View
36
Download
2
Category
Preview:
DESCRIPTION
Martin HedigerDepartment of ChemistryUniversity of Copenhagen, DKPhD Defence, 29.05.2013Supervisor: Jan H Jensen
Citation preview
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
A Perspective onBionanosensor Simulation &Computational Enzyme Engineering
Martin HedigerDepartment of Chemistry, University of Copenhagen
PhD Defence
Supervisor: Prof. Jan H. Jensen
29.05.2013 - Copenhagen, Denmark
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
PROJECT 1
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
http://en.wikipedia.org/wiki/Ricin
Bionanosensor Simulation: Motivation
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Time
Current
Time
Current
Nanowire
Receptor
Target
Bionanosensor Simulation: Concepts
--
- --
--
--
+
++
+
~2000 nm
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Bionanosensor Simulation: Model
RNW R
OxR
LinkR
Prot
Nanowire
Receptor
Target
~2000 nm
εSolv
, λD
n0, p
0ε
Siε
Ox
μn, p
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Sørensen et al., APL, 2007De Vico et al., Nanoscale, 2011, 2011Hediger et al., PLOS ONE, 2012
Bionanosensor Simulation: www.biofetsim.org
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Bionanosensor Simulation: Charge is important
ΔG /G0=2
Ren0
Γ∑i
Γl , iσb ,i
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Bionanosensor Simulation: Orientation is important
ΔG /G0=2
Ren0
Γ∑i
Γl , iσb ,i
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Bionanosensor Simulation: pH and concentration are important
ΔG /G0=2
Ren0
Γ∑i
Γl , iσb ,i
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Development of a new biosensor simulator to study effects of
- Charge + Orientation- pH, Concentration, Buffer- Nanowire material
Bionanosensor Simulation: Conclusions
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
PROJECT 2
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: CalB
Candida antarctica lipase B (CalB)
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: Hypothesis
ΔE
Candida antarctica lipase B (CalB)
Hediger et al., PLOS ONE, 2012
PM6//MOZYME
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: Accuracy
Hediger et al., PLOS ONE, in review
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: CalB Screening
Hediger et al., PLOS ONE, in review
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: BCX
Bacillus circulans xylanase (BCX)
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: BCX
Bacillus circulans xylanase (BCX)
ΔE
MOZYME//MOZYMEBCX WT
Exp: 17 kcal/molCalc: 18.5 kcal/mol
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: Systematic Screening
Bacillus circulans xylanase (BCX)
Hediger et al., PeerJ, submitted
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Based on QM, we
- Introduce amidase functionality in CalB- Introduce hydrolysis functionality in BCX for an artificial substrate- Develop a general strategy for computational enzyme engineering
Computational Enzyme Engineering: Conclusions
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Bionanosensor SimulationL. De Vico, M. Brandbyge
Computational Enzyme EngineeringL. De Vico, C. SteinmannJ. Rannes, C. Jäckel, W. Besenmatter,A. Svendsen
University of LorraineGerald Monard, Alessandro Genoni
PhD CommitteeWinnie Svendsen, Fahmi Himo,Karen Martinez
SupervisorJ. H. Jensen
FundingUNIK - SynBio ProjectIRENE - FP7
Acknowledgements
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”:
Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”.Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Computational Enzyme Engineering: Rationalization
Hediger et al., PeerJ, submitted
Q127W
W9DW9EN35E
Recommended