VIROLOGIE - solidarites-sante.gouv.frsolidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/virologie.pdf · VIROLOGIE ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO-

VIROLOGIE

ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PARIMMUNOFLUORESENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES (AGGLUTINATION, TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUXT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU CULTURESORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PARAMPLIFICATION MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L’ADN DU PARVOVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

DIAGNOSTIC PRENATAL : CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANGT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L’ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne DIAGNOSTIC PRENATAL : DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE SON ARN PARAMPLIFICATION GENIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L’ADN DU VIRUS DE LA VARICELLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PAR CULTURES CELLULAIRES OU SURSOURICEAUX (COXSACKIEVIRUS A)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRALT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS DE L’HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS DE L’HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PARTECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

IDENTIFICATION VIRALE PAR UN OU PLUSIEURS SERUMST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OUTECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OUTECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OUMICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE PARVOVIRUS B19T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ENTEROVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION GRIPPALET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE A (HAV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE DELTA (HDV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE E (HEV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A HERPESVIRUS TYPE 6 (HHV-6)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LES VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1 ET 2)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS HERPES SIMPLEX (HSV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS HTLVT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE LA MONONUCLEOSE INFECTIEUSE PAR RECHERCHE D'ANTICORPSHETEROPHILEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS PARAINFLUENZAT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS RABIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA ROUGEOLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA RUBEOLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS OURLIENT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (RSV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS VARICELLE ZONA (VZV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

GENOME (ADN) DU VIRUS DE L’HEPATITE B (HBV) : DETECTION QUANTITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

GENOME (ARN) DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) : DETECTION QUALITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

GENOME (ARN) DE VIRUS DE L’HEPATITE C (VHC) : DETECTION QUANTITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

GENOTYPAGE DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) PAR BIOLOGIE MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

SEROTYPAGE DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) PAR METHODE IMMUNOLOGIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

GENOME (ARN) DU VIRUS DE L’IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1) : CHARGE VIRALET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

HIV : ISOLEMENT PAR CULTURES SUR LYMPHOCYTEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (VRS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OUTECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie – Hôpital Nord – CHU de Saint-Etienne

ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.

Code NABM 4208

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémie, notion d’infection nosocomialeSéjour en collectivité

NB : En cas de gastro-entérite, demander une recherche dans les selles par agglutination outechnique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206)

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

EchantillonSécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiquesPrélèvement oculaireLiquide céphalo-rachidien (LCR)SangSelles, urinesBiopsiesPrélèvements post-mortem

PrélèvementSécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile

Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieude culture contenant des antibiotiques

LCR recueilli sur tube sec stérile (10 gouttes)

Biopsies et prélèvements post-mortem (recueillies sur tube sec ou 1 ml) de milieu de culturecontenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisésen anatomopathologie)

Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (héparine, EDTA)

ParticularitésNéant

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Le plus rapidement possible (<2 heures) ; conservation à +4°C en attente de transmission aulaboratoire.

L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont esse

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDESBIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR

IMMUNOFLUORESENCEOU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE


Code NABM 4207 (le test d’amplification moléculaire est hors nomenclature)

BIOPATHOLOGIE




EchantillonSécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiquesPrélèvement oculaireSang total

PrélèvementSécrétions recueillies dans un tube stérile sec. Les lames seront réalisées au laboratoireEcouvillon déchargé au lit du malade sur une lame à plusieurs puitsSang recueilli sur tube avec anticoagulant (EDTA ou ACD), en excluant l’héparine pour ladétection d’ADN par biologie moléculaire

Particularités Néant

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.

Pour la détection d’ADN par biologie moléculaire, l’échantillon doit être transmis dans les 4heures qui suivent le prélèvement.

L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont essentiels.

ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PARMICROSCOPIE ELECTRONIQUE


Code NABM 4209

BIOPATHOLOGIE




EchantillonSelles

PrélèvementRecueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeture hermétique.A défaut, écouvillon rectal.

ParticularitésDemander une recherche rapide dans les selles par agglutination ou techniqueimmunoenzymatique (NABM 4205 et 4206), et associer la recherche d’autres virusentéropathogènes. Le diagnostic par microscopie électronique est réservé aux laboratoiresspécialisés.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES(AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE)


Codes NABM 4205, 4206

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :Notion d’épidémie, notion d’infection nosocomialeSéjour en collectivitéImmunosuppression



EchantillonSelles

PrélèvementRecueillies Dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillon rectal

ParticularitésAssocier la recherche d’autres virus entéropathogènes.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTURES

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4210, 4211

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- signes cliniques détaillés- notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques)- notion de transfusion en pays endémique

En France, seuls circulent le virus de l’encéphalite européenne à tiques (TBEV), et le virusWest Nile (WNV).



EchantillonLiquide céphalo-rachidien, sang

PrélèvementTubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellementdangereux.

ParticularitésLe diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés delocaux avec confinement de type L3 ou L4.

Renseignements devant accompagner impérativement le prélèvement :- identification du patient avec âge, sexe, adresse- diagnostic clinique- date de début des symptômes- déplacements dans le pays ou à l’étranger dans le mois qui précède- identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse

mél) du prescripteur

Cas particuliers Néant

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes.

Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d’unecouche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche surlequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement.

Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachetsréfrigérants ou glace carbonique.

Déclaration obligatoire par l’expéditeur conforme au règlement IATA (Association duTransport Aérien International) pour les matières dangereuses.Envoi à un laboratoire disposant d’installations de sécurité requise avec niveau deconfinement L3 ou L4.L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont essentiels.

ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PARIMMUNOFLUORESCENCE

OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4212, 4213, 4214, 4215

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :Notion de voyage récent en zone endémique : Afrique pour les virus du complexe Lassa,Amérique pour les virus du complexe TacaribeContact avec des rongeursNB : En Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire.

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONSPersonnes, précautions standard : CDC Atlanta Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

EchantillonLiquide céphalo-rachidien, sang total.

PrélèvementTubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellementdangereux.


Renseignements devant accompagner le prélèvement :- identification du patient avec âge, sexe, adresse- diagnostic clinique- date de début des symptômes- déplacements dans le pays ou à l’étranger dans le mois qui précède- identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse



Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d’unecouche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche surlequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement.


Déclaration obligatoire par l’expéditeur conforme au règlement IATA (Association duTransport Aérien International) pour les matières dangereuses.Envoi à un laboratoire disposant d’installations de sécurité requise avec niveau deconfinement L3 ou L4.L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont essentiels.

ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIEELECTRONIQUE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE

OU ISOLEMENT PAR CULTURES

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4217, 4218, 4219

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémie, de toxi-infection alimentaire Séjour en collectivité



EchantillonSelles

PrélèvementRecueillies dans un récipient stérile, à fermeture hermétique

ParticularitésLe diagnostic par microscopie électronique (NABM 4217) est réservé aux laboratoiresspécialisés. La mise en évidence du sérotype 1 par culture cellulaire est relativement simple(NABM 4219). La détection des sérotypes 2 à 7 est préférable par méthodeimmunoenzymatique (EIA) (NABM 4218).

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE


Les calcivirus sont des agents de gastro-entérite épidémique chez l’enfantCodes NABM 4220, 4221 (le test d’amplification moléculaire est hors nomenclature)

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémie, de toxi-infection alimentaire Séjour en collectivité



EchantillonSelles

PrélèvementRecueillies dans un récipient stérile, à fermeture hermétique

ParticularitésLe diagnostic par microscopie électronique (NABM 4220) est réservé aux laboratoiresspécialisés.

