoCall BB AB BB NoCall BB AA AB AB AABB AB BB NoCall BB NoCall NoCall2 505 SNP_A-1758556 rs320040 1 48881283 1.53 1.921.84 2.15 1.50 2.20 2.16 2.10 1.38 1.92 2.47 1.96 1.751.67 1.79 1.89 1.90 2.05 1.49 1.77 2.15 1.70 1.90 2.391.10 2.05 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 506 SNP_A-1693335 rs320041 1 48881815 1.43 1.631.72 2.26 1.50 2.14 1.34 2.55 1.39 1.51 3.83 2.57 2.762.38 1.91 2.61 1.90 1.81 1.96 2.00 1.73 1.70 1.66 1.660.84 1.71 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 507 SNP_A-1746867 rs1385152 1 48905414 1.69 2.622.15 1.85 1.50 2.36 2.38 3.52 1.83 2.31 2.65 1.88 1.911.83 1.92 1.94 1.90 1.81 1.32 1.68 1.92 1.70 2.51 2.461.14 1.63 AA AB AA BB BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall AA AA AB2 508 SNP_A-1713918 rs1934393 1 48920638 1.86 2.362.30 2.69 1.50 2.26 2.36 2.57 1.93 2.75 3.55 2.66 4.062.55 2.47 2.82 1.90 2.26 1.85 1.93 2.76 1.70 2.29 2.571.35 2.35 AA AB AA AA AA AA AA AABB BB AB AA AB NoCall AA AA BB BBNoCall AA AA AA AA AA AA NoCall2 509 SNP_A-1696914 rs10493136 1 48938157 1.69 4.632.17 2.52 1.51 2.78 2.14 4.33 1.65 2.19 3.13 2.76 3.381.64 2.00 2.16 1.89 2.20 1.70 2.20 2.13 1.64 2.10 1.821.61 1.85 AA AB AB AA AA AA AA AAAB AB AA AB AA NoCall NoCall AA BB AB ABAA NoCall AA AA NoCall AA NoCall2 510 SNP_A-1698227 rs1934369 1 48987185 1.54 2.832.02 2.06 1.42 2.30 2.21 3.98 1.86 2.75 3.10 2.59 2.491.91 1.88 2.90 1.87 1.84 1.13 2.29 1.92 1.63 2.32 3.110.87 1.74 AA AB AB AB AA AA AA AAAB NoCall AA AB AB AB AA AA BB AB ABAA AB AA AA NoCall AA AB2 511 SNP_A-1758804 rs1108427 1 49097486 1.78 2.022.40 2.61 1.53 2.71 2.20 1.73 1.95 3.14 2.98 1.51 1.772.18 1.58 2.50 1.89 2.16 1.34 1.76 2.01 1.73 2.19 2.101.14 1.76 NoCall AA NoCall AB BB AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA2 512 SNP_A-1725222 rs726814 1 49112835 1.68 2.652.44 2.86 1.53 3.14 1.69 2.12 2.06 2.46 3.29 1.93 2.371.92 1.53 2.43 1.89 2.67 1.55 2.25 2.38 1.74 2.25 2.601.18 1.89 AA BB AB AB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 513 SNP_A-1648162 rs3118225 1 49176687 1.65 2.142.21 2.61 1.74 3.05 2.26 2.51 2.17 2.95 2.87 2.35 2.351.99 1.69 2.65 1.88 2.44 1.04 2.24 2.30 1.75 2.69 3.201.06 1.80 AA BB AA BB AB AB NoCall AAAB AB BB AB BB AB BB AB AA AA ABBB AB BB BB AA BB AA2 514 SNP_A-1664052 rs1343426 1 49178035 1.16 1.90

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.60 2.42 1.74 1.93 1.60 1.81 1.19 1.68 4.24 2.93 2.532.60 1.70 2.91 1.88 2.33 1.66 2.26 2.20 1.75 1.64 2.520.66 1.88 NoCall AB NoCall BB AB NoCall BB BBAB AB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB NoCall BB2 515 SNP_A-1683200 rs6665118 1 49252278 1.95 2.062.21 2.52 1.76 2.65 1.92 2.56 1.62 1.92 3.53 2.05 2.542.01 1.56 2.38 1.91 2.85 2.89 2.54 3.73 1.70 1.98 3.472.13 2.97 AA AA AB AA AA AA AA BBAB AB AA AB AA NoCall AA AB AB AA AAAA AB AA AA BB AA AB2 516 SNP_A-1668314 rs1179398 1 49261516 1.32 1.442.31 2.40 1.76 2.08 1.81 1.42 1.98 1.48 6.34 2.31 4.393.20 2.01 4.37 1.91 3.23 4.38 3.56 3.79 1.70 1.35 2.111.51 1.96 BB BB NoCall BB AB BB BB AANoCall AB BB AB BB AB BB AB AA AB ABBB AB BB BB AA BB AB2 517 SNP_A-1743251 rs3862265 1 49262549 1.54 3.081.87 2.60 1.76 2.07 2.06 2.48 1.49 1.91 2.99 2.56 3.501.42 1.27 1.65 1.91 1.88 1.23 2.10 2.86 1.70 2.28 1.841.42 1.53 BB AB BB AA AA AB AA BBBB BB AA BB AA AB AA AB BB BB ABAA AB AA AA BB AA BB2 518 SNP_A-1729164 rs354167 1 49383070 1.35 2.561.80 1.98 1.76 2.10 2.14 2.28 1.48 2.23 2.80 2.44 1.641.82 1.60 2.34 1.94 2.21 1.85 2.25 2.16 1.74 1.89 3.001.42 1.28 AA AA AB AA AB AA AA BBAB AB AA AB AA AB AA AB BB AB ABAA AB AA AA BB AA BB2 519 SNP_A-1738959 rs925043 1 49407143 1.98 2.982.61 2.53 1.76 3.19 2.09 2.84 2.62 3.29 1.92 1.71 1.551.21 1.12 1.46 1.94 1.79 0.97 1.52 1.66 1.74 2.94 2.081.32 1.13 NoCall BB NoCall BB AA AB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 520 SNP_A-1716935 rs164834 1 49454094 1.72 1.562.33 2.32 1.82 2.45 1.66 1.10 1.65 1.85 3.22 1.56 1.852.01 1.32 2.32 1.96 2.09 2.67 2.24 1.94 1.77 2.21 2.111.56 0.94 NoCall BB NoCall BB BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 521 SNP_A-1748297 rs164825 1 49466149 1.83 1.842.42 2.61 1.82 2.66 1.66 1.30 1.85 2.71 3.16 2.15 2.331.78 1.48 2.66 1.96 2.11 1.50 2.20 1.96 1.77 2.16 2.421.06 1.74 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 522 SNP_A-1644914 rs1431638 1 49474438 1.67 2.592.14 2.23 1.82 2.24 1.82 1.78 1.54 2.06 3.42 2.27 2.471.79 1.74 2.19 1.96 1.84 1.62 2.16 1.79 1.77 1.79 2.051.23 1.58 BB AA BB AA AB AB AA BBNoCall AB AA AB AA AB AA AB BB BB ABAA AB AA AA BB AA BB2 523 SNP_A-1668144 rs1890288 1 49541616 1.83 2.042.30 2.54 1.89 2.71 2.71 1.81 1.91 2.57 3.59 2.61 2.792.16 1.62 2.28 2.01 2.49 2.07 2.35 2.37 1.66 1.96 3.031.57 2.28 BB AA BB AA AB AB NoCall BBNoCall AB AA AB AB NoCall AA NoCall BB BB ABAA NoCall AA AA BB AA BB2 524 SNP_A-1745996 rs1112687 1 49780724 1.80 2.062.12 2.66 2.10 2.27 2.59 1.70 1.48 2.16 3.88 2.86 3.042.83 1.60 3.15 2.29 2.45 3.06 2.18 2.53 1.89 1.79 3.321.56 2.81 AA AA AB AA AB AA AA BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AB AA AB AA AB AA AB BB AB ABAA AB AA AA BB AA AB2 525 SNP_A-1720511 rs10493144 1 49994674 1.67 2.692.15 2.48 2.18 2.47 1.48 1.40 1.80 1.92 3.10 1.95 1.821.62 1.93 2.70 2.12 1.97 1.79 2.17 2.03 1.82 1.91 2.201.17 0.91 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 526 SNP_A-1727305 rs9326010 1 50297303 1.22 1.942.31 2.61 1.78 2.31 1.55 1.62 1.47 2.05 4.20 2.40 2.392.08 2.51 2.66 2.03 2.58 2.48 2.52 2.26 1.66 1.72 1.661.67 1.75 BB BB NoCall BB BB BB BB AAAB AB BB AB BB AB BB NoCall AB BB BBBB NoCall BB BB AA BB AB2 527 SNP_A-1757878 rs10493151 1 50310770 1.64 2.472.34 2.60 1.78 2.37 2.78 3.31 1.94 2.36 4.88 3.79 2.773.41 3.63 4.11 2.03 2.74 2.49 2.95 3.49 1.66 2.48 2.981.61 2.15 AA AA AA AA BB NoCall AA AANoCall NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 528 SNP_A-1751755 rs1393637 1 50465619 1.81 2.422.17 2.57 1.76 2.84 1.82 2.37 1.73 2.35 2.71 1.72 2.591.67 2.10 2.37 2.08 2.12 1.70 1.80 2.06 1.68 2.03 2.211.03 1.87 AA AA NoCall AA BB NoCall AA AANoCall AA AA AA AA AA AB AB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 529 SNP_A-1664726 rs10493150 1 50507627 1.56 2.212.18 2.52 1.76 2.66 1.91 3.16 1.75 2.11 4.20 2.32 3.612.55 2.58 2.88 2.08 2.60 2.69 2.51 2.69 1.67 1.66 3.421.31 2.85 BB AA AB AB BB AB BB AAAA AA AB AA AB AA AB AB AB AA ABBB AA BB BB AA BB AA2 530 SNP_A-1704355 rs2134456 1 50515606 1.67 2.362.61 2.96 1.76 2.91 1.98 3.07 1.88 2.67 1.37 1.76 2.411.47 1.87 1.63 2.08 2.09 1.64 1.98 2.18 1.67 1.87 2.321.40 2.11 AA BB AB AB BB NoCall AB BBBB BB AA BB AB BB NoCall AB BB BB ABAA BB AA AA BB AA BB2 531 SNP_A-1669133 rs6660224 1 50526751 1.51 2.562.12 2.28 1.76 2.91 1.76 3.34 1.92 2.07 1.59 1.52 1.520.96 1.20 1.06 2.08 1.41 0.95 1.27 1.41 1.67 2.33 1.680.82 1.32 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 532 SNP_A-1669259 rs4926554 1 50634662 1.78 2.112.18 2.71 1.58 2.69 2.05 2.39 1.72 2.31 2.77 1.72 1.811.61 1.84 2.13 1.96 2.24 1.33 1.88 2.35 1.43 2.30 2.431.08 1.89 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 533 SNP_A-1648562 rs10493149 1 50682496 1.61 1.532.25 2.86 1.57 3.01 1.47 1.35 1.84 2.06 4.56 2.18 2.673.03 2.14 3.10 1.96 2.65 2.45 3.23 2.33 1.43 2.16 2.281.25 1.85 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB NoCall AB BB BB AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 534 SNP_A-1753469 rs6588391 1 50837181 1.66 2.461.94 2.40 1.60 2.49 2.90 3.41 1.54 2.16 1.88 1.62 1.331.39 1.38 1.35 2.19 1.53 1.27 1.39 1.62 1.73 2.05 2.111.06 1.72 BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 535 SNP_A-1726548 rs1849553 1 51030026 1.89 2.35

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.42 2.37 1.50 1.87 2.91 1.99 1.61 2.52 4.31 2.08 2.622.91 2.91 3.88 2.13 2.62 2.79 3.02 2.62 1.70 2.11 3.581.75 2.49 BB AA AB BB BB AA AB AAAA AA AB AA AA AA AA AA AA AB AAAB AA AA BB AA BB AA2 536 SNP_A-1679204 rs1398868 1 51031367 1.41 1.962.09 2.54 1.50 2.08 2.53 1.34 1.59 1.69 3.38 1.97 1.461.83 1.66 2.34 2.13 2.22 2.43 2.47 2.33 1.70 1.85 2.091.46 2.06 AA BB NoCall AA BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB BB AB BBAB BB BB AA BB AA AB2 537 SNP_A-1754382 rs6588410 1 51650120 1.97 2.692.87 2.97 1.89 3.32 1.93 4.51 2.39 2.66 2.14 1.36 1.582.01 1.86 2.38 2.39 2.45 1.84 2.08 2.42 1.83 3.48 2.241.81 1.74 BB BB AB BB BB BB NoCall AABB BB BB AB NoCall BB NoCall BB BB BB BBAB NoCall BB BB BB BB AB2 538 SNP_A-1748403 rs10493154 1 51650869 1.90 1.972.36 2.38 1.89 2.47 2.39 2.43 1.50 2.37 3.76 2.76 2.763.07 3.63 4.01 2.39 2.30 2.03 2.92 2.63 1.83 2.47 3.291.23 2.43 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 539 SNP_A-1686278 rs10493155 1 51651218 1.74 1.282.21 2.84 1.89 2.51 1.96 1.18 1.61 2.09 3.71 1.67 1.802.26 2.68 2.97 2.39 2.45 2.63 2.48 1.97 1.83 1.67 2.281.58 2.31 AA AA NoCall AA BB AA AANoCall AA AA AA AB AB AA NoCall AA AA AAAA AB NoCall AA AA AA AA AB2 540 SNP_A-1675664 rs10489546 1 51933735 1.93 2.352.34 2.20 1.58 2.55 1.85 2.07 1.72 2.34 1.62 1.55 0.930.86 1.07 0.91 1.89 1.69 1.45 1.46 1.58 1.60 2.14 1.651.41 1.83 BB BB BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB AB BB AB BB BB BB BBBB AB AA NoCall BB BB AB2 541 SNP_A-1665336 rs768529 1 51946762 1.44 2.912.09 2.57 1.58 2.55 2.10 2.96 1.30 2.42 2.91 2.18 2.851.81 2.10 2.16 1.89 1.84 1.18 1.93 1.88 1.60 2.51 2.440.87 1.98 BB NoCall NoCall AA AB AA NoCall BBBB NoCall AA BB AA AA NoCall AB AB AA ABAB NoCall AA AA BB AB AA2 542 SNP_A-1690713 rs856613 1 51973151 1.54 2.042.14 2.29 1.58 2.71 2.34 2.87 1.66 2.27 3.68 2.23 3.082.16 2.49 2.57 1.89 2.49 1.78 2.99 2.78 1.61 2.19 2.811.47 1.96 BB BB BB BB AB NoCall BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 543 SNP_A-1693363 rs1417367 1 52010490 1.49 1.572.26 2.71 1.58 2.37 1.68 1.99 1.65 1.83 5.10 2.03 2.722.16 2.70 2.95 1.89 2.09 2.27 2.79 2.06 1.61 1.72 1.741.20 1.59 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 544 SNP_A-1737850 rs3790523 1 52417306 1.72 2.232.24 2.57 1.45 2.30 2.45 2.90 1.60 2.21 2.00 1.62 1.051.24 1.41 1.35 2.14 2.40 1.82 1.80 2.05 1.58 2.01 1.721.57 1.82 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AB AA AA NoCall AA AA AA AA AAAB AB AA AB AA AA AB2 545 SNP_A-1658600 rs10493164 1 52430902 1.63 2.331.89 2.25 1.45 2.18 2.25 2.52 1.46 1.96 2.47 1.54 2.021.65 2.91 1.94 2.14 2.11 1.50 1.88 2.32 1.58 1.90 1.671.29 1.93 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB AB BB BB BB2 546 SNP_A-1717669 rs7513934 1 52530209 1.28 1.791.51 2.19 1.50 2.03 1.90 2.81 1.52 2.12 3.68 1.60 3.502.26 1.85 2.04 2.18 2.51 2.36 2.28 2.34 1.66 1.29 1.681.94 1.62 AA AB AA AB BB AA AB BBBB BB AA BB AA AB AB AB AB AB AAAB AA BB AA BB AB AB2 547 SNP_A-1752263 rs6682550 1 52665787 1.64 2.282.10 2.08 1.51 2.16 2.15 2.52 1.48 2.32 2.58 2.09 2.011.45 1.90 1.37 2.17 1.73 1.64 1.81 1.92 1.67 2.25 2.361.26 2.00 AA AA NoCall AA AB AA AB AAAA AA BB AA AA AB AA AA AB AA AAAB AB AA BB AA AA AB2 548 SNP_A-1754352 rs835351 1 52759614 1.38 2.022.13 2.12 1.57 2.08 2.60 2.55 1.51 1.95 3.91 1.53 3.142.08 2.04 2.75 2.12 2.16 2.76 2.33 2.31 1.87 2.18 1.821.77 1.67 AA AA NoCall AA AB AA NoCall AAAA AA AB AA AA AB AA AA AB AA AAAB AB AA NoCall AA AA AA2 549 SNP_A-1674421 rs950182 1 52979301 1.17 1.611.57 2.60 1.90 2.06 1.27 2.96 1.62 1.44 5.93 1.98 3.492.90 2.57 4.61 2.06 2.41 3.50 3.78 2.46 1.87 1.34 1.641.14 1.78 BB BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 550 SNP_A-1719293 rs551591 1 53013897 1.80 2.352.15 2.59 1.85 2.35 2.11 2.92 1.69 2.63 2.20 1.51 2.261.29 1.56 1.44 2.02 1.76 1.63 1.84 1.76 1.75 2.42 2.101.32 2.07 AA AA AA AB BB AB AA AAAA AB BB AB AB AB BB BB AB AB ABBB AB BB AA NoCall NoCall AB2 551 SNP_A-1684302 rs1242317 1 53126787 1.96 2.012.49 2.86 1.85 3.01 2.61 3.54 2.07 2.53 2.70 1.32 2.172.22 3.05 2.35 2.02 2.63 2.77 2.25 3.31 1.74 2.19 2.712.86 2.39 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBBB BB AA AB AB NoCall NoCall AA NoCall AB ABAB NoCall AA BB BB BB AB2 552 SNP_A-1673478 rs10493170 1 53172112 2.32 2.842.44 2.82 1.85 2.61 3.16 3.87 1.86 2.45 3.10 2.32 3.012.72 2.71 2.66 2.02 1.98 2.18 2.12 2.62 1.74 2.76 3.341.71 2.85 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB AB NoCall BB BB NoCall BB BBBB AB BB BB BB BB NoCall2 553 SNP_A-1647692 rs10493171 1 53173285 2.24 1.772.68 3.27 1.85 2.97 2.41 4.26 1.60 2.07 2.72 1.49 1.071.35 1.48 1.58 2.02 2.25 1.62 1.76 1.47 1.74 2.96 2.661.63 1.44 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 554 SNP_A-1739765 rs10493172 1 53235925 1.58 2.021.88 2.30 1.88 2.56 2.67 2.21 1.50 2.05 2.98 1.51 2.021.68 1.99 1.82 2.03 2.10 1.42 1.81 2.48 1.68 1.83 2.361.10 2.23 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AB AA AA AA AB AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 555 SNP_A-1751529 rs725509 1 53238125 1.37 2.891.66 2.08 1.88 2.28 1.97 4.55 1.65 2.04 2.92 2.15 3.261.88 1.92 2.48 2.03 1.62 1.04 1.82 1.93 1.68 2.24 2.030.81 1.64 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 556 SNP_A-1647674 rs725510 1 53238268 1.96 3.25

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.34 2.84 1.88 2.65 2.00 2.89 2.57 2.19 3.71 1.64 3.782.09 2.27 3.27 2.03 2.15 2.86 2.81 2.01 1.68 2.31 2.251.22 2.09 AA NoCall AA AA BB NoCall AA AANoCall NoCall AA AA AB AA AA AA AB AA AAAB AB AA AA AA AA AB2 557 SNP_A-1715769 rs761490 1 53928675 2.35 2.932.42 2.60 1.70 2.62 1.92 3.61 1.99 2.23 2.88 1.81 2.381.79 1.96 1.82 2.13 2.76 1.70 2.14 1.89 1.80 2.44 2.381.14 1.92 BB AB AA AB AB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AB AA BB AAAB AB BB AA AA NoCall AA2 558 SNP_A-1714188 rs1181147 1 53981108 1.69 2.152.84 2.95 1.67 2.91 2.27 3.56 2.14 2.97 3.49 1.30 2.021.73 1.92 2.09 2.07 2.61 2.61 2.37 2.54 1.89 2.16 2.302.43 2.30 BB BB NoCall AB BB AB NoCall AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB NoCall AA AA AA AA AB2 559 SNP_A-1737411 rs10489461 1 54001041 0.99 1.601.75 2.26 1.68 2.27 2.28 2.74 1.47 1.85 4.07 1.91 2.652.31 2.29 2.55 1.95 2.41 2.48 2.61 2.45 1.79 1.66 2.461.53 2.24 AA AA NoCall AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 560 SNP_A-1693122 rs1181189 1 54001236 1.62 2.732.06 2.50 1.68 2.70 1.50 2.81 1.63 1.93 3.17 1.64 2.131.73 1.93 2.01 1.95 1.81 1.23 2.15 1.85 1.79 2.11 1.600.86 1.27 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 561 SNP_A-1755360 rs7526578 1 54208501 1.44 2.411.93 2.14 1.67 2.45 2.12 2.76 1.56 2.10 2.24 1.48 1.431.21 1.67 1.51 1.96 2.10 1.08 1.92 2.14 1.65 2.42 2.021.03 1.60 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 562 SNP_A-1662412 rs950397 1 54241547 1.68 2.102.21 2.44 1.70 2.86 2.11 2.07 1.63 1.99 2.43 1.73 1.921.84 2.11 2.19 1.93 1.38 1.28 1.45 1.32 1.65 2.35 2.070.95 1.71 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 563 SNP_A-1703381 rs590041 1 54454492 1.83 2.792.35 2.56 1.78 2.59 2.86 3.07 1.64 2.87 2.30 1.51 2.201.41 1.63 1.57 2.11 1.37 1.16 1.53 1.85 1.70 3.03 2.541.32 2.03 AA AB BB BB BB AB NoCall BBNoCall AB AB AB AA AA AB BB BB AANoCall AB BB BB BB AA NoCall AA2 564 SNP_A-1664462 rs9326028 1 54462646 1.68 2.592.01 2.34 1.82 2.59 1.96 2.71 1.73 2.16 3.37 1.87 4.321.77 1.94 2.18 2.16 2.68 2.09 2.83 2.49 1.60 2.20 2.291.63 1.76 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB AB BB AB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 565 SNP_A-1725892 rs10489809 1 54469422 2.87 3.444.32 3.32 1.82 3.91 3.71 6.87 2.82 3.71 2.03 1.47 1.931.94 2.25 2.24 2.16 2.01 1.94 1.40 2.03 1.60 3.71 2.631.88 2.45 BB BB NoCall AB BB BB NoCall AABB BB NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall AB BB BBAB NoCall BB BB NoCall BB BB2 566 SNP_A-1657532 rs10489565 1 54538208 1.90 2.272.38 2.33 1.84 2.35 2.93 3.00 1.89 2.10 3.33 1.41 2.051.60 1.86 1.96 2.36 2.34 2.55 2.12 2.31 1.68 2.29 2.151.79 2.19 BB NoCall BB BB AB BB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB AB AB BB NoCall BB BB AA AB ABAB AB BB BB BB BB BB2 567 SNP_A-1747915 rs10489663 1 54898707 1.48 1.822.29 2.53 1.66 2.26 1.73 2.46 1.43 2.06 2.75 2.20 2.101.49 1.67 1.71 2.08 2.19 1.93 2.28 2.15 1.64 2.11 2.401.47 2.38 AA AB AA AA BB AA AB AAAA AB AA AA AA AA AB AA AA BB AAAB AA AA AB AA AA AA2 568 SNP_A-1696752 rs689322 1 54979530 1.68 2.332.44 2.65 1.74 2.64 2.34 3.04 1.64 2.42 2.63 1.43 2.001.38 1.82 1.66 2.06 1.92 1.43 2.02 1.99 1.61 2.30 2.451.06 2.20 AA BB NoCall BB BB BB BB BBAB AA AB BB AB BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB BB AA BB2 569 SNP_A-1684344 rs688938 1 54979582 2.16 3.163.05 2.67 1.74 3.20 2.14 3.77 2.08 3.91 2.94 1.73 3.011.67 2.00 2.40 2.06 2.29 1.47 2.31 2.28 1.61 2.96 2.941.40 2.13 AA NoCall AA AB BB NoCall NoCall BBAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA BB2 570 SNP_A-1748991 rs141014 1 55011160 1.40 3.201.75 2.25 1.70 2.29 2.38 2.25 1.40 2.36 2.61 1.52 1.801.42 1.80 1.73 2.12 2.05 1.06 1.69 2.38 1.59 1.80 2.140.93 1.26 BB AB BB BB BB BB BB AABB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 571 SNP_A-1651894 rs2114580 1 55106669 2.02 3.342.55 2.90 1.87 2.97 2.56 3.92 1.84 2.88 1.39 1.93 1.381.12 1.06 1.01 2.24 1.50 1.28 1.28 1.55 1.74 2.83 1.951.64 1.90 AA AA AB AA BB AB AB AAAA BB AA AB AB AA AA NoCall AA AANoCall AA AA AA NoCall AA AA AB2 572 SNP_A-1735604 rs2317948 1 55146464 1.83 1.672.39 2.63 1.87 2.77 3.03 2.59 1.67 2.54 5.21 2.05 4.022.95 2.85 3.85 2.24 2.22 2.68 2.62 2.34 1.74 2.65 2.471.31 2.78 BB AA AB AB BB NoCall AA AAAB AA AA AB AB AA AB AB AB AA AAAB AB BB NoCall AA BB AA2 573 SNP_A-1698365 rs2317949 1 55146528 2.47 1.462.21 2.43 1.87 3.02 2.78 1.71 1.64 2.00 2.03 2.85 2.451.14 2.16 1.81 2.24 1.92 0.77 2.71 2.48 1.74 3.05 1.461.53 2.86 NoCall NoCall AB BB AA NoCall ABNoCall AB NoCall NoCall AB BB AB AB BB BB BBAB BB BB BB NoCall NoCall NoCall AB2 574 SNP_A-1735398 rs2317951 1 55146669 1.60 2.392.27 2.44 1.87 2.94 1.78 2.55 1.88 2.58 3.15 1.85 3.251.59 1.90 2.13 2.24 2.01 1.35 2.13 2.11 1.74 2.64 1.921.01 1.57 BB AA BB AB BB NoCall BB AABB AB AB BB AB AB BB AB AB AB ABBB AB BB BB AA BB BB2 575 SNP_A-1668829 rs7525649 1 55211177 1.75 2.271.85 2.04 1.91 2.14 4.73 4.71 2.24 3.74 2.23 2.10 3.532.63 2.95 1.44 2.26 1.89 1.39 2.16 2.37 1.76 1.99 3.361.46 2.36 BB NoCall BB AB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 576 SNP_A-1721365 rs10493176 1 55250573 2.07 3.723.01 2.82 1.90 4.40 6.19 8.71 2.13 3.55 1.49 2.11 1.141.08 1.04 1.14 2.30 1.61 1.30 1.17 1.69 1.77 2.54 1.872.29 1.91 AA AB AA AA BB NoCall AA AAAA AB AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 577 SNP_A-1740665 rs10493177 1 55273578 2.00 2.62

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.39 2.87 1.86 2.69 2.64 3.17 1.60 2.37 2.99 2.10 2.121.97 2.12 1.93 2.24 2.38 2.93 2.32 2.23 1.73 1.99 2.472.08 2.30 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 578 SNP_A-1675105 rs630853 1 55273914 1.97 3.132.61 2.60 1.86 2.65 5.65 4.59 1.50 2.78 3.48 3.12 2.913.55 3.42 3.17 2.24 2.20 2.38 2.33 2.76 1.73 2.78 4.331.93 3.49 AA AA AA AA AA NoCall BB BBAA AA AA AB AA NoCall AA NoCall NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 579 SNP_A-1707105 rs6656663 1 55280361 1.32 2.262.15 2.47 1.86 2.70 1.89 2.18 1.92 2.23 3.25 2.19 1.921.81 1.66 1.79 2.24 2.77 2.31 2.40 2.22 1.73 1.23 1.822.05 1.61 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 580 SNP_A-1726086 rs644186 1 55281211 1.49 2.332.21 2.52 1.86 2.20 1.48 1.88 1.58 2.22 2.97 2.45 1.551.68 1.52 1.68 2.24 2.43 2.22 2.14 1.99 1.73 2.14 2.181.68 1.90 AA AA AA AA BB NoCall BB BBAA AA AA AB AA AA AA AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 581 SNP_A-1672798 rs2274538 1 55281461 1.78 2.772.46 2.06 1.86 2.59 3.11 3.22 1.76 2.50 3.20 2.43 2.252.17 2.30 2.40 2.24 2.37 2.27 2.71 2.68 1.73 2.29 3.011.89 2.37 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 582 SNP_A-1688428 rs10493179 1 55317664 1.71 1.932.42 2.64 1.85 3.40 3.33 3.22 1.77 2.22 4.32 4.17 3.093.20 3.48 4.41 2.24 2.38 3.52 3.31 2.83 1.72 2.26 2.691.48 2.10 AA AA AA AA AA AB NoCall BBAA AA AA NoCall AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 583 SNP_A-1699741 rs10493202 1 55476127 2.38 2.812.30 2.38 1.88 3.13 4.61 5.18 2.07 3.50 2.43 2.62 2.252.12 2.33 2.07 2.24 2.10 1.26 1.88 2.50 1.68 3.20 3.911.65 2.79 AA AB AB AB AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA BB AA AA AA AB2 584 SNP_A-1728785 rs10493201 1 55476513 2.98 3.323.81 3.13 1.88 4.00 2.20 4.10 2.39 3.86 1.88 1.48 1.611.38 1.77 1.57 2.24 1.86 1.16 1.86 2.08 1.68 3.42 2.731.66 1.75 AA NoCall NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA BB AA AA AA AB2 585 SNP_A-1715009 rs1807871 1 55492842 1.91 2.222.36 2.93 1.88 3.25 2.83 2.42 2.02 3.47 3.03 1.57 2.162.02 2.40 2.40 2.24 2.36 1.64 2.37 2.21 1.68 2.35 2.961.56 2.50 BB AA AA AB BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 586 SNP_A-1709529 rs726815 1 55502882 3.86 2.302.49 2.92 1.92 2.85 2.43 3.37 1.32 2.33 1.76 1.03 1.421.09 1.07 0.90 2.22 1.76 1.99 1.40 1.77 1.69 1.79 1.931.88 2.55 AA BB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 587 SNP_A-1728355 rs10489488 1 55504743 1.62 3.752.07 2.52 1.92 2.40 2.96 3.45 1.65 2.02 2.40 1.46 1.501.55 1.79 1.61 2.22 1.70 1.50 1.61 1.93 1.69 2.30 2.350.96 2.12 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 588 SNP_A-1750049 rs7534376 1 55504837 1.47 1.822.17 2.45 1.92 2.41 1.72 2.71 1.44 1.90 2.34 1.38 1.891.22 1.23 1.52 2.22 2.19 1.77 1.69 1.83 1.69 1.85 1.631.29 1.40 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 589 SNP_A-1747177 rs7523391 1 55547274 1.86 2.372.24 2.75 1.81 2.61 1.38 2.69 1.61 2.66 2.61 2.08 2.561.62 1.80 1.97 2.16 2.26 1.93 1.94 2.17 1.62 2.37 2.461.39 1.76 BB BB BB BB BB AB NoCall AABB AB BB AB AB BB AB AB BB BB BBBB AB BB BB BB AB AB2 590 SNP_A-1651584 rs910269 1 55575105 2.03 2.032.13 2.73 1.78 2.59 2.63 3.08 1.74 2.18 3.63 2.26 3.072.27 2.25 3.37 2.10 2.48 2.54 2.68 2.45 1.56 2.43 2.851.57 2.38 NoCall AB AB AA AB AA AA AAAA AA AB AB AA NoCall NoCall AB AA AA ABAB AA BB AA AA BB AB2 591 SNP_A-1705753 rs1986518 1 55624205 1.88 1.862.14 2.71 1.81 2.80 1.64 2.21 1.82 2.43 2.98 1.87 2.271.82 2.28 2.30 2.12 2.34 1.55 2.22 2.23 1.60 2.13 1.921.22 1.37 BB AB AB AA BB BB AB BBAA AB AA AA BB AB BB AB BB BB AAAB AB AA AB AA AA AA2 592 SNP_A-1752361 rs2133555 1 55696330 1.79 2.462.43 2.68 1.84 3.03 2.13 2.49 1.83 2.52 2.36 2.23 2.051.73 2.01 2.10 2.12 1.64 0.96 1.96 1.74 1.62 2.68 2.490.90 1.73 AA AB AB AA BB AA AA AAAB AA AB AB AA AA AA AB AA AB ABAA AB BB AA AA AA AA2 593 SNP_A-1758318 rs2144556 1 55696534 1.41 1.722.20 2.57 1.84 2.60 0.95 1.98 1.50 2.09 2.74 1.87 1.861.16 1.50 1.78 2.12 2.02 1.61 1.89 1.78 1.62 2.44 1.560.88 1.54 AA AA AA AB BB AA AB AANoCall AB AB AB AA AB AA AA AA AA ABAB AA AA AA BB AB AB2 594 SNP_A-1727903 rs378437 1 55721491 1.98 2.772.50 2.49 1.83 3.01 2.88 4.04 2.06 3.35 2.32 2.49 1.911.61 1.82 1.63 2.11 2.47 1.12 1.74 2.06 1.64 2.97 2.811.31 2.05 AA AA AA AA AA AA AA BBAA AA AA AA AB AA AA AA AA AB AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 595 SNP_A-1687760 rs4927257 1 55758341 1.86 2.212.41 2.47 1.88 2.56 2.29 3.21 2.09 2.30 2.63 2.19 2.261.63 1.67 1.72 2.08 2.25 2.00 1.95 2.02 1.68 2.12 2.481.58 1.98 BB NoCall BB AA AA AA AA BBNoCall NoCall BB AB AB AA NoCall AA AA AB BBAB BB BB BB BB NoCall AA2 596 SNP_A-1717079 rs10493196 1 55758426 1.97 2.072.22 2.71 1.88 2.66 2.29 2.79 1.67 2.35 2.46 2.03 2.001.28 1.40 1.37 2.08 2.97 1.98 1.91 2.29 1.68 1.91 2.012.17 2.05 AA AA AA AA AB AA NoCall AAAA NoCall AA AB AB AB AA AB BB AA AAAB AA AA AA AA NoCall AA2 597 SNP_A-1724306 rs7535298 1 55759624 1.51 1.791.76 1.96 1.88 2.31 1.62 2.49 1.81 1.99 3.05 1.94 2.361.79 2.10 2.67 2.08 2.22 1.09 1.93 2.09 1.68 2.16 2.041.02 1.61 BB AB BB AB BB AA AB BBBB BB BB BB BB AB AB AB BB AB BBBB BB BB BB BB BB AA2 598 SNP_A-1712219 rs9326036 1 55852379 1.69 2.00

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.03 2.37 1.87 1.98 3.15 1.92 1.34 2.08 3.93 2.45 2.532.36 2.50 3.00 2.06 2.67 3.06 3.09 2.63 1.68 1.77 3.021.90 2.58 BB BB BB BB AB AB BB BBBB AB BB AA AB AB BB AA AA BB BBAB BB AA BB BB NoCall BB2 599 SNP_A-1690689 rs9326037 1 55875479 1.39 2.452.61 2.71 1.87 2.87 2.31 2.90 1.43 2.91 3.10 2.84 2.812.17 1.99 2.92 2.07 2.50 2.50 2.71 2.29 1.67 2.58 2.991.50 2.45 BB AB AA AB AB NoCall BB AABB AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AB AAAA AA AA AA BB AB AA2 600 SNP_A-1758150 rs2767518 1 55875514 1.72 1.851.79 2.45 1.87 2.12 2.18 2.39 1.59 2.03 3.79 3.16 2.772.38 2.27 2.77 2.07 2.36 2.45 2.41 2.18 1.67 1.80 2.661.65 2.71 AA AA AB AB AB AB AA AAAA AB AA BB AB AB AA BB BB AB ABAB AB BB BB AA AB AA2 601 SNP_A-1710181 rs2819487 1 55875877 1.45 2.271.84 2.47 1.87 2.35 1.62 2.82 1.50 2.01 3.11 2.88 2.702.14 2.12 2.41 2.07 1.78 1.72 2.61 1.88 1.67 1.81 2.171.04 1.48 AA AA AB AB AA AB AA AAAA NoCall AA BB AB AB AA BB BB AB ABAB AB BB BB AA NoCall AA2 602 SNP_A-1706327 rs10493192 1 55953408 1.60 1.631.79 2.11 1.82 2.36 1.76 2.65 1.45 1.89 4.47 3.18 2.532.31 1.92 2.78 2.02 2.50 2.33 2.48 2.17 1.66 1.65 2.231.45 2.18 BB BB AB BB BB NoCall BB AABB AA NoCall AA AA AB NoCall AA AA AB BBAB AB AA AB BB AB AA2 603 SNP_A-1643996 rs1926907 1 55957056 1.44 1.291.56 1.93 1.84 1.91 1.53 1.85 1.31 2.16 2.54 0.71 0.851.53 1.67 1.83 2.03 1.75 1.51 1.60 1.68 1.68 1.74 1.740.85 1.50 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB NoCall NoCall BB NoCall BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 604 SNP_A-1645404 rs4474302 1 55980058 1.46 2.381.80 2.13 1.80 2.30 1.64 3.22 1.74 2.43 4.07 2.22 2.972.58 2.43 3.66 2.02 2.24 1.60 2.70 2.33 1.69 1.89 1.631.21 1.16 BB BB AA AA AA AB BB BBAA AB AB AB AA BB NoCall BB AB AA BBBB AB BB NoCall NoCall AA AA2 605 SNP_A-1700416 rs1926912 1 55980372 1.56 2.941.86 1.95 1.80 2.49 2.02 3.63 1.76 2.39 2.74 2.39 1.991.73 1.99 2.15 2.02 1.74 0.75 1.83 2.03 1.69 2.18 2.230.71 1.70 BB BB AB AB BB BB BB BBNoCall AB BB BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB NoCall AA NoCall BB2 606 SNP_A-1720435 rs1926910 1 55980582 1.97 2.322.43 2.55 1.80 2.78 2.25 2.65 2.09 2.62 3.38 2.34 2.662.08 2.36 2.89 2.02 2.22 2.15 2.58 2.24 1.69 2.39 2.401.40 1.74 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AB AB BB BB BB AB AB BBBB AB BB BB BB BB BB2 607 SNP_A-1692240 rs10493189 1 56027678 1.68 2.202.31 2.52 1.83 2.23 2.62 2.87 1.61 2.18 3.16 2.47 3.082.79 2.46 2.84 2.00 2.48 2.04 2.71 2.80 1.67 2.56 3.721.63 2.90 AA AB AA AA BB AA NoCallNoCall AA AA AB AA AB NoCall AA NoCall AA ABAA AB AA AA AA NoCall AA AA2 608 SNP_A-1703011 rs4589149 1 56027982 1.77 3.051.79 2.40 1.81 2.29 2.28 2.59 2.03 2.45 1.52 2.05 1.581.55 2.11 1.70 1.99 1.47 1.23 1.89 2.59 1.66 2.48 3.101.25 1.95 BB AB BB BB BB AB AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB BB AB BB AA BB AA AB BB AAAB BB AA BB BB BB AB2 609 SNP_A-1668518 rs4497258 1 56029855 1.54 2.671.88 1.81 1.81 2.52 2.79 4.25 2.06 2.67 2.54 2.44 1.691.76 1.64 1.51 1.99 1.58 1.12 1.66 1.72 1.66 2.02 2.571.23 2.11 NoCall AA AA AA BB NoCall AANoCall NoCall NoCall AA AB AA AA AA AA AB AAAA AA BB AA AB AA AA AA2 610 SNP_A-1700556 rs6700759 1 56151265 1.46 1.942.26 2.28 1.74 2.58 1.26 1.31 1.83 2.55 3.15 1.65 1.911.96 1.61 2.18 1.91 2.76 1.89 2.16 2.34 1.64 1.36 2.681.44 2.21 AA NoCall BB AB BB BB BB BBBB BB AB AB BB AA AB BB AB AB ABAB AB BB AB BB BB BB2 611 SNP_A-1739855 rs10489779 1 56151377 1.83 2.321.16 1.36 1.74 2.31 0.60 2.27 0.41 2.43 4.02 2.53 3.222.47 2.18 3.33 1.91 2.39 1.32 2.84 2.13 1.64 2.41 0.691.23 1.03 BB BB NoCall BB BB BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB NoCall2 612 SNP_A-1737489 rs10489778 1 56151726 1.48 1.661.98 2.02 1.74 2.26 1.26 1.70 1.59 2.17 2.97 2.04 2.561.91 1.81 2.40 1.91 2.16 1.60 2.07 1.81 1.64 1.76 2.081.15 1.56 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 613 SNP_A-1694315 rs10489777 1 56151930 1.60 2.231.76 1.94 1.74 2.33 1.52 2.13 1.75 2.17 2.66 1.86 1.741.90 1.97 2.01 1.91 1.66 1.14 1.74 1.55 1.64 1.90 1.890.82 1.42 AA AB BB AB BB BB BB BBBB BB AB AB BB AA NoCall BB AB AB ABAB AB BB AB BB BB BB2 614 SNP_A-1758785 rs6588601 1 56185775 1.57 5.362.08 2.41 1.77 2.46 2.05 2.26 1.69 2.23 2.93 2.45 2.061.85 2.11 2.16 1.91 2.01 1.66 1.95 2.06 1.64 2.01 2.601.35 1.93 AA AB AB AA BB BB NoCall BBAA BB AB AB AB AA AA BB AA AA AAAB AA BB AA AA AA AB2 615 SNP_A-1731765 rs10489775 1 56204974 2.00 2.262.37 2.79 1.75 2.65 1.98 2.99 1.71 2.10 3.69 2.22 2.432.34 2.17 2.44 1.89 2.72 3.07 2.42 2.70 1.63 2.16 2.221.95 2.56 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 616 SNP_A-1647608 0 1 56273478 1.35 3.76 1.701.81 1.67 2.02 2.29 3.17 1.72 2.04 1.23 2.01 1.41 1.551.71 1.48 1.85 2.06 1.03 1.71 1.76 1.52 1.74 2.70 1.052.32 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 617 SNP_A-1713205 rs1412216 1 56277938 1.89 2.441.88 2.28 1.63 2.35 1.66 2.35 1.68 2.17 1.20 1.68 1.351.40 1.60 1.60 1.82 1.85 1.43 1.58 3.32 1.49 2.09 2.421.06 1.79 BB AA AA AB BB AB AA AAAA AA AA AB AB AA AB AA AA AA AAAB BB AA BB AA NoCall AA2 618 SNP_A-1695925 rs10489773 1 56290829 1.27 1.911.64 2.12 1.65 1.94 0.67 1.62 1.02 1.54 1.90 2.16 2.492.47 2.36 2.49 1.81 2.16 2.26 2.76 3.24 1.49 1.25 1.811.42 2.18 AA AB AB AB BB AA BB AABB AA AA AA AA AB AA AA BB BB BBAA AA AA AA BB AB AA2 619 SNP_A-1679478 rs706394 1 56361123 1.79 2.72

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.41 2.55 1.68 2.69 1.76 2.34 1.83 2.60 1.12 1.61 2.161.56 1.71 1.71 1.84 2.13 1.63 1.93 2.02 1.55 2.23 2.631.48 2.02 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 620 SNP_A-1687658 rs706393 1 56363042 1.86 3.102.35 2.46 1.68 2.54 2.55 3.57 1.76 2.46 1.45 1.86 1.702.24 2.17 1.98 1.84 1.69 1.53 1.33 1.77 1.55 2.36 2.561.36 2.17 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 621 SNP_A-1684100 rs706358 1 56406200 1.57 2.202.29 2.70 1.69 2.46 1.15 2.69 1.80 2.16 1.61 2.13 2.362.25 2.06 2.52 1.89 2.43 2.77 1.97 2.60 1.56 2.16 1.941.49 1.41 AA BB AB AB BB BB NoCall AAAB NoCall AA AA AB BB NoCall AA BB BB BBAA BB AA BB BB BB NoCall2 622 SNP_A-1730813 rs2153667 1 56426831 1.84 2.652.41 2.34 1.69 1.53 2.09 2.51 1.75 2.63 1.02 1.92 1.021.05 1.21 1.49 1.89 2.13 1.35 1.41 1.38 1.56 1.60 2.710.73 1.71 AA AA AA AB BB AA NoCall AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 623 SNP_A-1662428 rs1341347 1 56475802 1.84 2.631.86 2.25 1.65 2.49 1.17 3.01 2.02 2.40 1.28 1.87 1.981.46 2.01 2.05 1.86 1.90 1.01 1.90 1.75 1.54 2.30 2.350.72 1.66 BB AA AB AA BB AA AA AANoCall AA AA AB AB AA AA AB AA AA AAAB AA BB NoCall AA AA AA2 624 SNP_A-1649468 rs2404528 1 56476321 2.34 2.872.91 2.68 1.65 3.11 1.65 3.14 2.04 3.02 0.84 3.52 1.430.87 1.08 1.24 1.86 1.78 1.37 1.28 1.51 1.54 2.33 1.851.69 1.65 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA2 625 SNP_A-1756026 rs1539060 1 56477495 2.12 2.522.91 2.67 1.65 3.33 1.42 3.49 1.96 3.13 1.00 1.28 1.551.14 1.26 1.24 1.86 1.28 1.19 1.24 1.37 1.54 2.32 1.451.49 2.15 AA AA AB AA BB BB AA BBAA AB BB AA AB AA NoCall NoCall AA AA AAAA BB AA NoCall AA BB BB2 626 SNP_A-1700412 rs10493203 1 56494600 1.68 2.311.80 2.42 1.63 2.20 1.00 2.66 1.59 2.12 1.32 2.27 2.761.61 1.50 2.17 1.90 1.98 1.91 1.97 1.81 1.54 1.72 1.441.45 1.39 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 627 SNP_A-1714086 rs10493204 1 56495966 1.79 5.022.58 2.62 1.63 2.71 1.43 3.30 1.91 2.68 0.88 1.84 1.491.09 1.14 1.04 1.90 1.77 1.20 1.60 1.76 1.54 2.16 2.021.43 1.73 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 628 SNP_A-1646130 rs3005893 1 56496343 1.39 2.942.17 2.39 1.63 2.28 1.80 3.80 1.63 2.29 1.02 2.14 1.561.40 1.32 1.12 1.90 1.83 1.41 1.45 1.69 1.54 1.97 2.541.39 2.00 BB AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AB AB AA NoCall NoCall AA AA AAAB AB AA AB AA AA AB2 629 SNP_A-1711612 rs3005894 1 56496783 1.99 2.612.04 2.43 1.63 2.36 2.38 3.43 1.71 2.14 1.20 2.21 1.651.50 1.57 1.26 1.90 2.51 2.02 1.80 2.24 1.54 1.92 2.741.87 2.51 BB AA NoCall AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AB AB AA NoCall NoCall AA AA AAAB AB AA AB AA AA AB2 630 SNP_A-1659140 rs3005895 1 56497158 1.81 3.572.64 2.75 1.63 3.23 1.86 3.79 1.87 3.03 0.73 1.93 1.490.98 1.03 0.99 1.90 1.89 1.14 1.49 1.90 1.54 2.20 2.671.82 2.05 AA BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB AB AB BB NoCall AB BB BB BBAB AB BB AB BB BB AB2 631 SNP_A-1712777 rs10493210 1 56573030 1.58 3.642.52 2.51 1.61 2.32 1.89 5.97 2.15 2.60 2.18 2.15 2.322.37 2.20 2.53 1.95 2.55 1.92 2.01 3.21 1.52 2.37 2.141.51 2.07 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 632 SNP_A-1669749 0 1 56574951 1.94 5.31 2.132.58 1.61 2.72 1.70 2.49 1.95 2.19 1.72 1.35 2.27 2.162.66 2.93 1.95 2.37 1.96 2.41 2.24 1.52 2.38 2.40 1.122.16 BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB2 633 SNP_A-1707021 rs10493211 1 56728933 1.81 2.381.92 2.63 1.90 2.38 1.66 2.45 1.43 2.67 0.76 1.28 1.121.10 1.29 1.15 2.14 2.12 0.93 1.44 2.47 1.82 2.18 2.341.17 2.05 BB AA AB AA AB AB AA AAAA AA AA AB AB AA AB AA AA AA BBAA AA AA BB AA AB AB2 634 SNP_A-1687610 rs2404993 1 56815986 1.63 1.871.95 2.39 2.00 2.08 1.02 1.99 1.37 1.70 1.76 1.80 1.761.25 1.55 1.34 2.23 2.44 1.98 1.96 2.20 1.96 1.86 1.951.21 1.56 AA BB AA AB BB AB AB BBBB BB AB BB AB BB AB AB AA AB BBAB AA BB BB BB AB BB2 635 SNP_A-1690934 rs1342382 1 56889409 1.33 2.672.05 2.59 2.01 2.29 1.33 1.68 1.68 2.20 1.79 1.74 1.131.45 1.43 1.48 2.19 2.24 1.42 1.89 2.07 1.92 2.22 1.941.19 1.49 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall NoCall BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 636 SNP_A-1687642 rs10489617 1 56899028 1.59 1.862.56 2.48 2.01 2.54 1.40 1.84 1.75 1.73 4.09 2.42 2.332.89 2.95 4.37 2.19 3.45 4.54 3.61 3.70 1.92 2.09 2.821.88 2.31 BB BB BB AB AA BB NoCall BBBB NoCall BB AB BB BB BB NoCall NoCall BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 637 SNP_A-1757902 rs1342514 1 56899381 2.25 2.982.24 2.75 2.01 2.85 2.67 1.89 2.78 3.03 2.61 3.17 1.712.21 2.20 2.02 2.19 2.95 1.66 3.11 2.26 1.92 2.88 2.582.58 2.10 BB NoCall AA BB AA BB BB BBBB BB AB NoCall NoCall BB BB BB BB NoCall AANoCall BB AA NoCall NoCall NoCall AA2 638 SNP_A-1702833 rs10489618 1 56904869 1.56 0.902.38 2.46 2.01 2.45 1.24 1.23 1.78 1.73 3.81 2.50 2.132.72 1.35 3.70 2.19 2.89 2.57 3.17 2.63 1.92 1.15 2.301.25 1.97 AA AA AA AB BB AA BB AAAA AB AA AB AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 639 SNP_A-1735863 rs1156845 1 56921716 2.04 1.602.51 2.95 2.01 2.79 1.07 0.74 2.03 1.30 2.17 1.75 1.361.52 1.72 2.02 2.19 2.55 2.13 2.20 2.30 1.92 2.70 2.121.61 1.51 BB BB BB BB BB AB BB BBAB BB BB BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB AB2 640 SNP_A-1657065 rs857107 1 56934620 2.23 2.25

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.28 2.16 2.02 2.73 1.84 2.29 1.78 2.99 2.05 2.46 1.881.91 2.11 2.05 2.19 2.32 1.27 2.14 2.72 1.92 2.73 3.271.28 1.96 NoCall BB BB AB BB AA AA AANoCall BB AB AB AB AA AA AB AB AB ABAA AA BB AA AA AA AB2 641 SNP_A-1727871 rs10489619 1 56934654 2.02 1.901.55 2.05 2.02 1.83 1.09 1.56 1.36 1.47 2.50 2.78 1.882.22 2.02 2.20 2.19 1.94 1.65 2.04 2.00 1.92 1.72 1.890.96 1.97 NoCall AA AA AB BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 642 SNP_A-1660779 rs10489620 1 56935222 2.17 2.593.26 3.18 2.02 3.57 2.57 2.15 2.04 3.31 2.29 1.97 1.722.08 1.92 1.73 2.19 2.04 1.52 1.93 2.40 1.92 3.41 2.521.90 2.31 BB BB BB BB AA NoCall AANoCall AB BB BB BB NoCall NoCall AA NoCall NoCall BBAB BB BB BB AA AA NoCall NoCall2 643 SNP_A-1757629 rs857104 1 56935257 2.15 4.393.90 2.86 2.02 3.11 1.96 2.12 2.01 3.58 1.52 2.16 1.441.57 1.74 1.70 2.19 1.99 1.48 1.25 1.59 1.92 3.20 2.021.22 1.69 AA BB BB AA BB AA NoCall AAAA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA NoCall AA NoCallNoCall AA AA BB AA AA AA AA2 644 SNP_A-1757928 rs857163 1 56950040 1.14 3.631.58 2.18 2.02 1.58 1.18 2.57 1.44 1.47 2.55 3.68 2.312.06 2.28 2.34 2.19 2.57 2.06 2.58 2.63 1.92 1.70 2.311.22 1.73 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA NoCall AA AA AA AA AA AA AB ABAA AA BB AA AA AA AA2 645 SNP_A-1722800 rs857162 1 56950223 1.84 2.592.53 2.70 2.02 3.98 2.56 3.18 1.78 3.07 3.41 2.94 2.543.62 2.63 2.55 2.19 2.38 2.44 2.41 3.49 1.92 2.30 3.792.04 2.46 AA AA AA AB AA NoCall AANoCall AA AA NoCall AB AA NoCall AA AA AA ABAA AB NoCall AA NoCall AA NoCall NoCall2 646 SNP_A-1676060 rs10489621 1 56950549 1.95 2.102.16 2.82 2.02 2.32 1.51 2.34 2.47 2.50 3.36 3.13 3.172.08 2.74 3.08 2.19 2.65 2.94 3.55 3.39 1.92 2.21 3.301.51 2.26 BB AA AB AA BB AA BB AANoCall NoCall AA AA AA NoCall AA NoCall AB AA AAAA AA AA AA BB AA NoCall2 647 SNP_A-1736599 rs1557145 1 56953255 1.44 1.921.89 2.28 2.02 2.01 1.23 1.14 1.32 1.60 2.40 1.83 1.811.88 1.98 2.32 2.19 2.20 2.47 2.13 2.22 1.92 1.51 1.881.47 2.08 AA BB AB BB BB BB AA BBBB AB BB BB BB BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB AA BB AB2 648 SNP_A-1685386 rs10489622 1 56987674 2.23 3.562.84 3.13 2.06 3.07 1.76 5.76 2.35 3.15 2.49 2.36 1.832.25 2.48 2.66 2.17 2.41 1.95 2.26 2.76 1.94 2.71 2.422.37 2.01 AA AB AB AB AA AA AA AAAA AA NoCall AA NoCall AA NoCall NoCall AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 649 SNP_A-1711102 rs725330 1 57117742 1.80 1.591.74 1.96 1.92 2.02 1.17 2.62 1.38 1.96 2.21 3.27 3.801.84 2.52 2.63 2.03 1.63 1.47 2.08 1.76 1.82 1.95 1.710.90 1.42 BB AA AB AB BB BB NoCall AAAB BB AB AB AB BB AA AA AB AA ABBB AB AA AB BB NoCall BB2 650 SNP_A-1650476 rs6657073 1 57249673 1.86 2.162.23 2.47 1.68 2.19 2.23 2.83 1.58 2.26 1.70 2.54 2.291.36 1.96 2.18 1.99 2.20 1.92 2.24 2.40 1.81 1.66 2.681.36 2.27 AA AA AA AA AB NoCall AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA BB AA AB BB AA AA AA AA AAAA AB AA AB AA NoCall AA2 651 SNP_A-1758232 rs728719 1 57277227 1.96 2.502.48 2.55 1.68 2.75 2.54 3.21 1.77 2.45 2.86 2.33 3.242.43 2.61 3.09 1.99 1.86 2.52 2.38 1.34 1.82 2.25 2.671.50 1.94 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 652 SNP_A-1659022 rs3768176 1 57280026 1.35 2.151.61 2.04 1.68 1.77 2.60 2.36 1.28 1.52 3.82 3.88 4.013.39 2.55 3.62 1.99 2.17 2.16 2.78 2.35 1.82 1.45 2.081.08 1.93 AA AB AA AA AB AA AA BBAA BB AA AA AA AA AB AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 653 SNP_A-1728839 rs10493214 1 57290134 1.07 2.391.91 2.24 1.68 2.32 2.00 2.92 1.93 1.92 2.20 2.10 2.211.38 1.41 2.01 2.00 2.30 1.08 1.77 2.21 1.82 2.05 2.020.92 1.50 BB AA AA AA BB NoCall AA AAAA AA AB AA AB NoCall NoCall AA NoCall ABNoCall AA AB AA AA AA AA AA2 654 SNP_A-1758705 rs692939 1 57290634 1.92 2.222.08 2.45 1.68 2.24 1.78 2.55 1.66 2.11 1.92 2.21 2.121.61 1.54 1.92 2.00 1.74 1.85 1.95 1.63 1.82 1.76 1.801.31 1.61 BB BB AB AB BB AB AB BBBB BB BB BB AB BB BB AB BB BB BBAA BB AA AB BB NoCall BB2 655 SNP_A-1704549 rs471704 1 57290932 1.67 1.852.57 2.32 1.68 2.63 1.47 2.75 1.88 2.10 2.64 2.16 2.781.86 1.87 2.50 2.00 2.45 3.00 2.09 2.40 1.82 1.83 2.031.45 1.74 BB BB AB AB BB AB NoCall BBBB BB BB BB AB BB BB NoCall BB BB BBAA BB AA NoCall BB AB BB2 656 SNP_A-1730154 rs10493215 1 57291631 2.26 3.332.53 2.61 1.68 2.87 2.06 3.32 2.10 2.58 1.60 2.08 1.431.47 1.75 1.52 2.00 1.78 1.63 1.48 1.67 1.82 2.69 2.381.57 2.08 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AB AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AB AA AA AA2 657 SNP_A-1739863 rs522532 1 57292850 1.56 6.782.61 2.59 1.68 2.93 1.68 3.90 1.90 2.17 1.75 2.41 1.551.97 1.45 1.62 2.00 1.79 1.36 1.77 1.96 1.82 2.04 1.981.14 1.59 AA AA NoCall NoCall BB NoCall NoCall AAAA AA AA AA AB AA AA NoCall AA AA AABB AA BB AB AA NoCall AA2 658 SNP_A-1752049 rs553453 1 57307311 1.38 2.981.71 2.11 1.68 2.02 1.82 2.85 1.50 2.04 1.26 1.53 1.031.19 1.12 1.09 2.00 1.56 1.16 1.23 1.29 1.82 1.67 1.410.97 1.43 AA AA NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 659 SNP_A-1671430 rs10489464 1 57355722 1.97 2.332.28 2.18 1.70 2.23 2.81 2.91 1.64 2.43 2.26 2.31 2.002.03 1.92 1.98 2.00 1.84 2.09 1.90 2.42 1.81 1.89 2.251.78 2.39 BB BB BB AB AA BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB AB2 660 SNP_A-1742977 rs502350 1 57389580 2.32 2.942.39 2.82 1.65 3.29 2.34 4.31 2.43 3.41 1.31 1.52 1.061.44 1.25 1.18 2.02 1.20 1.61 0.96 1.44 1.81 2.06 1.621.26 1.37 AA AB AB AB AA AB AB AANoCall AA NoCall BB AB NoCall NoCall BB AB AB ABAB BB AA AB AA AB AB2 661 SNP_A-1736083 rs10489466 1 57389951 2.62 3.55

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data3.38 3.26 1.65 3.88 3.24 4.88 2.56 4.19 1.35 1.27 1.201.12 1.44 1.32 2.02 1.66 0.98 1.15 1.74 1.81 2.79 2.061.46 1.85 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 662 SNP_A-1704287 rs542873 1 57426550 1.42 1.951.67 2.12 1.67 2.06 2.64 2.46 1.30 1.79 2.11 2.49 2.031.60 2.01 1.87 1.99 2.15 1.86 1.92 2.68 1.78 1.96 2.501.18 2.09 AA AB AB AB AA NoCall BB AABB NoCall AB BB AB AB BB BB AB AB ABBB BB AA NoCall AA AB AB2 663 SNP_A-1680704 rs127600 1 57435105 2.53 2.463.20 3.39 1.67 3.68 3.35 3.30 2.34 3.15 2.34 1.73 2.282.60 2.59 2.71 1.99 2.45 2.78 2.08 2.41 1.78 2.56 2.932.19 2.72 NoCall BB NoCall AB AA NoCall BB AABB BB NoCall BB AB NoCall BB BB AB BB ABBB BB AA NoCall BB NoCall NoCall2 664 SNP_A-1663474 rs2764664 1 57453184 2.42 2.632.33 2.42 1.65 3.04 3.42 4.25 2.21 3.15 1.71 1.74 1.861.63 1.36 1.38 1.97 3.31 2.41 1.99 3.07 1.76 2.05 2.423.08 2.31 AA BB AB AB BB NoCall BB AABB BB AB AB AB NoCall NoCall BB AA AA ABBB AA AA AA AA AA AB2 665 SNP_A-1672438 rs1424473 1 57453350 2.30 3.042.14 2.44 1.65 2.65 2.95 4.07 1.97 2.44 1.36 2.03 1.541.08 1.19 1.21 1.97 2.48 1.48 1.41 2.50 1.76 2.43 2.562.06 2.39 BB AB AB AB BB AB AA BBAA AB AB AB AB AB NoCall AA BB BB ABAA BB BB BB BB BB AB2 666 SNP_A-1713001 rs492781 1 57461447 1.83 2.252.59 3.06 1.65 3.12 2.59 4.18 2.38 2.94 2.45 1.61 1.872.10 2.38 2.26 1.98 2.76 2.27 1.90 2.98 1.76 2.49 2.121.91 1.70 AA BB AB NoCall AA NoCall BB AABB NoCall AB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall AA AANoCall BB AA AA AA AA AA NoCall2 667 SNP_A-1726758 rs706385 1 57461924 2.29 3.432.71 2.96 1.65 3.14 2.77 4.18 1.95 3.34 2.09 1.77 1.712.39 1.96 1.37 1.98 2.21 2.02 1.65 2.30 1.76 1.94 2.582.09 2.35 BB NoCall NoCall NoCall AA NoCall AA BBAA AB NoCall NoCall AB NoCall NoCall AA BB BBNoCall AA BB BB NoCall BB BB NoCall2 668 SNP_A-1671476 rs10493219 1 57560706 1.79 2.132.48 2.56 1.70 2.44 2.16 2.39 1.84 2.44 2.61 3.15 2.602.13 2.58 2.83 2.10 2.15 2.60 2.56 2.44 1.85 1.89 2.951.74 2.24 AA AB BB AB AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA AB NoCall BB AA AB AAAA AB BB AA AA AA AA2 669 SNP_A-1676928 rs3861833 1 57561649 1.72 2.182.24 2.27 1.70 2.47 2.11 2.51 1.70 1.98 2.38 3.15 2.232.01 2.23 2.62 2.10 1.74 2.00 2.10 1.87 1.85 1.90 2.461.14 1.94 BB BB BB AB AB BB NoCall BBAA AA AB AB AB AB NoCall BB AB BB ABAB AB BB NoCall AA NoCall AA2 670 SNP_A-1673382 rs10493221 1 57581781 1.15 1.652.07 2.47 1.70 1.64 1.14 1.48 1.43 1.75 2.33 2.22 2.141.67 1.84 2.59 2.10 2.12 2.01 2.05 1.97 1.85 1.78 1.931.18 1.93 NoCall BB AA AB AA NoCall AB BBBB BB AB AB AB AB NoCall AA BB AA BBAB AB AA BB BB AB BB2 671 SNP_A-1683842 rs269048 1 57581863 1.58 1.811.81 2.30 1.70 2.19 2.20 1.88 1.55 2.16 3.03 2.29 2.972.83 2.68 3.59 2.10 2.23 2.81 2.45 2.32 1.85 1.53 2.221.60 2.03 BB AA BB AB AB BB AB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AB AB AB AA AB BB AA BB AAAB AB BB AA AA AB AA2 672 SNP_A-1742611 rs10493222 1 57634936 1.52 4.382.41 2.29 1.69 2.28 1.52 2.06 1.71 2.29 1.79 2.81 1.951.31 1.43 1.71 2.09 2.05 1.15 2.03 2.15 1.84 2.51 2.371.12 1.30 BB NoCall AA AA BB AB BB AABB AB AA AB BB AB AA AB AA AB BBAA AA AA AA BB AA BB2 673 SNP_A-1657932 rs10493224 1 57650773 1.81 2.440.99 2.37 1.74 2.59 1.70 2.71 1.94 1.87 2.42 2.38 2.541.72 2.12 2.47 2.14 1.95 1.54 2.60 1.92 1.89 2.13 2.060.47 1.69 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAA BB BB BB BB BB BB2 674 SNP_A-1690988 rs10493225 1 57664929 1.56 2.381.98 2.40 1.71 2.55 1.97 2.58 1.97 2.14 2.63 1.91 2.542.08 2.33 2.50 2.12 1.80 1.17 1.87 1.80 1.86 2.27 2.310.80 1.79 AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AB AA AA NoCall BB AA NoCall AA AAAA AA AA NoCall AA NoCall AA2 675 SNP_A-1727667 rs10493226 1 57671672 1.45 3.142.15 2.29 1.71 2.33 2.02 3.73 1.65 2.40 1.78 1.92 1.801.46 1.44 1.27 2.12 2.01 1.21 1.53 2.06 1.86 1.88 1.641.22 1.57 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 676 SNP_A-1675457 rs10493228 1 57699274 2.18 3.112.81 3.10 1.66 3.02 1.92 3.52 2.11 3.58 1.13 1.26 1.490.96 1.15 0.87 2.05 1.49 1.28 1.36 1.62 1.80 2.50 1.691.76 1.70 BB BB NoCall BB BB AB NoCall BBBB BB BB AB AB BB BB NoCall BB ABNoCall AB NoCall BB BB NoCall NoCall AB2 677 SNP_A-1753171 rs1417761 1 57761479 2.08 2.892.76 3.12 1.66 3.28 2.42 3.38 2.15 3.07 3.03 3.40 3.762.45 2.62 2.96 1.94 3.25 1.93 2.43 3.64 1.71 2.66 3.271.43 2.78 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 678 SNP_A-1674713 rs10493230 1 57762160 1.60 2.131.82 2.07 1.66 2.32 2.23 3.50 1.77 2.35 2.26 2.08 2.251.83 1.92 2.27 1.94 1.96 1.08 1.80 1.81 1.71 1.96 2.610.92 1.68 BB BB BB BB AB BB AB BBAB AB AA BB BB NoCall BB AB AB AB ABAB AA BB BB BB NoCall BB2 679 SNP_A-1734730 rs2068961 1 57762332 1.59 2.541.95 2.50 1.66 2.36 1.05 2.06 1.59 1.85 1.93 1.75 2.061.47 1.65 1.89 1.94 1.81 1.57 1.74 1.83 1.71 1.94 1.540.87 1.23 AA AA AA AA AB AA AB AAAB AB BB AA AA AA AA AB AB AB ABAB BB AA AA AA AB AA2 680 SNP_A-1692602 rs1341322 1 57791164 2.39 3.342.93 2.47 1.69 2.96 3.95 4.48 2.27 3.42 2.58 1.88 2.332.77 2.85 2.31 1.97 2.34 1.88 1.93 2.65 1.72 2.53 3.122.14 2.66 AA AA NoCall AA AA AA NoCall AAAB AB BB AA AA AA NoCall NoCall AB AB ABAB NoCall AA AA AA AB AA2 681 SNP_A-1742841 rs1886139 1 57914318 1.90 3.182.09 2.66 1.67 2.82 2.59 3.29 1.40 2.18 1.37 1.72 1.381.39 1.20 1.28 1.97 1.79 1.45 1.33 1.91 1.72 2.27 2.401.22 2.41 AA NoCall AA AA BB NoCall AB BBBB BB AA AA AB BB AB AB BB BB ABAB AA BB NoCall BB BB AB2 682 SNP_A-1714044 rs3131735 1 57931279 1.70 2.63

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.29 2.53 1.68 2.60 1.86 2.57 1.98 2.74 1.84 1.64 1.831.50 1.76 1.58 1.99 2.34 1.56 1.53 1.88 1.74 2.14 1.691.37 1.30 BB BB BB BB BB AA BB BBAB AA BB AB BB NoCall BB BB BB AB AAAB BB BB AB AA BB AB2 683 SNP_A-1710083 rs10493232 1 57941656 1.72 2.192.32 2.55 1.68 2.84 1.38 2.38 2.18 2.81 1.74 1.44 1.361.20 1.22 1.40 1.99 2.16 1.83 1.68 1.97 1.74 1.93 1.711.73 1.42 AA AA AA AA BB AA AA AAAB BB AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AB BB AA AB2 684 SNP_A-1752179 rs1535768 1 57948423 1.78 2.512.14 2.47 1.68 2.46 2.32 1.94 1.42 2.03 1.88 2.58 1.291.48 1.43 1.47 1.99 1.94 2.14 1.55 2.22 1.74 1.63 2.001.36 2.03 AA NoCall AA AA BB AA AA BBNoCall AA AA AA NoCall NoCall AB NoCall BB NoCall AANoCall AA BB AA AA AB AA2 685 SNP_A-1727194 rs1408145 1 57963823 2.04 2.092.00 2.28 1.72 2.40 2.50 2.17 2.27 2.21 3.33 2.21 2.272.87 2.33 2.56 2.02 3.10 4.39 2.33 2.52 1.76 1.67 2.432.49 2.52 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB AABB BB BB NoCall BB BB NoCall2 686 SNP_A-1740817 rs1323835 1 57965063 1.65 2.291.88 2.46 1.72 2.37 1.76 1.69 2.00 1.82 2.27 2.16 2.061.94 2.14 2.56 2.02 1.63 1.79 2.25 1.71 1.76 1.78 3.071.20 1.67 BB AB BB AB AB BB BB BBNoCall BB AB BB BB BB AB BB BB AB BBBB AB BB AB AA AB AB2 687 SNP_A-1729926 rs2897383 1 58025201 2.38 2.682.46 2.70 1.71 2.72 4.42 3.72 1.65 3.21 2.72 3.12 3.362.78 2.80 3.02 1.95 1.97 2.23 2.10 2.44 1.77 2.33 3.921.90 2.92 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AB AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 688 SNP_A-1682158 rs722187 1 58051664 1.21 1.931.72 2.12 1.71 2.00 1.07 2.38 1.53 1.72 2.57 2.46 1.971.84 1.98 2.76 1.95 2.17 1.32 2.39 2.20 1.77 1.93 1.660.85 1.49 AA BB AA AB AB AB NoCall BBAB AA AB AA AB BB BB BB BB AB ABAB AB BB BB BB BB BB2 689 SNP_A-1680166 rs1202790 1 58129369 1.49 1.872.22 2.53 1.69 2.03 1.62 2.48 1.39 1.73 2.96 2.39 1.851.97 2.08 2.44 1.95 2.54 2.00 2.22 2.21 1.74 1.82 2.241.03 2.01 BB AB AB AB BB BB AB AAAA BB AA AB BB AA AB BB AA BB AABB BB BB BB AA BB BB2 690 SNP_A-1695863 rs4412616 1 58134781 1.54 2.381.84 2.56 1.69 2.39 3.12 2.55 1.58 2.44 1.98 1.85 1.291.57 1.58 1.73 1.95 2.15 1.23 1.67 1.97 1.74 2.61 2.801.65 1.87 AA AA AB AB BB AB NoCall AAAA AA AA AB BB AA AB BB AA BB AABB BB BB NoCall AA NoCall AA2 691 SNP_A-1657980 rs10493233 1 58135643 2.26 4.412.44 2.59 1.69 2.71 2.37 3.30 2.01 3.07 1.51 1.56 1.241.30 1.29 1.20 1.95 1.84 1.47 1.56 1.88 1.74 2.26 1.891.49 1.75 BB BB AB BB AA BB NoCall BBBB BB BB AB AA BB NoCall AA BB AA BBAA AA AA NoCall BB BB BB2 692 SNP_A-1653894 rs1416347 1 58286946 1.83 3.172.45 3.04 1.81 2.89 1.93 4.36 1.92 2.24 4.22 3.71 3.793.32 3.50 4.02 2.00 2.52 1.82 3.15 2.45 1.66 2.53 2.800.97 1.92 BB BB BB BB BB NoCall BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB BB BB BB BB BB BB BB BB ABAB BB BB BB BB NoCall AB2 693 SNP_A-1723188 rs558475 1 58313887 1.96 2.782.61 2.63 1.81 3.25 2.86 3.01 1.81 2.32 1.47 1.95 1.511.18 1.59 1.60 2.03 2.00 1.32 1.57 2.03 1.65 2.29 2.301.27 1.95 BB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BBAA AA BB AB AB BB NoCall NoCall AB AA ABAB BB AA BB BB AB AA2 694 SNP_A-1690261 rs2406648 1 58462658 1.76 2.432.14 2.54 1.77 2.67 2.22 3.42 1.75 2.54 2.64 2.98 2.582.19 2.40 2.82 2.02 2.00 1.38 2.11 2.33 1.62 2.55 2.800.99 1.97 AA BB BB AB AB BB BB BBBB AB BB AB BB AB AB BB BB AB ABBB BB BB BB BB AB BB2 695 SNP_A-1695485 rs10493252 1 58474936 2.02 2.352.52 2.80 1.77 2.98 1.98 2.90 2.02 2.82 1.80 1.58 1.861.21 1.59 1.47 2.02 1.99 2.06 1.81 1.96 1.62 1.58 1.841.87 2.13 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 696 SNP_A-1655993 rs10493251 1 58476102 2.59 2.622.78 2.99 1.77 3.33 4.03 3.70 1.92 3.33 2.78 2.27 3.083.13 3.50 3.09 2.02 2.00 2.08 2.36 2.83 1.62 3.06 4.572.16 3.76 BB BB NoCall AB AA AB NoCall BBNoCall BB NoCall BB AB NoCall NoCall NoCall AB BBNoCall BB BB AA NoCall AA BB AB2 697 SNP_A-1739569 rs10493249 1 58484148 1.36 2.712.02 2.02 1.77 2.36 1.78 3.70 1.74 2.22 1.78 2.07 1.601.58 1.72 1.86 2.02 1.83 0.99 1.84 1.82 1.62 2.13 2.630.91 1.65 BB BB AB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB AB BB BBBB BB AA BB AA BB BB2 698 SNP_A-1662120 rs7527595 1 58484263 1.54 2.661.85 2.02 1.77 2.17 2.61 2.84 1.87 2.11 2.13 1.97 1.551.79 2.09 2.24 2.02 1.81 1.11 1.59 1.83 1.62 1.93 2.980.91 2.11 BB BB BB BB BB AB BB AABB AB BB AB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB NoCall BB2 699 SNP_A-1743887 rs10493242 1 58495784 1.60 2.212.30 2.35 1.77 2.47 2.34 3.09 1.74 2.28 2.49 2.27 2.301.98 2.16 2.51 2.02 2.20 2.00 2.23 2.31 1.62 2.23 2.621.33 2.18 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 700 SNP_A-1726002 rs10493241 1 58495992 1.61 3.132.02 2.47 1.77 2.94 2.68 4.06 1.53 1.39 2.46 2.33 2.152.17 2.36 2.47 2.02 2.24 1.62 2.20 2.55 1.62 2.21 2.911.39 2.20 AA AA AA AA BB NoCall AA BBAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA NoCall AA2 701 SNP_A-1729352 rs10493240 1 58496171 1.82 3.862.54 2.73 1.77 3.08 2.07 2.97 2.36 2.88 2.37 2.35 2.121.97 2.02 2.47 2.02 2.34 1.36 2.39 2.10 1.62 2.99 2.361.03 2.17 AA AA AB AA AB NoCall AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAA AA BB AA NoCall AA AA2 702 SNP_A-1686172 rs10493239 1 58517962 1.99 1.682.19 2.85 1.77 2.70 2.51 1.75 1.65 2.03 3.00 2.18 2.292.34 2.33 2.99 2.02 2.32 3.19 2.78 2.22 1.62 1.98 2.641.73 1.97 AA AA AA AA BB AA AA BBAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 703 SNP_A-1658184 rs3861824 1 58519238 1.46 2.55

