taksonomi NUMERIK tumbuhan

8/18/2019 taksonomi NUMERIK tumbuhan

1/22

taksonomi tumbuhan adalah ilmu yang mempelajari penelusuran, penyimpanan contoh, pemerian, pengenalan (identifikasi), pengelompokan (klasifikasi), dan penamaan tumbuhan . Ilmu ini merupakan cabang dari taksonomi .

Taksonomi tumbuhan (juga hewan) sering kali dikacaukan dengan sistematika tumbuhan danklasifikasi tumbuhan. Klasifikasi tumbuhan adalah bagian dari taksonomi tumbuhan.Sistematika tumbuhan adalah ilmu yang berkaitan sangat erat dengan taksonomi tumbuhan.

amun, sistematika tumbuhan lebih banyak mempelajari hubungan tumbuhan dengan prosese!olusinya . "alam sistematika bantuan ilmu seperti filogeni dan kladistika banyak berperan."i sisi lain, taksonomi tumbuhan lebih banyak mempelajari aspek penanganan sampel#sampel ( spesimen ) tumbuhan dan pengelompokan (klasifikasi) berdasarkan contoh#contohini.

Ilmu taksonomi tumbuhan mengalami banyak perubahan cepat semenjak digunakannya berbagai teknik biologi molekular dalam berbagai kajiannya. $engelompokan spesies kedalam berbagai takson sering kali berubah#ubah tergantung dari sistem klasifikasinya .

Klasifikasi

%. Klasifikasi tumbuhan adalah pembentukan kelompok#kelompok dari seluruhtumbuhan yang ada di bumi ini hingga dapat disusun takson#takson secara teraturmengikuti suatu hierarki.

&. Sifat#sifat yang dijadikan dasar dalam mengadakan klasifikasi berbeda#bedatergantung orang yang mengadakan klasifikasi dan tujuan yang ingin dicapai dengan

pengklasifikasian itu.

'. Takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) yang lebih rendah mempunyaikesamaan sifat lebih banyak daripada takson yang terdapat pada tingkat takson(kategori) di atasnya.

. $erbedaan antara istilah takson dengan kategori yaitu istilah takson yang ditekankanadalah pengertian unit atau kelompok yang mana pun, sedangkan istilah kategori yangditekankan adalah tingkat atau kedudukan golongan dalam suatu hierarki tertentu.

. "alam taksonomi tumbuhan istilah yang digunakan untuk menyebutkan suatu namatakson sekaligus menunjukkan pula tingkat takson (kategori).

*. +da tiga sistem klasifikasi dalam taksonomi tumbuhan yaitu sistem klasifikasi buatan,sistem klasifikasi alam, dan sistem klasifikasi filogenetik.

. -erdasarkan sejarah perkembangannya ketiga sistem klasifikasi tersebut dibagimenjadi empat periode yaitu periode sistem habitus, periode sistem numerik, periodesistem alam, dan periode sistem filogenetik.

Identifikasi

http://id.wikipedia.org/wiki/Tumbuhanhttp://id.wikipedia.org/wiki/Tumbuhanhttp://id.wikipedia.org/wiki/Taksonomihttp://id.wikipedia.org/wiki/Taksonomihttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Sistematika_tumbuhan&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Evolusihttp://id.wikipedia.org/wiki/Filogenihttp://id.wikipedia.org/wiki/Filogenihttp://id.wikipedia.org/wiki/Kladistikahttp://id.wikipedia.org/wiki/Kladistikahttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Spesimen&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Daftar_sistem_klasifikasi_tumbuhan&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Daftar_sistem_klasifikasi_tumbuhan&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Taksonomihttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Sistematika_tumbuhan&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Evolusihttp://id.wikipedia.org/wiki/Filogenihttp://id.wikipedia.org/wiki/Kladistikahttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Spesimen&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Daftar_sistem_klasifikasi_tumbuhan&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Tumbuhan


2/22

Identifikasi tumbuhan adalah menentukan namanya yangbenar dan tempatnya yang tepat dalam sistem klasifikasi.

