MANUAL PARA LA

INSTALACIÓN DEL MODELO ROMS

REGISTRO EN SITIO DE ROMSPara poder ejecutar el modelo ROMS, primero hay que registrarse en el sitio web: http://www.myroms.org/.

Una vez que se tiene usuario y contraseña se debe descargar la aplicación Subversion.

INSTALACIÓN DE SUBVERSIONPara instalar Subversion hay que ir al sitio web:

http://subversion.tigris.org/ y hay que dirigirse a la página de descargas: http://subversion.apache.org/download/

Entonces se descargarán los paquetes que están en rojo, es decir, subversion-1.6.19.tar.bz2 y subversion-deps-1.6.19.tar.bz2.

Una vez descargados se los puede copiar en la ruta del usuario, es decir, algo similar a esto: /home/modelos.

Estando allí se ejecuta esta sentencia:

tar -jxvf subversion-x.x.x.tar.bz2

Para este caso particular donde están las x.x.x es 1.6.19, en el futuro puede ser una versión distinta.

Una vez finalizado este proceso, seguir con esta sentencia:

tar -jxvf subversion-deps-x.x.x.tar.bz2

Finalizado esto último. Continuar con esto:

cd subversion-x.x.x

Una vez en este directorio se procede a las dependencias. Primero se compilará el APR, y se escribe lo siguiente:

cd apr./configure --prefix=/usr/local/aprmakemake installcd ..

Luego hay que compilar el APR-UTIL:

cd apr-util./configure --prefix=/usr/local/apr --with-apr=/usr/local/apr/makemake installcd ..

Continuar con la compilación del NEON:

cd neon./configure --prefix=/usr/local/neon makemake installcd ..

Y finalmente compilar subversion con todo lo instalado:

./configure --prefix=/usr/local/subversion --with-apr=/usr/local/apr/ --with-apr-util=/usr/local/apr/ --with-neon=/usr/local/neon/ --with-sslmakemake install

INSTALACIÓN DE NETCDF

Descargar el paquete netcdf-3.6.3.tar.gz y se puede escoger el

directorio del usuario, es decir, /home/nombre_de_usuario, en mi caso es /home/modelos.

Descomprimirlo, compilarlo y ejecutarlo:

tar -xzvf netcdf-3.6.3.tar.gzcd netcdf-3.6.3CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran CPPFLAGS=-DpgiFortran ./configuremake checkmake install

DESCARGA DE FUENTES DEL ROMSDespués de haber iniciado sesión con el usuario y contraseña en el sitio web http://www.myroms.org/ se debe proceder a descargar los archivos del ROMS.

Primero se crea una carpeta con cualquier nombre, en este caso, le pondremos algo descriptivo, como nombre tendrá roms:

cd ~mkdir romscd roms

Luego se descarga el código fuente del ROMS. Después de username se coloca el nombre de usuario con el que se registraron:

svn checkout --username inocarModelamiento https://www.myroms.org/svn/src/trunk

Esta sentencia va en una sola línea. Dentro de esta carpeta roms estará una carpeta con nombre trunk.

Acto seguido se debe crear una carpeta al mismo nivel de trunk:

mkdir Projects

Y otra carpeta dentro de ésta:

cd Projectsmkdir Upwelling

Copiar los archivos ocean_upwelling.in, upwelling.h y build.bash

dentro del directorio Upwelling

cp ../../trunk/ROMS/External/ocean_upwelling.in .cp ../../trunk/ROMS/Include/upwelling.h .cp ../../trunk/ROMS/Bin/build.bash .

Ahora, se debe abrir el archivo build.bash y se inicializan estas variables:

En la variable ROMS_APPLICATION se coloca el nombre de la carpeta que contiene el directorio Projects:

export ROMS_APPLICATION=UPWELLING

En la variable MY_ROOT_DIR va la ruta de la carpeta roms:

export MY_ROOT_DIR=/home/modelos/roms

En la variable MY_PROJECT_DIR va la ruta del directorio Upwelling:

export MY_PROJECT_DIR=${MY_ROOT_DIR}/Projects/Upwelling

En la variable MY_ROMS_SRC va la ruta del directorio trunk:

export MY_ROMS_SRC=${MY_ROOT_DIR}/trunk

La línea export MY_CPP_FLAGS="-D" se la coloca como comentario:

#export MY_CPP_FLAGS="-D"

Como el compilador es gfortran, las siguientes líneas deben quedar así:

export USE_MPI= export USE_MPIF90= export FORT=gfortran

Quitar el comentario a la línea #export USE_MY_LIBS=on y dejarla así:

export USE_MY_LIBS=on

En la línea: if [ -n "${USE_MY_LIBS:+1}" ]; then buscar el caso del gfortran, que aparece así: gfortran ) y en el último else

cambiar estas líneas:

else export NETCDF_INCDIR=/opt/gfortransoft/serial/netcdf3/include export NETCDF_LIBDIR=/opt/gfortransoft/serial/netcdf3/lib fi

por

else export NETCDF_INCDIR=/usr/local/include export NETCDF_LIBDIR=/usr/local/lib fi

Ahora en la ruta donde está el directorio Compilers que en este caso es /home/modelos/roms/trunk/Compilers buscar el archivo Linux-gfortran.mk y verificar que la línea siguiente:

FC := gfortran

esté de esa forma, es decir, con el compilador gfortran.

