L2 Alignments - National Institutes of Health II-L2-1 SEP 97 L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments

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  • II-L2-1 SEP 97

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  • L2 SuperGroup A AA-Aln

    II-L2-2 SEP 97

    most-likely MVAHRAR..RRKR........................................................ASAT 15 HPV54 -AKA--P..----........................................................---- 15 HPV32 -PP--S-..----........................................................---- 15 HPV42 -PPQ-S-..----........................................................---- 15 HPV3 -------..----........................................................---- 15 HPV28 -------..----........................................................---- 15 HPV10 ---Q---..----........................................................---- 15 HPV29 -------..----........................................................---- 15 HPV61 -A...LK..----........................................................---- 12 HPV72 -TQ.AV-..----........................................................---- 14 HPV2a -SV.GDS..YPN-LFIVDVLCPFVKPHLTPPLFYIVLIHFHFDTFVFFLYLLRFNKRATMSIRAKRRKR--P- 70 HPV27 -P..--K..----........................................................--P- 13 HPV57 -SP.--K..----........................................................--P- 14 HPV26 ---V--P..----........................................................---- 15 HPV51 ---T---..----........................................................--V- 15 HPV30 -------..----........................................................---- 15 HPV53 -------..----........................................................---- 15 HPV56 ------T..----........................................................---- 15 HPV66 ------T..----........................................................---- 15 HPV18 --S---A..----........................................................--V- 15 HPV45 --S---A..----........................................................---- 15 HPV39 --S---A..----........................................................---- 15 HPV68ME180 --S---A..----........................................................---- 15 HPV70 --SS--S..----........................................................---- 15 HPV59 --S---A..----........................................................---- 15 HPV7 --SS-P-..----........................................................---- 15 HPV40 --SS-P-..----........................................................---- 15 HPV16 -RHK-SAK.-T--........................................................---- 16 HPV35h -RHK-STK.-V--........................................................---- 16 HPV31 -RSK-STK.-T--........................................................---- 16 HPV52 -RYR-ST..-H--........................................................---- 15 HPV33 -RHK-ST..----........................................................---- 15 HPV58 -RHK-ST..----........................................................---- 15 RhPV1 -KHAHLS..----AAPRPP............................................GGRQKR---- 27 HPV6b -AHS---..----........................................................---- 15 HPV11 -KP.---..----........................................................---- 14 HPV44 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV55 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV13 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV74 ......................................................................... 0 PCPV1 -AHS-P-..----........................................................---- 15 HPV34 -RRK-DTHI----........................................................---- 17 HPV73 -RRK-DTHI-K--........................................................---- 17

  • L2 SuperGroup A AA-Aln

    II-L2-3 SEP 97

    most-likely QLYQTCKAAGTCPPDVIPKVEGTTLADQILKWGSLGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYVPLGTRPP..TVVDVG. 85 HPV54 --------S----S----------I-----R---M---------------------I---.--S..-TLEP-P 85 HPV32 --------S----------I--R-W---------T------------A-S--------I-----..V-AEP-. 85 HPV42 --------S------------------K--Q----------------A----------------..VIAEP-. 85 HPV3 ---R-----------------------R--Q------YL-----------------A-IS---G..-----SV 86 HPV28 ---R-----------------------R--Q--G--IYL--------------------S---G..-----SV 86 HPV10 ---R----S------------------R--Q------YL-------------------IS---G..-----SV 86 HPV29 E--K---V-------------------R--Q------YL-------------------V----G..-----SI 86 HPV61 D--R---QS-------V-----D----R----A-------------------------I-----..----I-. 82 HPV72 D--R---Q--------------D----RF---A-------------------------I-----..----I-. 84 HPV2a D--R---Q-------I--R--QN----K----------------------------I-V-S--T..----I-. 140 HPV27 D--R---Q-------I--RL-QN----K----------------------------I-V----T..----I-. 83 HPV57 D--R---Q-------I--R--QD----R----------------------------I-V----T..------. 84 HPV26 D--K---------------I--S----K--Q-SG--I-L--------T-S------I---GGGRP.S---I-. 86 HPV51 ---S------------VN---------K--Q-SG--I-L----------S------I---GGGRP.G---IA. 86 HPV30 -------Q-----S---N-I-H-----K--Q----FT---N------A-S---A---------T..----AS. 85 HPV53 -------QS----E---N-I-HK-W--K--Q----FT-------------------I------S..-----T. 85 HPV56 ---K---LS----E--VN-I-QK-W--K--Q----FTY---------T-S---A------S--S..-I---T. 85 HPV66 ---K---LS----E---N---QK-W--R--Q----FTY-----------S---A------S--S..-I---T. 85 HPV18 D--K---QS-------V----------K--Q-S---I-L-----------------I---G-SN..------. 85 HPV45 D--R---QS--------N---------K--Q-S---I-L----------S----------G-SN..------. 85 HPV39 D--R---QS-------VD---------K--Q-T---I-L--------T--------I---G--N..-----S. 85 HPV68ME180 E--K---QS--------N---------KL-Q-T---I-L-----------------I---GK-N..-----S. 85 HPV70 DI-K---QS-------VN---------RF-Q-A---I-L--------T--------I---G--S..-----T. 85 HPV59 D--K---Q-----S---N---------K--Q-T---I-L-----------------I---G-TN..-I---S. 85 HPV7 ----------------VN---Q--V---------M----------S---S---A-----S-GSR..AIPPKSL 86 HPV40 ----------------VH---Q--V---------M----------S-------A-----S-GSR..A-PPKSL 86 HPV16 ---K---Q-------I------K-I-----QY--M---------------------I-------..-AT-TLA 87 HPV35h ---R------------------N-V------Y--MA---------S-------S-------T--..-AATNI. 86 HPV31 -------------S-----I-H--I-----RY--M----------S-------------S---S..--SEASI 87 HPV52 --------S---------------I---L--Y---------------A-S---A-----S----..-SSITT. 85 HPV33 --------T-------------S-I------Y-----------------S--------I--D--..-AAIPLQ 86 HPV58 --------S---------------I-----RY----------------------------ST--..SEAIPLQ 86 RhPV1 ------------------------V------Y--M--Y-------S-A-----S------S--A..SIPEPL. 97 HPV6b -------LT------------HN-I----------------------------------Q-SAK..PSITS-. 85 HPV11 --------T------------H--I----------------------A-S---A--I---SS-K..PAITG-. 84 HPV44 -------------S-I-----HN-I-------------------------------I--QST-R..PDIPSV. 85 HPV55 -------------S-I-----HN-I-------------------------------I--QST-R..PEIPS-. 85 HPV13 --------S------------QN----K------------------------------V-ST-R..PAIST-. 85 HPV74 ......................................................................... 0 PCPV1 --------S------I-A---QN----K------------------------------VQ-A-R..PAIPF-. 85 HPV34 ---K---QS------I------N--------Y--I----------S-------------P-TT-SRP-EIPLQ 90 HPV73 ---K---Q--------------S-I--N---Y--I----------S---S---------S-GT-SKP-EIPLQ 90

