Upload
lamkiet
View
239
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
EnzimiEnzimiEnzimiEnzimiEnzimiEnzimiEnzimiEnzimibiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatoribiokatalizatori
“ Mnoga tela... imaju osobinu da prema drugim telima ispoljavaju dejstvo koje veoma različito od hemijskog afiniteta... Posredstvom ovog dejstva ona prouzrokuju razaranja u (drugim) telima i stvaraju nova jedinjenja u čiji sastav sama ne stupaju. Ova nova, do sada nepoznata sila zajednička je i za organsku i za neorgansku prirodu... Nazvaću..ovu silu katalitičkom silom. Takoñe, nazvaću katalizom razlaganje tela posredstvom ove sile.
(J.J.Berzelius, Edinburgh New Philosophical Journal, XXI, 233, 1836)
� Defininicija po UPAC-u iz 1981. :
“Katalizator je supstanca koja dovodi do ubrzanja hemijske reakcije ali tako da ukupna promena standardne Gibsove energije (ukupne reakcije) ostaje nepromenjena.”
� ENZIMI- proteini koji deluju kao katalizatori
◦ Ribozimi- RNK molekuli sa katalitičkom funkcijom
◦ ubrzavaju hemijske reakcije u bološkim sistemima -BIOKATALIZATORI-
EEnziminzimi obezbeobezbeññujuuju
• specifičnost
• brzinu (visoka efikasnost pri relativno blagim uslovima) i
• regulaciju (kontrolu)
hemijskih reakcija u organizmu
� specifičnost se ogleda u odnosu na
◦ tip reakcije koju katališu
◦ supstrat -meñu mnogim molekulima “biraju” samo odredjeni (apsolutna i široka)
◦ produkt -od suptrata nastaje samo jedanproizvod (nema sporednih proizvoda)
� Specifičnost enzimske katalize
� specifičnost i brzina reakcija katalisanihenzimima je rezultat� jedinstvene sekvence aminokiselina koja omogućava
formiranje trodimenzionalne strukture enzimskog molekula
AktivnoAktivno mestomesto
(kataliti(katalitiččko, vezujuko, vezujućće)e)
� deo enzimskog molekula (udubljenje, žljeb) gde se vezuje supstrat i tako formira enzim-supstratkompleks
� mesto vezivanja supstrata odreñuje specifičnostprema supstratu
� takoñe i deo molekula enzima gde se odvija reakcija
DvaDvaDvaDvaDvaDvaDvaDva modelamodelamodelamodelamodelamodelamodelamodela formiranjaformiranjaformiranjaformiranjaformiranjaformiranjaformiranjaformiranja enzimenzimenzimenzimenzimenzimenzimenzim--------supstratsupstratsupstratsupstratsupstratsupstratsupstratsupstratkompleksakompleksakompleksakompleksakompleksakompleksakompleksakompleksa� model “ključa i brave”
◦ aminokiselinski ostaci formiraju komplementarnutrodimenzionalnu strukturu koja “prepoznaje”supstrat
� model indukovanog podešavanja
◦ vodonične veze, hidrofobne i elektrostatičkeinterakcije povezuju supstrat i enzim i vode daljimkonformacionim promenama i enzima i supstrata
model model ““kljuključč--bravabrava””
komplementarnostkomplementarnost izmedjuizmedju supstratasupstrata i i
aktivnogaktivnog mestamesta
� model indukovanog prilagodjavanjapromena konformacije enzima i supstrata
◦ vezivanje supstrata indukuje konformacionepromene enzima koje omogućavaju nove interakcijemolekula supstrata sa funkcionalnim grupama enzima
Brzina hemijske reakcijeBrzina hemijske reakcije
AAAA BBBB
v= k [A]v= k [A]v= k [A]v= k [A]
k= Ak= Ak= Ak= Arrrreeee----Ea/RTEa/RTEa/RTEa/RT
Faktori koji utiFaktori koji utičču na brzinuu na brzinu
◦◦ kolikoliččina reaktanta (supstrataina reaktanta (supstrata))))◦◦ temperaturatemperatura
◦◦ veliveliččina Eaina Ea
◦◦ enzimienzimi ubrzavajuubrzavaju
hemijskehemijske reakcijereakcije
smanjenjemsmanjenjem kolikoliččineine
energijeenergije potrebnepotrebne za za
