T UTORAT UE1 : S ÉANCE N °4 Correction 5-6 Décembre 2012

TUTORAT UE1 : SÉANCE N°4

Correction5-6 Décembre 2012

1) CONCERNANT LA STRUCTURE ET LES PROPRIÉTÉS DES ARN, QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE?

A. Les ARN sont des molécules monocaténaires constituées de ribonucléotides unis par des liaisons phosphodiesterB. Les ARN non codants ont tendance à adopter une structure pseudohélicoïdale prédéterminéeC. La présence de l'hydroxyle en 2' des riboses fragilise les liaisons phosphodiesterD. Les ARN de transferts sont les plus abondantsE. Autre réponse

A) Les ARN sont des molécules monocaténaires constituées de ribonucléotides unis par des liaisons phosphodiesterVRAI

B) Les ARN non codants ont tendance à adopter une structure pseudohélicoïdale prédéterminéeVRAI: forme de "trèfle" pour les ARNt, les ARN messagers n'ont pas une structure hélicoïdale prédéterminée.

C) La présence de l'hydroxyle en 2' des riboses fragilise les liaisons phosphodiester des ARNVRAI: rôle catalytique possible, intervient notamment dans la formation du lariat (réactions de transestérification de l'épissage)

D) Les ARN de transferts sont les plus abondantsFAUX: les ARN ribosomiques sont les plus représentés

Réponse D

2) PARMI CES PROPOSITIONS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTES ?

A. Chaque initiation de la réplication engage la cellule vers une nouvelle division

B. Pendant toute la durée d’un cycle de réplication la division cellulaire ne peut pas s’engager.

C. L’unité de réplication de l’ADN bicaténaire est le réplicon

D. Plusieurs réplicons ne peuvent pas être localisés sur un même ADN bicaténaire

E. Autre réponse

A) Chaque initiation de la réplication engage la cellule vers une nouvelle divisionVrai, la cellule ne reste pas sous forme répliquée

B) Pendant toute la durée d’un cycle de réplication la division cellulaire ne peut pas s’engager.Vrai, car sinon il y aurait des pertes d’information génétique

C) L’unité de réplication de l’ADN bicaténaire est le répliconVrai, il possède une origine et une terminaison

D) Plusieurs réplicons ne peuvent pas être localisés sur un même ADN bicaténaireFaux, plusieurs réplicons vont être activés en même temps sur un même ADN bicaténaire Réponses ABC

3) PARMI CES PROPOSITIONS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTES ?

A. Le brin matriciel est lu de 5’ vers 3’

B. L’élongation du brin se fait de 3’ en 5’

C. L’ADN polymérase-ADN dépendante nécessite la présence d’une amorce d’ADN ou d’ARN ayant une extrémité 3’ OH libre.

D. L’ADN polymérase va avoir une activité exonucléasique qui va avoir un rôle dans la réparation de l’ADN.

E. La synthèse de l’amorce nécessite la présence d’une extrémité 3’OH libre

A) Le brin matriciel est lu de 5’ vers 3’Faux, il est lu de 3’ vers 5’

B) L’élongation du brin se fait de 3’ en 5’Faux, l’élongation se fait de 5’ vers 3’ (c’est pour cela qu’il faut une extrémité 3’ OH libre)

C) L’ADN polymérase-ADN dépendante nécessite la présence d’une amorce d’ADN ou d’ARN ayant une extrémité 3’ OH libre. Vrai, cette amorce sera excisée par la suite par une exonucléase ou endonucléase

D) L’ADN polymérase va avoir une activité exonucléasique qui va avoir un rôle dans la réparation de l’ADN.Vrai, l’activité exonucléasique de 5’ vers 3’ s’effectue en avant de la synthèse et a un rôle dans la réparation. L’activité exonucléasique de 3’ vers 5’ (proofreading) corrige un mauvais appariement des bases.

E) La synthèse de l’amorce nécessite la présence d’une extrémité 3’OH libreFaux, car c’est l’amorce qui va créer cette extrémité 3’ OH libre

Réponses CD

4) PARMI CES PROPOSITIONS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) INEXACTES ?

A. Le rôle de la Topoisomérase est de relâcher les contraintes de torsion de l’ADN.

B. La synthèse des fragments d’Okazaki s’effectue sur le brin précoce

C. La synthèse de l’amorce (ARN ou ADN) sur le brin tardif va s’effectuer grâce à une Primase : L’ADN polymérase α

D. La cellule aura un nombre de cycle cellulaires limités du fait de la présence de la télomérase

E. L’ADN polymérase δ ne sert qu’à la synthèse des fragments d’Okazaki

A) Le rôle de la Topoisomérase est de relâcher les contraintes de torsion de l’ADN.Vrai, elle permet de maintenir l’ADN dans une structure qui permet sa réplication

B) La synthèse des fragments d’Okazaki s’effectue sur le brin précoceFaux, sur le brin tardif. Le brin précoce est le siège d’une synthèse continue.