%. Tumbuhan yang akan diidentifikasikan mungkin belum dikenal oleh dunia ilmu

pengetahuan (belum ada nama ilmiahnya), atau mungkin sudah dikenal oleh duniailmu pengetahuan.

&. $enentuan nama baru dan penentuan tingkat#tingkat takson harus mengikuti aturanyang ada dalam KITT.

'. $rosedur identifikasi tumbuhan yang untuk pertama kali akan diperkenalkan ke duniailmiah memerlukan bekal ilmu pengetahuan yang mendalam tentang isi KITT.

. ntuk identifikasi tumbuhan yang telah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan,memerlukan sarana antara lain bantuan orang, spesimen herbarium, buku#buku floradan monografi, kunci identifikasi dan lembar identifikasi jenis.

. /lora adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis#jenistumbuhan yang ditemukan dalam suatu wilayah tertentu.

*. 0onografi adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis#jenistumbuhan yang tergolong dalam kategori tertentu. baik yang terbatas pada suatuwilayah tertentu saja maupun yang terdapat di seluruh dunia.

. Kunci identifikasi merupakan serentetan pertanyaan#pertanyaan yang jawabnya harus

ditemukan pada spesimen yang akan diidentifikasi.1. -ila semua pertanyaan berturut#turut dalam kunci identifikasi ditemukan jawabnya,

berarti nama serta tempatnya dalam sistem klasifikasi tumbuhan yang akandiidentifikasi dapat diketahui.

2. 3embar Identifikasi 4enis adalah sebuah gambar suatu jenis tumbuhan yang disertaidengan nama klasifikasi jenis yang bersangkutan.

*

Klasifikasi mengandung dua pengertian yaitu proses klasifikasi dan produk dari prosesklasifikasi berupa system klasifikasi.

TUJUAN KLASIFIKASI

Klasifikasi ini mempunyai tujuan5

%. ntuk mencapai kemudahan

&. 6fisiensi dalam mengingat ( Economy of memory ), klasifikasi bertujuan untukmenginat sesedikit mungkin, tetapi dalam ingatan tersebut mengandung informasisebanyak#banyaknya


3/22

'. $enyimpan informasi yang dapat dipanggil kembali

. Sebagai alat untuk memprediksi

. 0embantu dalam Identifikasi

*. 0enunjukkan jauh dekatnya hubungan kekerabatan

TAKS N !I NU!"#IK

Salah satu cara pendekatan dalam klasifikasi tumbuhan adalah dengan menggunakantaksonomi numerik. Istilah taksonomi numerik ( numerical taxonomy ) atau taxometrics diciptakan oleh Sokal dan Sneath (%2*'). Taksonomi numerik muncul secara kebetulan

bersama#sama dengan pendekatan fenetik dalam klasifikasi tumbuhan. 7leh sebab itu muncul pendapat bahwa kedua pendekatan ini sama, padahal tidak demikian. Sebab taksonominumerik tidak menghasilkan data baru, bukan pula sistem pendekatan baru, tetapi metode

baru dalam pengorganisasian data, dan biasanya dengan bantuan komputer, sehinggataksonomi numerik bisa digunakan dalam menentukan hubungan kekerabatan dalam

pendekatan fenetik (Stace, %218)

Tingkatan taksa terendah yang diteliti dalam taksonomi numerik dinamakan OperationalTaxonomic Units (7T s). 0atriks data yang diperlukan dalam metode fenetik merupakan

persilangan antara sifat ciri dengan setiap 7T . +gar dapat dilakukan analisis dengankomputer, matriks data tersebut harus dalam bentuk numerik.

ANALISIS F"N"TIK

Tidak semua ahli taksonomi merasa puas dengan adanya pendekatan secara filogenetik.-eberapa ahli seperti Sokal dan Sneath, memandang pendekatan ini terlalu subyektif. Sebagai

bukti mereka menyebutkan, ahli taksonomi yang berbeda membuat klasifikasi yang berbedauntuk mahluk hidup yang sama. /aktor subyektifitas dari sistem filogenetik juga tampakdalam pemilihan ciri#ciri taksonomi yang akan dibandingkan.

saha untuk menghindari atau setidak#tidaknya mengurangi sifat subyektifitas ini, khususnyadalam mengelompokkan mahluk hidup ditempuh antara lain dengan 5 (%) diusahakanmenggunakan ciri#ciri taksonomi sebanyak#banyaknya9 (&) deskripsi maupun cara

pengukuran dari ciri#ciri tersebut dibuat sejelas dan setepat mungkin9 (') membandingkan

ciri#ciri taksonomi setepat mungkin, yaitu secara kuantitatif (:ideng, %212).