dostizanjedostizanje visokovisoko--
energetskogenergetskog
intermedijernogintermedijernog
stanjastanja reakcijereakcije
((komplekskompleks prelaznogprelaznog
stanjastanja) ) –– smanjenasmanjena
energijeenergije aktivacijeaktivacije
JoJoJoJoJoJoJoJošššššššš popopopopopopopo nestonestonestonestonestonestonestonesto……………………
�� enzimienzimi katalikatališšu u samosamo
mogumogućće e reakcijereakcije ččineinećći i
ihih samosamo brzimbrzim
�� ubrzanjeubrzanje enzimimaenzimima
katalisanihkatalisanih reakcijareakcija je je
101066 do 10do 1014 14 ((mnogomnogo
vevećće e odod efikasnostiefikasnosti
neorganskihneorganskih
katalizatorakatalizatora))
�� enzimimaenzimima katalisanekatalisane reakcijereakcije imajuimaju 3 3 korakakoraka
◦◦ vezivanjevezivanje supstratasupstrata E + S E + S ↔↔ ESES
◦◦ konverzijakonverzija vezanogvezanog supstratasupstrata u u vezanivezani produktprodukt
ES ES ↔↔ EPEP
◦◦ oslobaoslobaññanjeanje produktaprodukta EP EP ↔↔ PP
�� korakkorak 1.1.
�� enzimienzimi vezujuvezuju supstratsupstrat/e/e ččiju transformaciju iju transformaciju katalikatališšu i u i
dovodedovode ihih u u najpovoljnijinajpovoljniji polopoložžajaj za za efikasnuefikasnu reakcijureakciju
�� korakkorak 2.2.
�� enzimenzim uuččestvujeestvuje u u formiranjuformiranju i i raskidanjuraskidanju vezaveza neophodnihneophodnih
za za nastanaknastanak produktaprodukta
�� korakkorak 3.3.
�� produktprodukt se se oslobaoslobaññaa,, a a enzimenzim vravraćća u a u svojesvoje originalnooriginalno stanjestanje
HemijskaHemijska prirodapriroda enzimaenzima
�� proteiniproteini
�� proteiniproteini + + kofaktorkofaktor◦◦ kofaktorkofaktor
� metalnimetalni jonijoni
�� prostetiprostetiččnana grupagrupa ((najnajččeeššćće e trajnotrajno vezanavezana za za enzimenzim))
� koenzimkoenzim ((povezanpovezan sasa enzimomenzimom samosamo tokomtokom katalizekatalize))
apoenzimapoenzim ((proteinskiproteinski deodeo enzimaenzima) + ) + koenzimkoenzim = =
hholoenzimoloenzim
◦◦ U U katalizikatalizi uuččestvujuestvuju funkcionalnefunkcionalne grupegrupe
aktivnogaktivnog mestamesta kojekoje potipotičču u odod
aminokiselinskihaminokiselinskih ostatakaostataka polipeptidnog lanca polipeptidnog lanca
ili/i kofaktora (ili/i kofaktora (koenzimakoenzima, , metalnihmetalnih jonajona))
MnogiMnogi mikroelementimikroelementi (metalni joni)(metalni joni)
susu kofaktorikofaktori enzimaenzima
•• omoguomoguććavajuavaju vezivanjevezivanje supstratasupstrata iliili koenzimakoenzima za za
enzimenzim ((delujudeluju kaokao elektrofilielektrofili i i takotako stabilizujustabilizuju
anjonskuanjonsku formuformu prelaznog stanja prelaznog stanja iliili vezujuvezuju
anjonskeanjonske supstratesupstrate))
� donoridonori susu elektronaelektrona u u oksidooksido--redukcionimredukcionim
reakcijamareakcijama
KoenzimiKoenzimi
�� organskiorganski molekulmolekul ((neproteinskneproteinske prirode)e prirode) kojikoji
obezbeobezbeññujuuju funkcionalnefunkcionalne grupegrupe za za enzimskuenzimsku
katalizukatalizu
�� kkodod ččovekaoveka se se ččestoesto sintetisintetiššu u odod vitaminavitamina
DveDve osnovneosnovne klaseklase koenzimakoenzima
�� koenzimikoenzimi kojikoji
◦◦ uuččestvujuestvuju u u reakcijamareakcijama prenosaprenosa grupagrupa�� jednim delom se jednim delom se ččvrstovrsto vezujuvezuju za za supstratsupstrat ((aktivirajuaktivirajućći i
gaga za za prenosprenos nekeneke grupegrupe, , dodatakdodatak vodevode i dr.). i dr.).
