molekularna biologija eukariotaletnji semestar 2011/2012.

Vežba 1:

ORGANIZACIJA MOLEKULARNO-BIOLOŠKE LABORATORIJE

(i drugih sličnih laboratorija)

ms Željko D. Popović Univerzitet u Novom Sadu

Prirodno-matematički fakultet

Departman za biologiju i ekologiju

Laboratorija za biohemiju i molekularnu biologiju

Naučno-istraživačka laboratorija

• Jedna ili više prostorija specijalno uređenih za izvođenje naučnog rada

(izvođenje eksperimenata, različitih analiza, obrade

biološkog/nebiološkog materijala itd.)

• Mogu biti opšte namene ili usko-specijalizovane

(npr. laboratorija za gasnu hromatografiju)

Organizacija• Prvi preduslov – postojanje prostora

• U zavisnosti od tipa laboratorije, potreba i mogućnosti – prostorije mogu biti veće ili manje površine, a moguće je i naknadno pravljenje posebnih odeljaka u okviru prostorija

• Npr. odeljak za vage, PCR, izolaciju NK, mračna komora i sl.

Laboratorija

• Cilj je da se u njoj radi efikasno i što bolje i stoga najvažnije je da je laboratorija FUNKCIONALNO ORGANIZOVANA !

• Da predstavlja niz prostorija sa utvrđenim namenama, u kojima postoje tačna pravila rada, uputstva za rukovanje uređajima, protokoli o bezbednosti na radu kao i uputstva u slučaju vanrednih situacija.

• Ipak, taj prostor treba da je prijatan za rad, jer se u njemu provodi dosta vremena.

• Npr. osvetljenost je važna odlika ...

• Treba da je prilagođena potrebama ljudi koji rade u njoj, a ne podređena estetskim vrednostima... iako je lepo ako postoji preklapanje potreba a zadovolje se i estetski apsekti laboratorije ...

Laboratorija

Molekularno-biološka laboratorija (MBL)

• Da se podsetimo šta je to predmet istraživanja molekularne biologije:

PROMET GENETIČKE INFORMACIJE KROZ ŽIVE SISTEME

DNK RNK proteini

Organizacija MBL

• Prostor za čuvanje/gajenje biološkog materijala

• Odeljak/prostorija za držanje hemikalija i

laboratorijskog potrošnog materijala (engl. store

room)

• Odeljak/prostorija za precizna merenja (vage)

• Odeljak/prostorija za izolaciju nukleinskih

kiselina i proteina, i to ako je moguće, odvojeno

mesto za izolaciju RNK (RNase free zone)

• Odeljak/prostorija za PCR i elektroforezu

• Prostorija za mikrobiološki rad (za gajenje

vektora, kloniranje, transformaciju i selekciju

vektora)

• Prostorija za sekvenator

• Prostorija za mikroerej

• Hladna soba

....i druge prostorije i odeljci

prema potrebama

MBL• Stolovi (engl. lab bench) – prostori predviđeni za rad

• Treba da postoji više radnih mesta – prema broju istraživača koji rade u labu

• Svako radno mesto treba da ima zaseban set automatskih pipeta i po mogućnosti minifuge i slične korisne male aparate (ili bar da ih dva radna mesta dele) kako se ne bi stvarali zastoji i gužve pri istovremenom radu

• Svako radno mesto treba da poseduje ormarić (engl. cupboard) ili više njih za odlaganje raznoraznih stvari osobe koja koristi dato radno mesto, a po mogućnosti sa fijokama (engl. drawers)

Dobro iskoristiti prostor

Par exemplum

A divine laboratory!

Trust me I’ve been there!

UK, Cambridge, British Antarctic Survey ANGEL lab

(ANtarctic GEnomic Laboratory)

PCR, Sequencig &

& Electrophoresis room

Laboratoriju koristi više ljudi,

a gde je sto ljudi, sto je i ćudi...

i zato moraju postojati

STROGA PRAVILA PONAŠANJA

• MORA BITI JASNO OBELEŽENO GDE SE ŠTA NALAZI,

PRIDRŽAVATI SE TOG REDA, AKO NASTANE PROMENA

– OBAVESTITI SVE KOLEGE !!! Najbolje pismeno!

• PRIDRŽAVANJE MERA PREDOSTROŽNOSTI I OPREZA PRI RADU

• PRAVILAN RAD, UPOTREBA UREĐAJA I NJIHOVO ODRŽAVANJE

• JEDNAK NAČIN ZA OBELEŽAVANJE PRAVLJENIH RASTVORA U

LABU

• PRAĆENJE KOLIČINE HEMIKALIJA, UPOZORITI NA ONE KOJE SU

PRI KRAJU, AKO PRIMETIMO DA NEKA SUPSTANCA NE POKAZUJE

ZADOVOLJAVAJUĆA SVOJSTVA OBAVESTITI KOLEGE

• VOĐENJE EVIDENCIJE PRI RADU – DOSLEDNOST!

