Programme Pédagogique Socle commun commun - 2A... · Cette matière renferme des concepts sur ... chimiques des protéines, des acides animés, des lipides et des glucides. ... Travaux

REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

Programme Pédagogique

Socle commun 2èmeannée

Domaine

Sciences de la Nature et de la Vie

Filière Biologie

Socle Commun L1 : Sciences de la Nature et de la vie Page 2

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SOMMAIRE I - Fiches d’organisation semestrielle des enseignements ---------------------------------- 4

1- Semestre 1 ------------------------------------------------------------------------------- 5 2- Semestre 2 ------------------------------------------------------------------------------- 6

II - Fiches d’organisation des unités d’enseignement ------------------------------------------- 7 III - Programme détaillé par matière ------------------------------------------------------------- 17


I – Fiche d’organisation semestrielle des enseignem ents

Annexe du programme des enseignements de la deuxième année licence Domaine Science de la nature et de la vie Filière « Sciences Biologique » et « Hydrobiologie Maine et Continentale »

Semestre 3

Unités

d’enseignement

Matières

Cré

dits

Coe

ffici

ents

Volume horaire hebdomadaire VHS

(15 semaines)

Autre*

Mode d’évaluation

Intitulé Cours TD TP CC* Examen

U E Fondamentale Code : UEF 2.1.1 Crédits : 8 Coefficients : 3

Zoologie 8 3 2 x 1h30 1h30 1h30 90h00 45h00 x 40% x 60%


Biochimie 8 3 2 x 1h30 1h30 1h30 90h00 45h00 x 40% x 60%

Génétique 8 3 2 x 1h30 2 x 1h30 - 90h00 45h00 x 40% x 60%

U E Méthodologie Code : UEM 2.1.1 Crédits : 2 Coefficients: 1

Techniques de Communication et d’Expression (en anglais)

2 1 1h30 - - 22h30 20h00 x 100%


Méthodes de travail 2 1 1h30 - - 22h30 20h00 x 100%

U E Découverte Code : UED 2.1.1 Crédits : 2 Coefficients : 2

Biophysique 2 2 1h30 1h30 1h30 67h30 10h00 x 40% x 60%

Total Semestre 3 30 13 13h30 7h30 4h30 382h30 185h

Autre* = Travail complémentaire en consultation semestrielle ; CC* = Contrôle continu.


Annexe du programme des enseignements de la deuxième année licence Domaine Science de la nature et de la vie Filière « Sciences Biologique » et « Hydrobiologie Maine et Continentale »

Semestre 4

Unités

d’enseignement

Matières

Cré

dits

Coe

ffici

ents

Volume horaire hebdomadaire

VHS (15 semaines)

Autre*


Intitulé Cours TD TP CC* Examen


Botanique 8 3 2 x 1h30 1h30 1h30 90h00 45h x 40% x 60%


Microbiologie 8 3 2 x 1h30 1h30 1h30 90h00 45h x 40% x 60%

Immunologie 6 2 1h30 1h30 - 45h00 37h x 40% x 60%


Ecologie générale 4 2 1h30 1h30 1h30 67h30 20h x 40% x 60%


Biostatistique 4 2 1h30 1h30 - 45h00 37h x 40% x 60%

Total Semestre 4 30 12 10h30 7h30 4h30 337h30 184h

Autre* = Travail complémentaire en consultation semestrielle ; CC* = Contrôle continu.

II – Fiches d’organisation des unités d’enseignemen t


Semestre : 3ème Semestre UE: Unité d’Enseignement Fondamentale 1

Répartition du volume horaire de l’UE et de ses matières

Cours : 45h00 TD : 22h30 TP: 22h30 Travail personnel : 45h00

Crédits et coefficients affectés à l’UE et à ses matières

UE : UEF 2.1.1 Crédits : 8 Matière 1 : Zoologie Crédits : 8 Coefficient : 3

Description des matières

Matière 1 : Zoologie

Cette matière s’intéresse à décrire

l’architecture générale et les

caractéristiques des différents groupes

zoologiques (Systématique, Morphologie,

Anatomie, reproduction, Ecologie,

contraintes et adaptations, et Evolution).






UE : UEF 2.1.2 Crédits : 16 Matière 1 : Biochimie Crédits : 8 Coefficient : 3 Matière 2 : Génétique Crédits : 8 Coefficient : 3


Matière 1 : Biochimie

Cette matière renferme des concepts sur

la structure et les propriétés physico-

chimiques des protéines, des acides

animés, des lipides et des glucides.

Elle renferme aussi des notions

d’enzymologie et de bioénergétique.

