PRE -PROPOSAL PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI ......DATA PROPOSAL PENELITIAN PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI INDONESIA Nama Peneliti Dr.rer.nat Edwin Setiawan S. Si M.Sc. NIP/NIDN 197724122008011006

PRE-PROPOSAL

PROGRAM PENELITIAN

KOLABORASI INDONESIA

Judul Penelitian

Pemetaan Diversitas dan Potensi Mikroba Simbiotik Spons Air Tawar Eunapius

carteri (Bowerbank, 1863) dari Sungai Porong Mojokerto, Jawa Timur

menggunakan Teknologi Next Generation Sequencing (NGS)

Peneliti Utama : Dr.rer.nat Edwin Setiawan

(Departemen Biologi FSAD ITS Surabaya)

Peneliti Mitra : Dr.rer.nat Anto Budiharjo

(Departemen Bioteknologi FSM UNDIP Semarang)

: Dr.rer.nat Catur Riani

(Sekolah Farmasi ITB Bandung)

INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOVEMBER

Januari 2020

DATA PROPOSAL PENELITIAN

PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI INDONESIA

Nama Peneliti Dr.rer.nat Edwin Setiawan S. Si M.Sc.

NIP/NIDN 197724122008011006 / 0024127702

Judul Riset Pemetaan Diversitas dan Potensi Mikroba Simbiotik Spons Air Tawar

Eunapius carteri (Bowerbank, 1863) dari Sungai Porong Mojokerto, Jawa

Timur menggunakan Teknologi Next Generation Sequencing (NGS)

Topik Riset Sains Teknologi sesuai dengan Rancangan Roadmap Pusat Penelitian SAINS

FUNDAMENTAL Institut Teknologi Sepuluh November yakni uji dan

pemanfaatan teknologi dan metode terbaru dengan Next Generation

Sequencing dalam pemetaan mikroorganisme yang bersimbiotik dengan biota

perairan yang berhabitat di lingkungan konservasi Jawa Timur. Selanjutnya,

Jenis mikroba yang bersimbiotik tersebut akan diujikan untuk potensi medis

seperti antibakteri, enzim dsbnya.

Desain Riset Tahap Koleksi Sampling

Spons air tawar Eunapius carteri dikoleksi dari bantaran Sungai Porong di

kabupaten Mojokerto, Propinsi Jawa Timur. Lokasi titik sampel telah diketahui

pada pendahuluan survei awal yang dilakukan tim Biologi ITS pada bulan

September 2018 (Gambar 1 dan 2). Spons akan dikoleksi dengan metode

preservasi dengan etanol absolut untuk diproses lanjut analisis pemetaan

bakteri simbion dengan NGS di Lab Zoologi dan Rekayasa Hewan Departemen

Biologi ITS (Host).

Gambar 1. A, B dan C Peta dan lokasi tempat spons air tawar E. carteri ditemukan di

bantaran Sungai Porong Desa Kwatu, Kecamatan Mojoanyar, Kabupaten Mojokerto

Jawa Timur

Gambar 2. A, B, C, dan D Tampak Makroskopis dan Mikroskopis spons air tawar E.

carteri

Preservasi segar atau fresh collection juga dilakukan dengan cooling box ice

untuk mengisolasi bakteri simbion yang dapat dikultur untuk selanjutnya diuji

potensinya, seperti uji potensi antibakteri dan trombolitik lab Mitra yakni

Departemen Bioteknologi FSM Undip dan Sekolah Farmasi ITB. Cuplikan

sampel yang spons air tawar yang dikoleksi secara segar tersebut juga

dikultivasi ke media isolasi umum seperti NB (Nutrient broth) dan MHB

(Mueler Hinton Broth) dan diinkubasi overnight dalam keadaan di-shaker

(untuk mikroba aerob) dan anaerobic chamber/inkubator CO2 (untuk mikroba

anaerob). Kultur ON (overnight) ini dapat digunakan untuk isolasi koloni

tunggal atau dapat juga dipreserve menjadi stock gliserol (20%) di simpan di -

20C atau -70C untuk penelitian lanjutan.

Tahap pemetaan diversitas bakteri dengan NGS

Sampel yang telah dipreservasi ethanol absolut, diproses lanjut untuk diekstrak

DNA-nya dengan isolasi secara full metagenomik atau secara kolektif.

Selanjutnya adaptor marka bakteri 16 S region V4 dipakai untuk proses

amplifikasi dalam piranti NGS Illumina MiSeq. Dari hasil NGS, akan

diketahui lengkap jenis bakteri simbion spons air tawar E. carteri yang dapat

dikultur maupun tidak terkultur dan dipetakan potensinya. Tahap ini dilakukan

di lab Host Departemen Biologi ITS dengan bantuan PT Pandu Biosains

Indonesia.

Tahap uji potensi antibakteri isolat simbion E. carteri

Isolat bakteri simbion E. carteri diuji kemampuan antibakterinya melawan

bakteri uji Escherichia coli dan Staphylococcus aureus. Isolat bakteri uji

diinokulasi dalam lima mL Nutrien Broth dan diinkubasi pada shaker hingga

overnight. Medium yang digunakan untuk pengujian adalah NA yang telah

diinokulasikan bakteri uji dengan metode pour plate. Kertas cakram diletakkan

diatas media lalu ditetesi kultur cair isolat bakteri simbion. Selanjutnya

diinkubasi selama 48 jam pada suhu 370 C. Setelah 48 jam kemudian diamati

zona bening di sekitar cakram. Jika terdapat zona bening maka bakteri tersebut

mempunyai kemampuan daya hambat terhadap bakteri uji. Tahap uji potensi

ini dilakukan di laboratorium mitra Departemen Bioteknologi FSM Undip.

Tahap identifikasi gen pengkode spesifik mikroba simbion spons air tawar

yang memiliki potensi untuk dimanfaatkan sebagai senyawa trombolitik baru.