$andangan tersebut telah melahirkan pendekatan fenetik. /enetik didasarkan pada konsep bahwa hubungan kekerabatan diantara mahluk hidup didasarkan atas jumlah derajat persamaan yang ada.

;agasan fenetik ini diperkenalkan oleh +danson pada abad ke#%1. $ara peneliti seperti0ichener, Sokal, Sneath,


4/22

numerik ini diperlukan suatu perangkat lunak, perangkat lunak (program) yang biasadigunakan adalah Systat !ersi '.8 (:ahayu, &88&), TS>Spc !ersi &.8 (:ohlf,%2219 ;engler#

owak, &88&).

NTS$Sp% &ersion '.(

TS>Spc merupakan program yang digunakan untuk mencari dan menampilkan suatustruktur dalam data multivariate . $rogram ini pertama kali dibuat untuk digunakan pada

bidang ilmu biologi, khususnya pada bidang taksonomi numerik ( TS>S? NumericalT a@onomy S$S tem). Tetapi kemudian penggunaan program ini mulai digunakan untukmorfometrik, ekologi, dan untuk beberapa disiplin ilmu alam, teknik, dan sosial.

$ada kajian biosistematik, terdapat dua pendekatan yang berbeda dalam klasifikasi, yaitu pendekatan fenetik dan kladistik. /enetik lebih menekankan pada pola deskriptif darikeanekaragaman hayati dan mengklasifikasikan berdasarkan derajat kesamaannya yangdihitung dari data multivariate . Sedangkan kladistik merupakan pendekatan klasifikasimelalui sejarah e!olusi dari organisme (:ohlf, %221).

TS>Spc !ersion &.8 dapat digunakan untuk menghitung penilaian#penilaian yang beragamdari kesamaan ( similarity ) ataupun ketidaksamaan ( dissimilarity ) antar abjek yang diteliti(7T s, indi!idu, spesimen, kuadrat, dan lain#lain) kemudian menyusunnya dalam suatukesatuan berdasarkan kesamaannya ( cluster analysis ), atau dalam suatu ruang dalam satu ataulebih sumbu ordinat ( ordination analysis Amultidimensional scale analysis ).

+nalisis fenetik dengan program TS>Spc !ersion &.8 ini dapat menghasilkan suatudendrogram yang menggambarkan sejauh mana hubungan kekerabatan antar objek yangditeliti.

*

. )eriode sistem numerik

$eriode ini terjadi pada permulaan abad ke %1, yang ditandai dengan sifat sistem yang murniartifisial, yang sengaja dibuat sebagai sarana pembantu dalam identifikas tumbuhan. Sistemini tidak menggunakan bentuk dan tekstur tumbuhan sebagai dasar utama pengklasifikasian.Tetapi pengambilan kesimpulan mengenai kekerabatan antara tumbuhan.

"alam periode ini tokoh yang paling menonjol adalah Karl 3inne (


5/22

kesempatan oleh


6/22

>aitu salah satu murid 3innaeus dari /inlandia yang pernah terpaksa berpakaian sebagai petani untuk menghindari penganiayaan orang#orang badui ketika mengadakan ekspedisi dari"enmark, dari koleksi /orskal inilah 3innaeus dapat mengetahui flora 0esir, terutama yagada disekiatar Kairo.

d. aitu salah seorang murid 3innaeus yang sangat pandai, yang kemudian menjadi guru besar di ni!ersitas ;oningen, 4erman barat, penerbit karya 3innaeus system ve#eta"ilum edisi ke%',% ,dan % . Ia juga menulis berbagai publikasi dalam bidang tumbuhan.

f. 4. :oemer ( % *'# %1%2)

>airu seorang guru besar di Furich,Swis, yang bersama schules menerbitkan karya linnaeus systema ve#et"ilum edisi %*.

g.