• PAŽLJIV RAD I REDOVNO ODRŽAVANJE HIGIJENE LAB-a

• JEDNAKA RASPODELA OBAVEZA (NPR. SVAKO JE ZADUŽEN ZA

ODRŽAVANJE JEDNOG/VIŠE UREĐAJA, SVAKO JE BAR JEDNOM U MESECU

ZADUŽEN ZA NEDELJNO MALO ČIŠĆENJE LABA I SL.)

• KOLEGIJALNOST I KOOPERATIVNOST PRI ISTOVREMENOM RADU

• STRPLJIVOST !

NE PODRAZUMEVATI NIŠTA !!!

BOLJE PITATI NEGO NAPRAVITI SEBI I DRUGIMA

PROBLEME!

Mere zaštite i oprezaMANTIL

NAOČARE

RUKAVICE

PAŽLJIVA PRIPREMA PRE RADA

DA LI SE MOŽE OVAKO OBLAČITI ?

Tipovi rukavica

nitrilne vinyl glove liners

Powderedor

Powder-free

PCR RADITI ISKLJUČIVO SA POWDER FREE RUKAVICAMA

PROSTOR U KOME RADIMO (LAMINAR, FUME HOOD)

HIGIJENA I PAŽNJA PRI RADU !!!

ODLAGANJE OTPADA(WASTE DISPOSAL)

HEMIJSKI OTPAD (engl. chemical waste)

BIOLOŠKI ODTPAD (engl.biological waste, biohazard)

MBL• Biološki materijal

– Bezopasan ???– Opasan (zarazan)

• Hemikalije– Bezopasne ??? (manje opasne)– Opasne (toksične, iritirajuće, zapaljive, isparljive)

• Posuđe– Stakleno– Plastično– Višekratno– Jednokratno (disposable)

• Uređaji različitih namena

POSUĐE

Stakleno posuđe (glassware)

aluminijum-silikatno stakloborsilikatno staklaflint staklo (PbO !!!) i dr

PRANJE

STERILIZACIJA

ERLENMEYER SIDE ARM ERLENMEYER

MORTAR & PESTLE

FUNNEL

GRADUATED CYLINDERVOLUMETRIC

FLASK

FORCEPS

DESICCATOR

Plastično posuđe(plasticware)

Po sastavu razlikujemo plastično posuđe od:

polivinila polietilena polikarbonata poliolefina teflona

PRANJE ????

NE TRETIRATI hrom-sumpornom kiselinom NITI BILO KOJIM oksidirajućim sredstvima

VARIOUS VOLUMES MINITUBES

TUBE RACKS

PLATE RACKS

COOLING PLATE RACKS

PIPETE (PIPETTES) automatske pipete

Single channel & Multi-channel

Adjustable & fixed volumes

Basic & digital displey pipettes

Nastavci za automatske pipete (tips)

Filter tipsLoading tips

EXCLUSIVELY DISPOSABLE PLASTICWARE – DO NOT RE-USE OR WASH IT !!!

Nikad ne vraćati sadržaj iz pipete u bocu iz koje je uzet rastvor

Pipette holders

PRIPREMANJE REAGENASA (REAGENTS)

Voda - destilovana voda (distilled w) - dejonizavana voda

Puferi (Buffer) Prilikom odabira pufera treba voditi računa o sledećim njegovim karakteristikama:

pKa vrednost promena pKa u zavisnosti od

promene temperature promena pKa sa razblaženjem rastvorljivost interakcija sa drugim

komponentama (metalnim jonima i enzimima)

UV apsorbanca permeabilnost kroz biološke

membrane cena

Rastvori (solutions)

- štok (koncentrovani) rastvori

- razlivati u manje zapremine (to aliquot)

CHEMICALS & KITS

engl. KIT = KOMPLET

Izbegavajte konstrukcije:

....RNK smo izolovali pomoću kita (?!) za RNK....

Bolje je ...RNK je izolovana pomoću kompleta za izolaciju ukupne RNK...i sl.

LABORATORIJSKI UREĐAJI 1. autoklav

2. laminar

3. digestor

4. frižider (5oC)

5. zamrzivači (-20oC, -80oC)

6. vodeno kupatilo

7. termoblokovi

8. vorteks i šejkeri

9. vakuum pumpe

10. aparati za dobijanje čiste vode

11. pH metar

12. različite vrste mešalica

13. različite vrste vaga

14. termostati

15. centrifuge

16. mikroplate centrifuge

17. vakuum centrifuge

18. minifuge

19. spektrofotometri

20. PCR mašine

21. sekvenatori

22. mikroerej štampači

23. CO2 inkubatori

24. elektroforeze

25. transluminator

26. fotoaparat i/ili fotokomora

27. mikrotalasna pećnica

i mnogi drugi...

DIGESTORI (engl. FUME HOODS)

WALK-IN FH

VAGE (engl. BALANCES)

Centrifuge

VacufugeMicroplate centrifuge

minifuge

TRESILICE I VORTEKSI

ROCKER

PLATE SHAKER

HEATING BLOCKS & BATH

BATHS

incubators

oven

pH meter

Nanodrop

Thermocycler

A PCR corner in the LAB !

Electrophoresis

tank

gel traycomb

flask

wells

lanes

TRANSLUMINATOR

GELIMIGERS

Sequencer

ULTRA PURE WATER

LAB NOTEBOOKS

....yeah, sure!