Pronalaženje informacija: baze podataka i strategija njihova pretraživanja

Poslijediplomski studij TRIBESplit, svibanj 2012.

Pretraživanje informacija na internetu

Opći pretraživači Yahoo http://www.yahoo.com Google http://www.google.com

Specijalizirani pretraživači i portali Google Scholar http://scholar.google.hr Health on the Net http://www.hon.ch/home.html PlivaMedNet http://www.plivamed.net/

Elektronički časopisi BMJ http://bmj.com/ CMJ http://www.cmj.hr Slobodno dostupni časopisi

http://www.freemedicaljournals.com/ http://www.doaj.org/

Bibliografske baze podataka MEDLINE/PubMed Current Contents Web of Science (WoS) Scopus

Medicinske knjižnice

Objavljivanje - završna faza istraživanja

Objavljivanje rezultata znanstvenog istraživanja - stožerno značenje u širenju znanja.

Znanstveni rad poštuje niz pravila i uputa kako bi se tijek istraživanja i njegovi rezultati mogli shvatiti, provjeriti i uporabiti u daljnjim istraživanjima, a sve u svrhu povećavanja znanstvenog znanja.

Pronalaženje izvornih radova potrebnih za daljnji rad važna je zadaća svakog znanstvenika.

Znanstvena produktivnost

Sindrom “objavi ili nestani” (publish or perish) - akademska i profesionalna promocija

Po nekim procjenama broj radova raste godišnje po stopi od 10%, a svake se godine u području biomedicine pojavi 75 - 100 novih časopisnih naslova.

Rast broja medicinskih časopisa

Stoljeće/godina Broj časopisa

17. 10

18. 436

19. 1 147

1961. ~ 6 000

2000. ~ 16 000

Gdje smo danas?

Znanstveni časopis još uvijek ima središnju ulogu u priopćavanju novih rezultata.

Većina časopisa ima elektroničke inačice. Mrežni arhivi medicinskih časopisa i članaka Open access

OA medicinski časopisi Open Choice (Springer) Pohrana rukopisa (NIH Public Access Policy) Institucijski repozitoriji

Baze podataka

Osnovne značajke

Što su baze podataka? Organizirane zbirke podataka Svaka se baza podataka sastoji od zapisa Zapisi sadrže određena polja s točno

određenim podatcima Svako polje ima:

Nepromjenjivi naziv (npr. Authors) Promjenjivi sadržaj (npr. Tomic S, Markotic A…)

Neka polja nose različite nazive u različitim bazama iako im je sadržaj isti

Primjeri strukture zapisa

Current Contents

MEDLINE/ PubMed

Web of Science

Kako nastaju?

Baze podataka izrađuju strukovna udruženja, knjižnice, profitne i neprofitne udruge…

Stvaraju ih stotine stručnjaka različitih profila: Knjižničari – definiraju strukturu baze podataka

kako bi bili uključeni svi potrebni elementi koji opisuju rad

Računalni stručnjaci – izrađuju bazu i sučelja te brinu o tehničkoj podršci

Indekseri – radovima pridodaju ključne riječi kojima opisuju sadržaj

Vrste baza podataka

Osnovne vrste su: Bibliografske baze podataka Citatne baze podataka Baze podataka s cjelovitim tekstom

Postoje i druge (npr. tekstualno-numeričke), ali su tri navedene najvažnije za pronalaženje podataka o izvornim znanstvenim radovima

Mnoge baze podataka su kombinacija dviju ili više osnovnih vrsta

Bibliografske baze podataka Temeljni sekundarni izvor podataka Sadrže osnovne podatke o primarnim izvorima

(objavljenim radovima): autor/i, naslov rada, naslov časopisa, godina/svezak/stranice, naziv ustanove i sl., ključne riječi, sažetak…

Razlikuju se prema znanstvenim područjima koja obuhvaćaju, broju časopisa, knjiga i drugih publikacija koje obrađuju, strukturi i opsegu bibliografskoga zapisa (neke baze opisuju svaki rad s desetak polja, a neke s tridesetak i više) te dodatnoj obradi (predmetnice)

Služe za stjecanje uvida u određeno znanstveno područje

Najvažnije bibliografske baze u području medicine

MEDLINE EMBASE Current Contents

Clinical Medicine Life Sciences

PsycINFO CINAHL

Citatne baze podataka

Pored osnovne strukture bibliografskih baza podataka one dodatno obrađuju popise korištene literature i prate citiranost radova unutar skupine publikacija koje obrađuju

