Upload
abner-d-nero
View
2.219
Download
5
Embed Size (px)
DESCRIPTION
4 pharmacy n from pharmacy4 pharmacy n from pharmacy
Citation preview
Nukleotida dan asam Nukleotida dan asam nukleatnukleat
Slamet PriyantoSlamet Priyanto
Nukleotida
Merupakan prekursor / dasar untuk asam nukleat, Merupakan prekursor / dasar untuk asam nukleat, RNA dan DNARNA dan DNA
Struktur terdiri dari Struktur terdiri dari – BasaBasa– GulaGula– phosphatphosphat
Nukleotida berbeda dengan nukleosida Nukleotida berbeda dengan nukleosida karena nukleosida tdk mempunyai gugus karena nukleosida tdk mempunyai gugus fosfatfosfat
Sehingga kita sering menuliskan nukleotida Sehingga kita sering menuliskan nukleotida sebagai sebagai – Nukleosida monofosfatNukleosida monofosfat– Nukleosida difosfatNukleosida difosfat– Nukleosida trifosfatNukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah fosfat yg dimilikiTergantung pada jumlah fosfat yg dimiliki
Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan “d” “d” menunjukkan adanya gugus hidroksil menunjukkan adanya gugus hidroksil pd atom C nomer 2pd atom C nomer 2
Terdiri dari 2 golongan :Terdiri dari 2 golongan :– RibonukleotidaRibonukleotida– DeoksiribonukleotidaDeoksiribonukleotida
Jenis nukleotida : Jenis nukleotida : – Nama tergantung pada basanyaNama tergantung pada basanya– Jumlah fosfat yang dimilikiJumlah fosfat yang dimiliki
Adenin AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATPAdenin AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATP
Guanin GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTPGuanin GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTP
Sitosin CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP Sitosin CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP
Timin TMP, TDP, TTP, -Timin TMP, TDP, TTP, -
Urasil UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTPUrasil UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTP
Nukleotida mengikat basa nitrogennya Nukleotida mengikat basa nitrogennya pada atom C no. 1, dgn ikatan glikosidapada atom C no. 1, dgn ikatan glikosida
Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil atom C no. 5atom C no. 5
Kedua kondisi diatas, menyebabkan Kedua kondisi diatas, menyebabkan nukleotida mempunyai sifat sifat:nukleotida mempunyai sifat sifat:– Gugus phosphat Gugus phosphat bertindak sbg asam bertindak sbg asam
kuat (pKa= 1)kuat (pKa= 1)– Gugus amina dr basa purin dan Gugus amina dr basa purin dan
pirimidine, dpt di protonasipirimidine, dpt di protonasi– Nukleotida mampu menyerap sinar uv Nukleotida mampu menyerap sinar uv
dapat diukur konsentrasinya dapat diukur konsentrasinya
Asam nukleatAsam nukleat
Merupakan bagian organisme hidup yg Merupakan bagian organisme hidup yg sangat pentingsangat penting
Membawa informasi genetika yang akan Membawa informasi genetika yang akan diturunkan / ditransfer dr generasi ke diturunkan / ditransfer dr generasi ke generasi. Semua informasi yg ada dlm sel generasi. Semua informasi yg ada dlm sel DNA DNA
Ada 2 macam:Ada 2 macam:– Asam deoksiribonukleat : AND / DNAAsam deoksiribonukleat : AND / DNA– Asam ribonukleat : ARN / RNAAsam ribonukleat : ARN / RNA
Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg dihubungkan dgn ikatan fosfodiesterdihubungkan dgn ikatan fosfodiester
DNA (DNA (DDeoxyriboeoxyriboNNucleic ucleic AAcid cid ))
Dikenal sebagai materi genetikDikenal sebagai materi genetik Merupakan komponen kromosomMerupakan komponen kromosom Merupakan polimer Merupakan polimer
deoksiribonukleotida yg dihubungkan deoksiribonukleotida yg dihubungkan dengan ikatan fosfodiesterdengan ikatan fosfodiester
Backbone (rangka) terdiri dr: gugus Backbone (rangka) terdiri dr: gugus fosfat dan gula yg saling berselingfosfat dan gula yg saling berseling
Memiliki orientasi 5’ Memiliki orientasi 5’ 3’ jk gugus 3’ jk gugus fosfat dr C5 berikatan dgn OH C3fosfat dr C5 berikatan dgn OH C3
Didalam sel Didalam sel dalam dalam jalin ganda (double jalin ganda (double helix)helix)
Dimana gugus fosfat Dimana gugus fosfat berada di luar dan berada di luar dan basa nitrogennya di basa nitrogennya di dalamdalam
Jalin ganda yg Jalin ganda yg terbentuk bersifat anti terbentuk bersifat anti parallel parallel ? ?