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.74 2.18 1.77 2.11 1.25 3.33 1.54 1.76 2.42 3.28 2.352.19 1.88 2.03 2.02 1.85 1.90 2.63 2.37 1.62 1.77 2.081.39 1.28 AA AB AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA AB AB NoCall AA NoCall AA NoCall AAAB AA AA AA AA AA NoCall2 704 SNP_A-1754126 rs7367176 1 58561256 1.70 3.481.99 2.18 1.77 2.94 2.37 3.48 1.83 2.27 1.84 1.91 1.641.50 1.79 1.46 2.05 1.85 1.26 1.88 2.09 1.60 2.00 2.151.30 1.87 AA AB BB AB AB AA BB BBAA BB BB AB AA AA AA BB AA AB ABAB BB BB BB BB BB BB2 705 SNP_A-1663466 rs10489813 1 58570387 1.52 2.151.89 2.18 1.79 2.41 2.35 2.19 1.51 1.82 1.67 2.04 2.061.73 1.98 2.00 2.06 1.78 1.66 2.07 1.71 1.61 1.86 1.951.04 1.87 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB NoCall BB NoCall BBBB NoCall BB AB BB BB BB2 706 SNP_A-1688348 rs338932 1 58570780 1.70 2.162.12 2.26 1.79 2.51 2.48 2.45 1.65 2.43 2.21 2.27 2.341.87 2.37 2.32 2.06 2.18 1.69 2.24 1.89 1.61 2.08 2.641.02 2.18 AA AB BB AB AB AA BB BBAA AB BB AB AB AA AA BB AA AB ABAB BB BB BB AA BB BB2 707 SNP_A-1751389 rs706439 1 58620840 1.35 1.782.01 2.17 1.74 2.64 1.95 2.18 1.71 2.22 2.03 1.94 2.211.32 1.60 2.14 2.02 1.96 1.15 1.93 2.02 1.65 2.25 2.170.81 1.72 BB AB BB AB BB AB AB AABB BB AB AB BB BB BB AB AA AA AAAA AB AA BB AA AB AB2 708 SNP_A-1681950 rs706440 1 58621271 1.65 1.852.15 2.37 1.74 2.72 1.80 2.06 1.65 2.29 2.42 2.05 2.411.71 2.30 2.62 2.02 2.02 1.62 2.26 2.05 1.65 2.14 2.111.06 1.74 BB BB BB AB BB AB AB BBAB BB BB BB BB AB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 709 SNP_A-1650034 rs10489538 1 58775767 2.84 4.763.77 3.80 1.69 4.61 2.92 6.37 2.53 4.79 0.91 1.26 0.961.06 1.50 1.32 2.01 1.59 1.30 1.16 1.63 1.60 3.79 2.171.69 1.77 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA BB NoCall AA AA AA NoCall AAAA AA BB AA AA AA AA2 710 SNP_A-1744145 rs232810 1 58787887 1.50 2.832.40 2.44 1.69 2.26 2.49 3.12 1.56 2.95 1.36 2.19 1.991.79 2.14 1.95 2.01 1.80 1.45 1.87 2.20 1.60 2.43 2.771.25 2.57 BB BB NoCall BB AA BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall NoCall AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 711 SNP_A-1754552 rs170827 1 58793554 2.05 4.493.34 3.62 1.69 3.38 2.18 4.10 3.09 4.01 1.92 3.91 3.632.53 3.13 3.56 2.01 2.59 2.04 3.28 3.24 1.60 4.16 3.801.60 2.59 AA BB NoCall BB BB AA AA AABB BB AA AB BB AB AB AB BB AB ABAB AB BB BB BB AB BB2 712 SNP_A-1691010 rs232885 1 58824078 1.42 1.961.80 2.47 1.72 2.16 1.52 1.62 1.45 2.28 1.19 1.30 2.001.52 1.75 2.16 2.00 2.00 1.64 1.82 1.62 1.63 2.04 1.680.85 1.59 AA AA AB AA AB AB AA AAAB AA AA AA AA AA AB AB AB AA AAAA AB AA AA AA AA BB2 713 SNP_A-1668787 rs4912365 1 58841071 1.93 2.242.29 2.42 1.72 2.71 3.10 2.05 1.76 2.48 2.01 2.06 2.162.54 2.06 2.90 2.00 2.07 2.66 2.52 2.72 1.63 2.09 2.541.77 2.30 AA NoCall AB AA AA AB AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA BB AA AB BB NoCall AA AA AA AB AAAB AA BB AA AA BB AA2 714 SNP_A-1743129 rs6683627 1 58848332 1.31 2.012.04 2.37 1.72 2.30 1.40 1.68 1.42 1.79 1.57 2.14 2.111.90 2.18 2.27 2.00 1.97 2.17 2.47 1.80 1.63 1.87 1.601.01 1.38 BB AA AA AB BB AA NoCall AAAB AA AA AB AA NoCall NoCall AB AA AB ABAA AB AA BB BB AA AA2 715 SNP_A-1663218 rs10489539 1 58849231 1.50 3.011.86 2.06 1.72 2.36 1.76 2.41 1.71 2.23 1.43 2.51 2.181.73 1.86 1.97 2.00 2.06 1.64 2.33 2.16 1.63 1.91 2.101.20 1.40 AA AB BB AA BB BB AA AANoCall BB AA AB BB AB AB AB AB AB AAAB AB BB AA AA BB AB2 716 SNP_A-1703393 rs678283 1 58849477 1.35 2.041.64 2.35 1.72 2.23 1.93 1.41 1.28 1.47 1.71 2.27 2.002.06 2.35 2.58 2.00 2.15 2.28 2.31 2.37 1.63 1.48 1.961.29 1.91 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 717 SNP_A-1661450 rs679619 1 58849765 1.53 1.692.08 2.40 1.72 2.54 1.74 1.46 1.47 1.71 1.73 2.03 2.192.10 2.43 2.98 2.00 2.21 2.02 2.74 2.14 1.63 1.93 2.121.10 1.73 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 718 SNP_A-1675978 rs4912369 1 58857979 1.91 3.351.95 3.22 1.72 2.85 3.24 2.27 1.76 2.95 1.34 1.58 1.651.45 1.29 1.68 2.00 2.91 1.62 1.97 2.14 1.63 2.91 2.781.73 2.30 AA AB AA AB BB AA AB BBAA AA NoCall AA AA AA AA AA AB AA ABAB AA AA AA AA AA AA2 719 SNP_A-1668692 rs4912372 1 58858242 2.06 3.872.93 2.87 1.72 3.59 2.27 4.75 2.45 3.63 1.92 2.34 2.551.76 2.21 2.22 2.00 2.24 1.61 2.68 2.76 1.63 3.98 2.871.37 1.97 AA AB AA AB BB AA AB BBAA AA NoCall AA AA AA AA AA NoCall AANoCall AB AA AA AA AA AA AA2 720 SNP_A-1757577 rs6664796 1 58862301 1.57 2.402.03 2.23 1.72 2.12 1.94 2.33 1.60 1.74 1.45 1.58 2.001.74 1.94 2.03 2.00 2.11 2.21 2.27 1.79 1.63 1.88 1.861.28 2.14 AA NoCall AB AA AB AB AA AAAA BB AA AB AB AB AA AB AA AB AAAB AA BB AA AA BB AA2 721 SNP_A-1695699 rs10489540 1 58871975 2.02 3.012.54 2.63 1.72 2.79 2.73 4.11 2.09 2.66 0.86 1.20 0.930.84 1.04 0.86 2.02 1.37 0.90 1.11 1.52 1.65 2.81 1.971.01 1.93 AA NoCall NoCall AA AA AB AA AAAA BB NoCall AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA AB AAAB AA BB AA AA BB AA2 722 SNP_A-1720347 rs6677589 1 58942054 1.85 3.202.06 2.50 1.72 2.57 2.92 3.25 1.61 2.70 1.40 2.46 2.161.63 1.82 1.69 2.03 2.21 1.87 1.93 2.06 1.65 2.52 2.433.25 2.57 BB AA AB AB AA AB NoCall AABB AA AA AA AA BB AB AA AB AB ABBB AB BB BB BB BB AB2 723 SNP_A-1644428 rs1007271 1 58943181 1.26 2.042.31 2.45 1.72 2.61 1.49 2.61 1.81 2.47 2.01 2.48 3.182.23 2.31 3.49 2.03 2.23 1.85 2.99 2.02 1.65 2.43 2.082.56 1.72 AA BB NoCall AB BB NoCall AA BBAA BB BB BB BB AA NoCall BB NoCall AB ABAA AB AA AA AA AA AB2 724 SNP_A-1727827 rs3762435 1 59016144 1.41 2.85

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.78 2.36 1.88 1.89 1.93 4.00 1.62 1.19 1.11 1.76 2.291.63 1.74 1.80 2.05 1.95 2.01 1.69 1.73 1.69 1.31 1.103.16 1.30 BB NoCall NoCall AA BB AB BB AABB NoCall AA AB BB AA BB AA AB BB ABAA AA AA BB BB AA NoCall2 725 SNP_A-1728937 rs2984908 1 59016740 1.93 2.872.30 2.88 1.88 2.91 3.44 3.21 1.89 2.81 1.58 1.89 2.161.46 1.92 1.58 2.05 2.60 1.85 1.80 1.79 1.69 2.37 1.893.41 2.54 BB AB AB AB BB BB BB AABB BB NoCall BB BB AA BB NoCall AB BB ABAA AA AA BB NoCall AA BB2 726 SNP_A-1657151 rs1408954 1 59198211 1.99 2.482.41 2.24 2.29 3.41 1.93 2.87 2.13 2.33 1.57 1.41 2.111.86 2.29 2.43 2.29 1.87 1.31 2.07 2.00 1.88 2.49 2.331.71 1.75 AA NoCall NoCall BB AA AA NoCallNoCall BB BB AA AB AB BB NoCall BB AB BBBB AA AA BB BB BB BB AB2 727 SNP_A-1732592 rs4128413 1 59245798 2.02 1.912.10 2.86 2.15 2.72 3.49 2.14 1.82 2.81 1.84 1.68 2.382.39 2.72 2.62 2.27 2.33 1.94 2.22 2.23 1.85 2.14 2.873.24 2.38 AA AA AB AA AB AB AA AABB AA AA AB AB AA AA AB AA AA AABB AA BB AA AA NoCall AB2 728 SNP_A-1702139 rs4128414 1 59246017 1.41 2.291.90 2.45 2.15 2.28 1.40 3.76 1.64 1.67 1.79 2.58 3.922.36 2.41 3.41 2.27 2.07 1.75 3.19 2.32 1.85 1.60 2.272.03 1.80 AA AA AB AA AB AB AA AABB AA AA AB AB AA AA AB AA AA AABB AA BB AA AA AB AB2 729 SNP_A-1698711 rs951236 1 59266028 1.68 2.792.52 2.88 2.15 2.58 1.57 4.92 2.25 2.07 2.87 3.20 3.633.30 3.05 4.40 2.27 3.46 2.76 4.20 3.23 1.85 2.16 2.742.31 2.48 BB BB AB AB AA AB NoCall BBAA BB AA AB AB NoCall BB NoCall AB AA BBAA NoCall AA BB BB AB AA2 730 SNP_A-1759036 rs7527296 1 59290378 2.82 2.833.14 3.37 2.18 2.86 4.95 4.68 1.96 3.22 3.34 2.56 3.104.36 4.33 4.95 2.25 2.83 2.96 2.63 3.50 1.88 3.20 4.654.01 3.60 NoCall NoCall NoCall BB AA BB NoCall BBBB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBAB AB AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 731 SNP_A-1647984 rs10493260 1 59290603 2.10 2.943.23 5.61 2.18 3.26 2.69 4.15 2.35 2.81 1.60 1.84 1.761.71 2.02 1.87 2.25 2.31 2.04 1.41 2.90 1.88 2.64 2.224.42 2.16 BB AB BB AA BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB AB BB2 732 SNP_A-1692992 rs10493256 1 59400969 1.55 2.721.95 2.44 2.12 2.48 1.63 2.16 1.65 1.82 1.13 1.63 1.901.25 1.53 1.83 2.24 2.38 1.73 2.07 1.95 1.84 2.15 1.562.96 1.55 BB BB AB BB BB NoCall BB AAAB BB BB BB BB NoCall NoCall AB AB AB BBAB AB BB BB BB AB AB2 733 SNP_A-1722904 rs835365 1 59469070 1.86 2.282.01 2.62 2.07 2.48 2.32 1.88 1.58 2.73 0.89 1.62 1.891.45 1.50 1.46 2.28 1.84 1.86 1.79 1.82 1.88 2.29 1.653.14 2.01 BB NoCall AB BB BB AB BB BBBB AA BB BB BB AB BB AB BB BB ABAB BB AA BB NoCall AA BB2 734 SNP_A-1665638 rs6587853 1 59485405 1.59 4.012.17 2.66 2.07 2.59 1.87 5.11 1.54 2.08 1.53 2.84 2.152.24 1.54 1.64 2.28 2.23 1.78 1.94 2.31 1.87 1.92 2.202.14 1.84 BB NoCall NoCall BB BB NoCall BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB NoCall BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall NoCall BB AA BB AA AB BB2 735 SNP_A-1742005 rs10493261 1 59535728 1.70 2.362.32 2.47 1.88 2.66 2.27 2.96 1.64 2.21 1.53 2.20 2.391.62 1.75 2.00 2.22 2.11 1.92 1.97 2.05 1.77 2.30 2.382.18 2.27 AA NoCall AA AA BB NoCall AA AAAA AB AA AA AA AA NoCall NoCall AA AB ABAB AA BB AA BB AB AA2 736 SNP_A-1694157 rs10493264 1 59603311 2.37 3.142.18 2.34 1.68 3.16 3.29 3.65 1.73 2.31 1.01 1.73 1.561.11 1.18 1.38 2.05 2.56 1.89 1.59 2.06 1.53 2.30 2.243.48 2.13 BB AB AA AA BB NoCall BB BBAA AB AA AA AB AA AA NoCall AA BB AAAB AA AA BB BB AB AA2 737 SNP_A-1704835 rs10493267 1 59770727 1.97 1.812.40 2.68 1.49 2.84 2.59 2.24 1.85 2.59 1.58 1.74 2.161.99 2.19 2.42 2.18 1.87 1.47 2.02 2.21 1.43 2.02 2.542.04 2.26 AA AA AA AA AB AB AA BBAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 738 SNP_A-1690894 rs1007266 1 59945768 1.87 1.842.64 3.46 1.55 2.12 1.99 1.58 1.57 3.09 1.78 1.89 2.631.60 1.19 2.49 2.04 2.14 2.26 2.73 2.00 1.47 2.52 1.402.64 1.04 BB AB BB BB BB AB BB AABB BB BB BB BB BB BB BB AB BB ABAB BB BB BB AA BB BB2 739 SNP_A-1753015 rs10489422 1 59953214 1.36 2.411.76 2.11 1.56 2.31 1.71 2.39 1.44 1.93 1.15 2.03 1.641.62 1.97 1.77 2.06 2.69 1.10 1.95 2.62 1.49 2.16 2.171.49 1.72 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 740 SNP_A-1758702 rs10493268 1 60038968 2.39 3.352.80 2.89 1.59 3.05 3.75 2.75 2.01 2.97 1.65 2.03 1.592.10 2.16 1.99 2.06 1.75 1.91 1.61 1.98 1.92 2.54 3.023.00 2.69 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 741 SNP_A-1718627 rs1408478 1 60055081 1.58 1.632.44 2.82 1.62 2.75 1.80 1.48 1.85 2.37 1.69 2.23 2.842.14 2.03 2.63 2.03 2.40 1.78 2.29 2.06 1.85 2.12 2.131.96 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB AB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB AB2 742 SNP_A-1690053 rs1426081 1 60135428 1.58 2.752.13 2.36 1.92 2.36 1.60 3.87 2.07 2.34 1.23 2.49 1.611.60 1.80 1.54 2.06 1.78 1.37 2.17 1.81 1.85 2.23 1.781.47 1.43 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 743 SNP_A-1754436 rs10493273 1 60142369 1.49 1.781.75 2.33 1.92 2.04 1.56 2.26 1.42 1.41 1.23 2.05 1.881.54 1.73 1.69 2.06 2.40 2.57 2.19 2.15 1.86 1.49 1.672.87 1.95 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 744 SNP_A-1755454 rs2554297 1 60152206 1.71 2.812.39 2.75 1.92 1.82 2.34 2.86 1.68 2.67 1.20 1.76 2.211.43 1.38 1.36 2.06 2.18 1.73 1.44 2.24 1.86 1.81 1.683.31 1.75 AA BB AA AA BB AB AB BBAA AA AA AB AB AA AA AA AA AA ABNoCall AA AA AA AA AA AB2 745 SNP_A-1657726 rs10493275 1 60167818 1.95 2.86

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.48 2.76 1.90 2.88 3.00 3.35 1.82 3.11 1.28 1.87 1.561.29 1.18 1.11 2.06 2.23 1.70 1.52 1.89 1.85 1.86 2.063.86 2.70 AA AA AA AB BB NoCall AA AAAA NoCall NoCall AA AA NoCall AA NoCall AA AB ABAA AA AA AA NoCall AB AA2 746 SNP_A-1668684 rs642307 1 60172754 1.83 2.512.50 2.37 1.91 2.80 2.62 3.17 2.12 2.85 1.20 2.29 1.361.70 1.73 1.32 2.06 1.56 1.06 1.59 2.12 1.85 2.59 2.541.56 2.11 BB BB NoCall BB BB BB BB BBAA AA AA AB BB NoCall AA NoCall AB BB BBAB AA AA AA BB AB AB2 747 SNP_A-1673942 rs1073295 1 60201962 1.64 1.991.98 2.40 1.90 2.22 2.88 1.61 1.68 2.51 1.86 2.31 2.302.31 2.52 2.64 2.06 2.54 2.41 2.25 2.07 1.87 1.57 2.503.22 2.64 NoCall BB BB BB AA BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB AA BB AB BB BBBB AB AA AB AA BB BB2 748 SNP_A-1643738 rs10493277 1 60218765 1.88 2.972.54 2.62 1.93 2.40 2.47 3.52 2.06 3.01 1.86 1.92 2.043.12 2.36 2.55 2.04 1.75 1.48 1.59 1.85 1.86 2.60 2.421.84 2.27 BB BB AB NoCall AA BB NoCall BBBB BB NoCall BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 749 SNP_A-1727915 rs634125 1 60247114 1.48 2.701.90 2.36 1.93 2.35 1.84 2.49 1.45 2.43 1.48 2.60 2.291.94 2.18 2.24 2.04 2.49 1.68 2.49 2.34 1.86 1.80 1.871.82 1.63 BB NoCall AB AA AB AA AA AABB AA AA BB AA AA BB AB AB AB ABAB AB AA BB BB BB AB2 750 SNP_A-1733118 rs641317 1 60249081 1.86 3.792.19 2.29 1.91 2.37 2.03 2.11 1.71 2.13 1.83 2.27 2.932.19 2.08 2.28 2.03 2.28 2.37 2.36 2.23 1.85 1.65 2.762.55 1.98 BB AA AA AA AB AA AA AAAB AA AA AA AA AA BB AA AB AA AAAA AA AA AB BB AA AB2 751 SNP_A-1651768 rs665062 1 60297543 1.63 2.312.12 2.79 1.91 2.62 2.35 1.50 1.74 2.41 1.62 1.78 1.582.06 2.15 2.60 2.05 2.21 2.14 2.17 2.20 1.86 2.18 2.332.21 1.97 AA AA AB BB BB AA BB AAAA BB AA AA BB AB AA AA AB AA AAAA AA BB AA AA AA AB2 752 SNP_A-1692380 rs598741 1 60303582 1.62 1.922.06 2.41 1.91 2.36 2.51 1.36 1.63 2.61 1.36 1.72 1.661.81 1.84 2.08 2.05 2.50 1.52 2.09 2.12 1.86 1.93 1.972.36 1.71 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 753 SNP_A-1693347 rs10493278 1 60304342 2.12 2.822.88 3.05 1.91 3.27 1.59 2.10 2.30 3.23 1.08 1.75 1.401.05 1.28 1.35 2.05 2.08 1.30 1.63 1.91 1.86 3.18 2.012.05 1.32 BB AB AB BB BB BB BB BBAB BB BB AA BB NoCall BB NoCall BB AB BBAB AB BB AA BB AA BB2 754 SNP_A-1739519 rs10493279 1 60308237 1.81 1.782.48 2.63 1.92 2.72 1.74 1.44 1.83 2.18 2.15 2.45 3.082.88 2.10 3.53 2.05 2.30 3.39 3.44 2.47 1.87 1.61 2.362.78 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 755 SNP_A-1722106 rs629962 1 60308811 2.05 1.552.56 2.88 1.92 2.73 2.15 1.18 1.63 2.64 2.07 2.19 2.662.69 2.27 3.75 2.05 2.40 3.33 2.98 2.22 1.87 1.86 2.232.34 2.33 AA AA AB AB BB AA BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB AA AB AB AB AB AA BB AA AAAA AA BB AA AA AB AA2 756 SNP_A-1649390 rs646860 1 60310322 2.35 3.143.34 3.24 1.92 3.64 5.09 3.34 2.31 3.62 3.42 2.23 2.733.54 3.95 3.32 2.05 2.85 3.12 2.81 3.61 1.87 2.86 3.913.62 3.16 AA AA AB NoCall AA AA NoCall AAAB BB NoCall NoCall AB NoCall NoCall NoCall BB AA AAAA AA BB AA AA AB AA2 757 SNP_A-1748755 rs1462935 1 60319199 1.62 2.651.88 2.01 1.92 2.44 2.61 2.62 2.00 2.62 1.42 2.64 1.411.68 1.93 2.03 2.05 2.18 0.92 1.97 2.35 1.86 2.37 3.141.40 2.16 BB BB AB BB BB BB NoCall BBAB NoCall BB BB AB AB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 758 SNP_A-1680534 rs1462936 1 60319424 1.72 1.552.40 2.44 1.92 2.40 1.57 1.09 1.84 1.92 1.79 1.84 1.641.93 2.19 2.84 2.05 2.56 3.45 3.23 2.45 1.86 1.77 2.323.11 1.91 BB BB BB BB BB BB BB BBAB AA BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 759 SNP_A-1739459 rs582695 1 60319463 1.59 1.762.12 2.20 1.92 2.23 1.63 1.40 1.80 1.85 1.42 2.11 1.271.73 1.70 2.23 2.05 2.12 1.97 2.24 2.03 1.86 1.63 1.862.24 1.72 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB NoCall BB NoCall BB BBBB BB AA BB BB AB AB2 760 SNP_A-1712563 rs609462 1 60321064 2.58 2.902.88 2.55 1.92 2.91 2.93 2.47 2.10 2.98 1.59 1.58 1.441.52 1.78 1.66 2.05 1.78 1.70 1.68 2.48 1.86 2.99 2.762.68 2.39 NoCall BB NoCall AB AA BB NoCallNoCall NoCall AA BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BBBB NoCall BB AA NoCall BB NoCall NoCall2 761 SNP_A-1736053 rs720505 1 60389469 1.58 2.112.06 2.37 1.94 1.92 1.75 1.58 1.50 1.75 1.82 3.16 2.812.29 2.06 2.71 2.08 2.12 2.15 2.08 2.24 1.87 1.84 2.202.42 2.02 AA BB BB AB AB AB BB BBBB BB BB BB BB AB AB AB BB BB AAAB BB AA BB AA BB AB2 762 SNP_A-1676090 rs10515373 1 60413745 1.44 2.991.61 1.97 1.98 2.40 1.89 2.65 1.57 2.79 1.31 2.69 1.631.75 2.06 2.16 2.08 2.24 0.99 2.04 2.37 1.89 1.96 2.181.31 1.79 AA AA AB AA BB AA AB AANoCall BB AA AA AB AB AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 763 SNP_A-1696762 rs10493280 1 60422799 1.66 2.482.02 2.15 2.00 2.27 2.94 1.95 1.23 2.10 1.14 2.06 1.341.41 1.45 1.45 2.09 2.09 1.74 1.42 2.17 1.93 1.86 2.232.94 2.38 NoCall AA AA NoCall AA NoCall AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 764 SNP_A-1709187 rs10493281 1 60451322 1.64 3.582.08 2.30 2.00 2.44 2.09 1.31 1.49 2.00 1.49 2.37 1.951.80 1.83 2.31 2.09 2.45 2.22 2.27 2.48 1.92 1.90 2.632.68 2.23 AA AB AA AB AB AA AA BBAA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA2 765 SNP_A-1758035 rs1032733 1 60464439 2.08 1.802.31 2.74 2.01 2.52 2.31 1.37 1.88 2.29 1.43 1.58 2.191.57 1.72 2.08 2.09 2.34 2.31 2.04 2.08 1.93 1.77 2.533.07 2.14 AA AB BB AB AA AB NoCall BBBB BB BB BB BB AB AB AA BB BB AAAB BB AA BB AA AB AB2 766 SNP_A-1744711 rs169872 1 60498267 2.08 3.29

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.52 2.45 2.02 3.33 2.22 2.24 1.92 2.45 1.13 1.66 1.531.21 1.27 1.43 2.09 1.93 2.10 1.50 1.78 1.75 1.92 2.203.24 1.71 AA BB NoCall AA BB BB NoCall BBAB AA AA AA AB NoCall AA NoCall AA AA BBAA AA AA AA BB BB AB2 767 SNP_A-1679088 rs298170 1 60499176 2.35 4.432.83 2.69 2.04 3.12 3.90 3.16 2.04 3.22 1.83 2.33 2.232.45 2.69 2.36 2.10 3.24 1.68 2.44 3.08 1.76 4.17 3.533.16 3.35 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB AA AB BB BB NoCall BB BB AA BBAA AA BB AA BB BB NoCall2 768 SNP_A-1753717 rs298157 1 60584312 1.64 2.022.63 2.68 1.89 3.53 1.80 1.91 2.04 2.51 2.03 2.40 2.482.54 2.27 2.80 2.09 2.66 3.77 2.57 3.04 1.70 2.42 2.572.68 2.22 AA AA AA AA AA NoCall AA AAAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AANoCall AA AA AA BB AA AA AA2 769 SNP_A-1751613 rs10493285 1 60584517 2.19 2.352.48 2.60 1.89 2.47 3.17 2.49 2.18 3.21 2.53 2.80 2.912.55 2.64 2.99 2.09 2.71 2.63 2.80 2.92 1.70 2.50 3.782.84 2.77 BB NoCall NoCall BB AA BB BB BBBB NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall AA BB BB BBBB NoCall BB NoCall BB BB BB2 770 SNP_A-1677398 rs626286 1 60588121 1.51 1.591.72 2.12 1.89 2.22 1.44 1.31 1.36 1.55 0.88 1.58 1.111.07 0.99 0.97 2.09 1.58 1.56 1.31 1.28 1.70 1.86 1.132.01 1.20 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB NoCall BB BB BB2 771 SNP_A-1730629 rs10493287 1 60600503 1.62 2.102.02 2.21 1.89 2.29 1.87 1.36 1.60 2.25 1.38 2.59 1.891.78 1.84 2.25 2.09 2.05 1.79 2.14 2.00 1.69 1.81 2.412.11 2.51 AA NoCall AA AB BB AB NoCall BBAB BB AA BB AB AB BB AA AB AB ABAB AB BB AA AA BB BB2 772 SNP_A-1644320 rs1501241 1 60601695 1.98 2.652.41 2.41 1.89 2.81 2.75 1.91 1.64 2.73 1.15 2.37 1.211.35 1.61 1.48 2.09 2.02 1.59 1.64 2.17 1.69 2.37 2.902.98 2.38 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 773 SNP_A-1679630 rs10493283 1 60627720 1.61 1.802.09 2.20 1.89 2.21 1.74 1.50 1.56 1.56 1.72 2.22 2.131.86 2.05 2.57 2.08 2.50 3.05 2.87 2.33 1.69 1.65 2.082.44 1.86 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 774 SNP_A-1655453 rs10493290 1 60754886 2.20 2.192.23 2.55 1.88 2.66 2.60 2.14 1.92 2.58 1.40 1.73 1.371.61 1.89 1.68 2.05 2.33 2.29 1.88 1.89 1.66 1.83 2.992.73 2.46 AA AB AB AA BB AB BB AAAA AA AA AB AB AA NoCall NoCall AB AB AAAA AB BB AB AA AA AA2 775 SNP_A-1751045 rs508507 1 60830338 1.89 2.282.32 2.55 1.86 2.76 1.58 1.99 1.75 2.77 1.39 2.39 2.002.00 1.88 2.55 2.06 2.48 1.48 2.22 2.47 1.65 2.22 2.152.05 1.79 AA AB NoCall AA BB AB BB AAAA AA AA AB AB AA AB AB AB AB AAAA AB BB NoCall AA AA AA2 776 SNP_A-1758763 rs564367 1 60830952 1.74 2.012.23 2.87 1.86 3.25 1.86 1.90 2.04 2.21 1.54 2.52 1.962.07 2.27 2.74 2.06 2.24 1.69 2.50 1.90 1.65 2.09 1.921.84 1.69 AA AB AB BB AB BB BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall AA BB AB AB AB BB BB AB AB ABAB BB BB AB BB AB AA2 777 SNP_A-1664280 rs554692 1 60831371 1.56 2.851.90 1.83 1.86 2.55 2.36 2.94 1.68 2.62 1.00 2.68 1.591.54 1.90 1.96 2.06 1.74 0.66 1.54 1.78 1.65 2.36 2.351.02 2.00 AA NoCall NoCall AA BB AB NoCall AAAA AA AA AB AB AA AB AB AB AB AAAA AB BB NoCall AA AA AA2 778 SNP_A-1694803 rs4915575 1 60880885 1.43 2.531.94 1.86 1.77 1.85 2.01 2.79 1.39 2.00 1.54 3.33 3.142.12 1.88 2.48 2.03 1.80 1.52 2.19 1.99 1.54 2.07 2.001.69 1.71 BB NoCall BB AB BB AB BB BBNoCall NoCall BB BB BB NoCall BB BB BB BBNoCall BB BB BB NoCall BB AA NoCall2 779 SNP_A-1655665 rs310170 1 60945744 1.71 2.412.16 2.07 1.76 2.55 1.94 2.65 1.75 2.60 3.07 2.76 2.951.62 2.15 1.99 2.06 2.52 1.90 2.36 2.54 1.52 2.48 2.532.77 1.66 BB BB BB AB BB BB BB AABB BB AB BB BB BB NoCall AA BB AB BBBB BB BB BB BB BB AB2 780 SNP_A-1758754 rs310185 1 60962780 2.05 2.422.56 2.53 1.75 3.04 2.38 2.50 2.08 3.43 3.75 2.77 3.932.58 3.09 2.54 2.07 2.34 1.61 2.61 2.82 1.52 3.13 3.321.73 2.22 AA AB AA NoCall AA AA NoCall BBAA AA AA AB AB AA NoCall BB AB AB AAAB AA AA AA AA AA NoCall2 781 SNP_A-1659997 rs310186 1 60963406 1.38 1.831.72 2.24 1.75 1.99 2.11 1.71 1.17 1.58 2.63 1.50 1.711.66 1.71 1.50 2.07 2.00 1.73 1.72 1.58 1.52 1.62 2.211.47 2.01 AA AA AA AB BB AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AB BB AA ABAA AA AA AA AA AA AA AB2 782 SNP_A-1646674 rs602295 1 61004714 2.38 2.713.88 3.46 1.75 4.54 2.23 3.56 2.66 3.31 1.89 1.02 1.071.28 1.64 1.59 2.07 1.78 2.01 1.35 1.92 1.52 2.53 1.433.73 1.64 AA AA NoCall AB AA AB NoCall AAAA BB NoCall BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall ABNoCall AA NoCall AA NoCall NoCall BB AA2 783 SNP_A-1717043 rs10493298 1 61048550 1.76 2.072.01 2.52 1.62 2.48 2.01 2.25 1.94 2.39 3.06 2.01 2.481.60 1.79 2.34 2.07 2.23 1.55 2.09 2.24 1.50 2.32 2.302.07 1.81 BB NoCall AB AB BB AB BB BBAA AA NoCall AA BB AA AB BB AA AB ABBB AB AA AA AA NoCall AB2 784 SNP_A-1689230 rs754174 1 61104359 1.70 2.081.95 2.43 1.61 2.57 1.96 2.50 1.47 1.83 2.94 1.88 2.561.66 1.88 2.05 2.14 2.06 1.69 2.07 2.18 1.55 1.91 2.342.36 2.04 BB BB AB BB BB BB BB BBBB AA BB BB AB BB BB BB BB AB ABBB BB BB AB BB BB BB2 785 SNP_A-1758952 rs10493300 1 61153501 1.54 3.042.38 2.29 1.62 2.82 3.00 4.30 1.77 2.97 2.21 2.82 2.061.43 1.59 1.54 2.16 2.05 1.23 1.67 2.12 1.59 2.67 2.842.10 2.29 AA AA AA AA BB AA AA AABB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 786 SNP_A-1662148 rs1779866 1 61194420 1.55 2.791.84 2.39 1.62 2.64 2.58 3.36 1.60 2.18 3.20 2.30 2.041.84 1.97 1.79 2.16 1.69 1.69 1.77 2.13 1.59 2.26 2.112.17 1.98 AA AB BB AA AB AB AA BBBB AB AA BB AA AB BB AB BB AA BBAA BB AA AA BB AB BB2 787 SNP_A-1700135 rs334726 1 61321550 1.75 2.03

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.45 3.10 1.74 2.98 1.87 1.93 2.17 3.17 3.83 1.76 3.071.93 2.23 3.02 2.31 2.63 1.90 2.56 1.95 1.53 2.13 2.202.08 2.11 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AB AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 788 SNP_A-1729780 rs10493305 1 61382416 1.38 2.311.64 2.17 1.73 2.10 2.03 1.96 1.26 1.92 2.96 2.04 1.611.66 1.93 1.83 2.21 2.23 1.55 2.05 2.57 1.55 1.93 2.161.90 1.99 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 789 SNP_A-1646508 rs10493306 1 61389723 1.79 3.602.40 2.35 1.73 2.74 1.67 2.61 1.60 2.33 2.72 1.98 2.111.60 2.12 2.14 2.21 2.11 1.45 2.28 2.22 1.55 2.47 2.982.19 2.08 BB BB AB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 790 SNP_A-1662388 rs2152093 1 61464976 1.48 1.781.76 2.25 1.72 2.23 1.56 2.37 1.30 2.22 2.81 1.91 2.181.72 1.82 2.30 2.19 1.99 1.80 1.56 1.87 1.56 2.32 1.961.64 1.84 BB AA AB AB AB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB AB BBAA BB AA BB BB BB BB2 791 SNP_A-1671028 rs1344421 1 61543078 2.08 2.743.59 4.43 1.70 3.24 5.34 3.07 2.46 3.48 2.30 1.92 2.712.27 1.63 1.60 2.18 3.58 1.30 1.69 3.38 1.58 4.04 3.063.61 2.22 AA AA AB NoCall BB AA BB AAAA AA AA AA NoCall NoCall AA AA BB NoCall AAAA NoCall AA AB AA NoCall AA2 792 SNP_A-1700370 rs9326051 1 61546517 1.56 1.691.96 2.57 1.70 2.78 1.44 1.53 1.56 1.79 3.38 1.84 1.891.96 1.95 2.47 2.18 2.03 2.54 2.39 1.88 1.58 1.78 1.912.26 2.08 BB AB BB BB BB AB BB BBAB AA BB BB AA BB AB AB BB BB ABAB BB BB BB BB BB AA2 793 SNP_A-1706849 rs10489910 1 61558954 1.72 2.402.27 2.09 1.70 2.57 2.33 3.20 1.72 2.89 4.15 2.71 3.193.18 3.25 3.30 2.18 2.34 2.59 2.80 2.60 1.58 2.41 2.522.55 2.10 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA NoCall AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 794 SNP_A-1758462 rs2499526 1 61582717 2.35 2.742.55 2.64 1.69 3.59 2.44 2.46 1.51 2.58 3.17 2.19 2.601.69 2.18 2.35 2.17 2.47 2.32 2.60 2.56 1.58 2.53 2.502.58 2.14 AA AA NoCall AB BB NoCall AA AAAB AB AB AA BB AB AB AB AB AB ABAA AA BB NoCall BB BB AB2 795 SNP_A-1681750 rs2474381 1 61582877 1.38 1.841.63 2.03 1.69 2.07 2.48 2.02 1.21 1.61 4.42 2.38 3.062.40 2.43 2.88 2.17 1.87 1.53 2.05 1.78 1.58 1.68 1.701.12 2.18 BB BB NoCall AB BB NoCall BB BBBB AB AB BB AB BB NoCall AB AB AB ABBB BB BB NoCall AA AA AB2 796 SNP_A-1663100 rs10489907 1 61588696 1.93 1.802.67 2.74 1.69 2.92 1.51 2.52 2.21 2.14 3.72 2.21 3.101.79 2.22 3.25 2.17 2.29 2.07 3.08 2.35 1.58 2.52 2.282.30 1.77 BB BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 797 SNP_A-1732155 rs2092867 1 61589466 1.98 3.122.62 2.56 1.69 2.89 3.00 3.58 1.90 3.10 2.01 1.79 1.771.31 1.45 1.40 2.17 1.77 1.15 1.53 1.81 1.58 2.65 2.241.92 1.83 BB NoCall NoCall BB BB NoCall NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBAA AB BB BB BB BB BB2 798 SNP_A-1736541 rs2474364 1 61622734 1.68 2.051.79 2.22 1.62 2.41 2.44 2.35 1.40 1.90 3.50 2.29 1.971.97 2.02 1.78 2.14 2.18 2.26 2.01 2.07 1.54 1.57 2.352.51 2.69 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 799 SNP_A-1687630 rs10489906 1 61623372 1.65 1.972.17 2.45 1.62 2.79 2.37 2.56 2.01 2.38 3.01 1.87 2.021.74 1.99 1.84 2.14 2.51 1.88 2.04 2.20 1.54 1.73 2.202.44 1.97 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 800 SNP_A-1758160 rs10493307 1 61705606 1.83 2.142.03 2.68 1.59 2.97 2.02 1.99 1.79 2.02 3.19 1.42 1.611.63 1.95 2.14 2.24 2.36 1.84 2.08 2.17 1.58 1.88 1.762.19 1.00 BB BB AB AA BB AB AA AAAB AB AA AA AA AA AA BB AB AA ABAB BB AA AA AA AB AA2 801 SNP_A-1662938 rs1933316 1 61739334 1.54 1.832.00 2.33 1.57 2.47 1.82 2.17 1.58 2.04 4.13 2.65 2.502.02 2.39 2.66 2.25 2.77 1.95 2.66 2.46 1.61 2.30 2.811.62 1.89 BB AB BB BB BB BB BB BBAB AA BB BB BB BB BB AB BB BB BBAB BB BB BB BB AB AB2 802 SNP_A-1656017 rs10493309 1 61843790 1.90 2.632.32 2.83 1.45 2.77 1.67 3.30 2.02 2.90 2.18 1.27 1.751.35 1.57 1.57 2.29 1.86 1.88 1.67 1.69 1.73 2.32 1.852.94 1.53 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AB AA AA NoCall NoCall AA BB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 803 SNP_A-1718013 rs10493310 1 61843828 1.88 2.842.40 2.68 1.45 2.85 2.22 3.95 1.86 3.14 1.68 1.44 1.831.10 1.02 1.05 2.29 1.81 1.49 1.16 1.59 1.73 2.42 2.312.64 1.90 BB AB BB BB AA AB NoCall AANoCall AB BB AA AA NoCall NoCall NoCall BB AB ABAB BB BB AA AA NoCall BB2 804 SNP_A-1719937 rs2365465 1 61845133 2.04 4.142.56 2.44 1.45 3.05 2.88 3.94 2.23 3.33 1.70 1.40 1.501.37 1.40 1.34 2.29 1.63 1.06 1.35 1.42 1.73 3.05 2.111.69 1.69 AA AA AB AB AB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AB AA AA AA AB AA2 805 SNP_A-1679712 rs10493312 1 61875255 3.57 2.101.42 1.77 1.46 2.74 5.38 5.33 0.77 2.58 4.08 1.40 4.291.87 1.51 4.08 2.31 2.44 1.02 2.44 6.66 1.79 1.33 4.736.33 4.34 NoCall AB AB AB AB AA NoCall AANoCall AA AB NoCall AA AB NoCall AA AA ABNoCall AB AB AA NoCall AB NoCall NoCall2 806 SNP_A-1650242 rs2172957 1 61877157 1.78 1.642.29 2.77 1.46 2.23 2.49 1.83 1.45 1.95 3.16 1.11 1.581.65 1.86 2.02 2.31 2.81 2.47 2.34 2.85 1.79 1.55 2.563.05 2.42 BB AB BB BB AB AA BB AAAB AB BB AA AA BB AB AB BB AB ABAB BB AA AA BB BB BB2 807 SNP_A-1740581 rs4428920 1 62058422 1.74 3.452.14 2.48 1.59 2.49 2.66 4.99 1.94 2.35 3.02 1.66 2.363.67 2.20 3.30 2.22 2.41 2.42 2.19 3.08 1.71 2.22 1.812.54 1.81 AA AA AA AA AA NoCall NoCall AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA AANoCall AA NoCall AA NoCall AA AA AA2 808 SNP_A-1740597 rs1412622 1 62077238 1.69 1.41

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.27 2.74 1.59 3.09 1.53 1.92 1.71 1.94 3.58 1.85 2.812.03 2.24 2.78 2.22 2.66 2.50 2.50 2.40 1.71 2.12 2.052.20 1.82 BB AB AB AB AB AB BB AABB BB AB BB BB BB BB BB AB BB BBAA BB BB BB AA AA AB2 809 SNP_A-1740041 rs2297495 1 62169386 1.95 2.022.46 2.81 1.75 2.75 2.99 2.57 1.77 2.42 2.63 1.34 1.541.98 1.69 1.73 2.11 1.87 1.93 2.00 1.63 1.74 2.28 2.242.46 2.23 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA2 810 SNP_A-1731595 rs10493317 1 62169733 1.94 2.512.42 2.73 1.75 2.84 2.40 3.28 1.68 2.68 1.90 1.56 1.261.13 1.43 1.02 2.11 2.22 1.90 1.62 2.47 1.74 2.44 2.302.98 2.19 AA AA AA AA AB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 811 SNP_A-1758840 rs10493316 1 62170484 1.62 3.592.29 2.35 1.75 2.96 3.24 4.42 1.75 2.68 1.83 1.44 1.081.35 1.20 1.27 2.11 1.58 0.65 1.11 1.43 1.74 2.30 2.231.44 1.93 AA AA AA AA AB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 812 SNP_A-1705737 rs10493315 1 62171498 1.70 3.442.95 2.37 1.75 3.24 2.56 6.47 1.81 3.11 2.85 2.39 2.612.21 2.11 2.12 2.11 2.70 1.77 2.20 2.71 1.74 2.86 3.002.01 2.33 NoCall AA AA AA AA AA NoCall AAAB AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AA AAAA AB AA AA NoCall AA NoCall2 813 SNP_A-1643035 rs10493314 1 62222175 2.06 2.612.55 2.32 1.74 2.96 3.21 3.47 2.00 2.97 3.93 1.95 3.702.74 2.83 3.32 2.09 2.40 2.46 2.74 2.12 1.71 2.54 2.932.60 2.97 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 814 SNP_A-1643151 rs10493313 1 62223039 2.30 3.422.60 2.91 1.74 2.77 3.10 3.84 2.10 3.14 1.61 1.10 1.300.79 1.04 0.86 2.09 1.83 1.52 1.38 1.58 1.71 1.81 2.224.04 2.49 BB AA AB AA BB AB AA BBAA AA AA AB AA NoCall AA NoCall AB AB ABAA AB BB AB AA AA AA2 815 SNP_A-1697839 rs10493318 1 62454986 2.28 2.572.67 2.59 1.64 2.75 2.93 3.90 1.66 2.84 2.53 1.79 2.731.81 1.79 1.65 2.00 2.04 2.17 1.99 2.30 1.58 2.38 3.152.92 2.36 BB AB BB AB BB AB BB BBBB BB AA AB BB BB BB BB BB AB BBAA AA BB NoCall BB AA AB2 816 SNP_A-1717073 rs6691591 1 62461521 2.26 3.592.68 3.13 1.62 3.78 2.91 5.49 2.18 2.88 1.53 1.15 1.421.49 1.33 1.29 1.97 1.51 1.14 1.13 1.62 1.55 2.49 1.712.43 1.92 BB AB BB AB BB NoCall BB BBBB BB AA AB BB NoCall NoCall BB BB NoCall BBAA AA BB AB NoCall AA BB2 817 SNP_A-1698309 rs10493319 1 62478022 1.92 2.742.16 2.48 1.56 2.60 2.78 3.63 2.18 2.33 2.60 1.51 1.651.25 1.52 1.64 1.93 2.33 1.46 1.19 2.20 1.54 1.59 2.301.50 2.25 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 818 SNP_A-1727347 rs10493320 1 62478427 2.32 3.452.67 2.80 1.56 3.53 3.16 6.11 2.10 4.08 2.29 1.56 2.271.74 1.97 1.84 1.93 1.91 1.27 1.24 2.23 1.54 2.77 2.651.49 2.16 NoCall NoCall NoCall AA AA NoCall AA BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall NoCall NoCall AB BB AA NoCall BB NoCall AANoCall NoCall AA BB NoCall NoCall AA AA2 819 SNP_A-1661328 rs2366208 1 62488999 2.32 3.373.19 3.37 1.56 3.02 2.47 2.76 2.78 3.13 3.31 1.69 3.471.87 2.88 3.08 1.93 2.47 1.83 2.60 2.29 1.54 2.98 2.912.20 2.73 AA NoCall AA AA BB AB AA AAAA AA AA AA AA AB NoCall AA AA AA AAAB AA AA AA AA AB NoCall2 820 SNP_A-1718957 rs10493324 1 62610163 1.95 2.032.54 2.72 1.55 2.98 1.89 2.61 1.84 2.49 1.87 1.29 1.541.09 1.10 1.18 1.92 1.73 1.39 1.43 1.41 1.53 2.41 1.432.29 1.25 AA AB AB AB AB AB BB AANoCall AB AA AA AB AB NoCall AB AA AB AABB AB BB BB BB BB AB2 821 SNP_A-1752449 rs10493323 1 62611815 1.29 1.701.57 2.12 1.55 2.11 1.42 2.49 1.42 1.59 3.06 2.01 2.981.54 1.89 2.15 1.92 2.08 1.60 2.37 2.20 1.53 1.78 1.991.60 1.75 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 822 SNP_A-1722104 rs10493326 1 62665394 1.44 8.301.66 2.09 1.54 1.74 2.17 2.47 1.03 1.73 2.75 1.85 1.841.76 1.39 1.91 1.92 1.67 1.25 1.77 1.78 1.53 1.61 1.401.69 1.40 BB AB NoCall BB AA NoCall BB BBBB NoCall NoCall AA AB NoCall NoCall BB AB BB ABBB BB BB BB BB BB AB2 823 SNP_A-1728377 rs1168013 1 62708859 1.66 2.001.76 2.18 1.48 2.06 1.99 1.80 1.63 2.14 3.38 1.86 1.611.51 1.92 1.69 1.85 2.03 1.43 1.81 1.97 1.50 2.00 2.202.28 1.65 BB AB AA AB BB AA AA BBNoCall AA NoCall AA AB AA AA AB AA AB ABAA AB AA NoCall AA BB AA2 824 SNP_A-1646518 rs10493329 1 62970015 2.04 3.703.53 2.96 1.74 3.95 2.34 4.18 2.94 3.69 2.15 1.34 1.961.32 1.63 1.43 2.05 1.73 1.42 1.51 2.06 1.73 3.58 1.691.81 1.46 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB NoCall BB NoCall BB AB BB2 825 SNP_A-1725296 rs10493328 1 62978741 1.71 2.292.34 2.50 1.74 2.52 2.78 2.24 1.42 2.47 2.80 2.26 2.511.67 2.30 1.93 2.05 2.18 1.70 1.99 1.86 1.73 2.26 2.931.95 2.21 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB AB BB NoCall BB2 826 SNP_A-1683822 rs6683832 1 62988925 1.74 1.412.26 2.92 1.62 2.75 2.13 1.08 2.04 1.71 3.59 1.34 1.621.77 1.98 2.35 2.01 2.06 2.83 2.29 1.78 1.68 1.59 2.162.22 2.11 AA AB BB AA AB AA BB AAAA BB AA AB AA AB AA AB AB AB BBAB AB BB BB BB AB BB2 827 SNP_A-1753671 rs2886770 1 63014807 2.26 3.472.48 3.00 1.68 3.33 2.53 1.89 2.00 2.95 3.45 2.32 2.171.91 2.77 2.73 2.00 2.27 1.64 2.45 2.14 1.64 2.94 3.281.74 2.27 AA AB BB AA AB AA BB AAAA BB AA AB AA AB AA AB AB AB BBAB AB BB BB BB AB BB2 828 SNP_A-1651972 rs10493327 1 63015866 1.65 2.702.74 2.58 1.68 2.43 2.50 2.14 1.59 2.48 2.95 1.96 1.661.86 1.75 1.82 2.00 2.71 2.53 2.32 2.43 1.64 2.09 2.902.58 2.74 AA AB BB AA BB AA NoCall AAAA BB AA AB AA AB AA AB AB AB BBAB AA BB AB BB AA BB2 829 SNP_A-1734988 rs2803233 1 63107552 1.61 3.17

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.12 2.51 1.81 2.40 2.69 4.30 1.34 2.22 2.55 1.98 1.571.86 1.94 1.98 2.10 2.13 1.50 1.61 1.87 1.76 1.92 2.682.04 2.65 NoCall BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB ABBB BB BB NoCall BB BB BB2 830 SNP_A-1725910 rs6686582 1 63165150 2.07 2.052.76 2.57 1.82 3.24 2.21 2.81 2.09 2.93 3.21 1.57 3.222.36 2.51 2.60 2.10 2.70 2.65 2.43 2.32 1.76 2.39 2.492.98 2.03 BB AA BB AA AB AB NoCall AAAB BB BB AB BB AB AB AB BB BB AABB AA BB BB AA BB AB2 831 SNP_A-1694951 rs1411391 1 63203261 1.54 1.782.27 2.69 1.85 2.66 1.19 1.83 1.72 2.26 4.45 1.65 2.682.11 2.17 3.06 2.11 2.31 2.76 2.85 1.80 1.79 1.60 1.612.78 1.67 AA AA AA AA AB BB AA AAAB AA AB AB AA AA BB AA AA AA AAAA AB AA AA AA AB AB2 832 SNP_A-1696578 rs6696559 1 63233912 1.05 2.242.39 2.84 1.93 2.52 2.31 3.51 1.58 2.19 1.66 1.60 1.210.90 1.07 1.11 2.10 2.00 1.72 1.40 1.92 1.78 2.11 2.133.02 2.97 BB AB AA AB BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA2 833 SNP_A-1740185 rs10493332 1 63234759 2.00 2.832.94 2.91 1.93 2.44 2.02 3.65 2.32 2.66 2.09 1.43 1.731.09 1.36 1.27 2.10 2.41 1.93 1.35 2.23 1.78 1.91 2.273.49 1.97 AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA2 834 SNP_A-1700931 rs10493333 1 63260440 1.59 4.791.89 2.14 1.89 2.09 2.33 3.49 1.79 2.36 2.22 2.18 2.091.35 1.68 1.52 2.10 1.70 0.87 1.60 1.76 1.76 1.87 2.261.23 1.62 BB AB BB BB BB AB BB BBNoCall AB BB AA BB BB AA BB BB AB AABB AB BB AA BB AB AB2 835 SNP_A-1703083 rs953654 1 63261303 1.77 1.362.20 3.13 1.90 2.72 1.34 1.62 1.94 1.91 4.09 2.14 2.911.99 2.35 3.17 2.11 2.34 2.76 2.58 1.81 1.76 1.74 2.192.19 2.28 AA AB AA BB AB BB AB BBAB AB AB AB AB AA BB AA AA AB ABAA AB AA AB AA BB BB2 836 SNP_A-1710673 rs953653 1 63261535 1.58 1.742.05 2.71 1.90 2.65 1.72 2.02 1.95 2.33 4.27 2.45 3.372.85 2.92 3.42 2.11 3.06 2.45 2.89 3.09 1.76 1.63 2.432.88 2.22 AA AA AA BB AB AB AB BBAA AA AB AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 837 SNP_A-1645170 rs10493336 1 63294758 1.03 1.741.79 2.29 1.91 1.96 2.20 1.89 1.33 1.74 3.23 1.98 1.781.85 2.00 2.05 2.11 2.12 1.86 2.23 1.89 1.74 1.75 1.931.89 1.88 AA AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB BB BB AB BBAB BB BB BB BB BB BB2 838 SNP_A-1751609 rs10493339 1 63302975 2.49 2.532.59 2.54 1.91 2.59 3.06 2.27 1.93 2.56 3.01 2.86 2.352.58 2.57 2.36 2.11 2.31 2.51 2.43 2.48 1.74 2.44 3.183.07 3.39 AA AA AA AB AA AA AB AAAA AA AB AB NoCall AA AA AB AA AA AAAA AA BB AA AA AB NoCall2 839 SNP_A-1710654 rs10493340 1 63303150 2.24 2.822.73 2.83 1.91 2.62 4.56 2.98 1.63 2.84 4.13 3.20 2.873.43 3.28 3.23 2.11 2.68 3.01 2.80 3.39 1.74 2.69 4.873.53 3.90 AA AA AA AB AA AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AB AB BB AA AA AB AA AA AAAA AA BB AA AA AB BB2 840 SNP_A-1683800 rs10493341 1 63344612 1.93 4.442.32 2.68 1.91 2.62 2.96 3.09 1.77 2.62 2.40 2.12 1.942.14 1.85 2.00 2.11 1.75 2.12 1.99 1.93 1.74 2.14 2.462.43 2.47 BB AA AA AB AA AB NoCall AAAA AA AB AA AB AB NoCall AA AA BB ABAB AA AA AA AA BB AB2 841 SNP_A-1737349 rs10493344 1 63446135 1.91 1.752.33 2.65 1.92 2.80 2.24 2.65 0.81 2.35 3.58 1.78 3.272.28 2.71 2.97 2.07 2.80 2.90 3.01 2.82 1.74 2.36 2.173.17 1.59 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 842 SNP_A-1670480 rs952998 1 63455912 1.83 1.962.47 2.85 1.93 2.61 1.46 1.98 0.63 1.92 4.48 1.85 2.921.92 2.24 3.31 2.06 2.39 3.69 3.75 2.20 1.74 2.10 1.772.45 1.56 AA NoCall AB AA AB AB AB AABB AB AB AA AB AB AA BB BB AA AABB BB BB AA BB AA AB2 843 SNP_A-1750847 rs2031402 1 63456414 1.58 1.472.44 2.94 1.93 2.88 1.06 1.72 0.71 2.71 2.54 1.59 1.981.23 2.02 2.17 2.06 1.99 0.91 2.13 1.75 1.74 2.63 1.961.30 1.30 BB AB NoCall BB AA NoCall NoCall BBAA AB AB BB AB AB BB AA AA BB ABAA AA AA BB AA BB AB2 844 SNP_A-1686080 rs10489493 1 63510357 1.50 2.771.84 1.94 1.99 2.63 1.73 3.12 0.78 2.01 2.22 2.28 2.551.40 1.47 1.61 2.15 1.69 1.21 1.68 1.74 1.75 1.98 1.391.49 1.33 BB BB NoCall BB BB NoCall BB BBNoCall BB BB BB AB BB BB AA AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 845 SNP_A-1680634 rs10489494 1 63510782 2.05 2.272.52 2.53 2.02 3.09 3.08 3.51 1.16 3.18 2.83 2.13 2.912.36 2.51 2.88 2.20 2.01 1.07 2.26 2.11 1.78 3.17 3.261.28 2.29 NoCall NoCall NoCall AA BB AA NoCallNoCall NoCall AB AB NoCall AA NoCall NoCall AA AA AANoCall AA NoCall AA AA NoCall NoCall AB2 846 SNP_A-1748353 rs6657480 1 63711889 1.40 1.762.20 2.58 1.76 2.31 2.45 1.16 1.60 2.14 4.32 1.95 2.332.76 2.84 2.99 2.15 3.29 2.50 2.71 2.86 1.56 1.91 2.633.01 2.04 BB BB BB BB BB AB AA AABB AB BB BB AB BB BB AB BB AB BBBB AB AA NoCall BB BB AB2 847 SNP_A-1688762 rs217452 1 63714877 2.52 2.742.97 2.90 1.76 3.12 2.31 2.77 2.48 3.33 1.86 1.35 1.521.89 2.06 2.01 2.15 2.87 1.61 1.69 1.90 1.56 2.97 2.132.23 1.81 BB AA NoCall AB AA AA AA AAAB AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall NoCall AANoCall AB AA AA AA AA AA AA2 848 SNP_A-1665878 rs2273367 1 63733117 1.63 1.661.87 2.23 1.76 2.02 1.64 1.63 1.45 2.21 3.15 2.22 2.461.73 2.12 2.20 2.15 2.31 1.71 2.20 2.35 1.56 2.16 2.521.89 2.00 BB BB BB BB BB AB AA AABB AB BB BB AB BB BB AB BB AB BBBB AB AA NoCall BB BB BB2 849 SNP_A-1699521 rs10493349 1 63867929 2.05 3.582.44 2.73 1.87 2.39 2.07 4.60 1.74 2.01 3.74 2.29 2.932.08 2.13 2.09 2.16 2.43 2.63 2.84 2.45 1.61 2.09 2.332.84 1.89 AA NoCall AA AB BB AA AA AAAA AA AB AB AB AA AA AA AA AA AAAA AA BB AA AA AB AA2 850 SNP_A-1645278 rs6678106 1 63872267 1.60 2.30

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.25 2.47 1.87 2.64 1.79 2.35 1.82 2.57 2.22 1.78 1.941.09 1.53 1.43 2.16 2.14 1.10 1.82 1.69 1.61 2.57 2.402.16 1.86 BB AB AB AB BB BB AB BBBB AB AB AA AB BB BB AB BB BB ABBB BB AA BB AA AB AA2 851 SNP_A-1645720 rs1506399 1 63885505 1.39 2.861.83 2.39 1.87 2.23 2.46 3.92 1.33 2.13 3.89 2.36 2.252.60 2.80 3.23 2.15 1.94 1.70 2.28 2.22 1.61 2.02 2.151.59 2.17 BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 852 SNP_A-1746821 rs937805 1 63885774 1.59 2.001.89 2.63 1.87 2.10 1.84 2.73 1.70 2.14 3.35 2.05 2.612.32 2.21 2.83 2.15 2.00 1.73 2.31 2.07 1.61 2.37 2.221.43 1.73 BB AB AA BB AB AA AB BBBB BB AB AB BB NoCall AB BB AA BB BBBB BB AA BB BB AB AB2 853 SNP_A-1715973 rs10493351 1 63886164 1.81 2.102.23 2.93 1.87 2.44 2.45 2.40 1.42 2.33 3.80 2.26 2.522.71 2.79 2.72 2.15 2.56 2.23 2.28 2.46 1.61 2.39 2.422.69 2.14 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 854 SNP_A-1659772 rs10489737 1 64068238 1.23 1.891.68 2.13 1.86 1.88 1.17 2.53 1.67 1.69 1.32 2.35 2.381.69 1.86 2.73 2.10 2.01 1.42 2.38 2.01 1.64 1.70 1.431.72 1.03 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 855 SNP_A-1691636 rs855824 1 64074000 1.94 2.331.83 2.06 1.88 2.22 2.39 2.85 1.71 2.48 1.02 1.58 1.211.24 1.73 1.31 2.07 1.67 1.00 1.50 1.70 1.62 2.25 1.931.68 1.69 BB BB BB BB BB AB AB BBBB BB NoCall AB AB BB NoCall BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 856 SNP_A-1718313 rs855858 1 64105519 1.97 4.072.79 2.72 1.88 3.11 3.20 6.67 2.13 3.42 1.45 2.36 1.531.51 1.60 1.77 2.07 2.16 1.34 1.79 2.29 1.62 2.81 3.202.79 2.49 BB BB BB BB BB NoCall NoCall BBBB BB NoCall AB AA NoCall NoCall BB NoCall ABNoCall BB BB BB BB BB BB AA2 857 SNP_A-1693487 rs855860 1 64105587 2.82 3.993.28 3.29 1.88 3.38 2.61 5.69 2.48 3.86 1.49 2.04 1.491.86 2.22 2.22 2.07 2.34 2.87 1.95 2.21 1.62 3.65 2.713.40 2.32 AA AA AA AA AA AB NoCall AAAA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AB AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 858 SNP_A-1717729 rs10489736 1 64117263 1.89 2.272.24 2.68 1.88 2.65 2.59 2.94 1.83 2.73 1.37 2.09 1.791.46 1.79 1.58 2.06 2.22 1.96 1.98 2.10 1.62 2.03 2.583.33 2.06 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA AA NoCall AA ABAA AA AA AA AA AA AB2 859 SNP_A-1658328 rs856283 1 64214616 2.04 2.952.66 2.82 1.86 2.75 2.54 3.77 2.01 3.31 1.10 2.58 1.751.62 1.82 1.48 2.07 2.08 1.13 2.02 2.55 1.65 3.32 3.051.86 2.24 BB NoCall BB BB BB NoCall AB AABB BB AA AB AA NoCall NoCall BB BB AB ABBB BB BB BB BB BB AA2 860 SNP_A-1685810 rs1260817 1 64214954 2.33 3.453.06 3.14 1.86 3.10 2.40 5.12 2.36 3.35 2.04 3.01 2.482.59 2.98 2.89 2.07 2.43 1.77 2.50 2.69 1.65 3.79 3.622.69 2.00 NoCall AB NoCall NoCall AA NoCall NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB ABNoCall BB BB BB NoCall NoCall BB NoCall2 861 SNP_A-1694535 rs4298775 1 64272110 1.27 2.031.87 2.28 1.79 2.03 1.14 2.67 1.58 1.70 1.46 1.82 2.401.70 1.93 2.66 2.07 2.08 1.55 2.44 1.72 1.57 2.12 1.401.40 1.40 AA AA AA AB BB AB AA AAAB AA AA AB AB AA AA AA AA AA AAAB AB AA AA BB AB AA2 862 SNP_A-1644014 rs10489902 1 64319349 1.55 1.612.33 3.15 1.70 2.70 1.48 1.90 1.97 2.26 1.53 1.33 2.522.26 2.25 2.85 2.09 2.07 1.81 2.59 1.91 1.57 1.85 2.441.94 1.58 AA AA NoCall AB BB AB NoCall AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 863 SNP_A-1651298 rs10489899 1 64400094 1.74 2.522.64 2.98 1.69 3.29 2.20 2.16 1.82 3.25 0.81 1.12 1.220.88 1.19 1.04 2.09 2.03 1.33 1.58 1.56 1.56 2.53 1.802.57 2.03 AA AA AA AB BB AA AA AANoCall AB AA AA NoCall AA AA AA AA AB ABAA AB AA AA AA AA AA2 864 SNP_A-1684562 rs1027421 1 64400656 1.64 2.972.10 2.36 1.69 2.27 2.64 2.88 1.46 2.14 1.37 2.27 2.241.78 2.12 1.81 2.09 2.13 1.65 2.19 2.54 1.56 2.33 2.812.06 2.25 AA AA AA AB BB AA AA AABB AB AA AA AB AA AA AA AA AB ABAA AB AA AA AA AA AA2 865 SNP_A-1732399 rs705551 1 64449036 1.82 1.832.11 2.48 1.69 2.31 2.08 2.36 1.82 1.88 2.49 2.57 4.783.34 3.12 4.33 2.19 2.43 3.46 3.65 2.70 1.58 1.97 2.412.38 2.07 BB BB AB AB BB BB BB BBAA AB BB BB AB BB BB BB BB AB ABAB AB BB AB BB BB AB2 866 SNP_A-1686824 rs705558 1 64461604 1.98 4.212.44 2.74 1.68 2.80 3.39 3.41 1.91 2.70 1.18 1.31 1.481.34 1.69 1.48 2.19 2.28 1.89 1.85 2.45 1.58 2.20 2.783.12 2.67 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB AB BB BB BB2 867 SNP_A-1645074 rs10493357 1 64501929 1.93 2.732.50 2.65 1.67 2.46 3.09 3.18 1.46 2.80 1.18 1.24 1.601.45 1.71 1.78 2.17 1.79 1.36 1.71 1.76 1.54 3.31 1.912.04 2.20 BB NoCall AA AB BB BB NoCall BBAA AA AA BB AB NoCall NoCall AA NoCall AA AAAB AB BB NoCall NoCall AA AA2 868 SNP_A-1756745 rs1390476 1 64512680 1.67 1.641.84 2.33 1.67 2.68 2.05 2.39 1.39 1.77 1.60 1.70 1.972.47 2.51 2.88 2.17 1.94 1.35 2.36 2.11 1.54 1.66 2.281.30 1.74 AA AB BB AB BB AA NoCall AABB BB BB AA AB AA AA BB AB BB BBAB NoCall AA AB AA BB BB2 869 SNP_A-1742983 rs1390474 1 64512986 1.34 4.363.27 2.69 1.67 2.05 2.63 1.91 2.31 4.50 1.68 1.10 2.221.27 1.46 3.35 2.17 3.05 1.34 2.05 2.20 1.54 3.12 1.712.44 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 870 SNP_A-1690299 rs1996213 1 64591356 1.54 2.501.86 2.14 1.63 2.17 1.52 2.89 1.42 1.73 1.32 2.39 3.861.80 2.19 2.43 2.24 1.89 1.77 2.55 2.10 1.57 2.15 1.941.52 1.58 BB BB BB AB BB BB BB BBNoCall AB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB AB BB BB BB BB BB2 871 SNP_A-1679060 rs1022293 1 64604352 1.63 2.59

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.92 1.98 1.63 2.09 2.61 3.03 1.47 2.09 1.30 2.40 2.441.68 1.79 1.79 2.25 2.12 1.82 2.01 2.25 1.57 1.67 2.592.64 2.37 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB AB BB BB BB BB BB2 872 SNP_A-1691478 rs305559 1 64670835 2.00 2.792.32 2.86 1.69 2.77 2.61 4.94 2.20 3.51 1.12 1.55 1.571.27 1.71 1.17 2.28 1.99 1.48 1.41 1.88 1.63 2.65 1.852.76 1.61 AA AB AB AA BB NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AB BB2 873 SNP_A-1645112 rs305569 1 64693077 1.73 2.512.16 2.30 1.69 2.49 2.60 2.82 1.88 2.65 1.33 2.29 1.721.38 1.81 1.62 2.28 2.15 1.83 2.08 1.98 1.63 2.01 2.572.50 2.02 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 874 SNP_A-1706647 rs305572 1 64697422 1.71 2.891.22 2.50 1.69 2.43 3.41 3.59 1.36 2.38 1.12 3.23 1.431.18 1.78 1.16 2.28 3.30 1.98 2.11 3.63 1.63 2.11 3.312.30 2.68 AA AB AB AA BB AB AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 875 SNP_A-1750015 rs6681578 1 64725607 2.10 2.793.05 3.20 1.76 2.98 3.15 3.16 2.43 3.69 1.48 1.51 1.461.58 1.65 1.29 2.27 2.84 2.26 1.86 2.33 1.63 2.46 1.934.64 2.33 AA AB AB AA BB BB AA AANoCall AA AA AA AB AA NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AB BB2 876 SNP_A-1732107 rs10493360 1 64763144 1.73 2.052.12 2.63 1.85 2.41 2.15 2.10 1.56 1.99 1.26 2.22 2.261.65 2.28 2.04 2.31 2.67 1.85 2.60 2.83 1.72 1.93 2.542.59 2.11 BB BB BB NoCall BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB AB AB AB AB BBAA AA BB NoCall BB BB AB2 877 SNP_A-1691392 rs1561168 1 64827340 1.82 3.282.56 2.77 1.86 2.81 2.98 4.15 1.64 2.33 1.43 2.63 2.251.96 2.28 1.83 2.30 2.22 1.58 1.99 2.51 1.72 2.86 2.622.33 2.05 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall BB AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AB AA AA BB2 878 SNP_A-1667654 rs10493361 1 64827833 2.19 6.762.74 2.93 1.86 3.13 1.71 3.67 2.22 2.65 1.53 2.34 2.091.75 2.16 1.98 2.30 2.30 1.86 2.39 2.28 1.72 2.53 2.802.80 1.95 BB BB BB BB AA BB AA BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB2 879 SNP_A-1709453 rs10493362 1 64828353 2.41 3.052.87 2.84 1.86 3.24 2.14 3.52 1.96 3.37 0.95 1.71 1.361.24 1.68 1.36 2.30 1.68 1.24 1.53 1.54 1.72 2.77 2.272.33 2.18 AA AA AA AA BB AA AA AAAB BB AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAA AA AA AB AA AA BB2 880 SNP_A-1664332 rs10493366 1 64917920 1.45 2.291.78 2.28 1.89 2.21 1.79 2.19 1.56 2.11 1.33 2.04 2.311.93 2.13 2.25 2.22 2.50 1.44 2.34 2.32 1.72 2.27 2.251.72 2.00 BB BB AB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 881 SNP_A-1752653 rs10493367 1 64918169 1.52 2.532.04 2.99 1.89 2.83 2.31 3.99 1.04 1.54 3.07 3.59 4.803.93 3.63 5.13 2.22 2.44 2.86 3.70 2.16 1.72 1.28 3.012.28 1.62 BB BB BB BB BB BB NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 882 SNP_A-1675784 rs10493372 1 64962524 2.45 2.852.59 2.86 1.94 5.28 2.40 3.12 1.99 3.02 1.85 1.64 2.071.92 2.37 2.23 2.14 1.82 2.14 1.80 2.11 1.74 2.65 2.552.90 2.63 BB BB AB BB AA BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 883 SNP_A-1675666 rs2274369 1 64980610 1.68 1.742.16 2.83 1.97 2.34 2.35 1.39 1.68 2.47 2.52 2.29 3.123.21 3.04 4.32 2.12 2.63 2.66 2.55 2.26 1.77 2.08 2.062.46 1.91 AA AA AA AA BB AA AA BBAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 884 SNP_A-1679250 rs6702537 1 65099858 2.03 1.901.89 1.99 2.05 2.34 3.20 2.50 1.81 2.78 1.75 1.70 1.802.31 2.20 2.24 2.14 1.91 1.68 1.61 1.95 1.77 1.95 2.252.34 2.18 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 885 SNP_A-1716053 rs10493373 1 65124961 1.51 2.381.81 2.57 2.05 2.30 1.70 2.75 0.83 1.64 1.51 2.21 2.672.00 2.47 2.31 2.14 2.31 1.83 2.50 2.07 1.77 1.85 2.032.01 1.47 AA AA AB AA BB NoCall AA AAAB BB AA AA AA AA AA AB AA AA AAAB AB AA AB AA AA AB2 886 SNP_A-1696142 rs556670 1 65203935 1.66 2.412.42 2.73 2.02 2.59 2.02 2.57 1.69 2.25 1.41 1.58 2.081.95 2.14 2.57 2.14 2.62 2.09 2.22 2.62 1.69 2.65 2.512.42 2.07 AA AA AA AB BB AB AB AAAB BB AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 887 SNP_A-1737337 rs2201689 1 65242135 2.25 2.483.00 3.01 1.79 3.04 2.06 3.13 2.09 3.10 1.02 1.13 1.841.30 1.38 1.24 2.10 2.04 2.00 1.73 2.01 1.66 2.65 2.202.82 2.38 AA NoCall AB AA AB AA AB AAAB AB AA BB AB NoCall NoCall NoCall AB AB ABAB AB AA AA AA AB AA2 888 SNP_A-1730062 rs486378 1 65242304 2.13 2.702.78 2.97 1.79 3.02 3.05 3.76 1.96 3.11 2.03 1.65 2.852.35 2.56 2.30 2.10 2.58 2.50 2.07 2.76 1.66 2.93 2.992.95 2.51 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB BB BB NoCall BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 889 SNP_A-1719273 rs2375675 1 65265214 1.65 2.042.15 2.62 1.83 2.49 1.32 2.50 1.94 2.12 1.38 1.59 2.061.82 2.35 2.56 2.18 2.21 1.32 2.10 2.06 1.72 2.57 1.841.59 1.79 AA AA AA AB BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AB AA AB AA AAAA AA AA AA AA AB BB2 890 SNP_A-1648518 rs724685 1 65438537 1.61 1.622.45 2.48 1.94 2.76 2.02 2.09 1.86 2.88 2.05 1.58 2.782.65 2.97 3.24 2.28 2.41 2.40 2.54 2.05 1.77 1.66 1.762.69 1.62 AA AA AB AA BB BB BB AAAA AB AA AA AA AB NoCall AB AB AB AAAA AB AA AA AA AA AB2 891 SNP_A-1655823 rs1886777 1 65467413 1.97 2.612.75 2.86 1.94 2.84 2.52 3.09 1.74 2.54 1.06 1.81 1.691.38 1.51 1.69 2.26 1.83 1.54 1.77 1.74 1.75 2.74 2.302.88 2.19 AA BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AB AB AA BB AB BB BB ABBB BB AA AA BB AB BB2 892 SNP_A-1744859 rs1536170 1 65491350 1.84 1.71

