Public  

Applying  innova,ve  commercial  technology  to  

deliver  on  the  promise  of  personalized  medicine    Enakshi  Singh,  M.Sc.  SAP  Product  Management    SAP  HANA  Pla6orm  for  Healthcare  

Public  

74% of the world’s transaction revenue touches an SAP system.

SAP customers represent 86% of Global Fortune 500 companies.

SAP powers analytics that track more than 6 billion U.S. stock trades per day to identify fraud and protect investors.

Our customers produce more than 82% of the world’s

medical devices.

Our customers distribute more than 76% of the world’s healthcare products.

Our customers produce more than 77% of the world’s

beer.

Public  

 

 

But  can  you  apply  the  latest  technology  developments  and  capabili>es  to  further  healthcare  research?  

Dr. Hasso Plattner, Founder and Chairman of SAP Supervisory Board

Public  

Our  Vision:  Enable  Personalized  Medicine    

All  Relevant  Medical    Informa>on  

Real-­‐>me  Data    Capture  &  Analysis  

Can  we  interpret  all  pa>ent  data  during  a  pa>ent’s  visit?  

SAP  HANA    Pla@orm  

For  Healthcare  

Lifestyle  Data  

Biological  Data  (-­‐Omics  Data  +  Annota>ons)  

Clinical  Data  (EMRs)  

Public  

Vision:  SAP  HANA  Healthcare  Pla6orm  

Lifestyle  Data  (Care  Circles)  

Real-­‐Time  Data  Capture  and  Analysis  

SAP  HANA  Healthcare  Pla6orm  

All  Relevant  Medical  Informa>on  

Biological  Data  (e.g.  genomics)  

Clinical  Data  (e.g.  EMRs)   Lifestyle  Data  

Pa>ents   Doctors   Insurers   Researchers  

Informa>on  and  Feedback  within  the  Window  of  Opportunity  

...

Public  

In-­‐Memory  Technology  Building  Blocks  

Any  aVribute  as  index  

Insert  only  for  >me  travel  

Combined  column  and  row  store    

+  

No  aggregate  tables  

Minimal  projec>ons  

Par>>oning  

Analy>cs  on  historical  data  

t  

Single  and  mul>-­‐tenancy  

SQL  interface  on  columns  &  rows  

SQL  

Reduc>on  of  layers  

xx

Lightweight  Compression  

Mul>-­‐core/  paralleliza>on  

On-­‐the-­‐fly  extensibility  

+  +  +  

Ac>ve/passive  data  store  PA

+  +   +  +  

T   Text  Retrieval  and  Extrac>on  

Object  to    rela>onal  mapping    

Dynamic  mul>-­‐threading  within  nodes  

Map  reduce  No  disk  Group  Key  

Bulk  load  

Discovery Service

Read Event Repositories

Verification Services

SAP HANA

● ●

P A

up to 8.000 read event notifications

per second

up to 2.000 requests

per second

Discovery Service

Read Event Repositories

Verification Services

SAP HANA

● ●

P A

up to 8.000 read event notifications

per second

up to 2.000 requests

per second

Public  

SAP  HANA  Database  Technology  

Bulk  load    Fast  inser,on  of    large  genomic  datasets  or  

other  relevant  datasets  

 

Discovery Service

Read Event Repositories

Verification Services

SAP HANA

● ●

P A

up to 8.000 read event notifications

per second

up to 2.000 requests

per second

Discovery Service

Read Event Repositories

Verification Services

SAP HANA

● ●

P A

up to 8.000 read event notifications

per second

up to 2.000 requests

per second

T  

Text  Retrieval  and  Extrac>on  

Search  doctor’s  notes,  diagnoses,  etc.