Susunan basa nitrogen Susunan basa nitrogen pada jalin ganda DNA pada jalin ganda DNA tidak randomtidak random
Guanin (G) – Sitosin (C)Guanin (G) – Sitosin (C)Adenin (A) - Timin (T)Adenin (A) - Timin (T)
Antara basa nitrogen satu Antara basa nitrogen satu dengan yang lain dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan dihubungkan dengan ikatan hidrogen hidrogen
Watson and Crick : Watson and Crick : replikasi replikasi sangat mungkin sangat mungkin untuk suatu DNA untuk suatu DNA diperbanyak dg informasi yg diperbanyak dg informasi yg samasama
DNA di dalam sel DNA di dalam sel ditemukan ditemukan 3 3 bntk utamabntk utama– Bentuk BBentuk B– Bentuk ABentuk A– Bentuk ZBentuk Z
Perbedaanya ?Perbedaanya ?
seperti seperti halnyahalnya protein, asam nukleat juga protein, asam nukleat juga mempunyai struktur primer, sekunder dan mempunyai struktur primer, sekunder dan tersiertersier– asam nukleat mempunyai arah senseasam nukleat mempunyai arah sense- Mempunyai individualitas Mempunyai individualitas ditentukan dari ditentukan dari
urutan basa nitrogennya urutan basa nitrogennya disebut sebagai disebut sebagai struktur primerstruktur primer
- Informasi genetikInformasi genetik ada pada struktur primer ada pada struktur primer
PP
A
3’
5’
C
P
P
3’
5’
G
P
3’
5’
T
P
3’
5’
C
5’
OH
3’ACGTC
Struktur sekunder Struktur sekunder
Double helixDouble helix– Watson n Crick Watson n Crick menjawab struktur 3D DNA menjawab struktur 3D DNA
dgn X-ray diffraction pattern : hsl penelitian dgn X-ray diffraction pattern : hsl penelitian Rosalind Franklin Rosalind Franklin
– Mampu menyimpulkan bahwa :Mampu menyimpulkan bahwa : mempunyai struktur double helixmempunyai struktur double helix dengan 10 basa setiap putarandengan 10 basa setiap putaran putaran 360putaran 360, , basa Nitrogen A-T , G – Cbasa Nitrogen A-T , G – C cekukan mayor and minorcekukan mayor and minor double helix memutar ke kanandouble helix memutar ke kanan self replicationself replication
Semikonservatif pd Replikasi DNASemikonservatif pd Replikasi DNA
Mekanisme pengkopian DNA melibatkan pembukaan double helix
Setiap rantai menjadi pola / templat untuk pita baru
Semi konservatif apa beda dengan konservatif dan dispersive?
X-ray diffraction : ada 2 macamX-ray diffraction : ada 2 macam Yg telah diterjemahkan struktur 3 D Yg telah diterjemahkan struktur 3 D
nya : B formnya : B form Bentuk yang umum adalah B formBentuk yang umum adalah B form A form A form RNA double helix RNA double helix
– Gugus OH pd RNA Gugus OH pd RNA tidak tidak memungkinkan melipat lebih dekat memungkinkan melipat lebih dekat membentuk A form yang lebih lebarmembentuk A form yang lebih lebar
Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis) DNA relatif stabil
Kadang menjadi tidak stabil krn proses2 replikasi, transkripsi
Disosiasi double helix DNA Disosiasi double helix DNA denaturasidenaturasi– apabila DNA dipanaskan diatas melting apabila DNA dipanaskan diatas melting
temperaturnya (Tm) maka double helix temperaturnya (Tm) maka double helix akan terbukaakan terbuka
– Tm Tm tergantung pada rasio tergantung pada rasio (G+C)/(A+T)(G+C)/(A+T)
– G/C content dapat dihitung dengan G/C content dapat dihitung dengan (G+C) / (Total Basa N) x 100% (G+C) / (Total Basa N) x 100%
RNARNA
Ada 4 mcmAda 4 mcm
Hn RNAHn RNA mRNAmRNA rRNArRNA tRNAtRNA snRNAsnRNA
hnRNA hnRNA heterogeonous nuclear RNA heterogeonous nuclear RNA merupakan hasil transkripsi langsung dr DNA merupakan hasil transkripsi langsung dr DNA
mRNA mRNA – telah mengalami proses posttranskripsi telah mengalami proses posttranskripsi
menghilangkan intronmenghilangkan intron informasi genetik informasi genetik dlm btk codon dlm btk codon (urutan 3 nukleotida)(urutan 3 nukleotida)
rRNA rRNA – Komponen ribosom dimana translasi berlangsungKomponen ribosom dimana translasi berlangsung
tRNA tRNA – Menerjemahkan kode genetikMenerjemahkan kode genetik– Menghubungkan antara asam nukleat dengan asam Menghubungkan antara asam nukleat dengan asam
amino amino protein protein snRNA snRNA
– Small nuclear RNA Small nuclear RNA membantu proses splicing dalam membantu proses splicing dalam post transkripsi proses post transkripsi proses
Transfer RNA (tRNA)Transfer RNA (tRNA)composed of a nucleic acid and a specific amino acid
provide the link between the nucleic acid sequence of mRNA and the amino acid sequence it codes for.
An anticodon a sequence of 3 nucleotides in a tRNA that is complementary to a codon of mRNA
Structure of tRNAs
Fungsi biologisFungsi biologis
DNA sebagai DNA sebagai pembawa pembawa informasi genetikinformasi genetik– DNA DNA komponen komponen
dr kromosomdr kromosom Fungsi yang lain:Fungsi yang lain:
– Nukleotida sbg Nukleotida sbg pembawa energipembawa energi
– Nukleotida sebagi Nukleotida sebagi koensimkoensim
– enzimenzim