AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau

AR-EMBnet

Martín Sarachu y Oscar Grau

Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata,

Argentina

ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICAEN EL IBBM 1991 Se establece una computadora MicroVax con los programas GCG accesibles vía telefónica con el protocolo X25. 1991 Curso "Computer networking, use of data bases for nucleic acids and proteins", FAO, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, agosto (20 horas). Profesor Mack Vandejaar (ICGEB). 1997 Se instala una Work Station Sun UltraSparcII, conectada a Internet. Para el uso del paquete GCG via Internet (línea de comando). 1997 “Curso Internacional de Postgrado de Bioinformática”Programa Regional de Biotecnología, PNUD UNESCO - RLA 92-017, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (julio, dos semanas “full time”). Profesores: Peter Rice (The Sanger Center, Inglaterra), João Meidanis (Universidad de Campinas Brasil), Robin Munro (Mathematical Biology, NIMR, Mill Hill, Inglaterra)

1997 Incorporación a EMBnet como nodo nacional Argentino.

2000 Curso “Bioinformática” (abril, 2 días intensivos)Profesor: Marc Colet, codirector del Nodo Belga de EMBnet.Se instala la interface web WWW2GCG.

2001 Instalación de EMBOSS en el nodo y desarrollo de una interface web (wEMBOSS).

2002 Instalación de un cluster PC/Linux/openMosix donde se colocan los servicios públicos del nodo.

2002 “Curso CABBIO de Bioinformática” (Diciembre, dos semanas “full time”)Profesores: Dr. José Valverde (Manager de EMBnet, España); Felipe Rodrigues da Silva (Embrapa, Brasil); Gonçalo Guimaraes Pereira (UNICAMP, Brasil); Dr. P. Daniel Ghiringhelli (Departamento de Ciencia y Tecnología, UNQ)Se utiliza EMBOSS con la nueva interface wEMBOSS desarrollada por BEN

AR-EMBnet

http://www.ar.embnet.org

Secuencias

•PIR mensual

•SP-TrEMBL semanal

•SwissProt semanal

•SwissProt Updates semanal

•EMBL trimestral

•EMBL Updates semanal

Relacionadas

•PDB trimestral *

•PROSITE semanal

•PRINTS mensual

•REBASE mensual

•TRANSFAC cuatrimestral

•PFAM quincenal *

•HSSP quincenal *

•PRODOM quincenal *

Bases de datos disponibles en AR-EMBnet

* solamente en SRS

Bases de datos accesibles en wEMBOSS

Bases de datos accesibles en SRS

http://www.emboss.org

EMBOSS

Historia

En 1988 nace EGCG. Hace uso de las librerías de GCG,cuyo código es abierto.

GCG es comprado en 1997 por Oxford Molecular y dejade ser distribuido con las fuentes de sus librerías.EGCG es discontinuado. Comienza a gestarse EMBOSS.

Marzo de 1999 - EMBOSS-0.0.4 alpha

Septiembre de 1999 - EMBOSS-0.0.4 beta

Julio de 2000 - EMBOSS-1.0.0 (primer release)

Enero de 2003 - EMBOSS-2.6.0

These programs are grouped by function

wEMBOSSMartín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina

• desarrollado entre Enero/Marzo de 2001

• escrito en Perl

• intérprete ACD e interface de usuario en el mismomódulo

wEMBOSS (histórico)Página inicial

wEMBOSS (histórico)Menú del programa

wEMBOSS (histórico)Resultados

wEMBOSSMartín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina

• no guarda resultados

• sin espacio privado para cada usuario

• sin ayuda online

EMBOSS-GUILuke McCarthy, Plant Biotechnology Institute, Canadá

• adoptado por EMBnet Canadá en Mayo de 2001

• escrito en Perl

• no guarda resultados

• sin espacio privado para cada usuario

• con ayuda online

• intérprete ACD e interface de usuario en distintosmódulos

• modo batch, aviso al usuario por mail

EMBOSS-GUIPágina inicial

EMBOSS-GUIMenú del programa

EMBOSS-GUIResultados

wEMBOSSMarc Colet, BEN, Bélgica

• basado en EMBOSS-GUI

• adoptado por BEN en diciembre de 2002.

• escrito en Perl y C

• guarda resultados

• con espacio privado para cada usuario

• permite crear proyectos y cargar secuencias

• utilizado en AR-EMBnet para uso de EMBOSS

wEMBOSSPágina inicial

wEMBOSSMenú del programa

wEMBOSSResultados

AJAX command definition (ACD files)

¿Qué son?

• describe las entradas, salidas y otros parámetros que elprograma necesita

• especifica datos obligatorios y datos con rango

• puede indicar dependencia entre parámetros

• todos los programas de EMBOSS tienen un archivo ACD

AJAX command definition (ACD files)

¿Qué ventajas tienen?

water

showdb

plotorf

etc.

archivoACD

(uno por programa)

menú de texto

command line

web

La forma en que el programa interactúa con elusuario (interfase) es independiente del programa

AJAX command definition (ACD files)

¿Qué ventajas tienen?

programasEMBOSS

archivoACD

(uno por programa)

interfase web(wEMBOSS)

BLAST

integración costosa, difícil mantenimientoMALA SOLUCIÓN

integrar a EMBOSS

EMBOSS

Direcciones importantes

ableasby@hgmp.mrc.ac.ukAlan Bleasby, Coordinador del proyecto EMBOSS

emboss@embnet.orgDiscusión en general sobre EMBOSS

emboss-bug@embnet.orgEMBOSS Support Team

emboss-dev@embnet.orgDesarrolladores de EMBOSS