C) La synthèse de l’amorce (ARN ou ADN) sur le brin tardif va s’effectuer grâce à une Primase : L’ADN polymérase αVrai, c’est elle qui va permettre de présenter une extrémité 3’ OH libre

D) La cellule aura un nombre de cycle cellulaires limités du fait de la présence de la téloméraseFaux, elle a effectivement un nombre de cycle cellulaires limités mais la télomérase va justement permettre l’ajout de séquences répétées d’ADN qui vont augmenter le nombre de divisions cellulaires possibles

E) L’ADN polymérase δ ne sert qu’à la synthèse des fragments d’OkazakiFaux, elle sert aussi à la réparation dans la réparation par excision de nucléotide (NER)

Réponses BDE

5) DANS QUEL ORDRE INTERVIENNENT CES DIFFÉRENTES PROTÉINES ET ENZYMES IMPLIQUÉES DANS LA RÉPLICATION ?

1) Protéines SSB2) ADN Polymérase3) ADN ligase4) Protéine de reconnaissance5) Hélicase6) Topoisomérase7) Primase

A) 5, 6, 4, 7, 1, 2, 3 B) 4, 6, 5, 1, 7, 2, 3 C) 1, 7, 5, 4, 6, 2, 3 D) 4, 7, 5, 6, 1, 2, 3 E) Autre réponse

1) Protéine de reconnaissance (4)2) Hélicase (déroule la double hélice) (5)3) Topoisomérase (relâche les contraintes) (6)4) Protéines SSB (1)5) Primase : synthétise l’amorce (7)6) ADN polymérase (2)7) ADN ligase (catalyse la formation de la

liaison phosphodiester) (3)

E : 4561723

6) PARMI CES PROPOSITIONS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTES ?

A. L’ADN peut être réparé contrairement à l’ARN

B. La dépurination est plus fréquente que la dépyrimidation

C. La réparation par réversion fait intervenir une photolyase, une ADN ligase ou une purine insertase.

D. L’addition d’une molécule exogène va entrainer un blocage de la machinerie de réplication

E. Les lésions endogènes sont exclusivement provoquées par des agents mutagènes

A) L’ADN peut être réparé contrairement à l’ARN

Faux, il existe des mécanismes de réparation pour l’ADN mais aussi pour l’ARN (il existe deux mécanismes de corrections : pyrophosphorolytique et hydrolytique) mais les mécanismes de réparation sont beaucoup plus développés et efficaces pour l’ADN

B) La dépurination est plus fréquente que la dépyrimidation

Vrai, la dépurination va entrainer la formation d’un site AP

C) La réparation par réversion fait intervenir une photolyase, une ADN ligase ou une purine insertase.

Vrai, ce sont des mécanismes qui coutent peu d’énergie.

D) L’addition d’une molécule exogène va entrainer un blocage de la machinerie de réplication

Vrai, la molécule exogène va bloquer la mise en place du réplicon

E) Les lésions endogènes sont exclusivement provoquées par des agents mutagènes

Faux, les lésions endogènes sont provoquées sans agent exogène et vont entrainer des mésappariements de base ou des changements de séquence si la réparation est incorrecte

Réponses BCD

7) CONCERNANT LA RÉPARATION PAR EXCISION DE BASE (BER) QUELLES SONT LES PROPOSITIONS EXACTES ?

A. Elle est impliquée majoritairement dans les réparations de mutations exogènes.

B. Elle s’effectue en deux étapes

C. L’ADN polymérase α intervient

D. Elle nécessite une endonucléase

E. Il y a création d’un site AP

A) Elle est impliquée majoritairement dans les réparations de mutations exogènes. Faux, dépurination, désamination, oxydation et alkylation, qui sont des mutations endogènes.

B) Elle s’effectue en deux étapesVrai, Il y a formation d’un site AP, puis il y a formation d’une brèche avec une endonucléase.

C) L’ADN polymérase α intervientFaux, c’est l’ADN polymérase β, car il y a synthèse d’un seul nucléotide. L’ADN polymérase α intervient pour la formation de l’amorce

D) Elle nécessite une endonucléaseVrai, pour former la brèche.

E) Il y a création d’un site APVrai, une N-glycosidase va rompre la liaison N-glycosidique et entrainera donc la formation d’un site AP

Réponses BDE

8) CONCERNANT LA RÉPARATION PAR EXCISION DE NUCLÉOTIDE, (NER) QUELLES EST (SONT) LA (LES) PROPOSITION(S) INEXACTE(S) ?

A. Elle est impliquée dans des maladies héréditaires, notamment dans la maladie Xeroderma pigmentosum

B. Elle nécessite la reconnaissance de l’ADN néosynthétisé

C. Elle intervient souvent lorsque des dimères de thymine apparaissent

D. Elle nécessite l’intervention d’une hélicase puis d’une endonucléase qui va couper une trentaine de nucléotides

E. C’est l’ADN polymérase β qui va effectuer la resynthèse

A) Elle est impliquée dans des maladies héréditaires, notamment dans la maladie xeroderma pigmentosumVrai, ainsi que dans le syndrome de Cokayne et trichotiodystrophie

B) Elle nécessite la reconnaissance de l’ADN néosynthétiséFaux, c’est RER qui nécessite la reconnaissance de l’ADN néosynthétisé

C) Elle intervient souvent lorsque des dimères de thymine apparaissentVrai, c’est NER qui va intervenir lors de la formation d’un dimère de thymine

D) Elle nécessite l’intervention d’une hélicase puis d’une endonucléase qui va couper une 30aine de nucléotidesVrai, il va y avoir excision de 30 nucléotides.

