Detaljni izvedbeni plan za akademsku godinu 2017/2018 ... 2017/BUM_101_Syllabus... · P14 Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova I 1 P15 Imunološko modeliranje u razvoju

Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Diplomski studij

Detaljni izvedbeni nastavni program - Sistemska biomedicina BUM101

Sandra Kraljević Pavelić 2017/2018

1

Detaljni izvedbeni plan za akademsku godinu 2017/2018

Kolegij: Sistemska biomedicina, BUM 101

Studij: Diplomski sveučilišni studij Biotehnologija u medicini, I godina studija

Broj predmeta: BUM 101

Web stranica predmeta: http://www.biotech.uniri.hr

ECTS bodovi: 6

Nastavno opterećenje/sati: 60 sati (23 P + 26 S + 22 V)

Nositelj predmeta: Dr. sc. Sandra Kraljević Pavelić, izvanredni profesor Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, Radmile Matejčić 2, Rijeka 51000 e-mail: [email protected] Web stranica: http://www.biotech.uniri.hr/

Asistenti: Dr. sc. Krešimir Pavelić, profesor Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, e-mail: [email protected] Dr. sc. Bono Lučić, viši znanstveni suradnik Centar za NMR, Institut Ruđer Bošković, Zagreb e-mail: [email protected] Dr.sc. Elitza Markova-Car, docent Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci e-mail: [email protected] Marko Klobučar, asistent Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci e-mail: [email protected] Dina Rešetar, asistent Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci e-mail: [email protected] Željka Peršurić, asistent Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci e-mail: [email protected] Darko Gumbarević, asistent Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci e-mail: [email protected]

http://www.biotech.uniri.hr/

mailto:[email protected]

http://www.biotech.uniri.hr/









Diplomski studij



2


Diplomski studij



3

Osnovne informacije o kolegiju:

Predavanja, seminari i vježbe se održavaju u terminu od 15.5.2017. – 7.6.2017. Obavezna literatura:

1. Systems Biomedicine, 1st Edition Editor(s) : Edison Liu &Douglas Lauffenburger, 2010, Imprint: Academic Press, ISBN: 9780123725509

Preporučena dodatna literatura: Systems Biology in Drug Discovery and Development, Methods and Protocols, Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 662, Yan, Qing (Ed.), 1st Edition., 2010, XII, 337 p. 36 illus., 6 in color. Web resursi: Dizajn početnica:

http://frodo.wi.mit.edu/

https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer OPIS PREDMETA Cilj kolegija je upoznavanje s osnovama sistemske biomedicine kao discipline koja se temelji na analizi dinamičkih interakcija među pojedinim čimbenicima biološkog sustava s ciljem razumijevanja funkcioniranja cjelokupnog sustava, a ne samo njegovih pojedinačnih komponenti i procesa. Kolegij obuhvaća znanja i principe iz modernih eksperimentalnih pristupa u proučavanju bolesti temeljenih na simultanoj analizi tisuća gena/proteina/metabolita odjednom, a koji se u živom sustavu nalaze u stalnoj međusobnoj interakciji, općih načela praćenja funkcioniranja bioloških sustava u četiri dimenzije (prostorna i vremenska dimenzija), važnosti vizualizacije (tzv. „imaginga“) u sistemskoj biomedicini, osnove globalnih, sveobuhvatnih „-omics“ metoda (mikročip tehnologija, RT-PCR tehnologija, metoda proteomike, metoda metabolomike) u proučavanju molekularne patogeneze bolesti, uloge„-omics“ metoda u ranoj dijagnostici, prognostici, razvoju bolesti, otkrivanju novih meta za liječenje bolesti te u istraživanjima sigurnosti lijekova i njihovih mehanizama djelovanja, osnove modeliranja i analiza kvalitete modela u strukturnoj bioinformatici, osnove nutrigenomike i molekularne nutricije. Ciljevi i očekivani ishodi predmeta (razvijanje općih i specifičnih kompetencija) Opće kompetencije koje će se razvijati na predmetu: A1, A2, A3, A5, A8, B1, B3, B4; B5; C1, C2, C3, C4. Specifične kompetencije koje će se razvijati na predmetu: Nakon završenog programa iz predmeta studenti će moći:

Definirati i objasniti što je to sistemska biomedicina

Razumjeti kako praćenje i analiza dinamičkih interakcija među čimbenicima biološkog sustava omogućavaju razumijevanje cjelokupnog biološkog sustava

Prepoznati međuovisnost biokemijskih procesa i staničnih molekula

Razumjeti principe i metode na kojima se vrše mjerenja i analize u sistemskoj biomedicini

Razumjeti osnovne principe modernih, visokoprotočnih metodologija analize

Razumjeti osnovne principe modeliranja, statističke analize, i bioinfomatičkih pristupa u sistemskoj biomedicini

Primijeniti znanstvene podatke na konkretnim primjerima iz medicine

Razumjeti pojam i principe nutrigenomike i molekularne nutricije

Samostalno analizirati modele in vitro ili in vivo za testiranje učinaka lijekova ili potencijalnih lijekova

http://frodo.wi.mit.edu/

https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer


Diplomski studij



4

Sigurno i učinkovito rukovati u laboratorijskim uvjetima što uključuje rad s uzorcima, pripremu puferskih otopina, provedbu pokusa prema unaprijed objašnjenom i demonstriranom protokolu, prikazu rezultata i provedba jednostavnih analiza te izvođenje zaključaka iz dobivenih rezultata.

Ishodi nakon izvršavanja svih programom predviđenih obveza: A. Predavanja: 1. Načela sistemske biomedicine:

- Uvod u kolegij

- Što je sistemska biomedicina (tzv. feedforward loop, feedback loop i modularnost)

- Primjena u farmaceutskom sektoru

- Eksperimentalne strategije u sistemskoj biomedicini

2. Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini I:

- Sekvenciranje DNA

- Transkriptomika

- RNA sequencing (RNA-seq)

- Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq)

- Tehnologije ChIP-on-chip i lančana reakcija polimerazom u realnom vremenu (RT-PCR)

3. Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini II:

- Analiza interakcija (tzv. 'two-hybrid screens')

- Transgenični organizmi kao modeli istraživanja

- Interferirajuće molekule RNA (RNAi, siRNA)

4. Proteomske tehnologije I:

- Strategije za pročišćavanje proteina

- Metode identifikacije proteina (masena spektrometrija u analizi proteina)

- Bioinfomatika u službi analize rezultata dobivenih uz pomoć masene spektrometrije 5. Proteomske tehnologije II:

- Proteinski mikročipovi

- Proteinski tkivni čipovi

- MALDI 'imaging' tehnologija

- Metodološki pristupi u kvantitativnoj proteomici: SILAC, ICAT, iTRAQ, Selected reaction monitoring (SRM), Multiple reaction monitoring (MRM)

6. Regulacija staničnih procesa:

- Transkripcijski faktori

- Fosforilacija proteina 7. Uloga malih molekula RNA u regulaciji transkripcije:

- Uloga ne-kodirajućih molekula RNA u staničnim procesima 8. Stanične interakcije:

- Adhezija stanica

- Proteini uključeni u adheziju stanica

- Struktura proteina uključenih u adheziju stanica


Diplomski studij



5

9. Matične stanice:

- Osobine matičnih stanica

- Model matičnih stanica za analize u sistemskoj biomedicini

- Transkripcijski profil matičnih stanica

- Epigenetski profil i svojstva kromatina u pluripotentnim matičnim stanicama 10. Osnove modeliranja u bioinformatici:

- Osnovne matematičke postavke za modeliranja u bioinformatici

- Osnove statističke analize u postupku modeliranja

- Izbor reprezentativnog skupa bioaktivnih molekula i definiranje problema

- Izračun atributa za opis svojstva skupa bioaktivnih molekula

- Korelacija i slučajna korelacija

- Metoda kliznog prozora

- Korištenje sličnosti u postupku modeliranja i grupiranje podataka

- Linearni i nelinearni modeli 11. Pregled algoritama za modeliranje u bioinformatici:

- Izbor najznačajnijih varijabli (atributa)

- Metoda najbližih susjeda

- Linearna i nelinearna regresija

- Metoda neuronskih mreža

- Metoda potpornih vektora

- Hibridne metode

- Modeli temeljeni na skupini pojedinačnih modela 12. Provjera kvalitete i izbor bioinformatičkih modela:

- Statistički parametri za iskazivanje kvalitete modela

- Procjena broja optimiranih parametara u modelu

- Važnost pojedinih atributa u modelu

- Postupci provjere stabilnosti i kvalitete modela

- Usporedba sa slučajnim modelima

13. Pregled najvažnijih modela i metoda u strukturnoj bioinformatici:

- Baze podataka u strukturnoj bioinformatici

- Baze bioaktivnih molekula

- Poslužitelji za modeliranje u bioinformatici

- Najpoznatije metode za modeliranje strukture proteina

- Analiza sličnosti među proteinima

- Poslužitelj za izračun strukturnih svojstava bioaktivnih molekula 14. Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova I: - Vrste imunološkog odgovora - Sistemska biomedicina u istraživanju upale - Prepoznavanje i predikcija epitopa za dizajniranje lijekova i vakcina - Primjena imunoinformatike u modifikaciji i poboljšavanju bioloških terapeutika: deimunizacija

modifikacijom epitopa T-stanica 15. Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova II: - Centralni matematički model infekcije virusa ljudske imunodeficijencije - Ovisnost statusa imunološkog sustava i razvoja raka


Diplomski studij



6

16. Sistemska biomedicina i rak: - Složenost patogeneze raka - Ciljana terapija raka i njezina ograničenja - Kombinirana terapija - Analiza tumorskih molekularnih profila u svrhu otkrivanja novih protu-tumorskih lijekova

17. Nutrigenomika - Nutrigenomika i nutrigenetika - Učinak nutrijenata na ekspresiju gena - Glukoza i masne kiseline u regulaciji ekspresije gena u sisavaca - Nuklearni receptori kao metabolički senzori

18. Molekularna nutricija - sistemski utjecaj hrane na nastanak kroničnih bolesti - Sfingolipidi kao aktivne komponente hrane (sfingomijelin, gangliozidi) - Prehrana, metilacija DNA i rak - Prehrana i imunološka funkcija - Molekularni mehanizmi alergija na komponente hrane - utjecaj zdrave hrane na fiziološki status organizma


Diplomski studij



7

B. Seminari: S1 Princip rada i analize DNA mikročipa i demonstracija analize na uređaju S2 Cirkadijalni ciklusi kao model za istraživanja u sistemskoj biomedicini

- Cirkadijalni ritmovi u genskoj ekspresiji i bolesti (kardiovaskularne bolesti, metaboličke sindrome, poremećaj sna, karcinom). - Sistemska biologija i modeliranje cirkadijalnog ritma.

S3 Priprema i dizajniranje početnica za genomske analize:

- Dizajniranje početnica i proba uz pomoć gotovih računalnih algoritama i programa (Primer 3, GenScript Real-time PCR (TaqMan) Primer Design, Beacon designer, http://pcrtiler.alaingervais.org/PCRTiler/)

S4 Analiza interakcija između proteina:

- Računalni alati i baze podataka za kreiranje i analizu mreže interakcija između proteina: STRING (http://string-db.org/), NetPath (http://www.netpath.org/), BioGrid (http://thebiogrid.org), Human Protein Interaction database (http://wilab.inha.ac.kr/hpid/)

S5 Translacijska sistemska biomedicina:

- Modeli u razumijevanju patogeneze bolesti - Identifikacija biomarkera sistemskim pristupom

S6 Poremećaji u adheziji stanica

- Ekstracelularni matriks - Proteoglikani i glikozaminoglikani

S7 Humani mikrobiom:

- Kompleksnost humanog mikrobioma - Sastav humanog mikrobioma - Metaproteomika

S8 Svojstva matičnih stanica raka (engl. cancer stem cells, CSS):

- Porijeklo matičnih stanica raka, receptori matičnih stanica raka, transkripcijska i proteinska regulacija rasta matičnih stanica raka

- Rezultati učinaka GMO hrane na organizam S9 Modeli i genske mreže

- Genske mreže u bolestima - Telomere - Stohastika u biološkim sustavima

S10 Računalno modeliranje svojstava bioaktivnih molekula

- Izbor skupa bioaktivnih molekula i definiranje problema - Izračun strukturnih parametara i analiza njihove značajnosti - Analiza raspodjela podataka - Izuzimanje nevažnih strukturnih parametara - Izbor najznačajnijih parametara za modeliranje - Izbor metode i analiza kvalitete modela

