IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG …repository.ump.ac.id/727/1/COVER_KHOTIMAH_FARMASI'13.pdf · 6 INTISARI . KHOTIMAH. Identifikasi Daging Babi dalam Daging Kebab

1

IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG

BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME

POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagian persyaratan

Mencapai Derajat Sarjana S-1

KHOTIMAH

0908010076

Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Purwokerto

2013

Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013

2




SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagian persyaratan

Mencapai Derajat Sarjana S-1

KHOTIMAH

0908010076

Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Purwokerto

2013

i


3

HALAMAN PERSETUJUAN




KHOTIMAH

0908010076

Diperiksa dan disetujui oleh:

Pembimbing I Pembimbing II

Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Suparman, M.Sc., Apt.

NIK. 2160348 NIK. 2160446

ii


4

iii


5

PERNYATAAN

Yang bertandatangan di bawah ini, saya:

Nama : Khotimah

NIM : 0908010076

Program Studi : Farmasi

Fakultas/Universitas : Farmasi / Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari

proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang

benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan dari

karya orang lain. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang

diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari peneliti lain telah disebutkan

dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada

unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan

ketentuan yang berlaku.

Purwokerto,10 September 2013

Yang menyatakan

Khotimah

iv


6

INTISARI

KHOTIMAH. Identifikasi Daging Babi dalam Daging Kebab yang Beredar di

Purwokerto Menggunakan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-

PCR).

Dibawah Bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN

Latar Belakang : Jaminan kehalalan pangan untuk masyarakat Indonesia belum

diberikan secara optimal oleh pemerintah. Hal ini terbukti masih banyak

ditemukannya kontaminasi daging babi pada produk makanan daging olahan yang

beredar dipasaran. Kebab merupakan makanan daging olahan yang banyak

digemari. Penambahan daging babi dicurigai terdapat pada kebab sapi yang

beredar di Purwokerto. Berdasarkan landasan tersebut, maka penelitian

identifikasi daging babi dalam daging kebab yang beredar di Purwokerto

menggunakan metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) telah

dilakukan.

Tujuan Penelitian : Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi ada atau

tidaknya kandungan daging babi dalam daging olahan kebab sapi yang dijual di

wilayah Purwokerto dengan menggunakan metode real-time PCR.

Metode Penelitian : Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode real-time

polymerase chain reaction (RT-PCR). Pimer yang digunakan berupa primer

spesifik babi ND5.

Hasil : Hasil kurva amplifikasi real-time PCR menggunakan primer spesifik

ND5, menunjukkan bahwa kontrol positif teramplifikasi dengan nilai Cq 17,15

sedangkan kontrol negatif dan tiga sampel kebab sapi tidak teramplifikasi dengan

nilai Cq 0.

Kesimpulan : Metode real-time PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi

kandungan daging babi dalam daging kebab sapi. Tiga sampel daging kebab sapi

yang diteliti terbukti tidak mengandung daging babi.

Kata Kunci : Halal, Daging babi, Kebab sapi, ND5, RT-PCR.

v


7

ABSTRACT

KHOTIMAH. Identification of Pork in Meat Kebabs which Circulated in

Purwokerto Using Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Metodh.

Under the guidance of WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN

Background : Guarantee of halal food for the Indonesian people have not been

given optimally by the government. This is proven that in the processed meat

which circulated in many markets still contaminated by pork. Kebabs is one of the

most favorite processed meat. The additional of pork was suspected in the kebabs

which circulated in Purwokerto. Based on that, the research of Identification of

pork in meat kebabs which circulated in Purwokerto using real-time polymerase

chain reaction (RT-PCR) have been done.

Research objectives : The goal of this research is to detect the presence of pork

in processed meat beef kebabs that are sold at of Purwokerto area using real-time

PCR method.

Research methods : Research done by using real-time PCR method. Pimer

specific primers used were ND5 pigs.

Results : Curve of real-time PCR amplification using specific primer ND5, shows

the Cq value of amplificated positive control is 17,15 whereas the Cq value of

negative control and three meat beef kebabs sampels un-amplificated is 0.

Conclusion : Real-time PCR method can be used to identify the content of pork

in beef kebab meat. Three beef kebab meat samples examined proved not contain

pork.

Key words : Halal, Pork, Beef kebabs, ND5, RT-PCR.

vi


8

MOTTO

“…Sesungguhnya Allah tidak merubah Keadaan sesuatu kaum sehingga mereka

merubah keadaan…”

(QS. Ar Ra'd 13:11)

“ Sesuatu yang belum dikerjakan, seringkali tampak mustahil; kita baru yakin

kalau kita telah berhasil melakukannya dengan baik.”