E) C’est l’ADN polymérase β qui va effectuer la resynthèseFaux, c’est l’ADN polymérase ε ou δ qui va effectuer la resynthèse.

Réponses BE

9) CONCERNANT LES OPÉRONS LACTOSE , TRYPTOPHANE ET LA PROTÉINE CAP QUELLE(S) EST (SONT) LA (LES) PROPOSITION(S) EXACTE(S) ?

A. Ce sont tous les 3 des protéines allostériques.

B. Ils agissent tous sur un unique opéron bactérien qui leur est propre.

C. Pour l'opéron tryptophane l'effecteur allostérique est aussi le produit final de la réaction enzymatique.

D. L'opéron lactose est capable de se lier à un segment d'ADN en absence de tout effecteur allostérique.

E. Autre réponse

A) Ce sont tous les 3 des protéines allostériques.Faux : un opéron est un gène ou groupe de gènes contrôlé par 1 ou 2 protéines régulatrices

B) Ils agissent tous sur un unique opéron bactérien qui leur est propre.Faux, la protéine cap est une protéine régulatrice de la transcription qui va agir sur plusieurs opérons bactérien.

C) Pour l'opéron tryptophane l'effecteur allostérique est aussi le produit final de la réaction enzymatique.Vrai

D) L'opéron lactose est capable de se lier à un segment d'ADN en absence de tout effecteur allostérique.Faux : le répresseur de l'opéron lactose se lie à la séquence régulatrice et bloque la transcription sous forme spontanément inactive

Réponse C

10) CONCERNANT LES INTRONS ET LES EXONS QUELS SONT LES 2 RÉPONSES FAUSSES :

A. Les exons sont en général plus grands que les introns.

B. L'ARN pré-messager va subir l'excision de ses introns et l'épissage de ses exons.

C. L'extrémité 5' de l'intron commence toujours par une « TATA box ».

D. Le site de branchement qui va permettre l'épissage est constitué de la gauche vers la droite d'une purine, d'une adénine et d'une pyrimidine.

E. Autre réponse

A) Les exons sont en général plus grands que les introns.

Faux, c'est l'inverse.

B) L'ARN pré-messager va subir l'excision de ses introns et l'épissage de ses exons.

Vrai , on obtiendra ainsi un ARN messager mature.

C) L'extrémité 5' de l'intron commence toujours par une « TATA box ».

Faux, L'extrémité 5' commence par une Guanine suivie d'une Tyrosine dans 100% des cas.

D) Le site de branchement qui va permettre l'épissage est constitué de la gauche vers la droite d'une purine, d'une adénine et d'une pyrimidine.

Vrai, ce site de branchement se trouve environs 20 nucléotides avant l'extrémité 3' de l'intron.

Réponses AC

11) QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE ?

A. En amont du premier nucléotide transcrit on trouve des éléments de séquence permettant la liaison de l'ARN polymérase, ces éléments sont appelés des promoteurs.

B. Les promoteurs forts sont plutôt riches en paires de base adénine/thymine.

C. Malgré la présence de séquences consensus dans les promoteurs ,ceux-ci gardent toujours une certaines variabilité.

D. Les promoteurs forment des palindromes qui déterminent donc le sens de la liaison de l'ARN polymérase.

E. Autre réponse

A) En amont du premier nucléotide transcrit on trouve des éléments de séquence permettant la liaison de l'ARN polymérase, ces éléments sont appelés des promoteurs.Vrai , ex:TATA box

B) Les promoteurs forts sont plutôt riches en paires de base adénine/thymine.Vrai ,ces 2 bases facilitent la dénaturation locale de l'ADN et donc la liaison de l'ARN polymérase.

C) Malgré la présence de séquences consensus dans les promoteurs ,ceux-ci gardent toujours une certaines variabilité.Vrai, leur distance par rapport au site d'initiation peut aussi varier.

D) Les promoteurs forment des palindromes qui déterminent donc le sens de la liaison de l'ARN polymérase.Faux, Lespromoteurs ne forment pas de palindrome maissont asymétriques ! Ce qui détermine bien le sens de liaison de l'ARN polymérase.

Réponse D

12) QUELLE(S) SONT LES 2 PROPOSITIONS JUSTES ?

A. Dans chaque cellule , la grande majorité des gènes sont dans un état silencieux.

B. Les Enhancers (=régions régulatrices distales) peuvent agir sur un promoteur différent de leur promoteur d'origine et peuvent élever fortement l'activité de transcription.

C. Les facteurs de régulation de l'ADN se lient à ce dernier en dénaturant la structure hélicoïdale.

D. Les protéines « Winged-helix » ne sont pas des protéines de liaison à l'ADN.

E. Autre réponse

A) Dans chaque cellule , la grande majorité des gènes sont dans un état silencieux.Vrai

B) Les Enhancers (=régions régulatrices distales) peuvent agir sur un promoteur différent de leur promoteur d'origine et peuvent élever fortement l'activité de transcription.Vrai, L'activité de transcription peut être 10 à 100 fois plus élevée.