S11 Računalno modeliranje strukture i strukturnih svojstava proteina

- Definiranje problema i izbor skupa proteina

http://pcrtiler.alaingervais.org/PCRTiler/

http://string-db.org/

http://www.netpath.org/

http://thebiogrid.org/

http://wilab.inha.ac.kr/hpid/


Diplomski studij



8

- Izbor i izračun strukturnih atributa iz strukture proteina - Provjera razine slučajne korelacije - Izbor metode i provođenje modeliranja - Analiza kvalitete modela - Modeliranje lokalnih i globalnih svojstava proteina

S12 Analiza kvalitete i pouzdanosti bioinformatičkih

- Modeliranje uz različite veličine skupa podataka - Ovisnost modela o distribuciji podataka - Ovisnost modela o broju optimiranih parametara - Analiza značajnosti parametara u modelu - Postupci križne provjere i analiza stabilnosti modela - Analiza modela temeljenog na slučajnim parametrima - Provjera modela na vanjskom skupu podataka

S13 Utjecaj sastojaka hrane na zdravlje čovjeka:

Grupni rad: - Funkcionalna hrana - Kako sastojci hrane utječu na razvoj bolesti: rak, pretilost, krvožilne bolesti

S14 – Integrativna medicina

- Antioksidansi i oksidativni stres u bolestima - Mogućnosti novih adjuvantnih terapijskih pristupa


Diplomski studij



9

C. Vježbe V1 - Izolacija RNA i provjera kvalitete za mikročip analizu V2 - 2D elektroforeza i image analiza V3 - Tekućinska kromatografija V4 - Masena spektrometrija i analiza spektara (MALDI, LC/MS-MS) Korelativnost i korespondentnost predmeta: Program je korespondentan sa sličnim programima u području prirodnih, farmaceutskih znanosti i biomedicine referentnih sveučilišta i usklađen je s potrebama struke.


Diplomski studij



10

Sistemska biomedicina BUM 101 – Sadržaj Kolegija

PREDAVANJA

Vrsta TEMA Broj sati nastave

P1 Načela sistemske biomedicine 1

P2 Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini I 3

P3 Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini II 1

P4 Proteomske tehnologije I 2

P5 Proteomske tehnologije II 1

P6 Regulacija staničnih procesa 1

P7 Uloga malih molekula RNA u regulaciji transkripcije 1

P8 Stanične interakcije 1

P9 Matične stanice 2

Test 1

P10 Osnove modeliranja u bioinformatici 1

P11 Pregled algoritama za modeliranje u bioinformatici 1

P12 Provjera kvalitete i izbor bioinformatičkih modela 1

P13 Pregled najvažnijih modela i metoda u strukturnoj bioinformatici

1

Test 2

P14 Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova I 1

P15 Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova II 1

P16 Sistemska biomedicina i rak 1

P17 Nutrigenomika 1

P18 Molekularna nutricija 2

ZAVRŠNI ISPIT

S1 Princip rada i analize DNA mikročipa i demonstracija na uređaju

2

S2 Poremećaj cirkadijalnih ciklusa u bolestima 2

S3 Priprema i dizajniranje početnica za genomske analize

2

S4 Analiza interakcija između proteina 2

S5 Translacijska sistemska biomedicina 2

S6 Poremećaji u adheziji stanica 2

S7 Humani mikrobiom 1

S8 Svojstva matičnih stanica raka 1

S9 Modeli i genske mreže 2

S10 Računalno modeliranje strukture i strukturnih svojstava proteina

2

S11 Analiza kvalitete i pouzdanosti bioinformatičkih modela

2

S12 Računalno modeliranje svojstava bioaktivnih molekula

2

S13 Utjecaj sastojaka hrane na zdravlje čovjeka 1

S14 Integrativna medicina 3

V1 Izolacija RNA i analiza kvalitete za mikročip analizu

2

V2 2D elektroforeza i image analiza 4

V3 Tekućinska kromatografija 2


Diplomski studij



11

P-

predavanja;S-seminari; V -eksperimentalne vježbe

V4 Masena spektrometrija i analiza spektara (MALDI, LC/MS-MS)