(unstructured  data)    

SQL  interface  on  columns  &  rows  Easily  connect  with  other  tools  (e.g.  Rstudio)  

SQL  

Lightweight  Compression  

Fit  big  data  in  main  memory  while  

allowing  fast  retrieval    

Mul>-­‐core/  paralleliza>on  

Speedup  of  relevant  queries  across  many  

nodes  

On-­‐the-­‐fly  extensibility  

Adap,ng  to  new  format  requirements  without  going  offline  (e.g.  changing  VCF  

files)  

+  +  +  

Public  

Genomics  &  Big  Data  

Public  

SAP  and  Stanford  Human  Popula>on  Genomics  and  Global  Health  

Annota,on  and  Analysis  

Raw  DNA  Reads  

Mapped  Genome  

Discovered    Variants  

Follow-­‐up  and  

Valida>on  

Pa>ent  Samples  

Sequencing   Alignment   Variant  Calling  

SAP  HANA  to  contribute  to  all  parts  of  computa>onal  pipeline    

 

Dr. Carlos D. Bustamante

  Analyze  genome  wide  paVerns  of  varia>on  within  and  between  species  to  address  fundamental  ques>ons  in  biology,  anthropology,  and  medicine:  implica,ons  for  global  health  and  disease  

"We  have  been  thrilled  to  work  with  SAP  and  HPI  on  a  collabora,on  to  accelerate  DNA  sequence  analysis.  In  our  pilot  projects,  we  are  seeing  drama,c  speedups  in  compu,ng  on  human  genome  varia,on  data  from  many  samples.  We  are  dreaming  of  what  will  soon  be  possible  as  we  integrate  phenotype,  genomics,  proteomics,  and  expose  data  to  empower  

complex  trait  mapping  using  millions  of  health  records.”    -­‐  Professor  Carlos  D.  Bustamante  at  the  Stanford  University  School  of  Medicine    

 

“   ”  

Public  

SAP  HANA  for  Healthcare:    Genome  Analysis  Applica>on  

Sequencing  Service/Lab  e.g.  Biologist  

Computa>onal  Pipeline  e.g.  Bioinforma>cian  

Computa>onal  Analysis  e.g.  Clinicians  AND  Researchers  

•   All  steps  a`er  sequencing  will  be  supported  within  the  genome  analysis  applica>on  (from  raw  DNA  reads  to  annota>on  &  analysis)  

-     Real-­‐>me  analyses  of  large-­‐scale  genome  variant  datasets  

-   Implement  read  alignment,  variant  calling  &  all  other  relevant  “-­‐omic”  algorithms  in  HANA  database    

-   Create  data  models  to  have  readily  available  latest  annota>ons  (literature/metadata)  from  open-­‐source  (and  poten>ally  commercial)  biological  databases    

Annota,on  and  Analysis  

Raw  DNA  Reads  

Mapped  Genome  

Discovered    Variants  

Follow-­‐up  and  

Valida>on  

Pa>ent  Samples  

Sequencing   Alignment   Variant  Calling  

Public  

A  search  for  lung  carcinoma  pa>ents  (only  NSCLC)  with  an  overexpressed  Epidermal  Growth  Factor  Receptor  (EGFR)  known  to  be  a  target  for  Tyrosine  Kinase  Inhibitors  (TKIs)  which  inhibit  the  EGFR  pathway.  In  this  example,  the  informa>on  on    EGFR  is  gathered  by  a  seman>c  text  analysis  of  the  pa>ents’  doctor  leVers.  

•   The National Center for Tumor Diseases (NCT) Heidelberg provides patient care, cancer research and cancer prevention united under one roof.

•   Integrated content from various sources of structured (tumor documentation, medical records, clinical trials) and unstructured (doctor letters, treatment guidelines, trial reports, publications) nature.

•   Medical records from 150,000 patients and 3,600,000 interactions, and a selection of doctor letters from 120 doctors

 SAP  and  NCT  

Medical  Explorer  For  ALL  Pa>ent  Data    

Public  

Co-­‐Innova>on:    SAP  &  PHEMI  Health  Systems  

The  speed  of  SAP  HANA  and  the  Privacy  by  Design  infrastructure  of  PHEMI  Health  Systems  will  allow  healthcare  professionals  to  analyze  vast  amounts  of  data  thereby  enabling:  •   Lower  costs  by  quickly  discovering  what  works  and  what  doesn’t.  •   Improve  pa,ent  care  by  analyzing  a  pa>ent’s  DNA  sequence  and  

using  that  informa>on  to  decide  on  the  op>mal  drug,  thereby  personalizing  the  pa>ent’s  treatment.  

•   Reduce  wait  ,mes  by  improving  hospital  clinic  efficiency  and  forecas>ng  popula>on  health  to  determine  where  and  when  to  increase  health  care  capacity  

•   Provide  privacy  of  sensi>ve  pa>ent  informa>on,  an  impera>ve  in  healthcare.    