7/22

"alam periode ini tokoh#tokoh yang dikemukakan dalam periode ini adalah

a. 0.+danson ( % & # %18*)

>aitu seorang ahli tumbuhan berkebangsaan $erancis dan seorang anggota akademi ilmu

pengetahuan di ni!ersitasa Sorbonne,$aris. >aitu ia menolak semua sistem artifisial,menggantikan dengan sistem alam, ia termasuk orang yang pertama#tama mengadakaneksplorasi tumbuhandidaerah tropika yang dalam bukunya families des plantes ia telahmembedakan dan mendeskripsi unit Dunit pada waktu sekarang setar dengan yang kita kenalsebgai bangsa (ordo) dan suku ( familia).

b. ;.ang ketiga#tiganya kemudianmenjadi ahli taksonomi tumbuhan yang bernama +ntoine dan -enard adalah murid $ierre0agnol (%*'1#% % ) yang menjadi guru besar dan direktur kebun raya di mompellier.$erancis. -enard menyusun kembali klasifikasi menurut sistem ciptaannya sendiri,tetapi

banyak kemiripannya dengan sistem linnaeus yang ditetapkan dalam karyanya yang berjudul fra#menta met!odi naturalis dan sistem ray dalam bukunya met!odue plantarum "enard membagi tumbuhan bangsa dalam tumbuhan biji tunggal dan tumbuhan biji belah, dandiadakan pembagian lebih lanjut mengenai kedudukan bakal buah, ada atau tidaknya mahkota

bunga,dan ada tidaknya pelekatan daun#daun mahkota bunga.

e. 4oseph (% 82#% 2)

>ang termuda dari ketiga "e jussieu bersaudara ini tinggal bertahun#tahun di +merikaSelatan untuk studi dan pembuatan koleksi.

f. +ll de 4ussieu (% 1#%1'*)

Telah mempublikasikan karyanya yang pertama yang memuat suatu sistem klasifikasitumbuhan yang baru. Saran klasifikasi tumbuhan dari "e jussie adalah sebagai berikut5


8/22

i. +cotyledoneae terdiri atas satu kelas dengan * suku fungi, algae, hepaticae, musci, filices,njades.

ii. 0onocotyledoneae terdiri atas ' kelas dengan %* suku .

iii. "icotyledoeae yang terbagi dalam

• 0onoclinae yang dibag lagi dalam ' golongan

a. apetalae terdiri atas ' kelas dengan %% suku

b. monopetalae terdiri atas kelas dengan & suku

c. polypetalae terdiri atas ' kelas dengan suku

• "iclinae terdiri atas % kelas dengan suku

+ll. de jussie menjadi guru besar yang dikenal sebagai "6


9/22

%. +nak kelas /oliaceae, yang mencakup 0usci dan =epaticae.

&. +nak kelas +phyllae, yang meliputi 3ichenes, =Ipo@yla, /ungi dan +lgae.

b. +lphonso "e


10/22

b. $erispermae

c. +perispermae

&. "icotyledonae

+. +ngiospermae

a) ;amopetalae

b) "ialypetalae

-. ;ymnospermae

3etak kelemahan system -rongniart ini adalah penempatan angiospermae dangymospermaedalam lingkungan "icotyledonae

g. St. 3. 6ndlicher (%18 #%1 2)

+dalah ;uru besar Ilmu Tumbuhan, "irektur Kebun :aya dan 0useum -otani di Gina. "arisekian banyak publikasinya, ia tercatat sebagau salah seorang penganjur system alam yangtermuat dalam bukunya ;enera $lantarum yang memuat 11' marga yang *&' di antaranyaadalah dari tumbuhan berberkas angkutan. System klasifikasinya yang termuat dalam ;eneral$lantarum itu terbit kira#kira pada masa yang bersamaan dengan terbitnya system bronkniart,dan dianggap sebagai salah satu sumbangan yang besar dalam sejarah klasifikasi tumbuhan.6ndlicher mengklasifikasikan tumbuhsn sebagai berikut 5