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.47 2.88 1.95 2.03 2.33 2.21 1.68 2.13 2.10 1.73 3.662.38 2.18 2.75 2.26 2.45 3.60 2.94 2.60 1.76 1.79 2.303.14 2.05 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AB BB NoCall BB NoCall NoCall BB BBBB BB BB BB BB NoCall AB2 893 SNP_A-1722504 rs10493374 1 65495252 1.48 1.722.22 2.64 1.97 2.23 1.39 2.05 1.15 1.48 2.51 2.25 3.592.72 2.67 3.59 2.25 3.42 3.64 3.41 2.91 1.76 1.68 1.902.93 2.26 BB BB BB BB BB BB AA BBAA AB BB BB BB BB AB AB BB BB BBBB BB BB BB AA BB AB2 894 SNP_A-1705931 rs10493377 1 65591273 1.76 1.902.43 2.71 2.04 2.50 2.44 2.05 1.57 2.35 1.99 2.16 3.062.45 2.61 3.30 2.30 2.46 2.28 2.90 2.64 1.95 1.93 2.962.73 2.35 BB AB AB AA AB AB AB AABB BB AA AB AB AB AB AB BB AB BBAB AA BB BB AA AA BB2 895 SNP_A-1735657 rs1327118 1 65597590 1.91 2.412.83 2.96 2.04 3.17 3.47 2.67 1.89 3.03 2.05 1.64 2.863.69 2.66 2.50 2.30 1.93 1.50 2.28 2.54 1.95 2.59 2.952.22 2.33 AA NoCall AB BB AA NoCall NoCall BBAA AA BB AB AB NoCall NoCall NoCall AA AB AAAB BB AA AA BB BB AA2 896 SNP_A-1732381 rs2025804 1 65658142 2.09 2.002.31 2.63 1.98 2.34 2.77 1.83 1.57 2.00 1.79 2.43 2.392.42 2.84 2.82 2.19 2.64 3.38 2.81 2.71 1.89 2.19 2.873.10 1.57 BB NoCall AB AB AB BB AA AABB BB BB AB AB AB AA AB AA AB ABAA AA AA AA NoCall AB NoCall2 897 SNP_A-1664048 rs1343982 1 65757272 2.02 3.122.84 2.83 1.98 2.59 2.12 2.48 1.90 2.48 2.34 2.38 3.273.42 3.57 4.20 2.10 2.44 3.43 3.53 2.73 1.92 2.54 2.082.02 2.50 BB NoCall NoCall NoCall AA AA BB BBAA AA AA AB BB NoCall BB NoCall BB NoCallNoCall BB BB BB BB AA AB BB2 898 SNP_A-1746571 rs1343981 1 65757349 1.77 1.842.16 2.76 1.98 2.26 1.56 1.71 1.54 1.65 1.54 2.44 2.291.79 2.37 2.67 2.10 2.64 2.12 2.58 2.34 1.92 1.99 1.871.87 1.98 BB AB AB AB AB AA BB BBAA AA AA AB BB AB BB AB BB AB ABBB BB BB BB AA AB BB2 899 SNP_A-1721656 rs10493379 1 65757948 0.99 6.751.32 1.58 1.98 1.36 1.15 3.09 1.02 1.66 1.26 3.22 2.932.09 2.55 2.84 2.10 2.16 1.32 2.34 2.01 1.92 1.37 2.751.38 1.81 AA NoCall NoCall AB AA BB NoCall AABB NoCall BB AB AA NoCall AA NoCall AA NoCallNoCall NoCall NoCall AA NoCall BB NoCall AA2 900 SNP_A-1642429 rs10493380 1 65758138 1.44 2.232.03 1.97 1.98 1.98 2.44 2.60 1.78 2.58 4.42 2.44 4.544.94 4.68 5.43 2.10 2.92 3.57 3.40 3.66 1.92 2.26 3.462.62 2.26 AA AA AA AB AA AA AA BBAA AA AA AB AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall ABAB AA AA NoCall AA AA AA2 901 SNP_A-1704537 rs6669117 1 65773093 1.64 1.392.18 2.56 1.98 2.51 1.18 0.72 1.67 2.08 1.29 1.67 1.491.85 1.67 2.39 2.09 2.71 2.46 2.48 1.96 1.92 2.10 1.932.52 1.82 BB NoCall AA AB AB AA BB BBAA AA AA AB AB AB AB AB AB AB ABAB AA BB BB AA AB BB2 902 SNP_A-1737928 rs2889195 1 65868751 1.55 2.901.90 2.41 1.99 2.76 1.57 2.33 1.55 2.20 1.27 2.00 2.282.23 2.07 2.36 2.03 1.75 1.68 1.94 1.87 1.88 2.19 1.511.52 1.36 AA AA BB BB BB AB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB AB AB AA AA AB BB AB BBAB AB AA AB BB AA AB2 903 SNP_A-1644348 rs10493378 1 65868964 1.32 2.321.62 2.03 1.99 1.68 1.55 2.53 1.20 1.36 1.83 2.28 2.631.84 2.03 2.70 2.03 1.91 2.10 2.14 1.90 1.88 1.40 1.861.58 1.78 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB AB BB BBBB AB BB BB BB BB AB2 904 SNP_A-1664882 rs10493387 1 65933954 1.64 5.132.13 2.23 1.86 1.81 1.27 1.53 1.79 1.86 2.18 3.76 4.093.26 2.55 3.57 1.98 2.20 3.39 3.00 1.85 1.81 1.48 2.071.70 2.04 AA AB AA AA BB AB AB AAAA NoCall AA BB BB NoCall AA AA AB AB AAAA AB AA AA AA AB AA2 905 SNP_A-1720341 rs10493391 1 66026917 1.98 3.062.98 2.50 1.69 3.43 3.01 3.49 2.35 3.69 1.78 1.45 1.511.84 1.81 1.53 1.77 1.92 1.82 1.50 2.11 1.62 3.09 2.672.38 2.05 AA NoCall AA AA AA NoCall NoCallNoCall AA AA AA AB NoCall NoCall AA NoCall NoCallNoCall AA AA AB AA NoCall AA AB AA2 906 SNP_A-1741847 rs10493392 1 66037704 1.62 2.221.97 2.38 1.73 2.33 1.75 1.78 1.70 2.19 1.08 1.53 1.161.15 1.39 1.26 1.75 1.85 1.42 1.55 1.55 1.61 1.78 2.012.05 1.69 AA AB AA AA BB NoCall AB BBAA AB AA AB BB AB AA AA AB AB AAAA AB AA AB AA AB AA2 907 SNP_A-1682808 rs6684069 1 66157879 2.01 2.271.90 2.55 1.70 2.72 2.98 2.08 1.44 2.50 2.18 2.91 2.703.10 2.23 2.62 1.85 2.33 2.39 2.41 2.18 1.63 1.85 3.521.40 2.93 AA BB AB NoCall BB AA AB AABB AB AA AA AB AA BB AB AA AB AAAA AB AA AB AA BB AA2 908 SNP_A-1756405 rs1937453 1 66158693 1.67 1.522.04 2.47 1.72 2.41 1.28 1.29 1.73 1.92 1.32 1.98 1.731.60 1.49 1.86 1.85 2.21 2.13 2.01 1.63 1.64 1.84 2.112.37 1.72 AA BB AB AA BB AA NoCall AABB AB AA AA AB AA BB AA AA AB AAAA AB AA AB AA AB AA2 909 SNP_A-1736365 rs2503185 1 66173422 1.14 1.411.50 1.97 1.71 1.62 1.25 0.78 1.12 1.60 1.29 1.80 1.691.79 1.77 2.09 1.85 2.55 2.01 2.17 2.33 1.64 1.20 1.741.99 1.88 AA BB AB BB AB AB AB AABB AB AA AB BB BB BB BB AA BB AAAA AB AA AB BB AB AB2 910 SNP_A-1747751 rs1354061 1 66218722 1.61 2.081.99 2.43 1.64 2.31 1.62 0.99 1.57 2.02 1.51 1.64 1.201.84 2.10 2.30 1.85 2.17 1.67 1.83 1.99 1.59 1.73 1.891.55 1.96 AA AA AB AA BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 911 SNP_A-1659514 rs1566527 1 66281119 1.72 1.582.15 2.36 1.58 2.68 1.53 0.99 1.28 1.46 1.70 2.64 1.762.18 2.10 2.80 1.91 1.91 2.72 2.48 1.97 1.60 1.74 2.162.36 2.46 AA AB AB AB BB AB AA AAAB AB AA AB AB BB BB BB NoCall BB AAAA AB AA AB BB AB AA2 912 SNP_A-1655455 rs680925 1 66295142 1.64 2.072.00 2.09 1.61 2.35 2.28 1.53 1.49 2.09 1.39 2.29 2.111.72 1.77 2.11 1.92 2.23 1.75 2.02 2.20 1.62 2.13 2.082.29 2.02 BB BB BB BB AB NoCall BB BBBB AB BB AB BB AB NoCall AA BB AA BBBB AB BB NoCall NoCall AB BB2 913 SNP_A-1689628 rs10493398 1 66386759 1.31 1.59

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.78 1.86 1.61 1.40 1.27 1.35 1.07 1.32 1.26 2.01 2.201.65 1.57 2.59 1.95 2.85 2.47 2.66 2.44 1.63 1.34 1.981.92 1.98 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 914 SNP_A-1677144 rs560936 1 66386780 1.45 2.401.72 1.90 1.61 2.27 1.91 2.44 1.80 1.89 1.77 2.12 1.972.00 1.93 2.08 1.95 1.64 1.04 1.75 1.77 1.63 2.27 2.321.29 1.66 BB BB BB AB BB AB BBNoCall NoCall BB AA BB BB NoCall NoCall BB AB BBBB BB BB BB NoCall BB BB BB2 915 SNP_A-1677748 rs10493399 1 66387024 1.69 2.242.07 2.27 1.61 2.17 2.08 1.93 1.41 2.28 1.50 2.20 2.201.56 2.23 2.18 1.95 2.24 1.96 2.21 2.25 1.63 1.92 2.832.61 2.40 AA AA AA AA BB AB AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 916 SNP_A-1672576 rs952635 1 66403906 1.70 1.742.05 2.56 1.61 2.37 2.47 1.99 1.43 2.00 2.18 2.19 2.902.94 2.74 3.38 1.95 2.41 3.38 2.67 2.19 1.63 1.73 2.862.31 2.94 AA AA AB AB BB AA NoCall AAAA AB AA AB AB AA AA BB AA AB AABB AB BB AA BB AB AA2 917 SNP_A-1715103 rs10493400 1 66408245 1.36 1.602.03 2.27 1.60 2.39 1.72 1.68 1.81 2.22 2.07 2.44 4.242.67 2.55 3.57 1.93 2.31 2.29 2.72 2.36 1.62 1.82 2.122.01 2.25 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 918 SNP_A-1648708 rs6588193 1 66443907 1.42 2.222.03 2.05 1.68 2.12 1.69 2.38 1.39 1.94 0.91 1.96 1.391.09 1.33 1.38 1.94 1.68 1.15 1.41 1.65 1.62 2.06 1.611.83 1.44 AA AA NoCall AB BB AB NoCall AAAB AB AA AB BB BB AA BB AA BB ABBB BB BB NoCall BB BB AA2 919 SNP_A-1708184 rs545739 1 66468093 1.30 2.081.99 2.28 1.70 2.21 0.99 1.16 1.32 1.52 1.12 1.83 1.671.60 1.69 2.42 1.95 2.14 2.12 2.54 1.57 1.62 1.77 1.681.85 1.56 BB BB AB AB BB BB BB BBBB AB BB AB BB BB BB AA BB AB ABAA AB AA BB AA AB BB2 920 SNP_A-1675568 rs6689595 1 66488158 1.8510.93 2.33 2.27 1.69 2.33 2.68 3.23 2.15 2.66 1.64 1.982.09 2.23 2.19 2.04 1.95 2.19 1.93 1.88 2.56 1.60 2.352.38 2.42 2.14 AA NoCall AA NoCall BB AANoCall AA BB BB NoCall AB NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB NoCall BB NoCall AA2 921 SNP_A-1717605 rs910693 1 66508269 1.68 1.471.86 2.44 1.69 2.34 2.09 1.40 1.40 1.85 1.24 1.62 1.841.43 1.25 1.68 1.95 2.37 2.27 1.95 2.08 1.60 1.60 2.062.84 1.89 AA AB AB AB BB AA NoCall AABB BB AA AB AB AB AB BB AB AB ABBB BB BB AB BB AB AA2 922 SNP_A-1753177 rs2788646 1 66518974 1.77 2.042.19 2.55 1.69 2.54 1.49 1.83 1.78 2.69 1.65 2.49 3.441.86 2.17 2.45 1.95 2.14 2.22 2.59 2.36 1.60 2.44 2.412.20 2.49 AA AB BB AB BB AA AB BBAA AB BB AB AB AB BB BB BB AB ABAB AB AA AB AA AA BB2 923 SNP_A-1740067 rs10493402 1 66525877 1.41 1.731.76 2.26 1.69 2.13 1.72 1.78 1.61 1.70 1.99 2.71 2.092.18 2.22 2.96 1.95 2.11 1.67 2.54 2.06 1.60 1.87 1.731.26 1.60 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AB AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 924 SNP_A-1757627 rs10493403 1 66529033 2.39 3.152.71 2.82 1.69 3.40 3.26 2.56 1.98 3.33 1.48 1.86 1.621.94 1.97 1.67 1.95 2.25 1.58 1.65 2.11 1.60 3.36 3.122.77 2.70 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 925 SNP_A-1735947 rs1572930 1 66615138 2.20 2.742.22 3.02 1.69 3.22 2.61 3.11 2.04 2.81 1.43 1.87 1.111.82 1.57 1.43 2.04 2.24 2.32 1.41 1.88 1.65 2.32 1.864.52 2.55 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB NoCall NoCall NoCall BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB2 926 SNP_A-1653846 rs10493406 1 66670400 1.41 1.532.05 2.46 1.66 2.26 1.63 1.03 1.26 2.19 1.60 2.01 1.942.50 2.60 3.40 2.05 2.57 2.36 2.58 2.06 1.63 1.93 2.702.22 2.29 AA AA AA AB BB AA AB BBAB BB AA AA AA AA AA AA AB AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 927 SNP_A-1727453 rs961378 1 66673143 1.58 1.632.25 2.91 1.66 2.81 1.48 1.14 1.87 2.08 1.80 1.48 1.342.12 2.45 2.92 2.05 3.02 2.42 2.40 2.41 1.63 1.98 1.702.49 1.89 BB AB AB BB BB AB AB BBBB BB BB AB BB BB AB BB BB BB ABBB AB BB BB BB BB AA2 928 SNP_A-1740337 rs2121053 1 66700520 1.39 1.531.60 2.05 1.69 2.23 2.85 1.33 1.51 2.29 1.73 1.74 2.111.84 2.34 3.29 2.07 2.70 1.99 2.69 2.30 1.65 1.99 2.922.53 2.25 BB BB AB AB AB BB NoCall BBAB AA BB BB BB BB BB AA NoCall BB ABBB AB BB AA AA BB AB2 929 SNP_A-1734260 rs7540195 1 66714427 1.64 2.211.76 1.87 1.69 2.19 1.85 2.04 1.46 1.96 1.38 2.31 2.311.86 1.86 1.85 2.07 2.04 1.21 1.67 1.78 1.65 1.70 2.411.26 2.04 NoCall AA AB AB AA NoCall AA AAAA AA NoCall AA BB AA AA AA AA BB ABAB AA BB AA AA AB AB2 930 SNP_A-1747473 rs4655616 1 66714786 1.40 2.121.90 2.22 1.69 2.27 1.26 1.45 1.64 1.74 1.20 2.16 2.491.66 2.13 2.21 2.07 2.24 1.52 2.39 1.95 1.65 2.17 2.111.96 1.52 AA NoCall AB AA BB AA AB BBNoCall NoCall AA AB AA BB AB BB AB AA ABAB BB AA NoCall BB AB AB2 931 SNP_A-1671672 rs10493409 1 66717967 1.59 2.742.00 2.53 1.69 2.02 1.96 2.13 1.55 1.74 1.89 2.52 2.262.04 2.12 2.47 2.07 2.66 2.96 2.49 2.50 1.65 1.54 2.192.70 2.31 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB NoCall BB BB BB BBAB NoCall BB BB BB AB BB2 932 SNP_A-1758890 rs1856318 1 66736236 1.38 3.061.90 2.38 1.70 1.87 2.72 2.38 1.83 2.62 0.79 1.35 0.760.99 1.12 0.99 2.07 1.33 1.31 0.91 1.29 1.65 2.30 1.792.74 2.59 AA BB AB AB AB AA BB BBBB BB AA BB AA NoCall NoCall BB BB AA ABAA AB AA BB BB AB BB2 933 SNP_A-1670213 rs10493412 1 66794780 1.48 1.512.20 2.45 1.70 2.58 1.57 1.28 1.76 2.48 1.67 1.98 2.392.23 2.28 3.03 2.05 2.86 2.32 2.72 1.93 1.65 1.65 2.363.03 2.25 BB BB BB BB BB BB BB AABB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB AB2 934 SNP_A-1666352 rs7543378 1 66819630 1.76 2.78

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.19 2.41 1.70 2.56 2.06 3.39 1.73 2.59 0.87 2.04 1.191.36 1.21 1.13 2.05 2.00 1.30 1.42 1.87 1.65 2.39 2.072.36 1.61 BB AB BB AB BB BB BB BBBB AB BB BB BB AA BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 935 SNP_A-1672104 rs6680876 1 66841503 1.52 2.232.92 2.91 1.70 2.42 2.37 2.25 1.82 2.31 1.90 2.29 2.142.46 2.80 2.64 2.05 2.53 3.62 2.65 2.67 1.65 1.87 2.923.84 3.23 BB AA NoCall NoCall AA BB AA AAAA AA BB AA NoCall NoCall NoCall AA NoCall BBNoCall BB BB BB AA AA AB AA2 936 SNP_A-1672450 rs10493413 1 66841767 1.57 1.732.22 1.94 1.70 2.19 2.73 2.81 1.36 1.66 3.10 2.68 3.533.86 3.17 4.61 2.05 2.41 4.05 3.36 2.83 1.65 1.65 3.133.19 3.15 BB NoCall BB BB AA BB NoCall AABB NoCall BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall NoCall AB NoCall2 937 SNP_A-1650270 rs10493414 1 66873737 1.98 2.992.47 2.23 1.67 2.83 3.15 3.36 1.78 3.25 0.98 1.82 1.321.25 1.41 1.25 2.00 1.66 1.25 1.14 1.68 1.62 2.35 2.782.34 2.34 AA AB AA AB AA AA AB BBBB BB AA AA AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA ABAA AA AA AA BB NoCall AA2 938 SNP_A-1718433 rs10493415 1 66880045 1.50 1.791.98 2.33 1.67 2.18 1.71 1.30 1.41 1.98 1.13 1.67 1.391.38 1.73 1.84 2.00 2.23 1.47 1.94 2.15 1.62 1.81 2.221.89 1.82 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 939 SNP_A-1750561 rs958938 1 66985931 1.69 1.442.35 2.66 1.62 2.58 1.90 1.15 1.77 2.09 1.83 2.31 1.922.31 2.54 3.68 2.08 2.38 2.00 2.90 2.07 1.72 2.02 2.231.78 1.84 BB BB BB BB AB BB BB AABB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB AB BB2 940 SNP_A-1730082 rs1498350 1 67006164 1.33 1.621.44 2.03 1.66 1.89 1.29 1.43 1.28 1.08 1.69 2.44 2.202.40 1.95 2.80 2.11 2.13 2.38 2.60 2.23 1.78 1.43 0.892.06 1.37 BB AB NoCall AA AB AA AB BBAB NoCall AA AA AA AB AB NoCall BB ABNoCall AB BB AA AA AA BB BB2 941 SNP_A-1747775 rs1570838 1 67115336 1.68 1.882.52 2.62 1.58 2.59 1.21 1.73 1.65 2.10 1.20 1.86 2.161.64 1.70 1.98 2.02 2.21 1.99 2.25 1.86 1.69 2.27 1.802.26 1.35 BB BB NoCall BB BB BB AB BBBB AB BB AA BB BB BB AB BB AA ABBB BB AA BB AA BB BB2 942 SNP_A-1756827 rs2985821 1 67115808 1.62 1.832.07 2.13 1.58 2.05 1.84 1.48 1.42 2.10 1.26 2.65 1.921.70 1.75 2.06 2.02 2.43 1.65 1.98 1.94 1.69 1.87 2.622.06 1.71 BB BB NoCall BB BB BB AB BBBB AB BB AA BB BB BB BB BB AB ABBB BB BB BB AA BB BB2 943 SNP_A-1752941 rs4553158 1 67148467 1.60 1.852.69 2.40 1.68 2.90 2.07 1.74 2.10 2.37 3.38 2.51 4.733.89 3.73 5.71 2.01 4.57 3.15 3.72 2.84 1.72 1.88 1.802.40 1.73 BB BB NoCall BB AA BB NoCall BBBB NoCall NoCall AB BB BB BB BB BB AA BBBB BB BB BB BB BB BB2 944 SNP_A-1755724 #N/A 1 67203285 1.56 1.49 2.082.21 2.00 2.31 2.04 1.83 1.58 1.70 2.06 2.24 2.94 2.822.69 4.00 2.00 2.48 3.17 2.91 2.06 2.00 1.25 2.29 2.632.13 BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB AB NoCall AB BB BBBB NoCall BB BB BB BB2 945 SNP_A-1649860 rs10489632 1 67256255 1.78 3.382.31 2.30 1.55 2.59 2.26 3.97 1.93 2.60 1.03 1.21 1.261.29 1.42 1.34 2.00 1.85 1.24 1.52 1.78 1.68 2.31 3.131.93 1.90 AA AB NoCall AA AA AA AB AAAA AA NoCall AB AA NoCall AA NoCall AA AB AAAA AA AA AA AA AB AA2 946 SNP_A-1675127 rs1885279 1 67276302 1.93 2.602.40 2.46 1.55 2.71 2.58 2.75 1.71 2.43 1.33 2.18 1.791.69 1.73 1.73 1.99 2.17 1.85 1.84 2.23 1.68 2.23 2.602.41 2.17 BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 947 SNP_A-1738254 rs1885280 1 67276507 2.01 2.012.41 2.67 1.55 2.46 2.79 2.74 1.41 2.28 1.51 2.17 2.042.15 2.26 2.37 1.99 2.49 2.48 2.23 2.46 1.68 1.86 2.492.83 2.47 BB AB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 948 SNP_A-1700155 rs1321156 1 67316723 1.32 2.271.44 2.04 1.55 2.08 2.57 2.19 1.28 1.71 1.42 1.71 1.612.20 2.24 1.85 1.99 1.94 1.22 1.91 2.04 1.65 1.74 2.201.77 2.07 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA NoCall AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA2 949 SNP_A-1733386 rs2863212 1 67397137 1.73 1.111.70 1.94 1.59 1.81 1.50 1.84 1.08 1.63 1.39 2.32 4.111.75 2.08 2.17 2.01 1.46 1.36 1.53 1.63 1.67 1.60 1.451.27 1.12 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB NoCall BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 950 SNP_A-1718823 rs10489628 1 67416128 1.94 3.782.54 2.60 1.56 2.71 2.88 3.67 1.84 2.43 1.33 1.30 1.281.50 1.42 1.56 1.93 1.52 1.51 1.27 1.54 1.57 2.54 1.752.46 1.65 BB AB AA AA AA NoCall AA BBBB AA BB AB BB NoCall BB NoCall AA BBNoCall BB BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 951 SNP_A-1689234 rs10489627 1 67491697 1.54 2.182.08 2.41 1.59 2.23 2.24 2.57 1.78 1.51 1.89 1.65 2.561.68 2.03 2.20 1.97 2.67 2.48 2.45 2.26 1.59 1.34 1.602.97 1.97 AA BB AB AA AB BB NoCall BBAB AB BB AA BB BB BB AB AB AB ABBB AB BB NoCall AA AA NoCall2 952 SNP_A-1688466 rs10489626 1 67505192 1.50 2.251.88 2.30 1.59 2.18 2.58 2.68 1.50 2.04 1.39 2.20 1.751.92 2.26 1.86 1.97 1.74 1.53 1.93 1.83 1.59 1.97 2.231.35 1.97 BB BB AB AB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB NoCall BB NoCall AB BBBB AB BB BB BB AB BB2 953 SNP_A-1685592 rs3790568 1 67548081 1.67 2.632.08 2.30 1.54 2.56 2.34 2.98 1.62 2.03 0.88 1.84 1.401.09 1.37 1.25 1.83 2.03 1.24 1.48 2.05 2.04 2.22 2.061.96 2.04 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AB2 954 SNP_A-1661460 rs10493424 1 67669229 2.17 2.952.49 3.29 1.51 2.85 3.25 4.60 2.16 2.61 1.62 1.20 2.091.56 1.81 1.71 1.95 2.52 2.27 1.79 2.44 2.26 2.03 1.933.09 2.18 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA2 955 SNP_A-1672412 rs787494 1 67797607 2.36 3.27

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.79 3.02 1.60 3.74 2.04 5.14 2.42 2.90 1.03 1.01 1.141.45 1.16 1.38 1.86 1.43 1.42 1.27 1.37 2.35 2.57 1.482.56 1.62 NoCall BB NoCall BB AA AB BB BBNoCall AB BB BB AB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall NoCall BB NoCall AA BB AB2 956 SNP_A-1651412 rs787493 1 67797740 2.15 3.513.10 2.81 1.60 2.89 3.35 4.21 1.90 3.20 1.29 1.16 1.301.27 1.63 1.03 1.86 1.63 1.16 1.04 1.42 2.35 2.57 2.222.74 2.26 AA AB AB AB BB AB NoCall AANoCall AB BB AA AB NoCall NoCall AA AB ABNoCall AA AA AA NoCall BB AA AB2 957 SNP_A-1708965 rs2295942 1 67885285 1.65 2.701.98 2.50 1.61 2.18 2.35 2.92 1.63 2.66 1.38 2.00 2.571.78 2.14 1.94 1.83 2.11 1.71 1.90 2.88 2.49 2.68 3.162.55 2.80 AA BB AB AB AA AA NoCall AANoCall BB NoCall AA AB NoCall NoCall AA NoCall BB BBAA BB AA NoCall BB BB AB2 958 SNP_A-1753645 rs1938441 1 68042950 1.23 2.312.25 2.23 1.66 2.02 1.82 2.56 1.84 2.79 1.51 2.11 2.702.06 2.48 2.51 1.99 2.80 1.78 2.69 2.21 2.28 1.89 2.282.69 1.47 BB BB BB AB BB AB BB AAAB BB BB AB BB AB NoCall AA BB AA BBAA NoCall AA BB BB BB BB2 959 SNP_A-1733438 rs4638094 1 68044682 1.07 2.052.34 3.04 1.66 3.03 1.09 2.48 2.00 2.35 0.91 2.06 2.421.50 2.46 2.30 1.99 2.65 1.63 2.62 2.14 2.28 1.38 1.721.83 2.04 AA AB BB AB BB AB AB BBBB BB AA AB AB BB AB BB AA BB BBBB AB BB AA BB BB AB2 960 SNP_A-1665724 rs4655769 1 68188999 1.50 2.002.25 2.42 1.83 2.16 1.63 1.98 1.43 2.04 1.78 1.77 2.872.05 2.01 2.47 2.00 2.44 1.81 2.67 2.16 1.69 1.93 2.492.31 1.78 AA AB BB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AB AA AA AA ABAB AA AA AA AA AA AB2 961 SNP_A-1649588 rs10493433 1 68200637 1.77 2.292.04 2.34 1.83 2.33 2.41 3.19 1.75 2.49 1.97 2.15 2.202.01 2.41 2.84 2.00 2.29 1.23 2.32 2.22 1.69 2.67 3.661.39 2.04 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 962 SNP_A-1757083 rs725667 1 68200671 1.69 1.642.09 2.66 1.83 2.33 2.35 1.60 1.71 2.04 1.72 1.57 1.702.26 2.12 2.64 2.00 2.38 2.02 2.20 2.17 1.69 2.12 2.372.20 2.74 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 963 SNP_A-1689168 rs2820473 1 68406398 2.05 2.532.25 2.69 1.81 2.61 2.09 3.57 1.69 2.31 1.41 2.06 2.191.89 2.10 2.07 2.21 2.01 1.77 1.78 1.93 1.80 2.46 2.202.28 2.21 AA AB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB AB BB BB NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 964 SNP_A-1663378 rs10493440 1 68423860 1.58 3.072.06 2.39 1.80 2.91 1.23 2.43 1.77 2.14 1.41 2.17 2.671.88 2.47 2.82 2.19 2.48 1.49 2.35 2.47 1.84 2.66 2.311.69 1.52 AA AA AA AB BB AA NoCall BBAA AB AA AA AA AA AB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 965 SNP_A-1719497 rs1360180 1 68424379 1.88 2.602.34 2.51 1.80 2.83 2.18 3.06 1.91 2.64 1.42 2.23 2.521.48 2.01 2.19 2.19 2.20 1.41 2.06 2.02 1.84 2.52 2.941.97 2.05 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB AA AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AB AA NoCall AA AA AA2 966 SNP_A-1646268 rs1411114 1 68424647 1.47 2.231.58 2.89 1.80 3.11 2.47 2.33 1.10 2.60 1.39 2.34 2.301.82 2.24 2.39 2.19 2.46 2.42 2.58 2.49 1.84 2.62 1.883.26 1.74 BB NoCall BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 967 SNP_A-1731573 rs1360181 1 68426156 2.08 1.962.82 3.28 1.80 3.48 1.61 3.10 2.43 2.52 1.90 2.32 2.482.17 2.53 3.13 2.19 2.43 1.77 2.93 2.08 1.84 2.46 2.471.73 2.08 AA AA AA AB BB AB BB BBAA BB BB AB BB BB BB BB AB AB BBBB BB AA BB AA BB AB2 968 SNP_A-1729784 rs2225019 1 68556760 1.42 2.971.86 2.14 1.87 2.28 1.54 2.14 1.22 2.12 1.63 2.28 2.312.06 1.94 2.86 2.12 2.61 1.72 2.29 2.93 1.81 2.09 1.972.22 1.44 AA AA AB AB AB AB AA BBBB BB AA AB BB AB AB AA AA AA AAAB AA AA AB BB AA BB2 969 SNP_A-1695619 rs2419988 1 68605853 1.51 1.442.04 2.65 1.87 3.17 1.76 1.67 1.49 1.80 1.55 2.13 1.411.89 2.35 2.80 2.12 2.44 1.66 2.45 1.87 1.82 1.69 2.301.82 1.81 AA AA AA AB BB NoCall AB BBAB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AB AA AA AB2 970 SNP_A-1711062 rs932783 1 68608665 1.81 1.992.42 2.71 1.87 2.82 2.66 1.64 1.70 2.10 2.20 1.99 1.992.83 3.16 3.47 2.12 3.01 2.89 3.05 2.56 1.82 1.88 3.063.65 2.72 BB BB AB AB BB AB NoCall AAAB AA BB BB AB BB AA BB BB AB BBBB BB BB AB AA BB AB2 971 SNP_A-1715585 rs10518297 1 68634373 2.21 3.002.48 2.31 1.87 2.38 3.78 3.34 2.26 1.65 1.70 3.08 1.301.91 2.21 2.03 2.13 2.54 1.85 2.24 2.80 1.82 2.23 1.041.62 2.08 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AB AANoCall AA AA AA NoCall AA AA AA2 972 SNP_A-1682646 rs4926345 1 68672497 1.84 2.632.25 2.75 1.92 2.72 1.87 2.54 1.97 2.04 2.04 1.89 2.702.25 1.88 2.25 2.08 2.43 2.31 2.00 2.20 1.81 1.89 2.142.94 1.90 BB BB AA AB BB BB AA BBNoCall BB NoCall AB AB NoCall AA NoCall AA BB AAAA AA BB NoCall BB AB AB2 973 SNP_A-1648176 rs2982525 1 68762430 1.58 2.902.47 2.76 1.98 2.81 2.99 1.23 1.95 3.46 1.21 1.91 1.171.53 1.58 1.41 2.20 2.21 1.52 1.62 2.11 1.96 2.55 3.062.57 2.39 NoCall BB BB BB BB BB BBNoCall AB BB BB AB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AA BB BB BB BB2 974 SNP_A-1701769 rs10518303 1 68762493 1.76 2.252.10 2.26 1.98 2.34 2.70 1.82 1.46 2.01 1.54 2.10 1.501.76 1.84 1.95 2.20 2.18 2.03 2.11 2.59 1.96 1.89 2.622.66 2.24 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 975 SNP_A-1755372 rs10518304 1 68762723 1.91 2.292.85 3.01 1.98 2.78 2.51 1.72 1.86 2.92 1.81 1.75 1.462.03 1.87 2.13 2.20 2.18 2.25 2.14 2.09 1.96 2.36 2.502.61 1.99 BB BB BB BB AA BB NoCallNoCall BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB BB2 976 SNP_A-1729904 rs7541833 1 68896059 1.80 2.06

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.84 3.01 2.01 3.04 2.70 1.67 2.41 2.95 1.57 1.38 1.431.91 1.91 2.19 2.06 2.06 1.67 1.81 2.02 1.84 2.45 2.232.08 2.34 AA BB AB BB AA AB BB BBAB BB BB AB AB BB BB AB BB BB BBBB BB BB NoCall NoCall BB NoCall2 977 SNP_A-1660543 rs854286 1 68896235 1.94 2.222.53 2.53 2.01 2.80 2.36 1.77 1.73 2.22 1.58 1.46 1.562.14 2.21 2.31 2.06 2.28 2.31 2.10 2.14 1.84 1.98 2.642.93 2.45 AA AA AA AB BB AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AB AA AA AA AA AB2 978 SNP_A-1711838 rs699229 1 68954845 2.54 2.762.61 2.89 2.03 3.14 4.83 3.25 2.04 3.16 2.97 2.95 2.943.49 3.41 3.51 2.06 2.82 3.00 2.45 3.33 1.77 2.91 4.452.40 3.93 NoCall NoCall AA AB AA AA NoCall AANoCall AA NoCall AA AA NoCall NoCall AA AA AA AANoCall NoCall AA AA NoCall AA NoCall2 979 SNP_A-1711088 rs10493451 1 69004490 2.18 3.372.45 2.58 2.03 2.82 3.81 1.78 1.75 2.65 1.18 2.00 1.151.41 1.65 1.43 2.06 2.35 1.77 1.66 2.19 1.77 2.01 2.824.07 2.87 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 980 SNP_A-1740673 rs1022013 1 69144065 1.54 2.611.93 2.93 1.88 2.25 2.47 3.26 1.67 2.23 1.26 2.19 1.521.49 1.35 1.53 1.97 1.58 1.98 1.33 1.65 1.86 2.05 2.261.53 1.88 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB AA2 981 SNP_A-1681754 rs10493452 1 69321875 1.69 2.882.36 2.76 1.83 2.37 2.30 1.76 1.76 2.12 1.44 2.10 1.371.50 1.58 1.75 1.90 2.38 2.06 1.89 2.32 2.78 2.08 2.122.82 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 982 SNP_A-1736147 rs10493453 1 69371440 1.38 3.341.96 2.19 1.80 1.96 1.69 2.30 0.91 1.26 2.70 3.19 3.163.04 4.95 3.59 1.97 3.44 4.59 3.25 2.56 2.60 2.78 2.201.89 3.45 AA AA AA AA BB AA AA BBAB AA AA AA AA AA BB AA AA NoCall AAAA AA AA BB AA AA NoCall2 983 SNP_A-1708883 rs10493454 1 69371861 1.58 2.041.66 2.15 1.80 1.99 1.53 1.07 1.31 1.40 1.45 2.14 1.871.61 2.66 2.28 1.97 2.19 1.93 2.20 2.18 2.60 2.06 1.862.04 1.56 BB BB BB BB BB BB BB AAAB BB BB BB BB BB AA BB BB AB BBBB BB BB AA BB BB AB2 984 SNP_A-1717743 rs2901175 1 69400667 1.84 2.771.96 2.34 1.84 2.37 1.68 1.87 1.63 2.25 1.54 2.65 2.011.67 1.86 2.32 2.00 2.26 1.65 1.98 2.16 2.69 2.17 2.621.86 1.80 BB AA AB AB BB AA AB BBAA AA BB AA AA AB BB AA AB AB AAAA AA AA AB BB AB AB2 985 SNP_A-1675708 rs2248308 1 69405776 1.58 2.732.18 2.24 1.84 2.29 2.24 1.70 1.63 2.28 1.43 2.28 1.501.95 1.96 2.28 2.00 1.84 1.71 2.06 1.79 2.69 2.02 2.621.72 2.06 AA BB AB AB BB BB NoCall AABB BB AA BB BB AB AA BB AB BB BBBB BB BB NoCall AA AB AB2 986 SNP_A-1718519 rs5010843 1 69406226 2.47 1.912.30 2.49 1.84 2.22 3.18 1.88 1.59 2.33 1.63 2.38 1.682.14 2.46 2.41 2.00 2.06 1.71 2.23 2.27 2.69 2.33 3.281.94 2.30 BB AA AA AB BB AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 987 SNP_A-1705215 rs2243513 1 69406437 2.23 1.613.09 2.64 1.84 2.71 1.45 1.57 2.11 1.70 1.87 1.65 1.661.64 2.27 2.63 2.00 2.43 3.24 3.00 2.13 2.69 1.61 2.972.75 1.67 BB AA NoCall AB BB AA AB BBAA AA BB AA AA AB BB AA AB AB AAAA AA AA AB BB AB AB2 988 SNP_A-1685116 rs720233 1 69491458 1.64 2.021.93 2.39 1.81 2.37 1.46 1.97 1.83 1.92 2.23 2.51 4.842.45 2.72 3.25 1.98 1.84 2.14 2.70 2.06 2.65 1.90 1.731.66 1.55 AA BB AB AA BB BB NoCall BBBB BB AA BB BB AB AA BB AB BB BBBB BB BB AA AA BB AB2 989 SNP_A-1754019 rs288941 1 69541708 1.47 2.421.65 2.27 1.76 2.20 2.47 1.40 1.37 2.25 1.29 1.67 1.201.92 2.07 2.15 1.96 1.14 0.79 1.93 2.47 2.47 1.86 2.601.59 2.28 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB BB AA AA BB BB AB NoCall AA AAAB AB BB BB BB AB BB2 990 SNP_A-1686102 rs548825 1 69563639 1.56 1.932.03 2.40 1.76 2.12 2.59 1.92 1.36 2.24 2.62 2.27 3.522.63 3.07 2.66 1.99 2.44 3.13 2.68 2.81 2.46 1.66 2.612.82 2.60 AA AA AB AA AA AA AA BBAB AB AA BB BB AA NoCall NoCall BB BB BBBB BB AA AA AA BB AA2 991 SNP_A-1649192 rs6683599 1 69564022 1.88 2.412.21 2.57 1.76 2.35 2.51 2.09 1.53 2.47 1.71 2.64 2.911.85 1.94 2.22 1.99 2.04 2.23 1.85 2.47 2.46 1.97 2.672.27 2.19 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 992 SNP_A-1738875 rs10493455 1 69564801 1.64 2.062.15 2.58 1.76 2.40 1.98 1.40 1.69 2.40 1.49 1.76 2.061.56 1.44 1.77 1.99 1.92 2.17 1.64 1.87 2.46 1.51 2.082.70 1.85 BB BB AB BB BB BB BB AAAB AB BB BB BB BB BB BB AB BB BBAB AB BB BB BB AB BB2 993 SNP_A-1696644 rs1926256 1 69591095 1.07 2.661.96 2.28 1.73 2.32 2.25 1.19 1.50 2.08 1.67 2.46 2.292.10 2.37 2.34 1.99 2.02 1.25 2.00 2.12 2.40 1.73 2.971.67 2.27 BB AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 994 SNP_A-1706643 rs10493456 1 69591130 1.58 1.852.05 2.02 1.73 1.88 2.04 1.69 1.68 2.28 1.55 2.92 2.601.84 2.06 2.58 1.99 2.56 1.59 2.31 3.07 2.40 1.84 2.662.16 2.37 AA AA AB AA BB AA AA BBNoCall AB AA BB BB AA AA AB BB BB BBBB BB AA AA AA BB AB2 995 SNP_A-1724918 rs10518315 1 69591823 1.49 3.252.22 2.49 1.73 2.41 1.57 1.24 1.51 1.29 2.55 3.00 3.222.86 2.58 3.39 1.99 2.48 3.60 3.21 2.46 2.40 1.53 3.332.15 2.36 BB AB BB BB BB AA BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB AA BB BB2 996 SNP_A-1676182 rs1998846 1 69613578 1.42 2.911.78 2.16 1.73 2.07 2.91 1.55 1.31 2.17 1.50 2.50 1.312.15 2.08 1.96 2.01 2.32 1.31 2.22 2.61 2.36 1.98 3.551.93 2.33 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA AB AA BB BB AA AA NoCall AA AA AAAB NoCall AA AA AA AA BB2 997 SNP_A-1725560 rs1418005 1 69659645 1.61 3.32

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.41 2.34 1.70 1.86 1.54 0.89 1.69 1.56 1.75 1.84 1.641.81 1.64 2.45 2.04 2.36 1.82 1.94 2.17 2.42 1.57 1.811.91 1.61 BB BB BB BB AB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB AB BB2 998 SNP_A-1673884 rs10489547 1 69681098 1.59 2.041.95 2.58 1.70 1.98 1.67 1.55 1.53 1.67 2.51 3.00 2.872.66 2.63 3.67 2.04 2.37 2.39 2.61 2.55 2.41 1.54 2.772.32 2.00 BB BB AA BB BB AA AA AABB NoCall AA AA AB BB AA AA AB AB ABAA AA AA AA AA NoCall AA2 999 SNP_A-1662974 rs10489548 1 69766791 1.96 2.442.32 2.53 1.65 2.58 4.01 2.11 1.64 2.79 2.22 2.90 2.222.76 2.77 2.54 2.05 2.29 1.71 2.00 2.65 2.34 2.17 3.302.26 2.72 AA AB AA AA BB AA NoCallNoCall AB AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA NoCall2 1000 SNP_A-1712045 rs1341781 1 69776390 1.68 3.751.99 2.56 1.64 3.08 1.61 1.20 1.52 2.24 1.10 1.80 1.551.29 1.53 1.54 2.03 1.59 1.26 1.44 1.32 2.30 1.97 1.582.01 1.92 NoCall NoCall BB AB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB AB AA2 1001 SNP_A-1672552 rs1749517 1 69776891 1.64 2.372.27 2.31 1.64 2.39 2.11 1.67 1.79 2.50 1.37 2.88 2.191.90 1.91 2.02 2.03 2.30 1.62 2.06 2.04 2.30 2.35 2.441.81 1.89 BB AB BB AB BB AB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB AA2 1002 SNP_A-1656421 rs1749515 1 69777501 1.65 1.521.97 2.43 1.64 2.29 1.20 0.93 1.50 1.88 1.33 1.99 1.971.41 1.33 1.38 2.03 1.83 1.64 1.81 2.04 2.30 1.64 1.772.12 1.63 BB AB AA AB BB NoCall AB AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AB BBAA AA AA AB AA AB BB2 1003 SNP_A-1646644 rs10489550 1 69793899 2.01 2.732.42 2.95 1.64 2.78 3.07 1.27 1.70 2.46 1.65 2.33 1.191.85 1.65 1.87 2.02 2.64 3.18 2.22 2.37 2.32 1.87 2.794.34 3.50 AA AA BB AA BB AA AA BBAA NoCall AA AB BB AB NoCall NoCall AB AB AAAB BB AA NoCall AA AB AA2 1004 SNP_A-1698399 rs10489552 1 69826605 1.61 1.842.11 2.86 1.53 2.31 2.01 1.53 1.75 1.88 1.32 1.71 1.421.49 1.57 1.58 2.00 2.00 2.59 1.88 2.22 1.81 1.33 1.682.66 1.54 BB NoCall BB AB AA BB NoCall BBAA AB AA AB BB AB BB BB AB BB BBAB BB AA BB AA BB BB2 1005 SNP_A-1742013 rs1245072 1 69827777 2.12 3.163.05 2.28 1.53 2.66 2.65 2.12 2.18 2.65 1.30 1.93 1.591.31 1.70 1.58 2.00 2.32 1.79 1.64 2.24 1.81 2.25 2.123.19 1.93 BB NoCall BB AB AA AB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB AB AB2 1006 SNP_A-1681014 rs10489553 1 69828338 1.60 3.002.50 2.53 1.53 3.07 2.49 2.19 1.73 2.03 1.43 1.86 1.331.77 1.50 1.83 2.00 2.06 1.15 1.31 1.60 1.81 2.00 2.042.00 2.03 BB NoCall BB BB AA BB NoCall BBNoCall BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1007 SNP_A-1751773 rs21507 1 69847182 2.17 1.72 1.972.16 1.50 2.19 2.55 1.12 1.40 2.05 1.36 1.77 2.19 1.802.12 1.92 1.98 2.52 2.50 1.82 2.54 1.80 1.81 2.08 2.572.04 NoCall BB NoCall BB BB BB BB AA AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB AB AA AB AA AB AB AA AA BBAA BB NoCall BB BB AB2 1008 SNP_A-1725640 rs10489554 1 69860569 1.95 2.322.13 2.39 1.50 2.32 2.23 1.40 1.66 2.37 1.68 2.78 1.892.72 2.62 2.55 1.98 2.24 2.29 2.01 2.63 1.80 2.01 2.862.07 2.51 AA AA AA AA BB AA AB AAAB AA AA AA AA AA AA AB AB AA AABB AA AA AA BB AB AA2 1009 SNP_A-1728763 rs1040737 1 69876531 1.62 2.021.95 2.42 1.49 2.14 1.81 1.43 1.39 1.68 1.46 2.46 2.302.13 2.10 2.28 1.96 2.03 1.94 2.15 2.32 1.78 2.04 2.141.74 1.72 AA BB AA AB AB NoCall AA AAAA AB AA AB AA AB AA AA AA AA AAAA AB AA AA BB AB AB2 1010 SNP_A-1686624 rs1740904 1 69883865 1.88 3.192.13 2.42 1.49 2.75 2.26 2.32 1.50 2.95 1.47 3.37 2.252.25 2.47 2.80 1.96 2.05 1.35 2.51 2.64 1.78 2.56 3.401.60 2.31 AA BB AA BB AB BB AA AANoCall AB BB AB AA AB AA AB AA AA AAAA AB BB AA BB AB AB2 1011 SNP_A-1702575 rs10489555 1 69888952 1.90 2.202.25 2.35 1.53 2.20 2.16 2.10 1.68 1.89 1.10 2.15 1.781.57 1.56 1.63 1.95 2.28 2.56 2.03 2.02 1.78 1.70 1.702.71 1.88 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1012 SNP_A-1714200 rs10489556 1 69889027 1.69 2.732.19 2.26 1.53 2.29 2.56 2.67 1.79 2.24 1.05 2.13 1.501.70 1.45 1.38 1.95 1.54 1.07 1.45 1.47 1.78 2.13 1.371.49 1.54 BB NoCall BB BB AA BB BB BBBB NoCall NoCall BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1013 SNP_A-1747885 rs1361493 1 69943556 1.50 2.141.81 2.26 1.51 2.02 1.44 1.28 1.45 2.05 1.26 2.49 1.661.75 1.94 2.37 1.94 2.12 1.41 2.24 2.27 1.73 2.24 2.181.62 1.75 BB AB AB AA BB AB BB AABB BB BB BB AB BB AA AB BB BB BBAB AB BB BB BB AB BB2 1014 SNP_A-1688706 rs1417444 1 69944604 1.51 1.431.87 2.60 1.51 2.10 1.60 0.73 1.26 1.93 1.48 2.46 1.622.10 2.38 2.36 1.94 2.69 1.88 1.98 2.94 1.73 1.75 2.342.07 2.52 AA AB AB AB AB AA AA BBAA AA AA AA AB AA BB AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1015 SNP_A-1697833 rs1513296 1 69993067 1.59 3.711.98 2.23 1.54 2.18 1.90 1.73 1.65 1.89 1.65 2.60 2.342.04 2.10 2.21 1.99 2.07 1.53 1.98 2.11 1.75 1.81 2.361.70 1.81 AA BB AA AB BB BB BB BBAA BB AA AA AB BB BB BB AA AB ABBB BB AA AA AA AA BB2 1016 SNP_A-1738413 rs1938577 1 70019442 1.35 2.661.83 2.11 1.53 2.08 1.84 1.80 1.63 1.97 1.41 2.14 1.681.76 1.44 2.54 2.00 1.59 1.11 2.03 1.47 1.77 1.92 2.121.21 1.87 AA AA AA AA BB NoCall AA BBAA AA AA AA AA NoCall BB AB AA AA AAAB NoCall AA AA AA AA AA2 1017 SNP_A-1676486 rs1120344 1 70122691 2.15 3.443.26 2.30 1.59 2.83 1.81 1.42 2.25 2.81 1.34 2.40 1.442.03 2.35 2.81 2.04 1.68 1.74 2.21 1.85 1.84 2.97 2.362.09 1.97 AA AA NoCall AB BB AA AA AANoCall AA BB AB AB AA AA AA BB AB ABAA AA BB NoCall BB BB AA2 1018 SNP_A-1715931 rs12045965 1 70135683 1.56 2.02

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.88 2.25 1.58 2.15 1.67 1.41 1.38 1.76 2.37 3.65 2.903.03 2.89 3.77 2.05 2.10 2.38 2.28 2.17 1.86 1.93 2.401.84 1.80 BB BB BB BB AA BB NoCallNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB NoCall BB BB NoCall BB NoCall2 1019 SNP_A-1679464 rs1015819 1 70157106 2.50 3.602.88 2.61 1.61 3.44 2.82 3.09 2.47 3.96 0.94 1.00 1.081.04 1.11 0.97 2.07 1.41 0.95 1.02 1.42 1.82 2.81 1.872.11 1.68 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA2 1020 SNP_A-1743305 rs10493463 1 70205724 1.53 1.701.97 2.36 1.69 1.96 2.16 1.02 1.33 1.85 1.62 2.55 1.521.99 2.03 2.40 2.11 2.24 1.67 2.34 2.25 1.85 1.60 2.332.14 2.14 AA AA AA AA BB AB AA AAAA AB AA AA AA AA AB AB AA AB ABAB AB AA AB AA BB AB2 1021 SNP_A-1745896 rs2291777 1 70206237 1.72 1.542.19 2.40 1.69 2.23 1.63 1.07 1.51 2.16 1.50 2.63 1.671.83 1.67 2.36 2.11 2.23 2.16 2.44 1.99 1.85 2.02 2.252.15 1.95 BB BB BB BB BB AB BB BBBB AB BB BB BB BB AB AB BB BB BBAB AB BB BB BB BB AB2 1022 SNP_A-1643407 rs10493464 1 70206936 1.58 2.082.71 2.37 1.69 2.50 1.87 1.09 1.25 2.93 1.53 2.72 2.091.66 1.69 1.63 2.11 2.16 1.95 2.05 2.25 1.85 1.56 2.473.07 2.02 BB BB BB BB BB AB BB BBNoCall NoCall BB BB BB BB AB AB BB AB ABAB AB BB AB BB AA AB2 1023 SNP_A-1664850 rs10493465 1 70207274 1.78 5.592.19 2.63 1.69 2.47 1.72 1.54 1.85 2.11 1.78 3.01 2.452.04 2.36 2.42 2.11 2.64 2.52 2.76 2.65 1.85 2.23 2.202.40 1.51 AA AA AA AA BB AB AA AAAA NoCall AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AAAB NoCall AA AA AA AA NoCall2 1024 SNP_A-1658984 rs10493466 1 70207498 1.23 5.112.12 2.33 1.69 1.95 1.43 1.41 1.54 1.77 1.63 2.96 1.981.81 2.07 2.08 2.11 2.42 2.20 2.73 2.14 1.85 1.77 2.251.58 1.27 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA AB AA AA AA AA NoCall NoCall AA AB ABAB NoCall AA NoCall AA BB NoCall2 1025 SNP_A-1741589 rs10493467 1 70212712 1.80 1.302.28 2.65 1.69 3.03 2.04 0.62 2.05 2.77 2.53 2.13 2.923.67 3.02 4.17 2.11 3.36 3.36 3.83 2.27 1.85 1.33 2.213.95 2.49 BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB AB BB BB BB BB NoCall AB BB AB ABAB AB BB BB BB BB AB2 1026 SNP_A-1734774 rs10493468 1 70218943 1.62 2.101.82 2.37 1.69 2.65 2.65 1.03 1.45 2.22 1.82 2.02 2.452.59 2.55 2.91 2.11 3.34 3.10 2.64 2.81 1.85 1.36 2.003.78 2.48 AA AA AA AB AB NoCall AB AAAA AB AA BB AB AA AA AB AA AB ABBB AB AA NoCall AA AA AB2 1027 SNP_A-1697040 rs4649909 1 70251387 2.0919.96 3.09 3.18 1.69 2.08 2.49 2.43 2.11 2.33 2.16 2.242.00 2.43 2.10 2.50 2.13 2.52 2.69 2.41 2.94 1.87 1.992.14 3.05 1.83 AA AA AA AA BB AA AAAA AA AA NoCall AA AA NoCall AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA2 1028 SNP_A-1742435 rs10493472 1 70289412 1.57 2.181.93 2.35 1.74 1.52 2.83 1.79 1.49 2.10 1.71 2.29 2.512.21 2.44 2.50 2.18 2.56 2.09 2.43 2.77 1.91 2.11 2.842.75 2.29 AA AA AA AB BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AB AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1029 SNP_A-1721932 rs651717 1 70320074 1.86 2.342.27 2.15 1.74 1.78 2.81 2.22 1.51 2.61 2.04 3.03 2.402.98 2.76 3.33 2.19 2.09 2.36 2.40 2.49 1.91 2.23 2.941.91 2.29 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AB AB AA AA AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AB2 1030 SNP_A-1718451 rs632047 1 70320153 1.88 2.871.92 2.21 1.74 1.62 2.98 1.70 1.48 1.99 2.15 2.71 2.482.87 3.32 3.60 2.19 2.18 2.98 3.09 2.27 1.91 1.96 3.493.07 2.33 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AB AB AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AB2 1031 SNP_A-1756683 rs10489927 1 70417336 1.45 2.591.98 2.36 1.72 2.24 1.40 1.79 1.45 2.00 1.23 2.33 3.271.75 2.22 2.77 2.24 2.26 1.80 2.42 2.21 1.92 2.26 2.152.28 1.57 BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1032 SNP_A-1737355 rs3767206 1 70427114 1.81 2.012.46 2.60 1.72 2.28 2.84 2.40 1.41 2.35 2.45 2.40 3.072.65 2.89 3.18 2.24 2.66 3.05 3.04 3.16 1.92 1.89 3.283.10 2.87 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1033 SNP_A-1660899 rs10518334 1 70520289 1.59 1.952.22 2.38 1.67 2.27 1.86 2.76 1.80 1.81 2.03 1.42 2.482.33 2.65 2.89 2.20 2.10 2.47 2.35 2.43 1.84 1.52 1.822.20 1.73 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB ABAB BB BB AB BB BB BB2 1034 SNP_A-1724290 rs527148 1 70660031 1.71 2.471.83 2.37 1.54 2.15 1.65 2.05 1.40 2.00 1.51 1.87 2.411.72 1.88 2.38 2.10 2.17 1.79 2.09 2.10 1.70 2.41 2.111.81 1.50 BB NoCall NoCall BB AB AA AA AAAB AA BB AA AB AB NoCall BB AA AA BBAA AB AA BB BB AB AB2 1035 SNP_A-1751277 rs10493474 1 70660809 2.25 5.793.41 3.67 1.54 3.64 2.58 3.79 2.80 3.35 1.86 1.21 1.511.83 1.55 2.09 2.10 1.88 1.72 1.70 2.37 1.70 2.15 1.992.95 1.88 AA NoCall AA AA AA NoCall AA BBAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA BB AAAA NoCall AA AA AA AA AA2 1036 SNP_A-1683296 rs660272 1 70720128 2.06 2.932.27 2.54 1.52 3.23 1.97 2.42 1.87 2.62 0.99 1.57 1.081.05 1.26 0.97 1.98 1.81 1.25 1.26 1.78 1.61 2.94 1.452.18 1.30 AA AA AA AB AB AA NoCall AANoCall AB AA AB NoCall NoCall BB NoCall AB AB AAAA BB AA AA BB AB NoCall2 1037 SNP_A-1696070 rs10518348 1 70875623 1.57 1.982.04 2.17 1.43 2.37 1.71 1.68 1.63 2.13 1.01 1.74 0.981.23 1.39 1.44 1.87 1.94 1.25 1.32 2.05 1.57 1.98 2.141.86 1.55 AA AA AA AA BB AA ABNoCall NoCall AA AA AB AB AA AA AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA AA2 1038 SNP_A-1702171 rs10493478 1 70937469 1.71 2.272.33 2.23 1.52 2.06 2.77 2.54 1.80 2.07 2.15 3.98 4.752.88 3.08 3.55 1.89 2.03 1.84 2.55 2.60 1.60 2.20 3.072.25 2.58 BB NoCall AB AA AB AA NoCall AANoCall AA BB AB AB BB NoCall AA AA AA AAAA BB AA AA AA BB NoCall2 1039 SNP_A-1642881 rs2260575 1 70970935 1.51 1.86

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.08 2.64 1.60 2.19 1.38 1.52 1.58 1.67 1.84 1.86 2.072.07 2.03 2.60 1.92 2.67 2.32 2.45 2.30 1.64 1.47 1.952.29 1.61 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 1040 SNP_A-1682388 rs2260577 1 70971251 1.17 1.381.73 1.70 1.60 1.75 1.07 1.28 1.36 1.37 1.22 1.94 2.131.46 1.82 2.43 1.92 1.88 1.48 1.85 1.58 1.64 1.50 1.601.43 1.39 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 1041 SNP_A-1655783 rs1325949 1 71049214 2.33 3.483.41 2.80 1.55 3.40 2.64 2.97 2.30 3.05 1.22 2.14 1.531.52 1.57 1.66 1.96 2.10 1.33 1.51 1.94 1.76 3.15 2.232.64 1.97 BB AB NoCall AB AA AB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB ABBB BB BB AB BB BB BB2 1042 SNP_A-1722594 rs570021 1 71157411 1.25 1.861.58 2.07 1.56 3.18 2.62 1.77 1.20 1.87 1.33 2.11 1.431.69 1.90 1.95 1.97 2.46 1.23 2.01 2.54 1.76 1.63 2.501.84 2.43 AA BB BB BB BB AA AA AANoCall AB BB AA AA BB AB AB AB AA ABAA AB AA AB BB BB AB2 1043 SNP_A-1705551 rs10489418 1 71170164 1.23 2.041.80 2.23 1.59 3.37 2.05 1.52 1.25 1.95 1.33 2.21 2.061.80 2.42 2.15 1.99 2.18 1.37 1.88 2.40 1.80 1.63 2.651.76 2.25 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1044 SNP_A-1700736 rs4128461 1 71238731 1.55 1.992.18 2.98 1.55 3.87 1.75 1.19 1.50 2.23 1.87 2.80 1.712.48 2.78 3.00 2.03 2.40 2.62 2.30 2.42 1.83 1.91 2.072.76 1.93 AA BB BB NoCall AB AA AA AAAA NoCall BB AA AA BB BB BB AB ABNoCall AA AB AA NoCall AA BB BB2 1045 SNP_A-1730611 rs12116826 1 71264299 1.84 2.162.13 2.64 1.55 4.36 1.56 1.99 1.56 2.42 1.31 2.19 2.801.73 2.06 2.40 2.03 2.42 1.96 2.55 2.09 1.84 2.38 1.832.01 1.30 BB AA AA AB AA BB BB BBAB AB AA BB BB AA AA AA AB AB ABBB AB BB AB AA AA AA2 1046 SNP_A-1674691 rs10518356 1 71276006 1.89 2.332.77 2.39 1.55 4.31 2.75 2.55 2.26 2.93 1.91 2.51 1.932.32 2.40 2.52 2.03 1.94 1.58 2.08 2.23 1.84 2.74 2.241.57 1.91 AA AB NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA NoCall AA AA AB2 1047 SNP_A-1661662 rs9326094 1 71281972 1.55 1.282.09 2.71 1.55 3.90 1.68 0.90 1.55 1.44 2.04 1.90 2.412.82 1.28 4.01 2.03 1.42 4.14 2.93 2.38 1.84 1.70 2.182.45 2.10 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA BB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA BB AA2 1048 SNP_A-1687936 rs4131156 1 71282141 1.89 1.701.99 2.61 1.55 4.65 1.65 1.04 1.50 2.54 1.19 2.13 1.961.75 2.23 2.24 2.03 2.40 1.41 2.19 2.59 1.84 2.42 2.401.74 1.87 BB AA AA AB AB BB BB BBAB AB AA BB BB AA AA AA AB AB ABBB AB BB AB AA AA AA2 1049 SNP_A-1726050 rs7551958 1 71377117 2.21 3.292.82 2.81 1.56 3.27 2.66 2.53 1.97 3.38 0.88 1.91 1.401.38 1.53 1.48 2.05 1.80 1.04 1.27 1.23 1.86 2.61 2.321.94 1.98 BB NoCall AB AB AA BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall BB BB BB BB NoCall AB AA NoCall BB BBBB NoCall BB BB AA BB BB2 1050 SNP_A-1757119 rs10493483 1 71408961 2.06 6.772.74 2.58 1.51 2.33 2.99 2.63 2.02 3.17 2.31 1.91 1.882.17 2.02 1.79 2.03 2.01 2.06 1.82 2.36 1.88 2.67 2.632.56 2.71 NoCall NoCall NoCall AA AA AA AA AAAA AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall AB2 1051 SNP_A-1677578 rs629263 1 71766350 1.65 1.722.22 2.14 1.55 2.59 2.06 1.16 1.59 2.38 2.48 2.41 1.862.67 2.23 2.72 1.87 2.30 3.18 2.69 2.68 1.48 1.65 2.443.04 1.55 AA AA AA AA BB AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1052 SNP_A-1735528 rs641226 1 71766710 1.32 1.831.94 2.12 1.55 1.93 1.71 0.66 1.35 1.81 1.11 2.20 1.151.44 1.61 1.81 1.87 1.79 1.87 1.65 1.70 1.48 1.42 1.661.99 1.51 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1053 SNP_A-1652870 rs2007130 1 71773805 1.94 2.232.06 2.50 1.55 2.32 2.77 1.29 1.41 2.18 1.58 2.29 1.801.84 1.73 2.02 1.89 2.17 2.28 2.04 1.96 1.48 1.58 2.822.38 2.00 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1054 SNP_A-1749191 rs654735 1 71773974 1.60 2.121.84 2.26 1.55 2.23 2.39 1.17 1.29 2.08 1.14 2.47 1.471.27 1.49 1.39 1.89 2.09 1.21 1.65 2.03 1.48 1.70 2.532.22 2.22 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1055 SNP_A-1727731 rs10493485 1 71783150 1.91 4.442.45 3.04 1.55 2.60 1.50 1.67 2.07 2.69 1.02 1.63 1.461.16 1.43 1.23 1.88 1.95 1.27 1.36 1.76 1.48 2.17 1.842.10 1.71 BB AB AA AB AA BB AA BBAB AB NoCall AA AA AA AA NoCall BB AA AAAB AA AA AB NoCall AA AA2 1056 SNP_A-1733956 rs915022 1 71790605 1.31 1.762.23 2.28 1.55 2.47 1.57 0.98 1.63 2.38 1.17 2.07 2.851.58 1.96 2.31 1.88 2.02 1.22 1.97 2.00 1.48 2.06 2.501.62 1.65 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1057 SNP_A-1667598 rs10493486 1 71791919 2.00 1.922.58 3.13 1.55 2.54 2.39 1.47 1.81 1.71 1.53 1.95 2.122.02 2.46 2.29 1.88 2.08 2.23 1.82 2.35 1.48 2.20 2.982.21 2.75 AA AB BB AB AB AA NoCall AAAB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall AB AA AB BBAB NoCall BB AB AA BB NoCall2 1058 SNP_A-1659272 rs10493487 1 71805992 1.88 3.892.87 2.69 1.55 3.52 1.60 1.59 2.26 3.22 1.15 1.87 1.681.18 1.62 2.08 1.88 1.63 1.05 2.04 1.70 1.48 2.38 2.572.23 1.58 BB BB BB BB AB BB BBNoCall BB BB BB AB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1059 SNP_A-1753085 rs591031 1 71832894 1.46 2.332.18 2.53 1.55 2.54 1.48 1.23 1.86 2.90 1.23 1.90 2.051.82 2.18 2.22 1.88 1.94 0.91 1.62 2.09 1.48 2.39 2.081.51 1.53 AA NoCall BB AB BB AA AB AANoCall AB BB AA BB BB NoCall AA AA AB BBAB BB BB NoCall AA BB AB2 1060 SNP_A-1688718 rs2125775 1 71950400 1.27 1.80

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.51 2.14 1.61 1.73 1.59 1.36 1.41 1.99 0.96 1.77 1.721.50 0.96 1.75 1.89 2.16 1.45 1.64 1.89 1.69 1.34 1.862.52 1.42 BB BB AB BB BB AB BB BBBB BB BB AB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1061 SNP_A-1673856 rs577674 1 72021030 1.80 2.152.11 2.21 1.62 2.34 2.72 1.68 1.45 2.41 1.62 2.07 1.782.07 1.93 1.92 1.89 1.97 1.93 1.67 2.09 1.70 1.70 2.492.80 2.38 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1062 SNP_A-1647912 rs2801328 1 72128305 2.22 2.792.76 2.75 1.60 3.00 2.99 2.14 1.64 3.10 2.02 2.76 1.511.98 2.21 2.36 1.90 2.32 2.03 1.66 2.56 1.89 2.68 4.042.98 3.21 BB BB AA AA AB AA AB AABB AB NoCall AB AB NoCall NoCall NoCall BB BB AANoCall AA BB NoCall NoCall AA BB2 1063 SNP_A-1717853 rs10493489 1 72150487 1.49 2.351.94 2.55 1.60 2.37 1.47 1.55 1.36 1.84 1.64 2.22 2.161.89 2.11 2.26 1.93 1.99 1.34 1.95 1.94 1.90 1.41 2.171.67 1.59 BB BB AA AA AB AA NoCall AABB AB BB AB AB AA NoCall BB BB BB AAAB AA BB NoCall AA AA AB2 1064 SNP_A-1712435 rs10518394 1 72154039 1.95 3.002.54 2.82 1.60 2.73 2.87 1.60 1.97 2.40 0.92 1.61 1.011.39 1.24 1.34 1.93 1.58 1.36 1.24 1.57 1.90 2.25 1.743.34 2.19 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA NoCall AA AB AA BB AAAA AA AA AB AA AA AA2 1065 SNP_A-1716887 rs2801322 1 72169273 1.33 2.411.94 1.92 1.60 2.22 1.72 1.78 1.89 1.93 1.06 2.09 1.821.37 1.49 1.73 1.93 1.91 1.34 1.59 2.04 1.90 2.24 1.751.80 1.49 BB BB AA AA AB AA NoCall AABB AB BB AB AB AA NoCall BB BB BB AAAB AA AA BB BB AA BB2 1066 SNP_A-1708154 rs10493490 1 72174384 1.67 2.331.99 2.48 1.60 2.37 1.98 1.73 1.73 1.99 2.18 3.07 2.972.34 2.36 2.49 1.93 2.42 1.95 2.41 2.68 1.90 2.23 3.161.94 2.00 BB BB AA AA BB AA AA AANoCall NoCall AA AB AA AA NoCall NoCall AB AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 1067 SNP_A-1706361 rs10518395 1 72194666 2.03 2.332.21 2.53 1.57 2.51 2.49 1.74 1.66 2.64 2.71 3.01 2.322.17 2.48 3.20 1.94 2.26 2.69 2.25 2.59 1.89 2.01 3.062.79 2.39 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1068 SNP_A-1701027 rs1385912 1 72295396 1.80 2.512.26 2.60 1.62 2.79 2.07 1.18 2.06 2.33 1.58 2.74 1.271.80 2.14 2.68 2.02 1.81 1.10 2.05 1.72 1.94 2.12 2.221.39 1.78 BB BB BB AB BB NoCall BB BBAA BB AA AB BB BB AB AB AB AB BBAA AB AA BB BB BB BB2 1069 SNP_A-1718783 rs1385919 1 72318439 1.97 1.862.60 3.19 1.62 3.28 1.94 0.96 1.74 2.06 1.60 2.43 1.832.18 2.11 2.45 2.02 3.07 3.37 2.99 3.18 1.94 2.26 2.944.06 2.88 AA AA AA AB BB NoCall AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1070 SNP_A-1666262 rs2153929 1 72370235 1.47 2.031.82 2.56 1.62 1.95 1.81 0.86 1.19 1.52 1.62 2.29 1.081.66 1.43 1.82 2.00 2.17 2.09 1.96 1.86 1.92 1.29 2.142.43 1.98 BB BB BB BB AB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB BB AB BB BB AB AB BB BB BBAB AB AA AB BB BB BB2 1071 SNP_A-1669021 rs10493494 1 72382925 1.67 2.402.05 2.33 1.57 2.52 2.68 1.76 1.57 2.49 1.80 4.05 1.851.90 2.12 2.29 1.97 2.47 1.21 2.19 2.71 1.91 2.58 3.511.84 2.34 BB BB BB BB AA BB NoCall BBAA AB BB AB BB BB AB AB BB BB BBAB AB AA AB BB BB BB2 1072 SNP_A-1715731 rs10493495 1 72434605 1.72 1.672.16 2.60 1.65 2.90 1.79 0.93 1.59 2.18 1.11 1.70 1.751.35 1.81 1.76 2.04 2.29 1.54 1.61 2.55 1.76 1.99 3.612.38 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 1073 SNP_A-1668582 rs10493497 1 72455789 1.58 2.032.09 2.42 1.56 2.26 1.86 1.18 1.60 2.07 1.96 2.81 2.692.49 2.71 3.09 2.00 2.95 2.06 2.40 2.98 1.98 1.89 2.582.52 2.24 BB BB BB BB BB BB NoCallNoCall BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1074 SNP_A-1713346 rs1460943 1 72525150 2.16 1.552.76 3.10 1.53 3.00 2.06 1.05 1.94 2.82 2.24 2.53 2.893.21 2.99 3.75 2.00 2.94 3.44 2.61 2.77 1.94 2.03 2.823.13 2.82 AA AA AA AA AB AB AA AAAA AA BB AB AA AA BB AB AA AA AABB AA BB AB AA AA AA2 1075 SNP_A-1738881 rs990871 1 72535734 1.95 2.612.10 2.44 1.53 2.39 2.44 2.42 1.72 2.66 0.98 2.39 1.451.67 1.16 1.25 2.00 2.08 1.38 1.33 2.08 1.94 2.04 2.602.35 2.01 AA BB BB BB AA AB BBNoCall BB BB AA AB BB NoCall AA AB BB BBBB AB NoCall AA AB BB BB BB2 1076 SNP_A-1716055 rs9326101 1 72611080 2.04 3.872.68 2.64 1.59 3.23 2.26 1.74 2.17 2.57 2.09 2.03 1.561.94 2.15 2.11 2.01 1.62 1.77 2.31 1.88 1.94 2.61 2.501.97 1.91 AA NoCall AA AA AA BB AA AAAA AA BB AA AA NoCall NoCall AA AA AA AANoCall NoCall AA AA AA AA AA2 1077 SNP_A-1746575 rs10518409 1 72675886 1.57 2.012.13 2.44 1.62 2.22 1.23 1.42 1.69 1.53 2.00 3.35 1.832.48 2.56 3.42 2.01 2.47 2.10 2.77 2.29 1.94 1.44 2.141.68 1.55 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1078 SNP_A-1748321 rs782224 1 72676133 1.71 1.582.00 2.47 1.62 2.70 1.43 0.62 1.59 1.94 1.02 1.70 0.801.50 1.85 1.81 2.01 2.44 1.31 2.04 2.06 1.94 1.79 2.041.72 1.67 AA BB BB AB AB AA AB BBBB BB BB BB BB BB AB BB AB AB ABAA AB BB AB BB BB AA2 1079 SNP_A-1678838 rs10493500 1 72676338 1.62 2.552.18 2.13 1.62 3.55 2.36 2.31 2.11 3.04 1.41 2.89 1.622.07 2.64 2.35 2.01 1.92 1.23 2.52 2.02 1.94 2.55 3.001.44 2.14 AA AA AA AA AB BB AANoCall AA AA NoCall AA AA NoCall NoCall AA AB AAAA AB AA AA AA AA NoCall AA2 1080 SNP_A-1703313 rs10493501 1 72686954 1.58 1.972.34 2.66 1.63 2.64 1.90 1.06 1.62 1.79 1.61 2.18 1.332.05 1.86 1.75 2.01 2.38 1.88 1.93 2.23 1.95 1.58 2.242.56 1.86 AA AA AA AA AA BB AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AB AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 1081 SNP_A-1661458 rs10493502 1 72688558 1.69 2.23

