of 12/12
1 Osnove biokemije Boris Mildner [email protected] tel.: 460 6241, soba 307a; konzultacije: srijeda 10 – 12h Udžbenici: D.L. Nelson, M. M. Cox, “Lehninger principles of Biochemistry”, 6. izdanje, W.H. Freeman & Co., New York, 2013. J. L. Tymoczko, J. M. Berg, L. Stryer, “Biochemistry a short Course”, 1. izdanje, W. H. Freeman & Co., New York, 2010. J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer, “Biokemija”, Školska knjiga 2013. PMF, Zavod za biokemiju, Interna skripta za “Praktikum iz biokemije”, 13. izdanje, Zagreb, 2007. www.whfreeman.com/lehninger5e www.whfreeman.com/streyer

Osnove biokemije - PMF Naslovnica - Prirodoslovno ... · PDF file2 Polaganje ispita Ispit će se moći polagati nakon što se završe i polože vježbe. Tijekom semestra znanje će

  • View
    220

  • Download
    1

Embed Size (px)

Text of Osnove biokemije - PMF Naslovnica - Prirodoslovno ... · PDF file2 Polaganje ispita Ispit će...

  • 1

    Osnove biokemije

    Boris Mildner

    [email protected]: 460 6241, soba 307a;

    konzultacije: srijeda 10 12h Udbenici:

    D.L. Nelson, M. M. Cox, Lehninger principles of Biochemistry, 6.izdanje, W.H. Freeman & Co., New York, 2013.

    J. L. Tymoczko, J. M. Berg, L. Stryer, Biochemistry a short Course, 1. izdanje, W. H. Freeman & Co., New York, 2010.

    J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer, Biokemija, kolska knjiga 2013.

    PMF, Zavod za biokemiju, Interna skripta za Praktikum iz biokemije, 13. izdanje, Zagreb, 2007.

    www.whfreeman.com/lehninger5e

    www.whfreeman.com/streyer

  • 2

    Polaganje ispita

    Ispit e se moi polagati nakon to se zavre i poloe vjebe.Tijekom semestra znanje e se provjeravati pomou dva testa.Ispit e se sastojati od pismenog i usmenog dijela. Usmenom ispitu moi e se pristupiti nakon to je uspjeno rijeeno barem 50% pismenog ispita.

    Pismeni dio ispita ocjenjivat e se na sljedei nain: 50,0 65,0 % rijeenih zadataka ocjena dovoljan (2); 65,1 80,0 % rijeenih zadataka ocjena dobar (3);80,1 90,0 % rijeenih zadataka ocjena vrlo dobar (4);90,1 100 % rijeenih zadataka ocjena izvrstan (5).

    Pohaanje predavanja, seminara, domae zadae, testovi i ispit

    Pohaanje predavanja, seminara, te polaganje testova tijekom semestra je obvezno i te aktivnosti e se kontrolirati.

    Studenti koji e sakupiti vie od 50% bodova na prvom i drugom testu moi e u prvom ljetnom roku, pristupiti usmenom ispitu bez polaganja pismenog dijela ispita. U zavrnu ocjenu ulazi i ocjena praktikuma kao i ocjena

    aktivnosti.

    Predavanja, seminari i zadae mogu se nai na web stranicama Kemijskog odsjeka: Kemijski odsjekZavodiZavod za biokemijuPopis kolegijaOsnove biokemije

  • 3

    Preliminarni plan predavanja za 2014. godinu

    3. - 8. 3. Uvod; Kemijske i fizikalne osnove; Voda;10. - 15. 3. Aminokiseline; Strukture proteina; Metode

    proteinske kemije17. 22. 3. Funkcije proteina; Enzimi; Enzimska kinetika; 24. 29. 3. Mehanizmi djelovanja enzima; Ugljikohidrati;

    Lipidi31.3. 5.4. Bioloke membrane; Transport iona; Provoenje

    signala7. 4 12.4.; Uvod u metabolizam; Glikoliza;

    Glukoneogeneza14. 4 19. 4. Put pentoza fosfata; Glikogen; Test-1(17.4)28. 4 3.5. Ciklus limunske kiseline; Mitohondrijski

    prenositelji elektrona

    Preliminarni plan predavanja za 2014. godinu5. 10. 5. Proton motorna sila; Fostosinteza; Calvinov

    ciklus; Biosinteza polisaharida12. 17. 5. Razgradnja triacilglicerola i -oksidacija masnih

    kiselina; Biosinteza masnih kiselina i lipida;19. 24. 5. Razgradnja aminokiselina; Fiksacija duika;

    Biosinteza aminokiselina; Spojevi koji nastaju iz aminokiselina;

    26. 5. 31. 5. Biosinteza nukleotida; Integracija metabolizma; Test 2 (29. 5)

    2. 7. 6. Sinteza DNA9. 14. 6. Sinteza RNA16 21. 6. Prijenos informacija i sinteza proteina.