�� drugimdrugim delomdelom se se ččvrstovrsto vezujuvezuju za za enzimenzim ((akoako ostajuostaju
trajnotrajno vezanivezani zovuzovu se se prostetiprostetiččnana grupagrupa))
�� biotin, biotin, tiamintiamin pirofosfatpirofosfat, , koenzimkoenzim AA
◦◦ u u oksidooksido--redukcionimredukcionim reakcijamareakcijama�� sadrsadržže e specifispecifiččne ne funkcionalnefunkcionalne grupegrupe za za prenosprenos
elektronaelektrona (u (u formiformi hidridnoghidridnog jonajona, , atomaatoma
vodonikavodonika iliili kiseonikakiseonika))
�� ne ne vezujuvezuju se se kovalentnokovalentno za za supstratsupstrat i i posebnimposebnim
delomdelom se se vezujuvezuju za za enzimenzim
�� nikotinamidnikotinamid adeninadenin dinukleotiddinukleotid (NAD+), (NAD+), flavinflavin
adeninadenin dinukleotiddinukleotid (FAD)(FAD)
KoenzimskeKoenzimske formeforme vitaminavitamina
�� kofaktorikofaktori imajuimaju, , kodkod nekihnekih enzimaenzima i i
nekatalitinekatalitiččkuku, , strukturnustrukturnu, , uloguulogu povezujupovezujućći i
udaljeneudaljene delovedelove polipeptidnogpolipeptidnog lancalanca u u
formuformu tercijalnetercijalne strukturestrukture
MMehanizmiehanizmi enzimskeenzimske katalizekatalize ukljuuključčujuuju
◦◦ acidoacido--baznubaznu katalizukatalizu
◦◦ formiranjeformiranje kovalentihkovalentih intermedijeraintermedijera
◦◦ stabilizacijustabilizaciju prelaznogprelaznog stanjastanja
◦◦ blizina i orjentacijablizina i orjentacija
Primer: katalitički mehanizmi himotripsina
OptimalniOptimalni usloviuslovi za za enzimskuenzimsku reakcijureakciju
–– temperaturatemperatura i pHi pH
KlasifikacijaKlasifikacija enenzima zima
(Enzyme Commision (Enzyme Commision ––EC)EC)
Primer: Primer: alkoholalkohol dehidrogenazadehidrogenaza
�� Trivijalno ime: alkohol dehidrogenazaTrivijalno ime: alkohol dehidrogenaza�� Sistemsko ime: alkohol:NAD+ oksidoreduktazaSistemsko ime: alkohol:NAD+ oksidoreduktaza�� EC 1.1.1.1EC 1.1.1.1..