Matière 2 : Génétique :

Cette matière renferme des notions sur la

structure des acides nucléiques, le

mécanisme de régulation des génomes, la

transmission verticale des caractères, et

une introduction à la génétique

bactérienne, moléculaire et des

populations.


Semestre : 3ème Semestre UE: Unité d’Enseignement Méthodologique 1




UE : UEM 2.1.1 Crédits : 2 Matière: Techniques de Communication et d’Expression (en anglais) Crédits : 2 Coefficient : 1


Matière: Technique de Communication

et d’Expression (Anglais)

Cette matière n’est que la suite des

matières de technique de communication

et d’expression dispensées en S1 et S2 de

la première année.




Cours : 22h30 TD : 00h00 TP : 00h00 Travail personnel : 20h00


UE : UEM 2.1.2 Crédits: 2 Matière: Méthode de travail Crédits : 2 Coefficient : 1


Matière: Méthode de travail

Elle renseigne sur l’application des

méthodes de recherche et la collecte de

l’information utile et indispensable à la

synthèse et la mise en forme écrite

(rapport, oral, soutenance).


Semestre : 3ème Semestre UE: Unité d’Enseignement Découverte




UE : UED 2.1.1 Crédits: 2 Matière : Biophysique Crédits : 2 Coefficient : 2


Matière : Biophysique

Cet enseignement donne des notions sur

les solutions électrolytiques, les

phénomènes de diffusion, et l’étude des

interfaces solide liquide et liquide gaz.






UE : UEF 2.2.1 Crédits : 8 Matière : Botanique Crédits : 8 Coefficient : 3


Matière 2 : Botanique Cette matière s’intéresse particulièrement

à la description des grands groupes du

règne végétal.






UE : UEF 2.2.2 Crédits : 14 Matière 1 : Microbiologie Crédits : 8 Coefficient : 3 Matière 2 : Immunologie Crédits : 6 Coefficient : 2


Matière 1 : Microbiologie Cette matière traite la morphologie

cellulaire, la nutrition et la croissance

bactérienne, ainsi que des généralités sur

la mycologie et la virologie.

Matière 2 : Immunologie

Cette matière traite l’ontogenèse du

système immunitaire, et la réponse

immunitaire spécifique et non spécifique.






UE : UEM 2.2.1 Crédits : 4 Matière: Ecologie générale Crédits : 4 Coefficient : 2


Matière: Ecologie générale

Cette matière traite la structure et le

fonctionnement des écosystèmes.






UE : UEM 2.2.2 Crédits: 4 Matière: Bio Statistique Crédits : 4 Coefficient : 2


Matière: Bio Statistique Cette matière renferme les méthodes

statistiques appliquées pour l’interprétation

des données biologiques.


III - Programme détaillé par matière


Semestre: 3ème Semestre

UE : Unité d’Enseignement Fondamentale 1

Matière: Zoologie

Objectifs de l’enseignement Connaître les principaux groupes d’organismes vivants aux plans : Architecture générale, Caractéristiques (Systématique, Morphologie, Anatomie, reproduction, Ecologie), contraintes, adaptations, et évolution. Une importance particulière sera accordée à l’actualisation de la classification et aux groupes zoologiques ayant un intérêt agricole, médical, vétérinaire, halieutique ou environnemental. Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes). L’étudiant doit avoir une idée sur les différentes classes du règne animal. Contenu de la matière 1. Présentation du règne animal 1.1. Bases de la classification 1.2. Nomenclature zoologique 1.3. Evolution et phylogénie 1.4. Importance numérique du règne Animal 2. Sous-règne des Protozoaires 2.1. Généralités sur les protozoaires. 2.2. Classification 2.2.1. Embranchement Sarcomastigophora 2.2.2. Embranchement Ciliophora 2.2.3. Embranchement Apicomplexa 2.2.4. Embranchement Cnidosproridies 3. Sous-règne des Métazoaires 3.1. Embranchement Spongiaires 3.2. Embranchement Cnidaires 3.3. Embranchement Cténaires 3.4. Embranchement Plathelminthes : 3.5. Embranchement Némathelminthes. 3.6. Embranchement Annélides 3.7. Embranchement Mollusques 3.8. Embranchement Arthropodes 3.9. Embranchement Echinodermes 3.10. Embranchement Chordés


Travaux pratiques N°1 : Etude de quelques espèces types de Protozoaires : Trypanosoma rhodesiense,

Leishmania major, Leishmania infantum, Trypanosoma gambiense, Entamoeba histolytica,

Paramecium spp

N°2 : Etude de quelques espèces types Plathelminthes : Moniezia expansa, Taenia

hydatigena, Taenia pisiformis, Fasciola hepatica.

N°3 : Etude de quelques espèces types Annélides : Lumbricus terrestris, Hirudo officinalis.