  • 4

    Uvod

    B. Mildner

    Biokemija

    Osnovna zadaa biokemije je:

    - Razumjeti to znai ivot na molekularnoj razini;

    - Proiriti ta znanja na itav organizam

  • 5

    Biokemija

    Koje su kemijske trodimenzionalne strukture biolokih molekula i njihovih kompleksa

    Nain djelovanja proteina (molekularni mehanizmi enzimske katalize, kako djeluju receptori)

    Na koji se nain prenosi genetika informacija

    Na koji se nain sintetiziraju bioloke molekule

    Na koji nain organizmi rastu, kako diferenciraju i kako se razmnaaju

    Subcelularna frakcionacija tkiva. Tkivo se prvo mehaniki homogenizira kako bi se stanice razdrobile te oslobodile organele u vodeni medij koji

    obino sadri saharozu (izotonina otopina).

    Frakcioniranjem tkiva, odnosno stanica mogue je odrediti njihov kemijski sastav.

  • 6

    Za ivot i zdravlje svih organizama potreban je ogranien broj atoma.

    Potrebno ih je dnevno unositi prehranom u gramskim koliinama

    Potrebno ih je unositi u miligramskim ili jomanjim koliinama

    Za ivot je potreban ogranien broj atoma

    Kisik, vodik i ugljik ine vie od 98% atoma ivih organizama. Vodik i kisik prevladavaju zbog koliine vode u organizmima, a ugljik je najzastupljeniji atom u svim biomolekulama.

  • 7

    Za ivot je potrebana ograniena vrsta atoma

    2,50,280,03natrij

  • 8

    Postoje etiri glavne vrste biomolekula

    Proteini, nukleinske kiseline, lipidi i eeri (ugljikohidrati) su etiri glavne vrste biomolekula.

    Proteini imaju najraznovrsnije zadae u stanici, a znaajnu ulogu imaju i kao enzimi.

    Nukleinske kiseline su prvenstveno molekule koje prenose informacije: DNA prenosi genetike informacije u veini organizama, a RNA se moe smatrati kao prijelazni oblik molekularnih informacija.

    Lipidi slue kao gorivo (izvor energije) i kao membrane.

    Ugljikohidrati su kljune molekule koje se koriste kao izvor energije.

    Tri filogenetske domene dobivene usporedbom sekvenca rRNA svake vrste.

    Sva iva bia moemo podijeliti na bakterije, arheje i eukariote. Svi ovi organizmi imaju vrlo sline molekule kao i metabolike putove.

  • 9

    Shematski prikaz eukariotske stanice

    Strukturna hijerarhija u molekularnoj organizaciji stanice

  • 10

    etiri su osnovna procesa koji se provode u stanici

    Procesi 1-3: transkripcija, sazrijevanje RNA i translacijaomoguavaju sintezu proteina, a proces 4. omoguava replikaciju DNA.

    DNARNAprotein

  • 11

    Mali stanini kemijski spojevi (monomeri) izgrauju makromolekule

    Tri vrste biomolekula nastaju kovalentnim povezivanjem (reakcijama kondenzacije) malih molekula (monomera): proteininastaju povezivanjem aminokiselina, nukleinske kiselinenastaju povezivanjem nukleotida, a polisaharidi povezivanjem monosaharida. U reakcijama kondenzacije, svaki monomer se kovalentno povezuje u polimer a pri tome dolazi do otputanja vode.

    Za razliku od navedenih polimera, fosfolipidi se nekovalentnopovezuju u dvosloje, koji onda ine bioloke membrane.

    Organski spojevi od kojih su izgraene stanice (abeceda biokemije):

    a) Prikazano je est od dvadeset aminokiselna koje se uobiajeno

    nalaze u proteinima.

    Proteini su polimeri aminokiselina. Slijed (sekvenca) aminokiselina sadri informaciju koja omoguava stvaranje trodimenzionalne strukture, a ujedno definira i bioloku funkciju polimera.

  • 12

    Organski spojevi od kojih su izgraene stanice (abeceda biokemije):

    b) Prikaz 5 baza, 2 eera i fosfatni ion su molekule koje su gradivne jedinice svih nukleinskih kiselina.

    c) Prikaz nekih molekula koje izgrauju lipide.

    d) D-glukoza je jednostavan eer od kojeg potjee veina ugljikohidrata.

    Fosfat je sastavni dio i nukleinskih kiselina i membranskih lipida.