3


Diplomski studij



12

Sadržaj predmeta po tematskim jedinicama: A. Predavanja: Načela sistemske biomedicine Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini I Genomske tehnologije u sistemskoj biomedicini II Proteomske tehnologije I Proteomske tehnologije II Regulacija staničnih procesa Uloga malih molekula RNA u regulaciji transkripcije Stanične interakcije Matične stanice Osnove modeliranja u bioinformatici Pregled algoritama za modeliranje u bioinformatici Provjera kvalitete i izbor bioinformatičkih modela Pregled najvažnijih modela i metoda u strukturnoj bioinformatici Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova I Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova II Sistemska biomedicina i rak Nutrigenomika Molekularna nutricija B. Seminari Princip rada i analize DNA mikročipa i demonstracija analize na uređaju Poremećaj cirkadijalnih ciklusa u bolestima Priprema i dizajniranje početnica za genomske analize Analiza interakcija između proteina Translacijska i sistemska biomedicina Poremećaji u adheziji stanica Humani mikrobiom Svojstva matičnih stanica raka (engl. cancer stem cells, CSS) Modeli i genske mreže Računalno modeliranje svojstava bioaktivnih molekula Računalno modeliranje strukture i strukturnih svojstava proteina Analiza kvalitete i pouzdanosti bioinformatičkih modela Utjecaj sastojaka hrane na zdravlje čovjeka Integrativna medicina C. Vježbe Izolacija RNA i provjera kvalitete za mikročip analizu Dvodimenzionalna gel-elektroforeza i analiza gelova (engl. image analysis) Tekućinska kromatografija Analiza spektara dobivenih masenim spektrometrom (MALDI, LC/MS-MS)


Diplomski studij



13

Pristup učenju i poučavanju u predmetu: Znanje Studenti trebaju dobiti osnovna znanja o sistemskoj biomedicini, shvatiti i kritički moći obrazložiti složenost bioloških procesa i ograničenja pojedinih eksperimentalnih matematičkih i bioinfomatičkih metoda u globalnim istraživanjima bioloških sustava. Također će studenti biti u stanju koristite osnovne dostupne bioinformatičke resurse na Internetu za analizu rezultata viskoprotočnih metodologija. Razumijevanje Studenti trebaju razumjeti složenost bioloških sustava i mehanizme/zakonitosti koji reguliraju životne procese na razini stanice. Moraju razumjeti princip odabira modela ili eksperimentalnih pristupa (osobito onih temeljenih na visokoprotočnim metodama analize) za analizu pojedinih procesa, biomarkera ili terapijskih meta u kontekstu medicinske problematike. Studenti će shvatiti što su nutrigenomika i molekulska nutricija te kako dobivena znanja pretočiti u laboratorijski rad. Vještine Studenti trebaju na temelju prethodno pripremljenih protokola biti sposobni rukovati aparaturom za provođenje eksperimenata, uočiti i registrirati promjene, izvesti mjerenja, interpretirati eksperimentalne podatke i procijeniti točnost eksperimentalnih rezultata uz objašnjenje njihovog značenja. Također, očekuje se kako će studenti do kraja izvođenja kolegija biti u mogućnosti sami odabrati teoretski model istraživanja sustava u svrhu pronalaska novih terapijskih meta. Sposobnost Tijekom vježbi i seminara studenti trebaju biti sposobni prevesti dobivene informacije u govorni, grafički i matematički oblik, jasno napisati koncept i teoriju izrađenog pokusa, izvijestiti o eksperimentalnim postupcima, rezultatima ili zadanoj problematici na sažet, točan i razumljiv način. Za to studenti trebaju koristiti stečena znanja iz kolegija. Stavovi Student treba razviti pozitivan stav prema eksperimentalnom radu i razumjeti važnost novih metodoloških proboja osobito u području istraživanja globalnih bioloških sustava. Trebaju razviti otvoreni ali kritički stav prema odabiru matematičkih i bioinfomatičkih modela za istraživanje bioloških sustava te problematici interpretacije rezultata bioloških sustava u kontekstu medicinske problematike, osobito rezultata viskoprotočnih metoda analize. Način izvođenja nastave Nastava je organizirana u obliku predavanja, seminara i vježbi povezanih tematskim cjelinama, prema rasporedu objavljenom na web-stranicama. Na predavanjima će se definirati i opisati osnovne postavke koje će se analizirati i razrađivati tijekom vježbi i seminara. Predviđeno vrijeme trajanja nastave je ukupno 3 i pol tjedana. Predavanja, seminari i vježbe su obvezni. O pohađanju nastave vodi se evidencija za svakog studenta. Svi oblici nastave započinju u točno naznačeno vrijeme navedeno u rasporedu, a zakašnjenje će se tretirati kao izostanak. Znanje će se kontinuirano provjeravati (kolokviji, seminari-prezentacije te kolokviji za svaku vježbu). Studenti su dužni sudjelovati u radu korištenjem informacijske tehnologije, uključujući aktivno pretraživanje i korištenje materijala dostupnih na Internetu, u svrhu razvijanja sposobnosti pretraživanja, analize dobivenih rezultata te kritičkog procjenjivanja njihove vrijednosti. U tu svrhu studenti bi trebali suvereno koristiti računalne programe Microsoft Word, Microsoft Excel i Microsoft Power Point, te se aktivno služiti barem jednim stranim jezikom (preporuka: engleski jezik zbog znanstvene literature). Na seminarima će studenti raspravljati i prezentirati određenu problematiku te učiti kritički i argumentirano raspravljati o pitanjima relevantnim za kolegij. Vježbe će se organizirati u manjim grupama što će omogućiti individualizirani pristup studentima, povećati interaktivnost grupe i osigurati razvijanje praktičnih vještina. Na vježbama studenti trebaju