(Evelyn Underhill)

“ Banyak kegagalan dalam hidup ini dikarenakan orang-orang tidak menyadari

betapa dekatnya mereka dengan keberhasilan saat mereka menyerah.”

(Thomas Alva Edison)

“ Jadilah kamu manusia yang pada kelahiranmu semua orang tertawa bahagia,

tetapi hanya kamu sendiri yang menangis; dan pada kematianmu semua orang

menangis sedih, tetapi hanya kamu sendiri yang tersenyum.”

(Mahatma Gandhi)

" Keep going and never quit! The champion is never quit."

vii


9

PERSEMBAHAN

Puji syukur kepada Allah SWT, atas semua rahmat dan hidayah-NYA yang telah

dilimpahkan. Skripsi ini saya persembahkan untuk:

Azizah ibu saya dan Ali Helmi ayah saya. Terima kasih atas doa yang

senantiasa terlantun setiap waktu untuk saya, nasihat serta dukungan selama

ini agar tetap fokus menjalankan kewajiban saya sebagai mahasiswa. Semoga

Surga ada untukmu.

Kakaku Faerus soraya dan Hilda adiku. Terima kasih atas semua bantuan,

dukungan dan doanya yang diberikan kepada saya.

Agil, Balqis, Farah, Sabrina, dan semua teman yang tidak dapat saya sebutkan

satu per satu yang telah memberikan semangat dan dukungan agar skripsi

saya terselesaikan dengan hasil yang memuaskan.

viii


10

PRAKATA

Dengan mengucap Alhamdulillahi Robil’allamin, dan segala puji syukur

senantiasa peneliti panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan

rahmat, hidayah dan inayahnya, sehingga peneliti dapat menyusun dan

menyelesaikan skripsi ini. Sholawat dan salam senantiasa tercurahkan kepada

Nabi Besar Muhammad SAW berserta keluarga dan sahabatnya.

Penyelesaian skripsi ini tidak terlepas dari bantuan dan dukungan dari

berbagai pihak yang telah memberikan bantuan yang sangat berarti bagi peneliti,

baik secara moral maupun materi. Untuk itu, peneliti mengucapkan terima kasih

kepada:

1. Dr. H. Syamsuhadi Irsyad, SH, M.H Rektor Universitas Muhammadiyah

Purwokerto.

2. Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt. Dekan Fakultas Farmasi Universitas

Muhammadiyah Purwokerto.

3. Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Ketua Program Studi Farmasi Universitas

Muhammadiyah Purwokerto dan Dosen Pembimbing I yang telah

membimbing, dan mendukung terlaksananya ujian skripsi dan memberikan

kesempatan hingga peneliti selesai studi.

4. Suparman, M.Sc., Apt. Dosen Pembimbing II yang selalu sabar membimbing

dan mengarahkan dalam menyelesaikan skripsi ini.

5. Seluruh dosen dan karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah

Purwokerto yang telah memberikan bekal bagi kehidupan.

6. Ali Helmi dan Azizah selaku orang tua atas bimbingan dengan penuh

kesabaran serta lasih sayang yang begitu besar, juga dukungan yang disertai

doa yang mengiringi setiap langkah perjalananku.

7. Semua teman-teman Farmasi UMP seluruh angkatan, khususnya angkatan

2009 yang memberikan senyuman, tawa, canda, persahabatan, kekeluargaan,

dukungan, bantuan, semangat, serta doa hingga akhir penulisan skripsi ini.

8. Semua pihak yang telah membantu penulis dalam menulis skripsi ini.

ix


11

Semoga semua bimbingan, dorongan dan bantuan yang telah diberikan

kepada peneliti mendapatkan pahala dari Allah SWT. Teriring harapan semoga

skripsi ini dapat bermanfaat khususnya bagi peneliti dan pembaca. Amin.