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.25 2.70 1.63 2.14 2.25 1.40 1.34 1.46 1.59 2.77 1.532.06 1.98 2.17 2.01 2.01 2.47 2.11 2.12 1.95 1.47 2.672.40 2.20 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1082 SNP_A-1654475 rs782227 1 72688873 1.96 2.262.17 2.71 1.63 2.64 3.19 2.16 1.51 1.99 2.47 2.61 2.252.51 3.03 3.04 2.01 2.41 2.70 2.78 3.23 1.95 2.57 3.442.03 2.49 BB AA AA NoCall AA BB NoCallNoCall AA NoCall AA AA AA AA NoCall AA NoCall ABNoCall BB NoCall AA NoCall NoCall AA BB2 1083 SNP_A-1733512 rs1664389 1 72703710 1.34 2.101.71 2.05 1.63 1.77 1.89 1.60 1.39 1.68 1.48 2.46 1.662.01 2.12 2.43 2.01 2.06 1.16 1.86 2.08 1.95 1.54 2.171.26 1.72 BB BB BB AB AB AA NoCall BBNoCall BB BB BB BB BB AB BB AB BB BBAB BB BB AB BB BB AB2 1084 SNP_A-1707455 rs989753 1 72703830 1.46 2.311.83 1.90 1.63 1.98 2.23 1.63 1.63 2.27 1.55 2.46 1.732.00 2.19 2.52 2.01 2.08 1.12 1.83 2.12 1.95 1.69 3.191.45 2.07 BB BB BB AB AB AA NoCall BBBB BB BB BB BB BB AB BB AB BB BBAB BB BB AB BB BB AB2 1085 SNP_A-1660815 rs1775368 1 72704601 1.3810.14 1.98 2.12 1.63 1.99 2.13 1.70 1.39 2.00 2.09 2.691.57 1.74 2.12 2.11 2.01 2.52 1.66 2.50 2.27 1.95 1.602.27 1.63 2.00 AA BB BB BB BB BB BBBB BB BB AA BB BB BB BB BB BB ABAB AB NoCall BB BB BB BB BB2 1086 SNP_A-1652758 rs10493503 1 72704735 1.31 2.072.01 2.21 1.63 2.13 1.53 1.25 1.68 1.74 1.93 2.49 1.931.93 2.00 2.57 2.01 2.90 2.53 2.69 2.40 1.95 1.62 1.782.52 1.66 NoCall BB NoCall BB BB NoCall BB BBNoCall BB BB BB NoCall NoCall BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB2 1087 SNP_A-1732906 rs1775370 1 72704877 1.88 9.782.11 2.34 1.63 2.66 3.23 2.42 1.52 2.45 1.95 3.02 1.872.68 2.88 2.88 2.01 1.92 1.52 2.17 2.28 1.95 2.20 3.041.71 2.21 AA AA AA AB AA BB NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAB AA AA AB AA AA AB2 1088 SNP_A-1665320 rs1445585 1 72714771 1.67 2.581.89 2.34 1.63 2.27 2.66 2.66 1.54 2.29 1.94 2.34 2.112.21 2.28 2.62 1.99 1.79 1.42 2.01 2.15 1.94 2.24 2.541.42 2.02 AA AA AA AB AA BB NoCall AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAB AA AA NoCall AA AA NoCall2 1089 SNP_A-1678558 rs1418624 1 72726038 1.14 1.821.61 1.69 1.63 1.22 2.65 1.71 1.26 1.95 1.36 1.27 0.801.84 1.46 1.80 1.99 1.78 1.27 1.29 1.92 1.94 1.33 1.671.43 0.43 BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB NoCall NoCall BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall2 1090 SNP_A-1686948 rs1775385 1 72730133 1.32 2.051.95 2.35 1.63 2.19 1.42 1.18 1.39 2.03 0.89 2.11 1.321.22 1.55 0.90 1.99 2.00 1.22 1.50 1.96 1.94 2.07 2.281.60 1.68 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1091 SNP_A-1709455 rs1418626 1 72730333 1.48 2.021.86 2.24 1.63 2.06 2.39 1.31 1.37 1.87 1.75 3.35 2.082.33 2.59 1.60 1.99 2.79 1.94 2.27 3.09 1.94 1.74 3.252.66 2.66 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1092 SNP_A-1689190 rs10493504 1 72769476 1.85 2.061.78 2.99 1.61 2.74 2.35 1.24 1.43 1.87 1.65 2.70 2.071.96 2.47 2.38 1.98 2.36 2.69 1.87 2.79 1.92 1.70 2.863.00 2.29 AA AA AA BB AA BB AA AAAA AA AA AB AA AA NoCall AA AB AA AAAB AA AA AB AA AA AA2 1093 SNP_A-1719571 rs4457521 1 72797467 1.39 1.562.05 2.32 1.57 2.09 2.11 1.08 1.33 1.75 1.67 2.81 2.322.18 2.15 2.78 1.94 1.98 1.75 2.16 2.14 1.91 1.89 2.581.69 2.19 AA BB NoCall AA BB AA NoCall AANoCall BB AA AB AB AA AB AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA BB2 1094 SNP_A-1696446 rs6678015 1 72821190 1.61 2.421.90 2.28 1.57 2.37 1.96 1.35 1.41 2.51 1.12 3.10 2.211.64 1.79 1.68 1.92 2.09 1.36 1.75 2.22 1.86 2.14 2.602.06 1.91 BB AA AB BB BB BB AB BBAB AA BB AB AB BB AB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB AA2 1095 SNP_A-1714905 rs4649963 1 72821346 1.54 2.341.93 1.97 1.57 1.97 1.90 1.24 1.42 1.92 1.28 2.47 1.941.53 1.84 1.52 1.92 2.14 1.82 1.86 2.26 1.86 1.63 2.922.30 2.03 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1096 SNP_A-1646316 rs7549047 1 72830923 2.57 2.922.77 2.49 1.57 2.83 4.60 2.72 1.78 2.93 2.76 2.85 2.583.81 3.56 3.55 1.92 2.64 2.46 2.31 3.16 1.86 2.94 4.183.25 3.33 BB AA AB BB AA BB NoCall BBAB NoCall NoCall AB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB NoCall2 1097 SNP_A-1643629 rs4618917 1 72832700 1.32 1.871.46 2.06 1.57 1.93 1.33 1.78 1.43 1.44 1.66 3.49 2.492.25 2.44 3.42 1.92 2.50 1.68 2.22 2.32 1.86 1.83 2.311.76 1.42 AA BB NoCall AA BB AA NoCall AAAB BB AA AB AB AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 1098 SNP_A-1683094 rs4509530 1 72885892 1.74 2.012.10 2.85 1.57 2.73 1.53 1.10 1.59 1.69 2.07 2.25 1.471.56 1.94 2.16 1.92 2.62 2.63 2.26 2.34 1.86 1.72 1.722.93 1.93 AA BB AB AA BB AA NoCall AAAB BB AA AB AB AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 1099 SNP_A-1729374 rs718985 1 72908901 1.59 1.922.14 2.08 1.57 2.22 1.49 1.10 1.74 1.99 1.91 2.48 2.052.47 2.47 3.14 1.92 2.34 1.60 2.54 2.60 1.86 2.02 2.642.27 1.51 BB AA NoCall BB BB BB AA BBNoCall AA BB AB AB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB AB2 1100 SNP_A-1657492 rs4650147 1 72919672 2.34 3.793.56 3.18 1.57 3.70 2.88 2.51 2.67 4.24 1.65 2.24 1.451.80 2.20 2.07 1.92 2.44 1.45 1.91 2.15 1.86 3.94 3.482.60 2.51 AA BB AB AA AA AA NoCall AAAB NoCall NoCall AB AB AA NoCall NoCall AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AB2 1101 SNP_A-1700456 rs7412365 1 72986357 1.58 4.472.20 2.22 1.59 2.11 2.09 1.64 1.74 2.08 1.16 1.48 1.171.27 1.34 1.40 1.90 1.87 1.72 1.37 1.96 1.72 1.92 1.632.06 1.45 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1102 SNP_A-1729854 rs4439321 1 73003756 1.59 2.57

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.79 2.28 1.59 2.30 1.78 1.78 1.43 2.34 1.48 3.24 1.742.39 2.25 3.02 1.90 2.15 1.42 2.08 2.55 1.72 2.17 2.522.13 1.67 BB AA AA AB BB AB AANoCall AA AA AA AA AB BB AA NoCall BB ABBB AA BB BB BB AA BB AA2 1103 SNP_A-1666230 rs2841202 1 73042649 1.24 1.871.60 2.09 1.61 1.69 1.42 1.25 1.19 1.51 1.43 2.43 1.941.85 2.05 1.89 1.88 1.69 1.73 1.73 1.62 1.70 1.56 1.691.52 1.54 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1104 SNP_A-1655483 rs2841203 1 73042986 1.51 2.082.21 2.41 1.61 2.71 2.03 1.44 1.91 2.28 1.40 2.37 2.081.66 2.18 2.18 1.88 1.97 1.28 2.27 2.00 1.70 2.42 2.552.02 1.36 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1105 SNP_A-1663016 rs1405051 1 73060505 2.06 2.742.73 2.84 1.62 2.88 2.42 1.69 1.54 2.73 1.56 1.93 1.061.43 1.61 1.34 1.89 1.79 1.35 1.18 1.37 1.70 2.38 2.142.18 1.83 BB AA AA AB BB NoCall NoCall BBNoCall NoCall AA AA AB BB NoCall BB BB AB BBAB BB BB BB NoCall BB BB2 1106 SNP_A-1694361 rs6679116 1 73060910 1.75 2.822.73 2.69 1.62 2.60 2.48 1.54 1.89 2.82 1.14 2.08 1.261.46 1.44 1.43 1.89 2.30 1.93 1.54 1.89 1.70 2.09 2.224.02 2.03 AA BB BB AB AA NoCall NoCall AABB BB NoCall BB AB NoCall NoCall AA AA AB AAAB AA AA AA BB AA AA2 1107 SNP_A-1681402 rs6689491 1 73064050 1.49 1.921.74 2.17 1.62 2.27 1.33 1.53 1.55 1.88 1.36 2.17 2.471.75 1.87 2.78 1.89 2.39 1.57 2.37 2.01 1.70 1.96 2.151.82 1.41 AA BB BB AB BB AB NoCall AABB NoCall BB BB AB AA BB AA AA AB AAAB AA AA AA BB AA AB2 1108 SNP_A-1674141 rs6692808 1 73064935 1.66 2.501.84 2.07 1.62 2.12 1.68 1.73 1.48 1.92 1.34 2.32 1.941.66 1.78 1.95 1.89 2.01 1.47 1.72 1.89 1.70 1.83 2.241.68 1.77 BB BB BB BB BB BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB AB2 1109 SNP_A-1695491 rs6657082 1 73065349 1.64 2.451.78 2.43 1.62 2.14 1.89 1.71 1.58 1.44 1.70 2.39 2.412.36 2.02 2.66 1.89 2.10 2.44 2.49 2.40 1.70 1.62 1.582.16 1.20 BB AA AA AB BB NoCall NoCall BBAA AA AA AA AB BB AA BB BB AB BBAB BB BB BB AA BB BB2 1110 SNP_A-1746196 rs1923210 1 73516733 1.87 2.292.46 2.81 1.70 2.49 1.81 1.24 1.67 1.59 1.22 2.44 1.271.35 1.45 1.16 1.95 1.82 1.67 1.62 1.64 2.31 2.20 2.463.17 1.85 NoCall AA AA AB BB NoCall ABNoCall AA AA AA AA NoCall AA NoCall NoCall AANoCall BB AA NoCall AA NoCall AA AA AB2 1111 SNP_A-1648716 rs10493515 1 73527652 2.12 1.282.17 2.79 1.70 2.86 1.33 0.86 1.75 1.98 1.93 2.63 1.912.14 2.17 3.06 1.95 2.91 2.54 2.78 2.26 2.31 1.86 1.752.26 1.75 BB AA AA AB BB NoCall NoCall BBAA AA AA AA BB BB NoCall BB AB AB BBAB BB BB BB AA AB BB2 1112 SNP_A-1676140 rs10518420 1 73572564 1.71 4.052.48 2.41 1.62 2.77 2.85 1.85 1.85 2.92 2.30 2.90 2.733.68 3.14 3.34 1.90 2.30 1.97 2.67 2.36 2.14 2.71 3.391.87 2.41 AA AA AA AA BB AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall AA AA AA AA AB BB AA AB NoCall AAAA AB AA BB AA AA AB AA2 1113 SNP_A-1672512 rs10493518 1 73572652 1.41 1.212.09 2.37 1.62 2.23 1.48 1.04 1.49 1.80 1.96 2.35 2.582.54 2.46 3.17 1.90 2.54 2.64 2.35 2.02 2.14 1.75 1.912.21 1.65 AA BB BB AB BB NoCall NoCall AANoCall BB BB BB AA AA AB AA AB AB AAAB AA AA AA BB AB AA2 1114 SNP_A-1713796 rs531924 1 73633324 1.84 1.802.16 2.26 1.62 2.28 2.04 1.22 1.70 1.93 1.60 2.19 1.522.40 2.23 2.39 1.90 2.23 2.77 2.47 2.34 2.13 1.77 2.102.06 1.77 AA BB BB AB BB AB NoCall BBBB BB BB BB AA AA NoCall AB AB AB AAAB AA AA AB BB AB AB2 1115 SNP_A-1738535 rs1846727 1 73633840 2.17 1.312.14 2.45 1.62 2.77 2.19 0.96 1.65 1.72 2.81 2.77 1.733.37 2.83 4.22 1.90 2.82 3.35 3.46 2.92 2.13 2.22 3.122.77 2.52 AA BB BB AB BB AB ABNoCall BB BB BB BB AB BB AB BB BB ABAA BB AA BB NoCall BB BB AB2 1116 SNP_A-1695743 rs10518424 1 73696889 1.60 4.472.33 2.39 1.68 2.41 1.52 1.37 2.08 2.27 1.28 1.77 1.282.14 1.25 1.83 1.96 1.67 1.50 1.45 1.65 2.03 1.84 1.681.60 1.37 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall BB NoCall NoCall NoCall AA AAAB AA BB AA AA AB AA2 1117 SNP_A-1666778 rs2102123 1 73795346 1.94 2.222.96 2.94 1.72 3.12 1.52 2.04 2.44 2.70 0.78 1.31 1.211.13 1.23 1.33 1.96 1.75 1.04 1.37 1.53 2.06 2.79 1.991.69 1.43 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB AA AA BB NoCall NoCall BBNoCall AB BB AA BB BB AB BB2 1118 SNP_A-1714314 rs1329983 1 73801814 1.34 2.101.63 2.27 1.72 1.73 1.33 1.35 1.45 1.67 1.88 2.18 2.002.34 2.27 3.28 1.96 2.12 2.05 2.74 2.03 2.06 1.39 1.891.80 1.55 BB BB BB AB BB BB NoCall BBBB AB BB BB BB BB BB AB BB BB ABBB AB BB AA BB BB AB2 1119 SNP_A-1656403 rs10493519 1 73890128 2.46 2.923.37 2.98 1.54 3.63 2.31 2.22 2.63 3.98 1.41 2.30 1.481.43 1.90 1.55 1.94 2.01 1.42 1.80 2.07 1.76 3.08 2.522.68 1.96 AA AB NoCall AA AA AA AA AAAB AA AA AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1120 SNP_A-1743753 rs952930 1 73895287 1.94 2.052.42 3.52 1.54 2.78 1.35 1.75 1.93 1.99 2.37 2.31 3.802.75 3.03 3.92 1.94 2.32 3.33 3.12 2.62 1.76 2.12 2.062.60 1.35 BB BB BB AA BB BB BB BBAB AB BB AB BB BB BB BB BB AB BBAB BB BB BB AA BB BB2 1121 SNP_A-1694309 rs2341265 1 73898450 1.69 2.022.28 2.59 1.54 2.56 1.51 1.20 1.43 2.57 1.81 1.76 2.642.24 2.08 2.78 1.94 2.20 1.92 2.64 1.95 1.76 1.57 1.602.42 1.59 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB AB BB2 1122 SNP_A-1671128 rs10493520 1 73942159 2.05 2.082.38 2.63 1.54 2.42 2.43 1.65 1.62 2.48 1.61 2.38 1.922.00 2.00 1.96 1.94 1.87 2.14 2.09 2.13 1.76 2.18 2.562.66 2.24 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 1123 SNP_A-1672102 rs10493521 1 73956417 1.73 2.34

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.17 2.08 1.58 2.35 1.43 2.40 1.73 1.93 1.21 2.11 2.071.50 1.95 2.13 1.95 1.96 1.03 1.99 1.72 1.73 2.36 2.051.17 1.39 AA AB NoCall BB BB AB NoCall AABB BB BB BB AB BB BB AB BB AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1124 SNP_A-1731423 rs10493524 1 73986143 1.44 4.323.69 2.96 1.60 2.37 2.12 1.64 2.79 3.16 1.17 2.32 1.502.36 2.08 2.50 1.98 2.12 1.91 2.43 2.84 1.74 2.34 2.382.98 1.92 BB NoCall NoCall AA BB AB NoCall BBNoCall NoCall BB AA AB AA AA NoCall AA ABNoCall AA AA AA AA AA AA NoCall2 1125 SNP_A-1717175 rs1340424 1 74099897 1.31 2.312.20 1.96 1.62 1.59 2.39 1.13 1.15 2.39 1.73 2.97 1.511.79 1.54 2.06 1.99 1.99 2.03 1.78 2.05 1.77 1.76 2.132.84 1.27 BB NoCall AA AB AB AB AA BBAB AA AA AA AA NoCall AB AA BB AB BBAB AB BB NoCall AA AB NoCall2 1126 SNP_A-1674737 rs10493527 1 74122664 1.70 5.082.09 2.29 1.62 2.33 2.15 1.87 1.96 2.36 1.39 2.88 1.501.73 1.79 2.12 1.99 1.96 1.18 1.98 2.04 1.77 1.63 2.711.73 1.68 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB BB AB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1127 SNP_A-1700157 rs10493533 1 74221704 1.72 3.082.24 2.44 1.47 2.60 3.72 2.07 1.81 2.99 1.83 2.86 2.012.61 2.51 2.14 2.01 2.18 2.24 2.18 2.52 1.82 2.22 3.663.77 2.71 AA BB BB AB BB BB BB AANoCall NoCall NoCall BB AB NoCall BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1128 SNP_A-1684242 rs6676622 1 74221826 1.56 2.111.67 2.32 1.47 2.13 2.50 1.47 1.65 1.62 1.44 2.24 1.691.95 1.83 2.06 2.01 2.42 2.38 2.50 2.26 1.82 1.56 2.392.65 2.01 AA AA AB AA AB BB NoCall AAAA AB AA BB AA AA AA AA AA AB ABAA AA AA BB AA AB BB2 1129 SNP_A-1672410 rs1984228 1 74296323 1.25 1.571.87 2.50 1.60 2.02 1.36 0.79 1.61 1.92 1.30 2.08 1.571.76 1.56 2.16 2.30 2.26 1.53 1.98 2.27 1.75 2.17 1.832.08 1.69 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AA BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB NoCall BB AB AB2 1130 SNP_A-1752525 rs10493529 1 74335469 1.34 1.701.93 2.29 1.61 1.98 1.35 1.14 1.39 1.69 2.20 2.48 2.522.25 2.05 2.79 2.32 2.01 2.23 2.48 2.49 1.75 1.29 2.042.01 1.70 AA AA NoCall AA AA AB AB AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AB2 1131 SNP_A-1705159 rs518769 1 74411933 1.57 1.862.23 2.63 1.61 2.22 2.08 0.80 1.45 2.23 1.47 2.36 1.431.80 1.75 2.03 2.32 2.20 2.39 2.07 2.28 1.73 1.91 2.193.05 1.78 BB BB BB BB BB AB BBNoCall BB BB BB AA AB AB AB BB BB BBAB BB BB BB NoCall BB AB AB2 1132 SNP_A-1676882 rs500203 1 74413672 1.52 1.961.87 2.09 1.61 2.25 1.25 1.00 1.28 1.85 1.54 3.87 1.781.90 2.45 2.77 2.32 2.29 1.97 2.58 2.63 1.73 2.39 2.372.18 1.86 BB BB AB BB AB AA AB BBBB AB BB AA AB AB AA AB AB AB ABBB AB BB AA NoCall AA AA2 1133 SNP_A-1647258 rs512920 1 74511289 1.62 2.531.81 2.15 1.69 2.14 2.78 1.91 1.61 2.09 1.58 2.98 2.441.96 2.21 2.18 2.33 2.10 1.40 2.13 2.53 1.78 1.94 2.931.98 2.00 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA NoCall AA AA AA AA AA AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1134 SNP_A-1747383 rs10493542 1 74654945 1.52 1.821.86 2.09 1.58 2.18 2.00 1.31 1.46 1.83 1.48 2.35 1.491.75 1.87 2.03 2.10 1.87 2.06 2.26 2.10 1.82 1.76 2.422.49 1.87 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1135 SNP_A-1702529 rs3737566 1 74655564 1.31 2.072.01 2.24 1.58 2.26 1.09 1.62 1.75 1.89 1.28 2.68 1.741.53 1.83 2.05 2.10 2.02 1.47 2.11 1.97 1.82 1.82 1.901.60 1.47 AA AA NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1136 SNP_A-1681252 rs10493543 1 74665360 1.59 2.541.57 2.15 1.64 2.14 2.79 1.97 1.29 2.12 1.28 2.43 1.381.15 1.94 1.70 2.10 1.61 1.27 1.61 2.11 1.82 1.66 2.251.76 1.97 BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1137 SNP_A-1651750 rs3894212 1 74713704 2.09 2.492.46 2.30 1.64 2.41 3.16 2.96 1.49 2.43 1.86 2.06 1.582.63 2.50 2.49 2.09 2.40 2.43 1.89 2.99 1.81 2.22 3.053.00 2.71 AA BB NoCall NoCall AA AB NoCall BBAA AB BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB ABNoCall NoCall BB BB AA BB AA2 1138 SNP_A-1733462 rs3845346 1 74715061 1.82 2.982.33 2.48 1.64 2.22 2.64 3.45 1.77 2.46 1.71 2.47 1.461.92 1.94 1.92 2.09 2.08 1.69 1.94 2.43 1.81 2.20 2.372.60 2.60 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1139 SNP_A-1717337 rs696699 1 74780082 1.67 2.912.04 2.52 1.52 2.41 3.19 1.59 1.58 2.09 1.08 2.27 0.881.29 1.33 1.42 1.88 1.71 1.34 1.31 1.78 1.82 1.64 2.132.36 2.21 BB BB BB BB BB BB BB BBAA BB BB BB BB AB NoCall BB BB BB BBBB AB BB BB AA BB BB2 1140 SNP_A-1685612 rs699848 1 74786070 1.59 2.271.92 2.57 1.52 2.47 1.80 1.36 1.39 1.89 1.02 2.18 1.001.34 1.36 1.31 1.88 1.65 1.36 1.38 1.64 1.82 1.98 1.941.33 1.65 AA BB BB AB AB BB AANoCall AA BB AA AB BB AB AA AB AA ABBB BB AA AA AB AA AA AA2 1141 SNP_A-1649722 rs10493545 1 74786740 1.45 2.321.87 2.30 1.52 2.10 1.82 1.35 1.36 2.20 0.95 2.69 1.181.35 1.50 1.53 1.88 2.04 1.72 1.66 1.87 1.82 1.82 2.262.00 2.03 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1142 SNP_A-1730651 rs10493546 1 74798686 1.59 1.751.84 2.19 1.52 1.94 1.72 1.14 1.60 1.52 1.64 2.60 2.061.72 1.92 1.90 1.88 1.96 2.11 2.29 2.02 1.82 1.46 1.922.36 1.78 BB AA AA AB AB AA BB AAAA AA BB AB AA AA NoCall AB BB AB AAAA AB BB AB AA BB AB2 1143 SNP_A-1690813 rs10493547 1 74863953 1.52 1.522.01 2.15 1.66 1.98 1.87 1.45 1.18 1.64 1.08 1.68 1.051.34 1.53 1.44 1.95 1.77 1.18 1.50 1.76 2.49 1.73 2.121.74 1.96 BB BB BB AB BB AB BB BBAA BB BB BB BB AB BB AB BB BB ABBB BB BB BB AA BB BB2 1144 SNP_A-1738595 rs696669 1 74864177 1.37 1.76

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.19 2.47 1.66 2.25 1.77 2.17 1.62 2.13 1.41 2.46 1.901.81 2.18 2.34 1.95 2.03 1.54 1.91 2.43 2.49 2.30 2.512.41 2.14 AA AB AB AB AA AA AB BBAA AA AA BB BB NoCall BB NoCall AB AB ABAB BB BB NoCall AA BB NoCall2 1145 SNP_A-1695994 rs10518473 1 74864207 2.12 2.092.90 3.29 1.66 3.06 2.67 2.03 1.96 2.59 1.60 2.01 1.961.82 2.16 2.18 1.95 2.38 2.36 2.24 2.40 2.49 2.55 2.952.94 2.53 BB BB BB BB BB AB NoCall BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 1146 SNP_A-1651652 rs10493548 1 74876256 1.50 2.061.64 2.05 1.66 2.02 1.79 2.18 1.42 1.69 1.57 2.15 2.272.08 2.00 2.43 1.96 1.80 1.71 2.16 1.82 2.50 1.56 1.581.86 1.19 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1147 SNP_A-1739027 rs2032969 1 74887685 2.01 2.392.12 2.47 1.66 2.47 2.39 2.23 1.39 2.66 1.16 2.07 1.331.26 1.40 1.23 1.96 2.08 1.36 1.54 1.90 2.50 1.78 2.012.45 2.09 BB BB BB BB BB BB BB BBAA AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 1148 SNP_A-1744127 rs277362 1 74999965 1.44 2.131.90 2.31 1.84 1.95 2.25 1.25 1.49 1.89 2.13 2.51 2.303.05 2.20 3.27 1.92 2.45 3.21 2.92 2.60 2.54 1.69 3.002.66 2.54 AA AA AA AA BB AA NoCall BBAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1149 SNP_A-1673044 rs277360 1 75000201 2.16 2.582.90 2.23 1.84 2.44 3.80 2.65 1.53 2.64 3.98 2.99 3.325.21 3.89 4.54 1.92 2.91 4.58 3.40 3.72 2.54 2.16 4.942.79 3.64 AA NoCall BB NoCall AA BB NoCallNoCall AA AA NoCall AA AB NoCall NoCall NoCall ABNoCall AA AB NoCall AA NoCall NoCall AA BB2 1150 SNP_A-1653918 rs413853 1 75003719 1.40 1.612.13 2.42 1.84 2.31 1.99 0.85 1.49 2.08 1.34 1.90 1.281.81 2.26 2.59 1.92 2.00 2.21 2.43 1.91 2.54 1.92 2.152.35 2.27 BB AB AA AB AB AA AANoCall BB BB BB BB AB AB AA AA AB ABBB AB AB BB AB BB BB AA2 1151 SNP_A-1696570 rs10493549 1 75023166 1.25 1.851.70 1.84 1.84 2.51 1.82 1.02 1.27 1.73 1.22 2.05 1.221.83 2.16 2.12 1.92 2.00 1.59 1.70 2.22 2.53 1.80 2.021.57 1.98 BB BB BB BB AB AA AB BBBB BB BB BB AB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1152 SNP_A-1658808 rs1327080 1 75023378 1.31 1.511.89 1.95 1.84 2.10 1.35 1.23 1.42 1.29 2.27 2.62 2.232.44 2.12 3.15 1.92 2.51 3.06 2.89 2.50 2.53 1.36 2.262.76 2.08 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB AA BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1153 SNP_A-1667262 rs10493550 1 75172354 1.77 1.682.23 2.70 1.84 2.24 1.74 1.29 1.86 2.22 1.28 1.68 1.641.69 2.07 2.63 1.94 1.64 1.92 2.02 1.56 2.32 2.31 1.821.49 1.43 BB BB BB BB BB AA AB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1154 SNP_A-1742253 rs10493551 1 75172485 1.49 1.512.32 2.69 1.84 2.46 1.09 0.76 1.66 1.96 1.56 1.66 1.652.08 1.73 2.77 1.94 2.06 2.09 2.22 1.59 2.32 1.77 1.702.11 1.45 BB BB BB BB AB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB AA BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1155 SNP_A-1740679 rs3856036 1 75176613 2.06 4.013.09 2.89 1.84 2.94 3.00 1.77 2.06 2.92 1.00 1.79 0.951.29 1.47 1.22 1.94 2.14 1.60 1.33 1.96 2.32 2.39 3.013.01 2.52 AA AB NoCall AB BB AA AB AAAA AA AA AA AA NoCall AA BB AA AB ABAB AB AA NoCall AA AA AB2 1156 SNP_A-1690777 rs7529122 1 75197778 1.91 2.532.31 2.31 1.81 2.70 2.41 1.79 1.84 2.75 1.34 2.70 1.431.60 1.92 1.62 1.96 2.11 2.64 1.70 2.23 2.79 2.23 2.583.53 2.10 BB BB BB BB BB AB BB AAAA AB BB AA AB BB NoCall BB AB BB BBBB BB BB NoCall AA BB BB2 1157 SNP_A-1665750 rs2077678 1 75246848 2.35 1.512.96 3.21 1.82 3.72 1.94 1.18 2.25 3.17 2.49 2.24 2.773.14 3.07 3.65 1.99 2.46 3.63 3.02 2.37 2.59 1.95 3.103.77 2.21 AA AA AA AA BB AB AB AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1158 SNP_A-1734400 rs10493553 1 75322432 1.84 2.292.05 2.57 1.76 2.81 2.15 1.55 1.66 2.58 1.23 2.22 1.781.64 1.74 1.69 1.94 2.02 1.71 1.57 2.09 2.20 2.39 2.251.64 2.08 BB AB BB BB BB NoCall BB BBAA AB BB AA AB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1159 SNP_A-1723982 rs1852349 1 75322583 1.03 1.922.21 2.55 1.76 2.51 1.28 1.24 1.51 1.77 2.57 2.36 2.882.62 2.43 2.37 1.94 2.83 3.09 2.71 2.27 2.20 1.31 1.671.92 1.87 BB AA AA AB AA AA NoCall AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA ABAB NoCall BB NoCall AA BB AA2 1160 SNP_A-1669559 rs6689909 1 75382898 1.34 2.691.89 2.18 1.76 2.17 1.42 1.85 1.65 2.08 1.00 2.12 1.591.37 1.44 1.77 1.94 1.63 1.18 1.67 1.48 2.21 1.91 1.411.32 1.37 BB BB BB AB BB AB AA BBAA AB BB AA AB BB BB AB BB BB ABBB AB AA AB AA AA BB2 1161 SNP_A-1735406 rs4949821 1 75382978 1.57 2.632.17 2.31 1.76 2.88 2.17 2.47 2.17 2.64 1.79 2.48 2.392.24 2.66 2.65 1.94 2.22 1.74 2.23 2.54 2.21 2.15 2.462.41 1.91 AA BB BB BB AA BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1162 SNP_A-1720941 rs10493560 1 75382996 1.51 2.072.20 2.28 1.76 2.22 1.88 1.68 1.46 1.96 1.63 2.08 2.162.82 2.44 2.65 1.94 1.69 1.93 2.17 1.78 2.21 1.82 1.861.60 2.07 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1163 SNP_A-1744709 rs10493561 1 75387163 1.33 2.661.99 2.12 1.76 2.53 2.08 2.15 1.61 2.86 1.25 2.61 1.891.96 2.12 1.93 1.94 2.20 0.85 1.69 2.45 2.21 2.57 2.141.19 2.08 NoCall AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1164 SNP_A-1651248 rs10493564 1 75411667 1.72 1.312.41 2.19 1.76 2.19 1.95 1.27 1.54 1.50 2.47 2.53 1.712.04 2.87 2.62 1.94 2.56 3.16 3.11 2.17 2.22 1.64 2.072.26 2.01 BB AB AA AB AB BB BB AABB BB AA BB BB AB AA AB BB AB ABAA AB BB AB BB BB AB2 1165 SNP_A-1689178 rs10493565 1 75411792 1.19 2.65

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.59 2.02 1.76 1.76 2.41 1.31 1.12 1.70 1.51 2.76 1.311.99 2.09 1.98 1.94 2.23 1.29 1.76 2.32 2.22 1.49 2.031.48 2.09 AA NoCall BB AB AB AA AA BBAA AA BB AA AA AB BB AB AA AB ABBB AB AA AB AA AA AB2 1166 SNP_A-1660321 rs10493566 1 75411852 1.65 2.071.88 2.36 1.76 2.11 2.21 1.07 1.29 1.90 1.49 2.97 1.512.00 1.93 2.26 1.94 2.37 2.36 1.96 2.32 2.22 1.69 2.132.01 2.19 BB NoCall AA AB AB BB BB AABB BB AA BB BB AB AA AB BB AB ABAA AB BB AB BB BB AB2 1167 SNP_A-1733764 rs1335735 1 75412105 1.55 1.572.48 2.38 1.76 2.31 1.47 1.19 1.64 1.78 2.01 2.46 2.002.04 2.42 2.41 1.94 2.30 2.19 2.98 2.04 2.22 1.99 1.632.17 1.64 AA AB NoCall AB AB AA AA BBAA AA BB AA AA AB BB AB AA AB ABBB AB AA AB AA AA AB2 1168 SNP_A-1688976 rs679018 1 75429453 2.17 1.571.97 2.47 1.76 2.63 2.88 1.33 1.60 2.54 1.65 1.87 2.032.30 1.99 2.22 1.97 2.25 2.26 2.04 2.17 2.32 1.83 2.163.01 2.24 BB NoCall AA NoCall AA BB BB AABB BB AA BB BB BB AA AB BB ABNoCall AA NoCall BB AB BB BB AB2 1169 SNP_A-1657071 rs664593 1 75430331 2.05 3.212.33 2.63 1.76 2.95 2.30 3.13 2.39 3.28 1.35 1.70 1.471.84 1.41 1.66 1.97 1.77 1.03 1.26 1.79 2.32 2.87 2.111.51 1.80 AA NoCall BB AB AA AA AANoCall AA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA ABNoCall BB NoCall AA AB AA AA NoCall2 1170 SNP_A-1674227 rs10493567 1 75473098 1.76 1.992.41 2.45 1.76 2.75 1.71 1.95 1.98 2.45 1.81 2.05 2.331.86 1.98 2.06 1.97 2.30 1.91 2.11 2.47 2.30 1.79 1.812.99 1.50 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1171 SNP_A-1688730 rs10493568 1 75473733 1.75 2.222.52 2.67 1.76 2.70 1.62 2.06 2.31 2.50 1.70 1.63 2.031.44 1.78 1.78 1.97 2.35 2.00 2.37 2.62 2.30 1.98 1.482.76 1.52 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1172 SNP_A-1732283 rs7548993 1 75485482 1.47 5.101.77 1.87 1.76 1.89 2.20 2.02 1.36 1.67 1.53 2.67 2.841.98 2.06 2.04 1.97 2.48 1.27 2.33 2.40 2.30 1.63 2.002.05 1.10 BB BB BB AB BB AB AA AAAA AB BB AA AB BB BB AB BB BB ABBB AB BB NoCall AA AA BB2 1173 SNP_A-1647200 rs10493569 1 75485994 1.75 2.292.50 2.60 1.76 2.55 3.02 2.08 1.53 2.08 2.45 2.83 4.133.10 3.03 3.74 1.97 2.24 2.82 2.81 2.80 2.30 2.15 3.042.16 2.66 NoCall AA AA AA AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA NoCall AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA2 1174 SNP_A-1709059 rs10493570 1 75492049 1.27 2.652.18 2.57 1.76 2.35 2.71 2.15 1.49 1.92 1.15 2.75 1.411.25 1.44 1.54 1.97 1.96 1.87 1.64 2.18 2.30 2.04 1.882.97 1.90 BB AA AA AA AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA NoCall AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1175 SNP_A-1721798 rs10493571 1 75492823 1.68 2.481.89 2.60 1.76 2.45 2.44 2.33 1.84 1.87 1.09 2.23 1.181.21 1.08 1.26 1.97 1.84 2.08 1.31 1.72 2.30 1.84 1.622.99 1.71 AA AA AA AB BB NoCall BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB AA BB AB AA AA NoCall AA AA ABAA AB AA NoCall BB BB AA2 1176 SNP_A-1679256 rs10493572 1 75507620 1.38 3.101.89 2.01 1.73 1.92 1.32 1.23 1.37 1.55 1.32 1.67 1.671.59 1.65 1.80 2.03 2.21 1.42 2.22 1.90 2.30 1.61 1.241.25 1.45 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1177 SNP_A-1730106 rs10493573 1 75507680 1.88 1.992.20 2.53 1.73 2.26 2.27 1.71 1.89 2.11 1.61 2.35 2.461.75 2.34 2.27 2.03 2.33 2.12 2.35 2.40 2.30 1.95 2.332.76 2.44 BB BB BB AB BB AB AA AAAA AB BB AA AB NoCall BB AB BB BB ABBB AB BB AB AA AA BB2 1178 SNP_A-1726198 rs10518500 1 75520609 1.72 2.254.18 3.17 1.72 2.55 2.31 2.09 1.72 1.94 1.59 1.78 1.431.71 1.58 1.86 2.09 2.11 1.73 2.74 2.25 2.27 2.48 1.412.54 1.96 AA AB BB NoCall AB AA AA AAAA AA NoCall AA AA AA NoCall NoCall AA AB ABBB NoCall AA NoCall AA AA AA2 1179 SNP_A-1682178 rs211773 1 75708375 1.83 1.812.47 2.15 1.91 1.99 1.88 1.74 1.95 2.52 1.48 2.25 2.101.91 1.46 1.82 2.17 1.63 0.92 2.22 1.78 1.84 2.09 2.411.77 1.72 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1180 SNP_A-1755648 rs211770 1 75709410 1.54 1.732.24 2.48 1.91 2.52 1.81 1.09 1.52 2.19 1.94 1.64 2.232.48 2.11 2.44 2.17 2.35 3.14 2.45 2.75 1.84 1.67 1.712.71 1.98 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1181 SNP_A-1663224 rs4949673 1 75753031 1.77 2.292.21 2.57 1.91 2.07 2.29 2.52 1.69 2.07 2.12 2.89 4.192.99 2.56 2.89 2.21 2.10 2.20 2.65 2.89 1.84 2.19 2.092.37 2.29 NoCall NoCall NoCall BB AA AA NoCall AAAA AA BB BB NoCall NoCall NoCall AA NoCall AANoCall AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall2 1182 SNP_A-1718871 rs10489586 1 75753138 2.08 2.372.15 2.58 1.91 2.40 1.56 2.00 1.62 1.92 2.13 3.30 3.922.56 2.48 3.50 2.21 2.49 2.32 3.15 2.46 1.84 2.51 1.551.83 1.47 NoCall AA AB AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1183 SNP_A-1709683 rs10489587 1 75753688 1.69 4.362.00 2.17 1.91 2.41 2.30 2.20 1.41 2.30 1.36 3.00 2.801.97 2.15 2.20 2.21 2.44 1.43 2.08 2.87 1.84 2.16 2.421.68 1.92 BB BB BB BB BB NoCall NoCall AAAA BB BB BB AB AB AB AB AB AB BBAA BB BB AB AA BB BB2 1184 SNP_A-1741759 rs396106 1 75767119 1.57 3.692.42 2.44 1.93 2.98 1.23 2.22 1.82 1.51 1.40 1.79 2.001.85 1.75 1.67 2.27 1.85 1.40 2.11 1.82 1.88 1.70 1.131.38 1.32 AA BB NoCall AB BB NoCall NoCall BBBB AA BB BB BB BB NoCall AB BB AB AABB AB AA AB BB AB AB2 1185 SNP_A-1708316 rs718883 1 75777211 1.55 3.282.18 2.43 1.97 2.25 1.64 2.01 1.65 2.25 1.59 2.73 2.042.23 2.38 2.55 2.29 1.78 1.50 2.10 2.27 1.80 1.95 1.641.27 1.38 AA AB AB AB BB AA AA AAAA AA BB BB AB AB AA AA AB AA AAAA AB AA AA AA AB AA2 1186 SNP_A-1756531 rs699825 1 75871299 1.56 1.95

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.97 2.17 1.98 2.11 1.81 1.85 1.50 2.04 1.45 2.06 2.361.41 1.57 1.90 2.28 1.94 1.62 1.84 1.92 1.80 1.87 1.872.28 1.94 AA AA AA AB BB AA AA AANoCall AB BB AB AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA BB AA AB2 1187 SNP_A-1649614 rs7533888 1 75872470 1.46 2.032.08 2.69 1.98 2.33 1.64 2.35 1.58 1.75 1.56 2.16 2.402.14 2.00 2.62 2.28 2.19 2.70 2.46 1.96 1.80 2.03 1.592.67 1.75 BB AA BB BB BB NoCall NoCall BBBB BB BB BB AB BB BB NoCall AB BB BBBB AB BB NoCall BB BB BB2 1188 SNP_A-1689897 rs1250880 1 75908623 1.82 2.832.49 2.76 1.98 3.15 1.49 3.49 2.21 2.53 1.32 0.97 2.261.21 1.62 1.45 2.28 2.26 1.82 1.75 1.93 1.80 2.11 1.622.62 1.51 BB AA BB BB AB AB NoCall AANoCall BB BB BB AB NoCall AA AA AA AB ABAA AB BB NoCall BB BB AA2 1189 SNP_A-1682102 rs1251066 1 75909060 1.99 3.072.40 2.89 1.98 3.07 3.09 3.92 1.69 2.61 1.77 1.69 2.461.96 2.03 2.05 2.28 2.17 2.23 1.95 2.38 1.80 2.18 2.672.79 2.55 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1190 SNP_A-1646740 rs2275378 1 75910457 1.55 2.512.21 2.57 1.99 2.07 1.85 2.70 1.79 1.99 2.68 2.16 5.703.20 2.57 3.53 2.28 3.05 3.99 3.36 3.42 1.80 2.27 2.422.95 1.98 BB AA BB BB BB AB AA BBBB BB BB BB AB BB AA AB AB BB BBBB NoCall BB NoCall BB BB BB2 1191 SNP_A-1721484 rs3818855 1 75910806 1.92 3.122.52 2.54 1.99 3.10 2.38 2.82 2.08 2.73 1.52 1.90 3.901.98 2.01 2.52 2.28 2.14 1.76 2.24 2.01 1.80 2.29 2.692.91 2.00 AA BB AA AA BB NoCall NoCall AAAA AA AA AA AB AA NoCall AB NoCall AA AAAA NoCall AA NoCall AA AA AA2 1192 SNP_A-1680208 rs1146635 1 75964356 1.81 2.312.28 2.91 1.92 2.81 2.37 2.89 1.52 2.62 1.84 1.75 2.972.22 2.52 2.71 2.20 2.70 2.44 2.52 2.54 1.76 2.04 1.702.73 1.85 BB AB BB AB AB BB BB AANoCall AB AA AB BB AB AB AB AB AB BBAA AB BB BB NoCall BB BB2 1193 SNP_A-1659356 rs6672844 1 76198905 1.60 2.502.08 2.28 1.69 2.57 1.91 2.86 1.58 2.26 1.20 2.00 1.511.46 1.82 1.74 2.06 1.86 1.25 1.65 1.96 1.77 2.60 2.011.48 1.75 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB AA AB BB BB NoCall AB NoCall NoCallNoCall BB BB BB NoCall BB AB AA2 1194 SNP_A-1728847 rs10518523 1 76199319 1.54 2.012.67 2.70 1.69 2.55 2.33 1.94 1.89 2.68 2.30 2.22 2.242.72 2.40 2.66 2.06 2.45 2.71 2.39 2.58 1.77 1.80 2.152.69 2.39 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB ABBB BB BB NoCall BB AB BB2 1195 SNP_A-1679096 rs1251526 1 76199523 1.69 2.782.11 2.34 1.69 2.39 2.66 2.85 1.60 2.38 1.31 2.81 1.401.89 1.98 1.94 2.06 1.81 1.39 1.63 2.01 1.77 2.13 2.041.94 1.82 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA NoCall NoCall AA AB2 1196 SNP_A-1757527 rs10493577 1 76201244 1.74 1.632.37 2.67 1.69 2.51 2.16 1.90 1.51 2.21 1.96 2.61 2.492.42 2.40 2.54 2.06 2.36 2.79 2.54 2.48 1.77 1.89 2.532.19 2.19 AA AA AA AA BB AA NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA BB AB AA AA AB AB AB AB ABAA AA AA AB AA AB AB2 1197 SNP_A-1729868 rs10493578 1 76202255 1.74 2.412.03 2.63 1.69 2.56 1.89 2.17 1.79 2.18 1.36 2.49 1.531.56 1.89 1.89 2.06 2.96 1.90 2.32 2.78 1.77 2.25 2.472.41 2.34 AA AB AA BB AB AB AA BBBB AB AA AB AB AB AA AA AA AA ABAA AA AA AB BB AA AA2 1198 SNP_A-1721293 rs10493579 1 76215216 1.91 2.422.78 2.44 1.78 2.88 1.88 2.61 2.02 2.65 1.37 2.19 1.691.51 1.83 1.64 2.05 2.20 1.54 1.96 2.06 1.77 2.66 2.391.96 2.15 BB BB NoCall BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB AB BBAA AB AA BB BB AB BB2 1199 SNP_A-1700963 rs4083965 1 76215287 2.04 2.402.63 3.71 1.78 3.18 2.40 2.19 2.46 2.21 1.73 1.77 1.752.00 2.72 2.05 2.05 2.65 2.69 2.13 2.71 1.77 2.32 1.933.66 2.19 AA AB AA BB AA NoCall NoCall BBBB AB NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall AB AB BBAA AA AA NoCall BB NoCall AB2 1200 SNP_A-1730064 rs7550814 1 76216691 1.68 2.092.12 2.16 1.78 2.70 1.93 2.20 1.70 2.04 2.16 2.30 3.182.54 2.20 3.00 2.05 2.42 2.75 2.65 3.08 1.77 1.65 1.712.91 1.57 BB NoCall BB AA AA NoCall NoCall AAAA NoCall AA AA AB NoCall NoCall AB AB AB AABB BB BB AA AA NoCall NoCall2 1201 SNP_A-1680550 rs10493580 1 76216933 1.18 2.351.92 1.93 1.78 1.96 1.89 2.56 1.44 1.97 1.45 2.98 2.872.00 2.07 2.33 2.05 1.87 1.34 2.11 2.01 1.77 1.79 1.701.39 1.64 AA AB AA BB AB NoCall AA BBBB AB AA AB AB AB AA AA AA AA ABAA AA AA NoCall BB AA AA2 1202 SNP_A-1677360 rs1251496 1 76229148 2.10 2.042.19 2.31 1.78 2.82 1.99 1.87 1.95 3.15 1.15 1.91 1.991.54 1.57 1.68 2.05 1.64 1.18 1.79 2.00 1.77 2.32 2.141.65 1.94 AA NoCall BB BB BB AB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1203 SNP_A-1737579 rs1251493 1 76230129 2.39 2.533.36 3.62 1.78 3.30 2.12 2.76 2.52 3.01 1.10 1.47 1.421.26 1.24 1.33 2.05 1.98 1.79 1.50 1.84 1.77 2.33 1.702.95 1.62 BB BB BB BB AA BB AB BBNoCall NoCall AA AB BB BB NoCall NoCall NoCall AB ABBB BB BB AB BB AB AA2 1204 SNP_A-1737415 rs10493581 1 76241261 1.62 2.952.17 2.46 1.78 2.86 1.31 2.28 1.81 2.31 1.25 1.98 2.671.48 1.89 2.18 2.05 2.23 1.62 2.12 2.25 1.77 2.28 1.572.06 1.72 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1205 SNP_A-1705033 rs1251465 1 76250417 1.50 2.782.29 2.20 1.78 2.49 1.67 3.21 2.10 2.57 1.72 2.52 4.711.97 2.47 3.60 2.05 2.19 1.79 2.73 2.31 1.77 2.49 2.231.37 1.68 BB BB NoCall BB AA BB NoCall BBBB BB BB BB AB BB AB AB BB BB ABBB AB BB AB BB AA BB2 1206 SNP_A-1644874 rs450133 1 76359867 1.14 1.631.85 2.51 1.76 1.91 1.61 1.85 1.42 1.38 1.70 2.05 2.932.35 1.95 2.70 2.06 2.06 2.81 2.50 2.40 1.75 1.31 1.331.75 1.84 BB AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AB AA AB AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1207 SNP_A-1741923 rs603022 1 76360775 3.79 2.50

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.79 2.59 1.76 3.03 3.98 3.40 2.29 3.60 2.97 3.66 3.793.74 4.09 3.81 2.06 2.60 2.17 3.16 3.55 1.75 3.33 4.302.25 3.42 BB AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AB AA AA NoCall AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1208 SNP_A-1682300 rs473380 1 76388165 1.89 1.932.46 2.81 1.76 2.87 2.25 3.07 1.71 1.90 1.67 2.26 2.082.09 1.98 2.18 2.06 2.61 2.74 2.12 2.71 1.75 1.82 1.423.00 2.24 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1209 SNP_A-1745622 rs1473472 1 76392207 1.51 2.482.41 2.61 1.76 2.55 1.71 3.05 1.75 2.26 1.35 1.93 2.001.77 1.36 1.97 2.06 2.45 2.22 2.06 2.23 1.75 1.72 1.412.86 1.45 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA BB AA AA NoCall AA AB AA AAAA AA AA AA BB AA BB2 1210 SNP_A-1703905 rs517036 1 76392546 1.56 2.782.06 2.23 1.76 2.20 1.59 3.68 1.62 2.24 1.44 2.41 1.891.52 1.80 2.25 2.06 2.27 1.38 2.02 2.09 1.75 2.13 1.901.62 1.98 BB BB BB BB AB BB NoCall BBBB BB BB AA BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1211 SNP_A-1715705 rs565352 1 76393286 1.57 2.422.36 2.33 1.76 2.39 2.59 2.91 1.69 2.21 1.71 2.14 2.181.94 1.97 2.22 2.06 2.51 2.41 2.27 2.78 1.75 1.73 2.762.74 2.34 BB BB BB BB AB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BB AB BB BBBB BB BB NoCall AA BB BB2 1212 SNP_A-1644230 rs1486932 1 76398163 1.99 1.852.40 2.82 1.76 2.65 1.89 2.11 1.78 2.32 1.40 1.31 1.461.80 1.76 1.99 2.06 2.50 2.59 2.01 2.06 1.75 1.83 1.803.31 0.38 AA AA AA AA BB AB NoCall AAAA AA AA BB AA AA NoCall AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 1213 SNP_A-1702235 rs547342 1 76399296 1.82 2.402.12 2.58 1.76 2.53 2.08 2.98 1.65 2.23 1.13 2.03 1.411.71 1.73 1.80 2.06 7.11 1.71 1.63 1.88 1.75 2.30 1.772.10 2.18 BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB AA BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1214 SNP_A-1655749 rs3011990 1 76404722 1.59 1.692.22 2.48 1.76 2.67 1.83 2.14 2.01 2.82 1.84 2.21 2.262.22 2.32 2.70 2.06 2.18 1.97 2.39 2.19 1.75 1.94 1.772.33 1.41 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA BB AA AA NoCall AA AA AA AAAA AB AA AA BB AA NoCall2 1215 SNP_A-1716623 rs10493588 1 76405388 1.87 1.882.12 2.90 1.76 2.42 2.02 1.63 1.72 2.26 1.19 1.89 1.501.63 1.98 2.20 2.06 2.20 1.59 1.78 2.44 1.75 2.01 1.532.14 1.94 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1216 SNP_A-1698131 rs572200 1 76436673 1.50 2.051.79 2.26 1.77 1.98 1.82 1.73 1.51 1.95 1.50 1.16 1.791.82 1.60 1.96 2.06 2.83 2.33 2.22 2.51 1.75 1.43 1.783.37 2.07 AA AA AA AB BB AB NoCall AAAA AA AA BB AA AA NoCall AA AA AA ABAA AB AA NoCall AA AB AA2 1217 SNP_A-1668899 rs1414487 1 76452475 1.60 2.192.24 2.40 1.78 2.49 2.36 2.11 1.72 2.51 1.47 2.24 2.662.26 2.42 2.79 2.07 2.08 1.96 2.37 2.41 1.76 2.22 2.282.04 2.15 BB BB BB AB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1218 SNP_A-1643792 rs1537784 1 76464118 1.96 3.152.27 2.19 1.80 2.50 4.34 3.73 2.04 3.07 2.43 2.45 2.972.83 2.79 2.67 2.08 1.93 1.82 2.06 2.76 1.77 2.19 3.292.09 3.67 NoCall AA AA AB AA AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA NoCall2 1219 SNP_A-1744517 rs1537783 1 76464137 1.59 1.992.75 2.61 1.80 2.66 1.96 2.45 1.96 2.48 2.07 2.31 4.022.53 2.30 3.69 2.08 2.24 1.82 2.71 2.69 1.77 2.14 2.091.63 1.91 BB NoCall NoCall NoCall BB NoCall NoCall BBBB AB BB AB AB NoCall NoCall BB AB BBNoCall BB AA BB BB BB BB AB2 1220 SNP_A-1646858 rs1537782 1 76464202 1.80 1.722.49 2.63 1.80 2.63 1.44 1.96 2.48 1.87 2.01 2.36 3.332.08 2.62 3.71 2.08 2.01 1.76 3.03 1.99 1.77 2.34 1.551.50 1.58 BB AB AA AB BB AA NoCall BBNoCall AB BB AA AA AA NoCall AA AA AA ABAA AA AA BB BB BB AA2 1221 SNP_A-1693777 rs752819 1 76515543 1.51 2.772.06 2.42 1.87 2.62 1.71 2.42 1.43 2.18 1.31 2.45 1.821.71 1.79 1.80 2.14 1.85 1.21 1.84 1.77 1.77 1.90 2.051.67 1.99 AA AA NoCall AA AB AA BB BBAA AA AA AA AB AA AA AA AB AB AAAA AA BB AB AA AB AB2 1222 SNP_A-1717367 rs1016715 1 76560466 1.46 1.622.03 2.40 1.87 2.00 1.63 1.24 1.30 1.60 2.18 2.60 2.792.83 2.57 3.69 2.14 2.47 2.88 2.74 2.50 1.77 1.56 2.052.18 2.03 BB AB BB BB AB NoCall BB BBAB NoCall BB AB BB AB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB AA BB NoCall2 1223 SNP_A-1709233 rs2392034 1 76575907 1.59 1.651.98 2.30 1.85 2.23 1.67 0.82 1.47 2.02 1.10 2.24 2.001.86 1.82 1.65 2.12 2.08 2.45 1.76 2.19 1.76 1.44 1.753.22 2.21 AA AA AB AA AB AA BB BBAA AA BB AA AB AA AB AB AB BB BBBB AB BB AB AA AB AA2 1224 SNP_A-1688150 rs4949715 1 76576090 1.94 2.512.17 2.04 1.85 2.51 2.51 1.54 1.60 2.89 1.04 1.93 1.831.29 1.77 1.59 2.12 1.74 1.42 1.72 1.93 1.76 2.48 1.822.26 1.91 BB BB AB AA BB BB BB BBBB AB BB BB AB NoCall AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB AB2 1225 SNP_A-1672792 rs1347539 1 76690498 1.72 1.701.98 2.37 1.82 2.20 1.40 2.17 1.77 1.66 1.73 2.14 2.472.05 2.13 2.98 2.00 2.21 3.32 2.60 2.23 1.74 1.36 2.162.11 1.62 AA AA AA AA BB AA NoCall BBAA AB AA AB AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AB AA2 1226 SNP_A-1697611 rs484299 1 76810750 1.82 1.982.18 2.37 1.69 2.29 2.96 1.90 1.65 2.81 5.25 2.37 2.502.63 2.30 2.34 1.98 2.54 2.04 2.19 2.58 1.74 1.96 2.392.66 2.40 BB AB BB AB AA AB NoCall BBBB BB AA BB BB AB NoCall NoCall AB AB ABAB BB AA BB BB BB BB2 1227 SNP_A-1703447 rs10518531 1 76811259 1.70 3.002.09 1.85 1.69 2.56 2.14 3.69 2.03 2.81 1.19 2.33 1.601.45 1.66 1.41 1.98 1.35 0.85 1.38 1.71 1.74 2.34 2.381.15 1.28 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall AB AB AANoCall AB AA BB AA AA AA AA2 1228 SNP_A-1744335 rs641012 1 76827173 2.06 3.94

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.43 1.64 1.74 3.15 3.13 4.02 2.47 2.97 1.57 1.54 1.621.60 1.57 1.65 1.95 1.55 1.43 1.57 1.87 1.77 2.18 2.002.10 2.33 BB NoCall BB BB BB NoCall AB BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1229 SNP_A-1745001 rs674381 1 76832283 1.72 2.532.18 2.26 1.74 2.53 1.73 2.58 1.73 2.80 1.40 3.01 1.961.87 2.17 2.23 1.95 2.14 1.01 2.34 2.25 1.77 2.31 2.681.36 1.91 BB AB BB AB BB AB AB BBBB BB AA BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB AB BB BB AB2 1230 SNP_A-1653476 rs341014 1 76832398 1.58 2.521.88 2.01 1.74 2.25 1.69 2.16 1.74 2.18 1.13 2.46 1.701.71 2.01 2.26 1.95 1.78 1.44 2.00 1.65 1.77 2.10 1.881.56 1.61 BB AB BB BB BB AB NoCall BBBB BB AA BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1231 SNP_A-1695937 rs1498365 1 76861870 2.37 2.693.01 2.88 1.79 3.00 2.72 2.43 2.16 2.97 1.08 1.63 0.961.41 1.36 1.50 2.00 1.85 1.82 1.50 1.72 1.78 2.88 1.763.13 1.86 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1232 SNP_A-1746731 rs638072 1 76866340 1.47 1.651.95 2.43 1.79 2.21 1.76 1.51 1.52 2.34 1.88 2.07 2.482.42 2.42 3.08 2.00 2.63 2.56 2.60 2.50 1.78 1.59 1.472.95 1.62 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB AB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1233 SNP_A-1708424 rs562580 1 76874506 1.95 2.292.27 2.55 1.79 2.48 3.11 1.93 1.55 2.82 1.28 2.80 2.601.76 1.89 1.64 2.00 1.73 1.87 1.79 2.00 1.78 2.39 2.582.35 2.58 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1234 SNP_A-1754654 rs478580 1 76875059 1.50 1.982.33 2.53 1.79 2.26 1.93 2.29 1.60 2.09 1.88 3.50 4.032.73 2.29 2.94 2.00 2.25 2.39 2.30 2.55 1.78 2.08 2.042.53 1.99 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1235 SNP_A-1746897 rs10493593 1 76899938 1.49 2.101.96 2.25 1.78 2.02 2.17 1.81 1.56 1.56 1.48 1.97 1.431.56 1.62 1.72 2.03 2.94 2.29 2.16 2.84 1.77 1.81 1.203.16 2.30 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1236 SNP_A-1732277 rs7534158 1 76900413 2.10 2.592.40 2.68 1.78 2.57 2.44 2.35 1.62 2.17 1.52 2.38 1.641.78 1.85 1.80 2.03 2.30 1.98 2.02 2.32 1.77 2.28 1.522.78 2.23 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1237 SNP_A-1687470 rs664015 1 76901085 1.72 1.513.38 2.92 1.78 2.58 1.41 1.22 2.03 2.12 1.54 1.92 1.921.81 2.10 2.80 2.03 1.99 2.24 2.50 1.95 1.77 2.42 1.911.95 1.70 AA AA NoCall AB BB AA AA AAAA AA AA AA AB AB BB AB AB AA AAAA AA BB AA BB AA AA2 1238 SNP_A-1694231 rs2221083 1 76933383 1.53 2.232.02 2.35 1.78 2.24 2.05 2.55 1.62 2.01 1.03 2.01 1.211.25 1.05 1.33 2.03 1.40 1.39 1.39 1.42 1.77 1.85 1.422.07 1.63 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB ABBB BB BB BB BB AB AA2 1239 SNP_A-1671308 rs10493595 1 76934038 2.07 2.422.28 2.33 1.78 2.43 2.76 2.08 1.56 2.49 1.28 2.55 2.002.01 2.08 2.23 2.03 1.89 1.74 1.98 2.00 1.77 2.42 1.952.73 2.33 AA BB BB AB BB AB NoCall BBBB BB BB BB BB AA BB AA BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1240 SNP_A-1712231 rs1522621 1 77104026 1.74 1.982.14 2.46 2.05 2.25 2.25 1.96 1.51 2.40 1.59 2.27 1.892.11 2.05 2.45 2.12 2.41 2.23 2.26 2.88 1.81 2.04 2.552.40 2.43 BB AA AA AB BB AB AA AAAA AA AA AB AA AA AB AB AA BB ABAB AB BB BB AA AB AB2 1241 SNP_A-1751997 rs3107604 1 77126201 1.63 2.191.80 2.40 2.20 2.36 1.97 2.12 1.32 1.98 1.47 2.17 1.941.85 2.23 2.52 2.13 2.07 1.61 2.24 2.69 1.75 2.25 2.272.12 2.10 BB AA AA BB BB BB AB AAAA AA AA BB AA AA AB AB AA BB BBBB AB BB BB AA AB AB2 1242 SNP_A-1758107 rs10493599 1 77127548 1.42 2.151.88 2.22 2.20 2.34 1.86 1.82 1.71 2.50 1.47 1.50 1.641.86 2.24 2.47 2.13 2.38 1.68 1.86 2.31 1.75 1.80 1.242.26 1.40 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1243 SNP_A-1649674 rs10489463 1 77196621 1.49 7.771.99 2.09 2.38 2.21 1.52 3.35 1.65 1.90 1.90 2.66 3.371.79 2.26 2.80 2.30 1.81 1.48 2.12 1.96 1.80 2.04 1.421.25 1.21 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1244 SNP_A-1647676 rs199666 1 77247454 2.17 3.012.65 3.03 2.06 2.78 4.64 3.29 1.82 2.93 2.37 2.61 2.552.94 3.50 2.90 2.21 2.38 2.96 2.17 3.13 1.79 2.80 3.213.24 3.61 AA AA AA AB BB BB NoCall AAAA AA NoCall AB AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA ABAB AB AA AA AA AB NoCall2 1245 SNP_A-1651548 rs10493598 1 77265745 1.74 2.432.48 2.57 2.05 2.99 2.50 2.24 1.89 2.86 1.31 2.25 2.971.83 2.09 2.26 2.21 2.04 1.46 2.37 2.32 1.79 2.72 2.452.06 2.14 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1246 SNP_A-1644862 rs10518445 1 77446655 1.52 1.472.30 2.51 1.82 2.68 1.61 1.46 1.73 2.17 1.93 1.83 3.492.58 2.49 3.18 2.15 2.27 2.76 2.97 2.32 1.68 1.88 2.033.12 2.12 AA BB BB AB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1247 SNP_A-1749763 rs10493537 1 77450403 1.93 2.642.35 2.81 1.82 2.97 1.96 2.16 2.04 2.61 1.09 2.23 2.341.44 1.89 1.82 2.15 2.20 1.64 2.28 2.27 1.68 2.68 2.272.84 1.97 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1248 SNP_A-1702723 rs10493601 1 77451402 1.48 2.431.73 2.17 1.81 2.20 1.67 2.27 1.26 1.86 1.36 2.63 2.671.85 2.19 2.40 2.15 1.97 1.34 2.24 2.23 1.68 2.00 1.651.63 1.90 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1249 SNP_A-1702217 rs10493536 1 77468248 1.83 2.32

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.65 2.60 1.81 2.68 2.46 3.02 1.87 2.35 1.78 1.87 2.101.83 2.23 2.16 2.15 1.93 1.73 2.08 2.60 1.68 2.95 2.132.39 2.02 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB NoCall BB BB AB2 1250 SNP_A-1718315 rs10493602 1 77468366 1.62 1.991.87 2.49 1.81 2.49 1.86 2.19 1.39 1.40 2.03 1.86 2.072.25 1.97 2.33 2.15 2.09 3.31 2.37 2.12 1.68 1.52 1.652.65 2.15 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AB AA AA AA2 1251 SNP_A-1724014 rs10493604 1 77538753 1.76 2.552.35 2.30 1.53 2.55 2.28 3.37 2.00 3.66 1.35 2.06 1.851.77 1.97 1.89 2.10 1.37 0.88 1.69 1.71 1.63 2.35 2.241.16 1.90 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAB BB AA AA AA AA AB AB AA AA AAAB NoCall AA AB AA AA AA2 1252 SNP_A-1668276 rs10493605 1 77582345 1.40 2.731.78 2.19 1.55 2.34 1.75 3.45 1.58 1.92 1.47 2.97 2.801.74 2.00 2.45 2.17 2.30 1.41 2.40 2.25 1.65 2.26 1.761.56 1.71 AA AA AA AA BB BB AA AAAA AB AA AB AA AA AA AB AA AA ABAA AA AA AB BB AA AA2 1253 SNP_A-1651422 rs10518553 1 77582503 1.57 2.371.98 2.50 1.55 2.36 1.73 2.28 1.31 2.19 1.08 1.73 1.581.26 1.48 1.55 2.17 2.10 1.38 1.69 2.18 1.65 2.02 1.962.08 2.21 BB BB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1254 SNP_A-1689745 rs3844166 1 77583161 1.76 2.542.00 2.46 1.55 2.62 2.87 2.71 1.72 2.45 1.39 2.30 1.951.68 1.66 2.09 2.17 2.13 1.53 2.08 2.51 1.65 2.46 1.162.19 1.77 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB AB BB BB BB ABBB BB BB BB AA BB AB2 1255 SNP_A-1732826 rs12564522 1 77598520 1.50 1.851.96 2.26 1.55 2.16 1.83 1.96 1.45 2.08 1.25 2.00 1.791.55 2.06 2.06 2.17 2.32 1.73 2.17 2.01 1.65 2.13 1.851.98 2.20 AA AB AB AB AB BB AB BBAA AA AA AB BB BB AB BB AA AB ABAA AA AA AB AA BB AA2 1256 SNP_A-1730206 rs1389789 1 77806800 1.77 1.762.05 2.80 1.49 2.69 1.94 1.40 1.59 2.21 1.33 1.76 1.891.87 2.35 2.27 2.38 2.49 1.51 2.02 2.71 1.63 2.34 1.771.95 1.94 BB BB BB AB AB BB AB BBBB AB BB AB BB AB AB BB AA AB ABBB BB AA BB AA AB AB2 1257 SNP_A-1754106 rs1038983 1 77816873 2.01 2.422.28 2.29 1.49 2.53 2.75 2.49 1.66 2.63 2.07 2.29 2.832.65 2.20 2.43 2.38 2.38 2.17 2.55 2.65 1.63 2.38 2.263.44 2.14 AA AA AA AB AA AA AB AAAA AB AA AB AA NoCall AB AA BB AB ABAA AA BB AA BB AB AB2 1258 SNP_A-1736387 rs1166704 1 78078915 1.68 1.972.26 2.60 2.19 2.25 2.35 2.21 1.44 2.12 1.86 1.93 2.162.46 2.53 2.84 2.43 2.23 2.91 2.54 2.54 2.29 2.01 2.002.36 2.11 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 1259 SNP_A-1664370 rs1166700 1 78105642 1.32 1.642.36 2.43 2.08 2.23 1.69 2.42 1.56 1.72 3.24 2.46 4.863.83 3.44 4.81 2.22 3.49 5.44 4.21 3.47 2.03 1.74 2.082.87 2.22 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA NoCall AA AB AA AB AB AA AA AA ABAA AA AA AA NoCall AA AA2 1260 SNP_A-1671324 rs657954 1 78260432 1.80 7.712.96 1.37 1.60 3.02 3.41 3.24 1.83 2.56 1.38 2.57 1.331.33 1.88 1.45 2.16 1.86 1.47 1.50 2.22 1.78 2.55 2.412.79 2.46 BB AA AA BB BB NoCall BB BBNoCall BB BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall AB BB BBAB AB BB BB BB AB BB2 1261 SNP_A-1668512 rs10493607 1 78354494 1.40 2.971.91 1.41 1.64 2.38 2.67 4.28 1.60 2.09 1.34 1.84 1.601.80 1.97 1.80 2.27 1.76 0.89 1.48 1.69 1.86 2.03 2.751.12 2.68 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA NoCall AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1262 SNP_A-1737243 rs10493608 1 78407274 2.05 2.192.49 1.42 1.59 2.80 2.02 2.09 2.01 2.34 1.13 1.56 1.001.12 1.34 1.38 2.21 1.86 1.80 1.67 1.84 1.78 2.67 1.682.84 1.74 BB AB AA BB BB AB BB AAAA AB AA AB AB AB NoCall BB AB BB ABAB BB BB BB AA AB AB2 1263 SNP_A-1694593 rs1417102 1 78452047 1.56 2.422.05 1.15 1.59 2.53 1.72 1.70 1.54 2.22 1.19 2.38 1.571.54 1.87 2.11 2.21 2.64 1.58 2.46 3.08 1.78 2.19 2.112.43 1.87 AA AA AA AA BB AA AB AANoCall AB BB BB AA BB BB AA AB AB ABAA AB AA AB BB AB AB2 1264 SNP_A-1678724 rs10489948 1 78459561 1.60 2.292.00 1.25 1.59 2.47 2.41 1.66 1.54 2.35 1.22 1.84 1.661.80 2.18 2.31 2.20 2.35 2.06 2.14 2.19 1.78 2.09 2.062.91 2.14 AA AA AA AA BB AA AB AAAB AB BB BB AA BB BB AA AB AB ABAA AB AA AB BB AB AB2 1265 SNP_A-1682948 rs2352037 1 78502761 1.56 1.781.86 1.21 1.56 2.08 1.65 1.09 1.34 1.94 1.06 1.49 0.851.38 1.71 1.42 2.16 1.90 1.61 1.46 2.12 1.74 1.73 1.512.07 1.82 BB AB AA BB AB BB AB BBAA AA BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB AA BB AB2 1266 SNP_A-1695243 rs1581920 1 78503805 1.86 3.212.55 1.44 1.56 3.11 1.65 2.10 2.26 2.68 0.92 1.38 1.171.09 1.22 1.81 2.16 2.20 1.32 2.20 1.94 1.74 2.49 1.922.70 1.65 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA AA BB AA AA BB NoCall AB BBBB NoCall BB AB BB AB BB2 1267 SNP_A-1649204 rs724159 1 78511435 1.59 3.182.10 1.41 1.54 3.01 2.39 2.33 1.63 2.27 2.12 3.45 2.582.80 2.52 3.00 2.16 2.93 2.01 3.23 2.90 1.75 1.94 2.382.94 2.27 BB BB BB BB BB AA AB AABB BB BB BB AB BB BB AB BB AB BBAB BB BB AB BB AB BB2 1268 SNP_A-1654035 rs10489949 1 78517986 2.58 3.453.12 2.09 1.54 3.20 4.40 2.95 2.34 3.49 1.83 2.02 1.642.24 2.37 1.96 2.14 2.16 1.73 1.76 2.31 1.73 3.39 3.212.76 3.13 AA NoCall AA AA AA AA AA AAAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 1269 SNP_A-1712513 rs1410505 1 78527820 1.94 2.541.92 1.48 1.54 2.89 2.89 2.33 1.68 2.73 1.26 2.72 1.671.88 2.01 1.89 2.14 2.05 1.43 2.03 2.04 1.73 2.65 2.712.40 2.22 AA AA AA AA BB BB AB BBAA AA AA AA AB AA AA AB AA AB AAAB AA AA NoCall AA NoCall AA2 1270 SNP_A-1748147 rs10489950 1 78554286 1.62 2.23