Diplomski studij



14

nositi zaštitnu odjeću (bijela kuta, zaštitne rukavice), a sa sobom trebaju donijeti veliku bilježnicu koja će služiti kao laboratorijski dnevnik rada i kalkulator za rješavanje jednostavnih izračuna. Obveze studenata/studentica Studenti su dužni redovito pohađati nastavu, odraditi laboratorijske vježbe i proći kontinuiranu provjeru znanja. Vrednovanje obveza studenata/studentica Tijekom kolegija Sistemska biomedicina polaznici mogu pojedinačno prikupiti najviše 100 bodova prema tablici 1.

Redovito pohađanje nastave, u ukupnoj ocjeni kolegija, studentima doprinosi sa najviše 5 bodova (26 sati predavanja, 11 sati laboratorijskih vježbi, 26 sati seminara). Student može opravdano izostati sa 30% sati predavanja, isključivo zbog zdravstvenih razloga što opravdava liječničkom ispričnicom. Nema mogućnosti nadoknade izostanka sa nastave vježbi i predavanja. Ako student opravdano ili neopravdano izostane sa više od 30% nastave, ne može nastaviti praćenje kolegija, odnosno gubi mogućnost izlaska na završni ispit. Time je prikupio 0 ECTS bodova i ocijenjen ocjenom F.

Ocjenjivanje pohađanja nastave, bit će vrednovano prema sljedećem principu: % prisutnosti

Bodovi

90-100 5

80-89 4

70-79 3

Eksperimentalni rad (najviše 25 bodova) Za prolaz praktičnog dijela nastave u laboratoriju studenti moraju zadovoljiti osnovna znanja iz pripreme materijala za vježbe (ulazni kolokvij – 4 boda po vježbi) i provođenja pokusa odnosno izračunavanja rezultata (ukupno 9 bodova) što će bodovati asistenti tijekom vježbi. Studenti koji ne pokazuju dostatno znanje iz pojedinih praktičnih aktivnosti, neće ostvariti bodove. Izostanak sa eksperimentalnih vježbi neće se tolerirati, odnosno, neće biti mogućnosti nadoknade eksperimentalnih vježbi. Vođenje dnevnika rada je obavezno.

Seminarski rad (ukupno 20 bodova) ECTS bodove student stječe pripremom seminarskog rada na zadanu temu u obliku prezentacije. Seminarski rad predaje se u digitalnom (.ppt) obliku. Svaki seminar u obliku Power point prezentacije može vrijediti najviše 10 bodova. Seminar u .ppt formatu i doc. formatu boduje se pojedinačno na sljedeći način:

nedovoljan 0

dovoljan 7

dobar 8

vrlo dobar 9

izvrstan 10

Seminarski radovi u obliku Power Point prezentacije bit će usmeno prezentirani (studenti trebaju pripremiti prezentaciju u trajanju 10-15 minuta). Pismeni dio seminara ocijenit će se sa 0 bodova ukoliko se utvrdi da ne sadrži samostalno interpretiran i prepričan tekst već da donosi prijevod izvornika. Ukoliko student izostane sa seminara na kojem treba prezentirati svoj seminarski rad, dužan ga je prezentirati u nekom drugom terminu, prema dogovoru s voditeljem, ali to mora biti za vrijeme trajanja nastave.


