Struktur Tersier Asam Nukleat

  • Published on
    19-Jul-2015

  • View
    179

  • Download
    4

Transcript

STRUKTUR TERSIER ASAM NUKLEAT Yohanes Alvin/7101004 Struktur Tersier DNA Struktur DNA yang double helix tidak selamanya ditemukan dalam kondisi linear di dalam sel makhluk hidup. Ada struktur tersier DNA yang mungkin ditemukan di sel, yaitu superkoil, sirkuler dan cruciform. 1. Superkoil

Struktur superkoil pada DNA di gambar di atas merupakan model DNA kromosomal. Pada double stranded DNA, setiap 10 bp dapat terjadi puntiran antara kedua strand DNA tersebut membentuk struktur superkoil. Bentuk superkoil DNA sendiri ada dua jenis, yaitu superkoil negatif dan superkoil positif. Pada superkoil negatif, tekanan puntirannya lebih tinggi daripada superkoil positif. Bentuk superkoil seperti ini membuat DNA lebih kompak dan lebih mudah mengendap selama sentrifugasi dibandingkan DNA yang non superkoil. 2. Sirkuler

Biasanya ditemukan dalam bentuk sirkuler terbuka, dimana ada nick di strukturnya. Namun, bisa juga ditemukan sirkulernya tertutup dengan bantuan ikatan kovalen. Untuk membedakan struktur sirkuler terbuka dan tertutup ini, tidak dapat hanya menggunakan gel elektroforesis.

3. Cruciform

Bentuk tersier kedua DNA adalah cruciform, atau biasa disebut bentuk silang. Salah satu strand DNA dapat berikatan dengan dirinya sendiri, terutama bila ditemukan basa yang komplementer atau biasa disebut palindrom. Hal ini dapat membuat DNA tampak seperti loop. Struktur cruciform ini mempunyai dua sumbu simetri pada pusatnya dan menciptakan situs pengenalan yang spesifik untuk DNA mengikat protein. Struktur Tersier RNA RNA yang single strand juga memiliki struktur tersier yang biasanya disebabkan oleh ikatan hidrogen yang terjadi pada satu strand itu sendiri. Ada dua jenis RNA yang mempunyai struktur tersier, yaitu tRNA dan rRNA. 1. Struktur tersier tRNA

Struktur tersier tRNA biasanya terjadi karena ikatan hidrogen antara basa-basa pada lingkar D dengan basa-basa pada lingkar . Contohnya seperti pada gambar di atas yang merupakan tRNA fenilalanin dari yeast. Struktur tersier tRNA ini menggabungkan struktur sekunder seperti hairpin loop ataupun stem loop.

Pada gambar (a) merupakan hasil difraksi sinar X yang menggambarkan struktur tersier tRNA di tengah dari gambar tersebut. Sedangkan gambar (b) merupakan gambar tiga dimensi dari struktur tersier tRNA tersebut. 2. Struktur tersier rRNA Struktur tersier dari rRNA biasanya membentuk subunit ribosom baik subunit besar maupun subunit kecil yang membentuk kesatuan ribosom. Biasanya struktur tersier rRNA berbentuk pseudoknot, yang tidak stabil. Pada dasarnya pula pseudoknot akan berbentuk menyerupai tRNA.

Daftar Pustaka: Berg, Jeremy M., Tymoczko, John L., Styrer, Lubert. 2007. Biochemistry: Sixth Edition. New York: W.H. Freeman and Company Garret, Grisham. Biochemistry. Tersedia online di http://www.web.virginia.edu/heidi/chapter12/chp12frameset.htm, diunduh tanggal 4 Maret 2012 http://www.cliffsnotes.com/study_guide/DNA-and-RNA-Structures.topicArticleId-24594,ArticleId24594.html diakses tanggal 5 Maret 2012 http://www2.wmin.ac.uk/~redwayk/lectures/analysis.htm, diakses tanggal 5 Maret 2012 http://www.imb-jena.de/ImgLibDoc/nana/IMAGE_NANA.html, diakses tanggal 5 Maret 2012 http://www.nature.com/nature/journal/v482/n7385/full/nature10885.html, diakses tanggal 5 Maret 2012