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.04 1.25 1.59 2.42 1.62 1.15 1.68 2.21 1.24 1.65 1.521.63 1.83 2.26 2.19 2.45 1.83 2.10 2.33 1.78 2.14 1.282.35 1.69 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1271 SNP_A-1725420 rs4650348 1 78562418 2.35 2.442.22 1.85 1.59 2.64 3.07 1.56 1.75 2.03 2.98 2.14 2.053.29 3.17 4.29 2.19 2.95 3.76 3.03 3.94 1.78 2.14 1.793.42 2.80 BB NoCall BB BB AA BB BBNoCall NoCall BB NoCall NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall BB BB BB AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 1272 SNP_A-1671540 rs669733 1 78579006 1.67 1.781.86 1.15 1.59 2.46 1.85 0.96 1.64 1.82 1.34 1.78 3.011.79 2.18 2.95 2.19 2.21 2.35 2.96 2.11 1.78 1.79 1.342.93 2.04 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1273 SNP_A-1723128 rs1571366 1 78607621 1.35 2.741.91 1.28 1.58 1.97 1.84 2.03 1.68 1.46 1.92 2.59 2.262.18 1.98 2.74 2.22 2.63 3.06 2.88 2.73 1.81 1.80 1.752.96 2.20 BB AB BB BB BB BB BB AANoCall BB AA AA BB AA AA BB NoCall AB BBBB AB AA NoCall AA AB NoCall2 1274 SNP_A-1695373 rs631280 1 78620439 1.26 2.001.64 1.02 1.61 1.98 2.21 1.03 1.30 1.59 1.50 2.23 2.291.93 1.68 2.72 2.20 2.94 2.76 2.67 2.94 1.80 1.07 1.073.17 1.96 BB NoCall BB BB BB BB BB AANoCall BB AA AB BB AA AA BB NoCall AB BBBB BB AA AB AA AB AB2 1275 SNP_A-1694479 rs632184 1 78620658 1.90 2.682.32 1.48 1.61 2.78 1.95 1.85 1.67 2.37 1.47 2.38 1.751.92 2.16 2.13 2.20 2.41 1.94 2.38 2.56 1.80 2.01 2.142.20 1.82 AA NoCall AA AA BB AA AA BBNoCall AA BB AB AA BB BB AA AB AB AAAA AA BB AB BB NoCall AB2 1276 SNP_A-1719671 rs587996 1 78620780 1.50 1.881.76 1.21 1.61 2.08 2.07 1.09 1.55 1.64 1.49 1.94 1.461.60 1.82 1.91 2.20 2.10 2.21 2.33 2.37 1.80 1.42 1.222.22 2.04 AA NoCall AA AA BB AA AA BBNoCall AA BB AB AA BB BB AA NoCall AB AAAA AA BB AB BB NoCall AB2 1277 SNP_A-1730306 rs3766345 1 78702296 1.45 2.221.98 1.23 1.58 2.34 1.49 1.47 1.47 2.02 1.14 2.56 1.211.31 1.72 1.83 2.17 2.26 1.77 2.08 2.19 1.76 2.00 1.912.39 1.59 BB AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA NoCall AB AA AB AAAA BB BB AB AA AA AB2 1278 SNP_A-1735496 rs501078 1 78711109 1.59 2.372.54 1.45 1.59 2.61 1.50 1.50 1.70 2.57 0.72 1.74 1.100.96 1.38 1.34 2.17 2.23 1.11 1.51 1.91 1.77 2.07 1.481.88 1.48 BB AA NoCall AA BB AA NoCall AAAA AB AA AB AA AA NoCall NoCall AA AB AAAA BB BB AB AA AA AB2 1279 SNP_A-1681990 rs3766333 1 78711817 1.64 3.181.93 1.25 1.59 2.20 1.84 2.38 1.71 1.85 1.15 2.66 1.531.35 1.70 1.66 2.17 1.92 1.25 1.82 1.91 1.77 1.98 1.851.72 1.67 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1280 SNP_A-1705981 rs10518577 1 78767411 1.79 1.972.21 1.18 1.61 2.30 1.28 1.03 1.57 2.20 1.40 1.82 1.471.95 2.14 2.45 2.17 2.37 1.79 2.40 2.14 1.76 2.32 1.732.26 1.60 BB AA AA AA BB AA AB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AB AB AA AB AAAA AB BB NoCall AA AA BB2 1281 SNP_A-1672924 rs10493609 1 78781195 1.82 2.662.34 1.71 1.60 2.44 3.61 2.21 1.38 2.48 2.81 2.66 2.432.94 3.35 3.26 2.18 2.63 2.37 2.53 3.44 1.77 2.57 3.243.00 2.86 NoCall BB BB BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 1282 SNP_A-1735805 rs10493611 1 78862328 1.64 1.872.16 1.47 1.62 2.76 2.22 1.47 1.86 2.36 1.45 2.48 2.522.15 1.95 2.41 2.05 1.73 2.37 2.45 1.85 1.67 2.24 2.092.03 1.77 AA NoCall NoCall AA AB AB ABNoCall AA AB AA AA AA AB AB BB AB BBAB AB AB AA NoCall AA AA BB2 1283 SNP_A-1652128 rs10493612 1 78862391 1.91 2.462.17 1.44 1.62 2.60 1.48 1.86 1.84 2.33 1.79 2.66 3.122.40 2.68 2.92 2.05 2.71 2.20 2.92 2.48 1.67 2.66 2.573.04 2.05 AA AA AB AA BB AA NoCall AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA BB2 1284 SNP_A-1657247 rs7522786 1 78862752 1.55 1.521.99 1.28 1.62 2.33 1.27 1.30 1.51 1.86 1.38 2.51 2.532.18 2.25 2.48 2.05 2.12 2.44 2.38 1.98 1.67 1.54 1.592.40 1.17 BB BB AB BB BB BB AB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1285 SNP_A-1686976 rs1780747 1 78893437 1.59 1.952.16 1.20 1.63 2.39 1.68 1.24 1.41 2.13 1.20 2.49 1.391.56 1.98 2.11 2.04 1.85 1.28 1.99 2.07 1.67 1.92 1.881.64 1.71 BB AB BB AA AB AB AB BBAA AB AA AA BB BB AB BB BB BB ABBB AB AA BB AA AB BB2 1286 SNP_A-1698775 rs10493614 1 78903051 2.09 3.292.63 1.64 1.63 3.19 2.28 2.47 2.09 3.23 1.11 1.49 1.501.49 1.30 1.55 2.04 1.54 1.44 1.37 1.59 1.67 2.64 1.842.41 1.89 AA AA AB BB AB AB AB AAAA AA NoCall AB AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AB BB AB AA AA AB2 1287 SNP_A-1652718 rs1780717 1 78903867 2.32 3.532.96 1.69 1.67 3.60 3.36 3.17 2.70 4.17 1.47 1.68 1.831.67 1.62 1.49 2.07 1.75 1.47 1.44 1.84 1.70 2.59 2.393.10 2.66 BB AB NoCall BB AB AB NoCall AAAA AA NoCall AB AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AB BB BB AA AA AB2 1288 SNP_A-1648138 rs1751514 1 78904822 1.71 2.191.80 1.29 1.67 2.29 1.21 1.55 1.46 1.60 1.75 3.22 3.071.93 2.06 2.17 2.07 1.85 2.04 2.41 1.98 1.70 2.20 1.512.09 1.51 AA NoCall AB AA AB NoCall AB BBBB BB AA AB BB AB NoCall BB BB BB BBBB AB AA AA BB BB AB2 1289 SNP_A-1715437 rs1751513 1 78904898 1.46 2.052.01 1.18 1.67 2.34 1.69 1.31 1.44 2.35 1.25 2.45 2.381.58 1.83 1.79 2.07 2.23 1.72 1.91 2.25 1.70 1.89 1.932.61 1.83 AA AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1290 SNP_A-1749473 rs2352519 1 78934591 1.41 2.062.16 1.35 1.68 2.49 1.41 1.52 1.30 1.70 1.98 2.15 2.082.20 2.00 2.50 2.07 2.78 2.94 2.65 2.77 1.70 1.54 1.693.60 1.80 BB BB AA AA BB AA AB AABB BB AA AB BB AA AA AA AB AA ABAB AA AA NoCall BB BB AA2 1291 SNP_A-1732784 rs10493613 1 78935220 1.61 3.04

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.94 1.18 1.68 2.30 2.29 1.94 1.50 2.78 0.98 2.41 1.361.00 1.29 1.19 2.07 2.26 1.45 1.55 2.26 1.70 1.54 2.002.73 2.32 AA AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1292 SNP_A-1712127 rs717246 1 79041370 1.60 1.802.53 1.15 1.67 2.59 2.27 1.30 1.81 2.68 1.49 1.96 1.462.09 1.82 2.86 2.03 1.96 2.12 2.34 1.83 1.69 2.20 0.732.53 2.23 BB AB AA BB BB AB AA AANoCall AA AA AB BB AA BB AB AB AB AAAB AB BB AB NoCall AA AA2 1293 SNP_A-1724636 rs2171714 1 79042546 1.17 1.772.16 1.07 1.67 1.88 1.88 1.78 1.23 1.60 1.64 2.41 1.471.96 1.37 2.13 2.03 1.91 2.21 1.76 1.46 1.69 1.74 1.552.13 1.57 AA NoCall NoCall AA BB NoCall AA BBAB BB AA AA AA NoCall AA NoCall NoCall AA ABAB NoCall AA AA AA AB AB2 1294 SNP_A-1675684 rs7533063 1 79089231 1.74 1.772.13 1.32 1.66 2.14 1.79 1.26 1.47 1.74 2.74 2.61 2.283.33 2.76 3.67 2.01 2.60 3.05 3.21 3.01 1.68 1.60 2.252.39 2.33 BB NoCall NoCall BB BB AB BB AANoCall AB BB BB BB AB BB AB AB BB ABAB AB BB BB BB AB BB2 1295 SNP_A-1641843 rs1387424 1 79093839 1.72 1.442.11 1.45 1.66 2.25 1.76 0.98 1.68 1.89 2.16 2.14 2.152.58 2.61 4.03 2.01 2.38 3.44 3.08 2.29 1.68 1.44 2.242.78 2.42 AA AB AB BB BB AB BB AAAB AB BB BB BB AB BB AB AB BB ABAB AB BB BB BB AB AB2 1296 SNP_A-1739525 rs10493618 1 79153479 1.59 2.212.02 1.49 1.74 2.26 2.59 1.41 1.54 2.17 2.20 3.10 2.492.55 2.61 3.55 2.03 2.43 2.64 2.69 3.13 1.73 2.28 2.602.86 2.35 BB AB NoCall BB BB NoCall NoCallNoCall AB BB BB BB BB NoCall BB AB AB BBAB AB AB BB BB BB AB BB2 1297 SNP_A-1680290 rs10493622 1 79196418 2.29 2.762.84 1.80 1.78 3.16 3.42 2.89 2.30 3.49 1.54 1.94 1.641.82 2.14 1.98 1.95 2.01 1.33 1.92 2.30 1.70 3.06 3.161.92 2.45 BB NoCall NoCall NoCall AA AB BBNoCall NoCall BB BB BB BB NoCall NoCall BB AB BBBB AB NoCall BB BB BB NoCall BB2 1298 SNP_A-1643866 rs2065485 1 79196737 2.19 2.382.51 1.48 1.78 2.54 2.61 2.45 1.91 2.94 1.66 1.63 1.501.90 2.07 2.18 1.95 2.07 1.60 1.67 2.38 1.70 2.28 2.052.23 1.83 AA AA AA AA BB AA NoCallNoCall AA NoCall AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA NoCall2 1299 SNP_A-1736699 rs6424623 1 79198343 2.38 2.502.84 1.85 1.78 2.86 3.97 2.45 1.94 3.35 2.18 2.28 2.162.78 3.15 2.60 1.95 2.45 2.42 2.20 2.84 1.70 3.26 3.702.86 2.81 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA NoCall AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 1300 SNP_A-1682694 rs3908735 1 79199620 1.68 2.742.07 1.32 1.78 2.30 1.47 2.43 1.48 1.84 1.01 2.26 1.291.29 1.24 1.23 1.95 1.98 1.56 1.59 2.04 1.70 1.93 1.522.49 1.63 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1301 SNP_A-1735186 rs10493621 1 79231448 1.53 1.721.87 1.17 1.74 2.00 1.43 0.96 1.52 1.61 1.46 2.24 2.501.70 1.75 2.30 1.93 1.85 1.80 2.30 1.81 1.71 1.63 1.481.97 1.53 BB BB BB BB AB AB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB AA AB AA AB AA AB BB ABBB BB BB BB BB AB BB2 1302 SNP_A-1753953 rs10493620 1 79231740 1.73 1.872.12 1.52 1.74 1.93 1.83 0.96 1.74 1.64 1.84 2.22 2.341.97 2.20 2.18 1.93 2.07 2.34 2.17 2.17 1.71 1.69 1.822.33 2.04 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AB AB AA AB AA AA AA AA AA ABAB AB AA AA AB AA AA2 1303 SNP_A-1664318 rs953403 1 79240531 1.47 2.281.83 1.29 1.74 1.82 1.51 1.14 1.29 1.82 1.99 2.79 1.622.41 2.22 2.94 1.93 2.08 2.19 2.43 2.46 1.71 1.74 1.712.08 1.97 AA AB NoCall AA AA NoCall AA BBAB BB BB BB BB BB NoCall BB AB AA BBBB NoCall AA AB BB BB BB2 1304 SNP_A-1686818 rs1332826 1 79241502 2.04 1.882.18 1.64 1.74 2.64 3.02 1.54 1.74 2.23 2.44 2.53 2.122.93 3.14 4.20 1.93 1.80 3.30 2.86 1.97 1.71 2.38 2.972.45 2.94 BB NoCall BB BB BB BB NoCallNoCall NoCall AB AA BB AB NoCall NoCall BB BB BBNoCall AB NoCall BB BB AA BB BB2 1305 SNP_A-1690948 rs1332836 1 79269825 1.71 2.772.11 1.20 1.74 2.46 1.40 1.76 1.80 1.73 1.52 1.84 1.292.01 2.03 2.16 1.93 1.96 1.61 1.93 1.87 1.71 2.08 1.462.51 1.16 AA AA AA AA AA AA AA AAAB NoCall BB AA AB AA AA AA AA AA ABAB AB AA AA BB AA AA2 1306 SNP_A-1719399 rs10518601 1 79312758 1.42 3.642.06 1.34 1.75 2.34 1.32 2.26 1.85 2.12 1.20 2.21 2.841.59 1.71 2.36 1.95 1.64 1.36 1.70 1.78 1.73 2.17 1.741.50 1.57 BB BB BB BB BB BB NoCall BBAA AB BB AA BB BB AB AA BB BB ABBB BB BB BB AA BB BB2 1307 SNP_A-1703225 rs228563 1 79358240 2.22 2.372.76 1.77 1.68 2.91 3.04 1.64 1.84 2.59 1.92 2.83 2.202.63 2.80 3.61 1.93 2.39 2.49 3.02 1.71 1.71 3.09 3.073.02 2.35 BB BB BB BB BB BB NoCall BBAA NoCall BB AA BB BB NoCall AA BB BB ABBB NoCall BB BB AA BB NoCall2 1308 SNP_A-1720763 rs228541 1 79376690 1.81 2.542.46 1.25 1.68 2.45 2.15 1.13 1.57 2.21 0.95 2.25 0.971.28 1.40 1.16 1.93 1.83 1.74 1.50 2.01 1.71 2.21 1.843.14 2.17 BB BB AB AA BB BB AB BBBB BB AA BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1309 SNP_A-1692514 rs228516 1 79384559 2.15 2.392.51 1.73 1.68 2.44 2.27 1.70 1.91 2.30 1.84 2.54 1.562.12 2.37 2.12 1.93 2.33 2.57 1.92 2.33 1.71 2.65 2.182.78 2.22 BB BB NoCall NoCall BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1310 SNP_A-1681326 rs10489653 1 79385022 1.94 2.742.69 1.54 1.68 2.81 2.25 2.46 2.17 3.28 1.42 2.22 1.201.55 1.70 1.59 1.93 1.88 1.41 1.82 2.50 1.71 2.62 2.572.02 1.83 AA AA AA AA AA AA AANoCall AB NoCall AA AA AB NoCall NoCall AA AB ABAB BB BB BB AA BB AA AA2 1311 SNP_A-1674179 rs10489650 1 79442774 1.59 2.541.81 1.20 1.62 2.24 1.94 1.38 1.46 2.78 0.99 2.06 1.411.15 1.13 1.20 1.87 1.64 1.08 1.20 1.67 1.68 1.96 1.421.77 1.41 AA AA AA AA AB AA AA BBAB NoCall AA AA AB AB AB AA AB AB ABBB BB BB AA BB AA AB2 1312 SNP_A-1662462 rs6681555 1 79442930 1.97 2.44

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.31 1.35 1.62 2.36 2.10 1.55 1.51 2.07 1.53 2.81 2.672.03 1.95 2.33 1.87 2.23 2.52 2.13 2.78 1.68 2.20 1.892.79 2.19 BB BB NoCall NoCall BB BB NoCall BBBB BB AA BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1313 SNP_A-1737746 rs10489649 1 79443431 2.09 2.342.59 1.62 1.62 2.64 1.85 1.81 2.21 2.12 1.37 1.41 1.681.72 1.79 1.82 1.87 2.06 2.37 1.86 1.84 1.68 1.98 1.422.29 1.66 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1314 SNP_A-1688124 rs7543307 1 79444262 2.09 2.892.71 1.45 1.62 2.83 2.04 1.94 1.96 2.62 0.91 1.42 1.471.15 1.43 1.21 1.87 1.72 1.59 1.13 1.47 1.68 2.26 1.742.76 1.79 BB BB BB BB AA BB BBNoCall AB AA BB BB AB NoCall NoCall BB AB ABAB AA AA AA BB NoCall BB BB2 1315 SNP_A-1694665 rs4262491 1 79470116 1.89 4.452.18 1.12 1.59 2.89 1.47 1.65 1.67 2.15 1.23 2.39 1.501.47 1.90 2.06 1.84 2.47 1.52 2.05 2.45 1.65 2.38 1.772.89 1.65 AA AA AB BB BB AA AB BBAB BB BB AA AB AB NoCall AB AB AB ABBB BB BB AA BB AA BB2 1316 SNP_A-1705875 rs10489648 1 79476048 1.64 2.612.22 0.91 1.59 2.19 2.22 1.08 1.59 2.54 1.58 2.87 1.542.16 2.31 3.28 1.84 1.67 1.47 2.40 2.01 1.65 2.03 1.831.63 2.31 BB BB BB NoCall AA BB BBNoCall AB AA BB BB NoCall NoCall NoCall BB NoCallNoCall NoCall AA AA AA BB NoCall BB BB2 1317 SNP_A-1717557 rs962933 1 79529288 1.28 1.772.15 1.16 1.65 1.93 1.21 1.43 1.61 1.57 1.81 2.24 2.672.48 2.31 3.52 1.88 2.16 1.95 2.37 1.86 1.78 1.61 1.551.42 1.34 AB NoCall AB BB AA AB BB BBNoCall BB BB NoCall BB AB AB AB AB AB ABBB BB BB AB BB AB NoCall2 1318 SNP_A-1742213 rs10493626 1 79582462 1.53 2.232.35 1.39 1.64 2.35 2.15 1.33 2.00 2.37 1.49 1.54 1.282.08 1.59 1.67 1.91 2.41 2.61 1.95 2.13 1.89 1.99 1.673.95 1.93 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1319 SNP_A-1756242 rs2132055 1 79661844 1.85 6.272.84 1.16 1.61 3.00 1.60 1.31 1.59 1.65 1.88 2.36 2.692.02 1.97 3.30 1.91 2.15 2.02 2.56 2.11 1.87 1.67 1.771.95 1.57 AA AA AA BB BB AA AA BBNoCall BB BB AB BB BB AB BB BB AB BBBB BB BB AB BB AA BB2 1320 SNP_A-1693611 rs4604653 1 79663124 2.02 2.882.41 1.23 1.61 2.55 2.59 1.60 1.23 1.65 1.35 2.70 2.211.69 1.92 1.81 1.91 1.83 2.01 1.89 2.05 1.87 1.82 1.793.34 1.87 AA AA AA BB BB AA AA BBAB BB BB AB BB BB NoCall BB BB AB BBBB BB BB NoCall BB AA BB2 1321 SNP_A-1653518 rs1463758 1 79730335 1.55 1.741.91 2.02 1.69 2.24 1.86 0.97 1.41 2.04 1.65 2.46 1.322.18 1.77 2.23 2.08 2.91 2.31 2.42 3.14 2.02 1.74 2.153.36 2.18 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1322 SNP_A-1705619 rs10493656 1 79766184 1.65 1.672.42 2.06 1.70 2.39 1.81 1.37 1.63 1.94 1.69 2.05 1.921.95 2.23 2.59 2.07 2.27 2.42 2.23 2.21 2.01 2.06 1.842.47 1.80 AA AA AA AB AA AA AA BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall BB BB AA BB AB NoCall AA AB AB ABBB BB BB AA BB AA AB2 1323 SNP_A-1658714 rs10493654 1 79827374 1.31 1.681.87 1.73 1.71 2.20 0.93 1.02 1.57 1.87 1.38 2.24 2.391.93 1.88 2.36 2.01 2.54 2.09 2.23 2.16 1.98 1.51 1.472.22 1.51 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 1324 SNP_A-1729396 rs10493653 1 79827814 1.67 2.501.99 2.08 1.70 2.06 1.88 1.06 1.30 1.21 2.20 2.52 1.952.39 2.47 3.09 2.00 2.76 4.11 2.85 3.07 1.96 1.51 1.733.30 2.00 AA NoCall AA AA BB NoCall AA BBAA NoCall AA AB NoCall AB AA AA AA AA AAAB AB BB AA AA AA AA2 1325 SNP_A-1657443 rs10493652 1 79845111 1.85 1.642.22 2.16 1.69 2.62 2.78 1.00 1.12 2.06 0.83 2.10 1.952.45 2.67 2.88 2.02 2.29 1.34 1.55 2.21 1.99 1.87 1.162.22 1.84 BB BB BB BB BB BB BBNoCall AB AB AA BB BB BB BB BB BB BBNoCall AB BB BB BB AA BB NoCall2 1326 SNP_A-1684276 rs10493651 1 79845207 1.73 1.322.34 2.05 1.69 2.65 1.76 1.00 2.17 2.39 2.46 2.44 2.913.12 2.73 3.88 2.02 2.94 2.43 2.78 2.58 1.99 1.71 1.972.81 2.14 BB BB BB AB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB AB AB AB AA AB ABBB BB BB AB BB BB BB2 1327 SNP_A-1660037 rs722589 1 79886359 1.69 2.142.09 2.25 1.69 2.13 2.64 1.60 1.65 2.01 2.37 2.97 2.953.46 3.65 4.12 2.02 2.41 2.19 2.78 2.53 1.98 2.10 2.251.83 2.06 BB NoCall AA AB BB AB NoCall BBAB BB BB BB AB BB AB AB BB AB BBBB BB BB NoCall BB AA BB2 1328 SNP_A-1701423 rs10493650 1 79919949 1.98 4.972.19 1.98 1.71 2.38 2.80 1.67 1.59 2.23 2.23 3.21 1.792.73 3.06 3.65 2.05 2.02 2.29 2.55 2.21 2.01 2.16 2.881.80 2.41 BB BB BB BB BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB AB BB BB BB BB BBBB AB AB AA BB BB BB BB2 1329 SNP_A-1656309 rs10493649 1 79920080 2.16 2.622.33 2.03 1.71 2.50 2.80 2.03 1.84 2.99 1.78 3.48 1.842.65 2.65 3.01 2.05 2.50 1.40 2.31 2.94 2.01 2.75 3.441.68 2.60 AA BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 1330 SNP_A-1747799 rs7543390 1 79930595 1.76 2.531.96 1.88 1.71 2.29 2.08 2.17 1.45 2.42 1.80 3.67 3.072.46 2.19 2.66 2.05 1.71 1.98 1.92 2.25 2.01 2.16 2.592.00 1.90 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AA BB BB BB BB2 1331 SNP_A-1734912 rs952309 1 79950648 1.72 2.312.40 2.13 1.70 3.17 1.12 1.13 1.74 2.27 1.29 2.28 2.191.85 2.26 3.35 2.03 1.76 1.61 2.66 1.67 1.98 2.41 1.702.07 1.44 AA AB BB BB AA BB BB AAAB AB AA AA BB AB BB BB BB AB ABBB AB AA BB AA BB AB2 1332 SNP_A-1673386 rs1404071 1 79951328 1.70 2.192.23 1.98 1.70 2.44 1.54 1.39 1.68 2.25 1.43 3.05 1.962.01 2.10 2.70 2.03 2.25 1.25 2.03 2.39 1.98 2.45 2.081.61 1.79 AA AB BB BB AB BB BB AAAB AB AA AA BB AB BB BB BB AB ABBB AB AA BB AA BB AB2 1333 SNP_A-1728977 rs1404072 1 79951345 1.77 1.26

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.50 2.13 1.70 2.54 2.80 1.29 1.91 2.25 2.30 2.89 3.043.67 4.72 3.81 2.03 2.86 3.61 3.26 3.20 1.98 1.74 2.581.41 3.08 BB NoCall AA BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB NoCall BB NoCall NoCall BB BB BBNoCall BB BB NoCall BB AA BB2 1334 SNP_A-1713295 rs10493646 1 79979070 1.66 1.972.39 1.87 1.72 2.16 2.06 1.26 1.56 1.73 2.11 2.89 3.392.62 2.35 2.86 2.00 2.51 2.86 2.52 2.73 1.94 1.64 2.323.36 2.37 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1335 SNP_A-1700510 rs10493645 1 79994302 1.84 2.311.92 1.81 1.73 2.23 3.03 1.60 1.58 2.75 2.61 3.22 2.463.48 2.64 3.41 1.97 2.37 1.88 2.44 2.50 1.93 2.17 2.872.13 2.40 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1336 SNP_A-1689697 rs10493644 1 79995709 1.82 1.911.92 1.79 1.73 1.97 1.67 0.90 1.31 1.41 1.70 1.82 1.131.44 1.28 1.54 1.97 1.84 2.10 1.70 1.84 1.93 1.49 1.532.27 2.29 AA NoCall BB BB BB BB BB AABB AB AA AA BB AB BB BB BB AB ABBB AB AA BB BB BB BB2 1337 SNP_A-1722614 rs10518614 1 80029508 1.59 2.782.06 1.98 1.69 2.18 1.60 1.38 1.34 1.72 1.66 2.09 2.412.34 2.23 2.88 1.97 1.97 2.10 2.37 1.71 1.89 1.62 1.161.94 1.69 AA AA AA AA BB AA AANoCall NoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA BB AA AA2 1338 SNP_A-1689342 rs1830893 1 80073976 1.66 1.472.27 1.52 1.69 2.32 1.54 1.43 1.81 2.38 1.61 2.16 3.252.57 2.08 3.62 1.97 2.19 1.30 2.50 2.24 1.89 2.29 1.811.49 1.69 BB NoCall AB AA BB NoCall BB BBBB BB AA BB AB AB NoCall AB AA BB AAAB BB BB NoCall BB NoCall BB2 1339 SNP_A-1659102 rs10493642 1 80075355 1.20 1.811.84 1.77 1.69 1.86 1.50 1.31 1.53 1.86 2.51 2.01 2.752.74 2.50 3.01 1.97 2.50 3.22 2.59 20.59 1.89 1.17 1.382.48 1.92 BB AB AA AA BB AA AB BBAA AA AA AB AA AB AA AB AA BB AAAA AB BB AA BB AB AA2 1340 SNP_A-1753911 rs10493641 1 80076097 1.21 2.061.48 1.22 1.69 1.80 1.34 1.71 1.06 1.65 1.42 2.68 2.461.94 1.53 2.36 1.97 1.97 1.28 2.05 2.10 1.89 1.32 1.541.94 1.35 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AB AA AA AB AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AB2 1341 SNP_A-1676856 rs10493640 1 80077112 1.73 1.241.42 1.57 1.69 0.64 1.58 1.14 0.58 1.68 1.37 2.49 1.731.62 1.51 1.80 1.97 2.39 1.61 1.91 1.21 1.89 1.61 1.771.95 1.90 AA AB AB BB BB NoCall AA AANoCall AA BB AA AB AB AB AB BB AA BBAB AA AA NoCall AA AB AA2 1342 SNP_A-1699861 rs10493639 1 80077383 1.64 2.232.25 2.06 1.69 0.91 1.60 1.66 0.93 2.44 1.33 2.14 1.631.68 1.97 2.11 1.98 2.01 1.36 2.17 1.16 1.85 2.05 1.921.72 1.48 AA AA AA AA BB AA AA AABB AA AA AB AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1343 SNP_A-1681344 rs10493638 1 80081263 1.47 1.742.21 1.93 1.70 2.33 1.66 1.11 1.42 2.14 1.56 2.71 2.481.87 1.92 2.61 1.97 2.24 2.58 2.49 2.42 1.84 2.03 1.903.08 1.87 BB NoCall AA AA BB AA BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AB AA AB AA AB AA BB AAAA AB BB AA BB AB AA2 1344 SNP_A-1685026 rs10493637 1 80081310 1.47 1.821.84 1.76 1.70 1.99 1.83 1.55 1.34 2.07 1.92 3.19 3.442.18 2.17 2.96 1.97 2.49 2.34 2.54 2.62 1.84 1.76 1.892.58 1.43 AA AA AB AA BB AA AA AAAB BB AA AB AB AA AB AA AA AA AAAB AB AA AA AA AA BB2 1345 SNP_A-1727076 rs10493631 1 80189901 1.59 2.282.65 1.93 1.67 2.34 2.12 1.29 1.44 2.00 2.02 1.92 2.382.29 2.13 2.35 1.91 2.38 2.29 2.47 2.09 1.80 1.73 2.432.49 1.87 AA NoCall NoCall AA BB BB AA AAAB AB AA AB AB AA NoCall AB AA AA ABAA AA AA AA AA AA AB2 1346 SNP_A-1676404 rs1340682 1 80195427 1.96 2.342.54 2.31 1.67 2.26 1.91 2.06 1.64 2.14 1.64 1.66 2.532.15 2.15 2.46 1.91 2.49 1.99 2.14 2.32 1.80 2.12 2.122.25 1.87 AA AB BB AA BB BB AA AABB AB AA AB BB AA NoCall AB AA AA ABAB AA AA NoCall AA AA NoCall2 1347 SNP_A-1740727 rs952312 1 80195995 1.70 1.951.83 2.09 1.67 2.19 1.26 1.03 1.34 2.15 1.60 2.02 2.791.91 2.03 2.77 1.91 2.02 2.21 2.15 1.89 1.80 2.18 1.491.85 1.45 AA AA NoCall AA BB AA AA AANoCall AB AA AA AB AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 1348 SNP_A-1692006 rs2388956 1 80196027 1.47 2.111.79 1.78 1.67 2.17 1.38 1.46 1.49 1.69 1.58 2.64 3.082.08 2.25 2.95 1.91 2.19 2.01 2.12 2.27 1.80 1.81 1.652.06 1.57 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1349 SNP_A-1647950 rs10493657 1 80224874 1.71 3.742.22 1.95 1.68 2.59 2.45 2.03 1.51 2.50 1.17 3.02 1.401.45 1.45 1.44 1.87 2.07 1.28 1.58 2.07 1.80 2.49 2.032.69 1.92 BB BB BB BB AA BB BB BBNoCall BB BB AB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1350 SNP_A-1711496 rs10493658 1 80225727 1.92 2.962.36 2.17 1.68 2.74 1.90 2.22 1.76 2.60 1.09 2.00 1.201.55 1.40 1.14 1.87 1.67 1.14 1.25 1.64 1.80 2.20 1.742.16 1.29 AA AB NoCall AA BB NoCall AA AANoCall NoCall AA AB BB NoCall NoCall NoCall AA AANoCall AB AA AA AB AA AA AB2 1351 SNP_A-1705349 rs10518631 1 80225811 1.71 3.452.23 1.95 1.68 2.51 2.26 2.77 1.65 2.09 1.42 2.40 1.502.09 2.11 1.87 1.87 1.66 1.20 1.35 2.02 1.80 2.63 1.931.68 1.85 BB AB AB BB AA AA BB BBBB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1352 SNP_A-1673822 rs6424682 1 80226565 1.94 3.202.91 2.01 1.68 3.23 3.39 2.52 1.94 3.43 1.61 2.09 2.312.17 2.11 2.13 1.87 1.88 1.37 1.74 2.14 1.80 3.01 2.882.79 2.23 AA NoCall BB AA AA BB NoCall AABB BB AA AB BB AA NoCall NoCall AA AA ABAB AA AA NoCall AA AA NoCall2 1353 SNP_A-1745672 rs2388959 1 80235110 1.76 2.422.84 2.34 1.67 2.39 1.82 1.23 1.64 2.53 2.02 2.72 3.212.72 2.60 3.27 1.86 2.44 2.50 2.61 2.49 1.78 2.40 2.282.46 2.22 AA AB AB AA AA BB AA AAAA AB AA AA AB AA AA AB AA AA ABAA AA AA AA AA AA AB2 1354 SNP_A-1657201 rs10493659 1 80235207 1.60 2.79

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.57 1.88 1.67 2.35 1.91 1.47 1.30 1.92 1.91 2.74 2.532.13 2.27 2.99 1.86 2.08 2.27 2.18 2.60 1.78 1.92 3.131.91 2.47 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB AB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1355 SNP_A-1738923 rs1414411 1 80250210 1.69 1.542.20 2.30 1.66 2.62 1.54 0.77 1.63 2.32 1.65 1.37 2.142.29 2.11 2.72 1.85 2.61 2.44 2.12 2.25 1.77 1.64 1.823.05 1.85 BB AB AB BB BB BB BB BBAA AB BB AB AB BB AB BB BB BB BBAB BB BB AB AA BB AA2 1356 SNP_A-1661486 rs2211432 1 80406398 1.16 1.811.52 1.58 1.67 1.63 1.66 1.26 1.10 1.42 1.91 2.80 2.642.63 2.26 2.84 1.91 1.85 1.70 2.23 2.05 1.83 1.47 1.321.73 1.75 AA AA NoCall AB BB AB NoCall AAAA AA AA AA AA AB BB AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1357 SNP_A-1749249 rs1418819 1 80435652 2.06 3.212.08 1.86 1.64 3.26 2.57 2.88 1.70 2.90 1.45 2.07 1.171.43 1.88 1.46 1.93 1.86 1.45 1.41 1.82 1.83 2.27 2.622.67 2.32 BB BB AB AB BB NoCall AB BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB AB AB2 1358 SNP_A-1669521 rs1776327 1 80470662 1.42 2.091.79 2.02 1.63 2.22 2.63 1.34 1.71 1.91 2.39 2.50 2.253.44 3.21 4.05 1.93 2.07 3.57 3.07 2.12 1.84 1.61 2.463.45 2.53 AA NoCall AB BB AB BB AB AABB AB AA AA AB AB BB AB NoCall AA ABBB AA AA BB BB BB AB2 1359 SNP_A-1659612 rs1416467 1 80470749 1.48 2.491.67 1.53 1.63 2.24 1.50 1.92 1.39 1.81 1.77 3.08 1.732.08 2.36 2.93 1.93 2.27 1.44 2.07 2.61 1.84 1.66 1.581.41 1.57 BB AB AB AB AB AA NoCall BBAA AB BB BB BB AB AA AB AB BB BBAB BB BB AA AA AA AB2 1360 SNP_A-1644020 rs10493662 1 80521055 1.35 1.451.94 1.73 1.58 2.03 1.10 0.97 1.53 1.63 1.45 2.26 2.552.09 1.67 2.29 1.96 2.19 1.97 2.51 2.20 1.88 1.55 1.431.70 1.30 AA AA AA AA AA AA AB AANoCall AA BB AB BB AA AA BB AA AA ABAB AB AA AA AA BB AB2 1361 SNP_A-1644644 rs951258 1 80548902 1.46 2.732.37 2.30 1.56 2.47 0.96 0.80 1.74 1.97 1.69 2.07 1.932.25 1.87 2.81 1.93 2.59 2.51 2.91 2.34 1.86 1.88 1.422.04 1.27 BB BB BB BB AB BB NoCall BBAA BB AA AB AA BB AB AA BB BB ABAB AB BB BB BB AA AB2 1362 SNP_A-1681954 rs10493671 1 80554488 1.40 1.542.15 1.92 1.56 1.95 1.69 1.18 1.43 1.62 2.19 3.01 3.582.54 2.75 2.88 1.94 3.16 3.58 3.03 3.02 1.85 1.88 1.522.95 1.80 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB NoCall2 1363 SNP_A-1727493 rs1365752 1 80568982 1.63 3.211.99 1.91 1.56 2.18 1.56 1.12 1.43 1.84 2.55 3.81 2.792.20 2.73 3.46 1.94 2.03 2.09 2.63 2.49 1.85 1.68 1.812.12 1.92 AA AA AA AA AB AA AB AABB AA BB AB BB AA AB BB AA AA ABAB AB AA AA AA BB AB2 1364 SNP_A-1681496 rs1896250 1 80569215 1.64 2.131.91 2.15 1.56 2.29 1.76 1.47 1.50 1.93 2.24 3.69 2.903.03 2.67 3.93 1.94 1.79 2.51 2.49 2.18 1.85 1.89 1.992.15 1.91 BB BB BB BB AB BB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA BB AA AB AA BB NoCall AA BB BB ABAB AB BB BB BB AA AB2 1365 SNP_A-1737832 rs10518644 1 80591918 1.96 1.662.04 2.04 1.56 2.83 1.87 0.98 1.84 2.48 2.36 2.13 2.002.76 2.59 3.71 1.97 2.81 3.03 3.09 2.96 1.85 2.24 1.902.48 1.74 AA BB AB BB BB BB NoCallNoCall BB NoCall BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB BB2 1366 SNP_A-1721201 rs2389054 1 80667974 1.69 1.731.87 1.80 1.58 2.14 2.15 0.80 1.54 1.96 2.18 2.12 2.533.04 2.51 3.30 2.04 2.81 3.45 2.54 2.91 1.87 1.45 2.083.08 2.58 BB BB AB AB BB AA NoCallNoCall AA BB AA AA AB AA AA AA AA ABAA AB AB AA AA AA AA BB2 1367 SNP_A-1678146 rs718003 1 80668340 1.17 1.641.96 2.01 1.58 2.02 0.99 0.67 1.37 1.70 1.37 2.08 2.111.92 1.79 2.48 2.04 2.17 2.19 2.10 2.01 1.87 1.44 1.472.26 1.26 AA NoCall NoCall NoCall BB BB NoCall BBBB AA BB BB AB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB AA2 1368 SNP_A-1648002 rs10493665 1 80705871 1.80 1.622.29 2.35 1.58 2.54 1.63 0.92 1.74 2.19 1.49 2.38 2.171.93 2.00 2.48 2.05 1.89 2.02 2.34 2.04 1.88 2.35 1.622.39 0.92 BB BB BB BB AA BB BBNoCall BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB AA2 1369 SNP_A-1648528 rs1279688 1 80783454 2.32 1.852.15 2.39 1.58 2.39 2.03 1.24 1.81 2.54 1.13 2.14 1.391.30 1.42 1.43 2.08 1.89 2.19 1.54 1.85 1.90 2.19 1.812.65 2.01 BB AB AA AA BB AB AB AAAA AB AA AA AA NoCall AB AA AA AA BBAA AA AA NoCall NoCall AB BB2 1370 SNP_A-1666498 rs1342412 1 80799981 1.94 4.432.19 2.03 1.60 2.54 2.54 1.17 1.50 2.34 1.55 2.50 1.272.02 2.29 2.08 2.08 2.09 2.70 2.02 2.07 1.88 2.29 2.803.05 2.73 NoCall NoCall BB BB BB AB NoCall BBBB AB BB BB BB NoCall NoCall BB BB BB AABB BB BB AB AA AB AA2 1371 SNP_A-1690201 rs10493672 1 80823814 1.63 3.241.92 1.88 1.54 2.47 2.37 1.17 1.55 2.37 1.48 2.69 1.991.83 2.12 2.39 2.09 2.09 1.72 2.47 2.79 1.86 1.97 2.132.54 1.62 BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1372 SNP_A-1690868 rs10518646 1 80839837 1.40 1.992.60 2.13 1.57 2.61 1.82 1.09 1.93 2.60 1.74 2.33 2.261.97 2.34 2.83 2.09 2.15 1.75 2.28 2.37 1.86 2.33 2.262.18 2.32 AA AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1373 SNP_A-1651692 rs1298129 1 80842481 1.48 2.071.73 1.93 1.60 1.99 1.78 0.68 1.27 1.68 1.69 2.40 1.592.15 2.33 2.46 2.07 2.27 2.00 2.16 2.26 1.87 1.66 1.812.26 1.85 AA AB BB BB BB AA NoCall BBAB AB BB BB BB AB NoCall BB BB BB ABBB BB BB NoCall AA AB AA2 1374 SNP_A-1711828 rs10493674 1 80854632 1.61 3.871.81 1.61 1.60 2.45 1.74 0.91 1.46 2.19 0.99 2.12 1.091.33 1.36 1.27 2.07 1.95 1.42 1.38 2.09 1.87 2.04 1.712.69 1.62 BB AB AA AA AA BB AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA ABAA AA AA AB AA AA BB2 1375 SNP_A-1755106 rs10493675 1 80855142 1.54 2.45

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.21 1.95 1.60 2.27 2.20 1.29 1.88 2.31 1.67 2.67 1.841.89 2.41 2.37 2.07 2.78 1.86 2.30 2.79 1.87 1.95 2.252.70 2.00 BB AB AA AA BB BB NoCallNoCall AA AA AA AA AA AB AA AA AA AAAB AA AA AA AB AA AA BB2 1376 SNP_A-1654231 rs1832331 1 80873358 1.55 2.211.96 1.71 1.61 2.31 1.63 1.00 1.67 1.89 1.67 2.25 2.112.23 2.34 2.98 2.07 2.16 1.70 2.25 2.40 1.87 2.00 2.061.57 1.82 BB AB BB BB BB AB NoCallNoCall NoCall BB BB BB BB AB BB AB BB BBAB BB AB BB AB BB BB BB2 1377 SNP_A-1716683 rs1591678 1 80888871 1.82 1.662.15 2.05 1.61 2.13 2.58 0.98 1.57 2.38 1.61 2.30 4.622.08 2.41 2.61 2.07 2.21 2.01 2.55 3.49 1.87 2.13 2.492.05 3.01 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AB AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA NoCall2 1378 SNP_A-1662836 rs841665 1 80889752 1.39 4.252.54 1.76 1.61 2.35 1.64 0.98 1.60 2.17 2.10 3.35 2.642.53 2.44 3.65 2.07 2.87 2.36 3.21 2.66 1.87 2.72 2.301.97 1.66 AA AA NoCall AB AA AA NoCall BBAB BB BB BB AB AA AB AA BB AB AAAB AB BB AB AA AA AA2 1379 SNP_A-1659442 rs10493677 1 80890427 1.67 1.392.12 2.03 1.61 2.34 1.94 0.78 1.39 1.89 2.17 2.75 2.232.64 2.61 2.91 2.07 2.33 3.20 2.71 2.62 1.87 1.52 2.363.12 2.20 BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB AB AB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB AB2 1380 SNP_A-1739953 rs2181719 1 80970894 1.84 2.071.80 1.57 1.62 2.02 4.09 1.73 2.04 2.46 1.84 2.65 2.042.53 2.84 2.47 2.08 2.65 2.55 2.05 3.17 1.88 1.93 3.292.53 2.99 AA AB AB AB BB AB BB AANoCall AA BB AA NoCall NoCall AA AA AA NoCall BBAB NoCall AA AB AA AA AA2 1381 SNP_A-1644962 rs2147085 1 80971158 1.63 2.031.82 1.82 1.62 2.26 1.27 1.14 1.86 2.09 1.09 2.09 1.351.45 1.42 1.84 2.08 1.86 1.35 1.75 1.77 1.88 1.93 1.591.92 1.50 BB AB AB AB BB AB BBNoCall NoCall AA BB AA AB AB AB AA AA ABBB AB AB AA AB AA AA AA2 1382 SNP_A-1659756 rs4650488 1 80995749 1.66 3.212.20 2.15 1.65 2.41 2.20 1.53 1.61 2.22 2.04 3.56 2.102.74 2.31 2.11 2.07 2.50 2.24 1.96 2.73 1.88 1.96 2.131.75 2.19 BB BB BB AB AA BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB AA BB2 1383 SNP_A-1754063 rs10493681 1 81082965 1.87 1.721.92 2.02 1.64 2.31 2.29 1.04 1.42 1.86 1.47 2.35 1.471.92 1.90 2.12 2.03 1.89 2.66 1.79 2.11 1.86 1.54 1.942.27 2.05 AA BB AB BB BB AA AB BBAA AA AA AB AB AB BB AB AA AA BBAB AB AA AB AA AB AA2 1384 SNP_A-1692574 rs10493683 1 81090790 1.65 2.052.76 2.36 1.72 2.67 1.89 0.80 1.86 2.45 1.51 2.19 1.912.01 2.52 2.78 2.04 2.05 2.49 2.22 2.25 1.87 1.94 1.912.66 1.82 AA BB BB BB BB AA BB BBAA AA AA AB AB AB BB AB AA AA BBAB AB BB AB AA AB AA2 1385 SNP_A-1716271 rs10493684 1 81090950 1.79 1.992.45 2.20 1.72 3.10 2.07 0.92 2.07 2.78 1.44 2.21 1.511.87 2.40 2.64 2.04 2.62 1.85 2.19 2.27 1.87 2.39 1.752.33 1.87 AA BB BB BB BB AA BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AB AB AB BB AB AA AA BBAB AB BB NoCall AA AB AA2 1386 SNP_A-1716777 rs2152989 1 81091216 1.58 2.042.17 2.18 1.72 2.27 2.20 0.87 1.50 1.78 2.37 3.05 2.502.95 2.82 3.58 2.04 2.52 2.93 2.68 2.85 1.87 1.42 1.892.96 2.22 AA BB BB BB BB AA BB BBAA AA AA AB AB AB BB AB AA AA BBAB AB BB AB AA AB AA2 1387 SNP_A-1675013 rs2152988 1 81091259 1.85 1.522.41 2.34 1.72 2.66 1.78 0.78 1.78 2.37 1.90 2.78 2.472.58 2.42 3.59 2.04 2.30 3.11 2.76 2.30 1.87 1.66 1.202.65 1.28 BB AA AA AA BB BB AA AABB BB BB AB AB AB AA AB BB BB AAAB AB AA NoCall BB AB BB2 1388 SNP_A-1685178 rs1365523 1 81165839 1.39 1.482.22 2.26 1.73 2.47 1.29 0.51 1.90 2.05 1.25 1.74 1.101.63 1.67 2.13 1.96 2.39 1.81 1.97 2.01 1.85 2.07 1.022.15 1.77 BB AA AA AA BB BB AA AAAB AB AA AB AB AB AA BB AA AB AAAB AA AA AA NoCall AA AA2 1389 SNP_A-1739341 rs1195764 1 81230316 1.88 1.982.07 1.94 1.71 2.48 3.16 1.30 1.64 2.22 2.03 2.25 2.702.93 2.96 4.02 1.95 2.45 3.01 2.73 2.58 1.81 2.03 2.703.11 2.20 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1390 SNP_A-1672404 rs1426783 1 81230803 1.35 3.141.64 1.64 1.71 2.30 1.72 1.26 1.60 1.79 1.71 2.78 2.482.38 2.47 3.15 1.95 1.83 1.37 2.55 2.41 1.81 1.76 2.121.34 1.65 BB AB AA AB BB BB AA BBBB AA BB AA BB AA NoCall AA AB AB ABAB AA AA AB BB AB BB2 1391 SNP_A-1739893 rs535757 1 81280000 1.89 2.162.10 1.94 1.72 2.31 1.74 1.26 1.59 2.40 1.41 2.58 1.701.63 1.51 1.64 1.97 1.66 1.60 1.64 1.99 1.90 1.95 1.702.29 1.94 BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1392 SNP_A-1642529 rs1146408 1 81293894 1.42 2.792.23 1.77 1.72 2.58 2.17 1.22 1.67 2.59 1.08 2.00 0.981.17 1.37 1.16 1.97 2.06 1.28 1.60 1.97 1.90 2.28 1.932.40 1.85 NoCall BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB AB BBNoCall BB BB BB BB BB AB BB2 1393 SNP_A-1704765 rs2031776 1 81328346 2.13 2.233.41 2.77 1.72 3.21 2.12 1.17 2.50 2.69 2.75 2.24 3.213.03 2.56 4.06 1.97 2.46 3.06 3.18 2.42 1.90 2.37 2.182.66 2.22 AA NoCall NoCall BB AB AB NoCall AAAA BB BB AB AA BB AB BB AB AB ABAA AA AA AA BB AB BB2 1394 SNP_A-1704981 rs6682877 1 81332779 1.45 2.241.88 1.71 1.72 2.04 1.73 1.59 1.46 1.96 1.33 2.79 1.731.95 1.66 1.95 1.97 1.91 1.67 1.73 2.07 1.90 2.03 1.581.74 1.63 BB NoCall NoCall AA BB AB NoCall BBBB AA AA BB BB NoCall NoCall AA BB AB BBBB BB BB BB AA BB AA2 1395 SNP_A-1711724 rs10493685 1 81334222 2.15 2.932.70 2.21 1.71 2.88 2.70 2.38 1.90 3.21 1.66 2.37 1.781.92 2.34 2.56 1.97 1.99 2.39 1.83 2.57 1.91 2.88 2.693.00 2.15 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA NoCall NoCall AA AB AANoCall AA AA AA AA AA AB AA2 1396 SNP_A-1751271 rs3850864 1 81334483 1.50 2.22

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.17 2.00 1.71 2.46 2.55 1.40 1.56 1.97 1.52 2.36 1.471.56 1.94 1.91 1.97 3.04 2.00 2.06 2.90 1.91 1.95 2.203.03 2.14 AA AB AB BB AA AB AB AAAA BB NoCall AB AA BB AB BB AB AB ABAA AA AA AA BB AB BB2 1397 SNP_A-1656717 rs1934120 1 81377039 1.61 2.962.64 2.13 1.69 2.69 2.30 0.72 2.04 2.51 1.44 1.79 1.381.74 1.86 3.63 1.95 2.04 1.34 2.24 1.67 1.88 2.62 1.591.44 1.83 AA AB AA AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 1398 SNP_A-1661085 rs1410091 1 81454907 1.53 1.741.76 1.88 1.74 2.21 1.40 0.86 1.43 1.83 1.22 1.90 1.621.65 1.99 1.90 1.95 2.18 1.16 1.83 1.90 1.90 1.98 1.501.65 1.47 AA AB AB AA AB AA AB AAAA AA AA AA AA BB AA AB AB BB AABB BB AA NoCall AA AB AB2 1399 SNP_A-1747045 rs4362025 1 81508102 1.41 2.271.68 2.02 1.84 2.29 1.26 1.20 1.62 1.70 1.41 2.78 1.502.02 1.85 2.33 1.96 2.19 1.83 2.19 2.24 1.87 1.77 1.541.85 1.52 BB AB AA BB BB BB NoCall BBAB BB BB AA BB BB NoCall AB BB BB ABBB AB BB AB BB NoCall AB2 1400 SNP_A-1725392 rs1327601 1 81517667 1.78 2.273.03 2.45 1.87 2.89 2.23 2.40 1.92 2.47 2.71 3.08 3.162.34 2.94 3.37 1.98 2.96 2.91 2.89 3.55 1.94 2.76 2.472.79 2.24 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB NoCall BB BB AB BB NoCall BB BB BB BBBB BB AA NoCall NoCall BB BB2 1401 SNP_A-1747795 rs10493694 1 81708498 1.90 1.612.37 2.22 1.93 2.83 2.76 1.85 1.69 2.32 2.85 2.33 3.703.84 3.63 5.05 1.98 2.79 3.43 2.77 2.88 1.92 1.97 2.472.53 2.50 BB NoCall AB BB AB AA BB BBBB BB BB AB BB AB NoCall AA AB AB ABBB AB BB BB BB BB BB2 1402 SNP_A-1643079 rs10493693 1 81717872 1.71 2.582.17 1.88 1.93 2.69 1.73 2.32 1.66 2.20 1.19 2.57 2.271.68 1.86 1.76 1.97 1.73 1.52 1.69 1.71 1.91 2.25 1.721.89 1.43 AA AA AA AA BB AA AA AAAA NoCall AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 1403 SNP_A-1698431 rs10518656 1 81718889 1.72 2.252.45 2.07 1.93 2.73 2.02 1.85 1.65 2.11 1.67 2.42 2.401.69 1.82 1.82 1.97 2.20 2.53 2.15 1.99 1.91 1.76 2.153.08 1.96 AA AB AA AA BB AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA AA AB AB AAAB AB AA AA AA AA AB2 1404 SNP_A-1724260 rs10493692 1 81724905 1.37 2.141.86 1.84 1.93 2.11 2.07 2.22 1.63 1.83 2.55 1.97 1.912.15 2.58 2.51 1.97 1.56 1.22 1.91 1.53 1.91 2.97 1.761.25 1.45 AA AA AA AB AB AA NoCallNoCall AA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AAAB AA AA BB NoCall AA AA AA2 1405 SNP_A-1725382 rs10493695 1 81765408 1.49 2.392.23 2.17 1.96 2.44 2.15 1.60 1.36 2.01 1.98 2.82 1.972.27 1.90 2.22 2.01 2.75 3.16 2.72 3.05 1.93 1.80 1.924.19 1.35 AA AA AA NoCall AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AB AA AB AB AAAA AA BB NoCall AA AA AB2 1406 SNP_A-1657259 rs1408425 1 81766175 2.16 1.842.89 2.40 1.96 3.01 2.39 1.56 1.86 2.69 2.51 2.46 2.592.74 2.30 3.81 2.01 2.42 3.21 3.03 2.65 1.93 2.84 2.232.49 2.27 AA AA AA AB AB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB AA AA AA AA AA AB AA AB AB AAAA AA BB NoCall AA AA AB2 1407 SNP_A-1654281 rs10493700 1 81804882 1.47 1.602.07 1.92 1.90 2.51 1.17 1.33 1.71 1.78 1.81 2.04 2.981.91 2.50 3.04 1.98 2.54 2.18 2.77 2.07 1.78 1.90 1.762.07 1.67 AA AA AA AB BB AA AB AAAA AA AA AA AB AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1408 SNP_A-1691154 rs10493699 1 81805123 1.59 2.271.73 1.68 1.90 2.73 2.01 2.41 2.00 2.29 1.61 2.09 2.471.98 2.42 2.59 1.98 2.06 0.96 2.22 2.06 1.78 2.22 2.261.32 1.85 AA AA NoCall NoCall BB AA NoCall AAAA AA AA AA AB AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1409 SNP_A-1662542 rs10493697 1 81813527 1.73 2.272.13 2.17 1.88 2.36 1.82 2.23 1.84 2.28 2.09 1.93 2.682.17 2.33 2.74 1.99 2.18 2.08 2.75 2.24 1.78 2.23 2.321.92 1.96 BB AB AB AA AB AB NoCall AANoCall AB BB AB AB AA AB AA AA AA ABBB AA AA AA AA BB AA2 1410 SNP_A-1710171 rs956250 1 81814098 1.74 1.772.35 2.16 1.88 2.61 1.35 1.98 1.89 2.08 2.05 3.20 4.822.68 3.04 4.10 1.99 2.16 2.10 3.11 2.33 1.78 2.55 1.871.43 1.71 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBBB BB BB BB AB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1411 SNP_A-1699505 rs10493696 1 81814945 1.36 2.071.88 1.70 1.88 2.23 1.57 1.74 1.71 1.73 1.21 2.03 1.851.40 1.94 1.80 1.99 1.91 1.23 2.07 1.95 1.78 2.01 1.651.53 1.39 NoCall AB NoCall BB AB NoCall AB BBAB AB AA AB AB BB AB BB BB BB ABAA BB BB BB BB AA BB2 1412 SNP_A-1672190 rs9285611 1 81895076 1.37 2.571.83 1.90 1.83 2.38 1.81 1.83 1.47 1.97 1.66 2.37 2.712.07 2.41 2.42 2.02 1.81 1.43 1.88 2.25 1.79 2.12 1.951.09 1.55 BB NoCall BB BB AB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB AB BBBB AA BB BB BB BB AB2 1413 SNP_A-1703389 rs10493702 1 81957164 2.10 2.652.61 2.24 1.83 2.86 3.18 2.16 2.04 3.12 1.47 2.22 2.031.77 1.64 1.76 2.02 1.90 2.06 1.85 2.07 1.79 2.73 2.982.12 2.58 BB NoCall AB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB AB NoCall AA BB BB BBBB BB BB AA BB NoCall BB NoCall2 1414 SNP_A-1643872 rs1342131 1 82004271 1.01 2.641.71 1.84 1.74 2.15 1.80 1.19 1.32 1.87 1.89 3.58 3.302.14 2.36 2.63 2.03 2.46 2.35 2.51 1.98 1.79 1.88 1.832.26 1.81 AA AB AA AB BB BB BB BBNoCall BB BB AB AB BB AA AB BB BB ABAB NoCall AA AA BB BB BB2 1415 SNP_A-1657898 rs2066274 1 82043293 1.02 1.952.16 1.80 1.71 3.16 1.44 0.95 1.46 2.97 0.98 1.69 1.071.30 1.41 1.20 2.01 2.44 1.46 1.47 1.66 1.71 1.50 1.883.01 1.89 AA AB AB AB BB AA AA AAAA AA AA AB AB AA BB AB AA AA ABAB AA BB AB AA AA AA2 1416 SNP_A-1675565 rs6684529 1 82054484 1.74 1.642.24 1.88 1.71 2.33 1.83 1.06 1.75 2.09 2.05 2.14 2.372.55 2.41 2.79 2.01 2.30 3.32 2.62 2.36 1.71 1.86 2.222.75 1.92 AA NoCall AA AA BB NoCall NoCallNoCall AA AB BB AB AB NoCall AA AA BB ABAB AA NoCall AA AA BB AA AA2 1417 SNP_A-1727317 rs982929 1 82054600 1.54 2.62

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.91 1.64 1.71 2.01 1.72 1.25 1.62 2.03 1.47 2.80 2.101.84 2.31 2.19 2.01 2.17 1.53 2.29 2.55 1.71 2.31 1.991.94 1.55 BB AB BB AB AB AA NoCall AAAB AA AA AB AB AA BB AB AA AA ABAB AB BB BB AA AA AB2 1418 SNP_A-1646736 rs371363 1 82061375 1.73 2.252.34 2.15 1.72 2.64 2.35 1.37 1.70 2.59 1.62 2.65 2.862.10 2.34 2.24 2.04 2.50 2.48 2.45 2.38 1.72 2.02 2.432.72 2.09 BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1419 SNP_A-1642575 rs665458 1 82072690 1.69 2.602.11 1.89 1.68 2.70 1.89 1.48 1.78 2.74 1.27 2.24 1.901.75 2.15 2.22 2.10 2.22 1.05 1.98 2.82 1.72 2.74 2.431.56 2.01 BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB AB BB BB BBBB AB BB NoCall BB BB BB2 1420 SNP_A-1671138 rs3790889 1 82124621 1.86 1.792.63 2.29 1.68 1.91 2.34 1.12 1.76 2.37 0.52 1.80 2.292.37 3.06 2.21 2.10 2.83 1.18 2.52 2.89 1.72 2.57 0.702.16 2.53 AA AB AA BB AB NoCall AANoCall NoCall AB NoCall BB AB AB AA AA AA AAAA BB AA AA AA NoCall AA BB2 1421 SNP_A-1753325 rs3790888 1 82124732 2.17 3.752.57 2.52 1.68 1.97 1.45 0.88 2.06 1.55 0.38 1.83 2.242.76 3.02 2.28 2.10 2.73 1.59 3.83 2.51 1.72 2.05 0.332.41 2.40 AA NoCall AA BB AB BB AA BBBB AB NoCall BB AB AB AA AA AA AA AABB AA AA AA NoCall AA BB2 1422 SNP_A-1652038 rs10493708 1 82283207 2.48 2.372.80 2.16 1.63 2.45 2.72 1.35 1.58 2.36 1.61 2.90 1.911.84 1.62 1.88 2.09 1.87 2.10 2.23 2.16 1.73 2.14 2.203.68 2.99 NoCall AB NoCall NoCall AB AB AA BBAA AB AA AA BB NoCall AB NoCall BB BB ABAA BB BB NoCall BB AB AA2 1423 SNP_A-1710746 rs10493710 1 82374748 1.62 2.392.04 1.82 1.74 2.56 1.94 0.85 1.50 3.22 0.86 1.80 0.931.13 0.81 1.14 2.04 2.20 1.12 1.18 1.94 1.74 1.44 1.493.20 1.86 BB BB BB AB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB BB BB BB ABBB BB BB AB BB BB BB2 1424 SNP_A-1685358 rs10493709 1 82421197 1.36 2.211.59 1.54 1.74 2.08 2.15 1.09 1.26 1.72 1.37 2.38 2.021.69 2.03 2.22 2.04 2.08 1.88 2.13 2.49 1.74 1.48 1.832.56 2.18 BB AB AB AB AB AB AA AABB BB BB AB BB BB AB BB BB BB ABAB BB BB AA BB BB AB2 1425 SNP_A-1693513 rs2784743 1 82434461 1.53 1.731.98 1.85 2.59 2.18 1.46 1.23 1.49 1.89 1.63 2.70 2.691.85 1.81 2.29 2.10 2.22 3.10 2.60 2.48 1.83 1.64 1.513.23 1.39 AA AA AB NoCall AA AB NoCall BBAA AA AA AA AA AA AB AA AA AA ABAB AA AA BB AA AA AB2 1426 SNP_A-1644464 rs3850862 1 82439143 1.47 1.921.64 1.67 2.59 1.76 2.16 1.32 1.22 1.47 2.39 3.24 3.512.83 3.00 3.94 2.10 2.19 3.11 2.91 2.48 1.84 1.26 2.062.21 1.67 BB AB AB AB AB AB AANoCall BB BB BB AB BB BB AB BB BB BBAB AB BB BB NoCall BB BB AB2 1427 SNP_A-1728187 rs3887286 1 82444631 1.54 1.902.81 2.60 2.60 3.54 2.63 1.39 1.72 2.04 2.49 2.81 3.223.11 3.78 4.26 2.10 3.02 2.42 2.69 2.67 1.84 2.55 2.172.18 2.07 BB BB NoCall NoCall AB NoCall NoCall AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB ABAB BB BB AA BB BB AB2 1428 SNP_A-1681310 rs1032882 1 82453338 1.76 2.132.11 1.90 2.60 2.24 2.77 1.53 1.68 2.31 2.03 3.08 3.072.50 2.75 2.97 2.10 2.22 1.80 2.36 2.71 1.84 2.29 2.921.95 2.34 BB AB AB AB AB AB AA AABB BB BB AB BB BB AB BB BB BB ABAB BB BB AA BB BB AB2 1429 SNP_A-1747269 rs1344337 1 82453515 1.92 1.882.21 1.97 2.60 2.38 2.61 1.74 1.56 2.79 1.68 2.05 2.852.46 2.69 3.02 2.10 2.04 2.26 2.31 2.18 1.84 2.02 2.382.30 2.13 BB BB AB AB AA AB NoCall AABB BB BB BB BB BB AB BB BB BB ABAB BB BB AA BB BB NoCall2 1430 SNP_A-1654513 rs996725 1 82474430 1.35 2.271.74 1.60 2.62 1.94 1.76 1.99 1.68 1.77 1.47 2.16 2.051.99 1.90 2.22 2.11 1.87 1.31 1.86 1.77 1.84 1.85 1.561.60 1.75 AA AA AB AB AB NoCall NoCall BBAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA ABAB AA AA BB AA AA AB2 1431 SNP_A-1667328 rs698009 1 82503790 1.79 2.872.97 2.26 2.57 3.42 1.59 2.30 2.36 3.04 1.72 1.75 2.281.47 1.64 1.47 2.09 2.32 1.53 1.95 2.37 1.83 2.28 1.413.08 1.86 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1432 SNP_A-1658976 rs786076 1 82510272 1.25 2.172.03 1.83 2.58 2.14 1.53 1.26 1.22 2.01 1.48 2.43 2.351.89 1.92 2.09 2.09 2.15 1.62 1.74 2.16 1.83 1.55 1.652.29 1.68 AA NoCall NoCall NoCall AB NoCall BB BBAB AA AA AB AA AA NoCall AA AA AA ABAB AA AA BB AA AA AB2 1433 SNP_A-1653204 rs786074 1 82511041 1.46 1.511.96 1.76 2.58 2.09 1.27 1.17 1.66 2.31 1.45 2.52 2.602.08 1.97 2.84 2.09 2.31 1.91 2.45 1.89 1.83 1.91 1.812.06 1.34 AA AB AB AB AB AB BB BBNoCall AA AA AB AA AA AB AA AA AA ABAB AA AA BB AA AA AB2 1434 SNP_A-1648900 rs1281588 1 82553854 1.71 2.202.00 2.06 2.50 2.57 3.12 1.52 1.44 2.96 2.44 2.88 2.673.37 3.24 3.33 2.13 1.98 2.23 2.20 2.50 1.88 2.36 3.282.20 2.45 BB AA AA AA BB AA AA AAAB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA NoCall2 1435 SNP_A-1737964 rs10493715 1 82577792 1.51 1.872.01 1.96 2.39 2.12 1.74 2.74 1.61 1.97 1.61 2.47 2.161.73 2.38 2.41 2.11 2.22 2.14 2.52 2.43 1.87 1.51 1.222.44 1.98 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1436 SNP_A-1642753 rs1281611 1 82610585 1.73 2.212.08 1.88 2.40 2.25 1.92 2.40 1.60 1.79 1.02 1.73 1.311.50 1.28 1.50 2.11 1.71 1.46 1.59 1.91 1.88 1.77 1.141.87 1.58 AA AB AA AA AA AB AA ABNoCall AB BB BB AB AA NoCall AB AB AB AAAA AB BB AA AA AB AA2 1437 SNP_A-1730665 rs1986902 1 82611768 2.44 2.652.62 2.40 2.40 2.62 4.31 2.66 1.72 2.48 2.59 2.53 2.293.28 2.87 2.64 2.11 2.41 3.11 2.10 3.01 1.88 2.40 3.492.57 3.44 BB NoCall BB BB BB NoCall NoCallNoCall NoCall AB AA AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall ABBB BB NoCall AA BB NoCall AA BB2 1438 SNP_A-1677562 rs1281590 1 82616264 1.72 2.38

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.32 2.04 2.40 2.50 1.82 2.41 1.71 2.43 1.89 2.91 2.472.35 2.88 3.40 2.11 2.12 1.62 2.59 2.43 1.88 2.14 2.231.84 2.09 BB NoCall BB BB BB AB BB ABNoCall AB AA AA AB BB AB AB AB AB BBBB AB AA BB BB AB BB2 1439 SNP_A-1670159 rs10489862 1 82681393 1.83 4.402.59 1.93 2.30 2.82 2.15 3.44 1.93 2.60 2.27 2.67 2.131.73 2.30 2.21 2.05 2.98 2.53 2.57 3.58 1.86 1.93 2.053.31 2.02 BB BB BB AB AA NoCall NoCall BBBB AA NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB AABB NoCall BB AB BB AB BB2 1440 SNP_A-1652562 rs318419 1 82734616 1.78 2.712.16 1.80 2.18 2.16 1.81 2.12 1.58 2.24 1.17 1.17 1.571.38 1.78 1.98 2.08 2.05 1.47 1.82 1.91 1.88 2.42 1.481.94 1.51 BB AB BB AB AB AB NoCall BBBB AB BB BB BB AB AA AB AB AB AAAB AB BB NoCall BB AB AA2 1441 SNP_A-1643934 rs10493718 1 82774954 1.51 1.881.68 1.80 2.21 2.03 1.55 1.31 1.36 1.99 1.91 2.97 1.662.59 2.73 3.68 2.05 2.51 2.07 2.43 2.31 1.88 1.61 1.721.68 1.74 AA AA AB NoCall BB NoCall NoCall ABNoCall AA AA AB AB AA AA AA AA AA ABAB AA AA AA NoCall AB AB2 1442 SNP_A-1732824 rs10493719 1 82775733 1.84 1.901.93 2.01 2.21 2.15 2.59 1.97 1.34 2.02 1.91 2.76 1.522.45 2.23 2.30 2.05 2.79 3.25 2.27 2.63 1.88 1.91 2.613.28 2.92 BB AB NoCall BB AB AB BBNoCall BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1443 SNP_A-1754806 rs7552548 1 82775867 2.08 2.412.43 2.16 2.21 2.52 3.92 2.40 2.02 2.86 2.00 2.78 1.742.54 2.71 2.40 2.05 2.55 2.73 2.12 2.84 1.88 2.15 3.293.44 2.87 AA AA NoCall AB BB NoCall NoCall ABAB AA AA AB AB AA AA NoCall AA AA ABAB AA AA AA BB AB BB2 1444 SNP_A-1687986 rs6668232 1 82814769 1.51 2.811.78 1.47 2.21 2.10 2.37 3.06 1.67 2.03 1.52 2.90 2.261.67 1.80 1.84 2.05 1.94 1.19 2.00 2.33 1.88 1.97 2.261.71 2.06 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB NoCall BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1445 SNP_A-1658126 rs1546125 1 82822700 1.45 1.661.81 2.01 2.20 2.01 1.35 1.61 1.57 2.19 1.79 2.85 2.192.15 2.15 2.69 2.05 2.19 2.54 2.44 2.37 1.88 1.78 1.762.23 1.61 AA NoCall AB AA BB AB BB ABAA AA AA AB AB AA AA BB AA AB ABAA AA AA AA BB AA AA2 1446 SNP_A-1654823 rs1577991 1 82823289 1.82 2.822.42 2.18 2.20 2.58 1.97 2.77 1.83 2.95 1.59 2.68 1.951.90 2.16 2.12 2.05 2.03 1.56 2.16 2.25 1.88 2.89 2.741.93 2.23 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1447 SNP_A-1675437 rs415027 1 82876328 1.72 2.522.47 2.64 2.18 2.38 1.49 1.55 1.81 2.24 2.15 1.99 2.022.63 2.60 3.28 2.05 1.96 2.24 2.52 1.98 1.87 2.00 2.142.66 1.93 BB AB BB NoCall AA AB AB BBBB NoCall BB BB AB BB NoCall AA BB BB BBBB NoCall BB NoCall AA NoCall NoCall2 1448 SNP_A-1751025 rs10493721 1 82876368 1.27 2.261.95 1.85 2.18 2.31 1.39 2.23 1.88 1.93 1.76 2.69 2.162.49 2.42 3.26 2.05 2.03 1.67 2.71 1.89 1.87 1.91 1.581.64 1.37 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1449 SNP_A-1709517 rs437359 1 82876530 1.53 2.082.29 2.11 2.18 2.42 2.06 2.20 2.16 2.75 3.04 2.76 3.353.99 3.68 5.14 2.05 2.69 2.08 3.05 2.44 1.87 2.11 2.411.72 1.82 BB NoCall BB NoCall AA NoCall NoCall BBBB NoCall BB BB AB BB NoCall AA BB BB BBBB AB BB NoCall AA NoCall NoCall2 1450 SNP_A-1704027 rs443163 1 82880056 2.10 2.792.38 2.42 2.18 2.62 2.24 2.78 2.09 2.64 1.78 2.27 2.002.14 2.01 2.24 2.05 2.11 2.38 1.90 2.15 1.87 2.22 2.222.27 2.09 AA AB AA NoCall AA AB NoCall AAAA AB AA AA NoCall NoCall NoCall BB AA AA AAAA NoCall AA AB NoCall AB AB2 1451 SNP_A-1675185 rs428242 1 82880459 1.78 2.442.31 2.18 2.18 2.41 1.91 2.10 1.75 2.55 1.16 2.58 1.571.40 1.54 1.31 2.05 2.41 2.04 2.03 2.61 1.87 1.94 1.753.36 2.04 BB AB BB AB AB AB AB BBBB AB BB BB AB BB NoCall AA BB BB BBBB AB BB NoCall AA AB AB2 1452 SNP_A-1745778 rs10493728 1 82906852 1.65 2.522.25 2.28 2.15 2.55 1.87 1.87 1.86 2.32 2.07 3.11 1.692.27 2.39 3.62 2.07 2.19 1.87 2.69 2.19 1.88 2.26 2.292.08 1.85 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB2 1453 SNP_A-1664202 rs1409795 1 82918960 2.15 4.612.19 1.56 2.15 3.06 1.99 2.47 2.12 2.67 1.85 2.74 1.821.95 2.45 2.70 2.07 2.60 1.17 1.93 2.30 1.88 2.14 2.460.98 1.84 BB AA AA AB BB NoCall AA ABBB NoCall BB BB AA AB AA AA AB BB ABAB AA AA AB AA AA AA2 1454 SNP_A-1642193 rs10493729 1 82929387 1.63 2.431.95 2.26 2.14 2.10 1.14 1.59 1.51 1.67 1.64 2.76 1.321.91 1.85 2.15 2.07 2.36 2.41 2.41 2.26 1.88 1.63 1.541.96 1.51 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1455 SNP_A-1700344 rs10518671 1 82935073 1.99 3.241.95 1.82 1.60 2.34 2.68 2.70 1.62 2.46 1.75 3.23 2.152.37 2.63 2.79 2.03 1.98 2.06 2.41 2.40 1.82 2.12 2.912.26 2.37 BB BB AB BB AB BB BB ABBB BB BB BB AB BB NoCall BB BB BB ABAB BB AA BB BB BB BB2 1456 SNP_A-1694705 rs2117161 1 82949411 1.97 2.452.45 2.06 1.60 3.29 2.42 3.44 2.03 2.71 1.34 2.26 1.711.46 1.69 1.62 2.03 2.20 1.43 1.99 2.22 1.82 2.44 2.232.86 1.77 BB AB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall BB AB BB BBBB NoCall BB BB BB AB AB2 1457 SNP_A-1678736 rs2163979 1 82950347 1.74 2.442.07 1.85 1.60 2.25 2.41 2.66 1.52 1.99 1.29 2.55 1.641.55 1.69 1.69 2.03 2.59 2.12 1.92 2.73 1.82 2.00 2.063.46 2.16 BB AB BB AB AA AB AB BBBB AB BB BB AB BB NoCall AA BB BB BBBB AB BB NoCall AA AB BB2 1458 SNP_A-1726916 rs2389361 1 82950810 1.86 2.262.36 2.16 1.60 2.75 2.14 2.69 2.22 2.71 1.92 2.35 3.142.25 2.15 2.55 2.03 2.15 1.93 2.20 2.18 1.82 2.46 1.832.27 1.97 AA AB AA AB AB AB NoCall AAAA AB AA AA AB AA NoCall BB AA AA AAAA AB AA NoCall BB AB AA2 1459 SNP_A-1715487 rs10518673 1 82951087 2.20 2.36