:egion I Thallophyta

Sectio %. $rotophyta (+lgaedan 3ichenes)

S6ctio &. =>sterophita (fungi)

:egiopn II


11/22

Kohor '. ;amepetalae

Kohor . "ialypetalae

h. ;. -enmtham (%188#%11 ) dan 4. " =ooker (%1% #%2%%)

;eorge -entham pada mulanya adalah seorang amatir, tetapi setelah mencapai usia separuh baya telah memberikan sepenuh perhatiannya kepada Ilmu taksonomi tumbuhan. Ia menjadiahli taksonomi yang sangat mashur, disamping itu juga ahli bahasa dan menguasai bahasalatin dengan baik, dan penulis berbagai karya dalam bidang taksonomi tumbuhan, antara lain/lora of +ustralia, hongkong, dan nomografi#monografi dunia untuknsejumlah suku seperti$olygonaceae, labiatae, dll.SS

0. )eriode Sistem Filogenetik dari )ertengahan abad ke -/ hingga sekarang

Teori e!olusi, teori desendensd atau teori keturunan seperti yang diciptakan oleh darwinmerupakan suatru teori hingga sekarang oleh sebagian orang terutama tokoh agama masihdianggap kontro!ersial dan tetap ditentang kendati ajaran itu tetap diterima dan cepat tersebar luas dikalangan kaum ilmuan yang begitu fanatik terhadap teori ini sampai ada yangmenyatakan, bahwa B e!olusi bukannya teori lagi, tetapi adalah suatu aksioma yang tidak

perlu diragukan kebenarannya, dan oleh krenanya tidak perlu diperdebatkan lagi B.

Sistem klasifikasi dalam periode ini berupaya untuk mengadakan penggolongan tumbuhanyang sekaligus mencerminkan urutan # urutan golongan itu dalam sejarah perkembanganfilogenetiknya dan demikian juga menunjukan jauh dekatnya hubungan kekerabatan yangsatu dengan yang lain. 4adi dalam klasifikasi ini dasar yang digunakan adalah BfilogeniC dan

dari sini lahirlah nama Bsistem filogenetikC kenyataanya, bahwa kemudian muncul sistemklasifikasi yang berbeda, membuktikan bahwa persepsi dan interpretasi para ahli biologimengenai yang disebut filogeni itu masih berbeda D beda.


12/22

%. Kelas 0onocotyledonae

&. Kelas "icotiledonae

%e. +petalae

&e. Sympetalae

'e. 6leutheropetalae

b. +.G. 6ichler (%1'2 D %11 )

Seorang ahli tumbuhan yang sangat termashur karena publikasinya melalui diagram D diagram bunga, dan editor /lora -raJiliensis yang ditulis oleh !on 0artius (% 2 D %1*1),yang waktu menjadi guru besar di 0unich pernah mengambil 6ichler sebagai asitennya.6ichler juga pernah menjadi penulisbab tentang


13/22

II. +fdeling $hytosarcodyna

III. +fdeling /lagellatae

IH. +fdeling "iniflagellatae

H. +fdeling -achilariophyta

HI. +fdeling


14/22

Salah seorang guru besar ilmu tumbuhan di Ginadimana dalam sistem klasifikasinyamenggunakan istilah BstammC untuk kategori tertinggi barangkali sering menggunakan kataBdi!isiC. B+bteilungC untuk bagian BstammC yang barangkali dapat dinamakan sekarangdengan Banak di!isiC. Selain itu dia juga masih menggunakan istilah Bunter abteilungC yangsekarang sukar dicari padananya.

f. +lfred -. :endle (%1* D %2'2

Ia terkenal bukan hanya studinya mengenai ;ramineae, 7ricidaceae, ajadaceae tetapi jugakarena kepemimpinanyabertalian dengan penyusuan peraturan#peraturan pemberian namasecar internasional. Ia juga menulis


15/22

j.


16/22

%. $emilihan objek studi, yang dapat berupa indi!idu, galur, !arietas, jenis, dst. >ang penting diperhatikan ialah unit#unit yang dijadikan objek#objrk studi harus benar mewakili golongan organisme yang sedang di garap.