N°4 : Etude de quelques espèces types d’Arthropodes : Crustacés (Crevette royale,

Squille, morphologie et appendices biramés), Chélicérates (Scorpion), Insectes (Criquet,

Abeille).

N°5 : Etude des pièces buccales des Insectes : Les différents appareils buccaux et

adaptation aux régimes alimentaires, les pièces buccales du type broyeur (Orthoptères,

Criquet).

N°6 : Etude de quelques espèces types d’Echinodermes : Echinides (Oursin), Astérides

(Etoile de mer).

N°7 : Etude de quelques espèces types de Vertébrés : Poissons (Carpe), Oiseaux

(Pigeon), Mammifères (Rat, Souris)

Projection de films

- Les tortues.

- Les oiseaux

- Les Amphibiens.


Contrôle continu et examen semestriel

Références

1. ARAB A., CHERBI M., KHERBOUCHE-ABROUS O., Amine F., BIDI AKLI S., HADDOU

SANOUN G., 2013 : Zoologie Tome 1. Polycopié, Œuvres et Publications Universitaires.

Algérie. 152 p.

2. ARAB A., CHERBI M., KHERBOUCHE-ABROUS O., Amine F., BIDI AKLI S., HADDOU

SANOUN G., 2013 : Zoologie Tome 2 : Travaux Pratiques . Polycopié, Œuvres et

Publications Universitaires. Algérie. 224 p.




Matière 1: Biochimie Objectifs de l’enseignement

Cette matière consiste à assurer un enseignement sur les bases fondamentales de la

biochimie et les notions d’enzymologie, et de familiariser les étudiants avec les techniques

biochimiques.

Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances

requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).

L’étudiant doit avoir certaines notions sur les liaisons chimiques (faibles et fortes) et sur

propriétés physicochimiques des molécules organiques.

Contenu de la matière

1. Liaisons chimiques

1.1. Liaisons fortes

1.2. Liaisons faibles

2. Structure et propriétés physico-chimiques des gl ucides

2.1. Oses simples

2.2. Oligosides

2.3. Polyholosides, hétérosides.

3. Structure et propriétés physico-chimiques des li pides

3.1. Lipides simples

3.2. Lipides complexes

4. Structure et propriétés physico-chimiques des ac ides aminés, peptides et

protéines

4.1. Les acides aminés, les peptides, les protéines

4.2. Structure (primaire et secondaire, tertiaire et quaternaire)

4.3. Propriétés et effet des traitements (solubilité, comportement électro phorétique,

dénaturation.)

4.4. Séparation des protéines

5. Notions d’enzymologie

5.1. Définition, classification

5.2. Mécanismes d’action


5.3. Site actif

5.4. Cinétique enzymatique et types de représentation

5.5. Inhibition enzymatique

5.6. Phénomène d’allostérie

6. Notions de bioénergétique

6.1. Types de réaction chimique

6.2. La chaîne respiratoire et la production d’énergie

6.3. Phosphorylation et réaction d’oxydoréduction

7. Métabolisme des glucides

7.1. Catabolisme (glycolyse, glycogénolyse, voie des pentoses phosphate, cycle de

Krebs, bilan énergétique)

7.2. Anabolisme (néoglucogenèse et glycogénogenèse)

7.3. Régulation

8. Métabolisme des lipides

8.1. Catabolisme des acides gras (Béta-oxydation )

8.2. Catabolisme des stérols

8.3. Biosynthèses des acides gras et des triglycérides

8.4. Biosynthèse des stérols

8.5. Régulation

9. Métabolisme des peptides et des protéines

9.1. Catabolisme des groupements aminés

9.2. Catabolisme des groupements carboxyliques

9.3. Catabolisme de la chaîne latérale

9.4. Les acides glucoformateurs et cétogènes

9.5. Biosynthèse des acides aminés indispensables

9.6. Élimination de l’azote, cycle de l’urée

9.7. Exemple de biosynthèse de peptides (cas de peptides à activité biologique)

9.8. Exemple de biosynthèse de protéines

9.9. Régulation

10. Structure et métabolisme d’autres composés d’i ntérêt biologique

10.1. Vitamines

10.2. Hormones


Travaux Pratiques :

N°1 : Détermination du pouvoir rotatoire des sucres

N°2 : Dosage du glucose, fructose ou lactose

N°3 : Détermination de l’indice d’iode et de saponification des lipides

N°4 : Séparation des acides aminés sur CCM.

N°5 : Séparation électro phorétique des protéines.

N°6 : Mise en évidence et mesure de l’activité enzymatique

N°7 : Dosage de la vitamine C.


Contrôle continu et examen semestriel Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :

1. Cathérine Baratti-Elbaz et Pierre Le Maréchal, 2015- Biochimie. Ed. Dunod, Paris,

160p.