Ekstrak total DNA genom dari simbion spons air tawar E. carteri yang telah

diekstraksi di Lab Zoologi dan Rekayasa Hewan Departemen Biologi ITS

(Host) akan diskrining keberadaan gen pengkode protein trombolitik

Nattokinase dan DFE melalui metode PCR menggunakan primer degenerate

yang mentarget daerah pengkode pre pro fibrinolitik berukuran 1100 pb.

Produk PCR yang positif berukuran tersebut selanjutnya dikloning ke vektor

cloning pGEM-T untuk ditentukan urutan DNA nya menggunakan primer

universal T7 dan SP6. DNA hasil sekuensing selanjutnya dianalisa secara

bioinformatik untuk melihat keunikan urutan dan potensi pemanfaatannya

sebagai senyawa trombolitik baru. Target luaran adalah mendeteksi keberadaan

DNA pengkode trombolitik dari simbion spons air tawar E. carteri serta urutan

DNA dari sampel yang positif. Pendekatan metagenomik seperti ini sudah

berhasil dilakukan di laboratorium Bioteknologi Farmasi Sekolah Farmasi ITB

untuk mendapatkan gen pengkode nattokinase dan DFE pada sampel makanan

fermentasi tradisional Indonesia. Seluruh rangkaian pekerjaan dapat dilakukan

secara mandiri di lab mitra Laboratorium Bioteknologi Farmasi, Sekolah

Farmasi ITB, kecuali proses sekuensing akan dilakukan sebagai layanan di

Macrogen, Inc. Korea Selatan.

Signifikansi Penelitian

Mengenai diversitas hewan spons yang dipilih, peneliti utama ataupun host memiliki rekam jejak yang sesuai dengan Pendidikan pasca sarjana yang ditempuh yakni spesialis dalam taksonomi dan sistematik hewan spons (Phylum Porifera, Grant 1836). Selain itu, peneliti host memilik rekam jejak penelitian yakni publikasi dan joint riset yang berkaitan dengan topik keanekaragaman spons di Indonesia. Pada usulan PPKI 2020 ini peneliti host mengambil inisiatif pertama kali untuk mengeksplore spons yang berhabitat di air tawar karena sampai saat ini, belum ada penelitian yang menggunakan sampel spons air tawar dari Indonesia untuk diteliti. Menurut World Porifera Database (WPD) (van Soest et al. 2018), hanya ada 14 spesies spons air tawar yang tercatat di Indonesia yang dimana secara global, jenis spons air tawar merupakan spons minoritas karena hanya terdiri dari 1% jenis spons yang terdaftar dan teridentifikasi di WPD. Selain kekhususan dan terbatasnya studi mengenai spons air tawar, peneliti host memiliki inisiatif untuk mengkaji lebih dalam organisme simbionnya yakni mikroba. Sebagaimana diketahui bahwa sebagian besar komposisi hewan spons terdiri dari mikroba yang juga diketahui memiliki potensi yang dapat dikembangkan untuk penelitian lanjutan bidang ekologi ataupun medis karena proses sintesis senyawa bioaktif maupun fermentasi di dalam spons dilakukan secara simbiosis antara jaringan hewan spons itu sendiri dan mikrobanya. Sehingga untuk menganalisa dan memetakan keragaman bakteri simbion tersebut dibutuhkan peneliti mitra yang memiliki rekam jejak yang bereputasi tinggi dan mumpuni dalam penelitian biodiversitas mikroorganisme dengan menggunakan piranti terbaru NGS serta memiliki tahap tahap prosedur uji lanjutan awal mengenai potensi mikrobanya. Peneliti host membutuhkan kontribusi dua orang mitra yakni Dr.rer.nat Anto Budiharjo dari Departemen Bioteknologi FSM Undip karena, yang bersangkutan memiliki rekam jejak yang bereputasi dalam bidang Mikrobiologi dan Biologi Molekuler khususnya memiliki fokus dalam penelitian uji potensi dan pemanfaatan mikroorganisme menggunakan metode biologi molekuler. Selain Anto Budiharjo, peneliti host membutuhkan

kontribusi peneliti dari Sekolah Farmasi ITB yang berkaitan dengan potensi simbion di bidang farmasi. Mitra yang dipilih Dr. rer. nat. Catur Riani yang memiliki rekam jejak dalam penelitian berbasis metagenomik untuk mendapatkan gen pengkode protein trombolitik di makanan fermentasi tradisional Indonesia. Saat ini beliau juga ketua PERMI (Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia) Cabang Bandung. Protein trombolitik masih penting untuk dieksplorasi mengingat angka kejadian penyakit kardiovaskular terutama stroke iskemik di Indonesia masih sangat tinggi.

Jadwal Pelaksanaan

Bulan MAR 2020

APR 2020

MEI 2020

JUN 2020

JUL 2020

AGT 2020

SEPT 2020

OKT 2020

NOV 2020

Koordinasi

Sampling

Analisis NGS

Analisis potensi mikroba dan analisis gen pengkode senyawa pengkode

trombolitik baru

Analisa Data

Penyususnan draft

Submiting paper

Pelaporan akhir

Target Capaian

Target capaian pada pertengahan tahun (Juli 2020) adalah menyelesaikan hasil

analisa dari pemetaan dan jenis jenis bakteri simbion spons air tawar dan hasil

uji potensi aktivitas antibakteri ataupun enzim dari spons air tawar di akhir

Agustus. Sehingga, setelah itu hasil analisa data selesai, segera dimulai

kompilasi analisis data serta penyusunan draft publikasi yang dituju untuk

disubmitkan di akhir tahun pelaksaanan.

