Upload
didalestari
View
1.248
Download
7
Embed Size (px)
Citation preview
Oleh :Dian Ida LestariF. Yudha Christianti
KESEIMBANGAN GENOMIK
Rumusan Masalah
Keseimbangan Genomik dan Differensial Ekspresi Gen Tingkat Embrio
Keseimbangan Genomik dan Diferensial Ekspresi Gen Tingkat Molekuler
Keseimbangan Genomik
Pengertian :adalah suatu keadaan di mana semua sel somatik dalam tubuh berisi gen yang sama dan karenanya menciptakan makhluk seutuhnya.
Differensial Ekspresi Gen
Setiap sel tersusun dari set gen yang sama, namun tidak semua gen di dalam sel berekspresi, sesuai dengan kondisi lingkungan internal dan eksternal sel.
Hanya 3-5% saja yang di ekspresikanMisal: 1. Di dalam pankreas, gen mengekspresikan
hormon insulin 2. Pada sel darah merah, gen mengekspresikan hemoglobin
Keseimbangan Genomik dan Diferensial Ekspresi Gen Tingkat Embrional
Transdeterminasi
Metaplasia
Kloning
Transdeterminasi
Merupakan proses perubahan perkembangan sel-sel imaginal menjadi struktur organ yang lainnya dari determinasi normalnya. Contoh :
Imaginal discs pada Drosophila melanogaster normalnya terdeterminasi berkembang menjadi antena, akan tetapi kemudian dapat menghasilkan struktur acak pada kaki lalat/
Gambar Perkembangan Normal Imaginal Discs pada Drosophila melanogaster
Gambar imaginal discs yang mengalami transdeterminasi
METAPLASIA
Merupakan penggantian reversible sel-sel yang terdiferensiasi dengan sel-sel terdiferensiasi dewasa lainnya.
Perubahan dari satu jenis sel yang lain umumnya mungkin menjadi bagian dari proses pematangan normal atau disebabkan oleh beberapa jenis stimulus yang abnormal.
Contoh Pembentukan lensa baru pada Salamander dibentuk dari sel-
sel iris dorsal.
Metaplasia pada Salamander
A micrograph of Barrett's esophagus.
Sebuah kondisi di mana lapisan esofagus diubah oleh kontak yang terlalu lama asam lambung.
Kloning
Dari Bahasa Yunani - klon, ranting Kumpulan turunan suatu individu yang
dihasilkan tanpa melalui perkawinan; kumpulan replika sebagian atau seluruh makromolekul (contoh, DNA atau antibodi)
Suatu individu yang tumbuh dari satu sel somatik induknya serta memiliki identitas genetik yang sama dengan induknya
Klon: Koleksi molekul atau sel yang semua identitasnya sama dengan molekul atau sel penurunnya
Contoh Kloning
• Kloning pada Amfibi
• Kloning pada domba Dolly
• Kloning pada Tikus
• Kloning pada tumbuhan
Kloning pada Amfibi
Kloning pada Domba Dolly
Kloning pada Tikus
Kloning Tumbuhan
Genomic Equivalence and Differensial gene Expresion;Molecular Investigation
1. Gene cloning2. Transferring gene3. DNA and RNA blotting4. DNA Library 5. The polymerase chain reaction
1. Gene Cloning
Metode untuk memurnikan atau mengidentifikasi dan
memperbanyak suatu potongan DNA tertentu (klon)
yang dikehendaki dari campuran potongan-potongan
DNA yang kompleks.
Gene Cloning
Ketika keseluruhan DNA dari suatu organisme diekstraksi, akan diperoleh seluruh gen yang dimiliki organisme tersebut
Pada kloning gen, hanya gen (DNA) tertentu yang diisolasi, dimurnikan, dan diperbanyak (diklon)
Tujuan mengklon Gen
Menentukan urutan basa nukleotida penyusun gen tersebut
Menganalisis atau mengidentifikasi urutan basa nukleotida pengendali gen tersebut
Mempelajari fungsi RNA / protein/enzim yang disandi gen tersebut
Mengidentifikasi mutasi yang terjadi pada kecacatan gen yang mengakibatkan penyakit bawaan
Merekayasa organisme untuk tujuan tertentu, misalnya memproduksi insulin, ketahanan terhadap hama, dll.