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE

OU CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralCo-infection éventuelle (bactérienne, virale et/ou parasitaire)Statut sérologique du patient vis à vis du CMV Si femme enceinte : préciser l’âge de la grossesse, le statut sérologique de la mère, la notiond’anomalies échographiques



EchantillonSang, urine, sécrétions respiratoires basses contenant des cellules épithéliales, liquidecéphalo-rachidien (LCR), liquide amniotique

Prélèvement10 ml de sang périphérique recueilli sur tube contenant de l’héparinate de lithium

Urines recueillies dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement

Aspiration bronchique ou liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stérilesadaptés et fermés hermétiquement

LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Liquide amniotique recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Particularités

La culture de la souche virale permet l’étude de sa sensibilité aux antiviraux.

Le liquide amniotique doit être adressé à un biologiste agréé pour le diagnostic desinfections materno-fœtales.

TransmissionDans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4°C en attente detransmission au laboratoire.Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).


CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCE


Code NABM 4226

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralStatut sérologique du patient vis à vis du CMV



EchantillonPolynucléaires du sang circulant

Prélèvement10 ml de sang périphérique recueilli sur tube contenant de l’EDTA ou de l’héparinate delithium

ParticularitésLa technique ne peut pas être réalisée chez les patients neutropéniques.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 2 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4°C en attente de transmission aulaboratoire.


CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR AMPLIFICATION

MOLECULAIRE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Code NABM 4222 (le test par amplification moléculaire est hors nomenclature)

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :Cause (s) de l’hospitalisation du patientImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémieSéjour en collectivitéCo-infection (virale ou bactérienne)


Personnes , précautions standard : CDC Atlanta Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

EchantillonSécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales, selles, urines

PrélèvementEcouvillonnage nasal haut, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dans un milieu detransport de virologie.Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire,recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquementSelles ou urines recueillies dans un récipient stérile, fermé hermétiquement

ParticularitésEn cas de suspicion d’infection par le SARS-CoV (virus associé au syndrome de détresserespiratoire aiguë sévère ou SRAS), prévenir le biologiste afin de faire parvenir leprélèvement dans des conditions optimales de sécurité pour le personnel de laboratoire etde s’assurer que la recherche spécifique pourra être effectuée dans un laboratoire agréé.


Dans les 24-48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente de transmissionau laboratoire.

En cas de suspicion d’infection par le SRAS-CoV :Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d’unecouche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche surlequel figureront les renseignements identifiant le prélèvement.Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachetsréfrigérants ou glace carbonique.

Déclaration obligatoire par l’expéditeur conforme au règlement IATA (Association duTransport Aérien International) pour les matières dangereuses.Envoi à un laboratoire disposant d’installations de sécurité requise avec niveau deconfinement L3 ou L4.


CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE


Code NABM 4223

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémieSéjour en collectivitéCo-infection (virale ou bactérienne)



EchantillonSelles

PrélèvementSelles recueillies dans un pot stérile et hermétique

ParticularitésLa recherche des coronavirus par microscopie électronique est réservée aux laboratoiresspécialisés.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24-48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente de transmissionau laboratoire.


CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEES


Code NABM 4201

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologiqueImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémie, notion d’infection nosocomialeSéjour en collectivitéNotion de voyageNotion de co-infection (virale, bactérienne et/ou parasitaire)



EchantillonSécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiquesPrélèvement oculairePrélèvement cutané ou muqueuxLiquide céphalo-rachidien (LCR)Liquide amniotiqueSangSelles, urinesBiopsiesPrélèvements post-mortem

PrélèvementLCR, liquide amniotique, sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérileEcouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieude culture contenant des antibiotiquesLCR recueilli sur tube sec stérile (0,5 à 1 mL)Biopsies et prélèvements post-mortem recueillies sur tube sec ou 1 ml de milieu de culturecontenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisésen anatomopathologie)Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolairerecueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement

ParticularitésCertains virus ne peuvent être pris en charge que dans des laboratoires spécialisés (typecellulaire particulier, analyse spécialisée, manipulation dans un laboratoire de type L3 ou L4,diagnostic anténatal). Se reporter aux fiches correspondantes.Consulter les fiches spécifiques.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Le plus rapidement possible (<2 heures). Sinon conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L’ADN DU PARVOVIRUS


Code NABM 4070

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande /

Nombre de semaines d’aménorrhée

Consentement signé de la patiente

Bilan échographique



EchantillonLiquide amniotique : environ 10 ml dans un récipient stérile

PrélèvementPonction de liquide amniotique

ParticularitésRecherche réservée aux biologistes agréés Les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à –80°C (JO du 04.04.1996).

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).

Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8°C.

Conservation des échantillons à +4°C dans l’attente du transport.


DIAGNOSTIC PRENATAL CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANG


Code NABM 4064

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande

Nombre de semaines d’aménorrhée





EchantillonSang veineux chez la mère : 5 ml sur tube sec

Prélèvement Sang veineux au pli du coude

ParticularitésInterpréter le résultat selon le bilan sérologique et le bilan échographique associés

Les échantillons doivent être conservés pendant 1 an à –80°C selon la Nomenclature desActes de Biologie Médicale (JO du 12.08.1997).


Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8°C.Conservation des échantillons à +4°C dans l’attente du transport.


DIAGNOSTIC PRENATAL RECHERCHE DE L’ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV)


Code NABM 4065

BIOPATHOLOGIE


Notion de virémie à CMV négative chez la mère (indispensable pour éviter le risque dedissémination virale lors de la ponction)

Nombre de semaines d’aménorrhées






Prélèvement Ponction de liquide amniotique.

ParticularitésRecherche réservée aux biologistes agréés

Pour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à –80°C(JO du 04.04.1996).



Conservation des échantillons à +4°C dans l’attente de transport.


DIAGNOSTIC PRENATAL DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE

SON ARN PAR AMPLIFICATION GENIQUE


Codes NABM 4067 et 4069

BIOPATHOLOGIE









ParticularitésRecherche réservée aux biologistes agréés Interpréter selon le bilan sérologique associéPour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à –80°C(JO du 04.04.1996)





DIAGNOSTIC PRENATAL RECHERCHE DE L’ADN DU VIRUS DE LA VARICELLE


Code NABM 4066

BIOPATHOLOGIE









ParticularitésRecherche réservée aux biologistes agréés

Pour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à –80°C(JO du 04.04.1996).





ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PARCULTURES CELLULAIRES OU SUR SOURICEAUX

(COXSACKIEVIRUS A)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Code NABM 4235, 4236, 4237, 4238, 4239

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- signes neuroméningés- éruption- signes cliniques chez la mère en cas de suspicion d’infection néonatale ou fœtale

ImmunosuppressionCas particulier des poliovirus :

- notion de vaccination, préciser la date du dernier rappel, et le(s) type(s) de vaccinadministré(s)

- séjour à l’étranger, notamment dans les pays où des souches de poliovirus sauvagecirculent encore

- signes cliniques éventuels de paralysie



EchantillonSelles, ecouvillonnage de gorge, sécrétions nasopharyngées, urines, liquide céphalo-rachidien (LCR), liquide amniotique, lésion cutanée, biopsie

PrélèvementSelles recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquementEcouvillonnage de gorge à l’aide d’un dispositif muni d’un milieu de transport de virologie Sécrétions nasopharyngées recueillies dans un récipient stérile adapté et ferméhermétiquementUrines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquementLCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquementLiquide amniotique recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquementEcouvillonnage de lésion cutanée à l’aide d’un dispositif muni d’un milieu de transport devirologie Biopsie recueillie dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Particularités

Le sérotypage des souches isolées est réservé aux laboratoires spécialisés. De nombreuxsérotypes de coxsackievirus A ne sont pas cultivables mais peuvent être mis en évidencepar inoculation au souriceau nouveau-né (NABM 4237).

Les souches de poliovirus doivent être transmises par le laboratoire au Centre de RéférenceNational de Lyon ((laboratoire de Virologie, Université Claude Bernard Lyon 1, 8 avenueRockefeller, 69373 Lyon Cedex 08).