C) Les facteurs de régulation de l'ADN se lient à ce dernier en dénaturant la structure hélicoïdale.Faux, Les facteurs de régulation se lient à l'ADN mais sans dénaturé la structure hélicoïdale !!Ceux sont les agents mutagènes qui vont dénaturer la structure de l'ADN et entrainer ainsi des lésions de cet dernière.

D) Les protéines « Winged-helix » ne sont pas des protéines de liaison à l'ADN.Faux, justement ceux sont des protéines de liaison à l'ADN.

Réponses AB

13) CONCERNANT L'ACTIVATION ET LA RÉPRESSION DE LA TRANSCRIPTION : QUELLE(S) EST (SONT) LA (LES) PROPOSITION(S) JUSTE(S) ?

A. L'initiation de la transcription nécessite la mise en place d'un complexe « médiateur » qui recrute des protéines modifiant le chrome.

B. Les histones vont être hydroxylés ce qui aura un effet activateur.

C. Les histones sont chargés négativement.

D. Toutes ces modifications enzymatiques de l'ADN sont irréversibles.

E. Autre réponse

A) L'initiation de la transcription nécessite la mise en place d'un complexe « médiateur » qui recrute des protéines modifiant le chrome.Faux, le complexe « médiateur » recrute des protéines modifiant la chromatine !!

B) Les histones vont être hydroxylés ce qui aura un effet activateur.Faux, Les histones vont être acétylés ce qui aura un effet activateur (car neutralisation des charges positives et dissociation de l'ADN)

C) Les histones sont chargés négativement.Faux, les histones sont chargés positivement et cette charge permet une interaction forte avec les groupements phosphate de l'ADN qui portent des charges négatives.

D) Toutes ces modifications enzymatiques de l'ADN sont irréversibles.Faux , elles sont réversibles.

E) Autre réponseVrai

Réponse E

14) CONCERNANT L'ARN POLYMÉRASE :

A. Chez les Eucaryotes il n'y a qu'un seul type d'ARN polymérase.

B. Chez les Eucaryotes on trouve l'ARN polymérase I qui est pré-ribosomique.

C. Il y a toujours plusieurs milliers d'ARN polymérase par cellule.

D. L'ARN polymérase des procaryotes a un poids moléculaire d'environ 600 kDa.

E. Autre réponse

A) Chez les Eucaryotes il n'y a qu'un seul type d'ARN polymérase.Faux ,c'est chez les procaryotes qu'il n'y qu'un seul type d'ARN polymérase.

B) Chez les Eucaryotes on trouve l'ARN polymérase I qui est pré-ribosomique.Vrai

C) La présence du facteur sigma est nécessaire pour l’élongation chez E.ColiFaux : Sigma est nécessaire pour l’initiation

D) L'ARN polymérase des procaryotes a un poids moléculaire d'environ 600 kDa.Faux, il a un PM d'environ 400kDa. Réponse B

15) CONCERNANT LE CHOLESTÉROL : QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE ?

A. Il est formé de 27 carbones .

B. Il n'a qu'un seul oxygène dans sa structure.

C. C'est un sphingolipide de la famille des stérols.

D. Le cholestérol une structure similaire aux hormones stéroïdes sexuelles.

E. Autre réponse

A) Il est formé de 27 carbones .Vrai, la formule brute du cholestérol est C27H46O.

B) Il n'a qu'un seul oxygène dans sa structure.Vrai cf A, La structure du cholestérol est à connaître par coeur !!

C) C'est un sphingolipide de la famille des stérols.Faux , C'est un lipide de la famille des stérols.

D) Le cholestérol une structure similaire aux hormones stéroïdes sexuelles.Vrai ex : la progestérone

Réponse C

16) PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES LAQUELLE OU LESQUELLES EST (SONT) JUSTE(S)?

Deux mutations du gène correspondant entrainent l'apparition sur l'ARNm d'un uracile (U) en position 12 et d'une adénine (A) en position 18.

A. Ces deux mutations sont des transversions

B. Ces deux mutations n'entrainent chacune que la modification d'un seul acide aminé

C. Ces deux mutations entrainent l'apparition d'un codon stop prématuré en phase avec le codon initiateur

D. La mutation en 12 résulte probablement de la désamination d'une cytosine qui était méthylée

E. Autre réponse

5' - C C U A U G U C A A G C G A U A U G C U A U A A - 3' 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24

5'- CCU AUG UCA AGU GAU AUA CUA UAA - 3'

A) Ces deux mutations sont des transversionsFAUX: Ce sont des transitions, purine remplacée par une purine (A --> G) et pyrimidine remplacée par une pyrimidine (C --> U)

B) Ces deux mutations n'entrainent la modification que d'un seul acide aminéVRAI: La mutation en 18 est une mutation faux sens car il n'existe qu'un seul codon codant pour la methionine.

C) Ces deux mutations entrainent l'apparition d'un codon stop prématuré en phase avec le codon initiateurFAUX: les codons stop sont UGA, UAA, UAG

D) La mutation en 12 résulte probablement de la désamination d'une cytosine qui était méthyléeVRAI: Une 5méthyl-cytosine désaminée donne une thymine qui au moment de la transcription deviendra uracile si elle est au niveau d'un dinucléotide CpG (ce qui est le cas) point chaud de mutation

Réponses BD

17) CONCERNANT LA BOUCLE ANTICODON, QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE?