Untuk luaran utama yaitu

1. Submit atau diusahakan sudah under review di jurnal Applied

Microbiology and Biotechnology (AMB) https://amb-

express.springeropen.com/ Q2 dengan topik Diversitas Mikroba Spons

Air Tawar Eunapius carteri dari Jawa Timur

Dan luaran tambahan yaitu:

2. Submit atau diusahakan sudah under review di jurnal Hayati Q2

(https://journal.ipb.ac.id/index.php/hayati) dan Biodiversitas Q4

(https://smujo.id/biodiv) dengan topik uji potensi spons atau bakteri

simbion sebagai antibakteri dan spons Air Tawar Eunapius carteri

dengan dari Jawa Timur

3. Submit atau diusahakan sudah under review di jurnal Hayati Q2

(https://journal.ipb.ac.id/index.php/hayati) dan Biodiversitas Q4

(https://smujo.id/biodiv) dengan analisis gen pengkode spesifik

simbion sebagai antibakteri dan spons Air Tawar Eunapius carteri

dengan dari Jawa Timur yang berpotensi sebagai senyawa trombolitik

baru Usulan Biaya Rp 200.000.000 dengan perincian Rp 100.000.000 untuk peneliti host dan Rp.

50.000.000 untuk masing masing peneliti mitra

Lampiran 1

CV HOST

1 Nama Lengkap (dengan gelar) Dr. rer. nat. Edwin Setiawan S.Si, M.Sc.

2 Jenis Kelamin L

3 Jabatan Fungsional Pembina

4 NIP/NIK/Identitas Lainnya 197712242008011006

5 NIDN 0024127702

6 Tempat dan Tanggal Lahir Surakarta, 24 Desember 1977

7 E-mail [email protected]

8 Nomor Telepon/ HP 081216335161

9 Alamat Kantor Departemen Biologi FSAD- ITS Gedung H, Kampus

ITS Keputih – Sukolilo Surabaya 60111

10 Nomor Telepon/Faks 031 5963857

11 Lulusan yang Telah Dihasilkan S-1=30 orang (Tahun 2009-2019)

S-2=5 orang (Tahun 2016-2019)

12 Mata Kuliah yang Diampu 1. Sistematika Hewan

2. Evolusi

3. Genetika

Riwayat Pendidikan

S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi Universitas

Airlangga

Universitas

Utrecht Belanda

LMU Universitas

Munich Jerman

Bidang Ilmu Biologi Ekologi Serangga Taksonomi dan

sistematika porifera

Tahun Masuk-Lulus 1996-2000 2001-2003 2010-2015

Judul Skripsi/Tesis/Disertasi Daun telasih

(Ocimum

basilicum)

sebagai

insektisida alami

Foraging behavior

of tropical

stingless bee

Plebeia sp.

Genetic diversity of

selected Petrosiid

sponges.

Nama Pembimbing/Promotor Dra. Nurtitiati.

M.S.

Dr. drs Frouke

Hofstede

PD. Dr. Dirk

Erpenbeck

Pengalaman Penelitian Dalam 5 Tahun Terakhir

No. Tahun Judul Penelitian Pendanaan

Sumber* Jumlah (Juta Rp)

1 2019 Dampak pemanasan global dan

pengasaman laut terhadap komposisi

fitoplankton guna mendukung

keberhasilan kegiatan budidaya di pesisir

kabupaten Tuban

Dana lokal ITS

Skema dana

Penelitian Kerja

Sama Antar

Perguruan Tinggi

PAKERTI

50

2 2018 Keanekaragaman dan Potensi Hewan

Spons (Porifera) yang berhabitat di Padang

Lamun Pacitan Propinsi Jawa Timur

(Ketua)

Dana lokal ITS

Skema dana

Penelitian Kerja

Sama Antar

Perguruan Tinggi

PAKERTI

50

3 2018 Aktivitas Antikanker Senyawa Alkaloid

Spons Laut Cinachyrella anomala Melalui

Induksi Apoptosis Pada Sel Kanker Target

(Anggota, Tahun ke 3)

RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100

4 2018 Peningkatan Kadar Lipid (Triacyglycerols

/TAGs) Mikroalga Skletonema costatum

Sebagai Bahan Baku Biodiesel Melalui

Optimasi Dan Modifikasi Teknik Cekaman

Fisiologis Nutrient (Anggota, Tahun ke 3)

RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100

5 2018 Sponges diversity in Brunei Muara,

Bandar Seri Begawan, Brunai Darussalam

(Ketua)

Student Project

UBD Brunei

Darussalam

30




(Anggota, Tahun ke 2)

RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100






RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100

8 2017 Pelet Ikan Z-Fosh "Zuper Food Fish

Sebagai Produk Olahan Limbah

Pengasapan Ikan di Wilayah Kenjeran

Surabaya (Anggota)

Penelitian Dana

Lokal ITS Skema

Inovasi Lokal

50

9 2017 Diversitas hewan spons (Porifera) yang

berasosiasi dengan ekosistem mangrove di

kawasan perairan Sepulu, Kabupaten

Bangkalan, Provinsi Jawa Timur (Ketua)

Dana lokal ITS

Skema dana

penelitian

Departemen

10

10 2017 Keanekaragaman spons dangkal pulau

Simeulue, Aceh (Ketua)

Ekspedisi Widya

Nusantara X P20

LIPI

20

11 2017 Mangrove sponges of Situbondo East Java

(Ketua)

Naturalis

Biodiversity

Leiden Belanda

skema

60

TEMMINCK

Fellowship




(Sebagai Anggota, Tahun ke 1)

RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100






RISTEKDIKTI

skema Penelitian

Terapan

Unggulan

Perguruan Tinggi

100

14 2016 Bioprospek spons mangrove di perairan

pecaron situbondo jawa timur sebagai

sumber bahan biofarmasi (Ketua)

Dana lokal ITS

Skema dana

penelitian Doktor

Baru

25

Pengalaman Pengabdian Kepada Maysarakat dalam 5 Tahun Terakhir

No. Tahun Judul Pengabdian Kepada Masyarakat Pendanaan

Sumber* Jumlah (Juta Rp)