Purwokerto, 10 September 2013

Penulis

x


12

RIWAYAT HIDUP

Nama : Khotimah

Nim : 0908010076

Fakultas : Farmasi

Tempat dan Tanggal Lahir : Tegal, 5 Oktober 1989

Jenis Kelamin : Perempuan

Alamat : Ajibarang Wetan RT 03/02 Ajibarang,

Banyumas 53163

Riwayat Pendidikan :

a. SD : SD N 1 Ajibarang Wetan Lulus: 2003

b. SLTP : SMP Muhammadiyah Ajibarang Lulus: 2006

c. SLTA : SMA N Ajibarang Lulus: 2009

d. PT : Universitas Muhammadiyah

Purwokerto Lulus: 2013

xi


13

DAFTAR ISI

halaman

HALAMAN JUDUL ........................................................................................ i

HALAMAN PERSETUJUAN ......................................................................... ii

HALAMAN PENGESAHAN .......................................................................... iii

HALAMAN PERNYATAAN ......................................................................... iv

INTISARI ......................................................................................................... v

ABSTRACT.............. ......................................................................................... vi

MOTTO ........................................................................................................... vii

HALAMAN PERSEMBAHAN ...................................................................... viii

PRAKATA ....................................................................................................... ix

DAFTAR RIWAYAT HIDUP ......................................................................... xi

DAFTAR ISI .................................................................................................... xii

DAFTAR TABEL ............................................................................................ xiv

DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xv

DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... xvi

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Masalah ......................................................... 1

B. Perumusan Masalah .............................................................. 2

C. Tujuan Penelitian .................................................................. 2

D. Manfaat Penelitian ................................................................ 3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

A. Definisi Kebab ....................................................................... 4

B. Definisi Babi ......................................................................... 4

C. Protein dan Asam Nukleat ................................................... 5

D. DNA ..................................................................................... 5

1. Struktur dan sifat Fisika Kimia DNA .............................. 5

2. NA Mitokondria ............................................................... 6

3. Isolasi dan Pemurnian DNA ............................................ 8

xii


14

E. PCR ............................................................................. 9

1. Panjang Primer ................................................................ 10

2. Komposisi Primer .......................................................... 10

3. Melting temperature (Tm) ............................................... 10

4. Interaksi primer-primer ................................................. 11

F. Real Team PCR ................................................................... 11

G. Elektroforesis Gel ................................................................. 12

BAB III METODE PENELITIAN

A. Jenis dan Rancangan Penelitian ............................................. 13

B. Waktu dan Tempat Penelitian ................................................. 13

C. Alat dan Bahan ....................................................................... 13

D. Prosedur Kerja ....................................................................... 14

1. Pengumpulan Sampel ....................................................... 14

2. Isolasi DNA ....................................................................... 14

3. Pembuatan Seri Konsentrasi ............................................. 14

4. Pengecekan isolasi DNA .................................................. 15

E. Amplifikasi PCR (Real-time PCR) ........................................ 16

F. Analisis Hasil ........................................................................ 16

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Isolasi DNA ............................................................................ 17

B. Pengecekan Hasil Isolasi dengan Elektroforesis Gel

Agarosa ................................................................................. 19

C. Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR ............... 22

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan ............................................................................ 26

B. Saran ....................................................................................... 26

DAFTAR PUSTAKA .. ................................................................................... 27

LAMPIRAN … ................................................................................................ 30

xiii


15

DAFTAR TABEL

halaman

Tabel 1. Susunan Basa Primer ND5 ............................................................ 21

Table 2. Seri Konsentrasi Daging Babi dalam Daging

Sapi ................................................................................................ 15

Tabel 3. Nilai Cq pada Sampel, Seri Konsentrasi, dan Kontrol

Pembanding ................................................................................... 23

xiv


16

DAFTAR GAMBAR

halaman

Gambar 1 Struktur Basa Nitrogen Pirimidin dan Purin ................................ 6

Gambar 2. Struktur DNA Mitokondria .......................................................... 7

Gambar 3. Hasil Elektroforesis DNA Kontrol Pembanding dan Sampel ....... 20

Gambar 4. Hasil Elektroforesis DNA Seri Konsentrasi Standar .................. 21

Gambar 5. Kurva Amplifikasi DNA Kontrol Pembanding dengan Sampel ... 24

Gambar 6. Kurva Amplifikasi DNA Seri Kosentrasi Standar ....................... 24

xv


17

DAFTAR LAMPIRAN

halaman

Lampiran 1. Alur Penelitian .......................................................................... 31

Lampiran 2. Perhitungan penentuan batas deteksi ......................................... 32

Lampiran 3. Hasil analisis DNA dengan menggunakan spektrofotometri

UV-Vis : ..................................................................................... 33

Lampiran 4. Membuat master mix untuk amplifikasi Real-Time PCR ......... 34

Lampiran 5. Alat dan bahan dalam penelitian .............................................. 35

Lampiran 6. Surat keterangan ....................................................................... 37

xvi


Documents

IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG …repository.ump.ac.id/727/1/COVER_KHOTIMAH_FARMASI'13.pdf · 6 INTISARI . KHOTIMAH. Identifikasi Daging Babi dalam Daging Kebab