A. La séquence anticodon correspond à un triplet invariable CCA à l'extrémité 3' d'un ARNtB. L'appariement wobble en première position de l'anticodon permet de pallier la disparité entre le nombre de codons et le nombre d'acides aminésC. L'anticodon s'apparie de façon complémentaire et antiparallèle avec un codon de l'ARmD. Un anticodon 5'-GAU-3' peut être apparié de manière non canonique à un codon 5'-AUU-3' de l'ARNmE. Autre réponse

A) La séquence anticodon correspond à un triplet invariable CCA à l'extrémité 3' d'un ARNtFAUX: la séquence anticodon est portée par la boucle d'une structure en épingle à cheveux de l'ARNt, l'extrémité 3'-CCA correspond à la séquence d'ancrage de l'acide aminé

B) L'appariement wobble en première position de l'anticodon permet de pallier la disparité entre le nombre de codons et le nombre d'acides aminésVRAI: l'hypoxanthine que l'on peut retrouver en position 1 de l'anticodon peut s'apparier avec U,A et C; l'appariement G=U également possible

C) L'anticodon s'apparie de façon complémentaire et antiparallèle avec un codon de l'ARmVRAI

D) Un anticodon 5'-GAU-3' peut être apparié de manière non canonique à un codon 5'-AUU-3' de l'ARNmVRAI: possibilité d'appariement wobble (bancal) entre G et U

Réponse A

18) CONCERNANT L'INITIATION DE LA TRADUCTION CHEZ LE PROCARYOTE, QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE?

A. Elle débute par reconnaissance d'une séquence consensus située en amont du codon initiateur

B. Elle peut être co-transcriptionelle

C. Elle ne peut se produire sans l'ARNt N-formylméthionine

D. Les tétracyclines sont des antibiotiques inhibiteurs de la traduction en empêchant la synthèse de l'acide folique

E. Autre réponse

A) Elle débute par reconnaissance d'une séquence consensus située en amont du codon initiateurVRAI: il s'agit de la séquence de Shine-Dalgarno, cette séquence permet au ribosome de différencier le codon initiateur des autres codons AUG

B) Elle peut être co-transcriptionelleVRAI (chez le procaryote! )

C) Elle ne peut se produire sans l'ARNt N-formylméthionineVRAI: La méthionine initiatrice nécessite un ARNt particulier formylable: ARNtF

Met

Une formyl-transférase permet la formylation du méthionyl-ARNtFMet à partir du

N10 formyl tétrahydrofolate. Les ARNtMMet non formylables concernent les

methionines internes

D) Les tétracyclines sont des antibiotiques inhibiteurs de la traduction en empêchant la synthèse de l'acide foliqueFAUX: Il s'agit des sulfamides antibiotiques, les tétracyclines sont des inhibiteurs de la petite sous-unité (élongation)

19) CONCERNANT LE GÉNOME HUMAIN, QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE?

A. C'est le plus petit génome eucaryote

B. Il contient environ 21000 gènes codant pour des protéines

C. Les séquences répétées représentent environ un tiers du génome

D. Le nombre de gènes codant pour les protéines est proportionnel à la complexité de l'ADN de l'organisme

E. Autre réponse

A) C'est le plus petit génome eucaryoteFAUX: le génome de certaines fougères font 10x la taille du génome humain

B) Il contient environ 21000 gènes codant pour des protéinesVRAI: c'est le chiffre le plus réaliste

C) Les séquences répétées représentent environ un tiers du génomeFAUX: plus de la moitié 60%

D) Le nombre de gènes codant pour les protéines est proportionnel à la complexité de l'ADN de l'organismeFAUX Réponse B

20) CONCERNANT L'ORGANISATION DU GÉNOME HUMAIN, QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE?

A. L’ensemble des séquences dispersées sont encore mobiles de nos jours

B. Les transposons passent par une étape d'épissage de l'ARN avant d'être intégrée dans le génome

C. Les LINES passent par une étape de transcritption reverse avant d'intégrer le génome

D. Les ilot CpG sont en général méthylés pour les gènes actifs et déméthylés pour les gènes inactifs

E. Autre Réponse

A. L’ensemble des séquences dispersées sont encore mobiles de nos jours

Faux : elles l’ont été (c’est comme cela qu’elles se sont dispersées), mais ne le sont plus maintenant

B. Les transposons passent par une étape d'épissage de l'ARN avant d'être intégrée dans le génome

Faux : Les transposons font intervenir une enzyme : la transposase

C. Les LINES passent par une étape de transcritption reverse avant d'intégrer le génome

Vrai

D. Les ilots CpG sont en général méthylés pour les gènes actifs et déméthylés pour les gènes inactifs

Faux : c‘est l‘inverse.

Ils sont méthylés pour les gènes inactifs, déméthylés pour les gènes actifs.

Réponse C

21) CONCERNANT LE CLONAGE MOLÉCULAIRE, QUELLES SONT LES RÉPONSES EXACTES ?