&. $emilihan ciri#ciri yang akan diberi angka (score). 4umlah ciri yang dipilih untuk

pemberian angka harus cukup banyak. Sekurang#kurangnya 8 (lima puluh) ciri, yangmasinhg#masing diberi kode dan selanjutnya disusun dalam bentuk tabel atayumatriks.

'. $enguksran kemiripan. Kemiripan ditentukan dengan membandingkan tiap ciri padamasing unit taksonomi operasional. -anyaknya atau besanya kesamaan diberi angkayang dinyatakan dalam M.

. +nalisis kelompok (cluster analysis). 0atriks kemiripan kemudian didata kembalisehingga unit#unit taksonomi operasional yang mempunyai kemiripam bersama yang

paling tinggi dapat dikumpulkan menjadi satu. Ini dapat dilakukan dengan berbagaicara yang memungkinkan penentuan takson atau kelompok yang sekerabat.Kelompok#kelompok itu disebut fenon dan ditata secara hirerki dalam suatu diagramyang disebut dendogram.

. "iskriminasi. 0etode yang diterapkan dalam taksonometri itu dalah metodemorfologi komparatif yang secara konfesional telah laJim digunakan, dengan

perbedaan dalam taksonomi numerik dimanfaatkan bantuan peralatan yang canggihtyaitu komputer dan alat yang digunakan untuk menghitung lainnya.

N

06;+ .8 adalah perangkat lunak bio informatika pertama saya telah digunakan dan sayamengalami kesulitan membuka beberapa file Jip untuk menganalisis dalam format /+ST+.Sejauh ini saya telah diberitahu bahwa saya harus (di 0icrosoft word) secara manualmengkon!ersi file dari 06;+ ke /+ST+, kemudian copy dan paste di file keselarasan baruselama tujuh lokus untuk setiap sampel saya menganalisa. 0asalahnya adalah ada sekitar *8file saya harus melakukan ini dengan. 4ika seseorang memiliki cara yang lebih baik yang sayadapat membawa beberapa file tanpa harus mengkon!ersi mereka dari 06;+ ke /+ST+/ormat satu per satu ini akan menghemat banyak waktu. Terima kasihO

N

!"2A , ! olecular " !olutionary 2 enetics Analysis, is a freely a!ailable tersedia softwarefor conducting melakukan statistical analysis of molecular e!olution and for constructing

phylogenetic trees . The project for de!eloping this software was initiated by the leadership of 0asatoshi ei in his laboratory at the $ennsyl!ania State ni!ersity in collaboration with hisgraduate student Sudhir Kumar and postdoctoral fellow Koichiro Tamura .P%Q ei wrote amonograph (pp. %'8) outlining the scope of the software and presenting new statisticalmethods that were included in 06;+. =owe!er, the entire set of computer programs waswritten by Kumar and Tamura. -ecause the personal computers at that time did not ha!e thecapability of sending the monograph and the software electronically, they were deli!ered by

http://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_treehttp://en.wikipedia.org/wiki/Masatoshi_Neihttp://en.wikipedia.org/wiki/Pennsylvania_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/Pennsylvania_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/Pennsylvania_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Sudhir_Kumar_(scientist)&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Sudhir_Kumar_(scientist)&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Koichiro_Tamura&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Koichiro_Tamura&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA1993-1http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA1993-1http://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_treehttp://en.wikipedia.org/wiki/Masatoshi_Neihttp://en.wikipedia.org/wiki/Pennsylvania_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Sudhir_Kumar_(scientist)&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Koichiro_Tamura&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA1993-1


17/22

postal mail. /rom the beginning, 06;+ was intended to be an easy#to#use software andinclude solid statistical methods only.

06;+ !ersion & (06;+&), which was coauthored by an additional in!estigator Ingrid4akobson , was released in &88%. P&Q +ll the computer programs and the readme files of this!ersion could be sent electronically because of the ad!ancement of computer technology.+round this time, the leadership of the 06;+ project was taken o!er by Kumar (now at+riJona State ni!ersity ) and Tamura (now at Tokyo 0etropolitan ni!ersity ). "espite thishumble start, 06;+%. P%Q has been cited at least &, 2' times according to ISI. The monographB0olecular 6!olutionary ;enetics +nalysisC was often used as a te@tbook for new ways ofstudying molecular e!olution.

