HLA Nomenklatür 2011 › tiged_sunumlar_2011 › SALON B › 22 NISAN › 11.… · HLA Nomenklatür 2011 Dr. Gürbüz POLAT Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi 3. Ulusal Transplantasyon

HLA Nomenklatür2011

Dr. Gürbüz POLAT

Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi

3. Ulusal Transplantasyon İmmunlojisi ve Genetiği Kongresi 21- 24 Nisan 2011, Sarıgerme-MUĞLA

HLA Nomenklatür ?

�Nomenclature

�Nomenklatür

�Terminoloji

�Terimlendirme

� İsimlendirme

�Adlandırma

3. Ulusal Transplantasyon İmmunlojisi ve Genetiği Kongresi / 21- 24 Nisan 2011

HLA Allelleri : 1987-2011


Sistematik Adlandırma Gereksinimi

� HLA moleküllerini kodlayan genlerin oldukça polimorfik olmaları nedeniyle sistematik bir adlandırmaya gereksinim duyulmuştur.

� Altıncı kromozomun kısa kolu 6p21.3 bölgesinde yerleşik olan HLA kompleksi değişken işlevlere sahip 220’den çok gen içermektedir. Genlerin çoğu immün sistem proteinlerini kodlamaktadır.

� Yeni HLA genleri ve allel dizilerinin adlandırılması ve kalite kontrolleri, ilk kez 1968’de toplanan DSÖ HLA Sistemi Adlandırma Komitesinin (WHO Nomenclature Committee for Factors of the HLA System) sorumluluğundadır.

� Komite adlandırma konularını tartışmak üzere düzenli olarak toplanmaktadır ve ilk olarak HLA antijenlerini ve son zamanlarda gen ve allelleri belgeleyen 19 önemli rapor yayınlamıştır.

� HLA antijenik özelliklerinin standardizasyonu Uluslararası MHC Çalıştaylarında kontrol edilmektedir.


HLA ÇalıştaylarıYıl Başkan Yer Gelişmeler

1st 1964 DB Amos Durham, USA “Hu-1”, “LA” ve “Four” antijen özgüllüklerinin tanımlanması

2nd 1965 JJ van Rood Leiden, The NetherlandsKarışık lenfosit kültür testi

3rd 1967 R Ceppellini Torino, Italy Aile çalışmaları: Renal transplantasyonda HLA

4th 1970 PI Terasaki Los Angeles, USA 27 HLA-A, B, C özgüllüklerinin tanımlanması

5th 1972 J Dausset Evian, France Dünya çapında 49 popülasyonda tipleme6th 1975 F Kissmeyer-Nielsen Aarhus, Denmark Dw özgüllüklerinin tanımı7th 1977 WF Bodmer Oxford, UK DR1-7 özgülleklerinin tanımlanması, HTC testi

8th 1980 PI Terasaki Los Angeles, USA Transplantasyon ve hastalıkta MB (DQ) ve MT (DR52/53). HLA tanımlanması

9th 1984 EA Albert/W Mayr Munich, GermanyVienna, Austria

Yeni class I ve II özgüllükleri. Renal transplantasyonda HLA class II

10th 1987 B Dupont Princeton, USA RFLP kurulması; T-hücre klonları; HTC yöntemlerş; Biyokimya-1D IEF, 2D-jeller; homozigot hücre hatları paneli oluşturulması

11th 1991 T Sasazuki/K Tsuji/M Aizawa

Yokohama, Japan HLA Class II PCR DNA tipleme: Antropoloji

12th 1996 D Charron St Malo/Paris, France HLA Class I PCR DNA tipleme: Antropoloji

13th 2002 J Hansen Victoria, CanadaSeattle, USA

Sanal DNA analizi; SNP belirleyici belirlenmesi : Antropoloji; Hastalık ilişkisi; HSCT

14th 2005 J McCluskey Melbourne, Australia MHC ve antropoliji;Hastalık; enfeksiyon; HSCT; Kanser; KIR; Sitokin genleri

15th 2008 M Gerbase de Lima/ME Moraes

Buzios/Rio de Janerio, Brazil

Antropoloji; HSCT; İnformatik

16th 2012 SGE Marsh/D Middleton Liverpool, UK Belirlenecek..


HLA Adlandırma Raporları

� Nomenclature for Factors of the HL-A System, 1968

� WHO Terminology Report, 1970

� WHO Terminology Report, 1972

� Nomenclature for Factors of the HLA System, 1975



� Nomenclature for factors of the HLA system, 1984










HLA Adlandırma Raporları


(European Journal of Immunogenetics 2001 28:377-424, Human Immunology 2001 62:419-68, Tissue Antigens 2001 57:236-83)


(European Journal of Immunogenetics 2002 29:463-515, Human Immunology 2002 63:1213-68, Tissue Antigens 2002 60:407-64)


(International Journal of Immunogenetics 2005 32:107-60, Human Immunology 2005 66:571-636, Tissue Antigens 2005 65:301-68)

� An Update to HLA Nomenclature, 2010

(Bone Marrow Transplantation 2010 45:846-8)


(Tissue Antigens 2010 75:291-455)


...