1 2019 Peningkatan Kompetensi Manajemen

Operasi Keramba Jaring Apung bagi

Nelayan Pantai Malang Selatan Abdimas Reguler

25

2 2019 Pelatihan penambahan probiotik

(konsorsium mikroba) pada pembuatan

pelet ikan dari limbah tangkapan ikan di

kelompok nelayan truno djoyo wonorejo,

surabaya

Abdimas berbasis

Riset

50

3 2019 Pelatihan pembuatan biji plastik dari

sampah plastik di pantai tuban dalam

upaya pelestarian sumber daya hayati laut

dan perikanan serta peningkatan

pendapatan masyarakat nelayan Tuban,

JAwa Timur

Abdimas berbasis

Riset

50

1 2018 WORKSHOP PRAKTISI LAPANGAN

DINAS LINGKUNGAN HIDUP

KABUPATEN/KOTA SE-JAWA TIMUR;

Upaya Pemberdayaan SDM dan SDA

dalam Kerangka Peningkatan IPKLHD

(Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

25

2 2018 Penanaman Karakter Peduli Lingkungan

melalui Program Edukasi Konservasi

Keanekaragaman Hayati sejak Usia Dini di

Desa Boro, Kedungwaru, Tulungagung,

Jawa Timur (Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

25

3 2017 Pelatihan pembuatan pelet ikan berbahan

baku keong sawah dalam upaya

pengelolaan hama pertanian di desa

Duyungan, kecamatan Sidoharjo,

Kabupaten Sragen Jawa Tengah (Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

25

4 2017 Workshop PiTiK Sains SMP sekitar ITS

Surabaya dan SMPN 1 Sekar Bojonegoro;

tindak lanjut FGD abdimas Departemen

Biologi (Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

25

5 2016 Pelatihan Pembuatan Ekstrak Tanaman

Mangrove Sebagai Bahan Organik

Pencegah Blackspot Pada Hasil Tangkapan

Udang di Kampung Nelayan Kelurahan

Wonorejo Kota Surabaya (Ketua)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

15

6 2016 Pelatihan pembuatan pelet ikan dari

limbah tangkapan ikan pada kelompok

nelayan trunojoyo di Kampung Nelayan

Kelurahan Wonorejo Kota Surabaya

(Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

15

7 2016 Strategi meloloskan siswa dalam ajang

kompetisi olimpiade sains nasional bidang

biologi melalui fgd kepala sekolah di

sekitar kampus ITS (Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

15

8 2015 Pelatihan Pembuatan Herbarium Biologi

Sebagai Media Pembelajaran Bagi Siswa

SMP Di Surabaya (Anggota)

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

25

9 2015 Sosialisasi pemanfaatan Pelet berbahan

dasar Limbah ikan di kelurahan Kejawan

Lor kenjeran Surabaya

Dana Lokal ITS

Skema Abdimas

Reguler

16

Publikasi Artikel Ilmiah Dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir

No. Judul Artikel Ilmiah Nama Jurnal Volume/Nomor

/Tahun

1 Record of shallow-water sponges in Simeulue

Island, Aceh Province, Indonesia

Biodiversitas Journal of

Biological Diversity

20/11/2019

2 Kolaborasi Institusi Pemerintah–Perguruan

Tinggi–LSM dalam Pengelolaan Sampah

Plastik Melalui Forum Group Discussion

SEWAGATI 3/2/2019

3 The phagocytosis activity of isoeugenol-ester

compound on Mus musculus macrophage cell

Nusantara Bioscience 11/2/2019

4 Community structure of Echinoderms in

seagrass beds of Pacitan beaches, East Java,

Indonesia

Biodiversitas Journal of

Biological Diversity

20/07/2019

5 Penggunaan Alat Peraga Kawat Luncur

Untuk Meningkatkan Hasil Belajar Peserta

Didik Pada Pokok Bahasan Gaya Lorentz

SEWAGATI 2/2/2019

6 Shallow water sponges that associated to

mangrove ecosystem at Labuhan

conservation area in Sepulu, Bangkalan,

Madura, East Java Province

NICHE Journal of

Tropical Biology

Nov. 2018.

ISSN 2614-

8307. Available

at:

<https://ejournal

2.undip.ac.id/ind

ex.php/niche/arti

cle/view/3693>

7 Bearing the wrong identity: A case study of Zootaxa 4500(1), 43-58

an Indo-Pacific common shallowwater

sponge of the genus Neopetrosia

(Haplosclerida; Petrosiidae)

(2018)

9 Toxicity test of mangrove epibiont sponges in

Tampora Situbondo using brine shrimp

lethality test (BSLT).

AIP Conference

Proceedings

2002, 020017

(2018);

https://doi.org/1

0.1063/1.505011

3

10 Microalgae Growth and Morphology of

Skeletonema costatum On Physiological

Stress Nutrient Silicon (Si)

Journal of Physics:

Conference Series

1028 /1/ 2018

11 Spicule size variation in Xestospongia

testudinaria Lamarck, 1815 at Probolinggo-

Situbondo coastal

AIP Conference

Proceeding

1854 / 020034 /

(2017)

12 Bioaktivitas ekstrak batang Xylocarpus

granatum sebagai anti-black spot alternatif

pada Litopenaeus vannamei pasca panen

Journal of Tropical

Biodiversity and

Biotechnology

2/1/2017

13 Bottomless barrel-sponge species in the Indo-

Pacific?