2. Norbert Latruffe, Françoise Bleicher-Bardelett, Bertrand DucloS et Joseph Vamecq,

2014- Biochimie. Ed. Dunod, Paris.

3. Serge Weinman et Pierre Méhul, Toute la biochimie. Ed. Dunod, Paris, 464p.

4. Françoise Lafont et Christian Plas, 2013- Exercices de biochimie. Ed. Doin, Paris, 410p.




Matière 2: Génétique Objectifs de l’enseignement

Cette matière permet à l’étudiant d’acquérir les notions et la terminologie de génétique, la

transmission des caractères, la structure de l'ADN, la réplication, la transcription, les

altérations et les mécanismes de régulation de l'expression génique.



L’étudiant doit avoir des connaissances sur les acides nucléiques et la génétique

mendélienne.


1. Matériel génétique

1.1. Nature chimique du matériel génétique

1.2. Structure des acides nucléiques (ADN-ARN)

1.3. Réplication de l’ADN : chez les Procaryotes et les Eucaryotes

1.4. Organisation en chromosomes

2. Transmission des caractères génétiques chez le s eucaryotes

3. Génétique des haploides

3.1. Les gènes indépendants

3.2. Gènes liés

3.3. Etablissement des cartes génétiques

4. Génétique des diploides

4.1. Les gènes indépendants

4.2. Gènes liés

4.3. Etablissement des cartes génétiques

5. Génétique bactérienne et virale

5.1. Conjugaison

5.2. Transformation

5.3. Transduction


5.4. Infection mixte chez les virus

6. Synthèse protéique

6.1. Transcription

6.2. Code génétique

6.3. Traduction

7. Mutations génétiques

8. Mutations chromosomiques

8.1. Variation structurale

8.2. Variation numérique (exemple humain)

9. Structure et fonction du gène : génétique bio chimique

10. Régulation de l’expression génétique

10.1. Opéron lactose chez les procaryotes

10.2. Exemple chez les eucaryotes

11. Notions de génétique extra-chromosomique

12. Notion de génétique des populations

Travaux Dirigés:

N°1: Matériel génétique

N°2: Transmission des caractères

N°3: Mono et di hybridisme (Cas particuliers)

N°3: Gènes liés

N°4: Cartes génétiques

N°5: Synthèse des protéines (Code génétique)

N°6: Structure fine du gène (recombinaison intragénique)

N°7: Conjugaison et carte factorielle

N°8: Génétique des populations

N°9: Extraction de l’ADN

N°10: Dosage de l’ADN

N°11: Corpuscule de BARR




Références

1- Pasternak J.J., 2003- Génétique moléculaire humaine. Ed. De Boek, 522 p.

2- Harry M., 2008- Génétique moléculaire et évolutive. Ed. Maloine.

3- Watson J., Baker T., Bell S., Gann A., Levine M . et Losick R., 2010 - Biologie

moléculaire du gène. Ed. Pearson.

4. Henry J.P. et Gouyon P.H., 2003- Précis de Génétique des Populations. Ed. Dunod.



UE : Unité d’Enseignement Méthodologique 1

Matière : Techniques de Communication et d’Expression (en anglais)

Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme

compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).

Apprendre et appliquer les méthodes de recherche et la collecte de l’information utile et

indispensable à la synthèse et la mise en forme écrite (rapport, oral, soutenance).

Application de la grammaire d’anglais dans un contexte scientifique.

Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes). Certaines notions de terminologie et de méthodologie de recherche acquise en L1. Contenu de la matière 1. Etude de textes proposés (observer, analyser, faire le point, expression écrite)

2. Terminologie

3. Méthodologie de recherche bibliographique.

4. Méthodes de rédaction des rapports scientifiques.

Mode d’évaluation Examen semestriel Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) : Article de recherche. :



U.E: Unité d’Enseignement Méthodologique 2

Matière: Méthodes de travail

Objectifs de l’enseignement Aider les étudiants à concevoir les méthodes de recherche et de synthèse des travaux selon les règles scientifiques. Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes). Contenu de la matière

• Initiation à la recherche bibliographique • Rédaction d’un rapport scientifique • Initiation à la lecture et à la compréhension d’un article scientifique


Examen semestriel

Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) : Article de recherche et mémoires.



