Upload
aysel
View
59
Download
0
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Molekulární dynamika a simulace. Michael Bouzekri. Co je Molekulární dynamika?. Teorie i experiment Proces vytváření virtuálních experimentů Numerické přiblížení pomocí jednoho nebo více mikroprocesorů - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Molekulární dynamika a simulace
Michael Bouzekri
Co je Molekulární dynamika?
Teorie i experiment
Proces vytváření virtuálních experimentů
Numerické přiblížení pomocí jednoho nebo více mikroprocesorů
Použití: při složitých, časově nebo finančně náročných laboratorních pokusech, pro získáni grantu na projekt
Typy Molekulární dynamiky
3 hlavní typy
1. Vzájemné silové ovlivňování – Newtonovy zákony
2. Kvantová mechanika – Schrödingerovy rovnice
3. Hybrid
Potřebné softwary
Gromacs MD suit
- otevřený zdroj (zdarma a možnost úpravy), GNU Linux
VMD
- Bezplatný molekulárně vizuální program, Windows i GNU Linux
Gaussian
- komerční software
Počáteční informace
Soubor PDB molekuly v simulaci
PDB můžeme stáhnout z internetu, nebo si ho vytvořit v nějakém programu (Gaussian)
Fulvinová kyselina (iontová forma) struktura fulvinové kyseliny
Jak vytvořit simulaciZákladní příkazy
grompp vytvoří topologický soubor z pdb
genbox vytvoří box vody s fulvinovou kyselinou
mdrun spustí simulaci pro optimalizaci systému
genion vloží ionty do boxu vody s kyselinou fulvinovou
znovu mdrun pro simulaci Make_ndx udělá soubor ndx
potřebný pro rdf a hustotu g_rdf vytvoří graf rdf g_density vytvoří graf hustoty
všech částic v simulaci
Soubory
*.pdb – Protein Data bank*.gro – Typický Gromacsový vstupní/výstupní sour*.top – Systémové Informace*.tpr – Topologický soubor*.trr & *.xtc – Trajektorový soubor*.xvg – Výstupní soubor pro data získané ze simulace
Screenshoty
Simulace
První snímek Poslední snímek
Výpočty
Požijeme všechna data, která jsme si připravili v gromacsu (g_rdf a g_density) a následně je požijeme v xmgrace
Xmgrace je program pro vizualizaci dat z gromacsu
Tento program vytváří grafy z informací *.trr souboru
Radiální distribuční funkce
rg(r)
rrmin
1st solvation shell (nearest neighbours)
2nd solvation shell
RDF grafy
Hustota
Závěry
Zdařilá molekulárně dynamická simulace
Má smysl dále pokračovat ve zkoumání kyseliny fulvinové, výborně reaguje s s vodou a sodnými ionty
PoděkováníÚstavu systémové biologie a ekologie Akademie věd ČR v Nových Hradech
Dr. Babaku Minofarori
Ricardo Alnanis
RNDr. Květě Tůmové
Děkuji Za Pozornost