  • L2 SuperGroup A AA-Aln

    II-L2-4 SEP 97

    most-likely .P...A.RPPVVVEPV.....GPSDPSIVSLVEESSIINSGAP..VPTF..TGTGGFEITTSST...TTPAVL 141 HPV54 .-...V.--AGA--T-.....A--------------VVDV---..T--I..PSQ-----A---D...A---I- 141 HPV32 .-...-I------DTI.....--T---VI--L---AV-D-SI-..---D..-SH---N--S-ASGPSS----- 145 HPV42 .-...-V---IA-DT-.....----------L----V-DA-IT..--DI..-SH---N----TGGPAS---I- 145 HPV3 .-...-.K----I---.....--------N-L-D-------ST..I---..---D---VIS-A-...------ 142 HPV28 .-...-.-----I---.....--------N-L-D-------ST..----..S------V-S-A-...------ 142 HPV10 .-...-.-----I---.....--------N-L-D-------ST..I---..S--S---V-S-A-...------ 142 HPV29 .-...T.-----I---.....--------T-L----V-----T..I---..---S-----S-A-...------ 142 HPV61 .-...VS-----ID--.....-AA-----T------V-EA--T..----..S-S---NV-S---...------ 139 HPV72 .-...TT-----I---.....-AA-----T------VVEA--T..----..--S----V-----...------ 141 HPV2a .-...TP----II---.....-A-E----T---D-----A--S..H---..-------V---TV...-D---- 197 HPV27 .V...-PK----I---.....-A-E----T---D-----A--S..H---..-------V---TV...-D---- 140 HPV57 .L...-P-----I---.....-A-E----N---D-----A-SS..H---..-------V---TV...-D---- 141 HPV26 .-...T.---III---.....--TE----T--------Q----..I---..S-GN---L----A...------ 142 HPV51 .-...-.---IIIDLW.....HHTE----N---D----Q--S-..I---..---D-----S---...------ 142 HPV30 .-...-.---I---S-.....--T-----T------VV-A--S..F-N-..---A---V-S---...------ 141 HPV53 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-E---S..F-N-..---A---V-S---...------ 141 HPV56 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-E---G..I-N-..--S------S---...------ 141 HPV66 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-----G..--N-..--S----V-S---...------ 141 HPV18 .-...T.-----I---.....--T-----T-I-D--VVT----..R---..---S--D--SAG-...------ 141 HPV45 .-...T.-----I---.....--T-----T---D--VVA----..----..---S-----S-G-...------ 141 HPV39 .-...-.-----I---.....---E----Q---D--V-T--T-..----..---S-----S---...------ 141 HPV68ME180 .-...-.-----I---.....--TE----Q---D--V-T--T-..----..---S-----S---...------ 141 HPV70 .-...-.-----I---.....--TE----Q------VVS--T-..I---..---S-----S-A-...------ 141 HPV59 .-...-.K----I---.....--T----