U.E: Unité d’Enseignement Découverte

Matière : Biophysique Objectifs de l’enseignement Cette matière permet aux étudiants d’acquérir un savoir sur les solutions et leurs caractéristiques, ainsi que des notions sur les interphases solide liquide et liquide gaz. Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes). Sans pré-requis Contenu de la matière

1. Généralités sur les solutions électrolytiques

1.1. Définition et propriétés des solutions électrolytiques.

1.2. Conductivité, résistivité, et résistance de la solution électroplaque.

2. Phénomène de diffusion

2.1. Diffusion en phrase aqueuse

2.2. Diffusion à travers les membres artificiels et biologiques (phénomène d’osmose à

en particulier)

3. Etude des interfaces solide-liquide.

3.1. Théorie de la double couche électrochimique

3.2. Echange ionique interface solide –liquide

3.3. Applications biologique

4. Etude des interfaces liquide–gaz (phénomène de s urface)

4.1. Mise en évidence de l’interface liquide –gaz(tension superficielle)

4.2. Mesure et application biologiques

5. Hémodynamique

5.1. Etude de la viscosité (définition, mesures et applications biologiques)

5.2. Mécanique des fluides

Travaux Pratiques

N°1 : Initiation : Préparation de solutions neutres et ioniques calcul de concentration

N°2 : Compartiments liquidiens :

• Préparation de sérum et de plasma sanguin

• Détermination de volume sanguin par injection de bleu Evans


N°3 : Osmose, Pression osmotique et cryscopie

• Mise en évidence avec une membrane hémiperméable avec solution glucosée ou de Nacl

et calcul de la PO résultante à l’aide de la pression hydrostatique

• Mise en évidence du potentiel hydrique d’une graine et de la pression de succion de la

sève (solution glucosée par une plante

• Pression oncotique avec une solution d’albumine et une membrane dialysante

N°4 : La diffusion

• Expérimentation sur diffusion de substance colorée neutre ionique

• Calcul de quantité diffusée et état d’équilibre

N°5 : Sédimentation et centrifugation

• Sédimentation des hématies (effet boycott) et calcul de la vitesse de sédimentation

• Centrifugation d’une solution biologique et fractionnement cellulaire

N°6 : Phénomènes de tension superficielle

• Phénomènes de capillarité avec eau, huile, solution dans un tube et angle de raccordement

• Contact huile –eau et calcul de l’énergie de cohésion et d’adhésion

N°7 : Viscosité : Technique de mesure de la viscosité (immersion, la bille)

N°8 : Hémodynamique

TRAVAUX DIRIGES

N°1 : L’écoulement sanguin

N°2 : Travail cardiaque


Contrôle continu et Examen semestriel

Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :

1. Olivier-François Couturier, 2012- QCM de biophysique. Ed. Ellipses, 142p.

2. Mario Monto, 2012- Physiologie et physiopathologie humaine. Ed. Sauramps Médical,

425p.

3. Hermann Von Helmholtz, 2009- Optique physiologique. Ed. L’Harmattan, 266p.



U.E: Unité d’Enseignement Fondamentale 1

Matière : Botanique Objectifs pédagogiques du cours

Cette matière a comme objectif l’initiation à la classification et à la caractérisation

anatomique des grands groupes du règne végétale. L’enseignement dispensé tente

également à fournir aux étudiants les modalités de reproduction.

Connaissances préalables recommandées

L’étudiant doit avoir des connaissances en biologie végétale (morphologie, anatomie,

physiologie).


Introduction à la botanique

- Définitions, notions et critères de classification. Systématique des grands groupes du

règne "végétal"

PREMIERE PARTIE: Algues et Champignons

1. Les Algues

1.1. Les Algues procaryotes (Cyanophytes / Cyanobactéries)

1.2. Les Algues eucaryotes

1.2.1. Morphologie

1.2.2. Cytologie

1.2.3. Reproduction (notion de gamie, de cycle de développement)

1.3. Systématique et particularités des principaux groupes

1.3.1. Les Glaucophyta

1.3.2. Les Rhodophyta

1.3.3. Les Chlorophya et les Streptophyta

1.3.4. Les Haptophyta, Ochrophyta, Dinophyta, Euglenozoa, Crytophyta, Cercozoa

2. Les champignons et lichens

2.1. Problèmes posés par la classification des champignons

2.2. Structure des thalles (mycéliums, stroma, sclérote)

2.3. Reproduction


2.4. Systématique et particularités des principaux groupes de champignons

2.4.1. Les Myxomycota

2.4.2. Les Oomycota

2.4.3. Eumycota (Chrytridiomycota, Zygomycota, Glomeromycota, Ascomycota,

Basidiomycota)