06;+ has been updated and e@panded se!eral times (release history), and currently all these!ersions are a!ailable from the 06;+ home page ( www.megasoftware.net ).

Contents

• 1 Release History

• 2 Features

o 2.1 Sequence Alignment Construction

o 2.2 Data Handling

o 2.3 Genetic Code Ta le Section

o 2.! Real"Time Ca#tion $%#ert $ngine

o 2.& 'ntegrated Te%t File $ditor

o 2.( Sequence Data )ie er

o 2.+ ,C-" ased $stimation o /ucleotide Su stitution 0atterns

o 2. Su stitution 0attern Homogeneity Test

o 2. Distance $stimation ,et ods

o 2.14 Tests o Selection

o 2.11 ,olecular Cloc5 Test

o 2.12 Tree",a5ing ,et ods

o 2.13 Tree $%#lorers

• 3 $%ternal lin5s

http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ingrid_Jakobson&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ingrid_Jakobson&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ingrid_Jakobson&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA2000-2http://en.wikipedia.org/wiki/Arizona_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/Tokyo_Metropolitan_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA1993-1http://www.megasoftware.net/http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Release_Historyhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Featureshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Sequence_Alignment_Constructionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Data_Handlinghttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Genetic_Code_Table_Sectionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Real-Time_Caption_Expert_Enginehttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Integrated_Text_File_Editorhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Sequence_Data_Viewerhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#MCL-based_Estimation_of_Nucleotide_Substitution_Patternshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Substitution_Pattern_Homogeneity_Testhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Distance_Estimation_Methodshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tests_of_Selectionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Molecular_Clock_Testhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tree-Making_Methodshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tree_Explorershttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#External_linkshttp://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ingrid_Jakobson&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ingrid_Jakobson&action=edit&redlink=1http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA2000-2http://en.wikipedia.org/wiki/Arizona_State_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/Tokyo_Metropolitan_Universityhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#cite_note-MEGA1993-1http://www.megasoftware.net/http://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Release_Historyhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Featureshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Sequence_Alignment_Constructionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Data_Handlinghttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Genetic_Code_Table_Sectionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Real-Time_Caption_Expert_Enginehttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Integrated_Text_File_Editorhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Sequence_Data_Viewerhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#MCL-based_Estimation_of_Nucleotide_Substitution_Patternshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Substitution_Pattern_Homogeneity_Testhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Distance_Estimation_Methodshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tests_of_Selectionhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Molecular_Clock_Testhttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tree-Making_Methodshttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#Tree_Explorershttp://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis#External_links


18/22

• ! Re erences

Release History

,a6or ,$GA )ersions 738

Version Release Date

1.4 1 3 718

1.1 1 ! 7!8

2.4 2444 728

2.1 2441 728

3.4 244! 7&8

!.4 244( 7(8

!.1 244 7(8

&.4 2411 7+8

&.1 9ct 2412 7+8

&.2 A#ril 2413 7+8

(.4 Decem er 2413 7 8

Features

Sequence Alignment Construction

• Alignment $ditor

• ,ulti#le Sequence Alignment

• Sequencer :Trace; File $ditor


19/22

Genetic Code Table Section

• Add


20/22

• Synonymous


21/22

• ,$GA? a reely a aila le so t are

• ,$GA e site or a#anese users

• ,$GAJ A iologist"centric so t are or e olutionary analysis o D/A and

#rotein sequences. :244 ; umar S? Dudley ? /ei , K Tamura . >rieBngsin >ioin ormatics )ol. ? #ages 2 "34( e lin5 .

Re erences

1.

umar? S.? . Tamura? and ,. /ei :1 3; ,$GAJ ,olecular $ olutionaryGenetics Analysis. )er. 1.4? T e 0ennsyl ania State ni ersity? ni ersity 0ar5?0A.

umar? S.? . Tamura? '. >. a5o sen? and ,. /ei :2441; ,$GA2 J ,olecular$ olutionary Genetics Analysis. )er. 2.4? >ioin ormatics 1+J12!!"12!&.

