Exome Arrays Capture Polygenic

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  • 8/16/2019 Exome Arrays Capture Polygenic

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    Integrantes: María Jesús Aros, Javiera Mancilla, Camila Maureira y Tih

    Docente: Yolanda Espinosa

    Asignatura: Genética

    Fecha: 9/ 05/ 2016

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    ! Se ha identificado que las variantes raras están implicado neuroplasticidad en las sinapsis glutamatérgicas, especialmente en la reguladora asociada al citoesqueleto ARC) y receptores de Nmethyl-  NMDA), proteína de retraso mental X frágil FMRP) y canale dependiente de voltaje.

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    ! 13 688 individuos (5585 casos y 8103 controles)

    ! Se toman dos grupos de personas: COGS de Cardiff y CLOZUK

    ! Casos CLOZUK tomaban clozapina antipsicótica

    ! Casos Cardiff COGS fueron tomados de grupos de la comunidad mental de salud en Wales e Inglaterra.

    ! Se obtuvieron muestras anónimas de sangre de personas que toman clozapi

    para realizar estudios y personas que son resistentes al tratamiento según registrado por los psiquiatras.

    ! Casos de COGS de Cardiff, se les testeo con entrevistas y análisis psquiátri (pacientes subtipo depresivos)

    ! Genotipado se realizó mediante el Illumina HumanExome y HumanOmniExpressExome BeadChip (codifican preferentemente variante raras).

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    ! Prueba de un solo locus : para variantes en MAF < 1% , La estadística de prue desinflada lo que refleja la baja potencia de las pruebas de regresión para alel Tabla 1 da resultados para variantes P < 1 ! 10"3

    For all results at P < 0.001, the MAF in the UK population lies between the case and control MA consistent with inflated estimates of effect size at this end of the significance distribution as a r winners' curse effect.

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    ! Prueba de Set de genes: Razonamos que si exome arrays capturan a asociación de esquizofrenia. Se deben hacer otras pruebas para defin

    variante rara.

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    SNP CHR BP MAF (%) P Annotation

    exm1453333 19 33628616 0,018 0,4506 nonsynonymous

    exm1453361 19 33639755 0,018 0,4296 nonsynonymous

    exm1453363 19 33639807 0,004   0,9993 nonsynonymous

    exm1453378 19 33651385 0,007 0,6803 nonsynonymous

    exm1453379 19 33651386 0,062 0,001724 nonsynonymous

    exm1453382 19 33655154 0,026 0,07857 nonsynonymous

    exm1453389 19 33666345 0,015   0,9986 nonsynonymous

    Mutation_Taster 

    Not disease causing

    Not disease causing

    Not disease causing

    Not disease causing

    Not disease causing

    Not disease causing

    Not disease causing

    Polyphe

    Benign

    Probab

    Possibly

    Probab

    Benign

    Benign

    Benign

    Table 4

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    ! Los test de asociación en tabla 1 fueron realizados en PLINK(softw

    regresión logística.

    ! Sólo el conjunto de objetivo FMRP se enriqueció significativament asociación variantes raras, proporcionando una prueba más de que conjunto de genes es de relevancia para la esquizofrenia.

    ! Two of the variants in the table 4 ( exm 45 63 and exm 45 89 ) minor alleles in one phenotype and so are assigned P -values close single-variant logisticregression association test

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    ! El estudio ofrece un terreno de que variantes raras de genes pueden identificadas mediante la aplicación de exome arrays

    ! La pérdida de FMRP en el síndrome de X frágil da como resultado d generalizados en la plasticidad sináptica . Por consiguiente , los res obtenidos proporcionan una evidencia mayor de que los mecanismo sustentan la neuroplasticidad sináptica están involucrados en la pa de la esquizofrenia.

    ! El otro hallazgo en el presente estudio fue la asociación del gen WD cual no se sabe su función con exactitud. Sus implicaciones en la es aún no están claras por lo que se requerirá de estudios posteriores.

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    ! El presente estudio proporciona apoyo para

    la hipótesis de que una parte de laarquitectura genética de la esquizofrenia es accesible a través exome arrays

    ! Participación amplia de FMRP en el desorden

    ! WDR88 como gen candidato de susceptibilidad en la esquizofrenia.

    ! Se requieren nuevos estudios para revelar otros alelos de susceptibilidad relacionados a este transtorno psiquiátrico.

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    ! Richards, A., Leonenko, G., Walters, J., Kavanagh, D., Rees, E., Evans, A., Cha

    J., Goldstein, J., Neale, B., McCarroll, S., Pocklington, A., Holmans, P., Owen, M. (2016). Exome arrays capture polygenic rare variant contributions to schiz Genet., 25(5), pp.1001-1007.

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