Public  

New  Ways  of  Real-­‐Time  Collabora>ve  Personalized  Medicine  

Thank  you  

Contact  informa>on:  hana-­‐healthcare-­‐pla6orm@sap.com  Enakshi  Singh  Enakshi.Singh@sap.com      

Public  

©  2012  SAP  AG.  All  rights  reserved.  

No  part  of  this  publica>on  may  be  reproduced  or  transmiVed  in  any  form  or  for  any  purpose  without  the  express  permission  of  SAP  AG.  The  informa>on  contained  herein  may  be  changed  without  prior  no>ce.  

Some  so`ware  products  marketed  by  SAP  AG  and  its  distributors  contain  proprietary  so`ware  components  of  other  so`ware  vendors.  

Microso`,  Windows,  Excel,  Outlook,  PowerPoint,  Silverlight,  and  Visual  Studio  are  registered  trademarks  of  Microso`  Corpora>on.    

IBM,  DB2,  DB2  Universal  Database,  System  i,  System  i5,  System  p,  System  p5,  System  x,  System  z,  System  z10,  z10,  z/VM,  z/OS,  OS/390,  zEnterprise,  PowerVM,  Power  Architecture,  Power  Systems,  POWER7,  POWER6+,  POWER6,  POWER,  PowerHA,  pureScale,  PowerPC,  BladeCenter,  System  Storage,  Storwize,  XIV,  GPFS,  HACMP,  RETAIN,  DB2  Connect,  RACF,  Redbooks,  OS/2,  AIX,  Intelligent  Miner,  WebSphere,  Tivoli,  Informix,  and  Smarter  Planet  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  IBM  Corpora>on.  

Linux  is  the  registered  trademark  of  Linus  Torvalds  in  the  United  States  and  other  countries.  

Adobe,  the  Adobe  logo,  Acrobat,  PostScript,  and  Reader  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Adobe  Systems  Incorporated  in  the  United  States  and  other  countries.  

Oracle  and  Java  are  registered  trademarks  of  Oracle  and  its  affiliates.  

UNIX,  X/Open,  OSF/1,  and  Mo>f  are  registered  trademarks  of  the  Open  Group.  

Citrix,  ICA,  Program  Neighborhood,  MetaFrame,  WinFrame,  VideoFrame,  and  Mul>Win    are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Citrix  Systems  Inc.  

HTML,  XML,  XHTML,  and  W3C  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  W3C®,    World  Wide  Web  Consor>um,  MassachuseVs  Ins>tute  of  Technology.    

Apple,  App  Store,  iBooks,  iPad,  iPhone,  iPhoto,  iPod,  iTunes,  Mul>-­‐Touch,  Objec>ve-­‐C,  Re>na,  Safari,  Siri,  and  Xcode  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Apple  Inc.  

IOS  is  a  registered  trademark  of  Cisco  Systems  Inc.  

RIM,  BlackBerry,  BBM,  BlackBerry  Curve,  BlackBerry  Bold,  BlackBerry  Pearl,  BlackBerry  Torch,  BlackBerry  Storm,  BlackBerry  Storm2,  BlackBerry  PlayBook,  and  BlackBerry  App  World  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Research  in  Mo>on  Limited.  

Google  App  Engine,  Google  Apps,  Google  Checkout,  Google  Data  API,  Google  Maps,  Google  Mobile  Ads,  Google  Mobile  Updater,  Google  Mobile,  Google  Store,  Google  Sync,  Google  Updater,  Google  Voice,  Google  Mail,  Gmail,  YouTube,  Dalvik  and  Android  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Google  Inc.  

INTERMEC  is  a  registered  trademark  of  Intermec  Technologies  Corpora>on.  

Wi-­‐Fi  is  a  registered  trademark  of  Wi-­‐Fi  Alliance.  

Bluetooth  is  a  registered  trademark  of  Bluetooth  SIG  Inc.  

Motorola  is  a  registered  trademark  of  Motorola  Trademark  Holdings  LLC.    

Computop  is  a  registered  trademark  of  Computop  Wirtscha`sinforma>k  GmbH.  

