Bacterial luciferase Vibrio harveyi

Bacterial luciferaseVibrio harveyi

Выполнила: Авсиевич Т. И. В рамках курса:Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях

1LUC

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1LUC

Данные о белковой структуре и последовательности с Protein data bank

Свойства:• Гетеродимер, 80 кДа• Субстраты: RCHО и FMNН2• Катализирует биолюминесцентную реакцию свечения бактерий

Работа со слоями

• Активный (т.е. доступным для манипуляций) или же неактивный.

• Видимый (т.е., отображенным в графическом окне) или невидимый.

• Подвижный или же неподвижный. Когда Вы вращаете или перемещаете изображение в графическом окне, ваши действия влияют лишь на подвижные слои.

Иконки для измерения расстояний и углов между атомами

• Иконка со знаком вопроса и надписью LEU 41 – позволяет "идентифицировать" атом (определить название цепи, название остатка, название атома, его номер) и поставить метку у данного остатка или атома.

• Иконка с глазом, кругом и надписью 1А – позволяет показать/скрыть атомы, которые находятся на определенном расстоянии от выбранного атома.

• Иконка с глазом и стрелками сходящимися в одну точку – центрирование молекулы по определенному атому.

• Иконка с точками красного и зеленого цвета и стрелкой – установка одной молекулы на другой (возможно только, если загружено более одной молекулы).

• Mutation – замена остатков на другие• Torsion – изменение торсионных углов при моделировании

Управление отельными аминокислотными остатками

• Control Panel • В столбцах – разные параметры визуализации• Галочками активизируются нужные параметрыЗаголовки столбцов:• Group - группами здесь называются цепи,а/к

остатки,атомы воды,металлов, и т.д.• Show – видим/невидим данный остаток• Side - показывать боковые цепи• Labl – показывать ярлык остатка• :: - показывать Ван-дер-Ваальсовы сферы • Col - окраска• BS – окраска чего (BS=backbone+side,

B=backbone, S=sidechain, R=ribbon, L=label, U=surface)

• Цис-пептидная связь между Ala74 и Ala75 на альфа-субъединице формирует предполагаемый активный центр

Функция Slab (Сечение)

Данный участок принадлежит β-листу (Ala74,75 принадлежит β тяжу)

Выделение цепи – щелчок мышкой по букве обозначающей цепь

Участок, образуемый этими аминокислотами равен 4 Å

Электростатический потенциал 1LUC белка (ε=4) в воде (ε=80)

Предполагаемый активный центр

Молекулярная поверхность

Поверхности и полости

Площадь (Å2) Объем (Å3).

Электростатический потенциал

http://www.chembase.com/mol_1369.htm

Люцифераза и 1,8-ANS

1,8-ANS (электростатический потенциал)

3fgc (http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3FGC)

Сайт связывания FMN (2009)

Предполагаемый сайт связывания (1996)

Анализ активного сайта люциферазы• " Compute H-bonds" вкладка "Tools”• В Control panel выбрать лиганд• "Display Menu " => "Show Only H-

bonds from selection" • "Show only groups with visible H-bond"

Водородные связи между аминокислотами активного центра и FMN

Активный центр является самой большой из полостей

Bacterial luciferasePhotobacterium leiognathi

• Загрузка файл в формате FASTA с Uniprot http://www.uniprot.org/uniprot/P09140

• Открываем его как текстовый файл

Загрузка моделируемой последовательности (мишень)

Поиск гомологичной последовательности (шаблона)

• Выделяем все молекулы мишени

• Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи)

Кликните на файл для загрузки

3fgc A – шаблон

Photobacterium leiognathi (LUXA) – моделируемая последовательность

Fit>Fit Raw Sequenceмодель субъедницы А (Photobacterium leiognathi)

Участки требующие дополнительной корректировки