L,$GA #date HistoryL . MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis .Retrie ed 24 une 2413.

umar? S.? . Tamura? and ,. /ei :1 !; ,$GAJ ,olecular $ olutionaryGenetics Analysis so t are or microcom#uters. CA>'9S 14J1 "1 1.

umar? S.? Tamura? .? and /ei? ,. :244!; ,$GA3J ,olecular $ olutionaryGenetics Analysis. >rie . >ioin ormatics &J1&4"1(3.

Tamura? .? Dudley? .? /ei? ,.? umar? S. :244+; ,$GA! J ,olecular$ olutionary Genetics Analysis. ,ol. >iol. $ ol. 2!: ;J1& ("1& .

Tamura? .? 0eterson? D.? 0eterson? /.? Stec er? G.? /ei? ,.? umar? S.:2411; ,$GA& J ,olecular $ olutionary Genetics Analysis using ,a%imum-i5eli ood? $ olutionary Distance? and ,a%imum 0arsimony ,et ods. ,ol. >iol.$ ol. 2 J2+31"2+3 .

Tamura? .? Stec er? G.? 0eterson? D.? Fili#s5i? A.? umar? S. :2413; ,$GA(J,olecular $ olutionary Genetics Analysis )ersion (.4. ,ol. >iol. $ ol. 34J2+2&"2+2 .

Kimball, G. 4ohn. %21 . 'iolo#i Edisi kelima (ilid ) . 4akarta5 6rlangga.

0ulyani, +sep. &8%'. Panduan Praktikum 'ot!ani P!anero#ame* ogyakarta5 ;ajah 0ada ni!ersity

$ress.

+nonim. &882. ,n#iospermae . http5AAdnabio %angiospermae.blogspot.com (diakses %8 +pril

&8%').

http://www.megasoftware.net/http://evolgen.biol.se.tmu.ac.jp/MEGA/http://kumarlab.net/pdf_new/KumarTamura08.pdfhttp://www.megasoftware.net/history.phphttp://dnabio71angiospermae.blogspot.com/http://dnabio71angiospermae.blogspot.com/http://www.megasoftware.net/http://evolgen.biol.se.tmu.ac.jp/MEGA/http://kumarlab.net/pdf_new/KumarTamura08.pdfhttp://www.megasoftware.net/history.phphttp://dnabio71angiospermae.blogspot.com/


22/22

+nonim. &882. Plantae dan ,nimalia* http5AAeducorolla*.blogspot.comA plantae dan animalia

(diakses %8 +pril &8%').

*Kimbal, 4ohn. G. %222. 'iolo#i* 4akarta5 6rlanggaSudarsono, dkk. &88 . Taksonomi Tum"u!an Tin##i* 0alang5 0 $ress

Tjirosoepomo, ;embong. &882. +orfolo#i Tum"u!an* >ogyakarta5 ;0 $ressTjirosoepomo, ;embong. &8%8. Taksonomi Tum"u!an -Spermatop!yta.* >ogyakarta5

;0 $ress

*Rustaman :Rustaman s Ble;. 244+. >otani 0 anerogamae. ni ersitas0endidi5an 'ndonesia. >andung J 0' 0ress.

T6itrosoe#omo? Gem ong. 244!. Ta5sonomi Tum u an :S#ermato# yta;. @ogya5artaJ Gad6a ,ada ni ersity 0ress.

Sudarso? d55. 244&. Ta5sonomi Tum u an Tinggi. ,alangJ ni ersitas /egeri,alang

Cam# ell? /eil A? et al.2443. Biologi Jilid II . a5artaJ $rlangga# Sudarsono? d55. 244&. Ta5sonomi Tum u an Tinggi. , 0ress. ,alang.# T6itrosoe#omo? gem ong. 1 &. ,or ologi Tum u an. Gad6a ,ada

ni ersity 0ress J @ogya5arta#

tt#J D'M=AH@9/9
http://educorolla6.blogspot.com/%20plantaehttp://educorolla6.blogspot.com/%20plantae

Documents

taksonomi NUMERIK tumbuhan