La recherche d’une infection fœtale à entérovirus doit être réalisée par un biologiste agréé.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).

Dans les 24 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente de transmission aulaboratoire.

L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont essen

VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTURES

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Code NABM 4216

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- signes cliniques détaillés- notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques) pour les

arbovirus- notion de contact avec des singes, voire avec des chauves souris, pour les filovirus- notion de transfusion en pays endémique



EchantillonLiquide céphalo-rachidien (LCR), sang total

PrélèvementTubes stériles étanches


Renseignements devant accompagner le prélèvement :- identification du patient avec âge, sexe, adresse- diagnostic clinique- date de début des symptômes- déplacements dans le pays ou à l’étranger dans le mois qui précède- identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse



Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d’unecouche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche surlequel figureront les renseignements identifiant le prélèvement.


Déclaration obligatoire par l’expéditeur conforme au règlement IATA (Association duTransport Aérien International) pour les matières dangereuses.Envoi à un laboratoire disposant d’installations de sécurité requise avec niveau deconfinement L3 ou L4.


VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUEOU ISOLEMENT PAR CULTURE


Codes NABM 4240, 4241, 4242

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :ImmunosuppressionTraitement antiviralNotion d’épidémieSéjour en collectivitéNotion de vaccination anti-grippaleCo-infection (virale ou bactérienne)



EchantillonSécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales

PrélèvementEcouvillonnage nasal haut ou pharyngé, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dansun milieu de transport de virologie

Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolairerecueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement

ParticularitésLa recherche des virus influenza A et B par culture ainsi que leur identification (NABM 4242)sont réservées aux laboratoires spécialisés.

La surveillance des souches grippales circulantes organisée autour des centres deréférence régionaux s’inscrit dans un réseau national et international de mise en évidencedes variants antigéniques. Il en va de même pour la surveillance de l’émergence denouveaux variants de virus influenza A en provenance d’Asie (noteDGS/SD5C/DHOS/E2/DGAS/SD2/2004/444 du 17/09/04).

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente detransmission au laboratoire.


HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTES


Code NABM 4270

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :Immunosuppression

Traitement antiviral



EchantillonLymphocytes du sang circulant

Liquide céphalo-rachidien (LCR)

Biopsies

Prélèvement5 à 10 ml de sang périphérique prélevé sur EDTA ou ACD


Biopsies recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Particularités

La recherche de ces virus est réservée aux laboratoires spécialisés.


Dans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement.


PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRAL


Code NABM 4127

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :Cancer du col de l’utérusBilan cytologique associé.



EchantillonFrottis cervical

Biopsie

Produit de grattage

Prélèvement

Frottis cervical : les zones à prélever sont l’exocol, la jonction exo-endocol et l’endocol ; labrosse est plongée dans un liquide conservateur

Biopsie fixée au formol pour une histopathologie ou une hybridation in situ

ParticularitésPour les frottis cervicaux, la prescription doit préciser si elle entre dans le cadre duremboursement (détection d’HPV suite à un frottis ASCUS récent) ou si elle est horsnomenclature.


Frottis : conservation et expédition à température ambiante pendant une période maximalede 2 semaines après le prélèvement.

Biopsies : congélation immédiate dans l’azote liquide ou à -80°C.


VIRUS DE L’HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ETIDENTIFICATION


Code NABM 4230

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

- notion d’infection(s) herpétique(s) ancienne(s)- localisation des lésions- notion de lésion chez la mère si suspicion d’herpès néonatal

ImmunosuppressionTraitement antiviral



EchantillonLésions cutanéo-muqueuses riches en cellules épithéliales

Sécrétions respiratoires et oculaires


PrélèvementVésicules cutanéo-muqueuses : décollement du plafond, écouvillonnage du plancher de lalésion, puis conservation de l’écouvillon dans un milieu de transport de virologie

Ecouvillonnage de la lésion muqueuse puis conservation de l’écouvillon dans un milieu detransport de virologieEcouvillonnage de la gorge, du nez et des yeux chez le nouveau-né, plus de 48 heuresaprès la naissance, conservé dans un milieu de transport de virologieLCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

ParticularitésEffectuer les prélèvements avant mise sous traitement anti-herpétique

La suspicion de méningo-encéphalite herpétique est une urgence virologique :l’acheminement et la prise en charge du prélèvement de LCR doivent s’effectuer dans desdélais les plus brefs. Le traitement antiviral doit être mis en œuvre sans délai, dès laréalisation des prélèvements.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4°C en attente detransmission au laboratoire.


VIRUS DE L’HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHEDIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR

TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUELes procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

- notion d’infection(s) herpétique(s) antérieure(s)- localisation des lésions- notion de lésion chez la mère si suspicion d’herpès néonatal

ImmunosuppressionTraitement antiviral



EchantillonCellules épithéliales muqueuses ou cutanéo-muqueuses

PrélèvementDécollement du toit de la vésicule et écouvillonnage du plancher de la lésion, puisconservation de l’écouvillon dans un milieu de transport de virologie

Ecouvillonnage de la lésion muqueuse puis conservation de l’écouvillon dans un milieu detransport de virologieEcouvillonnage de la gorge, du nez et des yeux chez le nouveau né, plus de 48 heuresaprès la naissance, conservé dans un milieu de transport de virologie

ParticularitésEffectuer les prélèvements avant mise sous traitement anti-herpétique



VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURE


Code NABM 4271

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- paraplégies : origine géographique (Caraïbes, Afrique)- leucémie à lymphocytes T : Japon Ouest de l’Inde

Transmission mère-enfant Immunosuppression



EchantillonLymphocytes du sang

Prélèvement20 ml de sang veineux prélevé sur tube hépariné

Prélèvements potentiellement dangereux

ParticularitésLa recherche de virus HTLV par culture est réservée à des laboratoires spécialisés équipésde locaux avec un niveau de confinement de type L3. Elle reste exceptionnelle.

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).

A température ambiante dans les 4 heures suivant le recueil.

Ne pas congeler.


IDENTIFICATION VIRALE PAR UNOU PLUSIEURS SERUMS


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :Immunosuppression, traitement antiviralNotion d’épidémie, notion d’infection nosocomiale :Séjour en collectivité, notion de voyage, notion de co-infection (virale, bactérienne et/ouparasitaire)Si le prélèvement original a été mis en culture, préciser la nature du prélèvementensemencé, le type de cellules utilisées et le délai d’apparition de l’effet cytopathogène.



Echantillon- Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques- Prélèvement oculaire- Prélèvement cutané ou muqueux- Liquide céphalo-rachidien (LCR)- Liquide amniotique- Sang- Selles, urines- Biopsies- Prélèvements post-mortem- Culture cellulaire inoculée avec un prélèvement pathologique

PrélèvementLCR (0,5 à 1 mL), liquide amniotique, sécrétions, urines et selles recueillies dans un tubesec stérile

Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1 ml demilieu de culture contenant des antibiotiques

Biopsies et prélèvements post-mortem recueillis sur tube sec ou 1 ml de milieu de culturecontenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisésen anatomopathologie)


Boite de culture cellulaire hermétiquement fermée

ParticularitésCertains virus ne peuvent être pris en charge que dans des laboratoires spécialisés (typecellulaire particulier, analyse spécialisée, manipulation dans un laboratoire de type L3 ou L4,diagnostic anténatal). Se reporter aux fiches correspondantes.

Cas particuliers : voir fiches spécifiques

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Le plus rapidement possible (<2 heures) ; sinon conservation à +4°C en attente detransmission au laboratoire.


VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE


Code NABM 4250, 4251, 4252

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique

Immunosuppression

Notion de vaccination anti-ourlienne




EchantillonPrélèvement nasopharyngé

Salive


PrélèvementEcouvillonnage nasal haut ou pharyngé, conservé dans un milieu de transport de virologie

Salive recueillie dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement


Particularités

Néant



VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE


Les virus para-influenza sont à l’origine d’affections des voies respiratoiresCodes NABM 4243, 4244, 4245

BIOPATHOLOGIE


Immunosuppression


Notion d’épidémie

Séjour en collectivité

Co-infection (virale ou bactérienne)




PrélèvementEcouvillonnage nasal haut ou pharyngé, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dansun milieu de transport de virologie





POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURE


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique (notamment, notion de cystite hémorragique)

Immunosuppression

Traitement antirétroviral



EchantillonUrines

PrélèvementUrines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

ParticularitésLa recherche de polyomavirus par culture est réservée au diagnostic des infections à virusBK. La culture de virus BK est réservée à des laboratoires spécialisés


Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente detransmission au laboratoire.


POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4256, 4257

BIOPATHOLOGIE

La recherche de poxvirus s’inscrit dans la confirmation virologique d’un diagnosticessentiellement clinique.

Contexte pathologique :- contact avec des animaux domestiques ou d’élevage- notion de voyage en Afrique (Monkeypox)- notion de rapports sexuels non protégés (Molluscum contagiosum)- préciser si le patient a reçu une vaccination contre la variole

Immunosuppression



EchantillonLésions cutanées riches en cellules épithéliales infectées

PrélèvementGratter les pustules, recueillir le liquide des pustules, effectuer une biopsie des lésionsnodulaires. Les échantillons peuvent être recueillis dans un récipient stérile adapté ou dansdu milieu de transport de virologie pour les écouvillons.

ParticularitésCe diagnostic est réservé à des laboratoires spécialisés

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les heures ou jours qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente detransmission au laboratoire.


VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCEOU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE

OU ISOLEMENT PAR CULTURELes procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4259, 4260, 4261

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- notion de morsure par un animal sauvage ou domestique, date de la morsure- notion de voyage en pays d’endémie- description des signes cliniques si présents- notion de vaccination anti-rabique



Echantillon- Biopsie cutanée d’une région innervée (nuque)- Empreinte de cornée- Empreinte de tissu cérébral- Biopsie cérébrale (cortex, hippocampe, bulbe)- Liquide céphalo-rachidien (LCR)- Salive

Prélèvement

Les prélèvements peuvent être effectués chez le patient, et surtout chez l’animal suspectlorsqu’il est disponible Les prélèvements chez l’animal suspect doivent être réalisésimpérativement par un vétérinaire.

Prélèvements potentiellement dangereux

ParticularitésLe diagnostic de l’infection par le virus rabique est réservé aux laboratoires de référence.

L’encéphalomyélite rabique est mortelle dans 100% des cas en l’absence de traitement trèsprécoce après la contamination (administration répétée de vaccin antirabique, associéeéventuellement à une sérothérapie). Ne pas attendre le résultat du laboratoire pour initier letraitement.


La manipulation des prélèvements infectés par le virus de la rage doit être réalisée dans deslocaux avec un confinement de type L3. En France, les prélèvements animaux et humainsdoivent être adressés à l’un des centres suivants :

- Centre National de Référence de la Rage, Institut Pasteur, 25-28 rue du Dr Roux,75724 Paris Cedex 15

- Institut d’Hygiène de Strasbourg, Faculté de Médecine, 4 rue Kirschleger, 67085Strasbourg Cedex

Les prélèvements animaux peuvent également être adressés au laboratoire d’études sur larage et la pathologie des animaux sauvages, AFSSA, 54220 Malzeville.


RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION


BIOPATHOLOGIE


Immunosuppression


Notion d’épidémie






PrélèvementEcouvillonnage nasal haut ou pharyngé, conservé dans un milieu de transport de virologie


ParticularitésCe diagnostic est réservé aux laboratoires spécialisés.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Dans les 24 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4°C en attente de transmission aulaboratoire.


ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION,TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU MICROSCOPIE

ELECTRONIQUE


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologiqueImmunosuppression


Notion d’épidémie, notion d’infection nosocomiale




EchantillonSelles

PrélèvementSelles recueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeturehermétique. A défaut, écouvillonnage rectal

ParticularitésLes techniques d’agglutinations (NABM 4266) et immunoenzymatiques (NABM 4267) nemettent en évidence que les rotavirus du groupe A (majorité des souches humaines). Lamicroscopie électronique permet de mettre en évidence les rotavirus des groupes B et C,ainsi que les autres virus responsables de gastro-entérites ; elle reste cependant limitée auxlaboratoires spécialisés.



VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PARIMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE

OU ISOLEMENT PAR CULTURE


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- notion de vaccination anti-morbilleuse- notion de rougeole antérieure

Immunosuppression



EchantillonLiquide céphalo-rachidien (LCR)

Prélèvements respiratoires riches en cellules nasopharyngées ou bronchiques

PrélèvementLCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Sécrétions nasopharyngées ou bronchiques recueillies dans un récipient stérile adapté etfermé hermétiquement

ParticularitésCas particuliers : néant



VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURE


Code NABM 4265

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique- date des dernières règles chez la femme enceinte- date de séroconversion rubéolique éventuelle- lésions fœtales à l’échographie si suspicion d’infection fœtale- notion de contexte d’infection néonatale



EchantillonLiquide amniotiqueUrinesSécrétions nasopharyngées

PrélèvementLiquide amniotique recueilli 4 à 6 semaines après séroconversion et après la 18èmesemaine d’aménorrhée, et conservé dans un récipient stérile adapté et ferméhermétiquement

Urines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquementSécrétions nasopharyngées recueillies dans un récipient stérile adapté et ferméhermétiquement

ParticularitésLe diagnostic virologique d’infection rubéolique à partir de prélèvements fœtaux doit êtreeffectué sous la responsabilité d’un biologiste agréé.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Immédiatement après le recueil.


SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUS


Codes NABM 1701, 1702, 1703, 1704, 1705

BIOPATHOLOGIE


Immunodépression

Contexte épidémique



Echantillon/Prélèvement

Sang : volume de 5 ml sur tube sec

Si volume suffisant, l'échantillon est conservé au moins un an à une température < -20°Cpour contrôle éventuel

ParticularitésUn diagnostic d'infection impose habituellement deux prélèvements successifs, l'un à laphase aiguë de l'infection, l'autre à la phase de convalescence.

La multiplicité des sérotypes d'adénovirus rend l'interprétation des résultats difficiles.

En matière d'adénovirose, le diagnostic direct doit toujours être préféré au sérodiagnostic. Chez le jeune enfant, le sérodiagnostic par fixation du complément (NABM 1701) manquesouvent de sensibilité.


Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures.

Conserver les échantillons à +4°C dans l'attente du transport.


SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSES

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1706, 3706, 1707, 3707, 1708, 3708, 1709

BIOPATHOLOGIE


Notion de séjour en zone d'endémie dans le mois que précède (préciser le ou les pays)


Notion de vaccination (fièvre jaune, encéphalite japonaise, encéphalite à tiques)



EchantillonSang veineux Liquide céphalo-rachidien toujours associé à un prélèvement sanguin : 1ml sur tube secstérile

Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

Prélèvement Prélèvements potentiellement dangereux

ParticularitésUn diagnostic d'infection repose habituellement, quand cela est techniquement possible, surla recherche d'anticorps de classe IgM (NABM 3707) et l'envoi d'un prélèvement tardif(phase de convalescence : NABM 3707 et 3708).

Un diagnostic d'immunité naturelle ou post-vaccinale nécessite un seul prélèvement (NABM1706, 1708 et 1709).

La sérologie est l'approche la plus utilisée en routine pour le diagnostic d'arbovirose ; cessérologies sont réservées à des laboratoires de référence ou spécialisés.

Le virus de l'encéphalite à tiques (TBEV) circule à l'est de la France et le virus West Nile(WNV) circule dans le sud de la France ; les autres arbovirus ne circulent pas en Francemétropolitaine.