�� Klasa: oksidoreduktazaKlasa: oksidoreduktaza
�� Poklasa: oksidacija hidroksilne grupePoklasa: oksidacija hidroksilne grupe
�� Podpodklasa: NADPodpodklasa: NAD++ kao koenzimkao koenzim
�� Redni broj u podpodklasi: prvi na listi u podpodklasiRedni broj u podpodklasi: prvi na listi u podpodklasi
RegulacijaRegulacijaRegulacijaRegulacijaRegulacijaRegulacijaRegulacijaRegulacija enzimskeenzimskeenzimskeenzimskeenzimskeenzimskeenzimskeenzimskekatalizekatalizekatalizekatalizekatalizekatalizekatalizekatalize
EnzimskaEnzimska aktivnostaktivnost je je regulisanaregulisana i i
odrazavaodrazava fiziolofiziološškokomm stanjestanje organizmaorganizma
�� KKontrolaontrola brzinebrzine reakcijareakcija je je mogumogućća a jerjer se se
enzimienzimi mogumogu regulisatiregulisati razlirazliččitimitim mehanizmimamehanizmima
�� Regulacija metaboliRegulacija metaboliččkih procesa preko kih procesa preko
regulacije enzimske aktivnostiregulacije enzimske aktivnosti
MMehanizmiehanizmi rregulacijegulacijee enzimskeenzimske
aktivnostiaktivnosti
�� brzinabrzina enzimskienzimski katalisanekatalisane reakcijereakcije zavisizavisi odod koncentracijekoncentracije
supstratasupstrata
�� matematimatematiččkiki se se predstavljapredstavlja MichaelisMichaelis--MentenMenten--ovomovom
jednajednaččinominom
�� kkovalentnaovalentna modifikacijamodifikacija aminokiselinskihaminokiselinskih ostatakaostataka proteinaproteina u u
polipeptidnom lancu enzimapolipeptidnom lancu enzima
�� iinterakcijanterakcija sasa modulator modulator proteinimaproteinima
�� vvezujuezuju se za se za enzimenzim
�� mmenjajuenjaju konformacijukonformaciju enzimaenzima i i takotako njegovunjegovu aktivnostaktivnost
�� mmehanizamehanizam povratnepovratne spregesprege (feedback)(feedback)
�� nnajajččeeššćće e prveprve reakcijereakcije metabolimetaboliččkogkog putaputa
RegulacijaRegulacija koncentracijomkoncentracijom supstratasupstrata
kkkk1111 kkkk3333
� E + S E + S E + S E + S ↔↔↔↔ ES ES ES ES →→→→ PPPPkkkk2222
� BrzinaBrzinaBrzinaBrzina ((((kolikolikolikoliččččinainainaina stvaranjastvaranjastvaranjastvaranjaproduktaproduktaproduktaprodukta u u u u jedinicijedinicijedinicijedinicivremenavremenavremenavremena) ) ) ) svihsvihsvihsvih enzimaenzimaenzimaenzimazavisizavisizavisizavisi odododod koncentracijekoncentracijekoncentracijekoncentracijesupstratasupstratasupstratasupstrata
� IzraIzraIzraIzražžžžavaavaavaava se se se se
◦ MichaelisMichaelisMichaelisMichaelis----MentenMentenMentenMentenjednajednajednajednaččččinominominominom
◦ MichaelisMichaelisMichaelisMichaelis----MentenMentenMentenMenten----ova konstantaova konstantaova konstantaova konstanta◦ Km = (kKm = (kKm = (kKm = (k2222 + k+ k+ k+ k3333)/k)/k)/k)/k1111
� [S] > Km[S] > Km[S] > Km[S] > Km Vo = Vo = Vo = Vo = VmaxVmaxVmaxVmax� [S] < Km[S] < Km[S] < Km[S] < Km Vo = Vo = Vo = Vo = VmaxVmaxVmaxVmax [S] /Km[S] /Km[S] /Km[S] /Km� [S] = Km[S] = Km[S] = Km[S] = Km Vo = Vo = Vo = Vo = VmaxVmaxVmaxVmax / 2 / 2 / 2 / 2
� LineweaverLineweaverLineweaverLineweaver----Burk (Burk (Burk (Burk (reciproreciproreciprorecipročne ne ne ne vrednostivrednostivrednostivrednosti))))