2.5. Une association particulière algue-champignon: les lichens

2.5.1. Morphologie

2.5.2. Anatomie

2.5.3. Reproduction

DEUXIEME PARTIE: Les Embryophytes

1. Les Bryophytes : Morphologie et reproduction des différents embranchements

1.1. Marchantiophytes

1.2. Anthocérotophytes

1.3. Bryophytes s. str.

2. Les Ptéridophytes : Morphologie et reproduction des différents embranchements

2.1. Lycophytes

2.2. Sphenophytes (= Equisétinées)

2.3. Filicophytes

3. Les Gymnospermes sensu lato

3.1. Les Cycadophytes: notion d'ovule

3.2. Les Ginkgophytes

3.3. Les Coniférophytes: notion de fleur, d'inflorescence et de graine

3.4. Les Gnétophytes: groupe charnière

4. Les Angiospermes

4.1. Appareil végétatif et notion de morphogénèse: croissance des tiges, feuilles et

racines

4.2. Morphologie florale (organisation de la fleur, inflorescences)

4.3. Biologie florale: microsporogénèse et macrosporogénèse

4.4. Graines et fruits

4.5. Notion de systématique moderne, cladogènèse et principaux taxons. Présentation

des classifications (Engler 1924, APG II)


Travaux Pratiques (3 hebdomadaire) :

Séance 1. Algues (Phycophytes)

Morphologie et reproduction de quelques espèces comme Ulva lactuca et Cystoseira

mediterranea.

Séance 2 . Champignons (Fungi)

Morphologie et reproduction de Rhizopus nigricans (Zygomycètes), Agaricus

campestris (Basidiomycètes)

Séance 3.Lichens

Morphologie des différents types de lichens et étude de Xanthoria parietina

Séance 4. Bryophytes

Morphologie et reproduction de Bryum sp.

Séance 5. Ptéridophytes

Morphologie et reproduction de Polypodium vulgare et de Selaginella denticulata

Séance 6. Cycadophytes

Morphologie et reproduction de Cycas revoluta

Séance 7. Coniférophytes (Gymnospermes sensu stricto)

Morphologie et reproduction de Pinus halepensis et Cupressus sempervirens

Séance 8 et Séance 9 : Les Angiospermes Monocotyléd ones et Eudicotylédones .

Illustration de la notion de trimérie et pentamérie, de la notion d'actinomorphie et

zygomorphie; dialypétalie, gamopétalie, fleur hypogyne, fleur épigyne... .

Séance 8. Morphologie florale des Angiospermes Monocotylédones sur des

exemples comme Asphodelus (ou Allium)

Séance 9. Morphologie florale des Angiospermes Eudicotylédones sur des

exemples comme Lathyrus ou Vicia

Séance 10. Reproduction sexuée chez les Angiosperme s

Grain de pollen, pollinisation et fécondation chez les angiospermes

Types de fruits et types de graines.




1. APG II. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the

orders and families of flowering plants: APG II. Bot. J. Linnean Society 141:399–436.


2. APG III. 2009. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the

orders and families of flowering plants: APG II. Bot. J. Linnean Society 161:105–121.

3. Lecointre G. et Le Guyader H. 2001. Classification phylogénétique du vivant. Ed. Belin.

4. Reviers de B. 2002. Biologie et Phylogénie des algues. Tome 1 et 2. Ed. Belin.

5. Meyer S., Reeb C. et Bosdeveix R. 2004. Botanique: Biologie et Physiologie végétales.

Ed. Maloine.

6. Dupont F., Guignard J.L. 2012. Botanique Les familles de plantes. Ed. Elsevier-Masson




Matière 1: Microbiologie Objectif de l’enseignement

L'étudiant doit acquérir les notions du monde microbien, les techniques utilisées pour

observer les microorganismes, la croissance et la classification bactérienne.



L’étudiant doit avoir une notion globale sur les agents pathogène.


