www.ath.org.au  

Phylogene)cally  comparing    tropical  floras:  

Northern  Australia,  Papua  New  Guinea  and  New  Caledonia  

Andrew  Thornhill1,  Nunzio  Knerr2,  Shawn  Laffan3,    Mark  Harrington1,  Craig  Cos)on1  and  Darren  Crayn1  

1    Australian  Tropical  Herbarium,  Cairns  2  Centre  for  Australian  Na=onal  Biodiversity  Research,        CSIRO,  Canberra  3  Centre  for  Ecosystem  Science,  School  of  Biological,        Earth  and  Environmental  Sciences,  UNSW,  Sydney  

Southern  Floral  Connec=ons  

Papua  New  Guinea  

Australian  Tropical  Monsoon  

New  Caledonia  

7313/  1560  

12605/  2155  

3383/  800  406/562  

315/520  

Species/Genera  

Building  the  phylogenies  

•  Searched  and  raided  GenBank  with  species  lists  using  Gene  finder  python  script  (Ron  Lanfear)  

•  Used  three  best  sampled  plas=d  markers  –  rbcL,  matK,  ndhF  

•  Aligned  sequences  and  concatenated  –  Maff-­‐T  and  Sequencematrix  

•  Analyses  in  CIPRES  portal  using  RAxML  Blackbox  

Tropical  Northern  Australia  1976  species  =    27%  

 1018  genera  =  65%  

hVp://ala.avh.org.au  

Plant  list  source  

Papua  New  Guinea  2195  species  =  17%    1167  genera  =  54%  

Plant  list  source  

hVp://www.pngplants.org/  

New  Caledonia  759  species  =  22%    462  genera  =  57%  

Plant  list  source  

hVp://www.endemia.nc/flore/  

Combined  Angiosperm  

RAxML    

3183  Species  3  Genes  

Data  Applica=on  

Biome  mapping  Phylogene)c  Diversity  

Geo-­‐data  

Molecular  da)ng  Ancestral  state  reconstruc)on  

Koppen  Biomes  

Tropical  Monsoon  Tropical  Savanna  

Humid  subtropical  

Steppe  Desert  

Peel  et  al.  2007  

Northern  Australian  RAxML  

               

Parsimony  Mapped  Biome  

(Mesquite)    

Northern  Australian  RAxML  

               

Parsimony  Mapped  Biome  

(Mesquite)    

Biogeography  

Papua  New  Guinea  

Australian  Tropical  Monsoon  

New  Caledonia  

7313/  1560  

12605/  2155  

3383/  800  406/562  

315/520  

Recent  or  old  diversifica)ons?  

Angiosperm  chronogram  

(r8s)                  

Calibrated  with  es)mated  age  of  orders  

(source  MOBOT)      

50  

100  

150  

200  

Angiosperm  chronogram  

(r8s)                  

 

50  

100  

150  

200  

Geo-­‐spa=al  data  

hVp://herbier-­‐noumea.plantnet-­‐project.org  

331  428  records   Data  sources  

hVp://ala.avh.org.au  

Biodiverse  (Laffan  et  al.)    

Phylogene=c  Diversity  

Phylogene=c  Endemism  

Australia:    34.6%  of  the  tree  for  86.87%  of  the  area  (cells)  PNG:    5%  of  the  tree  for  11.2%  of  the  area  NCal:    11.26%  of  the  tree  for  1.9%  of  the  area  

Future  Direc=ons  •  Are  these  results  correct?  •  Is  there  too  much  missing  data?  

•  Framework  now  in  place  –  Collec=on  target  lists                              –  Sequence  Alignments                    –  Spa=al  data  

 

•  Build  on  this  framework    –  New  collec=ons                    –  New  sequences                    –  Improve  calibra=ons  

   

High  Collabora)ve  Poten)al!    

Thanks  

•  Barry  Conn  –  PNG  plant  list  •  Bruce  Wannan  –  Northern  Australia  plant  list  

•  Funded  by  JCU/CSIRO  Postdoctoral  Fellowship