Daju odgovor na pitanje koliko je puta citiran neki rad ili neki autor

Ne bilježe razliku između pozitivnih i negativnih citata Tek je u novije vrijeme moguće razlikovati samocitate Koriste se za stjecanje uvida u određeno znanstveno

područje i za praćenje odjeka određenoga rada ili autora unutar znanstvenoga područja

Dostupne citatne baze

Web of Science Sve do 2004. godine jedina citatna baza

Scopus Elsevier je objavljuje 2004. godine

Google Scholar Googleova tražilica lansirana također 2004.

godine Prati citiranost radova unutar izvora koje

pretražuje

Baze podataka s cjelovitim tekstom Najčešće su to zbirke elektroničkih časopisa jednoga ili

više izdavača U pravilu sadrže i bibliografski opis svakoga rada Potpuni tekst rada obično je dostupan u dva osnovna

formata: HTML i PDF HTML omogućuje laku navigaciju unutar samoga rada,

hipertekstualne veze između pojedinih dijelova, povezivanje literaturnih navoda u samome tekstu s njihovim popisom na kraju itd.

PDF preslikava izgled rada iz tiskane inačice publikacije i stoga je pogodniji za pohranjivanje i tiskanje

Dostupne baze cjelovitoga teksta ScienceDirect

Zbirka elektroničkih časopisa jednoga od najvećih izdavača znanstvenih časopisa Elseviera

Dostupan nam je samo dio časopisa, a ne svi i to najčešće od 1997. godine

Academic Search Complete Zbirka od oko 7900 časopisa različitih izdavača; dostupna preko

sučelja EBSCOhost Core Biomedical Collection

Časopisi različitih izdavača; sučelje OvidSP CINAHL with Full Text

Sučelje EBSCOhost The Cochrane Database of Systematic Reviews

Sučelje OvidSP

Kako pristupiti?

Centar za online baze podataka

http://www.online-baze.hr

Mogućnosti pristupa S računala iz mreže ustanove koja je unutar sustava

znanosti i visokoga školstva (unutar CARNetove mreže)

S bilo kojeg računala preko proxy servera za sve korisnike koji imaju elektronički identitet u sustavu AAI@EduHr

Preko CARNetovih modemskih ulaza

S bilo kojeg računala za ustanove članice biomedicinskoga konzorcija za dio baza dostupnih preko Ovida (potrebna lozinka)

Osnovne baze podataka

Pregled

Što je MEDLINE? Najveća i najpoznatija medicinska baza podataka MEDLINE obuhvaća:

medicinu stomatologiju veterinarske znanosti sestrinstvo biološke znanosti

Dostupna nam je preko četiri različita sučelja: OvidSP Web of Knowledge EBSCOhost PubMed

Osnovni podatci

Stvara je i održava: National Library of Medicine, Washington, DC.

Pokriva razdoblje od 1940-ih do danas Sažetke sadržava >75% uključenih bibliografskih zapisa Obuhvaća časopise iz oko 80 zemalja (oko 50% iz

SAD-a) na 30-ak jezika Indeksira oko 5.400 časopisa Trenutno ima oko 21 milijun zapisa 10 hrvatskih časopisa Dnevno ažuriranje

PubMedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Servis koji pored baze MEDLINE sadrži i dodatne

zapise iz bioloških časopisa zastupljenih u arhivu PubMedCentral

Poveznice s arhivom PubMed Central (PMC), OA časopisima i pretplaćenim časopisima na mrežnim sjedištima agregatora ili izdavača

Javno dostupan

MeSH - Medical Subject Headings

Kontrolirani rječnik (tezaurus) koji se koristi za indeksiranje i pretraživanje biomedicinske literature

Preko 20.000 deskriptora (organizirani abecedno i hijerarhijski)

Glavne predmetnice (headings) i potpredmetnice (subheadings)

Javno, online dostupan MeSH Browser na adresi http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

Current Contents

Thomson Reuters, ranije Institute for Scientific Information (ISI)

Indeksira sadržaje oko10.000 znanstvenih časopisa i drugih publikacija

Dostupan preko dva sučelja: OvidSP (http://gateway.ovid.com/autologin.html) Web of Knowledge (http://www.isiknowledge.com)

Većina članaka uključuje i autorske sažetke na engleskom jeziku

Dostupni podatci od druge polovice 1993. godine do danas (Ovid)

Baza se ažurira jednom tjedno

Web of Science (WoS) http://www.isiknowledge.com Multidisciplinarna baza Obuhvaća razdoblje od 1955. godine do danas Indeksira preko 12.000 najutjecajnijih znanstvenih