�� izoenzimiizoenzimi heksokinazeheksokinaze
◦◦ heksokinazaheksokinaza I Km 0.05 I Km 0.05 mMmM
�� u u eritrocitimaeritrocitima ((zavisnizavisni iskljuisključčivoivo odod glukozeglukoze))
◦◦ glukokinazaglukokinaza ((jetrajetra i i pankreaspankreas) 5.0 ) 5.0 –– 6.0 6.0 mMmM
�� jetrajetra preuzimapreuzima ““viviššakak”” iziz krvikrvi →→ glikogenglikogen
RegulacijaRegulacija enzimskeenzimske aktivnostiaktivnosti
inhibicijominhibicijom
�� inhibitoriinhibitori supstancesupstance kojekoje se se vezujuvezuju za za enzimenzim i i
smanjujusmanjuju brzinubrzinu katalizekatalize
�� reverzibilnareverzibilna inhibicijainhibicija◦◦ inhibitor se inhibitor se vezujevezuje za za enzimenzim nekovalentnonekovalentno
◦◦ lakolako se se odvajaodvaja odod enzimaenzima
�� dejstvodejstvo mnogihmnogih lekovalekova i i toksinatoksina je u je u
inhibicijiinhibiciji enzimaenzima◦◦ Toksini najToksini najččeeššćće ireverzibilni inhibitorie ireverzibilni inhibitori
ReverzibilniReverzibilni inhibitoriinhibitori ((ččestoesto samisami produktiprodukti
reakcijereakcije))
�� premaprema odnosuodnosu supstratasupstrata i i inhibitorainhibitora◦◦ kompetititivnakompetititivna inhibicijainhibicija
◦◦ nekompetitivnanekompetitivna inhibicijainhibicija
◦◦ akompetitivnaakompetitivna inhibicijainhibicija
�� kompetitivnakompetitivna inhibiticijainhibiticija◦◦ inhibitor inhibitor slisliččan an pravompravom supstratusupstratu
◦◦ inhibitor se inhibitor se ““takmitakmiččii”” sasa pravimpravim supstratomsupstratom za za
aktivnoaktivno mestomesto
◦◦ povepoveććavaava se Km, a se Km, a VmaxVmax ostajeostaje istaista
◦◦ povepoveććanjemanjem supstratasupstrata lakolako se se prevazilaziprevazilazi ova ova
inhibicijainhibicija
�� nekompetitivnanekompetitivna inhibicijainhibicija◦◦ sasa nekompetitivnimnekompetitivnim inhibitorominhibitorom
◦◦ inhibitor se ne inhibitor se ne vezujevezuje za za mestomesto gdegde i i supstratsupstrat
◦◦ menjamenja se se VmaxVmax, Km , Km ostajeostaje istoisto
◦◦
◦◦ akompetitivniakompetitivni inhibitor se inhibitor se vezujevezuje samo samo za za komplekskompleks
enzimenzim--supstratsupstrat
◦◦ menjamenja se i se i VmaxVmax i Kmi Km
Nekompetativna inhibicija
RegulacijaRegulacija enzimskeenzimske aktivnostiaktivnosti
konformacionimkonformacionim promenamapromenama ((brzabrza
regulacijaregulacija))
�� alosternaalosterna aktivacijaaktivacija i i inhibicijainhibicija (alosterni (alosterni
enzimi)enzimi)
�� kovalentnekovalentne modifikacijemodifikacije ((fosforilacijafosforilacija))
�� proteinprotein--protein protein interakcijainterakcija ((izmedjuizmedju
regulatorneregulatorne i i katalitikatalitiččkeke subjedinicesubjedinice))
�� proteolitiproteolitiččkoko razlaganjerazlaganje
AlosternaAlosterna aktivacijaaktivacija i i inhibicijainhibicija
�� Alosterni Alosterni enzimenzim obiobiččno no imaima dvedve iliili vivišše e
subjedinicasubjedinica
�� Nisu svi proteini sa katernernom strukturom Nisu svi proteini sa katernernom strukturom
alosterni vealosterni većć samo oni sa izrasamo oni sa izražženim enim
kooperativnim efektom, tj.kooperativnim efektom, tj.