Sumber DNA untuk diklon
DNA kromosom cDNA (complementary DNA) yang disintesis
menggunakan mRNA sebagai cetakan (template)
DNA yang dihasilkan dari perbanyakan menggunakan PCR
Bahan / Alat untuk Mengklon
Enzim endonuklease restriksi Enzim ligase Vektors (biasanya plasmid atau bakteriofage) Inang (Host) Metoda untuk memasukkan DNA ke dalam sel inang
Cara Mengklon DNA (1) Isolasi vektor kloning (plasmid
bacterial) & DNA sumber gen Pemotongan DNA sumber gen
& vektor kloning menggunakan enzim restriksi yang sama
Penyisipan potongan DNA sumber gen ke dalam vektor kloning yang telah dipotong menggunakan enzim restriksi yang sama; potongan disambung dengan bantuan enzim DNA ligase
Cara Mengklon DNA (2)
Vektor kloning yang telah tersisipi potongan DNA dimasukkan ke dalam sel inang (transformasi sel inang)
Menempatkan sel ke dalam medium dg ampisilin dan X-gal
Identifikasi sel pengklon pembawa gen yang dikehendaki
DNA Library Genom DNA dipotong-potong dengan
menggunakan endonuklease Semua fragmen yg dihasilkan diklon secara
random ke dalam vektor plasmid Sebagian besar informasi genetik akan berada
dalam campuran kultur bakteri. Kultur bakteri, yang masing-masing hanya berisi
satu fraksi dari genom yang membawa semua gene tersebut dikenal dengan istilah library
Pembuatan DNA Library
DNA BlottingSOUTHERN BLOTTING
Teknik ini dikembangkan oleh SOUTHERN (1975)Contoh penggunaan metode ini adalah :Untuk menentukan apakah gen tertentu yang diisolasidari suatu organisme (misal: gen Penisilin asilase dari B.subtilis) terdapat dalam bentuk yang sama dengan yang
terdapat dalam organisme lain, misal B. Megaterium
Teknik lain, seperti :- NORTHERN BLOTTING → RNA- WESTERN BLOTTING → Protein
Tahap-tahapan dalam SOUTHERN BLOTTING
n Isolasi DNA kromosom (mis, B. megaterium) DNA dipotong → fragmen-fragmen
n Fragmen dipisahkan dengan elektroforesis (gel agarosa)n Fragmen DNA → denaturasi (alkali) → DNA s.s.n Gel agarosa dijiplak pada kertas nitroselulosan Fragmen pada kertas difiksasi (pemanasan 80oC)n Kertas direndam dlm larutan yg berisi probe DNA ss*(diberi
radioisotop)n Jika komplemen → DNA probe akan berhibridisasi dg
DNA s.s pd kertas nitroselulosa
SOUTHERN BLOTTING Con’t
8. Kertas diletakkan pd plat autoradiografi → untuk melihatposisi probe yang komplemen
9. Dengan membandingkan hasil audiografi terhadap gelagarosa asli → maka fragmen mana yg merupakan genpembawa kode untuk enzim penicillin asilase dapatdiketahui dg tepat.
10. Selanjutnya fragmen dari gel tsb dapat diisolasi.
*) misal digunakan DNA probe yang berasal dari gen murni pengkode enzim Penicillin asilase (B. subtillis)
PCR (Polymerase Chain Reaction) Adalah suatu teknik / metode dimana setiap
fragmen DNA dapat diamplifikasi atau diperbanyak berkali-kali,dengan cepat tanpa menggunakan sel.
PCR dapat melipat gandakan DNA milyaran kali dalam beberapa jam. Peristiwa ini harus ada primer karena DNA polimerase akan menambahkan nukleotida hanya pada rantai nukleotida yang sudah ada sebelumnya dengan bantuan primer.
Manfaat PCR Memperkuat gen spesifik sebelum diklon. Membuat fragmen Gen DNA secara berlimpah Kerjanya sangat spesifik dan ampuh. Dapat mendeteksi DNA gen virus yang sulit
untuk dideteksi Dapat mendeteksi/ mendiagnosis DNA sel
embrionik yang mengalami kelainan sebelum dilahirkan.
untuk melacak asal usul seseorang dengan membandingkan “finger print”
PCR (Polimerase Chain Reaction)Syarat dalam tabung reaksi terdapat :1. Template (DNA yang telah diketahui
urutannya)2. Primer (oligonukleotida, 15-20 pb)
Merupakan molekul DNA untai tunggal sintetik yang pendek yang komplemen thd ujung2 DNA target
3. Enzim polimerase → termostabil4. Prekursor nukleotida
Proses PCR1. Denaturasi DNA ds menjadi DNA ss (94oC,
60”)2. Annealing (55 oC)3. Sintesis (72 oC)Satu siklus : Dimulai dari denaturasi, annealing sp
sintesis→ 5 menit Proses polimerisasi satu molekul DNA ds menghasilkan 2 copy
Perbanyakan DNA dengan PCR (Polymerase Chain Reaction)
Transfering Gene
1. Konjugasi 2. Trasformasi3. Transduksi
Konjugasi
Perpindahan molekul genetik dari satu sel bakteri ke sel bakteri lainnya secara kontak antar sel.
Sel donor akan memberikan informasi genetik kepada resipien.
Plasmid akan mengontrol formasi filamen permukaan sel yang dibutuhkan untuk mengadakan kontak pada waktu terjadinya perkawinan.
Konjugasi Con’t
Plasmid memiliki sistim khusus untuk replikasi dan transfer DNA plasmid dan sistem pengontrolan
Plasmid memiliki faktor F yang merupakan faktor konjugatif ,
Transformasi
Proses perpindahan genetik dimana sel resipien membutuhkan molekul DNA bebas (DNA yang berada diluar sel atau yang telah dimurnikan)
Dalam laboratorium transformasi dapat dilakukan dengan mengisolasi DNA donor kemudian menambahkannya pada suspensi sel resipien.
Transformasi dapat terjadi secara alami.
Transformasi Con’t
Pada prinsipnya transformasi akan terjadi bila sel resipien mampu menerima DNA yang telah diisolasi dari sel donor.
Transformasi dapat terjadi pada bakteri Gram positif ataupun Gram negatif
Transformasi dapat dipindahkan dari sel bakteri kepada sel tanaman.
Transduksi
Adalah transfer genetik dari sel ke sel oleh virus dari sel inang .
Transduksi terbagi 2 Tranduksi Khusus : hanya terjadi pada beberapa
virus tertentu, gen inang langsung diintegrasi kedalam genom virus,lalu ditransfer ke resipien selama proses lisogenisasi (pembentukan lisogen )
Lisogen adalah bakteri yang mengandung faga lengkap
Transduksi Con’t
Transduksi umum : gen gen inang yang berasal dari suatu genom akan menjadi bagian dari partikel DNA virus yang sudah matang dari suatu tempat atau penambahan pada genom virus.
Virus yang telah mengalami transduksi tidak mampu melisiskan inang. Hal ini disebabkan sel bakteri telah menggantikan tempat penting pada gen virus.