Le Monde microbien

1.1. Historique

1.2. Place de microorganismes dans le monde vivant

1.3. Caractéristiques générales de la cellule procaryote

2. La Cellule bactérienne

2.1. Techniques d’observation de la ellule bactérienne

2.2. La morphologie cellulaire

2.3. La paroi

2.3.1. Composition chimique

2.3.2. Structure moléculaire

2.3.3. Fonctions

2.3.4. Coloration de Gram

2.4. La membrane plasmique


2.4.2. Structure

2.4.3. Fonctions

2.5. Le cytoplasme

2.5.1. Les ribosomes

2.5.2. Les substances de réserve

2.6. Le chromosome

2.6.1. Morphologie

2.6.2. Composition


2.6.3. Réplication chimique

2.6.4. Structure

2.7. Les plasmides

2.7.1. Structure

2.7.2. Réplication

2.7.3. Propriétés

2.8. Pilli

2.8.1. Structure

2.8.2. Fonction

2.9. La capsule

2.9.1. Morphologie


2.9.3. Fonctions

2.10. Les cils et flagelles

2.10.1. Mise en évidence

2.10.2. Structure

2.10.3. Fonctions

2.11. La spore

2.11.1. Morphologie

2.11.2. Structure

2.11.3. Phénomènes de sporulation

2.11.4. Propriétés

2.11.5. Germination3.

3. Classification bactérienne

3.1. Classification phénétique

3.2. Classification phylogénique

3.3. Classification de Bergey

4. Nutrition bactérienne

4.1. Besoins élémentaires

4.2. Facteurs de croissance

4.3. Types trophiques

4.4. Paramètres physico-chimiques (température, pH, O2 et aW)

5. Croissance bactérienne

5.1. Mesure de la croissance

5.2. Paramètres de la croissance


5.3. Courbe de croissance (culture discontinue)

5.4. Culture bactérienne

5.5. Agents antimicrobiens.

6. Notions de mycologie et de virologie

6.1. Mycologie (levure et moisissure)

6.1.1. Taxonomie

6.1.2. Morphologie

6.1.3. Reproduction

6.2. Virologie

6.2.1. Morphologie (capside et enveloppe)

6.2.2. Différents types de virus

Travaux pratiques :

N°1 : Introduction au laboratoire de microbiologie

N°2 : Méthode d’étude des micro-organismes et les différents procédés de stérilisation

N°3 : Méthodes d’ensemencement ;

N°4 : Etude microscopique des bactéries, coloration simple

N°5 : Etude morphologique des différentes colonies bactériennes sur milieu de culture

N°6 : Coloration de gram

N°7 : Les milieux de culture

N°8 : Etude de la croissance bactérienne

N°9 : Critères d’identification biochimique des bactéries

N°10 : Levures et cyanobactéries

N°11 : Les inhibiteurs de la croissance, l’antibiogramme

N°12 : Isolement de la flore totale et spécifique de certains produits (eau, lait…).

Mode d’évaluation Contrôle continu et examen semestriel Références

1. Henri Leclerc, Jean-Louis Gaillard et Michel Simonet, 1999- Microbiologie générale.

Ed. Doin, Paris, 535p.

2. Jerome Perry, James Staley et Stephen Lory, 2004- Microbiologie-Cours et questions

de révision. Ed. Dunod, Paris, 889p.

3. Jean-Pierre Dedet, 2007- La microbiologie, de ses origines aux maladies émergentes.

Ed. Dunod, Paris, 262p.




Matière 2: Immunologie Objectif de l’enseignement

L’objectif de cet enseignement est de faire connaître aux étudiants le rôle de l'immunité,

les systèmes de défense immunitaire, les types de réponse immunitaire et les

dysfonctionnements du système immunitaire.



L’étudiant doit avoir des notions élémentaires sur le système immunitaire.

Contenu de la Matière

1. Introduction à l’immunologie.

1.1. Rôle de l’immunité

1.2. Rapport avec la quotidienne et grande découverte

2. Ontogénèse du système immunitaire

2.1. Cellules B et organes lymphoïdes

2.2. Cellules T

2.3. Education des cellules B à l’intérieur de la moelle

2.4. Education des cellules T à l’intérieur du thymus

2.5. Autres cellules (Cellules myéloïdes)

3. CMH

4. La réponse immunitaire non spécifique

• Cellules intervenantes et complément

5. La réponse immunitaire spécifique

5.1. Cellulaire

5.2. Humorale

6. Cooperation cellulaire et humorale

6.1. Coopération entre les différentes cellules

6.2. Cytokines

7. Dysfonctionnement du système immunitaire

8. Les principaux tests en immunologie

8.1. Agglutination


8.2. Immuno-précipitation

8.3. Immunoélectrophorèse

8.4. Immunofluorescence

8.5. Elisa Techniques

Travaux Dirigés

N°1: Réaction Ag-Ac( précipitation : immunodiffusion, ELISA, RIA….)

N°2 : Préparation de lymphocytes de monocytes à partir de sang total

N°3 : Séparation de lymphocytes T et B

N°4 : Test de lymphomicrocytotoxicité


Contrôle continu et Examen semestriel

Références

1. Marie-Christine Bené, Yvon Lebranchu, François Lemoine et Estelle Seillès, 2013-

Immunologie fondamentale et immunopathologie. Ed. Elsevier Masson, Paris, 260p.

2. Judy Owen, Jenni Punt et Sharon Stranford, 2014- Immunologie. Ed. Sciences de la

vie, 832p.

3. Abul-K Abbas et Andrew-H Lichtman, 2013- Les bases de l’immunologie fondamentale et clinique. Ed. Elsevier Masson, Paris, 284p.



U.E: Unité d’Enseignement Méthodologique 1

Matière: Ecologie générale Objectif de l’enseignement

L’objectif de la matière est de faire comprendre aux étudiants la notion d'écosystème, les

facteurs abiotiques et biotiques et les interactions entre ces facteurs, les composants de

l'écosystème et son fonctionnement.



