Според Бигорскиот поменик, манастирот бил основан од страна на монахот Јован

во 1020 година, а во 16 век манастирот бил разрушен од страна на Отоманската

власт и од целиот комплекс останал само како малата црква. Од помениците

исто така се дознава дека манастирот бил повторно обновен во 1743 година. Името на

манастирот доаѓа поради фактот што објектот бил изграден од бигор. Бигорскиот

манастир го сочинуваат манастирската црква која е посветена на Јован Крстител,

костурницата, сместена до самата црква, сејменската одбранбена кула, комплексот

манастирски конаци, како и новоизградените гостински конаци.[1]Манастирот Свети Јован

Бигорски надалеку е познат по својот иконостас. Toj е поделен во шест

хоризонтални појаси. Покрај иконостасот, манастирот е познат и по иконата на Св. Јован

Крстител за која се верува дека има чудотворна моќ. Во манастирските списи е

запишано дека иконата на свети Јован Крстител 35 години не била заштитена и дека дури во

1885 година иконата е обложена со сребрен оклоп. На иконата Јован Крстител е

претставен како светец-трирачник. Се верувало дека третата рака е благосвувачка и дека иконата

им помага на родителите кои не можат да добијат деца. На 30 септември 2009 година,

во манастирскиот комплекс избувнал пожар при што целосно изгорел

стариот конак, горниот палат, две трпезарии, гостинската просторија, кујната, библиотеката

и монашките живеалишта.