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.26 2.15 1.60 2.57 2.75 2.61 1.67 3.14 1.78 2.51 3.092.20 2.41 2.76 2.03 2.36 1.99 2.31 2.43 1.82 2.61 3.022.46 2.31 AA AB NoCall AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AB NoCall NoCall AA NoCall AANoCall AB NoCall BB AA AA AB NoCall2 1460 SNP_A-1643289 rs10493730 1 82951105 1.57 1.662.05 1.98 1.60 2.22 1.76 2.02 1.46 1.94 1.59 2.54 2.821.77 2.10 2.51 2.03 2.54 2.42 2.23 2.65 1.82 1.77 1.963.12 1.56 AA BB BB AB BB AB BB ABAA AB AA AA BB AB BB BB AB AA ABAB BB BB AB BB BB BB2 1461 SNP_A-1687700 rs6672426 1 82951627 1.88 1.962.18 2.27 1.60 2.43 1.86 2.33 1.76 1.62 2.24 2.65 3.022.37 2.33 3.49 2.03 2.54 3.06 2.72 2.29 1.82 1.94 1.852.10 1.99 AA NoCall AB AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AB AB NoCall AA AB AAAB AB AB BB AA AA AB AB2 1462 SNP_A-1729041 rs437749 1 82965819 1.70 3.812.37 2.09 1.57 2.39 1.52 2.05 1.44 1.75 1.59 2.46 1.711.84 1.83 1.81 2.01 2.42 2.49 2.21 2.32 1.79 1.81 1.922.83 2.15 AA AA BB AB AB AB AB ABAA AA AA AA BB AB BB AB AB AA ABAB AB BB AA AA AB BB2 1463 SNP_A-1644618 rs516138 1 82994226 1.43 1.511.80 1.86 1.58 2.64 1.06 1.58 1.32 1.61 1.34 1.91 2.342.09 2.19 2.80 2.01 1.60 1.57 1.75 1.18 1.81 1.54 1.191.16 1.25 BB BB AA AB AB NoCall AB ABBB BB BB BB AA AB AA AB NoCall BB ABAB AB AA BB BB NoCall AA2 1464 SNP_A-1660903 rs1144246 1 83074155 1.72 2.292.32 2.15 1.61 2.57 1.51 2.32 1.82 1.95 1.79 2.98 2.132.38 3.07 3.54 1.97 2.24 1.94 2.52 2.11 1.77 2.15 1.461.80 1.50 AA AA AA AB BB AA AA AAAA NoCall AA AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1465 SNP_A-1660131 rs3845619 1 83086601 2.13 2.842.44 2.03 1.61 2.66 3.05 3.06 1.91 2.41 1.63 2.57 1.731.93 1.90 2.26 1.97 2.28 2.50 1.91 2.51 1.77 2.06 2.532.84 2.66 BB AA AA AB AA AA ABNoCall AA AB AA AB AB NoCall AA BB AB ABAB AB AB BB AA AA AB AB2 1466 SNP_A-1758119 rs10493733 1 83148558 1.94 2.472.49 1.98 1.61 2.49 2.66 2.99 1.87 2.26 1.84 2.76 2.021.88 2.13 2.26 1.99 2.68 2.63 2.36 2.71 1.78 1.77 2.723.78 2.62 BB NoCall NoCall BB AB AB NoCall BBBB BB AA AB BB NoCall NoCall BB BB BB BBAB BB BB AB BB BB BB2 1467 SNP_A-1726268 rs2105170 1 83214020 2.29 3.673.38 2.71 1.66 3.39 1.99 5.67 2.43 3.87 0.81 1.12 0.710.79 0.91 0.92 1.93 1.42 0.85 1.02 1.62 1.73 2.77 1.352.12 1.58 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB NoCall BB AB BB NoCall BB BB AB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1468 SNP_A-1647584 rs721599 1 83240652 1.90 1.982.41 2.34 1.67 2.61 1.51 2.25 2.08 2.58 1.99 2.92 2.462.18 2.36 3.22 1.94 2.54 2.66 2.49 2.35 1.75 2.20 1.902.37 2.10 BB AB AB AB BB AB AA ABAB BB AA AB AA AB AB AA AB AB ABAA AA AA NoCall AA AB AA2 1469 SNP_A-1656279 rs10487981 1 83242288 1.29 2.561.65 1.61 1.67 2.57 1.92 2.83 1.59 1.68 1.92 2.56 1.691.61 2.11 2.46 1.94 2.04 1.51 2.30 2.01 1.75 1.94 1.671.56 1.43 BB BB BB NoCall AB NoCall NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB AA BB AB BB BB NoCall BB BB ABBB BB AA BB BB BB AB2 1470 SNP_A-1661256 rs323973 1 83247898 1.94 2.872.56 2.14 1.70 3.03 1.58 2.31 1.88 2.38 0.83 1.69 1.031.02 1.33 1.10 2.00 1.78 1.12 1.57 1.42 1.79 3.00 1.962.11 1.43 AA AA AA AA BB AA AA ABAA AA AA AB AA NoCall AA AB AB AA AAAB AB AA NoCall BB AB AA2 1471 SNP_A-1668921 rs323931 1 83263907 2.10 2.882.45 2.01 1.70 3.02 3.81 3.35 2.08 2.92 2.31 2.95 2.423.00 3.43 3.73 2.00 2.55 2.37 2.84 2.93 1.79 2.76 3.792.95 2.79 BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB AB BB AB BB AB AB BB BBAB AB BB NoCall AA AB BB2 1472 SNP_A-1689056 rs984779 1 83282292 1.23 2.261.74 1.37 1.70 2.29 1.10 2.78 2.26 1.67 0.93 2.51 1.991.58 1.59 2.19 2.00 2.63 0.93 2.07 1.82 1.79 2.07 1.891.53 1.22 AA AB AB AA BB AB AA ABNoCall AA AA BB AA BB AA AB BB AB AAAB AB AA AB BB AB AA2 1473 SNP_A-1681220 rs7516168 1 83282937 1.38 2.201.98 1.81 1.70 2.11 2.62 2.71 1.87 2.16 1.78 2.55 2.202.95 2.49 2.62 2.00 2.07 2.03 2.25 2.72 1.79 1.69 2.242.18 1.84 BB BB BB BB AB BB BB BBNoCall BB BB BB AB BB BB BB BB AB BBBB BB BB NoCall BB BB AB2 1474 SNP_A-1705795 rs10487982 1 83308133 1.74 3.102.18 1.96 1.70 1.89 2.38 2.61 1.26 2.27 1.70 3.44 2.512.31 2.66 3.01 2.00 2.01 2.07 2.13 2.06 1.79 2.06 2.641.90 2.41 AA NoCall NoCall AA BB AB AA AAAB AA AA AB AA AB AA AA AB AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1475 SNP_A-1716051 #N/A 1 83353946 2.68 1.77 2.442.54 2.00 3.17 2.14 1.42 1.99 2.19 1.48 1.35 1.28 1.402.01 1.91 2.00 1.79 1.60 1.77 1.82 2.00 2.32 1.84 2.131.64 AA AA AA NoCall NoCall AB AB AA ABAA AB AA AB AA AA AB NoCall AB AB AAAA NoCall NoCall AA AA AB2 1476 SNP_A-1739951 rs2058505 1 83396361 2.70 2.402.69 2.84 1.66 2.77 4.75 2.63 1.82 3.38 2.30 1.73 1.432.35 2.45 2.56 1.98 2.12 3.14 1.91 2.01 1.79 2.58 2.333.52 2.97 AA AB BB AA AA NoCall AA BBBB AA AA AB AB NoCall BB NoCall BB BB AABB AB AA BB BB NoCall NoCall2 1477 SNP_A-1649182 #N/A 1 83472202 2.12 1.65 1.752.53 2.00 2.59 2.00 1.01 1.83 1.76 2.14 1.91 1.43 1.872.45 2.56 2.00 1.92 1.74 2.05 2.01 2.00 1.66 1.30 1.711.49 AB AA AA AB NoCall AB AB AANoCall AB AB AB AA AA AB AB NoCall AANoCall AA AB NoCall AA AA AB AB2 1478 SNP_A-1703839 #N/A 1 83512840 3.98 5.85 3.512.51 2.00 2.66 4.74 3.08 1.60 2.80 1.65 1.88 1.41 1.662.13 1.71 2.00 1.38 1.94 1.37 2.29 2.00 2.15 2.82 5.253.40 BB BB BB NoCall NoCall AB NoCall BBNoCall AB NoCall NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB ABBB NoCall NoCall BB BB AB NoCall2 1479 SNP_A-1705715 rs3850434 1 83667643 1.89 2.312.19 1.92 2.47 2.22 2.99 2.65 1.62 2.46 2.11 2.92 2.182.74 2.55 3.30 2.22 2.42 2.79 2.38 2.63 2.25 2.14 3.093.00 2.85 AA AA AA AA BB AB NoCall AAAA AA BB AA AA AB NoCall AB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AB2 1480 SNP_A-1724364 rs1038148 1 83728341 2.24 2.70

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.61 2.20 1.91 3.14 2.57 4.54 2.09 2.71 2.51 2.60 2.452.38 2.52 2.89 2.20 2.02 2.55 2.65 2.25 1.89 2.59 2.672.23 2.32 BB NoCall AB AB BB BB NoCall BBBB BB BB BB AA BB BB AB BB AB BBAB AA AA AB BB BB BB2 1481 SNP_A-1756084 rs7549499 1 83729979 1.78 2.471.89 1.75 1.91 2.21 2.08 5.09 1.45 1.67 2.01 2.87 2.592.07 2.10 2.32 2.20 2.48 3.31 2.43 2.61 1.89 1.42 2.212.87 2.51 BB NoCall AB AB AA BB NoCall BBBB BB BB BB AA BB NoCall AB BB AB BBAB AB AA AB BB BB BB2 1482 SNP_A-1662368 rs6663404 1 83935059 2.31 1.722.43 2.49 1.68 3.34 1.87 2.46 1.90 2.74 1.07 1.38 1.601.51 1.54 1.59 2.19 2.25 2.37 1.81 2.03 1.79 2.12 1.363.71 1.67 BB BB AB BB BB BB BB ABAB BB BB AB BB BB BB BB BB AB BBAB AB BB BB BB AB BB2 1483 SNP_A-1735472 rs10489498 1 83935114 1.87 1.902.23 2.28 1.68 2.47 2.07 2.24 0.70 2.62 0.88 1.52 1.151.34 1.45 1.35 2.19 2.27 1.40 1.48 2.29 1.79 2.02 2.132.86 2.20 AA AB AA AA BB AB AB AAAA AA AA AA AA BB AA AA AA AB ABAA AB AA AB AA AA AB2 1484 SNP_A-1673200 rs6663583 1 83935189 1.35 2.561.84 1.78 1.68 2.27 2.73 4.06 1.51 1.98 1.21 1.97 1.351.70 1.88 1.62 2.19 2.05 1.07 1.33 1.93 1.79 2.11 2.401.26 2.37 AA AA AA AA AA AA AA AANoCall NoCall AA AA AB AA AA AB AB AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1485 SNP_A-1737119 rs6682282 1 83935437 1.81 2.481.93 2.02 1.68 2.44 2.13 3.87 1.50 2.28 1.02 2.40 1.731.54 1.84 1.72 2.19 2.10 1.72 1.68 2.31 1.79 2.08 2.542.06 2.08 BB BB BB BB AA BB BB BBAB AB BB BB AB BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1486 SNP_A-1736901 rs10489499 1 83937320 2.83 2.873.73 2.47 1.68 3.37 2.99 5.15 2.67 3.96 1.17 1.73 1.641.60 1.60 1.65 2.19 1.68 1.28 1.51 1.92 1.79 3.03 2.373.59 2.49 AA AB AA AA BB AB AB AAAA AA NoCall AA AA BB AA AA AA AB ABAA NoCall AA NoCall AA AA AA2 1487 SNP_A-1705457 rs7513510 1 83937553 2.15 3.652.33 1.88 1.68 2.87 3.08 4.03 2.23 2.67 0.86 1.45 1.210.94 1.08 0.94 2.19 1.84 1.57 1.09 1.40 1.79 2.30 1.562.91 2.61 AA BB AB AB BB BB AB BBBB BB NoCall BB BB NoCall AA NoCall BB BB BBAB BB BB AB BB BB BB2 1488 SNP_A-1659906 rs761404 1 83938787 1.89 3.322.37 2.58 1.68 2.62 2.49 5.07 2.01 2.55 2.09 3.36 3.462.58 3.00 2.70 2.19 2.20 1.71 2.50 2.79 1.79 2.30 2.771.70 2.63 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AB AB AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1489 SNP_A-1710449 rs7524397 1 83948426 1.18 1.501.67 1.45 1.68 2.19 1.24 2.59 1.59 1.43 2.09 4.41 3.022.05 2.32 3.45 2.19 2.24 2.57 3.60 3.58 1.79 1.67 1.862.37 1.70 BB AB AB BB BB AB NoCall ABAB BB BB AB BB AA BB BB BB AA ABAB AB BB NoCall BB AB BB2 1490 SNP_A-1658164 rs10489500 1 83948455 1.31 2.481.96 1.52 1.68 1.82 1.37 2.69 1.78 1.99 2.05 3.40 2.472.22 2.52 3.34 2.19 2.35 2.07 2.81 2.31 1.79 1.99 1.451.85 1.55 AA AA NoCall AA BB AA AA AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall AA AA AB AA AA AA AA AA AB AAAB AB AA AA AA AA AA2 1491 SNP_A-1699717 rs10489501 1 83948564 1.05 1.901.89 1.58 1.68 1.85 1.16 2.91 1.74 1.52 1.78 3.93 3.572.29 1.93 3.52 2.19 2.53 2.29 2.77 1.73 1.79 1.81 1.661.77 1.30 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1492 SNP_A-1683350 rs10489502 1 83948682 1.44 1.951.78 1.70 1.68 2.09 1.94 2.83 1.53 2.01 2.56 3.44 2.872.53 2.84 3.24 2.19 2.21 2.65 3.08 2.75 1.79 1.63 1.932.53 1.86 NoCall AA NoCall NoCall BB AB NoCall AAAA AA BB AA AA AA BB AA AA AA AAAB AA AA AB AA AA NoCall2 1493 SNP_A-1746701 rs10489503 1 83948919 1.28 1.961.41 1.45 1.68 2.07 1.64 2.74 1.29 1.44 1.35 3.43 2.122.31 2.00 2.69 2.19 1.78 1.65 2.02 2.04 1.79 1.84 1.631.58 1.94 AA BB AB AB BB NoCall NoCall BBBB BB AA BB BB BB AA BB BB BB BBAB BB BB NoCall BB BB BB2 1494 SNP_A-1742823 rs7552393 1 83966572 1.73 1.792.13 1.74 1.68 2.39 1.80 2.54 1.50 2.92 1.63 2.82 3.041.96 2.16 2.56 2.19 2.25 2.29 2.12 2.51 1.79 2.43 2.562.78 2.45 AA AB AA AB BB AA AANoCall AB BB AA AB BB AB AA BB BB AANoCall AA AB BB AA BB NoCall AB2 1495 SNP_A-1753991 rs10489508 1 84042512 1.61 2.902.38 1.87 1.69 2.67 1.54 2.78 2.05 2.82 0.78 2.02 0.910.72 1.00 0.98 2.18 1.87 1.02 1.27 1.62 1.77 2.33 1.342.29 1.51 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1496 SNP_A-1642917 rs2181901 1 84055372 1.41 1.391.92 1.79 1.69 2.13 1.30 1.35 1.40 1.62 1.48 2.07 1.951.87 1.96 2.83 2.18 1.99 2.23 2.04 2.12 1.77 1.42 1.581.96 2.06 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1497 SNP_A-1736663 rs683074 1 84079047 1.79 1.352.10 2.03 1.69 2.28 2.25 2.02 1.35 2.25 1.54 2.20 1.511.97 1.93 1.85 2.18 2.21 2.45 2.03 2.04 1.77 1.58 1.913.16 2.19 BB BB AA AA AA AA AANoCall AA AA BB AA AA AB AA AB AB AAAA AB AA AA AA AA AA AA2 1498 SNP_A-1717389 rs10493741 1 84100139 2.19 3.772.45 2.42 1.69 3.29 2.98 3.50 1.95 3.62 1.37 2.62 1.281.67 2.09 1.88 2.18 2.35 1.81 1.89 2.11 1.77 3.11 3.033.14 2.86 BB BB AB NoCall AA NoCall AA ABNoCall BB BB AA AA NoCall BB NoCall AB AA AABB AA AA BB BB AA AA2 1499 SNP_A-1688324 rs4907191 1 84156186 1.71 2.582.05 1.99 1.70 2.41 1.71 2.28 1.59 1.80 1.41 2.33 2.261.93 2.37 2.43 2.18 2.59 2.51 2.57 2.43 1.78 2.04 1.602.33 1.73 BB BB AB AB AB AB AA ABAB BB BB AA AB AB BB AB AB AA AABB AB AA BB BB AA BB2 1500 SNP_A-1689989 rs10493743 1 84156433 1.88 2.312.06 1.94 1.70 2.13 3.05 3.45 1.46 2.11 2.10 3.14 3.562.78 3.08 2.87 2.18 2.20 2.42 2.48 3.40 1.78 2.08 2.881.98 2.84 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1501 SNP_A-1714993 rs686839 1 84156688 1.69 2.24

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.25 2.12 1.70 2.82 1.68 2.51 1.73 2.47 1.46 2.16 2.581.94 1.86 2.56 2.18 2.58 1.76 2.55 2.28 1.78 2.25 2.001.98 1.88 AA AA AB NoCall BB NoCall AA AAAB BB AA AA AA AA BB AA AA AA AAAB AA AA AB BB AA AB2 1502 SNP_A-1674078 rs10493744 1 84156773 1.81 2.852.05 1.71 1.70 1.92 3.01 3.94 1.44 1.94 1.30 2.49 1.971.76 2.08 1.91 2.18 2.28 1.02 1.86 2.71 1.78 2.36 2.591.91 2.29 BB BB AB AB AB AB AA ABAB BB BB AA AB AB BB AB AB AA AABB AB AA BB BB AA BB2 1503 SNP_A-1688560 rs953197 1 84253307 2.09 2.333.06 2.32 1.77 3.31 1.70 2.84 2.86 2.79 2.20 2.89 4.422.55 2.46 3.65 2.23 2.60 2.46 3.20 2.82 1.71 2.70 2.272.33 1.88 AA BB NoCall NoCall BB AB NoCall ABNoCall NoCall BB AB AA AB AB BB AB AA AABB AA AA BB BB AA NoCall2 1504 SNP_A-1683512 rs10493750 1 84274286 2.11 4.243.00 2.29 1.77 2.57 2.10 2.02 2.40 2.74 1.61 1.91 1.562.42 2.17 3.01 2.23 2.64 2.22 2.72 2.33 1.71 2.87 2.222.44 2.04 AA BB NoCall AB AA AB NoCallNoCall NoCall BB NoCall AB AA NoCall AB BB NoCall AAAA BB AA AA NoCall BB AA BB2 1505 SNP_A-1682824 rs7547892 1 84370612 1.63 2.231.71 1.78 1.84 2.35 2.59 1.63 1.39 2.28 1.55 2.55 1.822.17 2.63 2.59 2.34 2.32 1.80 2.48 2.36 1.75 1.97 2.492.47 2.54 BB AA AB NoCall BB NoCall NoCall ABAB AA AA AB BB AB NoCall AA AB BB BBAB BB AA AA AA BB AA2 1506 SNP_A-1688200 rs1027694 1 84417606 1.59 2.141.95 1.88 1.84 2.67 1.51 2.37 1.77 2.42 1.01 1.52 1.581.58 1.93 2.10 2.35 2.68 1.63 2.05 2.28 1.72 2.21 1.481.97 1.28 AA AB AA AB AB AA AA AAAA AB BB AA AA AA AA AB AB AA AAAB AA AA BB AA AA AA2 1507 SNP_A-1702207 rs10518302 1 84431567 1.69 1.771.84 1.97 1.84 2.44 2.31 2.79 1.70 2.39 1.46 1.32 1.501.70 2.00 2.09 2.35 2.85 1.97 1.92 2.67 1.72 1.64 1.683.07 2.33 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1508 SNP_A-1679446 rs606816 1 84432397 1.89 2.222.13 2.18 1.84 2.62 1.95 3.20 1.70 2.11 1.53 1.91 2.221.81 1.97 2.26 2.35 2.46 2.10 2.36 2.37 1.72 1.97 1.862.67 2.31 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1509 SNP_A-1665062 rs599941 1 84432891 1.96 3.552.21 2.15 1.84 2.61 2.15 3.56 1.51 2.10 1.41 1.88 1.871.75 2.13 1.96 2.35 2.23 2.17 1.89 1.84 1.72 2.13 1.962.67 2.35 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1510 SNP_A-1721173 rs621670 1 84433375 1.71 2.892.04 1.75 1.84 2.74 2.85 4.62 1.94 2.26 1.30 2.31 1.631.70 1.80 1.63 2.35 1.48 0.90 1.39 1.92 1.72 2.08 2.301.22 2.21 AA AA NoCall NoCall BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1511 SNP_A-1674929 rs1402696 1 84434615 1.78 2.692.57 2.34 1.84 2.85 1.58 3.49 2.08 2.45 1.84 2.07 2.091.85 2.77 3.03 2.35 2.29 1.70 2.80 2.36 1.72 2.64 1.951.89 2.08 AA NoCall NoCall BB AB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB BB AA AA AA BB AB AB AA AAAB AB AA BB AA AA AA2 1512 SNP_A-1731683 rs1402695 1 84434691 1.85 3.312.18 2.31 1.84 2.98 1.94 4.98 1.88 2.48 1.50 2.38 2.102.03 2.62 2.72 2.35 1.97 1.61 2.38 2.06 1.72 2.38 2.161.79 2.24 BB AA AB AA AB BB BB BBAA AB AA BB BB AB AA AB AB BB BBAB AB BB AA AA BB AA2 1513 SNP_A-1668282 rs1521520 1 84438749 1.73 2.522.28 2.27 1.84 2.73 2.19 3.93 1.64 2.63 1.20 2.11 2.321.40 1.76 1.62 2.35 2.60 1.32 2.13 2.20 1.72 2.57 2.352.19 2.05 AA AB AB NoCall AB AA AA AAAA AB BB AA AA AA BB AB AB AANoCall AB AB AA BB AA AA AA2 1514 SNP_A-1748879 rs10493749 1 84443765 2.03 3.762.33 2.19 1.84 3.01 3.38 7.03 1.74 3.01 1.93 2.89 2.772.27 2.78 2.60 2.34 2.09 1.52 2.36 2.73 1.73 2.92 3.111.92 2.56 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1515 SNP_A-1742901 rs316688 1 84446915 1.83 2.272.23 2.20 1.84 2.75 1.89 3.97 2.08 2.47 1.23 2.18 2.341.85 2.18 2.29 2.34 1.66 1.18 1.93 1.83 1.73 2.55 1.911.23 1.72 BB BB BB BB BB BB NoCall ABBB NoCall BB BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1516 SNP_A-1676854 rs316681 1 84452037 1.87 1.842.30 1.98 1.84 2.45 1.60 3.46 1.92 1.48 2.02 1.89 2.262.47 2.03 2.49 2.34 2.79 2.87 2.45 2.97 1.73 1.94 1.542.91 1.83 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB AA BB BB BB BB ABAB NoCall BB BB BB BB BB2 1517 SNP_A-1659232 rs316676 1 84454341 2.13 2.902.44 2.32 1.84 2.63 2.56 5.03 1.75 2.56 1.17 1.89 1.361.46 1.26 1.36 2.37 2.00 1.46 1.48 1.84 1.77 2.44 2.042.60 2.43 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1518 SNP_A-1714543 rs784828 1 84471944 1.54 2.282.30 1.82 1.79 2.61 1.94 4.26 1.82 2.39 1.80 2.66 3.542.23 2.77 3.63 2.35 2.37 2.13 2.94 2.19 1.78 2.54 2.001.74 1.89 BB AB BB NoCall BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABAB BB BB NoCall BB BB NoCall2 1519 SNP_A-1666490 #N/A 1 84495575 1.46 2.29 2.281.99 2.00 2.30 1.37 3.40 1.79 2.29 1.88 2.50 2.34 1.811.84 2.47 2.00 2.41 2.27 2.26 2.57 2.00 2.33 1.89 1.841.75 AA AA AA AA NoCall AB AA AA AAAB AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA NoCall ABNoCall NoCall AA AA AA AA2 1520 SNP_A-1662638 rs10493748 1 84551752 1.83 1.862.11 1.98 1.73 2.85 1.42 2.98 1.71 1.71 1.55 1.83 2.071.81 1.90 2.82 2.37 2.26 2.61 2.74 2.50 1.77 1.82 1.632.45 2.01 BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall AB BB BB ABAB AB BB BB BB BB AB2 1521 SNP_A-1738639 rs953796 1 84554785 1.97 1.482.19 2.20 1.73 2.30 1.61 2.50 1.89 1.49 1.66 1.38 1.671.88 2.73 3.07 2.37 2.52 3.05 2.64 2.32 1.77 1.74 1.472.32 1.95 AA AA AA AA BB AB AA AAAA AA AA AA AA AA BB AB AB AA ABAB AB AA AA AA AB AA2 1522 SNP_A-1757219 rs10493747 1 84615307 1.36 2.60

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.75 1.79 1.73 2.18 1.91 4.16 1.50 2.22 1.17 2.14 1.711.65 1.99 1.88 2.37 2.37 1.16 1.82 2.54 1.77 2.19 2.241.55 1.95 BB BB BB AA BB AB AB ABAB BB BB BB AB AA BB BB BB BB BBAB BB BB AB BB AB BB2 1523 SNP_A-1757477 rs1340598 1 84616120 1.82 2.532.48 2.36 1.73 2.86 1.61 5.45 2.12 2.82 1.17 2.29 2.111.51 1.85 1.92 2.37 2.18 1.63 1.94 2.09 1.77 2.59 1.722.68 1.61 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AB BB AB AB AA AA AA AB AA ABAB NoCall BB AA NoCall AB NoCall2 1524 SNP_A-1733360 rs10493746 1 84616300 1.49 2.961.84 1.90 1.73 2.54 1.92 4.89 1.98 2.06 1.01 2.17 1.551.55 1.38 1.54 2.37 1.69 1.37 1.63 1.58 1.77 2.32 1.581.87 1.68 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AB BB AB AB AA AA AA AB AA ABAB AB BB AA AA AB AA2 1525 SNP_A-1673136 rs4906995 1 84645416 1.59 2.231.77 1.71 1.73 1.94 1.74 3.29 1.34 1.88 1.40 2.99 2.152.04 2.21 2.60 2.37 2.28 2.04 2.52 2.15 1.77 2.15 1.852.25 2.25 BB AB AB BB BB AB BB AAAA AA AA AA AA AA AB AA NoCall AA AAAB AA AA NoCall AA BB NoCall2 1526 SNP_A-1704443 rs10493754 1 84689794 2.36 5.492.79 2.21 1.75 3.23 2.22 4.50 2.01 2.76 1.55 1.92 2.441.89 2.30 2.58 2.35 2.03 1.48 2.26 2.01 1.86 3.18 2.271.77 1.84 AA AB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1527 SNP_A-1685152 rs10493753 1 84703690 1.39 2.952.40 1.84 1.70 2.45 1.79 4.27 2.10 2.49 8.60 1.65 2.111.55 2.64 2.22 2.42 2.90 2.47 2.36 3.35 1.87 1.98 1.882.72 1.44 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA NoCall AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1528 SNP_A-1675838 rs10493752 1 84708277 2.28 3.852.61 2.54 1.64 3.29 2.06 3.58 2.27 3.37 1.06 1.85 1.981.24 1.53 1.28 2.45 2.26 1.41 1.66 2.11 1.91 2.90 2.012.86 2.12 AA AB AB AA BB AB AB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB AB BB BBAB BB BB AB BB AA BB2 1529 SNP_A-1753349 rs1246253 1 84708527 1.96 5.022.23 2.33 1.64 2.67 1.83 6.25 1.96 1.84 1.87 2.29 2.621.74 2.07 2.33 2.45 2.43 2.03 2.68 2.54 1.91 2.92 2.032.22 1.61 AA AA AB AA BB AB AA BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB BBAB BB BB NoCall BB AA AB2 1530 SNP_A-1643603 rs1246254 1 84708552 2.30 2.982.26 2.55 1.64 2.90 2.19 3.30 1.94 2.29 1.00 1.35 1.711.21 1.53 1.42 2.45 1.95 1.72 1.53 2.12 1.91 2.80 1.322.46 1.62 BB AB AB BB BB AB BB AAAA NoCall NoCall AA AA AA NoCall AA NoCall AA AAAB AA AA NoCall NoCall BB AB2 1531 SNP_A-1674523 rs9324136 1 84963425 2.12 7.982.65 2.42 1.54 2.72 1.85 4.29 2.10 2.26 1.72 1.57 2.461.79 1.83 1.96 2.19 2.61 2.85 2.39 2.25 1.57 2.12 1.563.71 1.73 AA NoCall AA AA BB AB BB ABBB BB AA BB AA NoCall BB NoCall AB AB ABAB AB BB AB AA AB BB2 1532 SNP_A-1687392 rs9324141 1 84997394 2.08 2.412.17 2.15 1.53 2.62 3.16 4.74 1.50 2.50 1.39 2.28 1.731.55 2.05 1.72 2.20 2.45 1.92 1.97 2.63 1.55 2.04 2.632.66 2.91 AA AA NoCall AA AA AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1533 SNP_A-1646634 rs10493755 1 84998115 1.65 2.142.14 1.83 1.53 2.68 2.16 3.63 1.75 2.46 0.83 1.44 1.151.06 1.32 1.05 2.20 1.73 0.73 1.52 2.07 1.55 2.61 1.951.51 1.62 AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AB AA AA AB2 1534 SNP_A-1747331 rs10493756 1 85020083 1.44 2.191.78 1.81 1.68 2.30 2.58 3.67 1.61 2.26 0.99 1.41 1.611.46 1.47 1.54 2.25 2.55 1.62 1.63 2.28 1.58 1.86 1.692.49 2.29 AA NoCall AA AA BB AA NoCall AAAB AB AA AB AA AB AA AB AB AB ABAB AB BB AB AA AB AA2 1535 SNP_A-1749183 rs10493758 1 85061205 1.96 2.162.69 2.39 1.68 3.53 1.40 3.60 2.08 2.95 1.24 1.65 2.251.72 2.01 2.15 2.25 2.51 1.31 2.51 2.34 1.58 2.67 1.771.85 1.62 BB BB AB AA AB AB AA ABAB AA AA BB BB AA AA AB AB AB AAAB AB AA AB AA AA AB2 1536 SNP_A-1709301 rs1886644 1 85062679 1.63 3.101.87 1.88 1.68 2.35 2.01 6.22 1.49 1.89 1.28 2.37 2.291.86 1.83 1.92 2.25 1.82 1.79 2.14 2.06 1.58 1.77 1.842.62 1.79 AA BB AA AA AB NoCall AA AAAA AA AA AB BB AA AA AA AB AA AAAB AB AA AA AA AA AB2 1537 SNP_A-1651054 rs898035 1 85243369 1.70 2.602.65 2.11 1.76 2.63 2.12 5.62 1.89 2.80 1.17 1.68 2.061.28 1.39 1.48 2.29 1.71 1.07 1.61 1.74 1.70 2.63 1.861.51 1.71 AA AA BB AA BB AA AA AAAA AA NoCall AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1538 SNP_A-1667770 rs2840050 1 85243992 1.84 1.472.46 2.29 1.76 2.85 2.06 2.37 1.47 2.53 1.11 1.24 1.661.50 1.42 1.52 2.29 2.76 2.39 2.02 2.35 1.70 2.06 1.663.25 2.47 BB BB BB BB BB BB BB BBAA BB BB BB BB AB AB BB BB BB BBBB AB BB BB BB AB BB2 1539 SNP_A-1739411 rs10493759 1 85256208 2.10 3.172.89 2.55 1.78 3.55 2.78 5.18 2.13 3.27 1.57 1.88 1.831.79 2.10 1.91 2.30 2.05 2.20 2.34 2.30 1.72 2.92 2.443.04 2.38 BB BB AA BB BB BB BB BBAA AB AA BB AB AA BB AB BB BB BBBB AA BB BB BB AB BB2 1540 SNP_A-1663504 rs1542427 1 85266423 2.19 2.842.65 2.24 1.78 3.12 2.93 6.54 1.67 2.99 1.25 1.57 1.431.35 8.49 1.40 2.30 1.97 1.84 1.61 2.38 1.72 2.99 1.903.69 2.33 BB BB AA BB BB BB BB BBAA AB NoCall BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB NoCall BB2 1541 SNP_A-1749079 rs817389 1 85323082 2.05 2.221.88 2.22 1.86 2.91 3.19 3.37 1.75 2.67 1.85 2.24 2.072.27 2.48 2.20 2.30 2.42 2.99 2.39 2.41 1.74 2.33 2.483.82 2.82 BB BB AA BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1542 SNP_A-1741223 rs10493761 1 85323298 1.83 2.312.32 2.15 1.86 2.50 3.13 4.12 1.72 2.72 1.81 2.18 2.182.50 2.12 2.45 2.30 2.43 2.56 2.24 2.26 1.74 2.25 2.362.95 2.51 BB AB AA AA AA BB NoCall ABAA BB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall AB BB ABBB BB AA NoCall BB BB AB2 1543 SNP_A-1724560 rs817392 1 85324760 1.39 2.80

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.25 1.85 1.86 2.02 1.45 2.90 1.44 1.55 1.71 2.14 2.302.18 2.53 3.35 2.30 2.47 2.45 2.96 2.30 1.74 1.80 1.442.00 3.74 AA AA BB AA BB AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1544 SNP_A-1687990 rs817393 1 85324781 1.26 1.884.56 1.73 1.86 2.30 2.40 3.77 1.78 2.31 1.89 2.56 3.152.47 2.55 3.72 2.30 2.51 2.09 3.34 2.70 1.74 2.22 1.692.13 1.59 AA AA BB AA BB AA NoCall AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1545 SNP_A-1649416 rs817394 1 85325184 1.49 2.002.06 1.81 1.86 2.03 2.94 3.72 1.49 2.18 2.14 2.26 2.632.39 2.94 3.41 2.30 2.80 1.83 2.55 2.76 1.74 1.77 2.422.49 2.69 BB BB AA BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1546 SNP_A-1688118 rs817413 1 85337876 1.48 2.651.99 1.69 1.86 2.45 1.59 4.51 1.54 2.47 1.66 2.45 2.471.78 1.93 2.55 2.30 2.09 1.69 2.81 2.37 1.74 2.43 1.851.87 1.49 BB BB AA BB AB BB NoCall BBBB BB BB BB BB AB AB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB AB2 1547 SNP_A-1692060 rs10493762 1 85356499 1.75 1.802.19 2.03 1.86 2.55 2.71 2.48 1.55 2.56 1.82 2.36 2.682.47 2.67 3.30 2.30 2.09 2.07 2.64 2.05 1.74 2.25 2.282.15 2.20 BB BB BB BB BB BB BB BBAA BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB AB2 1548 SNP_A-1700867 rs4907140 1 85375720 1.44 2.241.99 1.75 1.86 2.13 1.36 3.74 1.65 2.19 1.58 2.27 3.801.95 2.03 2.50 2.30 2.17 1.67 2.51 2.96 1.74 1.98 1.692.42 1.41 AA AB AA AA BB AA AA ABAA AB AA AA AB AB AA AA AB AB AAAB BB AA AB AA NoCall AA2 1549 SNP_A-1701537 rs10493763 1 85439239 1.62 3.202.05 2.11 1.79 2.71 2.80 6.10 1.71 2.64 1.73 3.48 2.881.58 2.26 1.99 2.24 2.09 1.67 2.09 2.47 2.06 2.38 2.162.18 2.01 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA BB BB AB AB AA AB AA AB AAAA AA AA AA AA AB AA2 1550 SNP_A-1742919 rs233050 1 85549814 1.61 2.231.78 1.85 1.75 2.35 2.27 3.54 1.71 1.62 1.85 2.60 1.362.05 1.74 2.06 2.39 2.39 2.86 2.42 1.97 2.22 2.01 1.532.60 2.10 BB AB AB AA AA AB BB ABBB AB AA AA AB NoCall NoCall NoCall AB BB BBBB AB BB BB BB AB BB2 1551 SNP_A-1756757 rs233051 1 85550434 2.20 2.602.74 2.38 1.75 3.61 3.26 2.94 2.04 3.52 0.95 1.81 1.101.27 1.38 1.18 2.39 1.97 1.69 1.73 1.96 2.22 3.76 2.043.26 2.07 AA AA AB AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AA ABAA AA BB NoCall BB AA AA2 1552 SNP_A-1654979 rs233053 1 85551528 2.48 3.002.73 2.45 1.75 3.39 3.38 3.62 2.37 3.16 1.70 2.21 1.732.05 2.30 2.04 2.39 1.99 2.07 2.20 2.18 2.22 2.74 2.673.17 2.34 BB NoCall AB AA AA AB BB ABBB AB AA AA AB AB NoCall NoCall AB BB BBBB AB BB BB BB AB AB2 1553 SNP_A-1663946 rs10489513 1 85567643 1.60 2.341.86 1.95 1.75 2.44 1.84 3.72 1.69 2.18 1.59 2.05 2.462.00 2.18 2.77 2.39 2.32 2.10 2.42 2.38 2.22 2.16 1.672.13 1.89 BB AB AB AA AB AB BB AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB AA AA AB AB AB AB AB BB BBBB AB BB BB BB AB AB2 1554 SNP_A-1754912 rs2935 1 85629584 1.65 2.30 2.142.10 1.78 2.86 1.85 4.21 1.76 2.19 1.25 1.98 2.61 1.701.89 2.09 2.37 2.62 2.17 2.32 2.46 2.38 2.22 1.64 2.402.15 AA AA AA AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA BB AB BB AA AA2 1555 SNP_A-1745636 rs1146382 1 85630122 1.61 2.762.17 2.02 1.78 2.62 2.02 5.40 2.21 2.36 1.36 2.25 2.591.91 2.24 2.30 2.37 2.28 1.45 2.75 2.40 2.38 2.86 2.211.83 1.76 AA AB AB AA AB AB BB ABAA AA AA AA AB AB BB AB AB BB ABBB AB BB BB BB AB AB2 1556 SNP_A-1751883 rs10493768 1 85684045 1.39 2.301.61 1.73 1.76 1.69 2.31 4.04 1.48 1.60 0.69 1.26 1.822.05 2.07 2.32 2.31 2.23 1.15 2.03 2.19 2.25 2.13 1.491.67 1.59 AA AB AB BB AB AA AA BBAA AB NoCall AA BB AA AA AA AB AA AAAB AA AA AA AA AA AB2 1557 SNP_A-1753305 rs10493769 1 85684447 1.59 3.441.91 1.84 1.76 2.38 1.46 6.06 2.27 2.43 1.40 2.39 2.471.50 2.39 2.36 2.31 2.21 1.30 2.66 2.59 2.25 2.97 2.021.58 1.60 BB AB AB BB BB AA BB BBAA AB AA AA BB AA NoCall AB AB AB ABAB BB BB NoCall AA BB BB2 1558 SNP_A-1717837 rs2297139 1 85750255 2.10 2.922.50 2.68 1.73 2.71 2.09 6.03 2.33 2.45 2.15 1.74 2.402.21 2.12 3.03 2.31 2.39 2.64 2.29 2.88 2.23 2.50 1.763.18 1.87 AA AB AA AA AA AB NoCall AAAA AA BB AB AB NoCall AB AA AA AB BBAB AA AA BB AA AA NoCall2 1559 SNP_A-1748101 rs721471 1 85751032 1.48 2.672.12 2.04 1.73 2.60 1.63 4.46 1.65 2.54 1.55 2.66 3.222.08 2.36 2.49 2.31 2.30 1.50 2.52 2.13 2.23 2.34 1.831.79 1.84 BB BB AA AB BB BB AA BBAA BB BB BB BB AB BB AB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1560 SNP_A-1714166 rs821380 1 85849767 1.66 1.852.22 2.33 1.68 2.24 1.74 2.40 1.69 1.75 1.69 2.31 2.341.89 2.06 2.70 2.33 2.35 3.09 2.99 2.06 2.22 1.77 1.752.12 1.91 BB BB BB BB AA BB BB BBBB BB AA AB AB BB BB BB BB BB ABBB BB BB NoCall BB BB AB2 1561 SNP_A-1725728 rs10493774 1 85849984 1.66 2.732.12 1.97 1.68 2.53 2.81 3.08 1.88 2.34 1.62 2.17 1.901.95 2.33 2.15 2.33 1.99 1.88 2.05 2.25 2.22 1.87 2.052.37 2.29 BB BB AA AA AA NoCall AANoCall AA AA AA AB AA NoCall AB AB AB ABAA AB AA BB AA AA BB AA2 1562 SNP_A-1685536 rs952837 1 85884999 1.99 2.432.50 2.41 1.70 3.11 1.94 4.53 2.18 2.72 2.13 2.62 3.692.68 2.45 3.13 2.35 2.20 1.97 2.64 1.81 1.83 2.47 2.041.73 1.93 AA AA AB AB BB AA BB ABAA AB AA AA AB AB NoCall AB AA AA ABAA BB AA AA AA AA AA2 1563 SNP_A-1645654 rs1775986 1 85885121 2.00 2.742.64 2.58 1.70 3.20 1.42 4.09 2.49 2.19 1.85 2.11 3.322.12 2.50 3.35 2.35 2.43 1.82 2.72 2.29 1.83 2.92 1.541.94 1.54 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1564 SNP_A-1673166 rs2014733 1 85921402 2.03 2.52

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.85 2.41 1.66 3.41 1.43 2.86 2.33 2.90 1.50 2.39 2.521.84 2.26 2.96 2.33 1.73 2.15 2.95 2.10 1.81 2.89 1.932.50 0.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1565 SNP_A-1685370 rs2094034 1 85945892 2.23 2.252.40 2.45 1.75 3.46 2.14 3.06 1.87 3.20 1.82 2.00 2.802.28 2.18 2.54 2.42 2.79 2.74 2.92 2.76 1.94 2.38 1.813.46 1.66 AA AA AB AB AA AA AA AABB AB NoCall AB AB AA AA AA AA AA ABAB AA AA BB BB AA AB2 1566 SNP_A-1749355 rs186376 1 85998480 2.25 3.712.62 2.25 1.73 3.27 3.08 5.24 2.56 3.37 1.38 1.52 1.291.55 1.62 1.42 2.38 1.99 1.41 1.47 2.05 1.92 3.10 2.142.74 2.27 BB BB BB AB AA BB BB BBAA BB BB AB BB NoCall BB BB AB AB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1567 SNP_A-1741505 rs2046159 1 86042610 1.91 2.952.33 2.20 1.73 2.82 2.83 3.13 1.75 2.27 1.15 2.24 1.841.48 1.95 1.68 2.25 2.69 2.31 2.16 2.50 1.88 2.15 2.374.19 2.76 BB BB AB AB BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB AB AB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB AB2 1568 SNP_A-1734600 rs10493776 1 86081954 1.39 1.921.81 1.74 1.73 1.99 1.74 1.65 1.27 1.77 1.51 2.69 1.691.95 2.02 2.70 2.25 2.05 2.08 2.34 2.23 1.88 1.75 1.731.79 1.95 AA AA AA AA BB BB AA AAAA AB AA AA AA AA AB AA AA AB AAAA AA BB AB AA AA AA2 1569 SNP_A-1749995 rs1858556 1 86083170 2.12 2.892.22 2.18 1.73 2.56 2.87 2.81 1.69 3.05 1.10 2.15 1.031.55 1.57 1.41 2.25 2.13 1.53 1.61 2.28 1.88 2.68 2.372.72 2.48 AA AB AA AA AA AA AA ABBB AA AA AA AB NoCall AA AB NoCall AA AAAA AB AA AB AA AA AA2 1570 SNP_A-1744883 rs10493777 1 86089049 1.52 1.761.77 1.94 1.73 2.45 1.75 1.74 1.44 2.16 1.59 1.79 1.852.34 2.37 2.72 2.25 2.35 3.03 2.28 2.32 1.88 1.83 1.912.73 2.09 BB NoCall BB BB BB BB BB ABAA BB BB BB AB AB BB AB AB BB BBBB AB BB NoCall BB BB BB2 1571 SNP_A-1682486 rs10493778 1 86146385 1.89 2.492.29 2.02 1.71 2.52 2.31 2.92 1.74 2.49 1.77 2.11 2.182.40 2.63 2.43 2.30 2.14 2.11 2.18 2.38 1.91 2.06 2.352.66 2.47 BB BB BB BB AA AA NoCall BBBB AB BB BB BB NoCall NoCall BB BB AB BBBB BB AA AB NoCall BB BB2 1572 SNP_A-1676262 rs10493780 1 86162421 1.44 1.691.77 1.90 1.71 1.55 2.34 1.14 1.46 2.40 2.10 1.93 1.672.85 2.54 3.05 2.30 3.07 2.34 2.50 2.62 1.91 1.08 1.472.99 2.17 BB BB BB BB BB AA BB BBBB AB BB BB BB BB AB BB BB AB BBBB BB AA AB BB BB BB2 1573 SNP_A-1749517 rs10493781 1 86162549 1.73 2.231.99 1.87 1.71 2.48 2.94 1.95 1.46 2.22 1.22 2.08 0.971.50 1.55 1.43 2.30 1.87 1.93 1.65 1.98 1.91 1.80 2.012.21 2.64 BB BB BB BB BB AA BB BBNoCall AB BB BB BB BB NoCall BB BB AB BBBB BB AA AB BB BB BB2 1574 SNP_A-1649740 rs10493782 1 86163402 1.47 2.272.27 1.96 1.71 1.90 2.14 2.13 1.40 1.99 2.03 2.65 1.892.13 2.28 2.69 2.30 2.42 2.60 2.69 2.90 1.91 1.84 2.072.53 2.33 AA AA AA AA BB BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall AA AB AA AA AA AA NoCall AA AA ABAA AA AA BB AB AA AA AA2 1575 SNP_A-1731967 rs477862 1 86193890 1.69 2.462.14 2.03 1.73 2.70 3.00 2.89 1.60 2.58 3.44 1.97 2.271.86 2.07 1.88 2.30 2.47 2.43 2.29 2.91 1.94 1.77 2.503.64 2.88 AA AA AB AA BB AB BB AAAA AA NoCall AB AB NoCall AA AA BB BB AAAA AB BB AA AA AA AB2 1576 SNP_A-1728923 rs474106 1 86194307 1.94 2.352.48 1.98 1.73 2.94 1.62 2.44 1.99 2.02 3.04 1.79 2.311.66 1.82 2.17 2.30 2.21 1.96 2.47 2.12 1.94 2.14 1.832.64 2.01 BB BB AB BB BB AB AA BBBB BB NoCall AB AB NoCall BB BB AA AA BBBB AB AA BB BB BB AB2 1577 SNP_A-1693056 rs10493788 1 86194355 1.40 3.031.85 2.01 1.73 2.00 1.80 4.44 1.43 1.65 5.15 3.77 3.933.60 4.31 4.73 2.30 3.42 3.35 3.73 4.38 1.94 2.05 2.372.33 2.52 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AB AA NoCall AA AA NoCall NoCall AAAA NoCall AA AA AA AA AA2 1578 SNP_A-1758178 rs473232 1 86194386 1.94 2.642.55 2.19 1.73 3.16 3.08 2.90 1.76 2.59 3.01 2.49 2.301.92 2.33 2.23 2.30 2.69 1.97 2.10 2.35 1.94 2.62 2.602.33 2.49 BB BB AB BB BB NoCall AA BBBB BB AB AB AB NoCall BB BB AA AA BBBB AB AA BB BB BB AB2 1579 SNP_A-1653508 rs10493787 1 86195125 1.74 2.432.27 1.98 1.73 2.81 1.63 3.50 1.51 2.10 3.58 2.34 2.791.90 2.04 2.50 2.30 2.77 3.80 2.59 2.37 1.94 1.90 2.332.54 2.14 BB BB BB BB BB AB AB BBBB BB BB AB BB BB BB BB AA AA BBBB AB AA BB BB BB AB2 1580 SNP_A-1739175 rs10518360 1 86237825 1.62 2.561.88 1.72 1.72 2.15 2.11 2.35 1.75 1.93 2.38 2.19 1.291.54 1.84 1.87 2.27 1.95 1.53 1.79 1.97 1.92 1.76 1.921.83 2.09 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AB AA AB AB AA AA AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA2 1581 SNP_A-1718419 rs1108396 1 86363293 1.70 2.202.42 1.93 1.73 3.22 1.17 2.39 1.98 2.47 3.36 1.77 1.811.68 2.02 2.37 2.26 2.35 1.36 2.80 2.21 1.98 2.07 1.502.18 1.18 AA AA AA AA BB AA AA ABNoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AA AB AAAB AA AA AA AA AB AB2 1582 SNP_A-1739535 rs1108394 1 86363503 1.39 2.292.01 1.78 1.73 2.16 1.46 2.22 1.43 1.93 3.48 2.30 2.012.08 1.85 2.75 2.26 1.75 1.49 2.13 2.27 1.98 2.01 1.811.13 1.28 AA AA AA AA AA AA AANoCall NoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AANoCall AA NoCall AA AA AA AA NoCall NoCall2 1583 SNP_A-1666214 rs925076 1 86372838 2.21 2.222.60 2.19 1.75 2.81 2.71 2.69 1.63 2.24 3.76 2.39 2.592.58 2.40 3.22 2.28 2.14 3.00 2.88 2.61 1.99 2.43 2.772.73 2.48 BB BB BB BB BB BB BB ABAA BB BB AB BB AB NoCall BB AB AB BBAB AA AA BB BB AB AB2 1584 SNP_A-1749527 rs1032959 1 86373295 1.99 2.412.54 2.45 1.75 2.76 2.74 2.58 1.83 2.91 3.58 2.47 2.222.14 2.35 2.33 2.28 2.33 2.10 2.72 2.61 1.99 2.48 2.662.22 2.81 BB BB BB BB BB BB BB ABAA BB BB AB BB AB NoCall BB AB AB BBAB AA AA BB BB AB AB2 1585 SNP_A-1744239 rs10489734 1 86438640 1.27 2.40

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.16 1.80 1.97 2.16 1.45 3.64 1.67 1.96 4.36 2.90 3.382.94 2.70 3.38 2.29 2.14 2.10 2.72 2.33 2.04 2.00 1.521.31 1.64 BB BB BB BB BB BB BB AABB BB BB BB BB BB NoCall BB BB ABNoCall BB NoCall BB BB AA NoCall BB2 1586 SNP_A-1719527 rs7520020 1 86461458 1.81 2.041.82 1.89 1.91 2.41 2.44 3.38 1.75 2.71 3.60 2.52 2.422.90 2.69 3.48 2.24 2.30 2.70 2.50 2.09 1.94 1.91 2.132.57 2.15 AA AA AA AA BB AA AA BBAA AA AA AA AA AA AB AA AA AA ABNoCall AB AA AA AA AB AA2 1587 SNP_A-1716227 rs997641 1 86500966 1.79 2.362.04 1.87 1.92 2.32 2.64 3.17 1.63 2.14 2.91 2.13 1.371.56 2.01 1.85 2.29 2.49 1.76 2.07 2.32 1.97 2.04 2.272.36 2.20 AA AA AB AA BB AA NoCall BBBB AA AB AA AA AA AB AB AA AA ABAB BB AA AA BB AB AB2 1588 SNP_A-1709035 rs10489735 1 86501564 1.64 2.242.40 2.03 1.92 3.06 1.63 3.24 2.29 2.63 3.02 2.16 2.091.86 2.05 2.14 2.29 2.70 2.95 2.23 2.42 1.97 2.12 1.543.35 1.51 AA AA AB AA BB AA NoCall BBBB AA NoCall AA AA AA AB NoCall AA AANoCall AB BB AA AA NoCall NoCall AB2 1589 SNP_A-1670191 rs1182102 1 86542551 1.62 1.452.22 2.11 1.92 2.49 1.42 1.57 1.61 1.90 3.93 1.82 1.971.94 1.98 2.08 2.29 2.72 3.16 2.54 2.16 1.97 1.56 1.782.94 2.60 AA AA NoCall AA BB AA AB ABBB AA NoCall AA AA AA AA AB AA AA ABAB BB AA AA BB AB BB2 1590 SNP_A-1718723 rs2181418 1 86557221 2.26 2.332.54 2.16 1.92 3.03 2.52 2.50 1.99 2.46 2.96 2.54 1.761.94 2.18 1.92 2.29 2.34 2.30 2.13 2.34 1.97 2.54 2.552.87 2.63 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA2 1591 SNP_A-1722972 rs272514 1 86557584 1.46 2.621.92 1.82 1.92 2.51 1.32 3.35 1.67 2.30 2.61 3.10 2.011.72 1.92 1.68 2.29 2.08 1.03 2.05 2.34 1.97 1.89 2.001.57 1.57 BB AA AA AB AB BB NoCall ABAA BB AB AA BB AB BB AB AA BB AAAB AA BB NoCall BB AB AB2 1592 SNP_A-1754568 rs4656044 1 86558070 1.91 3.212.53 2.16 1.92 2.59 2.85 3.04 1.90 2.49 3.90 2.79 2.422.40 2.83 3.00 2.29 3.05 2.93 3.07 3.24 1.97 2.45 2.813.33 2.72 BB AA NoCall AB AA BB BB BBBB BB BB AA BB NoCall NoCall BB AA BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1593 SNP_A-1708012 rs1889337 1 86616346 1.79 2.702.29 1.87 1.98 2.54 2.49 4.58 1.76 1.92 2.84 1.84 1.611.54 1.89 1.58 2.34 2.52 1.93 1.79 2.35 2.00 2.08 2.413.01 2.20 AA BB BB NoCall AB AA NoCall AABB AA AB AB AA NoCall AA NoCall BB AB ABAB AB AA AA BB AA BB2 1594 SNP_A-1644042 rs10493791 1 86616871 1.84 2.782.74 2.40 1.98 3.13 3.29 4.29 2.24 2.79 3.82 2.04 2.212.27 2.50 2.65 2.34 3.11 2.39 2.47 2.88 2.00 2.49 2.943.35 2.82 BB AA AA AA BB NoCall AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1595 SNP_A-1690695 rs2753338 1 86647057 1.41 2.771.65 1.79 1.95 2.41 1.68 5.71 1.53 1.86 2.94 2.54 2.081.54 1.69 2.02 2.32 2.09 1.54 2.05 2.18 1.98 1.83 1.582.14 1.74 BB BB AB NoCall AB NoCall NoCall AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB AA AB AA AA AB BB AB AA ABAA AB AA NoCall AA AA AA2 1596 SNP_A-1738543 rs2180762 1 86651411 2.26 2.943.03 2.58 1.95 3.16 2.42 8.38 2.28 3.88 2.95 1.44 2.082.52 2.20 2.60 2.32 2.17 2.47 1.80 2.40 1.98 2.45 2.103.68 2.28 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AANoCall AA AA AA NoCall NoCall AA2 1597 SNP_A-1717831 rs926064 1 86653369 2.13 2.832.49 2.29 1.95 2.41 2.96 4.43 1.50 2.51 3.81 2.45 6.413.24 3.18 4.13 2.32 2.09 3.22 2.66 2.82 1.98 2.15 2.992.72 3.39 AA AA NoCall NoCall AA AB AA BBBB NoCall BB AA AB AB BB AA AB BB ABBB NoCall BB AB BB NoCall AA2 1598 SNP_A-1659914 rs10489693 1 86693277 1.80 1.362.07 1.94 1.94 2.24 1.98 2.74 1.51 1.84 6.81 1.42 3.783.90 2.97 4.35 2.35 2.87 3.70 3.54 3.38 1.98 1.44 1.882.74 2.80 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1599 SNP_A-1664832 rs2753369 1 86693637 1.88 2.272.27 2.26 1.94 2.53 2.53 2.66 1.75 2.61 3.02 1.58 1.661.79 2.11 1.88 2.35 2.30 1.82 1.89 2.74 1.98 2.03 2.122.70 2.64 AA BB NoCall BB AB AB AB AAAB AB AA AB AB BB BB AB AB AA ABAB AA BB AB NoCall AB AA2 1600 SNP_A-1746595 rs1321685 1 86696528 1.52 2.411.95 1.70 1.94 2.38 2.11 2.38 1.61 2.10 2.84 1.72 1.411.45 1.64 1.72 2.35 1.83 1.76 1.85 1.73 1.98 1.85 1.782.44 2.16 AA AA NoCall AA BB AB AB AANoCall AA AB AA AA AA AA AB AB AA AAAA BB AA NoCall AA AB AB2 1601 SNP_A-1650092 rs10489694 1 86718670 2.32 2.242.84 2.11 1.94 2.76 2.66 2.79 1.93 2.17 3.63 1.98 1.992.26 1.75 2.48 2.37 2.72 3.84 2.82 2.56 1.99 1.89 2.154.44 2.69 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB AB2 1602 SNP_A-1725184 rs10489695 1 86748061 1.78 2.642.22 1.96 1.94 2.73 2.27 2.37 1.89 2.63 2.74 1.62 1.701.16 2.05 2.11 2.37 2.42 1.50 2.44 2.71 1.99 2.58 2.991.93 2.23 BB BB BB AB BB BB NoCall BBBB BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB AB2 1603 SNP_A-1673084 rs263483 1 86912750 1.54 1.992.20 2.09 1.98 2.27 2.63 1.99 1.49 2.42 3.41 2.39 1.861.85 2.21 2.09 2.26 2.57 2.58 2.47 2.48 1.88 2.00 2.453.53 2.90 AA AA AA AB BB NoCall NoCall ABAA AA BB AB BB AA AA AB AA AB ABAB AB AA AA AA BB BB2 1604 SNP_A-1695741 rs491029 1 87051778 2.17 2.502.77 2.32 2.33 2.85 3.23 3.81 2.20 2.58 3.32 1.78 2.682.36 2.50 2.49 2.27 2.41 2.55 2.31 2.51 2.03 2.65 2.482.90 2.80 BB BB BB BB BB BB NoCall ABBB BB BB AB AB BB NoCall NoCall AB AB BBAA BB BB BB NoCall BB AB2 1605 SNP_A-1686218 rs576955 1 87054331 1.64 2.292.00 2.19 2.33 2.46 1.98 3.11 1.66 2.22 3.30 2.28 2.272.13 1.59 3.36 2.27 1.84 2.61 2.10 2.05 2.03 1.99 1.672.52 1.85 BB BB BB BB BB BB NoCall ABBB BB BB AB AB BB NoCall NoCall AB NoCall BBAA BB BB BB BB BB AA2 1606 SNP_A-1686810 rs479341 1 87054491 2.04 2.41

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.37 1.95 2.33 2.57 3.35 3.64 1.83 2.56 2.87 2.70 2.592.00 2.14 3.40 2.27 2.24 2.17 1.95 2.50 2.03 2.36 2.712.61 2.69 BB BB BB BB BB BB NoCall ABBB BB BB AB AB BB NoCall NoCall AB AB BBAA BB BB BB BB BB AB2 1607 SNP_A-1668142 rs581405 1 87054831 1.56 2.552.21 2.09 2.33 2.50 2.18 3.53 1.68 2.02 2.68 2.37 2.181.45 1.70 3.77 2.27 2.14 1.80 2.31 1.86 2.03 2.27 1.632.45 1.65 BB BB BB BB BB BB NoCall ABBB BB BB AB AB BB NoCall AA NoCall AB BBAA BB BB BB BB BB AB2 1608 SNP_A-1700881 rs527281 1 87085164 1.48 2.022.05 2.06 2.29 2.44 1.99 3.03 1.75 1.83 4.30 2.58 4.312.47 2.01 3.13 2.24 2.62 2.92 3.05 2.63 1.98 1.81 1.852.67 1.76 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1609 SNP_A-1707842 rs10493794 1 87182650 1.75 1.671.94 1.68 2.20 1.99 1.55 2.20 1.71 1.89 3.65 1.76 2.581.85 1.50 1.93 2.12 2.16 2.54 2.05 2.38 1.86 1.57 1.273.01 1.45 BB BB BB BB BB AB NoCall ABBB BB BB AB AB BB AB AB BB AB BBAA BB BB BB BB BB AA2 1610 SNP_A-1677592 rs3949926 1 87271799 1.91 2.512.36 2.18 2.10 2.81 3.29 3.81 1.58 2.33 5.44 3.53 4.134.07 4.65 4.33 2.08 3.82 2.95 5.15 3.95 1.80 2.19 3.952.23 3.45 BB BB BB BB AA NoCall NoCallNoCall AB NoCall BB BB NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall BB AA BB BB NoCall NoCall BB NoCall2 1611 SNP_A-1726074 rs719015 1 87323731 1.85 1.592.40 2.38 1.84 2.99 1.40 2.63 1.99 2.51 3.78 1.91 2.651.70 2.11 2.83 2.13 2.36 2.17 2.36 1.94 1.84 2.04 1.981.96 2.07 BB NoCall AB BB BB AB BB ABAB AB AB AB BB AB AB BB AB BB AABB AB BB AB BB BB AA2 1612 SNP_A-1674759 rs10518382 1 87361456 1.47 2.012.16 1.89 1.82 2.37 1.67 3.11 1.73 1.87 2.62 2.07 2.141.50 1.66 1.83 2.12 2.15 1.82 2.43 1.93 1.80 1.87 1.472.51 1.56 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1613 SNP_A-1757093 rs7556318 1 87361886 1.49 1.981.94 1.73 1.82 2.07 1.76 2.92 1.67 2.25 3.22 1.86 2.552.19 1.90 1.99 2.12 2.17 2.07 2.44 2.22 1.80 1.62 1.363.14 1.61 BB AB BB AB AA AB BB ABAB BB BB AB AA AB BB BB BB AB AAAB AA BB BB AA BB AA2 1614 SNP_A-1717037 rs11590383 1 87432949 1.70 2.231.96 1.85 1.89 3.10 2.05 3.23 1.81 2.33 2.69 2.17 1.771.57 1.56 1.79 2.12 1.74 1.73 1.73 1.81 1.81 2.07 1.521.64 1.70 BB BB BB BB AB NoCall BB AABB AB AB AB AB AB AB NoCall BB AB BBBB AB BB BB AA AB BB2 1615 SNP_A-1741861 rs719795 1 87498724 1.53 3.461.75 1.77 1.89 2.28 2.49 4.05 1.74 2.57 3.09 2.70 2.131.96 2.24 2.13 2.12 2.12 0.99 1.94 2.65 1.77 1.96 2.601.33 2.46 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1616 SNP_A-1751675 rs10518386 1 87559182 1.65 2.222.02 1.96 1.60 2.42 2.22 2.11 1.41 2.54 2.64 2.23 1.591.81 1.86 1.76 1.96 2.28 1.95 1.94 2.34 1.48 1.75 2.052.89 2.04 AA AA AA AA BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1617 SNP_A-1691890 rs10493798 1 87731431 1.45 2.421.72 1.87 2.31 2.04 2.23 2.74 1.58 1.90 2.62 2.15 1.701.26 1.61 1.62 2.17 2.52 1.84 1.87 2.26 1.63 1.50 1.852.79 1.93 AA AB AB BB AB AA NoCall BBAB NoCall BB BB AB AA BB BB AA BB BBAB AB BB AA BB BB BB2 1618 SNP_A-1703267 rs6699989 1 87784403 1.30 1.671.95 2.02 2.31 2.13 1.40 2.19 1.60 1.94 3.09 1.50 2.152.07 1.49 2.21 2.13 2.17 1.85 1.78 1.67 1.66 1.40 1.012.38 1.10 AA BB BB BB AB BB NoCall BBBB BB AB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB AA BB BB BB AA2 1619 SNP_A-1662088 rs726300 1 87815233 1.69 2.281.90 1.92 2.33 2.43 1.65 3.10 1.43 1.90 3.14 2.47 3.511.79 1.89 2.61 2.09 1.94 1.28 1.80 2.13 1.63 2.21 1.511.74 1.69 BB BB NoCall NoCall AB AB BB AAAB BB AB AA AB AB AB AA AB AA BBBB AB BB AA BB AB BB2 1620 SNP_A-1669761 rs6576915 1 87819769 1.28 2.001.90 1.89 2.33 2.33 1.66 2.79 1.42 2.38 3.04 1.92 2.401.79 1.82 2.04 2.09 2.70 1.43 1.90 2.51 1.63 1.73 1.562.02 1.81 BB AA AB AB BB AB NoCall BBAB AB AB BB AB AB AB BB AB BB ABAA AB AA BB AA AB AB2 1621 SNP_A-1677020 rs4409623 1 87819917 1.81 2.222.33 2.07 2.33 2.36 2.50 3.00 1.76 2.62 3.57 1.96 2.472.09 2.34 2.62 2.09 2.28 1.99 2.38 2.31 1.63 2.35 2.612.45 2.25 AA BB NoCall NoCall BB NoCall NoCall AAAB AB AB AA AB AB AB AA NoCall AANoCall BB AB BB AA BB AB AB2 1622 SNP_A-1716071 rs10493799 1 87884981 2.16 2.752.66 2.25 2.34 2.62 2.61 3.26 1.93 2.20 3.55 2.16 2.682.64 3.08 2.89 2.09 2.53 2.34 2.70 3.18 1.63 2.44 2.792.89 2.38 AA AA AA AA AA NoCall NoCall ABAA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 1623 SNP_A-1735158 rs10518396 1 87885417 1.79 2.182.30 1.86 2.34 2.79 2.06 3.01 2.01 1.34 3.08 1.73 2.322.34 1.87 1.84 2.09 2.07 2.27 2.15 2.40 1.63 1.64 1.853.54 1.99 AA AA AA AA BB AA AA AAAA NoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AB AANoCall AA AA AA AA AA AA2 1624 SNP_A-1695557 rs10518397 1 87888735 1.31 2.001.71 1.61 2.34 1.78 2.09 2.58 1.64 1.35 4.20 1.94 2.022.54 2.17 2.88 2.09 1.71 1.53 2.10 1.77 1.63 1.52 1.901.35 2.14 AA AB AA AA BB AA AA AAAA NoCall AB AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA BB AA AA AA AA2 1625 SNP_A-1676866 rs10493800 1 87889424 1.93 2.362.56 2.37 2.34 2.92 1.69 2.69 1.77 2.43 3.46 2.26 2.251.87 2.22 2.64 2.09 2.30 1.97 2.42 2.37 1.63 2.36 1.912.64 1.63 BB AA BB NoCall AA BB NoCall BBAA NoCall NoCall BB BB BB BB BB BB NoCallNoCall AA BB AA NoCall NoCall BB NoCall2 1626 SNP_A-1758831 rs10518398 1 87904321 1.95 1.972.07 1.93 2.34 2.54 1.87 2.06 1.58 2.23 2.97 2.13 1.921.69 2.35 2.37 2.09 2.41 1.25 1.80 2.69 1.63 2.18 1.881.83 2.10 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1627 SNP_A-1681746 rs719142 1 87967735 1.95 1.67

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.08 1.95 2.36 2.28 2.67 1.87 1.49 1.87 5.10 2.41 2.513.15 2.98 3.42 2.08 2.53 3.33 3.04 2.63 1.64 1.50 2.573.02 2.69 AA BB AA AB BB AA AA ABAA BB BB AB AB AA AA AB AB AA AAAA AB BB NoCall AA AB AB2 1628 SNP_A-1678522 0 1 87967759 1.58 3.62 1.881.77 2.36 2.38 2.39 2.70 1.64 2.02 3.74 2.74 2.04 2.352.66 2.99 2.08 1.89 1.27 2.48 2.01 1.64 1.77 2.59 1.151.86 AA NoCall AA AA BB AA NoCall AA AAAB AA AA AB AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 1629 SNP_A-1674659 rs10489942 1 87993038 2.14 2.471.92 1.95 2.46 2.33 2.12 2.53 1.92 2.11 3.24 1.77 1.781.81 1.95 2.13 2.12 2.12 1.55 1.81 2.16 1.69 1.86 2.061.95 2.14 AA BB BB AB AB AB BB BBAA BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB BB BB2 1630 SNP_A-1674937 rs6699416 1 88373117 1.94 1.522.13 1.98 1.87 2.65 1.38 1.32 1.62 1.72 3.84 2.48 1.972.14 2.27 2.86 2.14 2.71 2.53 2.73 2.40 1.81 1.66 1.422.27 2.02 BB AB AB BB AB BB BB BBBB BB AA BB AB BB BB BB BB AB BBBB BB AA BB AA BB BB2 1631 SNP_A-1708566 rs10493804 1 88404106 1.54 1.682.08 1.94 1.87 2.32 1.33 1.72 1.52 2.00 3.08 2.25 2.611.63 1.93 2.50 2.14 2.40 1.62 2.26 1.90 1.81 1.57 1.571.83 1.57 BB AB AA AB BB AA AB ABAB AB AA AB AA AA AB AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1632 SNP_A-1653888 rs10493805 1 88404196 0.81 1.212.18 1.64 1.87 2.27 1.51 1.40 1.54 1.73 3.88 1.70 2.221.97 2.28 2.70 2.14 2.51 2.84 2.43 2.13 1.81 1.44 1.692.71 2.10 BB AB AA AB BB AA NoCall ABNoCall AB AA AB AA AA AB AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1633 SNP_A-1664718 rs10493806 1 88405970 1.75 2.851.73 1.47 1.87 2.61 2.59 3.32 2.02 2.06 2.12 2.03 1.511.60 1.27 1.24 2.14 1.51 1.06 1.28 1.63 1.81 1.78 1.772.13 2.39 BB BB BB AB AA AA BB BBNoCall BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB AA NoCall2 1634 SNP_A-1737065 rs631112 1 88458546 4.79 2.483.02 4.40 1.87 3.51 1.67 1.81 2.36 2.70 6.66 4.63 3.763.03 2.47 3.89 2.15 3.30 4.48 4.38 3.15 1.81 2.51 2.553.41 3.15 AA AB BB NoCall BB BB AB ABBB AB BB BB BB BB AB BB AB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1635 SNP_A-1690423 rs10493597 1 88458617 1.68 1.622.26 2.27 1.87 2.54 1.59 1.95 2.23 2.22 3.82 2.47 2.572.08 2.07 2.51 2.15 2.47 2.77 2.68 2.14 1.81 2.10 2.072.23 1.76 BB AB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1636 SNP_A-1731259 rs644770 1 88459287 1.85 2.141.87 1.95 1.87 2.28 2.92 1.64 1.47 1.89 3.69 2.16 1.702.18 2.23 2.35 2.15 2.55 2.43 2.32 2.49 1.81 1.68 2.392.79 2.70 AA AA AB AA BB NoCall NoCall ABBB AB BB BB BB BB AB BB AB AB BBBB BB BB BB AA AB AA2 1637 SNP_A-1646344 rs2179965 1 88514033 2.79 3.022.32 2.72 1.87 2.33 1.63 2.02 2.00 2.71 2.72 2.11 1.501.65 1.82 1.93 2.15 2.58 2.42 2.29 2.40 1.81 2.04 1.542.59 1.76 AA NoCall BB NoCall BB BB AB AB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB NoCall BB BB BB BB NoCall BB NoCall AB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1638 SNP_A-1719699 rs10489567 1 88515708 1.49 1.721.68 1.63 1.87 2.17 1.55 2.09 1.45 2.08 3.58 3.41 2.761.97 2.35 3.01 2.15 2.58 1.63 2.90 2.52 1.81 2.20 2.792.20 1.67 AA AB AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1639 SNP_A-1659490 rs10489568 1 88515986 1.62 1.931.64 1.85 1.87 2.04 2.64 1.60 1.31 1.78 3.30 2.25 1.851.94 2.24 2.55 2.15 1.89 2.47 1.87 2.13 1.81 1.62 2.402.57 2.12 BB AB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1640 SNP_A-1746619 rs10489569 1 88516109 1.35 1.851.96 2.12 1.87 2.05 1.45 1.27 1.55 1.91 3.09 2.07 2.131.78 1.59 2.64 2.15 1.99 2.11 2.01 1.82 1.81 1.43 1.362.22 1.36 BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1641 SNP_A-1711550 rs932486 1 88516573 1.76 1.371.94 1.88 1.87 2.20 1.52 1.38 1.47 1.89 3.83 2.53 3.072.21 2.07 3.23 2.15 2.00 2.59 2.70 2.16 1.81 1.81 1.482.17 1.84 AA AB NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1642 SNP_A-1751661 rs10493811 1 88588470 1.51 1.781.69 1.66 1.85 1.71 2.23 1.49 1.26 1.54 2.99 1.99 2.001.98 1.89 2.04 2.16 2.04 2.77 1.91 2.18 1.79 1.41 1.532.47 2.15 BB BB BB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1643 SNP_A-1655791 rs10493810 1 88588623 1.93 1.862.50 2.15 1.85 2.70 1.85 1.44 2.33 3.01 3.26 2.25 2.782.02 1.98 2.52 2.16 2.93 3.16 2.28 2.46 1.79 1.94 2.152.74 2.56 BB BB NoCall BB BB NoCall BB BBAB AB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1644 SNP_A-1658142 rs960202 1 88605059 2.57 2.483.39 2.74 1.82 3.41 2.66 2.82 2.62 3.48 2.41 1.49 1.992.05 2.77 2.62 2.17 2.12 2.01 1.83 2.42 1.77 2.65 1.933.09 2.45 BB NoCall BB BB AA BB NoCall ABBB BB NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall AB BBBB NoCall BB NoCall NoCall BB NoCall2 1645 SNP_A-1670047 rs593861 1 88805760 1.91 4.012.27 1.86 1.65 2.79 3.34 4.81 1.53 2.71 2.09 2.27 1.491.31 1.59 1.37 2.29 2.11 1.16 1.60 2.37 1.79 2.63 2.102.63 2.80 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall BB AA AA2 1646 SNP_A-1675948 rs2046888 1 88848518 1.62 2.322.33 2.05 1.65 2.49 1.95 1.72 1.73 2.80 3.22 2.09 1.671.69 1.88 1.95 2.32 2.39 1.42 2.33 2.27 1.80 2.24 2.291.91 2.16 AA BB AB AB BB AA NoCall ABBB AB AA AB AB AB AA AA BB AA AAAA AA AA BB AA AA AA2 1647 SNP_A-1671142 rs10489889 1 88926826 2.27 2.882.81 2.15 1.83 3.05 3.08 2.91 2.05 3.22 2.34 1.88 1.911.63 2.00 1.94 2.46 2.19 1.38 1.96 2.03 1.90 3.01 2.681.93 2.44 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1648 SNP_A-1735368 rs10489888 1 88926848 2.01 2.18