A. Le clonage moléculaire permet d’obtenir un grand nombre de cellules ayant le même génome.

B. L’étape de purification consiste à mélanger des cellules hôtes avec des molécules d’ADN en excès numérique.

C. Cette molécule d’ADN est introduite dans la cellule hôte grâce à un ADN vecteur (plasmide par exemple)

D. Les plasmides apportent au clone recombinant au moins un gène de résistance à un antibiotique.

E. Autre réponse

A) Le clonage moléculaire permet d’obtenir un grand nombre de cellules ayant le même génome.Vrai : on obtient des clones

B) L’étape de purification consiste à mélanger des cellules hôtes avec des molécules d’ADN en excès numérique.Faux : ce sont les cellules hôtes (bactéries …) qui sont en excès. Ainsi, on est sûr qu’il n’y a qu’une seule molécule d’ADN dans chaque cellule.

C) Cette molécule d’ADN est introduite dans la cellule hôte grâce à un ADN vecteur (plasmide par exemple)Vrai. Les ADN vecteurs sont des transporteurs qui véhiculent l’ADN à cloner et les maintiennent à l’intérieur des cellules hôtes. Ex : plasmides bactériens, bactériophages de type « I », cosmides, BAC et YAC …

D) Les plasmides apportent au clone recombinant au moins un gène de résistance à un antibiotique.Vrai : c’est ce qui permet l’étape de sélection.On place toutes les cellules étudiées (les recombinées + celles en trop) dans un milieu contenant un antibiotique. Les cellules recombinées survivent, les cellules non transformées meurent.

Réponses ACD

QUESTION 22 :

5’ TGAAGGAATTCCTCAAG 3’3’ ACTTCCTTAAGGAGTTC 5’

On utilise pour cela l’enzyme de restriction Eco R I (Escherichia coli), qui réalise des coupures à extrémités cohésives en reconnaissant la séquence 5’ GAATTC 3’

Quelle(s) est(sont) la(les) réponse(s) exacte(s) ?

5’ TGAAGGAATTCCTCAAG 3’3’ ACTTCCTTAAGGAGTTC 5’

A. Suite à l’action de l’enzyme Eco R I sur l’ADN, on obtient les 2 fragments suivants :

5’ TGAAGGAA 3’ et 5’ TTCCTCAAG 3’

3’ ACTTCCTT 5’ 3’ AAGGAGTTC 5’

B. Une transcriptase-reverse peut transcrire l’un de ces brins d’ADN en ARN messager.

C. Le séquençage de cette molécule a pu être obtenu par électrophorèse.

D. Cette molécule d’ADN peut se lier spontanément à un plasmide.

E. Autre réponse

A. Suite à l’action de l’enzyme Eco R I sur l’ADN, on obtient les 2 fragments suivants : 5’ TGAAGGAA 3’ et 5’ TTCCTCAAG 3’

3’ ACTTCCTT 5’ 3’ AAGGAGTTC 5’

Faux. Elle réalise des coupures cohésives (et pas franches). On obtient : 5’ TGAAGG 3’ et 5’ AATTCCTCAAG 3’

3’ ACTTCCTTAA 5’ 3’ GAGTTC 5’

B. Une transcriptase-reverse peut transcrire l’un de ces brins d’ADN en ARN messager.Faux. Une transcriptase-reverse est une ADN polymérase ARN dépendante. Elle transcrit de l’ARN (génome viral par exemple) en ADN simple brin.La transcription (ADN en ARNm) se fait par une ARN polymérase ADN dépendante

C. Le séquençage de cette molécule a pu être obtenu par électrophorèse.VraiCf technique de Sanger : synthèse in vitro de copies raccourcies et radioactives du brin d’ADN étudié. D. Cette molécule d’ADN peut se lier spontanément à un plasmide.Faux. Cette réaction nécessite une ligase (et de l’ATP = consommation d’énergie).De plus, le plasmide (circulaire) doit d’abord être linéarisé par une enzyme de restriction.

Réponse C

23) CONCERNANT L’HYBRIDATION MOLÉCULAIRE, QUELLE EST LA COMBINAISON DE RÉPONSE(S) INEXACTE(S) ?

1. L’hybridation moléculaire fait intervenir des bactéries.

2. Elle intervient dans la technique du Western Blot.

3. L’hybridation in situ permet de détecter dans un tissu la présence d’ARN messagers.

4. Un ARN antisens peut être utilisé comme sonde moléculaire.

A : 1+2 B : 3+4 C : 2+3 D : 1+2+4

E : 4 F : Autre réponse

1. L’hybridation moléculaire fait intervenir des bactéries.Faux : - Dénaturer les brins d’ADN par chauffage (rupture des

liaisons hydrogène)- Refroidir rapidement- Renaturer (augmenter la température progressivement :

permet de reformer les liaisons hydrogènes entre les paires de bases)

2. Elle intervient dans la technique du Western Blot.Faux, un Western Blot permet l’analyse de protéine. On utilise pour cela le principe de reconnaissance entre antigène et anticorps (marqué).Rappel : Southern Blot : analyse d’ADN

Northern Blot : analyse d’ARNWestern Blot : analyse de protéines

3. L’hybridation in situ permet de détecter dans un tissu la présence d’ARN messagers.Vrai. On utilise pour cela une sonde moléculaire marquée. 4. Un ARN antisens peut être utilisé comme sonde moléculaire.Vrai : il peut s’hybrider à l’ARN messager.