COMPILACIÓN DEL ROMSPara compilar el ROMS hay que ir al directorio Upwelling:

cd /home/modelos/roms/Projects/Upwelling

Y estando allí ejecutar el archivo ./build.bash digitando:

./build.bash

En este caso se creará un archivo con nombre oceanS. La S es porque se está usando solo un procesador para este caso.Si se quiere paralelismo el archivo se llamará oceanM y se configura en el archivo build.bash.

Luego ir a nuestro archivo ocean_upwelling.in, es decir, el que está en el directorio Upwelling y buscar la siguiente línea:

VARNAME = ROMS/External/varinfo.dat

y cambiarla por la ruta donde se encuentra el archivo varinfo.dat quedando de esta forma para este caso:

VARNAME = /home/modelos/roms/trunk/ROMS/External/varinfo.dat

Después de esto tipear dentro del directorio Upwelling:

./oceanS < ocean_upwelling.in

Luego de esto se habrán creado estos 4 archivos:

ocean_avg.nc ocean_dia.nc ocean_his.nc ocean_rst.nc

PARA MOSTRAR DATOS CON EL PLOTHay que descargar los archivos para plot ejecutando las siguientes sentencias:

cd ~cd roms

svn checkout --username inocarModelamiento https://www.myroms.org/svn/src/plot

Luego de esto:

cd ..mkdir MyPlots

Luego de esto hay que instalar el NCARG para ver las gráficas.

PARA INSTALAR NCARGPara instalar el NCARG hay que dirigirse al sitio web: http://ngwww.ucar.edu/.Una vez allí dar clic en Download.Luego dar clic en el enlace NCL download page.Ir al apartado Download source code or the appropriate binaries for your system y seguir los pasos señalados allí.

Para este caso descargué el paquete:ncl_ncarg-5.2.0.Linux_x86_64_nodap_gcc432.tar.gz.Para instalarlo se hace lo siguiente:

cd /usr/localtar -xzvf /home/modelos/Descargas/ncl_ncarg-5.2.1.Linux_x86_64_nodap_gcc432.tar.gz

Además crear variables de ambiente para NCARG:

export NCARG_ROOT=/usr/localexport PATH=$NCARG_ROOT/bin:$PATH

Luego de esto ir al directorio src:

cd /home/modelos/roms/src y abrir el archivo makefile:

En donde está la variable FORT colocar el compilador de fortran:

FORT ?= g77

cambiarla por

FORT ?= gfortran

y en donde está la variable PLT_BINDIR:

PLT_BINDIR ?= $(HOME)/bin

cambiar a

PLT_BINDIR ?= $(HOME)/MyPlots

Para este caso se cumple porque la ruta en donde esta MyPlots es /home/modelos/MyPlots, y la variable $HOME la tengo como variable de ambiente y está asignada la ruta /home/modelos

Para compilar el NCARG procedí con esta línea:

CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran CPPFLAGS=-DpgiFortran make

Esto creará los siguientes archivos en el directorio MyPlots:

ccntcntcsecsec

Acto seguido hacer esto:

cp ~/roms/src/External/csec.in csec_upwelling.incp ~/roms/Data/default.cnt default.cnt

Después abrir el archivo csec_upwelling.in y editarlo. Para modo de ejemplo dejé configurando con los valores que tiene por defecto.

En las rutas puse las rutas correspondientes a estos archivos:

~/roms/Data/varid.dat~/roms/Palettes/natlan1.pal~/roms/Data/default.cnt/home/modelos/roms/Projects/Upwelling/ocean_avg.nc/home/modelos/roms/Projects/Upwelling/ocean_his.nc/home/modelos/roms/Projects/Upwelling/ocean_grd.nc

Se comprueba de que csec e idt están en nuestra ruta. Y que la variables de ambiente NCARG_ROOT y PLT_BINDIR están inicializadas:

which csecwhich idtprintenv NCARG_ROOT

printenv PLT_BINDIR

Caso de no aparecer sus rutas, las variables de ambiente hay que inicializarlas en el archivo .bashrc:

export NCARG_ROOT=/usr/localexport PATH=$NCARG_ROOT/bin:$PATHexport PLT_BINDIR=$HOME/MyPlotsexport PATH=$PLT_BINDIR:$PATH

Una vez todo esté inicializado de la forma correcta ejecutar esta sentencia:

csec < csec_upwelling.in

Y luego

idt gmeta &

Y ya se muestran los gráficos.