Exome Arrays Capture Polygenic

8/16/2019 Exome Arrays Capture Polygenic

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Integrantes: María Jesús Aros, Javiera Mancilla, Camila Maureira y Tih

Docente: Yolanda Espinosa

Asignatura: Genética

Fecha: 9/ 05/ 2016


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! Se ha identificado que las variantes raras están implicadoneuroplasticidad en las sinapsis glutamatérgicas, especialmente en lareguladora asociada al citoesqueleto ARC) y receptores de Nmethyl- NMDA), proteína de retraso mental X frágil FMRP) y canaledependiente de voltaje.


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!13 688 individuos (5585 casos y 8103 controles)

! Se toman dos grupos de personas: COGS de Cardiff y CLOZUK

! Casos CLOZUK tomaban clozapina antipsicótica

! Casos Cardiff COGS fueron tomados de grupos de la comunidad mental de salud en Wales e Inglaterra.

! Se obtuvieron muestras anónimas de sangre de personas que toman clozapi

para realizar estudios y personas que son resistentes al tratamiento según registrado por los psiquiatras.

! Casos de COGS de Cardiff, se les testeo con entrevistas y análisis psquiátri(pacientes subtipo depresivos)

! Genotipado se realizó mediante el Illumina HumanExome yHumanOmniExpressExome BeadChip (codifican preferentemente varianteraras).


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! Prueba de un solo locus : para variantes en MAF < 1% , La estadística de pruedesinflada lo que refleja la baja potencia de las pruebas de regresión para alelTabla 1 da resultados para variantes P < 1 ! 10"3

For all results at P < 0.001, the MAF in the UK population lies between the case and control MAconsistent with inflated estimates of effect size at this end of the significance distribution as a rwinners' curse effect.


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! Prueba de Set de genes: Razonamos que si exome arrays capturan aasociación de esquizofrenia. Se deben hacer otras pruebas para defin

variante rara.


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SNP CHR BP MAF (%) P Annotation

exm1453333 19 33628616 0,018 0,4506 nonsynonymous







Mutation_Taster

Not disease causing

Not disease causing

Not disease causing

Not disease causing

Not disease causing

Not disease causing

Not disease causing

Polyphe

Benign

Probab

Possibly

Probab

Benign

Benign

Benign

Table 4


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! Los test de asociación en tabla 1 fueron realizados en PLINK(softw

regresión logística.

! Sólo el conjunto de objetivo FMRP se enriqueció significativamentasociación variantes raras, proporcionando una prueba más de queconjunto de genes es de relevancia para la esquizofrenia.

! Two of the variants in the table 4 ( exm 45 63 and exm 45 89 ) minor alleles in one phenotype and so are assigned P -values closesingle-variant logisticregression association test


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! El estudio ofrece un terreno de que variantes raras de genes puedenidentificadas mediante la aplicación de exome arrays

! La pérdida de FMRP en el síndrome de X frágil da como resultado dgeneralizados en la plasticidad sináptica . Por consiguiente , los resobtenidos proporcionan una evidencia mayor de que los mecanismosustentan la neuroplasticidad sináptica están involucrados en la pade la esquizofrenia.

! El otro hallazgo en el presente estudio fue la asociación del gen WDcual no se sabe su función con exactitud. Sus implicaciones en la esaún no están claras por lo que se requerirá de estudios posteriores.


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! El presente estudio proporciona apoyo para

la hipótesis de que una parte de laarquitectura genética de la esquizofrenia esaccesible a través exome arrays

! Participación amplia de FMRP en eldesorden

! WDR88 como gen candidato desusceptibilidad en la esquizofrenia.

! Se requieren nuevos estudios para revelarotros alelos de susceptibilidad relacionadosa este transtorno psiquiátrico.


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! Richards, A., Leonenko, G., Walters, J., Kavanagh, D., Rees, E., Evans, A., Cha

J., Goldstein, J., Neale, B., McCarroll, S., Pocklington, A., Holmans, P., Owen, M. (2016). Exome arrays capture polygenic rare variant contributions to schizGenet., 25(5), pp.1001-1007.

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