View
1
Download
0
Category
Preview:
Citation preview
Curso de formação:
Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6
Rui Figueira
ruifigueira@isa.ulisboa.pt
Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa
Introdução
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
Imag
em:
Cés
ar G
arci
a
BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.2. Plataforma Specify
SUMÁRIO
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
O Sistema Global de Informação sobre
a Biodiversidade (GBIF) é uma
organização intergovernamental criada
em 2001 para facilitar a partilha e
acesso, de forma livre e gratuita, de
dados de biodiversidade.
O QUE É O GBIF?
Imag
em:
Cé
sar
Ga
rcia
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
GBIF EM NÚMEROS Dados de
ocorrência de espécies
Instituiçõespublicadoras
https://demo.gbif.org/the-gbif-network
966.983.3683.305.1662.657.885
Global:
Para PT:
Por PT:
1.47619
Global:
De PT:
54 países / 40 participantes associados
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
Imag
em:
Cés
ar G
arci
a
GBIF A NÍVEL NACIONAL
NÓNACIONAL
UNIVERSI-DADES
UNIDADES DE I&D MUSEUS CIÊNCIA
CIDADÃSECTORPRIVADO
INVESTI-GADORES
PUBLICAÇÃO / USO / FORMAÇÃOINST.
PÚBLICOS
USO / FORMAÇÃO
RIPORBIOTA
INFRAESTRUTURA PADRÕESFORMAÇÃO
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
Imag
em:
Cés
ar G
arci
a
DADOS PUBLICADOS PELO GBIF
Baseados em Observações● Projectos científicos● Monitorização / amostragens /
inventários● Ciência Cidadã
Baseados em Espécimes● Coleções biológicas (incluindo HN)● Bancos de germoplasma / coleções
vivas
OCORRÊNCIAS E DADOS DE AMOSTRAGENS
CHECKLISTS
METADADOS
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
PORTAIS de DADOSNACIONAL: http://dados.gbif.ptGLOBAL: http://www.gbif.org
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
PUBLICAÇÃO PORINSTITUIÇÕES PORTUGUESAS
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
VANTAGENS DA PUBLICAÇÃO DE DADOS ATRAVÉS DO GBIF
● Plataforma global: dados padronizados → indexação → pesquisa
● Fácil citação do uso através de DOI
● Mais citações → Maior impacto
● Preservação dos dados
● Rastreamento e informação sobre o uso dos dados
● Dados mantém a propriedade original
● Licença padrão: CC0, CC-BY, CC-BY-NC
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
USO DOS DADOS
Palavras-chave de ~1900 artigos que citam o GBIFhttp://www.mendeley.com/groups/1068301/gbif-public-library/
4200 artigos científicos
108 para autores com afiliação portuguesa
2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 20170
20
40
60
80
100
120
Portugal
2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 20170
50010001500200025003000350040004500
Global
nº
arti
gos
Imag
em
: C
ésa
r G
arc
ia
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
http://wwwpbiodiioer"sioyiionfod"maticspd"c
ENQUADRAMENTO GLOBAL
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
O PANORAMA GLOBAL
GBIF coopera com outras organizações ou iniciativas internacionais, que desenvolvem actividade complementar:
- Catalogue of Life, Encyclopedia of Life, Biodiversity Heritage Library, BOLD, Plazi
- LifeWatch, DISSCO, CETAF;
- EEA
- CBD, IPBES, UNEP-WCMC
- comunidade: Biodiversity Information Standards - TDWG
- desenvolvimento de um curriculum académico em informática para a biodiversidade (e.g. http://biodiversity-informatics-training.org/)
Aplicação online para visualização do objecto digital em alta resolução, com ferramentas de análise
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
PUBLICAÇÃO DE UM CONJUNTO DE DADOS
Dados Padronização(DwC)
Descrição(metadados)
Validação
Publicação de dados
Publicação de metadados
(Artigos de dados)
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
Imag
em:
Cés
ar G
arci
a
BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.2. Plataforma Specify
SUMÁRIO
SPECIFY 6 UMA PROGRESSÃO EVOLUTIVA
ADAPTADO DE ANDY BENTLEY, SPECIFY PROJECTUNIVERSITY OF KANSAS BIODIVERSITY INSTITUTE
LAWRENCE, KS
• PERMITE a digitalização eficiente e gestão de coleções biológicas e mobilização de informação de espécimes para a internet.
• CONSISTE no interface baseada em formulários profundamente adaptáveis, ferramentas de pesquisa poderosas e desenho de relatórios robusto para impressão de resultados.
• PRETENDE promover a catalogação em computador de coleções biológicas e a colaboração através do software e serviços.
• GRATUITO – Distribuído e licenciado sem custos para coleções não comerciais. Código aberto.
O que é o Specify?
http://www.specifysoftware.org
• Mais de 15 versões durante +30 years• Aumento de funcionalidades e características• Suportado pela NSF desde 1987 até 2017
• Java - Compatível Mac, PC e LINUX
• Pode usar várias bases de dados – MySQL
• Open-source – FOSS (GPL2)
• A partir de 2018, suportado por um consórcio de instituições. Staff de desenvolvimento, programação, suporte, conversão de dados
• Modelo de dados extensível, expansível e aumentado
Specify
Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018
Attachment Server
Web portal
● Mais de 500 colecções em 38 países
● mais de 20 M de espécimes catalogados
www.gbif.org/resources
Plataforma de gestão de coleções – componentes plugin Preparado para multi-coleção/disciplina Integrado com aplicações de terceiros - GEOLocate,
Google Earth Serviços Web e provedores online providers – ITIS,
Fishbase, Lifemapper Parcerias Estratégicas – Filtered push, OCR, MorphBank,
Barcoding of Life (BCoL), Symbiota, TCN’s Lançamentos frequentes adição de funcionalidades –
actualização automática
Specify 6
Specify 6
Há muitos outros sistemas disponíveis – KeEmu, Past Perfect, Index Kentukiensis, Collections Space, Mantis, Multi-Mimsy etc.
Todas têm limitações ou custos elevados para instituições de tamanho pequeno ou médio
Custo Flexibilidade e adaptação Suporte a todas as disciplinas * Open source – dirigido pela comunidade Riqueza de funcionalidades Suporte e longevidade
Permite a importação e mapeamento de folhas de excel para manipulção de dados
Entrada de dados em formulário ou grelha
Associação de imagem e fluxo de trabalho
Ferramentas adicionais para limpeza e manipulação de dados – georeferenciação e vizualização
Carregamento
Ferramenta isolada – sem necessidade de instalação – uso no campo
O Workbench
Obrigado pela atençãoNó Português do GBIFInstituto Superior de AgronomiaHerbárioTapada da Ajuda1349-017 Lisboa, Portugal
Tel: (+351) 213653165email: node@gbif.pthttp://www.gbif.pt
O Nó Português é acolhido no ISA com o apoio da FCT.
Esta apresentação é publicada segundo a licença CC-BY-SA
Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6
Recommended