Sans pré-requis

Contenu de la Matière

Chapitre I

1.1. Définition de l’écosystème et des constituants (Notions de biocénose et facteur

écologique.)

1.2. Domaines d’intervention

Chapitre II: Les Facteurs du milieu

2.1. Facteurs abiotiques

2.1. Climatiques

2.2. Edaphique

2.3. Hydrique

2.2. Facteurs biotiques

2.2.1. Compétitions

2.2.2. Ravageurs et Prédateurs

2.2.3. Interaction de coopération et de symbiose

2.2.4. Parasitisme

2.3. Interaction des milieux et des êtres vivants

2.3.1. Rôle des facteurs écologiques dans la régulation des populations

2.3.2. Notion d’optimum écologique

2.3.3. Valence écologique

2.3.4. Niche écologique.


Chapitre III: Structure des écosystèmes

3.1. Structure des chaînes alimentaires ; relations entre les producteurs (autotrophes)

et leur dépendance des nutriments et de l’énergie lumineuse ou chimique.

3.2. Les consommateurs (Hétérotrophes) qui sont liés aux producteurs et enfin les

décomposeurs qui assurent le recyclage et la minéralisation de la matière

organique.

Chapitre IV: Fonctionnement des écosystèmes

4.1. Flux d’énergie au niveau de la biosphère :

4.2. Notions de pyramides écologiques, de production, de productivité et de rendement

bioénergétiques

4.3. Circulation de la matière dans les écosystèmes et principaux cycles bio

géochimiques

4.4. Influence des activités humaines sur les équilibres biologiques et particulièrement

sur la perturbation des cycles bio géochimiques ( conséquences de la pollution des

milieux aquatiques et de la pollution atmosphérique (eutrophisation ,effet de serre ,

ozone, pluies acides.)

Chapitre V: Description sommaire des principaux éc osystemes

5.1. Foret, prairie, eaux de surface, océan

5.2. Evolution des écosystèmes et notion de climax

Travaux pratiques Sortie sur terrain de 8 heures chacune sur deux écosystèmes au choix, ou projection de films décrivant les écosystèmes.

Travaux Dirigés :

Les travaux dirigés concernent les méthodes appliquées pour l’étude du milieu.




1. DAJET P. et GORDAN M., 1982- Analyse fréquentielle de l’écologie de l’espèce dans

les communautés. Ed. Masson.

2. RAMADE F., 1984- Eléments d’écologie : Ecologie fondamentale. Ed. Mc Graw-Hill.


Semestre: 4ème Semestre U.E: Unité d’Enseignement Méthodologique 2

Matière: Bio Statistiques Objectif de l’enseignement

L’objectif de cet enseignement est d’apporter certains outils méthodologiques

classiquement utilisés pour décrire et tester des phénomènes biologiques.



L’étudiant doit avoir des notions sur les probabilités et sur l’analyse numérique vues déjà

en première année.

Contenu du Module

1. Rappels

1.1. Rappels sur la statistique descriptive

1.1.1. Paramètres de positions

1.1.2. Paramètres de dispersion

1.1.3. Paramètres de forme

2. Rappels sur les principales lois de distribution : lois: normale et log normale,

Student, Pearson, Fischer-Snedecor…

3. Inférence statistique : Tests d’hypothèse

3.1. Test de conformité

3.2. Test de comparaison

3.3. Test d’indépendance

4. Etude de corrélation et Régression

4.1. Coefficient de corrélation

4.2. Test de signification de la corrélation

4.3. Régression linéaire simple

4.3.1. Droite de régression (méthode des moindres carrés)

4.3.2. Intervalle de confiance de l’estimation de la régression

4.3.3. Test de Signification des coefficients de la régression

5. L’analyse de la variance à un et à deux facteurs


L'utilisation d'un logiciel tel que Statistica ou SAS comme TP pour chaque chapitre qui

seront abordées en détails en troisième année.

Travaux Dirigés :

Séries d’exercices sur chaque chapitre du cours




1. BENZEON J.P., 1984- L’analyse des données. Ed. Bordas, Tomes I et II.

2. HUET S., JOLIVET E. et MESSEON A., 1992- La régression non linéaire : méthodes et

applications en biologie. Ed. INRA.

3. TROUDE C., LENOUR R. et PASSOUANT M., 1993- Méthodes statistiques sous Lisa

- statistiques multi variées. CIRAD-SAR, Paris, PP : 69-160.

Documents

Programme Pédagogique Socle commun commun - 2A... · Cette matière renferme des concepts sur ... chimiques des protéines, des acides animés, des lipides et des glucides. ... Travaux