Zootaxa 4136/2/2016

14 The lysidyl aminoacyl transfer RNA

synthetase intron, a new marker for

demosponge phylogeographics – case study

on Neopetrosia

Journal of the Marine

Biological Association

of the UK

96/2/2016

15 MtDNA diversity of the Indonesian giant

barrel sponge Xestospongia testudinaria

Xestospongia testudinaria (Porifera:

Haplosclerida) – implications from partial

cytochrome oxidase 1 sequences



of the UK

96/2/2016

16 Nothing in (sponge) biology makes sense –

except when based on holotypes



of the UK

96/2/2016

Pemakalah Seminar Ilmiah (Oral Presentation) dalam 5 Tahun Terakhir

No. Nama Pertemuan

Ilmiah/Seminar Judul Artikel Ilmiah

Waktu dan

Tempat

1 4th IBOC Biologi ITS Shallow water sponges of Simeulue

Island Aceh (Poster)

Surabaya, 13

Oktober 2018

2 Seminar Nasional Biologi

Undip

Diversitas hewan Spons (Phylum Porifera

Grant, 1836) yang berasosiasi dengan

ekosistem mangrove di kawasan

konservasi mangrove Labuhan,

Kecamatan Sepulu, Kabupaten

Bangkalan, Propinsi Jawa Timur.

Semarang, April

2018

3 ICBS 5th Biology UGM Toxicity test of sponges as mangrove

epibiont in Tampora situbondo using

brine shrimp lethality test (bslt)

15-16 September

2017, Yogyakarta

4 ICOLIB 2/ Departemen

Biologi FMIPA

Cytotoxic effect of aaptos suberitoides

marine sponges extracts ethanol on hela

7-8 Agustus

2017, Jember

Universitas Jember cells cancer with in vitro test

5 IBOC 3rd/ Departemen

Biologi FMIPA ITS

Preliminary studies on the diversity of

sponges that associated to mangroves in

situbondo, east java, indonesia

Surabaya, 15

Oktober 2016

6 Temu Ilmiah Biologi

UGM

Pemanfaatan ekstrak xylocarpus sp.

Pencegah black spot sebagai upaya

peningkatan kualitas hasil tangkapan

litopenaeus sp. Petani tambak trunojoyo

di wonorejo surabaya

30 Agustus 2016,

Yogyakarta

Karya Buku dalm 5 Tahun Terakhir

No. Judul Buku Tahun Jumlah

Halaman Penerbit

1 Buku ajar Bahan alam laut 2019 150 SG GRamedia

Perolehan HKI dalm 5-10 Tahun Terakhir

No. Judul/Tema HKI Tahun Jenis Nomor P/ID

1 - - - -

Pengalaman Merumuskan Kebijakan Publik/Rekayasa Sosial Lainnya dalam 5 Tahun

Terakhir

No. Judul/Tema/Jenis Rekayasa Sosial Lainnya

yang Telah Diterapkan Tahun

Tempat

Penerapan

Respon

Masyarakat

1

Penghargaan dalam 10 Tahun Terakhir (dari pemerintah, asosiasi atau institusi

lainnya)

No. Judul Penghargaan Institusi Pemberi

Penghargaan Tahun

1 Satya Lencana 10 Tahun Presiden republic

Indonesia

2019

CV MITRA

Identitas Diri 1 Nama Dr. rer. nat. Anto Budiharjo, S.Si., M.Biotech

2 Jenis Kelamin Pria

3 Jabatan Fungsional Penata Muda

4 NIP/NIK 197309161997021001

5 NIDN 0016097301

6 Tempat dan Tanggal Lahir Karanganyar, 16 September 1973

7 e-mail [email protected]

8 Telp. /Faks 087836267209

9 Alamat Kantor Jl. Prof. Sudharto, SH, Tembalang, Semarang-50275

10 No telp/Fax 0247474754

11 Lulusan yang Telah Dihasilkan

S1 > 50 mahasiswa

S2 > 10 mahasiswa

12 Mata Kuliah yg Diampu Biologi Molekuler

Genetika

Biokimia

Mikrobiologi

Rekayasa Genetika

Instrumentasi Biologi

Radiasi Biologi

Biosafety dan Biosecurity

Teknik Analisa Molekuler

Biokimia Teknik

Riwayat Pendidikan

Perihal S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi UNDIP Flinders University - Australia

Humboldt University -

German

Bidang Ilmu Biologi Bioteknologi Bioteknologi

Tahun Masuk-Lulus 1991-1996 2001-2003 2006-2011

Judul Skripsi/Tesis/Disertasi

Isolasi bakteri pengikat logam berat Cd dari sungai banjir

kanal timur -

Semarang

The potency of endophytic actinobacteria

isolated from

healthy wheat

Plant-Bacteria Interactions: Molecular

Mechanisms of

Phytostimulation

by Bacillus

amyloliquefaciens

FZB42 Nama Pembimbing/Promotor

Dra. Sriani H, SU Prof. Chris Franco Prof. Rainer Borris

Pengalaman Penelitian Dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Pendanaan

Sumber Jml (Juta Rp)

1 2014 Potensi antioksidan dari karotenoid yang dihasilkan oleh khamir indigenous

Rhodosporidium paludigenum DUCC Y-007

dalam upaya mencari sumber alami pewarna

makanan, sebagai Anggota

PNBP UNDIP

70

2 2014 Microbial Diversity from Geothermal Sites Fulbright (USA)

$22.000

3 2105 Pembuatan kit deteksi virus DEN melalui pendekatan metode RT-PCR dan GC-MS untuk

akurasi diagnose demam berdarah

PNBP UNDIP

64

4 2015 Pengembangan kit test pack Den 2 dan Den 3 untuk deteksi dini kejadian Dengue Schock Syndrome (GSS)

RUPT DIKTI

300

5 2016 Bioprospecting of Rhizobacteria Bacillus pumilus : an Environtmentally Friendly

Biopesticide against Leaf Blight (Xanthomonas

oryzae) Disease in Rice Organic Farming,

PNBP UNDIP

90

6 2016 Identifikasi Molekuler, Jenis Karotenoid dan Potensi Antioksidan Isolat Bakteri Termofil Penghasil Pigmen dari Sumber Air Panas Gedong Songo, Bandungan, Semarang

PNBP UNDIP

90

7 2016 Industri generator ozon untuk penyimpanan produk pertanian

PPTI

DIKTI 800

8 2016 Industri berbasis teknologi plasma untuk pangan TI DIKTI

4000




PNBP UNDIP

80

10 2017 Identifikasi Molekuler, Jenis Karotenoid dan Potensi Antioksidan Isolat Bakteri Termofil