?

HLA Adlandırma: Serolojik


Gösterge Kullanım Nedeni

A, B, Cw, D, .. Özgüllük (serolojik)

1, 2, 3, .. Bölge, Loküs

„w“ Atölye, Çalıştay (Workshop)

Cw Komplemandan ayırmak için


HLA Adlandırma: Serolojik

Düşük çözünürlük


� Kodladıkları proteinlere göre değişen HLA allellerini ayırt etmede dört basamaklı kod kullanım kuralı 1987 adlandırma raporuna girmiştir.

� O zamandan beri ek rakamlar da eklenmekte ve şu anda bir allelin dizisine bağlı olarak adı dört, altı veya sekiz basamaklı olabilmektedir.

� İlk iki rakam allotipin taşıdığı serolojik antijene karşılık gelen allel ailesini tanımlamaktadır.

� Üçüncü ve dördüncü basamak dizilerin tanımlanma sırasına göre verilir.

� İlk dört basamaktaki rakamları değişen allellerin kodladığı proteinlerin amino asit dizisini değiştiren bir ya da daha çok nükleotidi farklı olmalıdır.


HLA Adlandırma: Alleller

Yeni allel dizisi kabul koşulları

1. cDNA’dan dizinin elde edildiği ya da dizilemeden önce PCR ürünlerinin subclonlandığı yerde birçok klon dizilenmiş olmalıdır.

2. Dizileme daima her iki yönde yapılmalıdır.

3. PCR’la amplifiye materyalin dizilemesi yapılacaksa en az iki ayrı PCR reaksiyonu ürünü dizilenmiş olmalıdır.

4. Bir loküs için heterozigot olan ve allellerden birinin yeni olduğu bireylerde, yeni allel diğerinden izole edilerek dizilenmiş olmalıdır.


5. Bir allelin amplifiye edilmesinde kullanılmış olan primerlerin türevi olan dizi, başvurulan dizide yer almamalıdır.

6. Yeni dizinin SSO ya da SSP gibi genomik DNA kullanılan tipleme yöntemleriyle doğrulaması yapılmış olmalıdır.

7. Bir veri bankasından (EMBL, GenBank, DDBJ) giriş numarası alınmış olmalıdır.

EMBL: www.ebi.ac.uk/Submissions/index.html

GenBank: www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/submit.html

DDBJ: www.ddbj.nig.ac.jp/sub-e.html

8. Tam uzunluktaki dizi tercih edilir ancak zorunlu değildir. En az gereklilikler HLA sınıf I için ekzon 2 ve 3’ün tamamı ve HLA sınıf II için ekzon 2’ nin tamamıdır.



9. Yeni dizi yalnızca intron ya da kodlamayan gen kısmında değişiklik içeriyorsa tüm dizinin kodlayan kodlamayan bölgelerinin elde edilmesi gerekir.

10. Saptanan yeni diziyi tanımlayan bir makale yayına gönderilmeli ve taslak kopya veritabanına bildirilmelidir.

11. Tümör materyalinden elde edilen diziler adlandırmada dikkate alınmayacaktır.

12. HLA-A, -B ve -DRB1 genlerinin tüm tipleri yeni allelin tanımlandığı materyalle teslim edilmelidir.



13. DNA ya da diğer materyal erişilebilir bir yerde ya da tanımlamayı yapan laboratuvarda kullanılabilir durumda olmalıdır.

14. Yeni dizi bildirimi online olarak WHO Nomenclature Committee’ye bildirilmeli ve diziyle ilgili sorgulama alanları doldurulmalı ve yeni diziyle akraba dizilerin bir karşılaştırması sağlanmalıdır.

www.ebi.ac.uk/imgt/hla/subs/submit.html.

[email protected]

� Yeni raporlanan allellerin bir listesi her ay Tissue Antigens,Human Immunology ve the International Journal of Immunogenetics dergilerinde adlandırma güncellemesi olarak yayınlanmaktadır.



Allel Adlandırması


Allel Adlandırması

�Allel numarasına ilaveten ekspresyon durumunu göstermek üzere isteğe bağlı eklenen ekler de bulunmaktadır:

� N: Null

� L: Low

� S: Secreted

� C: Cytoplasm

� A: Aberrant

� Q: Questionable

�Nisan 2011 için "C" ve "A" eki alan allel adlandırması bulunmuyor.


Allel Adlandırması-Özeti

Ad

HLA HLA bölgesi ve HLA geni ekiHLA-DRB1 Belli bir HLA loküsü. Ör. DRB1HLA-DRB1*13 DR13 antijenini kodlayan bir grup allel ve diğer DRB1*13 allelleriyle

dizi homolojisiHLA-DRB1*13:01 Özgün bir HLA alleli

HLA-DRB1*13:01:02 DRB1*13:01:01:01’den sinonim bir mutasyonla farklılık gösteren bir allel

HLA-DRB1*13:01:01:02 DRB1*13:01:01:01 kodlama bölgesi dışında bir mutasyon içeren

allel

HLA-A*24:09N 'Null' allel

HLA-A*30:14L Düşük yapım veya düşük hücre yüzey ekspresyonu olan proteini kodlayan alllel

HLA-A*24:02:01:02L Düşük yapım veya düşük hücre yüzey ekspresyonu olan proteini kodlayan alllel. Mutasyon kodlama bölgesi dışında.