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.50 1.99 1.83 2.96 2.26 1.89 1.87 2.70 2.35 1.34 1.471.32 1.66 1.58 2.46 2.30 2.01 1.99 2.00 1.90 2.42 1.773.12 1.76 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1649 SNP_A-1728037 rs305218 1 88929360 1.54 5.381.86 1.87 1.83 2.29 1.60 2.36 1.66 1.79 5.40 3.39 2.982.55 2.62 3.25 2.46 2.82 2.43 3.32 2.93 1.90 2.01 1.882.01 1.48 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 1650 SNP_A-1710163 rs170038 1 88948715 1.52 2.662.05 1.78 1.84 2.48 1.84 1.98 1.34 1.57 4.62 2.23 3.042.23 2.61 2.85 2.46 2.26 3.28 2.80 2.51 1.90 1.44 1.812.11 1.84 AA AB AA AB BB AA BB ABBB AA AA AB AB AB AA NoCall BB AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 1651 SNP_A-1696456 rs9287139 1 88949099 1.15 1.461.50 1.41 1.84 1.89 1.34 2.02 1.20 2.20 4.43 2.45 3.762.91 2.85 3.78 2.46 1.94 2.40 2.35 2.24 1.90 1.75 2.071.97 1.71 AA AA AA AA BB NoCall AA AAAA NoCall AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA NoCall NoCall AA AA2 1652 SNP_A-1756220 rs10489887 1 88958918 1.65 2.681.96 1.94 1.84 2.51 2.60 1.56 1.30 2.30 3.42 1.92 1.692.12 2.31 2.22 2.46 2.48 1.75 2.19 3.00 1.90 2.01 2.302.44 2.48 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1653 SNP_A-1677078 rs10493818 1 89045578 1.52 1.732.06 1.89 1.85 2.23 2.02 2.46 1.57 2.10 4.51 1.50 3.232.41 2.51 2.82 2.45 2.70 2.64 2.67 2.62 1.90 1.78 1.632.52 2.07 BB AB BB AB BB BB AA ABAA BB AB AB AB AB BB AB AA BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1654 SNP_A-1664920 rs10493819 1 89125856 2.25 4.413.09 2.78 1.89 3.63 3.89 6.66 2.64 3.57 2.87 1.93 2.573.17 3.52 2.83 2.42 2.80 2.08 2.44 3.61 1.92 3.77 2.733.19 2.42 AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AANoCall AA AA AA AA NoCall AA AA2 1655 SNP_A-1746430 rs10922530 1 89139273 2.35 2.381.51 2.31 1.89 2.87 4.33 3.41 1.37 2.99 3.61 2.07 2.602.93 2.46 2.58 2.42 2.99 2.75 2.59 2.73 1.92 2.31 2.614.56 2.23 BB AB NoCall BB AA BB AA ABAB BB AB AB AB AB BB AB AA BB BBAB BB BB AB BB BB NoCall2 1656 SNP_A-1684890 rs3753683 1 89139592 1.73 2.262.75 2.46 1.89 2.48 2.59 3.11 1.62 2.55 3.32 1.86 2.332.23 2.60 2.16 2.42 2.55 2.55 2.58 2.32 1.92 2.39 2.473.30 2.58 BB AB AA AA AA AA BB ABNoCall AB NoCall AB AB NoCall AA NoCall BB AA AAAB AB AA BB AA AA AA2 1657 SNP_A-1678096 rs1409149 1 89141170 2.17 3.962.48 2.00 1.89 2.65 3.40 6.01 2.18 2.67 1.98 1.76 1.511.81 1.66 1.73 2.42 1.69 1.70 1.64 1.86 1.92 3.20 1.692.02 1.66 NoCall NoCall AB AA AA AA BB ABAB AB NoCall AB AB NoCall AA NoCall BB AA AANoCall AB AA BB NoCall AA AB2 1658 SNP_A-1716141 #N/A 1 89221744 1.45 2.03 2.212.02 2.00 2.77 2.26 3.50 1.69 1.89 3.48 1.58 2.30 2.402.17 2.53 2.00 1.59 0.93 1.58 0.85 2.00 2.52 2.24 0.992.33 AA BB BB AA NoCall AA BB AB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB NoCall BB BB AB BB AB NoCall AB AA ABAA NoCall BB BB BB BB2 1659 SNP_A-1700664 rs7413158 1 89292717 1.83 1.981.99 2.07 2.08 2.42 1.74 1.83 1.63 1.80 3.46 1.99 1.831.47 1.86 1.76 2.48 2.27 2.28 2.38 2.28 1.93 2.00 1.963.13 1.99 BB AB AA BB BB BB AB ABBB AB AB AB BB BB NoCall AB BB AB BBAB AB AA BB AA BB AA2 1660 SNP_A-1735358 rs1329120 1 89296586 1.40 2.331.59 1.53 2.12 2.05 2.09 2.15 1.33 2.26 3.28 1.94 1.591.85 2.25 2.41 2.41 2.03 1.31 1.76 2.15 1.93 1.67 1.202.15 1.38 BB AB AA BB BB BB NoCall ABBB AB AB AB BB BB AB AB BB AB BBAB AB AA BB AA BB AA2 1661 SNP_A-1723092 rs2390734 1 89491676 1.80 3.292.47 2.18 1.90 2.71 1.79 2.75 1.69 2.30 4.19 2.27 2.422.11 2.27 3.19 2.04 2.15 1.80 2.69 2.25 1.84 2.73 1.861.67 2.24 BB BB AB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB BB BB AB ABBB AB BB BB BB BB BB2 1662 SNP_A-1642277 rs972314 1 89554063 1.44 2.071.55 1.83 1.93 1.94 2.04 2.75 1.36 1.66 3.74 2.86 2.442.24 2.43 2.64 2.05 3.04 2.62 2.87 3.24 1.80 1.82 2.312.27 2.12 AA AB BB AA BB BB BB BBAB BB BB BB AB BB AB BB BB AB ABBB AB BB AB AA AB BB2 1663 SNP_A-1753563 rs4658149 1 89570211 1.56 2.791.69 1.84 1.93 2.11 1.91 2.12 1.55 1.80 2.61 1.97 1.631.75 1.92 2.15 2.05 1.84 1.57 1.94 1.86 1.80 1.48 1.441.61 1.66 AA AA NoCall AA AB NoCall NoCall ABAA AA BB AB AA AB AA AA AB AA AAAA AB AA AB AA AA AA2 1664 SNP_A-1750825 rs4259628 1 89639255 1.79 2.352.63 2.19 1.89 2.92 2.64 3.31 1.48 2.87 2.78 1.65 1.711.95 2.12 1.78 2.02 2.15 1.93 1.49 2.37 1.77 2.47 2.032.67 2.06 AA NoCall AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA AA AAAB AA AA AA NoCall AA AA2 1665 SNP_A-1747223 rs3929231 1 89639748 2.16 2.873.02 2.35 1.89 3.44 2.51 2.90 2.21 2.95 1.89 1.62 1.251.04 1.30 1.13 2.02 2.33 1.72 1.51 1.94 1.77 2.57 1.883.24 1.98 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 1666 SNP_A-1678638 rs1903197 1 89640211 1.66 3.842.41 2.11 1.89 2.80 2.27 3.45 1.98 2.07 2.32 2.09 1.601.42 1.41 1.70 2.02 2.44 2.05 1.81 2.35 1.77 2.07 1.752.92 1.64 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA2 1667 SNP_A-1655119 rs10493828 1 89643313 1.63 1.911.98 1.91 1.89 2.24 2.59 1.51 1.44 2.37 2.85 1.36 1.381.57 1.81 1.74 2.02 2.51 1.80 1.80 2.54 1.77 1.92 1.802.52 2.17 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1668 SNP_A-1694495 rs10493827 1 89643678 1.39 3.061.79 1.97 1.89 1.72 1.54 2.15 1.54 1.25 4.18 2.10 2.331.92 1.88 2.08 2.02 2.28 2.46 2.32 2.29 1.77 1.74 1.721.47 2.06 BB BB AB BB AB AB NoCall ABNoCall AA BB AB AB AB AB AA BB BB ABAB BB AA BB BB AB BB2 1669 SNP_A-1735979 rs1380416 1 89661234 2.14 1.83

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.18 2.60 1.86 2.98 1.78 3.46 2.24 2.05 5.01 1.88 2.432.25 1.98 3.55 2.00 2.52 2.68 2.94 3.38 1.75 2.10 1.882.39 1.92 BB BB AB BB AB AA AA AAAB AA AA AB AB AB AB AA AB BB ABAA AB AA AB BB AB AB2 1670 SNP_A-1757703 rs1459636 1 89661625 2.22 2.412.04 2.46 1.86 2.59 1.48 2.25 1.86 1.67 1.63 0.97 1.061.34 1.76 1.63 2.00 1.88 1.49 1.28 1.63 1.75 3.03 1.532.28 1.58 AA AA AB AA AA AB NoCall ABAA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA ABNoCall AA BB AA AA NoCall NoCall2 1671 SNP_A-1739039 rs1563786 1 89664578 2.61 3.423.15 2.52 1.86 4.11 5.63 4.12 2.22 4.20 2.80 1.94 2.253.08 2.84 2.67 2.00 2.04 1.82 1.60 2.41 1.75 3.08 3.813.67 3.74 AA AA AB AA AA NoCall BB BBNoCall BB NoCall AB AB NoCall NoCall NoCall NoCall AANoCall AB NoCall BB NoCall AA AB NoCall2 1672 SNP_A-1701961 rs10493826 1 89682184 1.71 3.412.35 2.13 1.86 2.48 2.70 3.67 1.72 2.71 2.09 1.67 1.091.29 1.09 1.38 2.00 1.75 1.73 1.54 1.60 1.74 1.79 1.281.82 2.27 NoCall AA NoCall NoCall BB AA AA AANoCall AA AA AA AB AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA NoCall BB NoCall AA2 1673 SNP_A-1739457 rs724753 1 89710661 1.55 1.932.31 2.13 1.85 2.50 1.79 3.10 2.14 2.10 3.85 2.09 2.692.19 2.08 3.10 2.04 2.30 1.77 2.60 2.26 1.75 2.38 1.621.76 1.48 BB BB AB BB AB AB NoCall ABNoCall AA BB AB AB AB AB AB BB BB ABAB BB AA BB BB AB BB2 1674 SNP_A-1733566 rs1215495 1 89778226 1.69 2.322.86 2.27 1.84 3.00 1.69 3.19 1.98 2.72 2.25 1.39 1.491.29 1.43 1.41 2.06 2.07 1.67 1.79 1.70 1.73 2.54 1.702.38 1.64 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1675 SNP_A-1717247 rs10518431 1 89778401 1.80 5.692.62 2.07 1.84 2.47 2.63 4.00 1.67 2.68 2.98 1.87 1.641.57 2.21 1.69 2.06 2.11 1.52 1.87 2.15 1.73 2.40 1.772.63 1.95 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1676 SNP_A-1754304 rs10493824 1 89778673 1.76 2.382.41 2.17 1.84 2.37 2.84 3.58 1.75 2.40 3.11 1.82 1.691.62 1.55 1.65 2.06 2.49 2.33 2.08 2.33 1.73 2.26 1.813.00 2.25 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1677 SNP_A-1653226 rs10493823 1 89779374 1.89 3.072.13 2.16 1.84 2.52 3.00 4.10 1.92 2.25 2.63 1.53 1.412.04 1.70 1.91 2.06 1.87 2.84 1.79 1.95 1.73 2.13 1.462.52 1.86 AA AB AB NoCall BB AA NoCall ABAA AA AB AA NoCall AA BB NoCall BB ABNoCall AA AB AA AB AA AB NoCall2 1678 SNP_A-1739809 rs1215547 1 89784909 1.54 3.072.00 1.90 1.84 2.56 2.33 4.09 1.78 2.31 2.46 2.30 2.051.44 1.64 1.63 2.06 2.00 1.18 1.91 1.77 1.73 2.22 1.791.65 1.50 AA NoCall AA AA BB AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA BB2 1679 SNP_A-1687562 rs6656884 1 89849856 1.12 3.011.73 1.71 1.87 2.23 1.23 2.04 1.87 1.57 3.29 1.74 1.671.54 1.93 2.29 2.06 2.10 1.56 2.68 1.95 1.72 2.06 1.111.33 1.27 AA AA AB AA AB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AB AB AB AA AB AB AB AB ABAA AB BB AB BB AB AA2 1680 SNP_A-1677626 rs10493831 1 89903224 1.72 3.582.11 2.00 1.74 2.42 2.57 4.85 2.01 2.74 1.60 1.49 1.291.25 1.25 1.13 2.04 1.42 1.21 1.27 1.48 1.59 2.27 1.671.94 1.60 AA AA AA AA AA AA AA AAAB AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAB AB BB AA AA AB AA2 1681 SNP_A-1707856 rs10493830 1 89934617 1.65 4.391.99 1.81 1.71 2.27 2.60 4.16 1.63 2.58 2.38 1.97 2.201.41 2.00 1.68 2.03 2.02 0.99 1.92 2.57 1.56 2.56 2.341.77 2.29 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1682 SNP_A-1687046 rs519989 1 89935421 1.77 1.982.21 2.03 1.71 2.61 2.66 2.40 1.85 2.22 3.56 1.53 2.842.20 2.59 2.96 2.03 2.50 2.48 2.34 2.45 1.56 1.85 2.393.09 2.65 BB AA AB AA AA AA AA AABB BB AB AB AB AB BB BB AB AB ABAB BB BB AB BB BB BB2 1683 SNP_A-1655625 rs10518432 1 89980000 1.48 2.102.34 2.13 1.70 2.17 1.99 3.44 1.50 1.82 3.24 1.86 1.921.34 1.51 1.60 2.08 2.14 1.61 1.99 1.94 1.59 2.40 1.711.98 1.88 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall AB AB BB BB BB AB AB ABBB AB BB AB BB AB BB2 1684 SNP_A-1749697 rs1407559 1 89994216 1.47 1.602.15 1.86 1.70 2.34 1.36 3.19 1.82 1.63 5.85 2.17 3.172.31 2.77 3.16 2.08 3.79 3.97 2.65 3.01 1.59 2.72 1.952.35 2.95 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB NoCall AB AB BB BB BB AB NoCallNoCall BB NoCall BB AA BB AB NoCall2 1685 SNP_A-1717473 rs9287146 1 90159898 1.88 2.212.57 2.16 1.73 3.02 2.55 2.81 1.63 2.80 2.84 1.48 2.972.06 2.32 2.15 2.13 2.18 2.53 2.04 2.01 1.68 2.31 2.212.94 1.99 BB AB BB BB AB AB BB BBBB BB AB BB BB BB NoCall AB BB AA AABB BB BB BB BB AB BB2 1686 SNP_A-1674545 rs2703986 1 90159939 1.82 4.702.31 1.90 1.73 2.54 2.39 4.93 2.05 2.75 2.73 2.08 3.151.91 1.98 2.15 2.13 2.13 1.46 2.11 2.23 1.68 2.67 2.302.13 2.03 NoCall AB NoCall BB AB BB AB ABAB AA NoCall AB AB AA NoCall BB AB BB BBBB AB AA NoCall AA AB AB2 1687 SNP_A-1726908 rs2802019 1 90164140 1.38 3.201.89 1.74 1.73 2.43 3.49 2.89 1.57 2.35 1.78 1.50 1.441.04 1.17 0.88 2.13 1.72 1.19 1.25 1.85 1.68 1.99 1.942.20 2.28 AA AA AA AB BB AA AA ABNoCall AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1688 SNP_A-1698083 rs2772333 1 90197021 1.66 3.172.00 1.91 1.73 2.39 2.46 1.48 1.48 2.04 3.87 2.25 2.192.30 2.55 2.53 2.05 2.48 2.58 2.42 2.78 1.65 2.01 2.092.65 2.47 BB BB BB AB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB AB2 1689 SNP_A-1756172 rs10493835 1 90289681 1.52 1.322.00 2.06 1.69 2.11 1.50 1.62 1.40 1.77 3.50 1.87 2.041.93 1.77 2.11 2.01 5.95 2.43 2.54 1.91 1.66 1.87 1.551.95 1.88 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AB AB AA AA AA AA AAAB AA BB AA AA AA AB2 1690 SNP_A-1726596 rs10493837 1 90369316 1.40 1.86

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.04 1.60 1.83 2.13 2.13 2.19 1.56 2.08 4.45 1.79 2.722.44 2.46 2.98 2.12 2.68 2.33 2.23 2.10 1.75 1.69 1.732.38 1.65 AA NoCall NoCall AB AA AA AA ABBB BB AA AA AA AA AA AA AB AA ABAA AB AA AA BB NoCall AB2 1691 SNP_A-1742797 rs4415546 1 90370072 1.92 2.781.80 1.74 1.83 1.97 2.20 3.14 1.40 1.51 4.00 1.91 2.212.13 1.95 2.49 2.12 2.20 1.91 1.99 2.31 1.75 2.12 1.811.43 2.21 BB NoCall AA AA AA AA AA BBAA AA NoCall AA AA AA AB AA AB AA AAAB AA AA NoCall AA AA AA2 1692 SNP_A-1682838 rs7547180 1 90578799 1.83 3.151.89 1.79 2.24 2.18 4.00 2.73 1.24 2.47 2.50 2.30 1.541.69 1.71 1.39 2.37 1.93 1.45 1.58 2.49 2.08 2.04 2.002.18 2.85 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1693 SNP_A-1756599 rs1396319 1 90579977 2.27 2.853.05 2.17 2.24 3.18 4.06 4.09 3.51 3.65 2.94 1.96 2.422.66 3.19 3.27 2.37 2.36 2.05 2.52 3.13 2.08 3.25 4.052.68 2.32 AA AA AA AA AA AA NoCall AABB AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AAAA AA AA AA NoCall AA AA2 1694 SNP_A-1670255 rs1342901 1 90655885 1.70 1.602.29 1.04 2.14 2.26 2.60 1.55 1.52 2.10 4.08 2.40 2.053.11 3.07 2.32 2.32 2.70 4.66 2.82 2.96 3.18 1.77 2.873.43 2.75 AA BB BB BB AB BB BB BBBB AB AA BB AB BB AA BB NoCall BB BBBB BB AA BB NoCall AB BB2 1695 SNP_A-1692130 rs2390582 1 90655928 1.36 1.801.91 0.85 2.14 2.15 2.20 1.88 1.80 2.10 5.61 2.63 2.113.00 3.02 2.14 2.32 2.65 2.94 3.00 2.66 3.18 1.36 1.993.07 2.30 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB BB AA AB AA BB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1696 SNP_A-1692106 rs699532 1 90655970 1.34 1.942.01 0.99 2.14 2.01 1.85 1.72 1.34 1.86 4.72 2.42 2.212.51 2.56 1.81 2.32 2.43 3.32 3.11 2.88 3.18 1.55 2.093.54 2.06 AA AA AA AA BB AA AA AABB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 1697 SNP_A-1663152 rs10493839 1 90801629 1.81 2.422.48 2.17 2.02 3.08 3.03 2.62 2.09 3.03 1.71 1.41 1.120.92 0.93 0.93 2.17 2.49 1.65 1.36 1.91 2.81 2.44 1.613.30 2.24 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1698 SNP_A-1755176 rs9287148 1 90802146 2.67 6.242.59 2.07 2.02 2.56 3.90 3.67 1.98 3.50 1.93 1.43 1.311.42 1.34 1.44 2.17 1.89 1.59 1.21 1.74 2.81 2.42 2.393.40 2.74 BB AB NoCall AB AA AB BB ABBB BB BB AB AB NoCall NoCall NoCall AB BB ABAB AB BB NoCall BB BB BB2 1699 SNP_A-1733034 rs1342778 1 90819645 2.61 2.803.54 2.44 2.02 3.18 5.17 3.47 1.87 3.35 4.33 2.02 3.494.58 5.13 4.06 2.16 2.57 2.75 2.47 3.60 2.81 3.04 4.892.96 4.05 BB BB BB BB AA BB NoCallNoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBBB BB NoCall AB NoCall NoCall BB NoCall2 1700 SNP_A-1646786 rs10493843 1 90860378 1.70 2.552.42 1.82 1.89 2.87 2.03 2.57 1.83 2.59 2.94 2.32 2.541.80 2.10 2.06 2.07 2.09 1.17 2.26 2.43 2.72 2.07 1.901.95 1.62 BB BB BB NoCall BB NoCall BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB2 1701 SNP_A-1682580 rs10493842 1 90870125 1.99 9.812.75 2.33 1.89 2.90 1.61 2.93 1.86 2.49 2.88 2.14 2.351.49 1.43 1.79 2.07 2.22 1.97 2.22 2.10 2.72 2.35 1.682.69 1.30 BB BB BB NoCall AA NoCall BB BBAB AB BB BB BB BB NoCall AA BB BB BBBB BB AA BB AA BB AA2 1702 SNP_A-1688442 rs6689593 1 90870276 1.89 2.071.97 1.98 1.89 2.22 2.00 2.97 1.63 2.05 3.01 1.94 2.181.57 1.58 2.12 2.07 2.18 2.61 2.01 2.15 2.72 1.78 1.552.61 2.23 AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AB AA AA AA AB AA BBAB BB AA NoCall AA AA AA2 1703 SNP_A-1733900 rs10493841 1 90987452 1.43 2.152.22 1.85 2.00 2.75 1.84 2.39 1.70 2.10 3.46 1.71 2.351.75 2.16 2.70 2.04 2.11 1.88 2.31 2.34 2.64 1.97 2.111.98 1.84 BB AB BB AB BB AA AB ABAB BB AB AB AB AB AB BB AB AB AAAB AA AA BB AA AA BB2 1704 SNP_A-1655247 rs1725401 1 90996584 1.20 1.131.62 1.51 2.00 1.86 1.69 1.98 1.12 1.48 3.42 1.84 1.951.70 1.82 2.25 2.04 2.26 1.68 2.25 2.39 2.63 1.48 1.612.03 1.81 AA AB AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1705 SNP_A-1732526 rs941031 1 91007170 1.69 2.171.99 1.68 2.02 2.26 2.71 3.38 1.50 2.33 3.16 2.60 2.362.04 2.24 2.09 2.05 1.77 1.69 2.21 2.22 2.52 1.81 1.962.50 2.07 AA AB AB AB BB BB AB ABAB AA AB AB AB AB NoCall AA BB AB BBAB BB BB AB BB BB AA2 1706 SNP_A-1743903 rs3845562 1 91025832 1.29 2.911.86 1.74 2.02 1.95 1.50 2.85 1.50 1.30 4.67 2.08 3.901.91 2.28 3.07 2.05 2.59 3.58 3.40 2.33 2.51 1.43 1.812.94 2.23 AA NoCall AB NoCall AB AB AA ABAB AA AB AA AB NoCall AA AA AB AB BBAB AB BB NoCall BB BB BB2 1707 SNP_A-1675926 rs1766163 1 91026531 1.57 1.912.16 1.82 2.02 2.35 1.66 2.88 1.59 2.51 3.62 1.94 3.322.07 2.62 2.61 2.05 2.20 2.28 2.69 2.28 2.51 1.87 1.882.33 1.83 AA AB AB NoCall AB AB AA ABNoCall AA NoCall AA AB AB AA AA AB AB BBAB AB BB NoCall BB BB BB2 1708 SNP_A-1727905 rs10493840 1 91082169 1.75 2.171.80 1.66 1.91 2.38 1.85 2.59 1.41 2.26 1.71 1.21 1.131.04 1.25 1.25 1.97 1.82 1.69 1.13 1.52 2.51 1.27 1.512.39 1.79 AA AA AB AB BB AA AB AANoCall AA AA AA AB NoCall NoCall NoCall AA AA AAAB AA AA NoCall NoCall AA AB2 1709 SNP_A-1662760 rs1188952 1 91093700 1.46 1.931.99 1.72 1.91 2.15 2.09 2.01 1.39 2.00 3.33 2.67 2.921.95 1.95 2.44 1.97 2.30 2.09 2.25 2.21 2.50 1.89 2.021.85 1.92 BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1710 SNP_A-1652796 rs165157 1 91194847 2.44 3.233.24 2.74 1.97 3.28 3.94 4.67 2.13 3.31 3.57 1.86 2.643.29 3.16 3.02 1.97 2.75 2.81 2.61 3.23 1.78 3.02 3.353.21 3.73 BB BB BB BB AA NoCall BB BBBB BB BB AB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1711 SNP_A-1732508 rs165284 1 91235574 1.42 1.92

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.57 1.87 1.97 2.15 1.94 3.42 1.42 2.16 4.71 2.68 4.923.15 2.93 3.61 1.97 2.61 2.80 2.96 2.71 1.78 2.28 2.402.30 1.81 AA AA BB AA BB AA NoCall AAAA AA AB AB AB AA AB AA AA AA ABAA AA AA BB NoCall AB AA2 1712 SNP_A-1710283 rs4658186 1 91236229 1.33 1.961.79 1.67 1.97 1.93 1.68 3.07 1.24 1.84 3.19 2.07 2.701.97 2.15 2.44 1.97 2.08 2.20 2.20 2.02 1.78 2.01 2.042.31 1.96 AA BB BB AB AB AB BB BBAB AB BB BB AB AB AB BB AB AB ABAB AA AA BB BB AB BB2 1713 SNP_A-1712917 rs151713 1 91251333 2.96 7.463.48 2.83 1.93 3.38 3.40 6.02 2.42 4.30 2.98 1.64 2.092.76 3.37 2.78 2.02 2.34 2.99 2.11 2.99 1.81 3.04 3.222.56 2.92 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB NoCall BB BB BB BB NoCall BB BB NoCallNoCall NoCall BB BB BB BB BB NoCall2 1714 SNP_A-1670894 rs10489491 1 91255363 1.34 1.922.09 1.81 1.93 2.51 1.63 3.04 1.43 1.86 1.95 2.07 2.691.97 2.24 2.69 2.02 2.13 1.69 2.42 2.17 1.81 1.81 1.592.09 1.38 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1715 SNP_A-1654225 rs716988 1 91255749 1.68 1.972.25 1.99 1.93 2.44 1.51 3.14 1.73 2.15 3.50 2.22 3.081.87 2.40 3.11 2.02 2.39 1.73 2.44 2.03 1.81 2.22 1.951.92 1.59 BB AA AA AA AB AA NoCall AAAA AB AA AA AB AA AB AA AB AA ABAA AB BB AA AA AA AA2 1716 SNP_A-1651000 rs6669529 1 91308359 2.33 2.513.02 2.42 1.92 3.21 1.88 4.64 1.82 2.20 2.65 1.14 1.631.43 1.52 1.45 2.06 2.07 1.86 1.81 2.02 1.81 2.45 1.522.88 1.60 BB AB NoCall AB BB NoCall BB BBAA AB BB AB AB AA BB BB AB AA AAAA AB AA AA BB AB AB2 1717 SNP_A-1758157 rs605146 1 91420534 1.79 3.172.19 1.83 2.10 3.00 2.57 3.57 1.85 2.43 1.76 1.24 0.961.22 1.29 1.42 2.13 1.67 1.09 1.39 1.57 1.90 2.28 2.021.60 1.95 BB BB BB BB AA NoCall AB BBAB AB AB AB AA BB AB BB BB BB BBBB NoCall BB BB AA BB BB2 1718 SNP_A-1702601 rs876761 1 91492429 2.03 7.482.56 2.37 1.91 3.15 2.61 4.60 2.19 2.75 2.60 1.89 2.052.28 2.22 2.94 2.07 2.39 1.99 2.21 2.79 1.83 2.74 2.442.19 1.95 AA BB BB BB AA BB NoCall ABBB AB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1719 SNP_A-1752033 rs10493845 1 91496908 1.14 3.552.02 1.80 1.91 2.56 2.24 2.65 1.74 2.21 2.20 1.73 1.220.76 1.32 1.20 2.07 1.30 1.53 1.60 1.88 1.83 1.96 1.372.41 1.62 NoCall AA AA AB AA AA AA ABAA AB AA AA AA NoCall NoCall AB AB BB ABAB AA AA AA AA AB AA2 1720 SNP_A-1748119 rs10493846 1 91497223 1.60 3.012.02 1.79 1.91 1.98 2.14 3.62 1.63 1.87 3.24 2.15 2.062.42 1.99 2.33 2.07 2.17 2.19 1.99 2.38 1.83 1.37 1.941.93 1.88 AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA BB NoCall NoCall AB BB ABAB AA AA AA AA AB AA2 1721 SNP_A-1652416 rs282003 1 91499696 1.68 1.512.24 1.98 1.91 2.51 1.53 1.64 1.52 1.72 4.08 1.98 2.551.86 1.96 2.13 2.07 2.08 3.34 2.26 2.07 1.83 1.43 1.812.48 1.98 AA NoCall AA AA AA BB AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA NoCall NoCall AB BB AA AB AA AA AA AAAA AB AA AB BB AA BB2 1722 SNP_A-1738335 rs281935 1 91525740 1.69 2.442.06 2.18 1.82 3.12 1.76 1.90 1.72 2.77 3.31 2.20 1.772.03 2.39 2.74 2.09 2.67 2.04 2.34 2.84 1.80 2.13 1.972.31 1.67 BB AA AA AA BB AA AA ABAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1723 SNP_A-1668915 rs988203 1 91571125 2.30 2.322.50 2.02 1.86 2.77 1.79 2.98 1.96 2.30 3.33 1.73 1.751.73 1.94 1.90 2.14 2.34 2.80 2.37 2.54 1.81 1.82 1.642.26 1.64 AA BB BB BB AA BB NoCall ABBB AB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 1724 SNP_A-1679800 rs9324372 1 91574765 1.03 2.062.55 2.05 1.86 3.18 1.98 1.49 1.92 2.53 3.32 1.87 2.331.79 1.77 2.05 2.14 2.66 2.94 2.40 2.44 1.81 1.56 1.444.25 1.87 BB AA AA AA BB AA AANoCall AA AB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA2 1725 SNP_A-1747897 rs10493847 1 91656734 2.47 2.952.87 2.62 1.94 3.69 4.64 4.67 2.08 3.60 2.89 2.09 2.362.45 2.35 2.20 2.14 2.07 2.06 1.84 2.40 1.83 2.78 2.983.56 2.89 BB BB BB AA AA BB BB ABBB BB AA AB BB NoCall NoCall NoCall AB AB BBAB AA AA BB BB AA NoCall2 1726 SNP_A-1654153 rs10518494 1 91671880 1.75 2.403.49 2.05 1.96 3.33 2.18 3.99 2.85 3.25 1.91 1.44 1.811.32 2.03 1.70 2.17 2.28 1.64 1.54 2.45 1.86 2.84 2.032.30 1.65 BB AB NoCall BB AA BB AA ABAA NoCall BB NoCall NoCall NoCall BB BB NoCall BBNoCall AB BB BB AA NoCall BB BB2 1727 SNP_A-1667054 rs10493849 1 91688403 1.51 3.142.12 1.87 1.95 3.04 2.28 3.40 1.73 2.85 1.99 2.19 1.291.22 1.22 1.17 2.15 1.98 1.34 1.57 1.84 1.84 1.90 1.822.57 1.79 AA AB AB AA AA AA NoCall ABBB AA AA AB AA AB AB AA AB AA ABAB AA AA BB BB AA AB2 1728 SNP_A-1711056 rs10493850 1 91700030 1.50 2.442.07 1.96 1.95 2.58 2.73 2.47 1.76 2.30 3.22 2.02 2.162.27 2.41 2.59 2.15 2.40 2.59 2.20 2.24 1.84 1.85 2.273.18 2.28 AA AB AB AA AB AA NoCall ABBB AA AA AB AA AB NoCall AA AB AA ABAB AA AA BB BB AA AB2 1729 SNP_A-1745762 rs10493851 1 91714583 1.59 3.062.56 1.98 1.95 2.79 1.79 3.21 2.06 2.11 3.10 2.07 2.911.54 1.96 2.37 2.15 2.24 1.52 2.21 2.08 1.84 2.74 2.061.51 1.89 AA AB AB AA AB AA NoCall ABBB AA AA AB AA AB AB AA AB AA ABAB AA AA BB BB AA AB2 1730 SNP_A-1707437 rs10493853 1 91754219 1.67 1.912.07 2.12 2.00 2.91 1.99 2.59 1.79 2.15 2.54 1.54 1.261.34 1.46 1.56 2.17 2.40 1.56 1.77 2.13 1.83 2.23 1.812.26 1.89 NoCall AB BB BB AB NoCall BB ABBB AB BB BB AB BB NoCall NoCall AB BB ABBB AB AA BB BB AA BB2 1731 SNP_A-1730483 rs6662147 1 91778615 2.49 4.123.33 2.83 2.23 4.04 3.68 5.97 2.46 4.09 1.83 1.60 1.752.02 1.74 1.83 2.16 1.59 1.21 1.28 1.82 1.86 3.23 2.441.90 2.24 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB NoCall AA AA2 1732 SNP_A-1753283 rs10493855 1 91779128 3.70 4.75

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data4.01 2.62 2.23 5.54 4.92 8.64 3.10 5.01 2.44 2.03 2.492.40 2.82 2.24 2.16 2.05 1.56 1.86 2.96 1.86 4.02 4.082.70 3.07 BB AA NoCall AA AA NoCall AA AANoCall AB NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall2 1733 SNP_A-1657768 rs1926263 1 91874700 2.02 3.742.58 2.31 2.07 3.45 1.39 2.68 2.38 1.85 5.00 1.98 3.832.21 2.36 3.83 2.13 2.63 3.18 3.49 2.51 1.76 1.87 1.552.80 1.99 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB AB BB BB BB2 1734 SNP_A-1682630 rs1926261 1 91874941 1.58 2.081.83 1.92 2.07 2.32 2.28 2.86 1.69 1.75 3.59 1.97 2.231.97 2.12 2.54 2.13 1.98 1.55 2.05 1.70 1.76 1.85 1.531.48 2.20 AA AB AA AB BB AA AA ABBB AA AA AA AA AB AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1735 SNP_A-1750147 rs10493860 1 91924724 1.20 2.791.77 1.54 2.04 2.03 2.28 4.95 1.41 1.89 3.08 2.17 1.751.95 1.93 1.53 2.19 1.87 1.26 1.72 1.06 1.77 1.60 1.801.44 2.32 AA AA NoCall AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 1736 SNP_A-1656307 rs10493858 1 91999958 1.57 2.401.97 1.72 2.12 2.27 2.11 3.68 1.62 2.28 3.02 2.05 2.621.58 1.88 2.17 2.23 2.10 1.64 2.25 2.17 1.80 1.88 1.762.05 1.94 BB BB BB BB AB BB BB ABBB BB BB AB AB AB NoCall BB BB BB BBBB BB BB NoCall AA BB AB2 1737 SNP_A-1657101 rs2799516 1 92024785 2.14 8.342.33 2.16 2.18 2.71 2.86 4.06 1.88 3.02 4.33 2.24 3.972.88 3.02 3.32 2.21 2.22 1.90 2.87 2.81 1.82 2.37 2.931.95 2.15 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAB AA AA NoCall AA AA NoCall AA AB AB ABAA NoCall AA AA AA AA AA2 1738 SNP_A-1734984 rs2046737 1 92038657 1.67 2.842.34 2.02 2.20 2.54 1.83 3.68 2.10 2.65 2.08 1.52 1.621.33 1.44 1.33 2.19 2.20 1.47 1.48 2.25 1.83 2.07 1.812.51 1.91 BB BB BB NoCall AA BB BB BBAB BB BB AB BB BB BB NoCall AB ABNoCall BB AB BB BB BB BB BB2 1739 SNP_A-1706583 rs10493857 1 92046531 1.91 5.212.44 2.20 2.19 3.15 2.15 3.22 2.02 2.40 2.07 1.34 1.491.15 1.26 1.14 2.19 2.18 1.23 1.56 1.66 1.83 2.45 1.642.37 1.35 AA AB AA AA BB AA NoCall BBAA BB AB AA AA NoCall AA NoCall AB AB ABAA AA BB AA AA AB AA2 1740 SNP_A-1705493 rs766666 1 92131290 2.43 4.632.85 2.54 2.14 3.58 3.98 4.54 2.11 3.97 1.87 1.57 1.381.36 1.44 1.28 2.23 1.73 1.22 1.44 1.99 1.80 2.81 2.352.80 2.27 BB BB AB AB AA BB BB BBAB BB NoCall AB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall BB NoCall BB NoCall BB BB NoCall2 1741 SNP_A-1746593 rs1328593 1 92153647 1.46 2.692.45 2.05 2.13 2.82 2.88 3.25 1.63 2.36 3.81 2.17 2.873.00 3.21 3.11 2.23 3.03 2.76 2.73 3.60 1.80 2.65 2.943.23 2.24 BB BB NoCall NoCall AA BB BB BBNoCall BB BB AB BB NoCall NoCall NoCall AB ABNoCall BB AB BB NoCall NoCall BB NoCall2 1742 SNP_A-1757061 rs10493862 1 92173674 2.57 3.683.10 2.58 2.13 3.91 3.24 3.10 2.48 3.57 2.14 1.36 1.781.95 2.05 2.00 2.23 2.08 2.02 1.77 2.14 1.80 3.42 2.522.89 2.46 BB BB BB BB AA BB NoCall BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB AB BB NoCall NoCall NoCall AB AB ABBB BB BB BB NoCall BB BB2 1743 SNP_A-1668793 rs4642892 1 92806148 1.71 2.571.43 1.93 1.91 2.29 2.23 1.88 1.54 2.06 3.12 2.06 2.652.16 2.45 2.73 1.64 1.80 1.47 2.10 1.78 1.44 2.15 2.351.50 2.05 AA NoCall NoCall AA AA AA AA AAAA NoCall AA AB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1744 SNP_A-1649976 rs1854797 1 93010777 1.35 1.371.37 1.76 1.80 1.92 1.42 1.83 1.45 1.58 4.11 1.96 3.201.70 1.99 2.51 2.15 1.83 2.13 2.53 1.85 1.51 1.45 1.341.62 1.73 BB AA AA BB AA BB BB BBBB AB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB AB AA NoCall BB BB BB2 1745 SNP_A-1719325 rs10493863 1 93111715 2.14 2.932.61 2.37 1.84 3.20 2.99 2.44 2.05 2.76 2.57 1.52 1.611.61 1.78 1.62 2.33 2.30 2.51 1.86 2.07 1.53 2.21 2.263.95 2.34 BB AA AA BB AA BB BB BBBB NoCall BB AA BB BB BB NoCall BB BB BBBB NoCall AA NoCall BB AB BB2 1746 SNP_A-1663936 rs10493865 1 93193661 1.98 3.002.59 2.29 1.61 3.30 2.40 1.90 1.82 3.23 3.35 1.83 1.971.70 2.38 2.19 2.29 2.51 1.89 2.62 2.51 1.62 2.87 2.372.60 2.17 BB AB AB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1747 SNP_A-1665308 rs7513705 1 93378370 1.57 2.601.99 1.81 1.60 2.76 1.44 1.24 1.87 2.40 3.43 2.02 2.901.52 2.15 2.22 2.37 2.75 2.09 2.86 2.44 1.81 1.71 1.302.80 1.16 BB AB AA AA BB AB AA AAAB AB AA AA AA AB AB AB BB AA ABAB BB BB AA AA AA AB2 1748 SNP_A-1652482 rs519723 1 93416347 1.52 2.181.82 1.71 1.61 2.15 1.65 1.76 1.37 1.74 3.34 2.41 2.131.68 1.81 2.21 2.36 2.27 2.21 2.56 2.22 1.81 1.88 1.902.18 1.49 BB NoCall AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AAAB AB AA AA AA AA AB2 1749 SNP_A-1705607 rs6701250 1 93495816 1.97 2.082.85 2.42 1.60 3.35 1.85 1.61 2.04 3.23 1.95 1.27 1.390.93 1.11 0.91 2.24 2.12 1.53 1.53 1.73 1.79 2.78 1.433.57 1.61 AA AB NoCall BB AA NoCall BB BBNoCall BB BB BB BB BB NoCall NoCall AB BB BBAB AB BB BB NoCall BB BB2 1750 SNP_A-1708268 rs10489733 1 93548285 1.81 1.662.25 2.14 1.60 2.68 1.49 1.45 1.93 1.97 4.76 1.85 3.252.31 2.69 3.69 2.20 2.98 2.70 3.34 2.74 1.76 2.74 1.812.19 1.86 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1751 SNP_A-1695401 rs1323626 1 93575918 2.20 2.722.58 2.29 1.61 2.85 3.83 2.46 1.74 3.67 3.12 2.27 2.692.68 2.59 2.35 2.20 2.32 2.62 2.32 2.72 1.76 2.62 3.183.28 2.95 NoCall NoCall AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AB AA AAAB AB AA AA AA AA AA2 1752 SNP_A-1659476 rs10518536 1 93693971 2.05 2.402.52 2.28 1.71 2.91 3.26 1.35 1.30 2.59 2.67 1.23 1.491.15 1.38 1.13 2.19 2.29 2.30 1.86 2.20 1.74 2.11 1.672.00 2.05 AA AA AA AA AB AA AB AAAA AB AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA2 1753 SNP_A-1715591 rs4847431 1 93696825 1.56 2.32

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.92 1.82 1.71 2.56 2.00 1.21 1.42 2.55 3.05 2.05 2.502.07 2.31 2.18 2.19 2.38 2.23 2.39 2.74 1.74 1.99 2.142.39 2.33 AA AB BB BB BB AB BB AABB AB BB BB AB AB AB AB AB BB ABAA AB AA BB BB BB AA2 1754 SNP_A-1741749 rs236335 1 93776703 1.40 2.471.94 1.84 1.80 3.77 1.36 2.32 1.61 1.87 3.41 2.38 3.601.95 1.92 2.70 2.22 2.02 1.44 2.10 2.22 1.76 2.39 1.751.24 1.44 AA NoCall BB BB BB BB BB BBAB BB AB AB BB BB AB BB BB AB BBAA BB BB BB AA BB NoCall2 1755 SNP_A-1683178 rs10493866 1 93890933 1.50 2.052.22 1.96 1.75 2.58 1.36 1.74 1.63 2.02 3.63 1.99 3.341.87 2.27 2.88 2.19 2.51 1.89 2.77 2.33 1.76 2.42 1.781.97 1.71 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1756 SNP_A-1668725 rs2391321 1 94031284 1.51 1.731.54 2.10 1.68 2.79 3.24 2.13 1.04 1.14 4.59 2.25 4.293.73 2.03 3.87 2.17 2.01 2.63 3.38 2.29 1.73 1.96 1.611.58 1.09 AA AB AB AA AB AA AA BBAB BB AB AB AB BB AB AA AA AB ABBB AA BB NoCall BB BB BB2 1757 SNP_A-1695259 rs1884018 1 94043499 1.81 1.702.34 2.17 1.68 2.73 3.77 1.43 1.61 2.24 3.05 1.71 2.191.86 2.25 2.59 2.17 2.17 2.98 2.29 2.14 1.73 2.13 2.062.53 2.76 AA AB AB AA BB AA AA BBNoCall BB NoCall AB AB BB AA AA AA AB AABB AA BB AB BB BB AA2 1758 SNP_A-1708384 rs10489603 1 94044172 1.26 1.681.96 1.81 1.68 2.34 2.93 1.90 1.14 1.33 5.06 2.44 3.862.79 2.76 3.65 2.17 2.54 3.51 3.64 3.11 1.73 1.64 2.122.39 2.04 AA NoCall AB AA BB AA AA BBNoCall BB AB AB AA BB AA AA AA AB AAAB AA BB NoCall AA BB AA2 1759 SNP_A-1711032 rs10489604 1 94044284 1.15 2.011.71 1.57 1.68 2.24 2.39 1.92 1.54 2.37 3.21 2.26 2.861.92 1.96 2.47 2.17 2.63 1.90 2.57 2.58 1.73 2.19 1.701.90 1.44 AA AB AB AA BB AA AA BBAB BB AB AB AB BB AA AA AA AB AABB AA BB AB BB BB AA2 1760 SNP_A-1756074 rs10489605 1 94064402 1.59 1.992.05 1.94 1.71 2.36 2.98 2.02 1.65 2.23 4.87 1.89 4.632.97 2.59 3.25 2.20 2.46 3.43 2.90 2.58 1.79 1.58 1.192.90 1.34 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 1761 SNP_A-1700755 rs1473711 1 94097612 1.59 3.922.27 2.32 1.72 2.51 2.64 1.84 1.47 2.14 3.24 1.82 2.371.63 2.07 1.56 2.18 2.25 2.22 1.97 2.22 1.79 2.10 1.793.11 1.66 AA AB BB BB BB AB AB BBBB BB BB BB BB NoCall BB BB BB AB ABBB AB BB BB BB BB BB2 1762 SNP_A-1758683 rs10489608 1 94153278 1.95 2.101.82 2.38 1.72 2.24 2.22 1.61 1.75 1.85 2.70 1.32 1.561.40 2.04 1.50 2.20 1.83 1.60 1.70 1.96 1.82 1.76 1.462.37 2.08 AA BB AB NoCall BB BB AB BBNoCall BB AB AB BB BB AA AB NoCall BB ABBB AB BB AB BB AA AB2 1763 SNP_A-1728285 rs10518537 1 94197865 2.36 3.133.67 2.77 1.70 3.94 2.27 3.03 2.54 4.40 2.24 1.43 1.741.52 1.97 1.77 2.19 2.00 1.88 1.68 1.97 1.83 3.18 1.863.13 1.95 BB BB BB BB BB BB BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBAB BB BB BB NoCall BB BB2 1764 SNP_A-1657510 rs10493867 1 94198427 2.0210.80 2.43 2.70 1.70 2.80 2.47 3.79 2.35 2.71 2.65 1.431.72 1.27 1.73 2.10 2.19 2.61 1.85 1.76 2.25 1.83 2.431.56 2.37 1.76 BB AB BB NoCall AA BB BBBB BB BB BB AB BB AA NoCall NoCall BBNoCall NoCall AB NoCall BB AB BB AB BB2 1765 SNP_A-1648928 rs472908 1 94199375 1.78 2.441.99 2.32 1.70 3.25 2.12 2.28 1.73 2.42 1.86 0.94 1.251.09 1.32 1.24 2.19 2.02 2.01 1.40 1.67 1.83 2.60 1.403.05 1.92 BB AB AB AB AB NoCall BB BBBB AA AB AB AB BB AA BB AA AB ABAB AB BB NoCall AA AB AB2 1766 SNP_A-1652084 rs3789405 1 94243345 1.63 3.162.22 1.99 1.70 2.99 2.99 3.15 1.76 2.36 2.94 2.34 2.201.57 1.68 1.81 2.19 2.19 1.84 1.91 2.35 1.83 2.05 1.982.59 2.23 BB AB NoCall BB BB AA NoCall BBBB AA BB AB BB BB AB BB AB AB ABBB AB BB AB AA AB AB2 1767 SNP_A-1752195 rs10493868 1 94243579 1.87 6.742.65 2.07 1.70 3.17 2.47 3.23 1.98 2.35 3.21 2.39 2.601.82 2.01 2.35 2.19 2.39 2.13 2.14 2.55 1.83 2.85 1.662.61 1.81 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1768 SNP_A-1647442 rs3789407 1 94243627 1.85 2.222.13 2.08 1.70 2.93 2.09 2.09 1.88 2.56 2.15 1.33 1.411.05 1.27 1.29 2.19 2.07 2.02 1.53 1.64 1.83 2.19 1.523.31 1.62 AA AB AA AA BB BB AB AAAA BB AA AB AA AA NoCall AA AB AB ABAA NoCall AA NoCall BB AB AB2 1769 SNP_A-1722100 rs10518541 1 94243912 2.11 2.983.01 2.59 1.70 3.35 2.85 2.52 2.30 3.19 2.24 1.82 1.761.25 1.53 1.30 2.19 1.84 1.67 1.61 1.76 1.83 2.71 1.832.75 2.01 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1770 SNP_A-1719665 rs546550 1 94262576 2.06 3.231.85 2.22 1.70 2.45 1.77 2.76 2.04 2.20 2.98 2.54 2.751.65 2.11 2.01 2.19 2.18 1.46 2.21 2.62 1.83 2.53 2.001.86 1.74 AA AB AB AA BB AB AB BBAA BB AB BB AA AB AB BB BB AB BBBB BB BB AB BB AB BB2 1771 SNP_A-1659454 rs545542 1 94262717 2.06 2.131.83 2.62 1.70 2.32 1.38 2.54 2.09 2.12 2.81 2.13 2.871.56 1.62 2.06 2.19 1.92 1.80 2.01 1.72 1.83 2.00 1.371.79 1.54 AA AB AB AA BB AB AB BBAA BB AB BB AA AB AB BB BB AB BBBB BB BB AB BB AB BB2 1772 SNP_A-1707980 rs952499 1 94270446 1.62 2.222.05 2.12 1.70 2.74 2.27 2.07 1.77 1.70 4.49 1.77 2.642.08 2.28 2.67 2.19 1.99 2.23 2.53 2.32 1.83 2.65 1.582.19 2.17 AA AA AA AA BB AB AA BBAA AA NoCall BB AA NoCall AA AB BB AB BBAB AB BB NoCall AA AB BB2 1773 SNP_A-1696684 rs538880 1 94270795 1.63 2.251.99 2.06 1.70 2.49 2.61 1.48 1.53 1.94 3.29 1.33 1.961.80 2.12 1.91 2.19 2.27 1.91 1.82 2.50 1.83 1.75 1.702.54 2.76 AA AA AA AA AB AA AA BBAA AA AB AA AA AA AA AB AB AB ABAA AB AA NoCall AA AA AB2 1774 SNP_A-1704181 rs6658910 1 94310064 1.91 6.54

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.68 2.48 1.67 2.74 2.16 3.44 2.23 2.35 3.34 2.12 2.822.09 2.66 2.49 2.19 2.99 2.16 2.69 3.38 1.81 2.74 1.942.22 1.86 BB NoCall BB BB AB BB NoCall AABB BB AA BB AB NoCall NoCall AA AB AB BBBB BB BB AB AA AB NoCall2 1775 SNP_A-1643141 rs951534 1 94337295 2.04 1.752.65 2.48 1.65 3.38 1.88 1.55 2.37 2.68 4.64 2.12 3.722.14 2.28 3.44 2.18 2.33 2.56 2.93 2.11 1.79 2.51 1.512.30 1.86 AA AB BB AB AB AA AA BBAA BB AB AB AB AB AB BB AB AB ABAB AB AA BB BB BB AA2 1776 SNP_A-1729624 rs1411698 1 94398131 1.68 1.882.06 1.91 1.74 2.46 1.73 0.90 1.80 1.91 5.14 2.32 3.052.86 2.87 3.54 2.18 2.72 3.57 3.17 2.73 1.80 1.89 1.953.02 1.97 BB AB AA AB AA AA NoCall AABB AA AB AA AB AB NoCall AA AB AB AAAB AB BB AA AA AA AB2 1777 SNP_A-1659782 rs4847201 1 94407189 1.67 2.782.27 2.11 1.75 2.71 1.56 1.13 1.74 2.47 4.19 3.10 2.402.08 2.33 3.00 2.18 2.34 2.61 3.30 2.35 1.82 2.63 2.022.38 1.86 AA AA AA AB BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AB AA NoCall AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1778 SNP_A-1668552 rs10493871 1 94533066 2.00 3.432.84 2.43 1.89 3.34 2.78 3.02 1.96 3.45 2.85 2.24 1.941.54 1.89 1.90 2.21 1.94 1.48 2.08 2.31 1.93 3.72 2.782.36 2.49 AA AA AA AA BB AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 1779 SNP_A-1715603 rs1765618 1 94562596 1.83 2.132.89 2.30 1.85 3.10 2.06 1.96 2.45 3.71 3.41 1.62 2.211.88 1.92 2.17 2.15 2.16 2.63 2.17 1.94 1.81 2.69 1.623.10 1.33 BB BB AA NoCall AA NoCall BB AABB AA NoCall AB AB NoCall NoCall AA NoCall AB AAAB NoCall BB AA AA AA BB2 1780 SNP_A-1715891 rs10493872 1 94602439 2.23 4.422.45 2.46 1.84 3.37 2.43 2.47 2.25 4.57 1.65 1.90 1.571.08 1.38 1.12 2.19 2.34 1.61 1.87 2.03 1.81 2.48 1.923.08 2.11 AA BB AB BB BB BB BB AABB BB AB BB AB AA BB AB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1781 SNP_A-1712653 rs4847303 1 94602933 2.20 3.853.30 2.80 1.84 3.95 1.58 3.17 2.62 5.37 1.99 1.75 2.111.47 1.85 1.82 2.19 2.02 1.46 1.87 2.37 1.81 3.45 2.932.07 1.75 BB AA BB AA AB AA AB BBAA AA NoCall AA AB NoCall AA BB AB ABNoCall AB AA AA BB AA AB AA2 1782 SNP_A-1756419 rs1749541 1 94670399 1.58 2.452.23 1.88 1.91 2.51 2.49 1.39 1.58 2.73 3.42 2.47 1.892.00 2.47 2.24 2.22 2.44 2.46 2.76 2.57 1.73 2.53 1.882.37 1.99 AA AA AA NoCall BB NoCall AA AAAA AB AB AB AB AA NoCall AA AB AA ABAA BB AA AA BB AB AA2 1783 SNP_A-1645192 rs696619 1 94717241 1.76 2.811.99 2.13 1.91 2.95 3.04 2.37 2.00 3.62 2.93 2.24 2.301.86 2.24 2.08 2.22 2.09 1.13 2.01 2.39 1.73 2.73 2.261.70 2.22 BB AA BB AA AB AB NoCall BBAA AA BB AB BB BB AB BB AB AB ABAA AB AA AB AA AB BB2 1784 SNP_A-1645348 rs841337 1 94853548 1.69 3.351.94 1.91 1.74 2.65 2.10 2.64 1.88 3.23 3.04 2.14 2.511.60 2.25 2.04 2.14 2.19 1.32 2.38 2.39 1.70 2.51 2.181.90 1.85 BB BB BB BB BB NoCall BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB AB2 1785 SNP_A-1704179 rs841338 1 94854749 2.57 5.273.20 2.62 1.74 3.90 2.72 2.89 2.12 4.75 2.04 1.14 1.681.31 1.78 1.35 2.14 1.94 1.87 1.49 2.12 1.70 2.67 2.173.86 2.55 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AB2 1786 SNP_A-1703635 rs2040075 1 94870305 1.95 1.592.58 2.45 1.74 3.12 1.53 1.13 2.28 3.54 3.53 1.98 2.861.78 2.47 2.19 2.14 2.36 2.42 2.90 1.99 1.70 2.72 1.722.45 1.87 BB AB BB AB AB AB AB AAAA AA AB BB AB AA AA AB AB AB AAAA AB AA AA AA AB AB2 1787 SNP_A-1715363 rs2040074 1 94870378 1.77 1.492.31 2.22 1.74 2.52 1.35 1.94 1.68 2.43 5.84 2.28 4.262.88 2.95 3.45 2.14 2.36 3.63 3.66 2.53 1.70 2.14 1.872.32 1.90 AA AB AA NoCall AA AB AA BBBB BB AB AA AB BB BB AB AB AB BBBB AB BB BB BB AB AB2 1788 SNP_A-1757117 rs4847340 1 94870624 1.49 1.812.38 2.50 1.74 3.21 1.53 1.80 2.33 3.42 4.63 1.65 3.532.51 2.68 3.00 2.14 2.41 3.65 3.34 2.32 1.70 2.94 1.823.05 1.67 BB NoCall BB AB AA NoCall NoCall AAAA AA AB BB AB AA AA AB NoCall AB AAAA AB AA AA AA NoCall AB2 1789 SNP_A-1746476 rs10493874 1 94978454 1.56 2.332.26 2.13 1.68 2.86 1.68 1.67 1.95 2.74 2.78 1.86 2.501.44 1.91 1.91 2.09 2.20 1.78 2.32 2.23 1.61 2.43 1.732.39 1.45 BB AB AB AA AB AA AA BBBB BB BB AB AB AA AA BB AB AB ABAA AB AA AA AA AB BB2 1790 SNP_A-1726604 rs10493873 1 95013599 1.92 2.472.28 2.51 1.68 2.82 2.50 3.09 1.70 2.99 2.74 1.65 1.851.81 2.58 2.09 2.09 2.31 2.69 2.00 2.22 1.61 2.73 2.182.87 2.59 BB BB BB AA BB BB NoCall AABB BB BB BB AB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1791 SNP_A-1683566 rs6669849 1 95026464 2.46 4.023.18 2.66 1.68 3.50 4.25 3.98 2.62 4.83 1.56 1.09 1.131.04 1.14 1.02 2.09 1.31 0.99 0.99 1.33 1.61 3.17 2.082.56 2.40 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1792 SNP_A-1689264 rs696620 1 95029485 1.64 1.982.17 2.46 1.68 2.67 1.84 1.89 1.35 2.23 3.31 1.85 2.461.67 2.01 2.11 2.09 2.08 2.52 1.95 1.93 1.61 1.86 1.381.85 1.78 BB AB BB BB AB AB AA BBBB BB AA BB BB AA AA AB AB AB ABAA AB AA AB AA BB AA2 1793 SNP_A-1667996 rs10489810 1 95041456 1.91 2.402.63 2.25 1.68 2.64 1.98 2.49 1.81 3.22 3.45 1.75 2.491.75 1.93 1.99 2.09 2.77 2.43 2.50 5.41 1.61 2.24 1.653.17 1.65 BB AB BB NoCall BB AB BB BBBB NoCall AB BB BB BB BB NoCall AA AB BBAA AB AA BB AA BB AA2 1794 SNP_A-1647244 rs10493880 1 95138268 1.90 6.092.57 1.96 1.83 3.21 3.20 3.01 2.10 4.53 1.72 1.27 1.130.80 1.11 0.91 2.09 1.68 0.95 1.06 1.81 1.68 3.14 1.592.53 2.23 AA AA NoCall AB AB BB NoCall AAAB BB NoCall AB BB NoCall NoCall AA BB AANoCall AA AB AA AB AA BB BB2 1795 SNP_A-1726748 rs2766003 1 95138386 1.97 3.24

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data3.11 2.13 1.83 3.69 2.67 3.05 2.13 4.12 1.92 1.48 1.371.38 1.48 1.22 2.09 1.63 1.82 1.33 1.61 1.68 3.23 1.842.92 2.12 BB BB AB BB AB AA AB BBAB AA AB AB AA NoCall NoCall BB NoCall BB ABBB BB BB AB BB AA AA2 1796 SNP_A-1742863 rs10493881 1 95140072 1.50 1.822.55 1.94 1.83 2.90 1.86 1.92 2.16 2.84 4.28 2.03 3.292.10 2.37 3.09 2.09 2.28 2.25 2.87 2.40 1.68 2.68 1.941.98 1.87 AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AB AA AB NoCall AA AA AA AAAA AA AA AB AA BB AB2 1797 SNP_A-1758385 rs965314 1 95345743 1.95 1.662.53 2.57 2.00 3.02 1.53 1.21 2.10 2.16 5.34 1.48 3.283.82 3.84 4.52 2.30 3.43 5.11 4.14 2.97 1.79 1.57 1.833.45 2.40 BB BB AA BB BB AA AA AAAA AA AA AB AB BB BB BB AA AA ABBB AB BB AA AA AA AA2 1798 SNP_A-1714118 rs1414904 1 95345998 1.72 2.412.13 2.12 2.00 2.56 1.62 1.73 1.65 2.22 4.33 2.65 3.352.48 2.59 2.85 2.30 1.86 1.90 2.72 2.32 1.79 2.02 1.571.95 1.93 BB BB AB BB BB BB BB AANoCall AB AA BB BB BB BB BB AA BB BBBB BB BB AB AA AB AA2 1799 SNP_A-1756307 rs987111 1 95395534 2.04 2.272.43 2.32 2.29 2.51 3.36 1.54 1.55 2.36 2.43 2.24 2.651.88 2.00 1.92 2.42 1.86 1.97 2.20 2.03 2.02 2.46 1.932.54 2.17 AA AA AA AA BB BB NoCall BBBB AB AB AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AB BB AA AB2 1800 SNP_A-1727112 rs592097 1 95424479 1.82 1.992.22 2.16 2.17 2.44 3.30 1.85 1.87 2.65 4.32 2.68 3.263.66 3.56 3.60 2.40 2.34 2.64 2.69 2.62 1.94 2.33 2.942.19 2.40 BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB NoCall NoCall BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB2 1801 SNP_A-1711518 rs2236391 1 95495794 1.66 2.732.21 2.20 2.05 2.63 2.24 1.71 1.72 2.61 3.45 1.72 2.101.65 2.05 1.95 2.37 2.66 1.81 2.16 2.91 1.91 2.09 2.452.78 2.46 AA AA AB AA BB AA AA AAAA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1802 SNP_A-1693202 rs10489558 1 95649663 2.39 2.122.83 2.71 1.92 3.34 1.65 1.56 2.25 3.20 2.48 1.95 2.181.41 1.42 1.81 2.21 2.02 1.92 2.09 1.87 1.88 2.13 1.693.42 2.13 BB BB BB AB BB AB AB AAAB AA BB AB AA BB BB AA BB BB BBAB AB BB AB AA BB AA2 1803 SNP_A-1678860 rs491043 1 95699995 2.02 2.842.45 2.02 1.90 2.97 2.24 1.98 2.30 2.98 2.65 2.19 2.651.72 1.64 1.68 2.20 2.22 1.75 1.74 2.16 1.90 2.67 1.592.77 1.37 AA AA NoCall AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA BB2 1804 SNP_A-1673754 rs1509174 1 95767741 1.80 2.122.52 2.24 1.88 2.62 1.92 0.94 1.67 2.38 3.56 2.37 1.772.04 1.89 2.26 2.11 2.69 2.91 2.56 2.64 1.94 1.87 2.353.34 2.83 BB BB AB BB BB BB AB AABB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB AB BB AB BB BB BB2 1805 SNP_A-1716239 rs12240063 1 95768367 1.58 1.782.90 2.09 1.88 2.39 2.37 1.55 2.00 2.45 5.39 2.29 2.683.03 2.58 3.82 2.11 2.88 3.37 3.49 3.09 1.94 2.20 2.462.32 2.74 BB BB NoCall BB AA BB NoCall

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall BB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BBBB BB NoCall BB NoCall BB BB BB2 1806 SNP_A-1737147 rs684149 1 95768995 1.48 1.931.77 1.73 1.88 2.21 1.85 1.01 1.55 1.68 3.68 1.91 1.311.82 1.81 2.20 2.11 2.18 2.12 2.14 1.82 1.94 1.62 1.461.80 1.67 BB BB NoCall AB AB BB BB BBBB BB AB BB BB BB BB BB BB BB BBAB BB AA NoCall BB BB BB2 1807 SNP_A-1658308 rs10489561 1 95769194 1.52 1.962.33 2.00 1.88 2.17 2.81 1.45 1.51 1.74 5.07 2.36 1.953.22 2.19 3.19 2.11 2.52 3.99 2.93 2.35 1.94 1.51 2.352.83 2.68 AA AA AB AA BB AA NoCallNoCall AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AB AA AB AA AA AA2 1808 SNP_A-1664866 rs1415566 1 95790432 1.88 1.882.11 1.66 1.88 2.20 2.32 0.89 1.64 2.61 4.26 2.60 2.712.20 2.25 2.77 2.11 2.94 4.01 2.67 2.62 1.94 1.33 2.723.07 2.69 BB AB NoCall AB AB BB BBNoCall AB AA BB AB BB BB BB BB AB BBBB BB BB BB NoCall AA BB BB2 1809 SNP_A-1644384 rs517003 1 95791238 1.44 2.331.92 1.86 1.88 2.33 1.75 1.31 1.46 1.87 2.98 2.03 1.801.70 1.86 2.09 2.11 2.03 1.52 1.85 2.29 1.94 2.06 1.541.62 1.73 BB BB AB BB BB BB AB AABB BB BB BB BB BB AB BB BB BB BBBB AB BB AB BB BB BB2 1810 SNP_A-1721684 rs7419052 1 95880591 2.17 2.382.45 1.97 1.85 2.86 1.96 1.48 2.30 2.52 3.88 2.16 3.442.30 2.57 3.21 2.13 1.88 2.11 2.42 2.01 1.97 2.48 1.662.18 1.45 BB BB BB AB AA BB BB BBBB NoCall AA AB AA AB AB AB BB AB BBAB AB AA BB BB AA BB2 1811 SNP_A-1757105 rs7555254 1 96005275 2.58 3.902.71 2.35 1.87 2.85 4.01 2.75 2.05 3.49 2.53 2.68 1.902.36 2.32 1.95 2.18 1.99 2.02 1.47 2.20 2.04 2.19 3.142.68 2.90 AA AA NoCall AA BB AA NoCall AAAA AA AA AB NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AANoCall AA AA AA NoCall AB NoCall2 1812 SNP_A-1747159 rs10518582 1 96007712 1.74 1.742.55 1.93 1.87 2.49 2.96 1.67 1.94 2.95 2.96 2.01 2.142.01 2.23 2.66 2.18 1.98 1.80 2.32 2.09 2.04 2.38 2.302.49 2.09 AA AA NoCall AA AA AA NoCallNoCall AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA NoCall AA AAAA NoCall AA AA AA AA NoCall AB2 1813 SNP_A-1654391 rs4000583 1 96008356 1.75 1.941.45 1.66 1.87 2.06 1.80 1.14 1.24 2.33 3.12 2.24 1.952.08 2.10 2.59 2.18 2.06 1.22 2.08 2.52 2.04 1.77 2.242.02 1.97 AA AA AB AA BB AA AB AAAA AA AA AB AB AA AA AB AA AA AAAB AA AA AA AA AB AB2 1814 SNP_A-1667594 rs6421760 1 96008471 1.58 2.491.76 1.58 1.87 2.00 1.70 1.27 1.30 2.01 2.77 2.15 1.491.76 1.97 2.20 2.18 2.13 1.16 1.74 2.34 2.04 1.63 2.221.36 2.01 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1815 SNP_A-1727064 rs6695542 1 96008607 1.28 2.411.93 1.50 1.87 2.08 1.84 1.33 1.82 2.35 3.41 2.24 2.082.08 2.17 3.40 2.18 2.19 1.61 2.64 2.11 2.04 1.93 1.682.20 1.73 BB BB AB BB BB BB AB BBBB BB BB AB AB BB BB AB BB BB BBAB BB BB BB BB AB AB2 1816 SNP_A-1746166 rs10493882 1 96008949 1.77 1.07

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.90 2.38 1.87 1.52 1.65 1.03 1.11 1.00 4.37 2.16 2.382.19 2.92 3.54 2.18 3.65 2.80 3.37 3.78 2.04 2.01 2.354.10 2.77 AA AA AB AA BB AA NoCall AANoCall BB AA AB AA AB AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 1817 SNP_A-1646638 rs9324358 1 96008999 1.73 1.702.22 2.04 1.87 2.51 1.27 0.98 1.66 2.01 3.37 1.70 1.781.84 1.95 2.63 2.18 2.59 2.31 2.28 2.36 2.04 1.79 1.782.32 1.87 BB BB BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1818 SNP_A-1732297 rs9324359 1 96116201 2.19 3.072.07 2.43 1.77 2.77 1.69 1.99 2.07 2.29 3.51 2.28 2.462.41 2.64 2.51 2.16 2.13 1.62 2.41 2.68 1.97 2.75 3.001.75 1.36 AA AA AA AA AA AA NoCall AAAA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA AA NoCall2 1819 SNP_A-1747691 rs1935571 1 96126356 1.40 2.031.73 1.65 1.78 1.93 1.51 1.00 1.36 1.90 3.72 2.13 2.101.91 2.30 2.79 2.17 2.55 1.60 2.51 2.73 2.00 1.86 1.841.91 1.80 BB BB AB AA BB BB AB AABB BB AA AB BB AB AB AB BB BB ABAB BB BB AA AA AB AA2 1820 SNP_A-1753559 rs1458634 1 96155943 1.86 2.512.39 1.25 1.77 2.47 1.86 0.25 1.87 2.57 0.44 3.82 2.921.94 1.96 1.91 2.19 2.98 2.93 2.15 1.56 2.03 0.31 0.362.99 1.23 AA AA AA AA BB AA AANoCall AA AA BB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA NoCall AA BB2 1821 SNP_A-1650786 rs321241 1 96188514 1.97 1.972.40 2.30 1.77 2.66 2.08 0.77 1.79 2.11 3.97 2.34 1.832.24 2.58 2.85 2.19 2.35 2.04 2.13 2.41 2.03 2.16 2.111.89 2.20 AA AA BB AA BB AA BB AANoCall NoCall AA BB AA AB AA AA AA AA ABAA AA AA AA AA AB AB2 1822 SNP_A-1713009 rs1144305 1 96218751 1.91 1.432.14 2.12 1.77 2.30 1.57 0.60 1.64 1.75 4.69 1.99 1.912.50 2.35 2.84 2.19 2.64 3.14 2.41 2.79 2.03 1.80 1.832.65 2.44 AA AA AA AB BB AB AB AAAB BB AB AB AA BB AA AA BB AA ABAA AB AA AA BB AA BB2 1823 SNP_A-1716633 rs1146549 1 96284916 1.52 2.941.93 1.90 1.73 1.89 2.10 1.71 1.46 2.44 2.13 2.41 1.451.11 1.39 1.13 2.30 2.15 1.06 1.48 2.35 2.05 1.91 1.951.80 2.30 BB BB NoCall AB BB AB AB BBBB BB NoCall AB BB AB BB BB AA AB BBBB AB AA BB AA AB BB2 1824 SNP_A-1666658 rs1146550 1 96284990 1.64 2.622.11 1.99 1.73 2.25 3.21 1.64 1.89 2.70 2.37 2.11 1.891.69 1.81 1.67 2.30 1.94 1.85 1.81 2.24 2.05 2.06 2.522.25 2.36 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAB AB AA AB AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1825 SNP_A-1709429 rs321565 1 96368026 1.18 1.841.69 2.02 1.78 1.83 2.10 1.38 1.57 1.81 4.41 3.67 2.753.52 3.16 4.33 2.25 1.94 2.47 2.74 2.70 2.06 1.55 2.141.68 1.89 AA BB AA AA BB AB AA BBAA NoCall AB AA AA AA AA AA AA BBNoCall AA AA AA NoCall AA AA AA2 1826 SNP_A-1756162 rs10489720 1 96541648 1.74 2.522.19 2.18 1.82 2.35 2.11 2.33 1.59 1.65 4.32 2.05 2.732.61 2.44 2.85 2.07 2.45 2.96 2.97 2.56 1.89 1.84 1.752.24 2.12 BB BB BB BB BB BB BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB AB BB BB ABAB BB BB AB AA BB BB2 1827 SNP_A-1674447 rs10518596 1 96573131 1.96 2.782.50 2.36 1.82 2.78 2.14 1.70 1.80 2.39 2.58 2.04 1.951.15 1.46 1.37 2.07 2.26 2.28 2.08 2.13 1.89 2.01 1.713.35 1.91 AA AA AA AA BB AA AA BBAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1828 SNP_A-1706925 rs633343 1 96573561 2.08 5.312.99 2.56 1.82 2.69 2.14 1.90 2.20 2.86 2.84 2.69 2.831.60 2.40 2.28 2.07 2.40 1.92 2.36 2.89 1.89 2.57 2.472.25 1.91 AA BB AA AA BB AB NoCall BBAA BB AB AA AA NoCall AA AA NoCall AANoCall AB AA AA AB AA AA NoCall2 1829 SNP_A-1693375 rs736021 1 96574470 1.66 2.332.16 2.16 1.82 2.48 1.76 1.85 1.68 1.75 4.34 4.01 4.292.88 3.48 3.57 2.07 2.49 1.97 3.61 2.61 1.89 2.47 1.931.62 1.57 AA BB AA AA BB NoCall NoCall AAAA BB NoCall AA AA NoCall AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1830 SNP_A-1749915 rs10493883 1 96574764 2.04 1.812.50 2.24 1.82 2.50 2.06 0.76 1.51 2.45 4.19 2.57 2.802.01 2.33 2.39 2.07 2.78 2.88 2.92 2.82 1.89 1.77 2.173.48 2.77 AA BB AA AA BB AB AB AAAA BB AB AA AA AB AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB2 1831 SNP_A-1741633 rs10489738 1 96621885 2.05 2.562.50 2.09 1.81 2.86 3.13 2.15 2.09 3.07 2.35 2.06 1.771.73 1.76 1.62 2.05 1.81 1.77 1.80 2.00 1.83 2.74 2.332.50 2.12 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1832 SNP_A-1717609 rs10489740 1 96631203 1.97 2.842.57 2.28 1.81 3.20 2.26 2.23 2.12 2.79 1.81 1.39 1.261.61 1.33 1.61 2.05 1.55 1.31 1.26 1.57 1.83 2.47 1.731.99 1.60 BB AB AB AA BB NoCall AA AAAA AB AA AB AB AA NoCall NoCall AB AB AAAB NoCall AA AB AA AB AA2 1833 SNP_A-1652282 rs986427 1 96644757 1.60 1.931.81 1.69 1.81 2.11 1.27 1.50 1.63 1.49 3.08 2.01 2.331.67 1.91 1.94 2.05 1.86 2.06 2.09 1.81 1.83 1.57 1.072.05 1.23 AA AA BB BB AB AA AA BBAA AA AB AA AA AB AB AB AA AB ABAA AB BB AA BB AB AB2 1834 SNP_A-1756361 rs10489741 1 96654427 1.87 2.502.38 2.07 1.81 2.21 2.44 2.46 1.80 2.34 3.76 2.20 2.932.12 1.86 2.31 2.05 2.30 2.39 2.21 2.55 1.83 1.98 1.743.44 1.75 BB NoCall AA AA AA BB BB AABB BB AA BB BB NoCall NoCall NoCall BB AB ABBB NoCall AA BB BB AB NoCall2 1835 SNP_A-1743995 rs10493886 1 96774207 1.92 2.352.70 2.28 1.79 2.85 1.79 2.13 2.08 2.72 1.79 1.52 1.231.03 1.30 1.43 2.15 1.99 1.74 1.76 2.23 1.90 2.22 1.392.86 1.60 BB AB AA AA BB AA AA AAAA AB AA AB AA AA NoCall AB NoCall AA AAAB AB AA AB AA AB AA2 1836 SNP_A-1709077 rs10489798 1 96957067 1.86 3.942.41 2.29 1.85 2.81 1.32 1.03 2.10 1.74 5.36 2.33 2.002.57 2.60 3.72 2.26 2.13 2.40 3.34 2.09 1.95 1.72 1.421.85 1.38 BB BB BB BB BB BB BB AABB BB BB AB AB BB BB BB NoCall AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 1837 SNP_A-1688338 rs10489797 1 96957221 2.18 4.59