SAP,  R/3,  SAP  NetWeaver,  Duet,  PartnerEdge,  ByDesign,  SAP  BusinessObjects  Explorer,  StreamWork,  SAP  HANA,  and  other  SAP  products  and  services  men>oned  herein  as  well  as  their  respec>ve  logos  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  SAP  AG  in  Germany  and  other  countries.  

Business  Objects  and  the  Business  Objects  logo,  BusinessObjects,  Crystal  Reports,  Crystal  Decisions,  Web  Intelligence,  Xcelsius,  and  other  Business  Objects  products  and  services  men>oned  herein  as  well  as  their  respec>ve  logos  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Business  Objects  So`ware  Ltd.  Business  Objects  is  an  SAP  company.  

Sybase  and  Adap>ve  Server,  iAnywhere,  Sybase  365,  SQL  Anywhere,  and  other  Sybase  products  and  services  men>oned  herein  as  well  as  their  respec>ve  logos  are  trademarks  or  registered  trademarks  of  Sybase  Inc.  Sybase  is  an  SAP  company.  

Crossgate,  m@gic  EDDY,  B2B  360°,  and  B2B  360°  Services  are  registered  trademarks  of  Crossgate  AG  in  Germany  and  other  countries.  Crossgate  is  an  SAP  company.  

All  other  product  and  service  names  men>oned  are  the  trademarks  of  their  respec>ve  companies.  Data  contained  in  this  document  serves  informa>onal  purposes  only.  Na>onal  product  specifica>ons  may  vary.  

The  informa>on  in  this  document  is  proprietary  to  SAP.  No  part  of  this  document  may  be  reproduced,  copied,  or  transmiVed  in  any  form  or  for  any  purpose  without  the  express  prior  wriVen  permission  of  SAP  AG.  

Public  

©  2012  SAP  AG.  Alle  Rechte  vorbehalten.  

Weitergabe  und  Vervielfäl>gung  dieser  Publika>on  oder  von  Teilen  daraus  sind,  zu  welchem  Zweck  und  in  welcher  Form  auch  immer,  ohne  die  ausdrückliche  schri`liche  Genehmigung  durch  SAP  AG  nicht  gestaVet.  In  dieser  Publika>on  enthaltene  Informa>onen  können  ohne  vorherige  Ankündigung  geändert  werden.  

Die  von  SAP  AG  oder  deren  Vertriebsfirmen  angebotenen  So`wareprodukte  können  So`warekomponenten  auch  anderer  So`warehersteller  enthalten.  

Microso`,  Windows,  Excel,  Outlook,  PowerPoint,  Silverlight  und  Visual  Studio  sind  eingetragene  Marken  der  Microso`  Corpora>on.    

IBM,  DB2,  DB2  Universal  Database,  System  i,  System  i5,  System  p,  System  p5,  System  x,  System  z,  System  z10,  z10,  z/VM,  z/OS,  OS/390,  zEnterprise,  PowerVM,  Power  Architecture,  Power  Systems,  POWER7,  POWER6+,  POWER6,  POWER,  PowerHA,  pureScale,  PowerPC,  BladeCenter,  System  Storage,  Storwize,  XIV,  GPFS,  HACMP,  RETAIN,  DB2  Connect,  RACF,  Redbooks,  OS/2,  AIX,  Intelligent  Miner,  WebSphere,  Tivoli,  Informix  und  Smarter  Planet  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  der  IBM  Corpora>on.  

Linux  ist  eine  eingetragene  Marke  von  Linus  Torvalds  in  den  USA  und  anderen  Ländern.  

Adobe,  das  Adobe-­‐Logo,  Acrobat,  PostScript  und  Reader  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  von  Adobe  Systems  Incorporated  in  den  USA  und/oder  anderen  Ländern.  

Oracle  und  Java  sind  eingetragene  Marken  von  Oracle  und/oder  ihrer  Tochtergesellscha`en.    

UNIX,  X/Open,  OSF/1  und  Mo>f  sind  eingetragene  Marken  der  Open  Group.  

Citrix,  ICA,  Program  Neighborhood,  MetaFrame,  WinFrame,  VideoFrame  und  Mul>Win    sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  von  Citrix  Systems,  Inc.  