Prélèvement de sang : délai de transmission compatible avec une décantation du sérumsous 24 à 48 heures.

Prélèvement de LCR : temps de transport le plus rapide possible.



SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUS

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1710, 1711 et 1712

BIOPATHOLOGIE


Notion de séjour en zone d'endémie dans le mois qui précède (préciser le ou les pays) :Afrique pour les virus du complexe Lassa, Amérique pour les virus du complexe Tacaribe.

Contact avec des rongeurs

NB : en Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire



EchantillonSang veineux Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analysescomplémentaires et la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

Prélèvement Prélèvements potentiellement dangereux ;

ParticularitésUn diagnostic d'infection impose d'effectuer deux sérologies, l'une précoce, l'autre tardive,environ 3 semaines plus tard.

Ces sérologies sont réservées à des laboratoires de référence.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE PARVOVIRUS B19


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'infection aiguë- diagnostic d'infection fœtale- détermination du statut immunitaire

ImmunodépressionNotion de grossesseNotion d'anémie hémolytique constitutionnelleContexte épidémique



Echantillon/ PrélèvementSang veineuxLiquide amniotique : volume de 2 à 5ml sur tube sec


ParticularitésLe diagnostic d'infection aiguë à Parvovirus B19 repose sur la mise en évidence d'anticorpsspécifiques de classe IgM (NABM 1762, 1763) ou d'une variation significative du taux desanticorps sur 2 prélèvements distants de 15-20 jours.

La détermination du statut immunitaire nécessite un second prélèvement (NABM 1764,1765).

Dans le cadre du diagnostic anténatal (sous la responsabilité d'un biologiste agréé), larecherche d'anticorps de classe IgM peut être effectuée dans le sérum maternel et dans leliquide amniotique (en complément de la détection du génome viral par amplification génique- NABM 4070).





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUS

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1713, 3713, 1714, 3714, 1785, 1786, 3779

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- suspicion d'infection chez l'immunocompétent- femme enceinte (préciser l'âge de la grossesse)- donneur de sang, d'organes, de tissus ou de cellules- sujet immunodéprimé (receveur d'allogreffe, infection HIV…)



Echantillon/ PrélèvementSang veineux Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésUn diagnostic d'infection impose la recherche d'anticoprs spécifiques de classe IgM (NABM1713 et 1714) ou la réalisation de deux prélèvements successifs, l'un à la phase aiguë del'infection, l'autre à la phase de convalescence.

La distinction entre une primo-infection et une réactivation est souvent difficile ; pour ce faire,il est possible de s'aider de la mesure de l'indice d'avidité des IgG.

Un diagnostic d'immunité ancienne (NABM 1785, 1786 et 3779) repose sur une seuledétermination sérologique.

L'infection chez le sujet immunocompétent repose sur la détection d'anticorps spécifiques declasse IgM (NABM 1713 et 1714) et sur la répétition du prélèvement 2 à 3 semaines plustard (NABM 3713 et 3714).

L'infection maternelle au cours de la grossesse repose sur la détection d'IgM ; la distinctionentre primo-infection et réactivation peut nécessiter le recours à la mesure de l'indiced'avidité des IgG.

La détermination du statut immunitaire chez le donneur ou le receveur du matériel biologiquerepose sur la détection d'anticorps spécifiques de classe IgG (NABM 1785, 1786 et 3779).

Dans les autres cas (infection chez l'immunodéprimé, infection fœtale, infection du nouveau-né notamment), la sérologie a peu d'intérêt et doit être reléguée au second plan par rapport àla recherche directe du virus.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONA VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objetd’instructions spécifiques.Codes NABM 1715, 1716, 1717, 1718, 1719

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- tableau clinique ou biologique de primo-infection à EBV- pathologie tumorale associée à l'EBV (cancer du rhinopharynx et lymphome de

Burkitt notamment : origine géographique, âge sexe)- pathologie chez l'immunodéprimé (syndrome lymphoprolifératif et lymphome

notamment)




ParticularitésUn diagnostic de primo-infection nécessite la recherche d'anticorps anti-VCA de classes IgMet IgG et anti-EBNA.

Un diagnostic d'infection évolutive en dehors de la primo-infection repose sur les mêmesmarqueurs (la différence se fait habituellement sur la positivité des anticorps anti-EBNA etsur la présence inconstante des anticorps anti-VCA de classe IgM).

Un diagnostic d'immunité ancienne (NABM 1715, 1716) repose sur la détection d'anticorpsanti-VCA et anti-EBNA de classe IgG.

La détermination du statut immunitaire chez le donneur ou le receveur de matériel biologiquerepose sur la détection d'anticorps anti-VCA et anti-EBNA de classe IgG (NABM 1715,1716).

Le diagnostic et le suivi thérapeutique des cancers du nasopharynx liés à l'EBV repose sur ladétection sérique d'anticorps anti-EA et anti-VCA de classe IgA (NABM 1719).

En dehors de la primo-infection à EBV et du cancer du nasopharynx, la sérologie est assezpeu contributive et doit être reléguée au second plan par rapport à la détection et à laquantification du génome viral (surtout pour les lymphomes et les syndromeslymphoprolifératifs de l'immunodéprimé).





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ENTEROVIRUS Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.


BIOPATHOLOGIE


Immunodépression

Contexte épidémique (NABM 1721)

Statut vaccinal anti-poliovirus (NABM 1720)




ParticularitésLe diagnostic des infections à entérovirus est avant tout direct ; la mise en évidence d'uneséroconversion vis à vis d'un sérotype d'entérovirus sur deux prélèvements distants de 15-20jours peut aider (NABM 1721) mais est limité par l'existence de nombreuses réactionscroisées entre les différents sérotypes d'entérovirus,surtout si une technique autre que laséroneutralisation est utilisée.

Le contrôle d'immunité après vaccination polio (NABM 1720) nécessite une seuledétermination.

Il peut être intéressant de déterminer le type d'anticorps sériques vis à vis d'une souched'entérovirus isolée par culture cellulaire afin de déterminer si cette souche est le témoin d'unsimple portage ou d'une infection avérée.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION GRIPPALE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1729, 3729, 1730, 3730, 1731, 3731, 1732, 3732, 1733, 3733, 1734, 3734, 1735, 3780

BIOPATHOLOGIE





Echantillon/ PrélèvementPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésLe diagnostic d'infection récente repose sur la mise en évidence d'une variation significativedu taux des anticorps sur deux prélèvements distants de 15-20 jours (NABM 3729, 3730,3731 pour grippe A et 3732, 3733, 3734 pour grippe B) ; la valeur diagnostique des anticorpsde classe IgM par test ELISA (NABM 1730 et 1733) est mal évaluée.

Le diagnostic d'immunité (NABM 1735 et 3780), rarement déterminé, nécessite un seulprélèvement. Le sérodiagnostic par réaction de fixation du complément (NABM 1729, 3729, 1732, 3732)manque de sensibilité chez l'enfant de moins de 5 ans.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE L'HEPATITE A (HAV)


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'une hépatite aiguë- statut immunitaire

Notion de vaccination anti-HAV




Echantillon/ Prélèvement

Sang veineux


ParticularitésLe diagnostic de primo-infection récente repose sur la mise en évidence d'anticorpsspécifiques de classe IgM sur un seul prélèvement (NABM 0350).

La détermination du statut immunitaire après une infection naturelle ou post-vaccinalerepose sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques totaux ou de classe IgG sur un seulprélèvement (NABM 2736).