Penghasil Pigmen dari Sumber Air Panas

Gedong Songo, Bandungan, Semarang

PNBP UNDIP

80




PNBP UNDIP

80

12 2018 Pemanfaatan Teknologi Nanopartikel Berbasis Senyawa Alkaloiddari Kulit Batang Randu

(Ceiba pentandra Gaertn) yang Terenkapsulasi

Nanokitosan-PEG Sebagai Solusi Pengobatan

Diabetes Mellitus Tipe 2

PTUPT DIKTI

200

13 2018 Valorization of microbial diversity in Ina Sua, a traditional fermented fish from Central Moluccas and its potential as food preservative

PNBP UNDIP

150

14 2019 Pemanfaatan Teknologi Nanopartikel Berbasis Senyawa Alkaloiddari Kulit Batang Randu

PTUPT DIKT

300

(Ceiba pentandra Gaertn) yang Terenkapsulasi Nanokitosan-PEG Sebagai Solusi Pengobatan Diabetes Mellitus Tipe 2

15 2019 Valorization of microbial diversity in Ina Sua, a traditional fermented fish from Central Moluccas and its potential as food preservative

PNBP UNDIP

300

16 2019 Bioformulasi dan identifikasi senyawa antibiotik Bacillus altitudinis sebagai

biopestisida penyakit hawar daun padi pada

pertanian padi organik

PTUPT DIKTI

300

17 2019 Human milk microbiome of pesticide- contaminated region and its correlation with the

health status of infants, a case study in Brebes

Regency

Riset Iptekkes

Kemenkes

250

18 2019 Culture-independent of microbial community from bledug kuwu mud volcano by

metagenomic analysis and its potential as novel

enzymes sources

PNBP FSM 50

Pengalaman Pengabdian Kepada Masyarakat dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Pendanaan

Sumber Jml (Juta Rp)

1 2013 Pelatihan keselamatan laboratorium bagi teknisi laboratorium UNDIP

Merck 3,5

2 2013 Pengembangan kawasan Desa Wisata melalui kegiatan pemberdayaan masyarakat di Desa Genting, Kec. Jambu, Kab. Semarang

KKN PPM 50

3 2013 Pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya wilayah pesisi berwawasan lingkungan terpadu

melalui kegiatan pemberdayaan masyarakat di

Kelurahan Tugurejo, Kec. Tugu, Kotamadia

Semarang

KKN PPM 70

4 2014 Upaya diversifikasi produk olahan ketela pohon di Desa Mendongan, Kec. Sumowono, Kab.

Semarang

DIPA Fak Sains dan

Matematika

5

5 2016 Pemberdayaan Wanita Tani Desa Mendongan, Kecamatan Sumowono, Kabupaten Semarang,

Melalui Inovasi Teknologi Sterilisasi Bag Log

Pada Budidaya Jamur Tiram Putih (Pleurotus

ostreatus)

IbM 37

6 2018 PKM Kelompok Industri berbasis Nanas Madu Di Desa Sikasur Kecamatan Belik, Kabupaten Pemalang, Provinsi Jawa Tengah.

PKM 50

Publikasi Artikel Ilmiah Dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir No Judul Artikel Ilmiah Nama Jurnal Volume/

Nomor/Tahun

1 Factors Related to Blood Glucose Levels among Type II Diabetes Mellitus Patients (A Cross- Sectional Study in Kedungmundu Public Health Center, Semarang)

Indian Journal of Public Health Research &

Development

Volume 9, Number 10,

Oktober 2018

2. The characterization of Citrus sp. from Parang Island Karimunjawa based on morphological, DNA barcoding and nutritional analysis

International Journal of

Genetics and

Molecular

Biology

Vol. 10(3), pp. 26-38,

September 2018

3. Complete Genome Sequence of Bacillus altitudinis P-10, a Potential Bioprotectant against

Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Isolated from

Rice Rhizosphere in Java

Genome Announcement

5 (48), 2017

4. Molecular Identification of Endospore-Forming Rhizobacteria from Organic Cabbage Farm

Potential as Biocontrol against Phytopathogen

Xanthomonas campestris

Microbiology Indonesia

10 (3), 2016

5. Potensi Bakteri Sedimen Mangrove Karimunjawa sebagai Penghasil Senyawa

Proceeding Semnas

02/2016

Antifouling Mikrobilogi

6 Transposon mutagenesis of plant associated Bacillus amyloliquefaciens ssp. plantarum

FZB42 revealed that the nfrA and RBAM17410

genes are involved in Plant-Microbe-Interaction

PloS ONE 05/2014

7 Potency and Molecular Identification of Endospore-Forming Rhizobacteria From Rice

Plant As A Biocontrol Of Phytopathogen

Xanthomonas oryzae

Proceeding INSPINSA

09/2014

8 The highly modified microcin peptide plantazolicin is associated with nematicidal

activity of Bacillus amyloliquefaciens FZB42

Appl. Microbiol. Biotechno

l. 97(23)

9 Amylocyclicin a novel circular bacteriocin produced by Bacillus amyloliquefaciens FZB42

J Bacteriol 196 (10):1842- 52.

