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Le monde microbien K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie

Le monde microbien

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Le monde microbien. K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie. Objectifs de ce cours. Au terme de ce cours l ’ étudiant devra être capable: De définir le terme « microbien » De définir les différents agents qu ’ il comporte De définir les réservoir de chacun de ces agents. - PowerPoint PPT Presentation

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Page 1: Le monde microbien

Le monde microbien

K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie

Page 2: Le monde microbien

Objectifs de ce cours

Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable:

De définir le terme « microbien » De définir les différents agents qu’il comporte De définir les réservoir de chacun de ces agents

Page 3: Le monde microbien

Les micro-organismes ?

Micro-organisme : organisme visible au microscope

Bactéries Virus Champignons Parasites Prions (ATNC)

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Les Bactéries

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structure d’une bactérie :

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Bactéries

Dès l’arrivée au laboratoire : examen direct (parfois), résultat immédiat puis mise en culture, résultat >= 24h puis antibiogramme, résultat >= 48h

CocciGram +

CocciGram - Bacille gram + Bacille gram -

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Classification des bactéries

Forme : Cocci Bacilles

Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –

Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

Mobilité

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Les bactéries

Morphologie variable selon les espèces: Sphérique (cocci) Allongée (bacille) Incurvée (vibrion) Spiralée (spirelle) Irrégulière (corynébactérie) Ramifiée (actinomycète)

Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se développer

Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux dépourvus d’oxygène

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Cocci gram +

StaphylocoquesStaphylocoque doré ( staphylocoque

aureus : SA) Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase

négative, S. blanc, S. Epidermidis …)

Streptocoques S. Pneumoniae (Pneumocoque) Autres streptocoques Entérocoque

CocciGram +

Page 14: Le monde microbien

Cocci gram -

Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria)

Page 15: Le monde microbien

Bacilles gram +

Corynébactéries Anaérobies: Clostridium (difficile, perfringens,

tetani, botulinum)

Page 16: Le monde microbien

Bacilles gram -

Entérobactéries : Colibacille (E.coli...), Proteus (vulgaris, mirabilis), Serratia, Entérobacter, …

Non entérobactérie Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique) Acinetobacter

Bacille gram -

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Principaux Germes des IN

85 % = BACTERIESENTEROBACTERIESSTAPHYLOCOQUES

PYOCYANIQUESENTEROCOQUES

Mais TOUTE Bactérie peut être responsable

Cas particuliers Bacille de Koch (aérien, endoscopies)

Légionella (eau)

Page 19: Le monde microbien

Reservoirs

1014 bactéries / être humain100 000 000 000 000 10 x plus que de cellules eucaryotes rhinopharynx : 108/ml colon : 1011/ml

FLORES DE L'ENVIRONNEMENT Eau potable : 100 bact/ml Air : 100 à 100 000 bact/cm3

Sol : 106 à 107 bact/gr

Page 20: Le monde microbien

S aureus : Habitat : flore cutanée (nez, périné) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….

S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….

Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite

enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

Page 21: Le monde microbien

E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)

Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

Page 22: Le monde microbien

Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Page 23: Le monde microbien
Page 24: Le monde microbien

Peau

Flore résidente – flore transitoire

Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu extérieur / surfaces

Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites), anaérobies

Page 25: Le monde microbien

Naso-pharynx

Staphylocoque doré Streptocoque pneumoniae autres streptocoques neisseria sp

Donc surtout des Cocci

Gram +

Page 26: Le monde microbien

Tube digestif

Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...) Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis,

K.pneumoniae, Enterobacter, Citrobacter, Serratia)

Streptocoques Entérocoques Serratia sp P.aeruginosa

Donc surtout des Bacille gram -

Page 27: Le monde microbien

Les bactéries

Les mycobactéries mycobactérium tuberculosis mycobactérium non tuberculosis

(avium, xenopi...)

Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis), ureaplasma, mycoplasama pneumoniae

  Les bactéries anaérobies: clostridium,

propionibacteries...

Page 28: Le monde microbien

Les virus

Définition Micro-organismes visibles seulement au microscope

électronique Taille: 0,2 à 0,3 µm Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme

de la cellule qu'ils infectent. Multiplication intracellulaire obligatoire Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule,

acaryotes (limite entre le vivant et le non vivant) .

Ils ont tous : Une capside protéique Un acide nucléique (ARN ou ADN) Quelquefois : des glucides et des lipides

Page 29: Le monde microbien

Les virus

VHB – VHC – VIH VRS Grippe : HxNy Autres

Exemples de maladies virales : rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe,

fièvre jaune, dengue, Chikungunya, SIDA

Page 30: Le monde microbien

Classification

Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus

résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale

Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire (PCR), sérologie

Page 31: Le monde microbien

Champignons

Mousses, champignons, levures, moisissures Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes Eucaryote: plusieurs chromosomes Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire

(mycélium) qui appartiennent au règne végétal. Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus

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Page 33: Le monde microbien

Champignons Environnement : Aspergillus CHEZ

l’IMMUNODEP. Pneumopathies Infections systémiques graves ISO

Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés

Page 34: Le monde microbien

Parasites Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une

partie ou la totalité de son existence vit aux dépends d ’un autre organisme appelé Hôte.

Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs classes : Les protozoaires : être unicellulaire doté de

mouvement amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes

(rhizopodes), des flagelles, une membrane ondulante ou des cils.

Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou enkystée, intra ou extracellulaire

Les métazoaires (vers). nématodes (vers ronds) trématodes (vers plats) cestodes (vers plats segmentés)

Page 35: Le monde microbien

Transmission : Soit directe sans l’intermédiaire d’un individu Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur

extérieur qui se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur : c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection d’un individu à un autre.La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée soit par voie buccale.

Page 36: Le monde microbien

Ectoparasites

Ectoparasites :

Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement

contraignant en cas d’épidémie

Page 37: Le monde microbien

Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)Définition Il s'agit de particules infectieuses, non

bactériennes, non virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de l'hôte, principalement au niveau du système nerveux central, les organes lymphoïdes.

Ces sont des protéines pathogènes résistantes, responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale suivies de la mort du patient.

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Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)Maladie de Creutzfeld Jacob

PrionsC’est la plus petite particule infectante connue décrite en

1982, constituée de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache folle)

Iatrogène (hormone de croissance, neuro-chirurgie ...)

Familiale Sporadique Nouveau variant (viande de boeuf).