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.76 2.03 1.85 3.10 2.29 1.12 2.26 1.90 7.33 2.22 2.944.06 3.48 5.63 2.26 3.03 4.17 4.08 3.28 1.95 1.52 2.513.00 2.87 AA NoCall AB AB AA AA AANoCall AB NoCall AB AA AA AB NoCall AA AB AAAA AA AB BB NoCall NoCall AB BB2 1838 SNP_A-1660863 rs3791010 1 96974737 1.45 2.441.75 1.80 1.91 2.16 2.95 1.53 1.48 2.06 3.05 2.11 1.891.65 1.79 1.48 2.18 1.66 1.16 1.64 2.07 1.94 1.66 2.201.55 2.06 BB BB AB AB BB BB BB BBAB BB AB BB BB AB BB BB AB BB BBBB AB AA BB BB AB AA2 1839 SNP_A-1709857 rs54790 1 96977762 1.47 2.05 2.231.94 1.91 2.73 2.68 0.94 1.61 2.62 3.88 2.51 3.29 2.392.39 2.53 2.18 2.73 1.60 2.23 2.65 1.94 1.97 2.37 1.912.44 AA AB BB BB AB AB BB NoCall BBAB AB BB BB BB AA AB BB BB BB ABAB BB AB BB AB BB2 1840 SNP_A-1674557 rs273884 1 96985334 1.25 2.622.07 1.82 1.91 2.42 1.48 1.67 1.77 1.76 5.74 2.96 4.102.86 2.44 4.09 2.18 2.65 2.38 3.39 2.88 1.94 1.80 1.922.18 1.70 BB AB AA AA AB NoCall AA AAAA AB NoCall AA AA NoCall BB NoCall AA AA AAAB AB AA NoCall AA AB AA2 1841 SNP_A-1721261 rs273883 1 96985353 1.54 1.691.94 1.66 1.91 2.30 1.54 0.96 1.66 1.76 4.91 1.76 2.772.72 2.27 3.59 2.18 2.50 3.29 3.08 2.34 1.94 1.63 1.342.70 1.30 BB NoCall AA AA AB AB AA AAAA AB NoCall AA AA AA BB NoCall AA AA AAAB AB AA NoCall AA AB AA2 1842 SNP_A-1676738 rs273885 1 96991713 1.51 1.761.95 2.00 1.91 2.27 2.29 0.71 1.56 2.34 3.66 1.96 1.652.39 2.37 2.43 2.18 2.97 2.57 2.38 2.37 1.94 1.70 2.272.60 1.91 AA AB AB AB AB AB BB BBAB AB AA BB BB AB AA AB AB BB BBAB AA AA AB NoCall AA AA2 1843 SNP_A-1702151 rs10493887 1 97122527 1.78 4.142.65 1.97 1.78 3.65 2.54 3.40 2.81 3.65 1.93 2.23 1.661.65 1.48 1.49 2.25 2.13 1.20 1.66 2.25 1.96 2.73 1.811.59 1.49 AA AA AA AA AA AA AA AANoCall BB AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 1844 SNP_A-1673538 rs2200871 1 97204726 1.14 1.951.98 1.94 1.77 2.10 2.28 1.34 1.44 2.38 4.00 3.77 3.492.72 2.65 3.54 2.22 2.74 2.39 2.52 2.63 1.91 2.02 2.752.18 2.02 BB AA AA AB AA AA AA AAAA AA AA AB AB AA NoCall AA AA AB AAAA AA AA AB NoCall AA NoCall2 1845 SNP_A-1735018 rs290871 1 97211208 1.71 2.242.17 1.95 1.73 2.39 1.15 1.32 1.92 2.38 3.30 2.57 2.021.68 2.11 2.74 2.22 2.09 1.05 2.19 1.90 1.85 2.40 1.561.18 1.09 NoCall AA NoCall AB BB AA AA AAAA AA AA AB AB AA AB AA AA AB AAAA AA AA AB AA AA BB2 1846 SNP_A-1697126 rs67530 1 97211620 2.11 1.62 2.542.38 1.70 3.01 2.37 0.89 1.94 2.33 5.16 2.13 2.63 2.943.08 3.84 2.22 3.03 2.98 3.04 2.83 1.86 2.12 2.12 2.832.22 AA AA AA NoCall AB AB AA AA BBBB AB AB AA AB AA AA AB AA AB AAAA AA AA BB AB AA2 1847 SNP_A-1658584 rs290867 1 97248383 1.71 1.892.22 2.03 1.75 2.65 1.32 0.91 1.91 2.17 3.37 2.22 1.761.71 2.00 2.42 2.18 2.06 1.91 2.28 1.79 1.87 2.98 1.642.16 1.54 AA AA AA AB BB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA AA AB AA NoCall AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 1848 SNP_A-1674100 rs6681958 1 97296182 1.95 2.112.40 1.85 1.75 2.19 2.64 1.40 1.62 2.38 3.21 3.56 2.241.87 1.97 2.44 2.18 2.33 1.90 2.62 2.52 1.87 2.08 1.822.63 1.73 AA BB NoCall BB AA BB NoCall BBBB BB AB AA AB AB AB AA AB AB ABAB AB BB BB BB AB AB2 1849 SNP_A-1646790 rs970337 1 97296667 2.00 2.222.28 2.11 1.75 2.37 1.94 1.75 1.87 2.61 2.82 2.54 2.012.00 2.16 2.36 2.18 2.01 1.73 2.18 2.10 1.87 2.24 1.822.02 1.59 BB NoCall NoCall AA AA NoCall BBNoCall AA AA AB BB BB NoCall NoCall BB AB ABAB BB BB AA AA NoCall AB BB2 1850 SNP_A-1657704 rs1514499 1 97297222 1.89 2.892.78 1.99 1.74 3.04 3.07 1.58 1.93 2.84 2.12 1.62 1.071.16 1.06 1.09 2.18 2.03 1.39 1.39 1.85 1.87 2.02 2.093.17 2.39 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1851 SNP_A-1652514 rs10493890 1 97300851 1.62 2.392.20 2.12 1.74 2.32 2.19 1.31 1.43 2.55 3.55 3.00 2.322.06 2.31 2.63 2.18 2.63 2.14 2.47 2.75 1.87 2.28 2.082.31 2.00 AA AA AB AA AB AA NoCall AAAA AA AB BB AB AB AB BB AB AB ABAB BB AA AA AA AB AB2 1852 SNP_A-1735963 rs6668653 1 97320468 1.89 1.623.10 2.07 1.82 2.25 2.15 1.19 1.62 2.33 5.54 3.32 3.443.83 3.38 4.20 2.18 2.99 3.97 3.77 3.41 1.89 2.10 2.812.80 2.83 AA AA NoCall AA BB AB AANoCall AA AA AA AA AA BB AA AA BB AAAB AA AA AA AA AA AA AA2 1853 SNP_A-1647986 rs1333727 1 97393363 2.32 3.272.91 2.48 1.83 3.07 4.61 1.79 2.10 3.74 2.73 1.44 1.291.73 1.87 1.64 2.16 2.03 1.62 1.60 2.15 1.84 2.41 2.153.93 2.84 BB BB AA BB AA AA BBNoCall BB BB AB BB NoCall AA NoCall NoCall AA BBAB AB BB BB AB AA BB NoCall2 1854 SNP_A-1669291 rs1413234 1 97398013 1.96 2.732.43 2.24 1.83 2.88 2.41 1.50 2.30 3.00 2.09 1.76 1.391.14 1.41 1.45 2.16 1.93 1.20 1.50 1.46 1.84 2.12 1.812.35 1.14 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 1855 SNP_A-1656385 rs528455 1 97461219 1.15 2.562.11 1.85 1.72 2.19 1.55 1.12 1.77 1.86 3.09 2.23 2.281.78 1.96 2.26 2.06 2.50 2.33 2.36 2.30 1.83 1.54 1.512.89 1.24 AA NoCall AB AB BB AA NoCall BBAA AA AB AB AA NoCall BB AA NoCall AA AAAA BB BB AA AA AA AB2 1856 SNP_A-1667846 rs1577896 1 97579333 2.04 2.662.39 2.31 1.81 2.60 4.11 2.13 1.79 2.49 3.78 2.69 2.602.91 3.09 3.47 2.04 2.30 2.97 2.44 2.67 1.89 2.23 3.713.06 2.79 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AB AA AA AA NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1857 SNP_A-1734704 rs3897854 1 97630327 2.03 1.852.67 2.31 1.75 3.19 2.31 1.07 2.04 2.63 2.56 1.93 1.261.65 2.26 2.27 1.90 1.74 1.65 2.02 1.62 1.81 2.59 2.071.76 1.41 BB AB AB BB AB BB AB BBBB BB AB BB AB BB AA AB AB AB AAAB AA BB AB BB AA BB2 1858 SNP_A-1661780 rs952501 1 97667294 1.50 2.28

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.97 2.09 1.77 2.16 1.25 1.60 2.48 2.03 3.79 3.23 2.591.94 2.79 2.43 1.89 2.78 1.33 2.54 1.85 1.88 2.62 1.621.16 1.24 BB BB NoCall BB AA AB NoCall BBNoCall BB AB BB AB AB NoCall AB AB AA BBBB AB BB BB BB BB BB2 1859 SNP_A-1744195 rs10493892 1 97680004 1.51 1.382.46 3.14 1.77 2.81 1.83 0.64 2.09 2.62 3.39 1.97 2.192.10 2.06 2.75 1.89 2.40 2.37 2.35 1.91 1.88 1.68 1.272.30 1.22 AA AA AA NoCall BB AA NoCall AAAA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA AA2 1860 SNP_A-1728419 rs2786782 1 97680636 1.48 1.941.73 1.83 1.77 2.00 2.17 0.98 1.29 1.69 4.55 2.98 2.282.53 2.68 2.78 1.89 2.17 2.57 2.15 2.21 1.88 1.40 1.861.98 1.90 AA AB NoCall NoCall AA AA AA BBNoCall AA AA BB AA AA NoCall AA AA AA AABB AA AA NoCall AA BB AB2 1861 SNP_A-1650406 rs7533902 1 97791249 1.45 1.822.06 2.02 1.76 2.01 1.60 0.73 1.59 1.60 4.62 3.12 2.082.28 2.26 3.07 2.00 2.25 3.22 2.64 2.42 1.93 1.29 1.983.15 2.23 BB NoCall BB BB AB AB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB ABAB BB AA AA AA NoCall AB2 1862 SNP_A-1670742 rs10518636 1 97810900 1.98 2.212.42 2.02 1.76 2.77 3.18 1.11 1.71 2.47 4.34 2.15 1.862.67 2.83 3.05 2.00 2.39 2.53 2.62 2.60 1.93 1.96 2.533.04 2.46 BB BB AB BB AB BB NoCall BBAB BB AA BB AB BB BB BB AB BB BBBB BB BB NoCall NoCall BB BB2 1863 SNP_A-1731873 rs7527085 1 97965426 0.88 2.182.04 1.91 1.68 2.76 1.60 1.21 1.69 2.10 3.69 2.82 2.581.84 2.10 2.35 2.24 2.29 2.00 2.44 2.31 2.05 2.46 1.831.78 1.72 BB BB BB NoCall AB BB BB BBBB BB BB AB AB AB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB AA2 1864 SNP_A-1757451 rs10518643 1 97977599 0.96 2.031.98 1.97 1.68 2.35 2.39 0.86 1.67 2.21 3.35 2.05 1.231.92 2.11 2.20 2.24 2.51 2.08 2.24 2.32 2.05 1.92 2.142.21 2.04 NoCall AA AA AA BB AA AA ABAA NoCall AA AA NoCall AA AA AA AA AA AAAA AA AA NoCall NoCall AA NoCall2 1865 SNP_A-1724252 rs10493894 1 97977688 1.41 2.222.46 2.77 1.68 2.75 2.61 1.56 2.02 2.60 5.77 2.63 2.934.04 4.36 4.12 2.24 2.77 3.42 3.97 3.61 2.05 2.12 2.223.28 2.69 NoCall AA AA NoCall AB AA NoCallNoCall AA AA AA AB AB AB NoCall AA AA AAAA AB AB AA AA NoCall AA NoCall2 1866 SNP_A-1708050 rs10493895 1 97983247 0.80 1.892.22 1.98 1.68 2.82 1.54 0.59 1.70 2.30 3.33 2.53 1.591.76 2.11 2.44 2.24 2.02 2.08 2.54 1.98 2.05 2.00 1.812.00 1.62 BB BB BB AB AB BB BB BBBB BB BB AB AB AB BB BB BB BB BBAB AB BB BB BB BB BB2 1867 SNP_A-1682368 rs10493897 1 98252167 1.59 3.892.20 2.14 1.76 2.37 2.28 1.21 1.69 1.95 5.10 2.80 1.932.88 2.89 3.51 2.02 2.76 4.40 3.25 2.87 1.75 1.92 2.282.23 2.23 AA AA AA AA BB AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA2 1868 SNP_A-1660153 rs1198594 1 98252765 1.96 3.802.42 2.30 1.76 2.71 3.48 2.07 1.97 2.83 3.57 2.52 1.762.44 2.46 2.58 2.02 2.21 2.24 2.20 2.19 1.75 2.53 3.041.94 2.39 AA NoCall AA AA AA AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA AB AAAB AB BB NoCall AA NoCall AA2 1869 SNP_A-1740105 rs1198592 1 98253380 1.41 2.001.77 1.71 1.76 2.14 2.84 1.07 1.50 1.87 2.98 1.74 0.841.62 1.68 1.43 2.02 1.86 2.11 1.63 1.95 1.75 1.67 1.941.74 2.14 BB NoCall BB BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB AB NoCall BB BB AB BBAB AB AA NoCall BB AB BB2 1870 SNP_A-1661284 rs4950142 1 98253698 1.96 2.712.15 2.29 1.76 2.82 2.80 1.44 1.66 2.49 2.84 2.36 1.562.12 2.84 2.38 2.02 2.39 2.77 2.37 2.48 1.75 2.24 2.592.63 2.32 BB BB BB AB BB BB BBNoCall NoCall BB AA AA AA BB BB BB AA BBBB AB AB BB BB AA AB BB2 1871 SNP_A-1668030 rs1198575 1 98274281 1.66 1.522.60 2.32 1.76 3.22 2.29 1.65 2.78 2.71 3.54 1.81 2.301.83 1.91 2.51 2.02 1.99 2.66 2.30 1.85 1.75 2.28 1.742.18 1.55 AA NoCall AB AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall NoCall AA AA ABAA AA AA BB NoCall AA AB AA2 1872 SNP_A-1754540 rs10518654 1 98290881 2.11 2.692.36 1.97 1.75 2.87 5.24 3.32 2.18 3.12 2.16 1.99 1.472.13 2.08 1.72 2.02 1.62 1.34 1.37 2.21 1.75 2.70 3.081.73 2.23 AA AA AA AA AA NoCall NoCall AANoCall AA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCallNoCall NoCall AA AA NoCall NoCall NoCall AA2 1873 SNP_A-1707257 rs10493899 1 98310473 2.10 3.292.58 2.32 1.71 3.06 3.82 1.80 2.21 3.37 2.24 2.22 1.401.70 2.20 1.76 1.99 1.92 2.15 1.85 2.03 1.73 2.50 2.583.05 2.37 AA AA AA AA AA AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AA NoCall AA AAAA AB NoCall AA AA AA AA AB2 1874 SNP_A-1757755 rs2263255 1 98333744 1.55 1.652.16 1.89 1.70 2.32 3.00 0.73 1.98 2.19 4.26 2.09 1.602.21 2.38 3.81 2.01 2.37 4.20 2.94 2.06 1.73 2.08 2.151.94 1.59 BB AB BB AB AB BB NoCall BBBB BB AB AB AB AB BB BB AA AB BBAB AB BB BB BB AB AB2 1875 SNP_A-1743339 rs822565 1 98340630 1.90 2.302.47 2.16 1.70 3.09 3.29 1.23 2.15 2.43 3.60 2.08 1.842.55 2.67 3.21 2.01 2.54 3.99 2.67 2.34 1.73 2.54 2.482.82 1.99 AA NoCall AA AB AA AA NoCallNoCall AA AA AB AB AB NoCall AA AA BB ABAA AB AB AA AA AA AB AB2 1876 SNP_A-1687478 rs10489931 1 98453445 1.61 2.772.20 1.88 1.68 2.52 1.97 1.28 1.74 2.27 2.65 2.06 1.291.48 1.56 1.63 2.03 2.05 1.21 1.97 1.98 1.76 2.23 1.712.03 1.50 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1877 SNP_A-1656649 rs6664132 1 98453771 1.22 3.222.07 1.99 1.68 2.76 2.55 1.72 1.75 1.74 4.05 2.84 1.772.63 2.27 2.82 2.03 1.98 2.05 2.27 2.19 1.76 2.14 1.841.72 2.28 BB AA AA AA BB AA NoCall AAAB NoCall AA AA AB AA AA AA AB AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 1878 SNP_A-1706237 rs1575485 1 98480782 1.12 2.002.18 2.09 1.68 2.42 3.94 1.43 1.28 2.07 5.21 2.77 2.763.64 3.57 3.90 2.03 2.75 4.01 3.09 2.93 1.76 2.06 3.603.24 3.79 AA NoCall NoCall AB AA NoCall NoCallNoCall NoCall NoCall AA AB AB NoCall NoCall AB NoCall BBAB AB NoCall BB BB BB BB BB2 1879 SNP_A-1719899 rs10489929 1 98487783 1.51 2.84

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.74 1.61 1.68 2.20 3.25 1.78 1.41 2.15 1.77 1.72 0.971.22 1.33 1.06 2.03 1.48 1.34 1.20 1.75 1.76 1.88 2.031.98 2.15 BB BB BB BB BB BB BB BBNoCall NoCall BB BB AB BB BB BB AB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB2 1880 SNP_A-1732293 rs1075032 1 98490368 1.46 2.261.59 1.88 1.68 2.38 1.34 1.28 1.69 1.93 2.98 2.11 1.601.66 1.87 2.21 2.03 1.83 1.09 1.97 1.65 1.76 1.90 1.191.16 1.26 BB AB AB AB AB AB NoCall AAAB BB BB AB BB AB AA AB BB AA BBAB AB AA AA AA AA AA2 1881 SNP_A-1741577 rs1075033 1 98490508 1.81 1.782.05 2.43 1.68 3.09 1.58 1.21 1.84 1.63 4.01 1.81 1.792.46 2.43 2.97 2.03 2.31 2.53 2.46 1.92 1.76 1.86 1.252.38 1.01 BB AB AB AB AB AB NoCall AAAB BB BB AB BB AA AA AB BB AA BBAB AB AA AA AA AA AA2 1882 SNP_A-1685198 rs7525553 1 98553850 1.72 1.941.95 2.20 1.60 2.65 1.72 0.86 1.62 1.98 3.49 1.52 1.301.74 1.93 2.02 2.02 1.84 1.55 1.91 1.69 1.79 1.99 1.441.54 1.58 AA BB BB BB AB BB AB BBBB AB AA BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1883 SNP_A-1669083 rs3908575 1 98575781 1.91 2.312.35 1.95 1.59 2.96 2.09 1.04 1.97 2.50 3.40 2.93 2.041.91 2.15 1.97 2.02 2.39 2.36 2.41 2.44 1.80 1.93 1.892.33 1.90 BB AB AA AB AB AA NoCallNoCall AA AB BB AA BB AA AA BB BB AAAB AA AA AA NoCall BB AA BB2 1884 SNP_A-1729588 rs770918 1 98640958 1.61 2.181.94 2.24 1.52 2.63 1.75 0.64 1.90 2.53 3.70 2.11 1.941.89 2.28 2.48 2.01 2.81 1.66 2.37 2.53 1.74 2.02 1.542.11 1.63 BB BB AB BB BB BB BB AAAB BB BB BB BB AB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1885 SNP_A-1711588 rs192883 1 98659122 2.14 3.442.82 2.78 1.52 3.26 2.83 1.99 2.20 3.55 3.27 1.90 1.822.18 2.33 1.81 2.01 2.18 1.99 1.96 2.27 1.74 2.00 1.963.00 1.76 AA NoCall AA AA AA NoCall NoCallNoCall AA AA AA AA AA NoCall NoCall NoCall AA ABAA AA NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall2 1886 SNP_A-1697346 rs1384170 1 98954881 1.93 2.031.97 1.87 1.71 2.56 3.90 1.81 1.67 2.80 3.71 3.63 2.823.01 3.39 2.92 2.24 2.76 1.84 2.55 2.79 1.98 2.43 3.822.20 2.62 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1887 SNP_A-1724396 rs10493904 1 99021620 1.39 1.651.83 1.78 1.62 1.70 2.05 0.87 1.27 1.99 2.07 2.54 2.902.74 2.64 3.07 2.14 3.13 2.32 2.56 2.79 2.35 1.27 2.292.60 2.33 AA AB AB AB BB AA AB AAAA AA AA AA AB AA AA AB AA AA AANoCall AA AA AB AA AB AB2 1888 SNP_A-1716081 rs1351563 1 99028939 2.32 2.082.80 2.46 1.62 3.11 1.92 1.22 2.07 2.34 1.21 2.29 2.211.57 1.83 1.68 2.14 2.32 2.26 2.19 2.09 2.35 2.53 1.813.30 1.69 AA AB NoCall AA BB AA AANoCall NoCall AB NoCall AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA2 1889 SNP_A-1751433 rs764051 1 99068979 1.48 3.172.28 2.15 1.64 2.41 1.42 1.57 1.49 2.04 2.56 3.28 2.933.03 2.80 3.83 2.09 2.72 2.82 3.39 2.66 2.22 1.93 1.952.52 1.86 AA AA AA AA AA AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB NoCall AA AA AA AA AA AA BB AA ABAA AA AA AA AA AA BB2 1890 SNP_A-1742661 rs1481505 1 99082374 2.14 3.212.87 2.01 1.64 2.92 2.91 1.93 2.08 3.29 1.54 2.48 1.642.05 2.25 1.92 2.09 2.40 1.90 2.07 2.42 2.22 2.77 2.762.56 2.44 AA AA NoCall AA AA AA AA AAAA AB NoCall AA AA AA NoCall NoCall BB AA BBAB AA BB AA AA AA BB2 1891 SNP_A-1732031 rs1571500 1 99098314 1.82 4.492.31 1.96 1.64 2.61 2.44 2.75 1.98 2.90 1.52 2.05 1.491.78 1.61 1.61 2.09 1.75 1.20 1.24 1.69 2.22 2.25 1.882.17 2.01 AA AA AA AA AA AA AA AAAA NoCall NoCall AA AA NoCall NoCall AA AB AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 1892 SNP_A-1732984 rs10489923 1 99154779 2.45 1.522.25 2.19 1.65 2.75 2.11 0.86 1.75 2.34 1.60 2.14 1.622.13 1.70 2.68 2.09 2.08 2.78 2.51 2.26 2.15 1.99 2.292.62 1.97 AA BB BB BB BB AB BBNoCall BB BB BB AB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1893 SNP_A-1669289 rs10489924 1 99170995 1.39 3.222.03 1.80 1.65 2.05 2.20 1.08 1.52 2.08 1.88 3.20 2.032.52 2.71 3.09 2.09 2.63 2.35 2.68 2.81 2.15 1.81 2.152.28 2.19 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AB AA AA AAAA AA AA NoCall AA AA AA2 1894 SNP_A-1698323 rs10489925 1 99173344 3.41 5.112.63 2.44 1.65 4.34 2.81 1.67 2.22 2.66 1.50 2.34 1.431.94 1.77 1.69 2.09 2.49 2.25 1.90 2.19 2.15 2.27 1.953.49 1.80 AA BB NoCall BB AA NoCall BB BBBB BB NoCall AB BB NoCall NoCall AB BB BB BBBB BB BB AB NoCall BB NoCall2 1895 SNP_A-1713514 rs10493907 1 99228262 1.37 2.462.68 1.89 1.63 2.52 1.44 1.22 2.45 2.19 1.21 2.27 3.481.24 1.55 3.71 2.05 2.34 2.03 3.16 1.98 2.15 1.97 1.652.53 1.22 AA BB BB AB BB AB BB BBBB BB BB AB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1896 SNP_A-1715873 rs6701980 1 99241847 2.35 2.842.58 2.68 1.63 3.46 2.58 1.51 1.76 3.06 1.18 1.18 1.151.57 1.62 1.57 2.05 1.65 1.45 1.33 1.79 2.15 1.96 1.912.76 1.87 AA AB BB NoCall BB NoCall BB BBAB BB NoCall AB NoCall NoCall BB AA BB BB BBNoCall BB AA AB NoCall BB AB2 1897 SNP_A-1736557 rs1505551 1 99261289 1.47 3.002.15 1.74 1.64 2.64 2.12 1.42 1.75 2.22 1.45 2.64 2.182.11 2.19 2.43 2.03 1.87 1.38 2.10 2.21 2.11 2.20 2.291.74 1.87 NoCall AA AA AB BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1898 SNP_A-1703029 rs1505552 1 99261348 2.05 1.961.97 1.69 1.64 2.41 2.40 1.21 1.80 2.38 1.69 2.13 2.292.30 2.23 2.85 2.03 3.06 2.18 2.31 2.89 2.11 1.82 2.412.77 1.92 BB AA AA AB BB AA AANoCall AA AA AA AA AA AA AB AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA2 1899 SNP_A-1731061 rs1505553 1 99261367 1.06 1.191.95 1.55 1.64 1.88 2.34 0.59 1.29 1.89 1.34 1.78 1.861.82 1.78 2.19 2.03 2.06 1.78 1.94 2.04 2.11 1.53 1.672.03 1.95 AA BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1900 SNP_A-1714362 rs302815 1 99285754 1.60 1.48

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.97 1.95 1.64 2.47 1.18 1.13 1.95 1.63 1.80 2.30 2.552.17 2.37 3.25 2.01 2.15 2.22 2.94 2.07 2.10 1.59 1.351.35 1.24 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1901 SNP_A-1705645 rs302739 1 99297325 2.28 3.242.75 2.00 1.64 3.39 3.66 2.98 2.54 3.53 2.15 2.01 2.222.44 2.55 2.25 2.01 2.30 1.64 2.13 2.59 2.10 3.07 3.032.34 2.45 BB BB BB BB BB BB BBNoCall BB BB NoCall BB BB BB NoCall NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB2 1902 SNP_A-1685532 rs160016 1 99298413 1.79 2.962.66 2.12 1.64 3.02 2.17 1.95 2.19 3.09 1.17 1.74 1.291.42 1.73 1.64 2.01 1.92 1.45 1.58 1.86 2.10 2.60 2.022.21 1.67 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1903 SNP_A-1729732 rs4606334 1 99313630 1.72 2.582.12 1.85 1.64 2.45 2.41 1.95 1.81 1.90 1.32 2.07 1.551.65 1.74 1.56 2.01 1.88 1.87 1.56 1.88 2.10 1.91 2.212.26 1.85 AA AA AA AA BB AA AANoCall AB AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA BB AA BB2 1904 SNP_A-1663518 rs1701073 1 99314989 2.07 2.372.37 2.02 1.64 3.05 4.06 1.97 1.29 2.90 2.45 2.28 1.882.77 2.56 2.11 2.01 2.60 2.25 1.95 2.72 2.10 1.71 1.283.71 1.07 AA NoCall AA AA BB NoCall NoCall AAAA AA AA AA NoCall AA NoCall NoCall AA AA AAAB AA AA NoCall NoCall AA AA2 1905 SNP_A-1728753 rs819776 1 99379293 2.15 2.331.72 2.15 1.65 2.41 2.21 1.70 1.72 1.96 1.20 2.38 1.501.45 1.34 1.28 2.01 2.25 1.58 1.48 2.06 2.11 2.22 2.083.06 2.16 BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB AA BB BB BB NoCall BB NoCall BB AB BBBB BB BB AB BB BB BB2 1906 SNP_A-1721896 rs10493908 1 99380972 1.77 3.952.19 1.89 1.65 2.42 2.58 2.31 1.90 4.24 1.20 1.84 1.221.35 1.24 1.20 2.01 2.17 1.10 1.42 2.11 2.11 2.77 1.732.03 1.87 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AA BB BB BB NoCall BB NoCall BB AB BBBB BB BB NoCall BB BB BB2 1907 SNP_A-1655995 rs10493909 1 99381380 2.20 3.032.23 2.27 1.65 2.65 3.94 2.40 1.81 1.97 1.65 1.98 1.611.94 2.01 1.81 2.01 1.94 2.95 1.43 1.84 2.11 2.09 2.593.31 2.62 AA AA AA AA BB AA AA AAAA BB AA AA AA NoCall AA NoCall AA AB AAAA AA AA AB AA AA AA2 1908 SNP_A-1663276 rs10493910 1 99505196 1.51 1.841.82 2.03 1.71 1.88 2.13 0.87 1.47 2.02 1.84 2.20 2.322.46 2.60 3.33 2.07 2.00 1.71 2.26 1.88 1.71 1.46 1.671.55 1.91 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1909 SNP_A-1744243 rs10493911 1 99523508 1.98 2.402.39 2.01 1.84 3.08 2.43 1.31 2.26 2.77 1.46 2.05 1.551.83 1.96 1.80 2.04 2.32 1.95 2.01 2.10 1.72 2.39 2.223.00 1.88 BB BB BB NoCall AA BB BB BBBB AB BB BB AB BB BB BB BB BB ABBB NoCall BB BB AA BB AA2 1910 SNP_A-1666874 rs1935720 1 99638912 1.77 2.412.09 2.03 1.94 2.67 2.40 1.51 1.52 2.33 1.32 1.86 2.321.69 1.86 1.75 2.14 2.19 2.01 1.91 2.34 1.77 1.92 2.322.59 2.30 AA AA AA AA AB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAA AB AA AA AB AA AA AA AA AA ABAB AB AA AA BB AA BB2 1911 SNP_A-1646900 #N/A 1 99682520 1.96 2.29 2.301.92 2.00 2.63 1.60 1.29 1.83 2.21 0.97 1.97 2.06 1.311.82 1.61 2.00 1.81 1.38 2.00 1.88 2.00 1.74 2.52 2.201.89 AA BB NoCall BB NoCall BB AB AANoCall BB BB BB BB BB BB BB NoCall BB BBBB BB NoCall AB AA BB AB2 1912 SNP_A-1671194 rs10493913 1 99707426 1.68 2.412.23 2.31 1.93 2.32 3.18 1.65 1.45 2.59 1.87 2.99 2.252.45 2.67 2.65 2.05 2.40 2.33 2.37 2.57 1.75 1.99 2.542.67 2.76 BB AA AB AA BB AA NoCallNoCall AB AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AB NoCall AA AB2 1913 SNP_A-1664122 rs10518666 1 99726194 1.72 1.282.06 2.01 1.93 2.25 2.16 0.78 1.41 1.79 2.10 1.67 2.012.68 2.27 3.14 2.05 2.42 3.34 2.43 2.17 1.75 1.50 1.722.48 2.26 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1914 SNP_A-1729940 rs6702619 1 99758267 2.22 2.822.43 2.30 1.92 2.90 3.96 2.11 2.08 3.33 1.27 1.68 1.281.71 1.55 1.54 2.07 1.61 1.59 1.26 1.83 1.78 2.46 2.462.02 2.36 BB AB AB AB BB AA AA BBAA AA NoCall AB AA NoCall NoCall NoCall AB AB ABAB AA AA AB AA AA AA2 1915 SNP_A-1734254 rs2392041 1 99768246 2.69 3.412.93 2.50 1.92 2.97 3.59 2.83 1.93 2.83 2.06 2.01 1.882.61 2.62 2.56 2.07 2.30 2.21 1.98 2.45 1.78 2.92 3.302.61 2.79 AA NoCall AA NoCall AA BB NoCall AANoCall AB NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall AB AA ABAB BB BB AA AA BB NoCall2 1916 SNP_A-1695335 rs1959476 1 99845995 1.57 1.801.92 1.92 1.95 1.59 2.45 1.18 1.47 2.31 0.99 1.91 1.691.70 1.60 1.67 2.06 2.10 1.86 1.91 2.27 1.78 1.75 2.112.46 2.11 BB AB BB BB BB AA BB BBBB BB AA BB BB BB AB BB AB AB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 1917 SNP_A-1694811 rs8179273 1 99848649 2.10 9.382.47 1.93 1.95 2.75 4.09 2.87 2.01 3.10 1.55 1.94 1.471.74 2.16 1.54 2.06 1.80 1.19 1.66 2.59 1.78 2.92 2.902.34 3.02 AA AA AA NoCall AA AA AANoCall AA NoCall AA NoCall AA NoCall AA AA AA AAAA AA NoCall AA AA BB AA NoCall2 1918 SNP_A-1755376 rs10493920 1 99849613 2.36 3.583.35 2.25 1.95 3.41 4.01 2.65 2.42 3.15 2.11 1.83 1.852.17 2.52 2.44 2.06 2.36 2.32 2.07 2.55 1.78 2.78 2.443.86 2.94 BB BB BB AB BB BB NoCall BBBB BB NoCall BB BB NoCall NoCall BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1919 SNP_A-1702433 rs953020 1 99900144 1.29 2.211.83 1.81 1.97 2.07 1.75 1.97 1.35 1.75 3.06 2.69 2.902.08 2.14 2.84 2.10 1.80 1.45 2.20 2.08 1.87 1.68 1.831.34 2.05 BB BB BB NoCall BB BB NoCall BBBB BB BB BB BB BB BB BB AB BB BBBB BB BB BB BB BB NoCall2 1920 SNP_A-1661215 rs951123 1 99910119 2.06 1.973.01 2.53 1.97 2.28 1.63 1.86 1.72 2.43 2.98 1.60 2.732.10 2.97 3.21 2.10 2.44 2.74 2.51 1.83 1.87 1.76 1.922.08 2.20 BB NoCall NoCall BB BB AB NoCall BBAA NoCall AB AA AA AA NoCall AA NoCall NoCall BBAA AA AA AA BB BB NoCall2 1921 SNP_A-1724990 rs2095784 1 99910318 1.48 1.55

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.89 1.97 1.97 2.27 1.68 1.38 1.65 2.15 2.45 2.18 2.911.93 2.17 2.81 2.10 2.25 1.84 2.73 2.37 1.87 2.10 1.991.79 1.75 BB AB AB BB BB NoCall AB BBAA AB AB AA AA AA AB AA AB AB BBAA AA AA AA BB BB AB2 1922 SNP_A-1745684 rs4908007 1 99910820 1.59 1.622.31 2.00 1.97 2.56 1.86 1.47 1.68 2.88 2.57 2.16 2.741.99 2.74 2.80 2.10 2.14 1.75 2.48 2.22 1.87 2.43 2.311.70 2.09 BB BB BB NoCall BB BB AB BBBB BB BB BB BB BB BB BB NoCall AB BBBB BB BB BB BB AB AB2 1923 SNP_A-1756627 rs2095785 1 99910910 1.79 2.302.34 1.96 1.97 2.15 1.83 1.87 2.34 2.24 2.07 1.86 1.891.57 2.04 1.83 2.10 2.21 2.06 1.78 2.43 1.87 2.21 2.252.20 2.08 BB AB AB BB BB AB AB BBNoCall AB AB AA AA AA AB AA AB AB BBAA AA AA AA BB BB AB2 1924 SNP_A-1733646 rs6577132 1 99925136 2.02 3.102.47 2.05 1.97 2.64 3.02 3.07 1.75 2.71 1.88 2.50 2.251.97 2.01 2.27 2.10 2.20 1.93 1.79 2.55 1.87 2.39 2.612.79 2.44 BB AB AB BB BB AB NoCall BBAA AB NoCall AA AA NoCall NoCall AA NoCall AB BBAA AA AA AA BB BB AB2 1925 SNP_A-1702561 rs2050519 1 100120068 1.33 1.571.94 1.73 1.81 2.24 1.91 1.72 1.63 1.98 3.47 1.65 3.692.65 2.82 3.77 2.06 2.70 3.16 2.91 3.24 2.64 1.67 1.592.53 1.49 AA NoCall NoCall NoCall AA BB NoCall BBAB AB NoCall AA AA AA BB BB NoCall BB BBNoCall NoCall BB AA NoCall AB NoCall2 1926 SNP_A-1688042 rs561149 1 100212437 1.21 1.771.85 1.70 1.56 2.12 1.61 1.51 1.40 1.69 3.00 2.14 3.382.05 2.03 3.16 2.54 2.55 2.32 2.59 2.57 5.24 1.63 1.642.38 1.69 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1927 SNP_A-1692094 rs10493926 1 100620655 1.45 2.291.89 1.80 1.69 2.19 2.04 1.50 1.33 1.93 0.88 1.65 1.061.04 1.31 1.26 2.12 1.80 1.33 1.57 1.81 1.77 1.90 1.451.89 1.96 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1928 SNP_A-1718931 rs6687613 1 100629649 1.73 2.422.26 2.04 1.69 2.74 2.70 1.56 1.59 2.46 1.00 1.46 1.161.25 1.15 1.37 2.12 2.52 2.00 1.71 1.90 1.77 2.02 1.663.62 2.25 AA AA NoCall AA BB AA AB AAAB AA AA AB AA BB AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA AA BB2 1929 SNP_A-1749117 rs10493928 1 100739279 1.73 1.612.19 1.92 1.71 2.26 1.90 0.92 1.57 1.95 1.86 2.05 1.822.20 2.33 2.43 2.24 2.14 3.22 2.57 2.03 1.84 1.88 2.002.67 2.30 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB NoCall AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1930 SNP_A-1735643 rs1335751 1 100739545 1.81 2.391.94 1.78 1.71 2.29 1.81 1.31 1.47 1.99 1.40 3.02 1.871.67 1.89 1.90 2.24 2.21 1.87 2.11 2.29 1.84 1.78 1.951.68 1.87 AA BB AA AB BB AA BB BBAB AB BB BB AB AB AB AB BB AB AAAB AB BB AA BB BB AB2 1931 SNP_A-1702401 rs1414414 1 100740928 1.67 1.722.20 2.06 1.71 2.36 2.14 0.80 1.70 2.28 1.71 1.71 2.192.28 2.29 2.62 2.24 2.45 2.84 3.07 2.33 1.84 1.93 1.723.10 2.14 AA BB AA AB BB AA BB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataNoCall AB BB BB AB AB NoCall AB BB AB AAAB NoCall BB AA BB BB AB2 1932 SNP_A-1686294 rs1542837 1 100741789 1.74 1.792.03 2.13 1.71 2.26 2.38 1.24 1.44 1.73 1.93 2.28 2.612.62 2.63 3.16 2.24 2.15 2.57 2.55 2.21 1.84 1.65 2.291.78 2.36 AA BB AA AB BB AA BB BBAB NoCall BB BB AB AB AB AB BB AB AAAB AB BB AA BB BB AB2 1933 SNP_A-1654495 rs10493929 1 100755949 1.52 1.851.97 1.73 1.71 2.12 2.01 0.91 1.36 2.14 1.27 2.32 1.611.82 2.01 2.18 2.25 2.09 1.37 2.17 2.13 1.84 1.95 1.922.04 2.03 BB AA BB NoCall BB BB AANoCall AB AB AA AA BB AB NoCall AB AA ABBB AB AB AA BB AA AA AA2 1934 SNP_A-1642733 rs6692179 1 100762552 1.76 2.242.24 2.12 1.71 2.46 3.19 1.86 1.79 2.69 1.80 1.82 2.152.42 2.57 2.98 2.25 2.36 2.47 2.33 2.33 1.84 2.26 2.431.97 2.38 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1935 SNP_A-1724200 rs2148404 1 100937465 1.75 2.312.22 2.03 1.82 2.57 3.13 1.81 1.46 2.28 2.05 2.67 2.902.35 2.68 2.55 2.30 2.35 2.28 2.31 2.31 1.88 1.86 2.763.10 2.44 BB AB AA NoCall AA AA AA AAAA AB AA AB BB AB NoCall BB AA AA BBAB AB AA AA AA BB BB2 1936 SNP_A-1756993 rs1326390 1 100971046 1.50 1.811.81 1.69 1.82 2.22 2.74 1.35 1.16 1.89 1.54 1.96 1.861.81 1.80 1.89 2.30 2.64 2.14 2.11 3.12 1.87 2.05 2.112.32 2.39 BB AB AA AB AB AA AA AAAB AB AA AB BB AB AB BB AA AA BBAB AB AA AA AA BB BB2 1937 SNP_A-1678324 rs10493940 1 101089866 2.28 3.692.99 2.65 1.71 3.24 4.14 2.77 1.94 3.44 2.32 1.74 1.822.90 3.50 2.48 2.17 1.92 1.98 1.62 2.29 1.76 2.42 3.502.71 3.18 BB BB BB BB AA BB NoCallNoCall BB BB NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBBB AB NoCall BB BB NoCall AB NoCall2 1938 SNP_A-1663436 rs4908107 1 101090668 1.54 2.902.55 2.04 1.71 3.15 3.20 1.64 1.84 3.47 1.08 1.19 0.961.13 1.22 1.07 2.17 1.98 1.32 1.11 1.50 1.76 2.07 1.483.46 1.87 BB AB AA AB BB AA AA AAAA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1939 SNP_A-1668819 rs1335745 1 101258460 1.52 2.171.93 1.76 1.69 2.57 1.96 1.25 1.33 2.04 1.48 2.00 2.341.65 2.20 2.41 1.97 2.30 2.64 2.68 2.34 1.66 1.88 2.313.03 2.33 BB BB BB BB AB AA AB AABB AB BB BB AB AB NoCall AB BB AB BBAB AB BB BB BB AB AB2 1940 SNP_A-1743031 rs1060481 1 101258720 1.97 2.192.68 2.20 1.69 2.53 2.65 1.55 2.00 2.89 1.71 1.98 2.341.96 2.24 2.28 1.97 2.21 2.38 2.43 2.19 1.66 2.48 2.612.58 2.94 BB BB BB BB AA AA AB AABB NoCall BB BB AB AB AB AB BB AB BBAB AB BB BB NoCall AB AB2 1941 SNP_A-1733006 rs950038 1 101261337 2.02 1.892.50 2.20 1.69 2.97 2.11 1.18 2.06 2.80 1.85 2.11 2.762.42 2.52 2.85 1.97 2.18 2.39 2.63 2.17 1.66 2.38 1.942.49 1.84 BB AB AA AB BB AA AB AAAA AB AA AB AA AA AA AB AA AB AAAA AA AA AA AA AA AA2 1942 SNP_A-1687844 rs10493944 1 101308069 1.55 4.55

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.23 1.61 1.69 1.50 1.93 1.53 1.74 1.75 1.46 2.23 1.491.44 1.37 1.76 1.97 2.17 1.82 2.29 2.60 1.66 2.23 1.532.08 1.76 BB BB BB BB AA AA NoCall AABB AB BB AB NoCall NoCall NoCall BB BB NoCall BBAB BB BB BB BB NoCall AB2 1943 SNP_A-1674441 rs6577231 1 101326277 1.45 1.841.77 1.86 1.69 2.36 1.12 1.22 1.66 1.62 1.82 2.34 3.241.74 2.28 3.06 1.97 1.81 1.87 2.50 1.55 1.66 1.92 1.521.58 1.25 BB BB NoCall BB AA BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BB BBAB BB BB BB BB AB BB2 1944 SNP_A-1650180 rs9324334 1 101639504 1.94 2.422.45 2.09 1.77 2.63 2.80 2.52 1.56 2.63 5.15 2.66 3.222.52 2.68 2.41 2.01 2.63 3.26 2.18 2.71 1.81 2.37 3.193.39 2.66 AA AA AA AB BB AA AA AANoCall NoCall AA AA AA NoCall NoCall NoCall AB AB AAAA NoCall AA AA AA AB AB2 1945 SNP_A-1650364 rs1948369 1 101650582 1.11 2.351.67 1.68 1.77 2.06 1.41 1.94 1.42 1.53 4.09 2.38 1.772.15 2.22 2.72 2.01 2.06 1.12 2.31 1.89 1.81 1.99 1.581.00 1.54 AA AA AA AA BB AA AA AAAB AA AB AA AA AA AB AB AA AA ABAB AA BB AA AA AA AA2 1946 SNP_A-1679986 rs1812337 1 101650652 1.51 2.342.30 1.76 1.77 2.70 1.59 1.62 1.63 2.34 3.38 2.29 1.771.63 2.09 2.38 2.01 2.07 1.02 2.04 1.82 1.81 2.58 2.131.42 1.59 AA AA AA AB BB AA AA AAAB AB AA AA AA AB AB AB AB AB AAAA AB AA AA AA AB AA2 1947 SNP_A-1709157 rs726646 1 101650684 1.23 1.562.28 1.93 1.77 2.14 1.43 1.14 1.61 1.67 5.93 2.21 2.702.85 2.58 4.17 2.01 3.09 3.01 3.08 2.51 1.81 1.57 1.792.24 1.73 AA AA NoCall NoCall AB AA NoCall AABB NoCall AB AB AB AB BB BB AB AB ABAB AB BB AA BB AB AA2 1948 SNP_A-1728665 rs1343084 1 101706041 2.45 2.662.75 2.57 1.78 3.11 3.34 1.64 1.60 3.76 2.73 2.33 1.762.09 2.23 2.09 2.02 2.08 2.16 2.05 2.34 1.80 2.36 2.663.50 2.93 BB BB BB AB BB BB BB BBNoCall AB BB BB BB NoCall NoCall NoCall AB AB BBBB AB BB BB BB AB BB2 1949 SNP_A-1716309 rs1935968 1 101723495 1.79 2.272.28 1.80 1.78 2.52 3.70 1.41 1.70 2.94 3.72 2.47 1.832.45 2.74 1.66 2.02 2.29 1.59 2.45 3.16 1.80 2.23 2.792.54 2.63 AA AA AA NoCall BB AA AA AAAB AA AA AA AA AA AA BB AA AB AAAB AB AA AA AA AB AA2 1950 SNP_A-1734226 rs1484317 1 101802287 1.41 2.171.78 1.61 1.74 2.14 1.28 1.51 1.35 1.84 2.53 2.00 1.471.62 1.69 1.85 1.98 1.65 1.24 1.82 1.66 1.75 2.00 1.321.34 1.26 AA AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA AB AA AB NoCall NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 1951 SNP_A-1729808 rs10493959 1 101807636 0.40 1.731.84 0.87 1.74 2.36 1.62 1.33 1.38 1.83 4.40 2.35 2.972.40 2.54 3.44 1.98 2.95 4.05 3.34 2.95 1.75 1.57 1.912.80 1.71 NoCall BB BB NoCall BB BB NoCall AAAB BB AB BB AB NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1952 SNP_A-1742635 rs1552290 1 101813244 3.17 4.482.54 2.30 1.74 3.07 2.73 2.67 1.97 3.24 1.73 1.70 1.341.41 1.63 1.43 1.98 1.91 1.21 1.37 1.84 1.75 2.83 2.282.46 3.61 AA BB AB AB AA NoCall BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1953 SNP_A-1646348 rs10493961 1 101861835 1.42 2.512.23 1.85 1.69 2.34 2.28 1.15 1.44 2.04 2.88 2.06 1.401.20 1.17 1.25 1.96 2.26 1.63 1.59 2.02 1.78 1.58 1.642.56 1.89 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA BB2 1954 SNP_A-1735038 rs2197445 1 101921066 1.49 1.661.98 1.77 1.68 1.87 2.93 1.25 1.45 1.81 3.62 2.09 2.092.12 2.67 2.08 1.95 2.40 2.22 2.34 2.46 1.75 1.57 2.912.55 2.20 AA BB AB BB BB AB NoCallNoCall AA BB AA BB AB AA NoCall AB AA ABAB AB AB BB BB NoCall AB AA2 1955 SNP_A-1715587 rs10493962 1 101934027 1.94 2.172.13 1.87 1.77 2.00 3.05 1.41 1.79 2.41 2.53 2.62 1.661.83 2.15 2.06 1.96 1.87 1.84 1.65 1.95 1.78 2.14 2.782.18 2.44 AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA BB AA AB NoCall NoCall AA NoCall AA AAAB AA AA AA AA AA NoCall2 1956 SNP_A-1719255 rs10493963 1 101934104 1.62 1.772.77 1.91 1.77 1.85 1.29 0.73 1.16 1.79 3.35 2.06 1.411.53 2.03 2.23 1.96 2.04 2.74 2.00 2.23 1.78 1.64 1.632.43 1.70 BB AB NoCall AA AA AB AA AAAA AB BB AA AA NoCall NoCall BB BB ABNoCall BB AB AA AB AA AA BB2 1957 SNP_A-1646894 rs724479 1 101987078 1.63 1.612.08 1.89 1.75 2.84 1.60 0.57 1.71 2.37 3.31 1.91 1.372.28 1.79 2.43 1.94 2.28 1.82 2.02 1.99 1.78 1.64 1.642.37 1.52 BB BB NoCall BB AB BB BB BBBB BB BB BB BB AB BB BB AB AB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1958 SNP_A-1720743 rs724480 1 101987211 1.63 2.062.05 1.82 1.75 2.28 2.44 0.94 1.62 2.17 3.75 2.51 1.161.97 2.16 2.10 1.94 1.92 1.39 1.92 2.35 1.78 1.96 2.192.13 2.44 BB BB AA AA BB AB BB AABB BB BB BB AA AB BB AB AA AA BBAB AB AA AA BB AA BB2 1959 SNP_A-1669393 rs4908187 1 102004588 1.29 1.221.57 1.61 1.77 1.69 1.64 0.63 1.12 1.34 5.22 2.46 2.972.60 2.44 2.90 1.93 2.59 2.17 2.47 2.12 1.77 1.26 2.352.02 2.20 BB AB BB AB BB AB AB BBBB AB AB AB AB AB AB AB BB AB BBAB BB BB AB AA AB BB2 1960 SNP_A-1739303 rs10493972 1 102014852 1.81 2.492.07 1.73 1.77 2.43 2.95 2.01 1.66 2.17 2.29 2.29 1.901.65 1.72 1.66 1.93 1.93 2.10 1.67 2.23 1.77 2.01 2.233.26 2.54 AA BB BB AB AB BB BB BBBB NoCall BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB BB NoCall BB BB2 1961 SNP_A-1691226 rs10493971 1 102014944 1.41 2.252.32 1.70 1.77 2.27 2.07 1.26 1.65 1.95 1.98 2.17 1.961.74 1.59 1.86 1.93 1.64 1.40 1.71 1.69 1.77 1.92 1.371.98 1.36 AA AA NoCall AB BB AA NoCall BBBB AA BB AB AA NoCall NoCall NoCall AB AB BBAA AA BB AA AA AA AB2 1962 SNP_A-1697733 rs4908193 1 102015055 1.98 2.612.88 2.23 1.77 3.14 2.49 1.90 2.73 2.94 2.17 1.43 1.611.96 1.95 1.96 1.93 1.85 1.87 1.79 2.20 1.77 2.70 2.212.37 2.08 BB BB BB NoCall AA BB NoCall BBBB NoCall BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BBNoCall BB NoCall BB NoCall BB BB NoCall2 1963 SNP_A-1722560 rs9324336 1 102016115 1.51 2.12

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.29 1.64 1.77 2.35 1.76 1.28 1.71 2.16 4.69 2.07 3.112.31 2.15 2.76 1.93 2.44 2.29 2.45 2.54 1.77 1.74 1.912.37 1.70 BB BB NoCall AB BB BB AA AAAA BB AA AB BB NoCall NoCall AB AB AB AABB BB AA BB BB BB AB2 1964 SNP_A-1711738 rs769163 1 102016173 2.39 1.991.94 2.11 1.77 2.73 2.87 1.72 1.82 2.97 3.70 1.84 2.151.99 1.82 2.36 1.93 2.33 2.21 1.87 2.18 1.77 2.32 1.892.57 2.44 NoCall BB AB NoCall AA BB AA AAAA NoCall AA AB BB AB NoCall AB AB AB AABB BB AA NoCall BB BB AA2 1965 SNP_A-1751141 rs1539091 1 102067871 1.93 2.662.11 1.82 1.75 2.21 3.16 1.64 1.62 2.29 4.18 2.41 2.364.74 2.92 2.90 1.93 2.27 3.23 2.40 3.00 1.75 2.08 2.303.17 2.27 AA AA NoCall AB BB AA NoCall AAAA AA NoCall AB AB NoCall NoCall NoCall AA AB AANoCall AA BB NoCall AA AB NoCall2 1966 SNP_A-1658396 rs7512170 1 102090431 1.46 2.301.72 1.60 1.73 1.83 1.86 1.31 1.28 1.95 2.74 3.01 2.051.77 1.80 2.18 1.94 1.79 1.39 1.84 1.82 2.16 1.85 1.991.39 1.72 BB BB BB NoCall BB BB BB BBNoCall NoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1967 SNP_A-1730541 rs10493970 1 102091193 1.45 2.321.86 1.81 1.73 1.88 2.64 1.93 1.57 1.68 5.43 3.07 3.034.45 3.39 4.20 1.94 2.50 3.31 2.96 3.28 2.16 1.48 2.361.85 2.23 BB BB BB BB BB NoCall NoCall BBAA BB BB BB BB BB BB BB BB NoCall BBBB BB BB BB AA BB NoCall2 1968 SNP_A-1668797 rs1008809 1 102091741 1.39 1.971.82 2.04 1.73 1.95 2.20 0.78 1.60 1.50 2.40 1.69 1.141.15 1.08 1.16 1.94 2.36 1.58 1.60 1.67 2.16 1.48 1.642.75 1.67 AA NoCall NoCall BB BB NoCall BB AABB AB NoCall AB AB AA NoCall NoCall AA BB AAAB AA BB NoCall BB AB AB2 1969 SNP_A-1716451 rs10493969 1 102092201 1.76 2.672.10 1.71 1.73 2.65 2.03 1.25 1.85 2.01 2.56 2.16 1.541.81 1.65 1.55 1.94 2.00 1.88 2.03 1.72 2.16 1.96 1.802.21 1.80 BB NoCall AB AA BB AB AA BBAA AB NoCall AB AB NoCall NoCall NoCall BB AA BBAB BB AA NoCall AA AB AB2 1970 SNP_A-1659724 rs10493968 1 102092275 1.79 2.142.21 1.99 1.73 2.36 2.49 1.10 1.67 2.32 2.35 1.96 1.311.39 1.30 1.51 1.94 2.20 1.67 1.69 1.76 2.16 2.00 1.882.53 1.98 BB AB NoCall AA BB AB AA BBAA AB AB AB AB BB NoCall NoCall BB AA BBAB BB AA AB AA AB AB2 1971 SNP_A-1722164 rs1891125 1 102093018 1.81 1.912.33 1.91 1.73 2.54 1.86 0.69 1.71 2.37 1.93 1.40 1.091.06 1.22 1.19 1.94 1.74 1.52 1.44 1.40 2.16 1.64 1.312.77 1.67 BB AB NoCall AA BB AB AA BBAA AB AB AB AB BB NoCall NoCall BB AA BBAB BB AA AB AA AB AB2 1972 SNP_A-1758067 rs10493967 1 102133503 2.11 2.122.44 2.03 1.75 2.37 2.75 1.41 1.74 2.32 2.10 2.09 1.291.92 1.87 1.68 1.95 2.08 2.01 1.65 1.86 2.20 2.04 2.562.72 2.58 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB NoCall NoCall BB BB AB BBBB AB BB BB BB BB BB2 1973 SNP_A-1675515 rs10493966 1 102133735 2.20 2.412.38 2.37 1.75 2.99 1.87 1.32 2.00 2.57 2.43 1.86 1.351.59 1.68 1.38 1.95 2.19 1.81 1.56 1.82 2.20 2.07 1.682.47 1.71 NoCall BB BB NoCall AA AA BB AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB AB AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBAB NoCall AA AB BB AB NoCall2 1974 SNP_A-1660135 rs3795528 1 102174760 2.02 2.522.48 2.23 1.75 2.63 2.68 1.57 2.00 2.25 4.95 2.65 3.902.60 2.38 3.33 1.94 2.68 2.98 2.94 3.05 2.22 2.26 2.472.27 2.25 BB BB BB BB BB BB BB BBBB AB BB BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1975 SNP_A-1706065 rs945642 1 102175535 1.80 2.392.14 1.96 1.75 2.32 2.58 1.43 1.78 2.27 4.29 2.65 3.982.33 3.11 3.09 1.94 2.13 1.81 2.63 2.66 2.23 2.10 2.822.06 2.21 NoCall BB BB AB AA BB NoCallNoCall BB NoCall BB AB AB NoCall NoCall AB BB BBBB BB AB BB NoCall NoCall AA NoCall2 1976 SNP_A-1745578 rs12138252 1 102196232 1.84 3.683.18 1.81 1.75 3.61 2.64 2.03 2.00 3.17 2.22 1.67 1.491.43 1.90 1.68 1.95 1.66 1.33 1.57 1.90 2.27 2.25 1.863.11 1.74 AA BB BB AB BB BB NoCall BBNoCall AB BB AB AB NoCall NoCall NoCall NoCall AB AAAA NoCall BB AB NoCall BB NoCall2 1977 SNP_A-1680284 rs10493980 1 102252105 1.45 1.521.80 2.02 1.78 1.89 1.48 0.89 1.30 1.58 4.90 1.77 2.002.43 2.26 3.11 1.95 1.98 2.99 2.47 2.25 2.36 1.62 1.672.42 1.87 BB AA AA NoCall AB AA NoCall AAAA AB NoCall BB AB NoCall AB AB NoCall AA ABAB BB AA NoCall AA BB BB2 1978 SNP_A-1691850 rs10493977 1 102293172 1.77 1.872.14 2.00 1.74 2.22 2.69 1.13 1.56 2.32 3.88 2.51 2.152.39 2.46 2.90 1.98 2.26 2.94 2.60 2.06 2.53 2.03 2.652.54 2.32 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB AB BB BB BB BB BB AB BB ABAB BB BB BB BB BB BB2 1979 SNP_A-1656101 rs1938348 1 102306905 1.49 2.062.12 1.82 1.77 2.70 1.44 1.26 1.47 1.96 2.37 2.13 1.401.63 1.85 1.69 2.00 1.88 1.54 1.81 1.99 2.53 1.72 2.042.15 1.80 AA BB BB AB BB BB NoCall BBAA NoCall AB BB AB NoCall BB NoCall AB AB AAAB BB BB NoCall BB BB BB2 1980 SNP_A-1672868 rs10493981 1 102338435 1.67 2.902.06 2.05 1.76 2.18 1.75 1.22 1.87 1.96 3.35 2.53 2.201.86 1.78 2.36 1.98 2.51 2.02 2.35 2.44 2.48 1.90 1.592.14 1.42 AA BB AB NoCall BB BB BB BBAA BB AB BB AB NoCall BB NoCall NoCall AB ABAB BB BB NoCall BB BB BB2 1981 SNP_A-1674673 rs4440876 1 102338512 1.56 2.252.51 2.02 1.76 3.08 1.61 1.02 1.95 1.76 3.25 3.02 2.471.80 1.65 2.46 1.98 2.60 2.10 2.60 2.34 2.48 2.20 1.832.97 1.71 AA AA AA AA AA AA AA AAAA BB AA AB AB AA NoCall AB AB AA AAAA BB AA AB NoCall AA NoCall2 1982 SNP_A-1655647 rs1938368 1 102366578 2.26 2.242.59 2.12 1.87 2.45 4.46 2.16 1.73 2.76 3.74 2.30 2.092.98 2.83 2.69 2.04 2.16 2.47 2.16 2.50 2.76 2.26 3.183.24 2.76 AA AA AA AA BB AA NoCallNoCall AA NoCall AA AA NoCall AA NoCall NoCall AA AAAA AA NoCall AA NoCall AA AA AA2 1983 SNP_A-1692150 rs2792007 1 102511078 1.56 1.342.03 1.97 1.58 2.10 1.71 0.51 1.48 1.78 4.96 2.20 1.442.40 2.06 2.45 1.97 2.90 2.56 2.55 2.37 2.86 1.31 1.662.56 2.40 AA AA AA AA BB AB AA AAAA AA AB AA AA AB NoCall AB AA AA ABAB AB BB NoCall BB AA AA2 1984 SNP_A-1643900 rs1341913 1 102547096 1.80 2.23

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data1.93 1.92 1.58 2.10 2.37 1.77 1.70 2.26 3.33 2.42 2.702.25 2.18 2.31 1.96 2.30 2.10 2.04 2.24 2.93 1.93 1.992.01 1.92 BB BB BB BB AA BB BB BBNoCall BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB NoCall BB BB AB2 1985 SNP_A-1693415 rs10874598 1 102547964 1.74 2.302.52 2.21 1.58 2.40 2.00 1.52 1.76 2.32 3.15 2.39 2.922.12 2.77 2.75 1.96 2.63 2.41 2.58 3.21 2.93 2.35 2.462.63 2.44 AA AA AA AA AA AA NoCall AANoCall AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA NoCall2 1986 SNP_A-1642295 rs7519106 1 102584689 2.06 6.612.69 2.42 1.61 2.51 1.52 1.32 1.98 1.74 2.39 1.88 1.551.60 2.05 1.85 1.97 1.95 1.92 2.00 1.93 2.93 2.16 2.102.87 2.08 BB BB BB BB AA BB NoCall BBNoCall BB BB BB BB NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1987 SNP_A-1666842 rs1934707 1 102681355 1.78 2.912.43 2.07 1.60 2.63 2.25 1.40 1.59 2.68 3.04 1.89 1.622.03 2.04 2.02 1.89 1.91 1.61 1.75 2.21 1.82 2.24 2.262.20 2.48 AA NoCall AA AB BB AA AANoCall NoCall AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA BB2 1988 SNP_A-1741093 rs1340416 1 102686593 2.42 1.952.62 2.83 1.60 3.25 2.21 1.44 2.96 2.91 2.01 1.22 1.321.48 1.66 1.62 1.89 1.82 1.74 1.44 1.51 1.82 2.36 1.872.85 2.06 BB NoCall BB NoCall AA BB BB ABBB BB BB BB NoCall NoCall NoCall BB BB BB BBBB BB BB BB BB AB AB2 1989 SNP_A-1729604 rs1949412 1 102710603 1.69 1.752.06 1.78 1.57 2.20 1.49 1.08 1.52 1.92 1.88 1.76 1.380.99 0.96 1.35 1.89 1.50 2.15 1.46 1.49 1.83 1.71 1.362.10 1.56 AA AB NoCall AB BB AA AA AAAB AA NoCall BB AA BB NoCall BB AB BB AAAA AB AA BB AA BB AA2 1990 SNP_A-1681584 rs7533876 1 102822954 1.64 2.992.02 1.65 1.46 2.36 1.33 2.14 1.67 2.17 2.06 1.77 1.741.57 1.82 1.67 1.72 1.84 1.26 1.62 2.11 1.64 2.11 1.691.60 1.71 BB BB BB AB BB BB BB BBBB BB BB AB BB BB BB NoCall BB BB BBBB NoCall BB AB NoCall BB BB2 1991 SNP_A-1741703 rs10493983 1 102938538 1.41 1.681.96 1.88 1.43 2.28 1.69 0.85 1.54 1.89 4.69 2.62 1.952.59 2.82 3.51 1.87 2.31 2.52 2.98 2.19 1.80 1.70 1.842.26 2.49 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB AA2 1992 SNP_A-1681322 rs688406 1 102956489 1.39 1.981.80 1.66 1.43 1.94 1.88 1.07 1.54 1.94 4.38 3.31 2.202.31 1.93 2.10 1.87 2.07 1.66 2.13 2.31 1.81 1.57 1.962.17 1.53 AA AB AB AB BB BB NoCall AAAA BB AB BB AA BB BB BB AB BB AABB BB BB BB BB BB BB2 1993 SNP_A-1678178 rs10493984 1 102966965 1.82 3.132.97 2.11 1.56 3.10 2.64 1.70 2.30 3.67 1.70 1.18 1.041.21 1.49 1.26 1.93 1.61 1.14 1.12 1.50 1.80 2.65 2.022.48 1.67 NoCall AA AA AA BB AA NoCall AAAA AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall AA AA AA AANoCall NoCall AA AA AA AA NoCall2 1994 SNP_A-1712273 rs1463039 1 103073719 0.98 2.202.03 1.99 1.63 2.62 1.32 0.77 1.74 2.48 3.84 1.90 2.192.16 2.24 2.85 1.93 2.51 1.94 2.38 2.28 1.83 1.83 1.762.98 1.61 AA BB AB BB BB BB AB BB

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataAB BB BB BB AB BB BB BB AB BB AABB BB BB BB BB BB BB2 1995 SNP_A-1743593 rs2616011 1 103118637 1.71 2.032.13 1.92 1.67 1.99 2.03 1.50 1.64 2.02 4.58 3.02 3.042.44 2.69 2.97 1.94 2.40 2.49 2.70 2.76 1.81 1.71 2.042.38 1.68 AA BB AA NoCall BB AB NoCall BBAA BB AB BB AB BB NoCall NoCall AB NoCall AABB BB BB AB BB BB BB2 1996 SNP_A-1751561 rs10493991 1 103213520 1.23 1.261.88 2.19 1.67 2.35 1.65 0.47 1.70 2.35 4.83 1.84 1.592.33 2.21 3.46 1.94 2.35 2.80 3.06 2.22 1.84 1.80 2.053.08 2.54 BB AA AB AA BB AA AANoCall AB AA AA AA AB AA AA AA NoCall AAAB AA AA AA AA AA AA AA2 1997 SNP_A-1748575 rs1415359 1 103276462 1.93 2.352.86 2.09 1.69 3.02 1.69 0.93 1.76 2.94 4.51 3.04 1.882.19 2.16 2.94 1.96 2.69 1.58 2.20 3.00 1.86 2.76 1.831.92 2.07 BB AA BB AB AB NoCall AA BBAB AA AA AA AB AB AB AB BB AB BBAA AA AA AA AA BB AB2 1998 SNP_A-1648826 rs10493989 1 103321563 1.29 1.242.04 1.72 1.69 1.88 1.44 1.01 1.47 1.46 3.93 2.80 2.222.19 2.29 2.84 1.96 2.31 2.47 2.84 2.58 1.86 1.84 1.561.52 1.55 BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB BB BB BB BBBB BB BB BB BB BB BB2 1999 SNP_A-1695219 rs872317 1 103321714 1.21 1.622.22 1.82 1.69 1.84 1.08 0.97 1.45 1.87 3.66 2.93 1.872.17 2.40 2.53 1.96 2.39 1.87 2.59 2.16 1.86 1.98 2.151.32 2.06 AA NoCall AA NoCall BB AB NoCallNoCall BB BB BB BB AA NoCall NoCall NoCall AB ABAA BB BB BB BB BB AB AB2 2000 SNP_A-1642615 rs10493990 1 103322573 1.66 2.002.51 1.85 1.69 2.32 1.82 0.87 1.53 1.89 2.85 2.19 1.421.88 1.74 2.17 1.96 1.89 1.20 1.61 1.86 1.86 2.01 1.851.58 1.60 AA AA NoCall AA BB AA AANoCall AA AA AA AA AA NoCall AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AB2 2001 SNP_A-1697182 rs1337199 1 103323273 1.67 1.692.08 2.10 1.69 2.42 1.90 1.06 1.76 1.93 3.92 2.20 2.112.25 2.39 3.39 1.96 1.98 2.54 2.20 2.30 1.86 2.19 1.822.14 1.73 BB AA BB AB BB NoCall AANoCall AA AA AA AA BB NoCall NoCall AB AB ABBB AA AA AA AA AA AB AB2 2002 SNP_A-1733226 rs3861744 1 103334255 1.75 2.702.15 2.38 1.72 1.89 1.82 0.67 1.48 2.00 3.55 2.67 2.211.62 1.99 1.63 1.94 2.12 2.09 2.01 2.19 1.88 1.62 1.812.58 2.10 BB AB BB NoCall BB AB AA BBAA AA AA AA BB AB AB AB AB AB BBAA AA AA AA AA AB AB2 2003 SNP_A-1722336 rs10493992 1 103373424 2.25 1.883.16 2.70 1.70 2.70 2.53 1.49 1.94 2.48 4.55 2.11 2.312.47 2.48 2.69 1.91 2.35 3.10 2.76 3.42 1.84 2.51 1.942.85 2.46 AA NoCall AA NoCall BB AB BB AABB NoCall BB BB AA NoCall AB NoCall NoCall AB AABB BB BB BB BB AB BB2 2004 SNP_A-1751569 rs1528202 1 103374279 1.56 2.092.32 2.40 1.70 2.93 1.54 0.99 1.59 2.54 2.12 1.66 1.041.28 1.42 1.43 1.91 1.79 1.36 1.44 1.77 1.84 2.62 1.471.79 1.65 NoCall NoCall NoCall BB BB BB BB BBBB BB BB BB AA BB BB AB NoCall AB ABBB BB BB BB BB BB BB2 2005 SNP_A-1671904 rs1406139 1 103395356 1.92 1.40

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data2.52 2.33 1.70 3.02 1.29 0.64 1.89 2.45 4.63 2.30 1.852.47 2.65 3.79 1.91 2.94 3.11 2.98 2.36 1.84 2.24 2.082.81 1.90 BB AB BB AB BB AB AA BBAA AA AA AA BB AB AB AB AB AB BBAA AA AA AA AA AB AB2 2006 SNP_A-1682382 rs1528210 1 103429638 1.64 1.962.57 2.63 1.70 2.89 1.71 0.96 1.95 2.58 3.13 2.01 1.601.82 1.53 1.80 1.91 2.24 2.24 2.12 2.29 1.84 2.82 1.353.96 2.97 BB AB AB BB AB BB NoCall BBBB BB BB AB NoCall NoCall NoCall AB NoCall AB BBBB BB BB BB NoCall NoCall AA2 2007 SNP_A-1655445 rs10493995 1 103430536 1.95 2.072.56 2.10 1.70 2.79 1.56 1.25 2.04 2.43 3.42 2.14 1.621.62 1.85 2.06 1.91 2.59 2.14 2.26 2.49 1.84 2.27 1.673.09 1.96 BB AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AB AA AA AA AB AA ABAA AA AA AA AA AA AA2 2008 SNP_A-1694927 rs1930211 1 104054919 1.66 1.562.00 1.98 1.83 2.51 1.28 1.01 1.59 2.52 3.34 2.29 1.971.75 2.04 2.51 1.82 2.20 1.59 2.27 2.17 1.80 1.90 1.941.94 1.95 BB AB AB AB BB BB AB BBAA AA BB AB BB AB AA AB AA BB ABAB BB BB AB BB AB BB2 2009 SNP_A-1745884 rs1579026 1 104117876 1.65 1.362.00 2.04 1.50 2.13 1.04 0.99 1.62 1.85 3.75 1.95 1.161.90 2.10 2.57 1.86 2.03 1.66 2.27 1.69 1.75 1.69 1.441.43 1.53 BB AB NoCall NoCall AA AB BB AAAB AB AB BB AB AB AA AB NoCall AB ABBB BB AA AB AA AB AA2 2010 SNP_A-1643363 rs9325368 1 104195127 2.09 3.772.55 2.07 1.50 2.82 2.42 1.78 2.19 1.99 2.68 2.69 1.731.84 2.02 2.03 1.86 2.11 2.08 2.02 2.76 1.76 2.09 1.592.57 1.76 AA NoCall AB BB AA NoCall AA BBBB NoCall NoCall AA NoCall NoCall NoCall NoCall NoCall BB ABBB AA BB BB BB AB BB2 2011 SNP_A-1698119 rs10494002 1 104291442 2.67 2.073.08 2.42 1.90 3.19 3.36 1.97 1.85 2.68 3.20 2.13 1.882.60 2.53 2.68 1.97 2.38 3.13 2.24 2.38 1.85 2.49 3.123.55 3.14 BB BB BB BB BB BB NoCallNoCall BB BB NoCall BB NoCall NoCall NoCall NoCall BB BBBB BB BB BB BB NoCall BB NoCall2 2012 SNP_A-1680074 rs10494003 1 104333189 1.30 1.711.94 1.83 1.98 1.92 1.50 1.63 1.62 1.73 5.55 2.91 4.682.40 2.90 3.60 2.00 2.27 2.19 3.13 2.65 1.92 1.67 1.942.17 1.93 BB BB BB BB AB BB BB BBAA NoCall BB BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB2 2013 SNP_A-1724648 rs10494005 1 104342399 1.63 1.641.77 1.95 1.98 2.13 1.74 1.15 1.34 2.00 3.78 2.51 1.421.98 2.49 2.41 2.01 2.48 2.04 2.01 2.66 1.92 1.85 1.832.10 2.34 BB BB BB BB AB BB BB BBAA AB BB BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB2 2014 SNP_A-1744035 rs10494006 1 104342626 1.48 1.901.85 1.87 1.98 2.36 1.61 1.47 1.26 1.82 3.83 2.69 1.412.05 2.24 2.03 2.01 2.30 1.36 1.83 2.13 1.92 2.01 1.791.50 1.92 BB BB BB BB AB BB BB BBAA AB BB BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB2 2015 SNP_A-1695247 rs5005725 1 104342828 1.72 1.482.08 2.12 1.98 2.55 1.94 0.87 1.41 2.28 3.40 1.72 1.261.94 2.12 2.37 2.01 2.43 1.94 1.84 2.36 1.92 1.91 1.732.43 2.19 AA AA AA AA AB AA AA AA

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Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA DataBB AB AA AA AA AA AA AB AA AB AAAA AA AA AA AA AB AA2 2016 SNP_A-1746360 rs5005721 1 104342911 1.57 2.361.85 1.60 1.98 2.10 2.18 1.79 1.61 1.85 3.99 2.68 1.431.98 2.20 2.10 2.01 1.83 1.34 2.15 2.29 1.92 1.93 1.981.48 2.10 BB BB BB BB AB BB BB BBAA AB BB BB BB BB BB AB BB AB BBBB BB BB BB BB AB BB2 2017 SNP_A-1653312 rs10494008 1 104362111 1.43 2.672.07 1.88 1.99 2.12 1.84 2.16 1.73 1.99 1.68 2.46 1.551.48 1.32 1.52 2.01 1.84 1.61 1.44 1.97 1.92 1.75 1.312.52 1.61 AA AA AA AA AA AA AA AANoCall AB AA AA AA AA AA NoCall AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA2 2018 SNP_A-1723904 rs1928313 1 104366102 1.45 3.352.00 1.75 1.99 2.14 1.35 1.75 1.54 1.92 2.93 2.46 1.781.57 2.14 2.14 2.01 1.70 1.52 1.91 2.06 1.92 2.16 1.651.58 1.83 AA AA AA AA BB AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AA AA2 2019 SNP_A-1656701 rs6586445 1 104485930 2.04 2.552.34 2.18 1.92 2.89 3.83 2.02 1.57 2.73 3.19 2.59 2.182.41 2.14 2.18 2.08 2.32 2.16 1.87 2.40 1.92 2.07 3.033.32 2.88 AA BB AB BB AA NoCall BB ABAB AB AB AB AA AB AB NoCall NoCall AB ABBB BB BB BB AA AB AB2 2020 SNP_A-1730196 rs6680136 1 104518395 2.63 2.553.05 2.64 1.93 3.03 3.69 3.58 2.03 2.65 3.67 2.29 2.673.44 3.60 3.43 2.08 2.60 2.78 2.40 3.46 1.92 2.65 3.183.02 3.28 BB BB BB BB AA BB NoCall BBBB BB BB NoCall BB NoCall NoCall NoCall BB BB BBBB BB BB NoCall NoCall BB AA2 2021 SNP_A-1731975 rs7526427 1 104571918 1.26 1.822.18 1.94 1.96 2.20 1.62 1.49 1.59 1.99 5.54 2.85 4.373.09 2.98 4.07 2.10 2.69 2.86 3.50 3.25 1.91 1.70 1.712.53 1.65 AA BB BB BB AB BB BBNoCall NoCall AB BB AB BB BB BB NoCall BB BBBB BB BB BB BB BB AB BB2 2022 SNP_A-1702353 rs7531666 1 104572073 1.51 1.961.90 1.80 1.96 1.97 1.63 1.31 1.08 1.69 3.96 2.44 2.502.30 2.23 2.78 2.10 2.10 2.34 2.32 2.56 1.91 1.52 1.972.59 2.24 BB AA AA AA AB AA AANoCall NoCall NoCall AA AB AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA AA AA AB AA2 2023 SNP_A-1751535 rs1550977 1 104678459 1.81 2.492.24 1.90 2.02 2.07 1.83 2.23 1.88 2.53 2.66 2.57 2.272.06 1.94 1.73 2.11 2.12 1.63 2.22 2.07 1.92 1.94 1.882.33 1.88 BB BB AB AB BB AA AA BBNoCall AB AB AA AA BB AA BB BB AA BBBB AA AA BB AA AA AA2 2024 SNP_A-1665010 rs2173269 1 104678500 1.52 1.792.10 1.87 2.02 1.96 1.37 1.60 1.59 2.08 2.69 2.42 2.081.49 1.65 1.63 2.11 2.09 1.75 1.83 2.02 1.92 1.66 1.322.19 1.40 AA AA AB NoCall BB BB NoCall AAAB AB NoCall BB BB AA BB AA AA BB AAAA BB BB AA BB AB BB2 2025 SNP_A-1666294 rs1375106 1

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cancerres.aacrjournals.org · 8/17/2006 · Supplemental File 3 PaCa Cell lines Raw XBA Data Chip Chip position Probe Set RS ID# Chrom Physical Position ASPC1 BxPc3 Capan1 CFPAC