10 Bacterial Traits Involved in Colonization of Arabidopsis thaliana Roots by Bacillus

amyloliquefaciens FZB42

Plant Pathol. J. 29(1) : 59-66

11 Efficient colonization of plant roots by the plant growth promoting bacterium Bacillus

amyloliquefaciens FZB42, engineered to express

green fluorescent protein

J Biotechnol 151(4): 303-11

Pemakalah Seminar Ilmiah (Oral Presentation) dalam 5 Tahun Terakhir

No Nama Pertemuan Ilmiah / Seminar

Judul Artikel Ilmiah Waktu dan Tempat

1 5th International Biology Conference

Plasmid construction, cloning and expression of thermophilic xylanase

xyn11 gene from bagasse metagenomic into

Pichia pastoris KM71

Surabaya, 13 Okt 2018

2 The 8th international seminar on new paradigm and innovation on natural

sciences and its

The use of Bacillus altitudinis for biocontrol and plant growth promotion as an environmentally-friendly alternative to

agrochemicals

Semarang, 26 Sept 2018

application

3 The 9th Electrical Power, Electronics,

Communications, Controls and Informatics Seminar (EECCIS) 2018

Zetagreen characterization for air room sterilization

Malang, 9-10 Okt 2018

4 International Conference

on Contemporary Science

and Clinical Pharmacy (ICCSCP 2018)

Identification of antibiotic compounds

produced by Bacillus altitudinis

Padang, 5-6 Juli 2018

5 the 2017 Conference on Health Management in Post Disaster Recovery

Epidemiology and Laboratory Data of Dengue Cases in 2016 in Semarang city Indonesia

Banda Aceh, 22-23 Mei 2017

6 9th International Seminar Indonesian Society Of Microbiology (ISISM) 2017

Bioprospecting of Bacillus pumilus as a

biopesticide against Xanthomonas campestris and its molecular antibiotic

gene identification

Palembang, 14-15 Nov 2017

7 International Workshop and Conference on Inter-

professional Education (IPE)

Molecular Identification and Detection of alkB Gene of Bacteria Potential as Biodegradable Agent of Polyethylene Plastic Waste

Makasar, 23 Sept 2017

8 5th Asian PGPR International Conference for Sustainable Agriculture

Efficacy of Bacillus pumilus as a biopesticide against Xanthomonas campestris and its molecular antibiotic

gene identification

Bogor, 16-19 Juli 2017

9 The 2nd International Microbial Biotechnology Conference

Metagenomic : Exploring Microbial Diversity and Its Biotechnological Application in Mining New Enzymes

Jakarta, 15- 16 Nov 2016

10 Seminar Nasional MIPA tahun 2016 (SNMIPA 2016)

Thermophile metagenomic : a resource for novel enzyme

UNNES Semarang, 5 Nov 2016

11 Semnas Mikrobiologi Potensi Bakteri Sedimen Mangrove Karimunjawa sebagai Penghasil Senyawa Antifouling

UKSW

Maret, 2016

12 ASEAN Microbial BiotechnologyConference

Molecular Identification of Endospore- Forming Rhizobacteria From Cabbage

arming Potential As A Biocontrol Of

Bali, 4 Agustus

Phytopathogen Xanthomonas campestris 2016

13 The international conference on pharmacy

and advanced

pharmaceutical sciences

Bioprospecting of Mangrove Sediment Bacteria Potential as a Bioantifouling Agent

Yogyakarta, 7-8 September 2015

Karya Buku dalam 5 Tahun Terakhir

No Judul Buku Tahun Jumlah Halaman

Penerbit

1 Phytostimulation by Bacillus amyloliquefaciens FZB42

2012 200 Suedwestdeutshcer Verlag fuer

Hochschulschriften,

Germany

CV MITRA 1 Nama Lengkap (dengan gelar) Dr.rer.nat. Catur Riani

2 Tempat dan Tanggal Lahir Pulau Sambu, 13 Agustus 2016

3 Jabatan Fungsional Lektor /IIIC

4 NIP/NIK/Identitas lainnya 197608132009122003

5 NIDN 0013087608

6 H-indeks Scopus 5

7 Scopus ID 35082586900

8 ORCID http://orcid.org/0000-0001-7082-0264

9 SINTA ID 5973548

10 E-mail [email protected] / [email protected]

11 Nomor Telepon/HP 081364270120

12 Alamat Kantor Jalan Ganesha 10 Bandung 40132

13 Nomor Telepon/Faks. Kantor 022 2504852

A. Riwayat Pendidikan

S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi Institut Teknologi

Bandung

Institut Teknologi

Bandung

Universitas Rostok,

Jerman

Bidang Ilmu Farmasi Mikrobiologi Molekular Mikrobiologi

Molekular

Tahun Masuk – Lulus 1993-1997 1999-2001 2004-2009

Judul

Skripsi/Tesis/Disertasi

Isolasi kurkumin dari

ekstrak metanol

kunyit (Curcuma

domestica Val.,

Zingiberaceae)

Konstruksi dan

karakterisasi MgaS119N

Streptococcus pyogenes

Effects of oral

streptococci and

selected probiotic

bacteria on the

pathogen Streptococcus

pyogenes: viability,

biofilms, molecular

functions, and

virulence traits

Nama Dr. Moesdarsono, Prof. Dr. Goeswin Agus, Prof. Dr. Andreas

Pembimbing/Promotor Dr. Andreanus A

Sumardji

Dr. Debbie S

Retnoningrum, Dr.

Endang Purwantini

Podbielski, Dr. Bernd

Kreikemeyer

B. Pengalaman Penelitian dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Sumber

1 2015-2016

(Peneliti

Utama)

Penentuan urutan gen CGTase untuk Produksi

Enzim Siklodekstrin Glukanotransferase

Rekombinan dari Bacillus Isolat Indonesia di

Escherichia coli (Tahun2)

Riset Desentralisasi

DIKTI – ITB

2 2015 (Peneliti

Utama)

Rekonstruksi Vektor Ekspresi untuk Produksi Bone

Morphogenetic Protein-2 Dimer Rekombinan

Manusia yang Aktif pada Sistem Escherichia coli

Riset ITB

5 2015-2017

(Anggota

Peneliti)

Konstruksi Escherichia coli Auxotrof melalui

Pendekatan Transposisi Menggunakan Transposase

Hiperaktif dan Penggunaannya untuk Ekspresi

Protein Terapeutik secara Autoinduksi

Hibah Kompetensi

DIKTI

6 2017-2019

(Anggota

Peneliti)