Réponse A : 1+2

24) ON SOUHAITE ÉTUDIER LE GÈNE CFTR DONT VOICI UN EXTRAIT DE SA SÉQUENCE :

5’ ATGCAGAGGTCGCCTCTGGAAAAGGCCAGCGTTGTCTCCAAACTTTTTTTCAGCTGGACCAGACCAATTT TGAGGAAAGGATACAGACAGCGCCTGGAATTGTCAGACATATACCAAATCCCTTCTGTTGATTCTGCTGA CAATCTATCTGAAAAATTGGAAAGAGA ATGGGATAGAGAGCTGGCTTCAAAGAAAAATCCTAAACTCAT TAATGCCCTTCGGCGATGTTTTTTCTGGAGATTTATGTTCTATGGAATCTTTTTATATTTAGGGGAAGTC ACCAAAGCAGTACAGCCTCTCTTACTGGGAAGAATCATAGCTTCCTATGACCCGGATAACAAGGAGGAAC GCTCTATCGCGATTTATCTAGGCATAGGCTTATGCCTTCTCTTTATTGTGAGGACACTGCTCCTACACCC AGCCATTTTTGGCCTTCATCACATTGGAATGCAGATGAGAATAGCTATGTTTAGTTTGATTTATAAGAAG ACTTTAAAGCTGTCAAGCCGTGTTCTAGATAAAATAA GTATTGGACAACTTGTTAGTCTCCTTTCCAAC AACCTGAACAAATTTGATGAAGGACTTGCATTGGCACATTTCGTGTGGATCGCTCCTTTGCAAGTGGCACTC

3’

On souhaite amplifier par PCR (Polymerase Chain Reaction) la séquence en gras.

Parmi les molécules suivantes, de quelle(s) amorce(s) a-t-on besoin ?

DE QUELLE(S) AMORCE(S) A-T-ON BESOIN ?

1. 5’ ATGGGATAGAGAGCTGGCTT

2. 5’ TACCCTATCTCTCGACCGAA

3. 5’ TTCGGTCGAGAGATAGGGTA

4. 5’ AATAAAATAGATCTTGTGCC

5. 5’ TTATTTTATCTAGAACACGG

6. 5’ CCGTGTTCTAGATAAAATAA

A : 1 B : 2+3 C : 2+4 D : 1+5

E : 1+6 F : Autre réponse

Réponse D

On dispose de l’ADN double brin : 5’ ATGGGATAG ……………………………………ATAAAATAA 3’

3’ TACCCTATC ……………………………………TATTTTATT 5’

1ère étape de la PCR : dénaturation : on sépare les 2 brins

Brin 1 5’ ATGGGATAG ……………………………………ATAAAATAA 3’

3’ TACCCTATC ……………………………………TATTTTATT 5’

Brin 2 

2ème étape : hybridation des amorces et synthèse d’ADN (de 5’ vers 3’) à partir de cette amorce

Amorce

……… 3’ TACCCTATC<--------GGCACAAGATCTATTTTATT 5’

……… 5’ ATGGGATAG………………………CCGTGTTCTAGATAAAATAA 3’……… 

……… 3’ TACCCTATC………………………GGCACAAGATCTATTTTATT 5’………

5’ ATGGGATAG-------->CCGTGTTCTAGATAAAATAA 3’………

Amorce n°1

Puis, si on reprend le brin synthétisé précédemment (parmi les 4 : celui tout en haut), et qu’on l’hybride à nouveau avec une amorce 1 : ……… 3’ TACCCTATC………………………………… GGCACAAGATCTATTTTATT 5’

5’ ATGGGATAG-synthèse d’adn----------------->

Amorce 1 On obtient bien au final la séquence désirée (sans tous les nucléotides précédents/suivants) de très nombreuses fois : 5’ ATGGGATAG ……………………………………… CCGTGTTCTAGATAAAATAA 3’

On a utilisé les amorces 1 et 5Réponse D

25) CONCERNANT LES SONDES MOLÉCULAIRES, QUELLES SONT LES PROPOSITIONS EXACTES ?

A. Un ADNc est une molécule d’ADN dont la séquence est identique à celle du gène concerné.

B. Un cDNA est synthétisé in vitro et n’existe pas de façon naturelle.

C. Pour cloner ce cDNA, on utilise des ADN vecteurs et des bactéries recombinantes.

D. Un ARN antisens permet d’observer l’effet de la mutation KO du gène concerné.

E. Autre réponse

A. Un ADNc est une molécule d’ADN dont la séquence est identique à celle du gène concerné.

Faux. Il est synthétisé à partir de l’ARN messager et ne contient donc que les exons (et pas les introns)

Pour obtenir un ADNc : - On part d’une population d’ARN m- On ajoute une transcriptase reverse (ADN polymérase

ARN dépendante), des nucléotides et une amorce (ex : oligoTT = séquence de TTTTTTT)

- L’amorce s’hybride avec l’ARNm au niveau du poly A (séquence AAAAAA, poly adénylation de l’extrémité 3’ des ARN, cf cours de M.Dollé)

