Sequence of 18S rDNA of actinorhizal Alnus glutinosa (Betulaceae)

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    06-Jul-2016

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<ul><li><p>Plant Molecular Biology 16: 725-728, 1991. 1991 Kluwer Academic Publishers. Printed in Belgium. </p><p>Plant Molecular Biology Update </p><p>Sequence of 18S rDNA of actinorhizal Alnus glutinosa (Betulaceae) </p><p>725 </p><p>L. Savard and M. Lalonde Centre de Recherche en Biologie Forestibre, D@artement des Sciences Forestidres, Facultd de Foresterie et de G~omatique, UniversitO Laval, Qudbec, Canada GIK 7P4 </p><p>Received 16 November 1990; accepted 20 November 1990 </p><p>Key words: alder, angiosperm, PCR amplification, SSU, sequence comparison, nitrogen fixation, Frankia </p><p>Abstract </p><p>The small subunit ribosomal DNA for a woody actinorhizal, Alnus glutinosa, was isolated by the PCR method. Amplification products were cloned into the Bluescript SK - vector. Full sequence, 1698 bp, was obtained with NS 1 to NS8 primers. Sequence alignments were made by UWGCG sequence data analysis computer programs. 18S rDNA sequence ofA. glutinosa was compared to analogous segments of four other angiosperms, tomato, rice, maize and soybean. Sequence homologies are discussed and application for the technique is suggested. </p><p>The ribosomal RNA gene (rDNA) occurs, in eukaryotic nuclear genomes, as multiple copies of tandemly repeated units. Each transcription unit consists of a 18S, 5.8S and 28S rRNA gene sepa- rated by non-coding intergenic spacers (IGS) [12]. rRNA coding sequences have been highly conserved during evolution, indicating a strong positive selection pressure [11]. Thus the sequence encoding the small subunit (18S) of ribosomal RNA has been used extensively in phylogenetic studies, particularly for the Protista [ 11 ]. At present, little information exists on 18S rDNA sequences of plants. Sequences have been established for four angioperms, namely maize [10], rice [13], tomato [6] and soybean [5] and a gymnosperm, the cyclad Zamia pumila [ 11 ]. </p><p>We report here the first sequence of the 18S rDNA of a perennial angiosperm, Alnus glutinosa, which forms nitrogen-fixing actinorhizae when </p><p>symbiotically associated with the actinomycete Frankia alni [8]. The 18S rDNA was amplified by PCR (polymerase chain reaction) using two primers, SS38 and SS1492, as described by Bousquet et al. [ 1 ]. High molecular weight DNA was isolated, by the CTAB method [2], from leaf material from in vitro propagated 3-year-old trees (clone Ag8) [14]. DNA concentration was measured using a fluorometric assay [3] and adjusted to approximately 250 ng/ml in sterile dis- tilled water. Fifty /~1 of the DNA sample was added to 50/zl of 20mM Tris-HC1 pH 8.4, 100mM KCI, 3mM MgC12, 0.02~o gelatin, 100 mM of each dNTP, 0.625 units of Taq poly- merase (Cetus Corporation, USA) and 1.25 pmol of each primer. The PCR mixture was covered with 50 #1 of paraffin oil (Sigma, USA). Amplifi- cation was performed in the thermal cycler (Perkin-Elmer, USA) for 35 cycles [1, 7]. The </p><p>The nucleotide sequence data reported will appear in the EMBL, GenBank and DDBJ Nucleotide Sequence Databases under the accession number X54984. </p></li><li><p>726 1 Ag8 ACTGTGAAAC TGCGAATGGC TCATTAAATC AGTTATAGTT TGTTTGATGG TATCTGCTAC TCGGATAACC GTAGTAATTC TAGAGCTAAT ACGTGCAACA </p><p>Tom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 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Ag8 ATAACAATAC CGGGCTCTTA TGAGTCTGGT AATTGGAATG AGTACAATCT AAATCCCTTA ACGA-GGATC CATTGGAGGG CAAGTCTGGT GCCAGCAGCC </p><p>Tom . . . . . . . . . . . . . . . . C - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . </p><p>Soy . . . . . . . . . . . . . . . . CA . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . </p><p>R lc . . . . . . . . . . . . . . . GC. .T A .T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . </p><p>Ma i . . . . . . . . . . . . . . . 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