HTML,  XML,  XHTML  und  W3C  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  des  W3C®,    World  Wide  Web  Consor>um,  MassachuseVs  Ins>tute  of  Technology.    

Apple,  App  Store,  iBooks,  iPad,  iPhone,  iPhoto,  iPod,  iTunes,  Mul>-­‐Touch,  Objec>ve-­‐C,  Re>na,  Safari,  Siri  und  Xcode  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  der  Apple  Inc.  

IOS  ist  eine  eingetragene  Marke  von  Cisco  Systems  Inc.  

RIM,  BlackBerry,  BBM,  BlackBerry  Curve,  BlackBerry  Bold,  BlackBerry  Pearl,  BlackBerry  Torch,  BlackBerry  Storm,  BlackBerry  Storm2,  BlackBerry  PlayBook  und  BlackBerry  App  World  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  von  Research  in  Mo>on  Limited.  

Google  App  Engine,  Google  Apps,  Google  Checkout,  Google  Data  API,  Google  Maps,  Google  Mobile  Ads,  Google  Mobile  Updater,  Google  Mobile,  Google  Store,  Google  Sync,  Google  Updater,  Google  Voice,  Google  Mail,  Gmail,  YouTube,  Dalvik  und  Android  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  von  Google  Inc.  

INTERMEC  ist  eine  eingetragene  Marke  der  Intermec  Technologies  Corpora>on.  

Wi-­‐Fi  ist  eine  eingetragene  Marke  der  Wi-­‐Fi  Alliance.  

Bluetooth  ist  eine  eingetragene  Marke  von  Bluetooth  SIG  Inc.  

Motorola  ist  eine  eingetragene  Marke  von  Motorola  Trademark  Holdings,  LLC.    

Computop  ist  eine  eingetragene  Marke  der  Computop  Wirtscha`sinforma>k  GmbH.  

SAP,  R/3,  SAP  NetWeaver,  Duet,  PartnerEdge,  ByDesign,  SAP  BusinessObjects  Explorer,  StreamWork,  SAP  HANA  und  weitere  im  Text  erwähnte  SAP-­‐Produkte  und  -­‐Dienst-­‐leistungen  sowie  die  entsprechenden  Logos  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  der  SAP  AG  in  Deutschland  und  anderen  Ländern.  

Business  Objects  und  das  Business-­‐Objects-­‐Logo,  BusinessObjects,  Crystal  Reports,  Crystal  Decisions,  Web  Intelligence,  Xcelsius  und  andere  im  Text  erwähnte  Business-­‐Objects-­‐Produkte  und  -­‐Dienstleistungen  sowie  die  entsprechenden  Logos  sind  Marken    oder  eingetragene  Marken  der  Business  Objects  So`ware  Ltd.  Business  Objects  ist  ein  Unternehmen  der  SAP  AG.  

Sybase  und  Adap>ve  Server,  iAnywhere,  Sybase  365,  SQL  Anywhere  und  weitere  im  Text  erwähnte  Sybase-­‐Produkte  und  -­‐Dienstleistungen  sowie  die  entsprechenden  Logos  sind  Marken  oder  eingetragene  Marken  der  Sybase  Inc.  Sybase  ist  ein  Unternehmen  der  SAP  AG.  

Crossgate,  m@gic  EDDY,  B2B  360°,  B2B  360°  Services  sind  eingetragene  Marken    der  Crossgate  AG  in  Deutschland  und  anderen  Ländern.  Crossgate  ist  ein  Unternehmen  der  SAP  AG.  

Alle  anderen  Namen  von  Produkten  und  Dienstleistungen  sind  Marken  der  jeweiligen  Firmen.  Die  Angaben  im  Text  sind  unverbindlich  und  dienen  lediglich  zu  Informa>ons-­‐zwecken.  Produkte  können  länderspezifische  Unterschiede  aufweisen.  

Die  in  dieser  Publika>on  enthaltene  Informa>on  ist  Eigentum  der  SAP.  Weitergabe  und  Vervielfäl>gung  dieser  Publika>on  oder  von  Teilen  daraus  sind,  zu  welchem  Zweck  und    in  welcher  Form  auch  immer,  nur  mit  ausdrücklicher  schri`licher  Genehmigung  durch    SAP  AG  gestaVet.