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4710, 4711, 4712, 4713, 4714, 4715, 0322, 0323, 0353, 0354, 0352, 0351

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'infection aiguë ou chronique- suivi d'une infection chronique connue- détermination du statut immunitaire- dépistage réglementaire :

• chez la femme enceinte (6ème mois de grossesse)• lors des dons du sang, d'organes, de tissus ou de cellules• lors d'un accident d'exposition au sang

Notion de vaccination anti-HBVNotion de traitement antiviral



Echantillon /PrélèvementSang périphérique : volume suffisant (selon le nombre de marqueurs à tester) sur tube sec Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésLe diagnostic d'une infection aiguë est effectué par la recherche de l'antigène HBs et desanticorps anti-HBc de classe IgM (NABM 4710).Le contrôle de guérison d'une infection aiguë est effectué par la négativation de l'antigèneHBs avec apparition des anticorps anti-HBs (NABM 4712).Le diagnostic d'une infection chronique est effectué par la présence de l'antigène HBsassocié à des anticorps anti-HBc de classe IgG ou totaux (NABM 0322 et 0351).Le suivi d'une infection chronique associe la détection de l'antigène HBs, de l'antigène HBeet des anticorps anti-HBe (NABM 4711).Le statut immunitaire avant vaccination est évalué par la détection des anticorps anti-HBctotaux et des anticorps anti-HBs (NABM 4713).Le statut immunitaire après vaccination est évalué par le dosage quantitatif des anticorpsanti-HBs (NABM 4714).Une recherche de l'antigène HBs (NABM 0322) doit être effectuée réglementairement chezla femme enceinte au 6ème mois de grossesse.Une recherche d'anticorps anti-HBc, d'antigène HBs et d'anticorps anti-HBs doit êtreeffectuée réglementairement dans le cadre du don de sang, d'organes, de tissus ou decellules.Toute détection d'antigène HBs chez un sujet non connu comme infecté par cet agentnécessite :

- un test de neutralisation pour confirmer le résultat - un contrôle sur un deuxième prélèvement pour exclure une erreur d'identification de

l'échantillon.



Conserver les échantillons à +4°C dans l'attente du transport L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent cestâches sont essentiels.

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV)


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'infection aiguë ou chronique- détermination du statut immunitaire- dépistage de l'infection dans les populations à risque- dépistage réglementaire (dons de sang, d'organes, de tissus ou de cellules)



EchantillonSang veineuxPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)


ParticularitésLe sérodiagnostic permet seulement de déterminer si le sujet a été en contact ou non avec leHCV ; le diagnostic d'infection active repose sur la détection du génome viral (ou del'antigène de capside).

La détection qualitative de l'antigène de capside du HCV, test d'introduction récente (2003),comporte les indications suivantes :

- mise en évidence d'une réplication persistante du HCV (cependant ce test est 100 à1000 fois moins sensible que les tests de détection du génome viral)

- diagnostic d'une infection aiguë de la phase de periseroconversion- suivi de l'efficacité du traitement antiviral (cependant un test moléculaire est

indispensable en fin de traitement pour affirmer l'arrêt de la réplication virale).

Toute détection positive d'anticorps anti-HCV chez un individu non dépisté antérieurementnécessite :

- la réalisation d'un deuxième test par une technique différente de la première sur cemême sérum

- un contrôle sur un deuxième prélèvement pour exclure une erreur d'identification del'échantillon.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE L'HEPATITE DELTA (HDV)


BIOPATHOLOGIE


Notion d'infection chronique connue par le virus de l'hépatite B (HBV)



Echantillon /PrélèvementSang veineuxPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésLe diagnostic d'infection par HDV repose sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques declasse IgG ou totaux (NABM 1740). Cette infection est toujours associée à une infectionchronique par HBV.

Le diagnostic d'infection récente par HDV repose sur la mise en évidence de l'antigène HDV(NABM 1742) et/ou d'anticorps spécifiques de classe IgM (NABM 1741).

Au cours des co-infections HBV/HDV, les marqueurs d'infection par un virus peuventmasquer les marqueurs d'infection de l'autre (dans les deux sens).





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE L'HEPATITE E (HEV)


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'une hépatite aiguë- statut immunitaire

Contexte épidémique ou de séjour en zone d'endémie (préciser le ou les pays)



Echantillon /PrélèvementSang veineuxPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésL'absence de trousse IgM anti-HEV commercialisée rend difficile le diagnostic d'infectionrécente.

La présence d'anticorps spécifiques de classe IgG indique un contact antérieur avec le HEVsans préjuger de la date du contage.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONA HERPESVIRUS TYPE 6 (HHV-6)


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande (diagnostic de primo-infection à HHV-6, notammentdans le cadre d'un exanthème subit, surtout chez l’enfant de 6 mois à 4ans).

Immunodépression




Echantillon/ PrélèvementSang veineuxPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésUn diagnostic de primo-infection à HHV-6 repose sur la mise en évidence d'uneséroconversion ou d'une augmentation significative du taux des anticorps sur 2 prélèvementsdistants de 15-20 jours ; la détection d'anticorps anti-HHV-6 de classe IgM (examen horsnomenclature) peut également aider bien que ce marqueur ne permette pas de différencierune primo-infection d'une récurrence.

La détermination du statut immunitaire repose sur une seule détermination (NABM 1752,1753).





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LES VIRUS DEL'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1 ET 2)


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic de primo-infection et d'infection chronique- dépistage réglementaire

• femme enceinte• lors des dons de sang, d'organes, de tissus ou de cellules• lors d'un accident d'exposition au sang



EchantillonSang veineuxPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

Prélèvement Le consentement du patient doit être impérativement recueilli, de préférence sous formeécrite, avant d’effectuer cet examen (sauf en cas d’urgence si le patient est dans l’incapacitéabsolue de donner son accord sur le champ).

Prélèvement potentiellement dangereux

ParticularitésLe diagnostic de primo-infection repose sur la recherche simultanée des anticorps anti-HIV(NABM 0388) et de l'antigène p24 du HIV-1 (NABM 0392) ; certains tests sérologiquescombinent ces deux recherches en un seul réactif ; cependant, quand la recherched'antigène p24 est prescrite explicitement, elle doit être effectuée par une technique dédiée.

Le diagnostic d'infection chronique et les dépistages réglementaires reposent sur larecherche d'anticorps anti-HIV (NABM 0388) ; les tests sont capables de mettre en évidenceles anticorps vis à vis des deux types HIV-1 et HIV-2.

Toute détection positive d'anticorps anti-HIV chez un individu non dépisté antérieurementnécessite :

- la réalisation d'au moins un test de confirmation (NABM 0389, 0390)- un contrôle sur un deuxième prélèvement pour exclure une erreur d'identification de

l'échantillon.





DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTIONA VIRUS HERPES SIMPLEX (HSV)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1744, 3744, 1745, 3745, 1746, 3746, 1747, 3747

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic de primo-infection herpétique- contribution au diagnostic d'encéphalite herpétique

Immunodépression



Echantillon/ PrélèvementSang veineux Liquide céphalo-rachidien : volume de 0,5 à 1ml sur tube secPrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésUn diagnostic de primo-infection herpétique repose sur la mise en évidence d'uneséroconversion sur 2 prélèvements distants de 15-20 jours (NABM 3744, 3745) ; la mise enévidence d'anticorps de classe IgM (NABM 1746, 3746, 1747, 3747) ne permet pas dedifférencier une primo-infection d'une récurrence.

Du fait du croisement antigénique très important entre HSV-1 et HSV-2, la plupart desréactifs disponibles ne permettent pas de faire la distinction entre ces deux agents.

En dehors de la mise en évidence d'une séroconversion avérée, le sérodiagnostic herpétiqueest peu contributif.