◦◦ subjedinice subjedinice vezivanjevezivanje supstratasupstrata za za jednujednu
subjedinicusubjedinicu menjamenja konformacijukonformaciju ostalihostalih--
kooperativno vezivanje supstratakooperativno vezivanje supstrata ––sigmoidalna sigmoidalna
kinetikakinetika
◦◦ Kooperativnost modulisana efektorima (aktivatori Kooperativnost modulisana efektorima (aktivatori
i inhibitori)i inhibitori)
�� alosternialosterni efektoriefektori◦◦ alosternialosterni inhibitoriinhibitori imajuimaju jajačči i uticajuticaj odod ostalihostalih
((kompetitivnikompetitivni, , nekompetitivninekompetitivni, , akomepetitivniakomepetitivni) )
inhibitorainhibitora
◦◦ ne ne zauzimajuzauzimaju katalitikatalitiččkoko mestomesto –– mogumogu delovatidelovati kaokao
aktivatoriaktivatori
◦◦ efekatefekat alosternogalosternog efektoraefektora brzbrz
Hemoglobin Hemoglobin kaokao alosternialosterni proteinprotein
�� globularniglobularni protein (4 protein (4 subjedinicesubjedinice, 2alfa, 2 , 2alfa, 2
beta) u beta) u eritrocitimaeritrocitima
�� prenosiprenosi kiseonikkiseonik iziz pluplućća u a u tkivatkiva
�� COCO22 i Hi H++ iziz tkivatkiva u u plupluććaa
�� nosinosi i i otpuotpušštata NO (NO (vazodilatorvazodilator))
�� HbA1, 2 HbA1, 2 αα (141 (141 a.ka.k.) i 2 .) i 2 ββ
(146 (146 a.ka.k.), 98%.), 98%
�� HbA2, 2 HbA2, 2 αα, 2 , 2 δδ
�� HbFHbF, 2, 2αα, 2 , 2 γγ
�� konformacionekonformacione promenepromene u u tercijalnojtercijalnoj
strukturistrukturi nakonnakon vezivanjavezivanja kiseonikakiseonika
�� T T stanjestanje ((malimali afinitetafinitet za Oza O22) i R ) i R stanjestanje
((visokivisoki afinitetafinitet za Oza O22))
�� pozitivnapozitivna kooperativnostkooperativnost prvogprvog vezanogvezanog
OO22 ((olakolakššavaava konformacionekonformacione promenepromene u u
drugimdrugim subjedinicamasubjedinicama))
AgensiAgensi (efektori) (efektori) kojikoji utiutičču u nana vezivanjevezivanje
kiseonikakiseonika
�� vodonikovivodonikovi jonijoni
�� 2,32,3--bisfosfogliceratbisfosfoglicerat
�� kovalentnokovalentno vezivanjevezivanje COCO22
�� vezivanjevezivanje HH++ smanjujesmanjuje afinitetafinitet HbHb za Oza O2 2
((BorovBorov efekatefekat))
�� 2,32,3--bisfosfoglicerat (u bisfosfoglicerat (u eritrocitimaeritrocitima) )
otezavaotezava formiranjeformiranje stanjastanja za za vezivanjevezivanje OO22 i i
takotako smanjujesmanjuje afinitetafinitet HbHb za Oza O22
◦◦ eritrocitieritrociti promenompromenom koncentracijekoncentracije 2,32,3--
bisfosfoglicerata bisfosfoglicerata modulirajumoduliraju vezivanjevezivanje OO22
�� COCO22 se do se do pluplućća a uglavnomuglavnom transportujetransportuje
kaokao bikarbonatbikarbonat
�� deodeo se se vezujevezuje za za HbHb
◦◦ u u tkivimatkivima za za deoksideoksi konformacijukonformaciju ((stabilizujestabilizuje je)je)
��prekopreko amino amino grupagrupa ((karbamatkarbamat))
◦◦ u u plupluććimaima se se vezujevezuje OO22 i i oslobadjaoslobadja COCO22
KovalentneKovalentne modifikacijemodifikacije
�� FosforilacijomFosforilacijom
◦◦ sasa protein protein kinazamakinazama iliili protein protein fosfatazamafosfatazama
◦◦ u u fosforilacijifosforilaciji uuččestvujeestvuje ATP i ATP i --OH OH grupegrupe Ser, Ser,
ThrThr i Tyri Tyr
ProteinProtein--protein protein interakcijeinterakcije
�� receptor (protein) receptor (protein) –– G proteinG protein
�� G protein G protein –– adenilatadenilat ciklazaciklaza
ProteolitiProteolitiččkoko razlaganjerazlaganje
�� proenzimiproenzimi ((zimogenizimogeni))
◦◦ za za aktivacijuaktivaciju neophodnoneophodno proteolitiproteolitiččkoko razlaganjerazlaganje
((ireverzibilnoireverzibilno))
◦◦ himotripsinogenhimotripsinogen ((tripsinomtripsinom se se konvertujekonvertuje u u
himotripsinhimotripsin))
◦◦ kodkod koagulacijekoagulacije krvikrvi ((odrodržžavanjeavanje hemostazehemostaze --
konstantnekonstantne zapreminezapremine krvikrvi))
�� fibrinogen fibrinogen prelaziprelazi u fibrin u fibrin delovanjemdelovanjem trombinatrombina ((serinserin
proteazaproteaza))
�� aktivacijaaktivacija trombinatrombina –– koagulacionakoagulaciona kaskadakaskada