- Synthèse du brin d’ADN = ADNc

B. Un cDNA est synthétisé in vitro et n’existe pas de façon naturelle.VraiUn cDNA est un ADNc double brinL’ADNc n’est pas naturel, donc le cDNA ne l’est pas non plus. Pour obtenir un cDNA : - On part de l’ADNc obtenu à la proposition A- On rajoute une ribonucléase qui hydrolyse le brin d’ARNm

(précédemment utilisé comme matrice)- On ajoute une ADN polymérase, des nucléotides et une

amorce - Synthèse du brin d’ADN complémentaire, à partir de

l’ADNc

C. Pour cloner ce cDNA, on utilise des ADN vecteurs et des bactéries recombinantes.Vrai (cf méthode de clonage expliquée à la question précédente) D. Un ARN antisens permet d’observer l’effet de la mutation KO du gène concerné.Vrai. L’ARN anti sens s’hybride à l’ARN messager (ARN naturel issu de la transcription de l’ADN : il est dans le « bon sens »). Il bloque ainsi la traduction en protéine, et donc l’expression du gène.

Réponses BCD

26) DANS QUELLE(S) TECHNIQUE(S) DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE UTILISE-T-ON DES ENZYMES DE RESTRICTION ?

A. Southern Blot

B. Hybridation moléculaire

C. PCR (Polymerase Chain Reaction)

D. Construction de banques génomiques

E. Autre réponse

SOUTHERN BLOTHYBRIDATION MOLÉCULAIREPCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)CONSTRUCTION DE BANQUES GÉNOMIQUESAUTRE RÉPONSE

L’hybridation moléculaire nécessite une sonde moléculaire marquée.Un PCR nécessite une amorce (fragment composé d’une vingtaine de nucléotides)

Réponses AD

27) CONCERNANT LES TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE, QUELLE EST LA COMBINAISON DE RÉPONSE(S) EXACTE(S) ?

1. On peut réaliser un Southern Blot pour une recherche de paternité.

2. L'utilisation d'ADN vecteurs est indispensable dans la technique du Northern Blot

3. En insérant la séquence codante de l’insuline humaine dans un vecteur d’expression, une bactérie est capable de synthétiser cette hormone.

4. Le criblage de banques génomiques se fait à partir de fragments non chevauchants.A : 1 B : 1+3 C : 2+4 D : 1+2+3

E : 3+4 F : Autre réponse

1. On peut réaliser un Southern Blot pour une recherche de paternité.Vrai

2. L'utilisation d'ADN vecteurs est indispensable dans la technique du Northern BlotFaux

3. En insérant la séquence codante de l’insuline humaine dans un vecteur d’expression, une bactérie est capable de synthétiser cette hormone.Vrai

4. Le criblage de banques génomiques se fait à partir de fragments non chevauchants.Faux : les fragments doivent justement être chevauchants, pour réussi à reconstituer la séquence.

28) PARMI LES PROPOSITIONS PRÉCÉDENTES, LAQUELLE (LESQUELLES) S’APPLIQUE(NT) AUX BANQUES DE CDNA ?

1. Elles contiennent tous les gènes d’un organisme.2. Elles sont constituées de l’ensemble des bactéries recombinantes contenant les cDNA3. Elles contiennent les séquences d’exons des gènes concernés.4. Elles contiennent les séquences d’introns des gènes concernés.5. Elles sont réalisées à partir de « contigs ».A : 1 B : 2+3 C : 2+3+5 D : 1+3+4

E : 1+3+4+5 F : Autre réponse

BANQUES DE CDNA

1. Elles contiennent tous les gènes d’un organisme.Faux : que les séquences des gènes exprimés

2. Elles sont constituées de l’ensemble des bactéries recombinantes contenant les cDNAVrai

3. Elles contiennent les séquences d’exons des gènes concernés.Vrai

4. Elles contiennent les séquences d’introns des gènes concernés.Faux

5. Elles sont réalisées à partir de « contigs ».Faux

28) PARMI LES PROPOSITIONS PRÉCÉDENTES, LAQUELLE (LESQUELLES) S’APPLIQUE(NT) AUX BANQUES GÉNOMIQUES ?

1. Elles contiennent tous les gènes d’un organisme.2. Elles sont constituées de l’ensemble des bactéries recombinantes contenant les cDNA3. Elles contiennent les séquences d’exons des gènes concernés.4. Elles contiennent les séquences d’introns des gènes concernés.5. Elles sont réalisées à partir de « contigs ».A : 1 B : 2+3 C : 2+3+5 D : 1+3+4

E : 1+3+4+5 F : Autre réponse

1. Elles contiennent tous les gènes d’un organismeVrai : les séquences transcrites ET les séquences régulatrices

2. Elles sont constituées de l’ensemble des bactéries recombinantes contenant les cDNAFaux : les cDNA ne contiennent pas toutes les séquences

3. Elles contiennent les séquences d’exons des gènes concernés.Vrai

4. Elles contiennent les séquences d’introns des gènes concernés.Vrai

5. Elles sont réalisées à partir de « contigs ».VraiContigs = fragments d’ADN chevauchants obtenus par l’action d’une enzyme de restriction sur l’ADN génomique

MERCI DE VOTRE ATTENTION !!

MARDI 11 DÉCEMBRE : SÉANCE SUPPLÉMENTAIRE UE1FORUM, 19H15 – 21H15SALLES 113, 114, 209, 210, 211 ET 212