časopisa General Search – pretraživanje po zapisima Cited Reference Search – pretraživanje po citatima Pruža uvid u literaturu koja je prethodila objavljivanju

rada i uvid u utjecaj toga rada na daljnja istraživanja Časopisima koji su indeksirani u WoS-u, na temelju

citiranosti objavljenih članaka, izračunava se svake godine čimbenik utjecaja (impact factor) u bazi Journal Citation Reports

Web of Science sadržiTri citatna indeksa:

Science Citation Index Expanded (SCIex) Indeksira oko 8.300 časopisa iz različitih znanstvenih

područja Social Sciences Citation Index (SSCI)

Indeksira oko 2.800 časopisa s područja društvenih znanosti

Arts & Humanities Citation Index (AHCI) Pokriva oko 1.600 časopisa s područja humanističkih

znanosti i umjetnosti

Journal Citation Reports

Sadrži čimbenike utjecaja (impact factore) časopisa koji su indeksirani u WoS-u.

Čimbenik utjecaja je omjer između broja citata koje su radovi u nekom časopisu dobili u toj godini i broja radova objavljenih u tom časopisu u prethodne dvije godine.

Ima dva izdanja: JCR Science Edition JCR Social Sciences Edition

Scopus

http://www.scopus.com Bibliografska baza nizozemskog izdavača Elseviera Obuhvaća područja prirodnih, tehničkih, medicinskih i

društvenih znanosti Bibliografski zapisi imaju sažetke (od 1966. god.) Svaki bibliografski zapis ima pretraživ popis literature (od

1996. god.) Prati citiranost radova unutar baze 100 % MEDLINE, 100 % EMBASE

Što sve Scopus indeksira? Različite vrste publikacija

Oko 19.500 aktivnih naslova, 5.000 izdavača 18.500 znanstvenih časopisa 300 zbornika skupova i sl. 400 publikacija tvrtki

Časopisi iz različitih zemalja Više od 50% iz Europe, Afrike i s Bliskog istoka Najveći broj hrvatskih časopisa indeksiran je upravo u

Scopusu Ukupno oko 47 milijuna zapisa

Medicina utemeljena na dokazima

Kritička primjena najboljega mogućeg dokaza

Klinička praksa utemeljena na dokazima: povezivanje osobnoga iskustva i sustava vrijednosti liječnika i bolesnika s najboljim mogućim dokazom iz medicinske literature

Pet koraka:1. Postavljanje kliničkoga pitanja (oblikovanje problema) 2. Traženje dokaza 3. Kritička prosudba valjanosti i relevantnosti dokaza 4. Klinička primjena dokaza (donošenje odluke, integriranje dokaza s kliničkim

iskustvom i bolesnikovim osobnim vrijednostima) 5. Vrjednovanje rezultata

Postavljanje kliničkoga pitanja

Potrebu za informacijom treba pretvoriti u pitanje na koje se može naći odgovor

Pitanje mora biti specifično i ciljano Dobro postavljeno pitanje ima 4 elementa

(tzv. model PICO) Dva dodatna elementa dobro postavljenog pitanja

uključuju: vrstu pitanja (terapija, dijagnoza, etiologija, prognoza,

prevencija, troškovi) vrstu studije (npr. RCT, meta-analiza i sl.)

Model PICO

Patient Za kojega bolesnika, populaciju ili problem se traži

informacija?

Intervention O kojoj se medicinskoj intervenciji radi?

Comparison Postoji li alternativna intervencija?

Outcome Kakav je učinak intervencije?

Klinički scenarij

65-godišnji bolesnik oporavlja se od posljedica moždanoga udara. Ultrazvučno mu je potvrđeno blago suženje lijeve karotidne arterije.

Bi li uvođenje acetil-salicilne kiseline trebalo smanjiti rizik od pojave ponovnog moždanog udara?

Vrsta istraživanja: liječenje/prevencija

Ustroj istraživanja: RCT/sustavni pregledni članak

Koncepti: moždani udar acetil-salicilna kiselina (aspirin) Sustavni pregledni članci ili randomizirane

kontrolirane studije

P Bolesnik: muškarac u dobi od 65 godina s moždanim udarom

I Intervencija: acetil-salicilna kiselina C Usporedna intervencija: placebo O Ishod: prevencija ponovljenog moždanog

udara

Pitanje: Može li primjena acetil-salicilne kiseline u 65-godišnjeg muškarca koji je doživio jedan moždani udar smanjiti vjerojatnost pojave ponovljenog moždanog udara?