HLA-B*44:02:01:02S Salgılanan molekül olarak eksprese olan proteini kodlayan allel

HLA-A*32:11Q Daha önce hücre yüzey ekspresyonu gösterilen bir mutasyona sahip, ancak konfirme edilmemiş ve ekspresyonu kuşkulu bulunan allel


Nisan 2011 belirlemeleri

�Şu anda HLA adlandırmayla tanımlanmış ve IMGT/HLA veritabanına dahil edilen 6534 HLA ve ilişkili allel bulunmaktadır.

�Yazarlar için yayın öncesi dizilerini veritabanına direk girerek kontrol etmeleri ve bu dizinin daha önce yayınlanmış dizilerden olup yeniden adlandırılma ya da çoklu adlar almasını önlemek için bir prosedür belirlenmiştir.


2011 Allel Dağılımı

Class 1 Class 2HLA-A 1601 HLA-DRA 7

HLA-B 2127 HLA-DRB1 928

HLA-C 1102 HLA-DRB2-9 99

HLA-E 10 HLA-DQA1 44

HLA-F 22 HLA-DQB1 153

HLA-G 47 HLA-DPA1 32

HLA-H 12 HLA-DPB1 149

HLA-J 9 HLA-DMA 7

HLA-K 6 HLA-DMB 12

HLA-L 5 HLADOA 12

HLA-P 4 HLA-DOB 12

HLA-V 3

Yüzler Kulübü-A*02 ve B*15 Allel Serisi

A*9201 −−−� A*02:101

A*9202 −−−� A*02:102

A*9203 −−−� A*02:103 etc

B*9501 −−−� B*15:101

B*9502 −−−� B*15:102

B*9503 −−−� B*15:103 etc

�2010 değişikliği


Yüzler Kulübü-DPB1

DPB1*0102 −−−� DPB1*100:01

DPB1*0203 −−−� DPB1*101:01

DPB1*0302 −−−� DPB1*102:01

DPB1*0403 −−−� DPB1*103:01

DPB1*0502 −−−� DPB1*104:01 etc

�2010 değişikliği


HLA C Adlandırması

Cw*0103 −−−� C*01:03

Cw*020201 −−−� C*02:02:01

Cw*07020101 −−−� C*07:02:01:01 etc

�"w" ek iptali.


İdentik peptid bağlama bölgesi kodlayan HLA allelleri

A*02:01:01:01/A*02:01:01:02L/A*02:01:01:03/A*02:01:02/A*02:0

1:03/A*02:01:04/A*02:01:05/A*02:01:06/A*02:01:07/A*02:01:08/

A*02:01:09/A*02:01:10/A*02:01:11/A*02:01:12/A*02:01:13/A*02:

01:14/A*02:01:15/A*02:01:17/A*02:01:18/A*02:01:19/A*02:01:21

/A*02:01:22/A*02:01:23/A*02:01:24/A*02:01:25/A*02:01:26/A*0

2:01:27/A*02:01:28/A*02:01:29/A*02:01:30/A*02:01:31/A*02:01:

32/A*02:01:33/A*02:01:34/A*02:01:35/A*02:01:36/A*02:01:37/A

*02:01:38/A*02:01:39/A*02:01:40/A*02:01:41/A*02:01:42/A*02:0

9/A*02:66/A*02:75/A*02:89/A*02:97:01/A*02:97:02/A*02:132/A*

02:134/A*02:140

�En kısa ad kullanılarak «P» eki alır: A*02:01P

Peptid bağlama bölgesini kodlayan ekzonlarda identik nükleotid dizisi içeren HLA allelleri

A*02:01:01:01/A*02:01:01:02L/A*02:01:01:03/A*02:01:08/A*02:0

1:11/A*02:01:14/A*02:01:15/A*02:01:21/A*02:09/A*02:43N/A*02

:66/A*02:75/A*02:83N/A*02:89/

A*02:97:01/A*02:97:02/A*02:132/A*02:134/A*02:140

�En kısa ad kullanılarak «G» eki alır: A*02:01:01G

Gen ve Protein Adlandırma

�Allel için italik (ör. A*03:01) ve protein ürünü için düz (ör. A*03:01) yazım.

�Belirsiz HLA allel raporlamasında (/) «veya» ve (,) ise «ve» anlamında kullanılmaktadır.

�Örnek:

A*02:01/02:09, 03:01;

B*07:02, 15:02/15:73;

C*03:03,07:02

IMGT/HLA Başvuru Haritası


Nucleic Acids Research, 2010

Documents

HLA Nomenklatür 2011 › tiged_sunumlar_2011 › SALON B › 22 NISAN › 11.… · HLA Nomenklatür 2011 Dr. Gürbüz POLAT Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi 3. Ulusal Transplantasyon