A un stade tardif, le diagnostic d'encéphalite herpétique peut être renforcé par la détectionparallèle d'anticorps anti-herpétiques dans le sérum et dans le LCR.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS HTLV


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- dépistage d'un porteur asymptomatique dans le cadre réglementaire (dons de sang,

d'organes, de tissus ou de cellules) ou chez un sujet appartenant à une population àrisque (du fait de sa provenance géographique (leucémie lymphocytaire T du Japonet de l’ouest de l’Inde, paraplégie des Caraïbes) ou d'un comportement à risque

- diagnostic d'une pathologie possiblement liée au virus HTLV

Notion de séjour en zone d'endémie (préciser le ou les pays)



EchantillonSang veineuxLiquide céphalo-rachidien dans le cas d’une symptomatologie neurologiquePrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)


ParticularitésDans tous les cas, le dépistage repose sur la détection des anticorps spécifiques (NABM1754) sur un seul sérum.

Toute sérologie de dépistage positive (ou douteuse) doit conduire à demander un test deconfirmation (NABM 1755) sur un deuxième sérum (pour éviter les erreurs d'identification del'échantillon).

Dans la paraparésie spastique tropicale, il est possible de mettre en évidence des anticorpsanti-HTLV dans le liquide céphalo-rachidien.





SERODIAGNOSTIC DE LA MONONUCLEOSE INFECTIEUSE PARRECHERCHE D'ANTICORPS HETEROPHILES


BIOPATHOLOGIE


Tableau clinique ou biologique de mononucléose infectieuse

Immunodépression




ParticularitésLa recherche d'anticorps hétérophiles, bien que sans rapport avec le virus Epstein-Barr(EBV), est pathognomonique d'une mononucléose infectieuse (due, dans la quasi-totalitédes cas, à une primo-infection à virus EBV et, exceptionnellement, à une primo-infection àcytomégalovirus).

Ce test manque très nettement de sensibilité chez l'enfant de moins de 10 ans ; en dessousde cet âge, la sérologie spécifique du virus EBV doit toujours être préférée.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONA VIRUS PARAINFLUENZA


BIOPATHOLOGIE






ParticularitésLe diagnostic d'infection récente repose sur la mise en évidence d'une variation significativedu taux des anticorps sur deux prélèvements distants de 15-20 jours (NABM 3760, 3761).

Le diagnostic d'immunité (NABM 1735 et 3780), rarement déterminé, nécessite un seulprélèvement. Le sérodiagnostic par réaction de fixation du complément (NABM 1761, 3761) manque desensibilité chez l'enfant de moins de 5 ans.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS RABIQUE


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- détermination du statut immunitaire post-vaccinal- diagnostic d'une encéphalite dans un contexte évocateur

Notion de vaccination anti-rabique

Transplantation d’organe



Echantillon /PrélèvementSang veineuxLiquide céphalo-rachidien : volume de 0,5 à 1ml sur tube sec Obtenir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la conservation du sérum et du LCR au moins un an à une température < -20°C.

ParticularitésLa détermination de l'immunité post-vaccinale s'effectue sur un seul échantillon (NABM1767).

La recherche d'anticorps dans le sérum et dans le LCR (NABM 1766) a peu d'intérêt dans lecadre d'une encéphalite.





SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE LA ROUGEOLE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1768, 1769, 1770, 1771, 1772

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'une infection récente- statut immunitaire

Notion de vaccination anti-rougeoleuse




Echantillon/ PrélèvementSang veineuxLiquide céphalo-rachidien dans le cas d’une symptomatologie neurologiquePrévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaireset la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20°C)

ParticularitésLe diagnostic biologique d'une infection récente repose sur la recherche des anticorpsspécifiques de classe IgM (NABM 1768, 1769) ou sur la mise en évidence d'une variationsignificative du taux des anticorps sur deux prélèvements distants de 15-20 jours.

La détermination du statut immunitaire naturel ou post-vaccinal nécessite un seulprélèvement (NABM 1770, 1771, 1772).

Le diagnostic de panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS) repose sur la mise enévidence d'une sécrétion intrathécale d'anticorps anti-rougeoleux.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures.Conserver les échantillons à +4°C dans l'attente du transport.

L’horodatage du prélèvement ou du recueil, de l’acheminent et de la réception de chaque échantillonau laboratoire ainsi que l’identification de toutes les personnes qui accomplissent ces tâches sontessentiels.

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS DE LA RUBEOLE


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'une infection récente (notamment dans le cadre de la grossesse)- détermination du statut immunitaire

Notion de grossesse (préciser l'âge de la gestation)

Notion de vaccination anti-rubéolique et date de celle-ci (si connue)




EchantillonSang veineuxSang fœtal : s'assurer qu'il s'agit bien de sang fœtal non contaminé par du sang maternel oudu liquide amniotique Toujours prélever en parallèle du sang maternel


Prélèvement Le prélèvement de sang fœtal doit être effectué après la 22ème semaine d'aménorrhée pourpermettre un diagnostic fiable d'infection rubéolique in utero.

ParticularitésLe diagnostic d'infection récente repose sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques declasse IgM par immunocapture (NABM 3783) ou d'une séroconversion sur deuxprélèvements distants de 15-20 jours (NABM 3773). La recherche des IgA ou la mesure del'avidité peut aider à dater l'infection rubéolique.

La détermination du statut immunitaire naturel ou post-vaccinal nécessite un seulprélèvement (NABM 1773, 4717).

Dans le cadre du diagnostic anténatal (sous la responsabilité d'un biologiste agréé), larecherche d'IgM spécifiques par immunocapture (NABM 3783) est très contributive.

Le diagnostic d'infection rubéolique congénitale aprés la naissance repose également sur larecherche d'IgM spécifique par immunocapture (NABM 3783).



SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTIONPAR LE VIRUS OURLIEN


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique de la demande :- diagnostic d'une infection récente- statut immunitaire

Notion de vaccinationContexte épidémique




ParticularitésLe diagnostic d'infection récente repose sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques declasse IgM (NABM 1756, 1757) ou d'une variation significative du taux des anticorps surdeux prélèvements distants de 15-20 jours.Un diagnostic d'immunité naturelle ou post-vaccinale nécessite un seul prélèvement (NABM1758, 1759).



SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS RESPIRATOIRESYNCYTIAL (RSV)


BIOPATHOLOGIE






ParticularitésLe diagnostic d'infection récente repose sur la mise en évidence d'une variation significativedu taux des anticorps sur deux prélèvements distants de 15-20 jours (NABM 3787, 3781)

Le diagnostic d'immunité (NABM 3787), rarement déterminé, nécessite un seul prélèvement. Le sérodiagnostic par réaction de fixation du complément (NABM 3781) manque desensibilité chez l'enfant de moins de 5 ans.





DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTIONA VIRUS VARICELLE ZONA (VZV)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 1777, 3777, 1778, 3778, 1779, 1780

BIOPATHOLOGIE


Immunodépression





ParticularitésUn diagnostic d'infection évolutive à VZV (primo-infection ou récurrence) repose sur la miseen évidence d'une variation significative du taux des anticorps sur deux prélèvementsdistants de 15-20 jours (NABM 3777, 3778) ou d'anticorps de classe IgM (NABM 1777,1778).

La détermination du statut immunitaire repose sur une seule détermination (NABM 1779,1780).

A un stade tardif, le diagnostic d'infection du système nerveux central à VZV peut êtrerenforcé par la détection parallèle d'anticorps anti-VZV dans le sérum et dans le LCR.





GENOME (ADN) DU VIRUS DE L’HEPATITE B (HBV) : DETECTION QUANTITATIVE


BIOPATHOLOGIE


Bilan sérologique associé

Traitement antiviral : durée, posologie



EchantillonSang veineux :

- plasma : de préférence sur tube EDTA (ou ACD) – jamais sur héparine

- sérum : sur tube sec stérile

PrélèvementSi le prélèvement ne peut pas être transporté dans les 4 heures, il doit être décanté parcentrifugation. Le recueil sur tube spécial pour tests de biologie moléculaire avec gelséparateur est une bonne alternative à la centrifugation

ParticularitésCet examen peut être prescrit dans les situations suivantes :

- suivi d’une infection chronique par HBV- diagnostic d’une hépatite chronique d’origine indéterminée avec marqueurs

sérologiques négatifs- aide à la décision thérapeutique - évaluation de l’efficacité thérapeutique

Les échantillons doivent être conservés pendant 1 an à – 30°C selon la Nomenclature desActes de Biologie Médicale (JO du 12.08.1997).