Postupak traženja izvora/dokaza

U svakodnevnoj liječničkoj praksi pronalaženje dokaza treba biti brzo i učinkovito

Različiti EBM izvori:baze podataka (sustavni pregledi, strukturirani sažetci), časopisi, smjernice...

Odabir izvora ovisi o naravi kliničkoga pitanja i raspoloživome vremenu

Početi s izvorima koji sadržavaju već probrane podatke u sažetome obliku

The Cochrane Library

The Cochrane Collaboration (http://www.cochrane.org) Međunarodna neprofitna organizacija koja izrađuje,

objavljuje i održava sustavne preglede (systematic reviews) o učincima intervencija u zdravstvu

Cochrane knjižnica je dostupna hrvatskoj akademskoj zajednici i zdravstvenim ustanovama preko Ovidovog sučelja (http://gateway.ovid.com/autologin.html)

Ostali je mogu pretraživati do razine sažetaka na adresi http://www.thecochranelibrary.com

Što sadrži Cochrane knjižnica? Cochrane knjižnica sadrži različite baze podataka, najvažnije su:

The Cochrane Database of Systematic Reviews sustavni pregledni članci i protokoli za članke koji su u postupku

izrade najbolji izvor podataka o učinkovitosti terapije

Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE) strukturirani sažetci kvalitativno procijenjenih sustavnih pregleda

koji nisu izrađeni u okviru Cochrane kolaboracije

The Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL) nezaobilazan izvor randomiziranih kontroliranih pokusa koji se

preuzimaju iz različitih baza (MEDLINE, EMBASE…) ili su pronađeni ručnim pretraživanjem literature

Clinical Evidence – BMJ Publishing Group (http://www.clinicalevidence.com) Pokriva više od 160 tema i nudi odgovor na preko

800 kliničkih pitanja

Evidence Based On-Call (http://www.eboncall.org) CAT (Critically appraised topic) - strukturirani

sažetci izvornih znanstvenih radova objavljenih u medicinskim časopisima uz kritičku prosudbu

Vodiči kroz postupke Pristup slobodan

PubMed Clinical Queries

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical Sadrži tri filtera:

Clinical Study Categories (terapija, dijagnoza, etiologija…; široko ili fokusirano pretraživanje)

Systematic Reviews (sustavni pregledi, meta-analize, smjernice…)

Medical Genetics pristup besplatan

EBM časopisi

Strukturirani sažetci izabranih članaka uz komentar o vrijednosti pronađenih dokaza za kliničku praksu

Analiziraju najbolje kliničke časopise ACP Journal Club Evidence-Based Medicine Evidence-Based Mental Health Evidence-Based Oncology Evidence-Based Cardiovascular Medicine Bandolier ...

Info-sustavi (portali, metapretraživači, agregatori...)

SUMSearch (http://sumsearch.org) Istovremeno pretražuje različite medicinske izvore (DARE,

Medline, National Guideline Clearinghouse), pristup slobodan

TRIPDatabase (http://www.tripdatabase.com) Pretražuje veliki broj EBM-izvora, pristup slobodan

UpToDate (http://www.uptodate.com) Komercijalni servis koji daje odgovore na klinička pitanja

Smjernice

Daju putokaz kako informaciju primijeniti u praksi Izrađuju ih službena tijela, npr. vladine agencije,

medicinska udruženja… Kombinacija dokaza iz sustavnih pregleda i

mišljenje stručnjaka za određeno područje

Izvori za smjernice

National Guideline Clearinghouse NGC http://www.guidelines.gov

Agency for Health Care Research and Quality, AHRQhttp://www.ahrq.gov

National Institute for Clinical Excellence NICE http://www.nice.org.uk

Koji izvor odabrati? Mogući izbor za klinička pitanja o učinkovitosti intervencija:

The Cochrane Database of Systematic Reviews

Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)

PubMed Clinical Queries

TRIP Database, SUMSearch

PubMed/MEDLINE

Druge vrste kliničkih pitanja

Jedan od mogućih izbora:

PubMed Clinical QueriesTRIP Database

SUMSearch

PubMed/MEDLINE

Pitanje Ustroj istraživanja

Dijagnoza Presječno istraživanje

Prognoza Kohortno istraživanje

Etiologija Kohortno istraživanje Istraživanje parova

Liječenje Randomizirani kontrolirani pokus (RCT) Kohortno istraživanje Istraživanje parova

Iskustva bolesnika Kvalitativna istraživanja