Sistem seleksi berbasis toksin/anti toksin dalam

vektor ekspresi untuk produksi protein terapetik

pada Escherichia coli

Penelitian Unggulan

Perguruan Tinggi

DIKTI

7 2017 (Peneliti

Utama)

Pengembangan Escherichia coli untuk Produksi

Biosimilar Reteplase sebagai Trombolitik dalam

Penanganan Penyakit Kardiovaskular

Riset ITB

8 2018-

2019(Peneliti

Utama)

Evaluasi Produksi Trombolitik Biosimilar Reteplase

Menggunakan Plasmid Ekspresi Bersalinan Rendah

Autoinduksi Di Escherichia coli

Hibah Kompetensi

Kemenristekdikti

C. Publikasi Artikel Ilmiah dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir

1. Rostinawati T, Riani C, Elfahmi, Sumirtapura YC, Retnoningrum DS. (2015). Y93F Substitution

of Cyclodextrin Glucanotransferase from Bacillus sp. A2-5a and its Enzyme Characterization.

Biotechnology.14(4):181-187.

2. Virginia A, Rachmawati H, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Study of HMG-CoA Reductase

Inhibition Activity of the Hydrolyzed Product of Snakehead Fish (Channa striata) Skin Collagen

with 50 kDa Collagenase from Bacillus licheniformis F11.4 Scientia Pharmaceutica. 84(1):84-88.

3. Anindyajati, Artarini AA, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Plasmid Copy Number

Determination by Quantitative Polymerase Chain Reaction. Scientia Pharmaceutica. 84(1):89-101.

4. Dewi KS, Retnoningrum DS, Riani C, Fuad AM. (2016). Construction and Periplasmic

Expression of the Anti-EGFRvIII ScFv Antibody Gene in Escherichia coli. Scientia

Pharmaceutica. 84(1):141-152.

5. Artarini AA, Jessica HG, Kartikasari RR, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Detection Of

Hepatitis B Virus X Gene Mutation From Local Clinical Samples. Microbiology Indonesia.

10(1):9-14.

6. Riani C, Hanifa HL, Retnoningrum DS. (2017). In Vitro Nucleotide Sequence Editing Using

Single-Primer Reactions In Parallel PCR. R J Pharm Biol Chem Sci. 8(1S): 55-58.

7. Aboualkasem S, Retnoningrum DS, Refiani A, Riani C. 2017. Separate Toxin-Antidote

Stabilization System in Two Plasmids for Recombinant Protein Production. Curr Pharm

Biotechnol. 2017;18(14):1159-1166.

8. Purwaeni, C. Riani and DS Retnoningrum, 2018, Bacterial Fibrinolytic Enzyme Coding

Sequences from Indonesian Traditional Fermented Foods Isolated Using Metagenomic Approach

and Their Expression in Escherichia coli, Food Biotechnol, 32:1, 47-59,

9. Tritama E., Riani C., Rudiansyah I., Hidayat A., Kharisnaeni SA and Retnoningrum DS, 2018, Evaluation of Alum-Based Adjuvant on the Immunogenicity of Salmonella enterica serovar Typhi

Conjugates Vaccines, Hum Vaccin Immunother, 14(6):1524-1529.

10. Anindya AL, Oktaviani RD, Praevina BR, Damayanti S, Kurniati NF, Riani C, Rachmawati H,

2019, Xylan from Pineapple Stem Waste: a Potential Biopolymer for Colonic Targeting of Anti-

inflammatory Agent Mesalamine, AAPS PharmSciTech, 20(3):112.

11. Retnoningrum DS, Santika IWM, Kesuma S, Ekowati SA, Riani C, 2019, Construction and

Characterization of a Medium Copy Number Expression Vector Carrying Auto-Inducible dps

Promoter to Overproduce a Bacterial Superoxide Dismutase in Escherichia coli, Mol Biotechnol,

61(4):231-240.

Lampiran 2

Form Komitmen Peneliti Mitra

DATA USULAN DAN PENGESAHAN

PROPOSAL DANA LOKAL ITS 2020

1. Judul Penelitian

tes

Skema : PENELITIAN UNGGULAN ITS (DASAR MULTIDISIPLIN)

Bidang Penelitian : Energi Berkelanjutan

Topik Penelitian : Bio-based Energy

2. Identitas Pengusul

Ketua Tim

Nama : Fadlilatul Taufany S.T., Ph.D.

NIP : 198107132005011001

No Telp/HP : 082131391690

Laboratorium : Laboratorium Perpindahan Panas dan Massa

Departemen/Unit : Departemen Teknik Kimia

Fakultas : Fakultas Teknologi Industri dan Rekayasa Sistem

Anggota Tim

NoNama

LengkapAsal Laboratorium Departemen/Unit

Perguruan Tinggi/Instansi

1Fadlilatul

Taufany S.T., Ph.D.

Laboratorium Perpindahan Panas dan

Massa

Departemen Teknik Kimia

ITS

3. Jumlah Mahasiswa terlibat : 0

4. Sumber dan jumlah dana penelitian yang diusulkan

a. Dana Lokal ITS 2020 : 1,-

b. Sumber Lain : 0,-

Jumlah : 1,-

Tanggal Persetujuan

Nama Pimpinan Pemberi

Persetujuan

Jabatan Pemberi Persetujuan

Nama Unit Pemberi

PersetujuanQR-Code

04 Maret 2020

Fadlilatul Taufany S.T.,

Ph.D.

Kepala Pusat Penelitian/Kajian/Unggulan

Iptektes

04 Maret 2020

Agus Muhamad Hatta , ST, MSi,

Ph.DDirektur

Direktorat Riset dan Pengabdian

Kepada Masyarakat

Documents

PRE -PROPOSAL PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI ......DATA PROPOSAL PENELITIAN PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI INDONESIA Nama Peneliti Dr.rer.nat Edwin Setiawan S. Si M.Sc. NIP/NIDN 197724122008011006