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Les prélèvements doivent être transportés dans les 4 heures au laboratoire.Sinon ils doivent être décantés et transportés à – 30°C ou à une température inférieure(– 80°C) sans rupture de la chaîne du froid.


GENOME (ARN) DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) : DETECTION QUALITATIVE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Code NABM 4121, 4123

BIOPATHOLOGIE


Bilan sérologique associé





- plasma : de préférence sur tube EDTA (ou ACD) – jamais sur héparine- sérum : sur tube sec stérile

PrélèvementPrélèvement potentiellement dangereux ;

Si le prélèvement ne peut pas être transporté dans les 4 heures, il doit être décanté parcentrifugation. Le recueil sur tube spécial pour tests de biologie moléculaire avec gelséparateur est une bonne alternative à la centrifugation

ParticularitésCet examen peut être prescrit dans les situations suivantes :

- établissement du caractère chronique de l’infection par HCV- diagnostic d’une hépatite chronique d’origine indéterminée avec marqueurs

sérologiques négatifs (immunodéprimés, hémodyalisés…)- évaluation de l’efficacité thérapeutique


TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Les prélèvements doivent être transportés dans les 4 heures au laboratoire.Sinon ils doivent être décantés et transportés à –80°C sans rupture de la chaîne du froid.


GENOME (ARN) DE VIRUS DE L’HEPATITE C (VHC) : DETECTION QUANTITATIVE


BIOPATHOLOGIE


Bilan sérologique associé et détection qualitative de l’ARN viral positive



Personnes, précautions standard : CDC AtlantaPrélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1


- plasma : de préférence sur tube EDTA (ou ACD) – jamais sur héparine

- sérum : sur tube sec stérile

PrélèvementPrélèvement potentiellement dangereux ;


ParticularitésCet examen est prescrit dans le cadre de l’évaluation de l’efficacité thérapeutique, en débutet en cours de traitement. De façon ponctuelle, il peut être utile de mesurer la charge viralepour évaluer mieux le risque de transmission (notamment au cours des accidents exposantau sang ou dans le cadre de l’infection materno-fœtale).

Certains tests quantitatifs, du fait d’une sensibilité équivalente aux tests qualitatifs, peuventêtre prescrits pour les mêmes indications que ces derniers (voir fiche correspondante).


TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécuritédes personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur).Les prélèvements doivent être transportés dans les 4 heures au laboratoire.Sinon ils doivent être décantés et transportés à –80°C sans rupture de la chaîne du froid.


GENOTYPAGE DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) PAR BIOLOGIEMOLECULAIRE


BIOPATHOLOGIE


Détection positive de l’ARN viral





PrélèvementPrélèvements potentiellement dangereux ;


ParticularitésCet examen est prescrit dans les indications suivantes :

- à titre pré-thérapeutique pour déterminer la durée du traitement- à titre épidémiologique pour documenter une transmission




SEROTYPAGE DU VIRUS DE L’HEPATITE C (HCV) PAR METHODEIMMUNOLOGIQUE


BIOPATHOLOGIE


Sérologie HCV positive



EchantillonSang veineux sur tube sec stérile

PrélèvementPrélèvements potentiellement dangereux ;

ParticularitésCet examen est prescrit à titre pré-thérapeutique pour déterminer la durée du traitement.C’est le seul test disponible pour typer le virus a posteriori quand l’ARN viral est devenuindétectable.





GENOME (ARN) DU VIRUS DE L’IMMUNODEFICIENCE HUMAINE(HIV-1) : CHARGE VIRALE


BIOPATHOLOGIE


Séropositivité connue vis à vis du HIV-1

Stade de la maladie (classification CDC)

Traitement antirétroviral en cours : durée, posologie





PrélèvementPrélèvements potentiellement dangereux Si le prélèvement ne peut pas être transporté dans les 4 heures, il doit être décanté parcentrifugation. Le recueil sur tube spécial pour tests de biologie moléculaire avec gelséparateur est une bonne alternative à la centrifugation

ParticularitésCet examen est prescrit dans les indications suivantes :

- apprécier le stade évolutif de l’infection HIV-1 (détermination tous les 3 à 6 mois)- apprécier, en parallèle avec le taux de lymphocytes CD4+, la nécessité d’instaurer un

traitement- évaluer, en parallèle avec le taux de lymphocytes CD4+, l’efficacité d’un traitement

antirétroviral et la nécessité d’en changer




HIV : ISOLEMENT PAR CULTURES SUR LYMPHOCYTES


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- situation néonatale (date de l’accouchement)- origine géographique du patient- date du contage, de la première sérologie positive- traitement antirétroviral- préciser les résultats sérologiques (ELISA, western blot, sérotypage, génotypage) et

la charge virale du patient (ou de la mère en cas d’analyse chez le nouveau-né)



EchantillonLymphocytes du sang périphérique

Prélèvement20 ml de sang périphérique ou de sang de cordon prélevé sur tube hépariné

Prélèvements potentiellement dangereux ;

ParticularitésLa recherche de HIV par culture est réservée aux laboratoires spécialisés équipés de locauxavec un niveau de confinement de type L3. Elle est réservée à des situations particulières(notamment nouveau-né de mère séropositive pour le HIV).


A température ambiante dans les 4 heures suivant le recueil.

NE PAS CONGELER.


VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (VRS) : RECHERCHE DIRECTEPAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURES


BIOPATHOLOGIE


Immunosuppression


Notion d’épidémie, notion d’infection nosocomiale






PrélèvementEcouvillonnage nasal haut ou pharyngé, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dansun milieu de transport de virologieLavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolairerecueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement




VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : CULTURES ORIENTEES ETIDENTIFICATION


BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- notion antérieure de varicelle ou de zona- localisation des lésions- notion de lésion chez la mère ou vérification de la sérologie maternelle si suspicion

de varicelle chez le nouveau-né ou le fœtus

Immunosuppression




EchantillonLésions cutanéo-muqueuses riches en cellules épithéliales cutanées


Liquide amniotique

PrélèvementVésicules cutanéo-muqueuses : décollement du plafond, écouvillonnage du plancher de lalésion, puis conservation de l’écouvillon dans un milieu de transport de virologieLCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Sécrétions respiratoires (en cas de suspicion de pneumonie varicelleuse) recueillies dans unrécipient stérile adapté et fermé hermétiquement

Liquide amniotique recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement

ParticularitésEffectuer les prélèvements avant mise sous traitement antiviral.La recherche d’une infection fœtale à VZV doit être réalisée par un biologiste agréé.

TransmissionSelon les procédures légales nationales et internationales permettant d’assurer la sécuritédes personnes. Dans les minutes qui suivent le recueil (le VZV est particulièrement fragile).


VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : RECHERCHE DIRECTE PARIMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l’objet d’instructionsspécifiques.Codes NABM 4232, 4233

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :- notion antérieure de varicelle ou de zona- localisation des lésions- notion de lésion chez la mère ou vérification de la sérologie maternelle si suspicion

de varicelle chez le nouveau-né

Immunosuppression




EchantillonLésions cutanéo-muqueuses riches en cellules épithéliales cutanées

PrélèvementVésicules cutanéo-muqueuses : décollement du plafond, écouvillonnage du plancher de lalésion, puis conservation de l’écouvillon dans un milieu de transport de virologie

Sécrétions respiratoires (en cas de suspicion de pneumonie varicelleuse) recueillies dans unrécipient stérile adapté et fermé hermétiquement

ParticularitésEffectuer les prélèvements avant mise sous traitement antiviral



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