Click here to load reader

Pengantar Biokimia Jurusan Kimia

  • View
    43

  • Download
    11

Embed Size (px)

DESCRIPTION

Materi Pengantar Mata Kuliah Biokimia Semesteer 5

Text of Pengantar Biokimia Jurusan Kimia

  • SELAMAT DATANG DI PERKULIAHAN BIOKIMIA

  • Tujuan PerkuliahanMengenalkan dan memahamkan bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan struktur kimia), tatabahasa (reaksi-reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur metabolisme) dan arti (keterkaitan metabolik)

  • Apa itu Biokimia? Definisi:Websters dictionary: Bios = Yunani, artinya hidup Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.WebNet dictionary: Biokimia adalah kimia dari bahan-bahan dan proses-proses yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai upaya untuk memahami proses kehidupan dari sisi kimia.

  • Apa itu biokimia?Pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut pandang kimiaBertujuan untuk memahami interaksi molekul-molekul tak hidup yang menghasilkan fenomena kompleks dan efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan serta menjelaskan keseragaman kimia dari kehidupan yang beragam.

  • Hal-hal yang dipelajariStruktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul biologiInteraksi antar biomolekulSintesis dan degradasi biomolekul dalam selPerolehan dan pemanfaatan energi oleh selMekanisme pengorganisasian biomolekul dan pengkoordinasian aktifitasnyaPenyimpanan, pemindahan dan ekspresi informasi genetika

  • Sejarah BiokimiaPertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.Enam unsur utama penyusun sel hidup adalah: C, H, N, O, P, dan S.Unsur kimia utama penyusun mahluk hidup adalah bahan minor penyusun kerak bumi (kandungan utama 47% O, 28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe, dan 3.5% Ca).

  • Unsur dengan berat atom paling ringan membentuk ikatan paling kuat Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

  • Sejarah BiokimiaKemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup Asam Amino Nukleotida Karbohidrat Lipida

  • Sejarah BiokimiaSelanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup

  • Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnyaKimia Organik yang mempelajari sifat-sifat biomolekul.Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika untuk mempelajari struktur biomolekul.Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan makanan bagi mahluk hidup mempertahankan kehidupan normalnya. Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang keadaan sakit dari sudut pandang molekular.

  • Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnyaMikrobiologi, yang menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan virus cocok untuk digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan pada tingkat jaringan dan organisme.Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam sel.Genetika, yang mempelajari mekanisme penyusunan identitas biokimia sel.

  • ENERGI, hal yang perlu diketahui adalah cara:

    Memperolehnya Mengubahnya MemanfaatkannyaTiga hal yang dibutuhkan sel

  • (2) MOLEKUL SEDERHANA , hal yang perlu diketahui adalah cara: Mengubahnya Mempolimerisasikannya Mendegradasinya

    Tiga hal yang dibutuhkan sel

  • (3) MEKANISME KIMIA, untuk: Memperoleh energi Menjalankan reaksi kimia secara berurutan Mensintesis & mendegradasi makromolekul Mempertahankan suatu keadaan steady state yang dinamis Swarakit kembali struktur yang kompleks Menggandakan diri secara akurat dan efisien Mempertahankan keteraturan proses biokimia

  • Strategi sel #1: mahluk hidup menggunakan sistem reaksi kimia berpasangan untuk mendorong reaksi yang sulit terjadi

  • Strategi sel #2: mahluk hidup menggunakan enzim untuk mempercepat reaksi yang semestinya lambat

  • Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan termodinamis

  • Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan mekanistis

  • Atom Karbon yang sangat lentur merupakan tulangpunggung kehidupan

  • Konversi isomer kimia membutuhkan pemutusan ikatan kovalen

  • Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

  • Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

  • Transformasi Biokimia dapat dikelompokkan ke dalam 5 kelompok besarReaksi pemindahan GroupReaksi Oksidasi-reduksiPenyusunan kembali Rearrangements (isomerizations)Reaksi pemotonganReaksi kondensasi

  • Biomolekul StrukturSenyawa PembangunGula sederhanaAsam aminoNukleotidaAsam lemak Makromolekul Polisakarida Protein (peptida) RNA or DNA Lipid

  • Biosintesis Membutuhkan molekul sederhana untuk dirangkai secara kovalen melalui berbagai kombinasi

  • 1. Keelektronegatifan kedua atom O3.5

    Cl3.0

    N3.0

    C2.5 P2.1 H2.1 Na0.9 K0.8 Kekuatan ikatan kimia dipengaruhi olehKeelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

  • 2. Jumlah elektron yang berikatan

  • Kekuatan beberapa ikatan kimia:Approx. Avg.Triple: 820 kJ/mole

    Double: 610 kJ/mole

    Single: 350 kJ/mole

  • Gugus Fungsi yang Umum

  • Nukleofil Biologi yang Penting:

    Gugus fungsi yang kaya elektron

  • BIOKIMIA (MKS1002A)drs. Winarto Hariadi, M.Si. Dr. Sedyo HartonoDr. Irfan D. Prijambada

  • Jadual & SAP

  • Jadual & SAP

  • Jadual & SAP

  • Jadual & SAP

  • Buku AcuanTrudy McKee and James McKee. 2003. Biochemistry: The Molecular Basis of Life. Third edition. McGraw-Hill, Boston.Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja). Penerbit Erlangga, Jakarta.David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia. Penerbit Unair, Surabaya.Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.

  • PenilaianTotal Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)Pengharkatan A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdevB : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev & > rata-rata kelas + 0,5 x stdevC : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &> rata-rata kelas 0,5 x stdevD : < rata-rata kelas 0,5 x stdev & > rata-rata kelas 1,5 x stdevE : < rata-rata kelas 1,5 x stdev

  • Tata Tertib KuliahTepat waktu, toleransi maks. 15 menitTidak BerisikHP tidak diaktifkanHadir minimal 70% Paham bahasa Indonesia & Inggris Baca salah satu / dua buku acuanKerjakan Tugas, Mid, & Ujian

  • KesimpulanKarbon dengan struktur tetrahedral memiliki sifat ikatan yang luwesSenyawa yang memiliki banyak atom dapat memiliki bentuk isomerikUntuk konversi perlu terjadinya pemecahan ikatan kimiaMolekul berukuran besar dibentuk oleh molekul berukuran kecil melalui pembentukan ikatan baru

Search related