Diplomski studij



15

Tijekom nastave provoditi će se kontinuirana provjera znanja provedene nastave (ukupno 2 kolokvija; T1 i T2). Studenti će moći kontinuiranom provjerom znanja prikupiti najviše 20 bodova (10 bodova po testu).

Testovi pridonosi najviše po 10 bodova i polažu se pismeno.

Kriterij bodovanja testova T1 i T2:

- (0 - 49%) 0 – 4 ne zadovoljava poznavanje ispitne materije (nedovoljan F i FX)

- (50 - 59%) 5 bodova – zadovoljava najniži kriterij poznavanja ispitne materije; (nedovoljan E),

- (60 - 69%) 6 bodova - ispodprosječno poznavanje ispitne materije; (dovoljan D)

- (70 - 79%) 7 bodova – prosječno poznavanje ispitne materije; (dobar C)

- (80 - 89%) 8 bodova – iznadprosječno poznavanje ispitne materije; (vrlo dobar B)

- (90 - 100%) 9 – 10 bodova – iznadprosječno poznavanje ispitne materije; (Izvrstan A)

Ukoliko student ne prikupi najmanje 40% bodova tijekom provođenja kontinuirane nastave, morati će ponovno upisati kolegij slijedeće akademske godine.

Studenti koji nisu zadovoljili prolaz na testovima T1 i T2 i imaju najmanje 40% točno riješenih zadataka imati će mogućnost popravka prije izlaska na završni ispit nakon obavljene ukupne nastave kolegija jednim popravnim testom. Ukoliko student ni tada ne sakupi dovoljno bodova za prolaz, omogućit će mu se još jedan popravni rok u dogovoru s voditeljem kolegija

Završni ispit pridonosi s najviše 30 bodova u ukupnoj ocjeni kolegija. Završni ispit polaže se pismeno. Niti jedan ostvareni bod na ispitu ocjenjuje se ocjenom FX.

Kriterij bodovanja završnog ispita:

- (0 - 49%) 0 – 14 bodova – ne zadovoljava poznavanje ispitne materije (nedovoljan FX i F)

- (50 - 59%) 15 – 17 bodova - odgovor koji zadovoljava najniži kriterij poznavanja ispitne materije; (nedovoljan E)

- (60 - 69%) 18 - 20 bodova – ispodprosječno poznavanje ispitne materije; (dovoljan D)

- (70 - 79%) 21 – 23 bodova – prosječno poznavanje ispitne materije; (dobar C)

- (80 - 89%) 24 – 26 bodova – iznadprosječno poznavanje ispitne materije sa malim pogreškama; (vrlo dobar B)

- (90 - 100%) 27 – 30 bodova – iznadprosječno poznavanje ispitne materije (izvrstan A)

Kriterij ocjenjivanja završnog ispita i ukupne ocjene kolegija sukladan je kriterijima diplomskog studija: A (5) – 90-100%, B (4) – 80-89,99%, C (3) – 70 – 79,99%, D (2) – 60 – 69,99%, E (2) – 50 – 59,99%, 0 – 49,99%F i FX – (1).


Diplomski studij



16

Ocjene u ECTS sustavu prevode se u brojčani sustav ocjenjivanja na sljedeći način:

ECTS

ocjena

Brojčana

ocjena

A izvrstan (5)

B vrlo dobar (4)

C dobar (3)

D dovoljan (2)

E nedovoljan (1)

Tablica 1. Potrebne aktivnosti i bodovanja kolegija BUM101 Sistemska biomedicina


Diplomski studij



17

Vrsta aktivnosti

Ishodi učenja Specifična aktivnost studenta

Metoda procjenjivanja

Bodovanje Maks.

Pohađanje nastave

5

Laboratorijski rad

sigurno i djelotvorno rukovati uzorcima,

provesti analizu prema protokolu,

prikazati rezultate analize,

analizirati rezultate

Izvođenje eksperimenata prema zadanom protokolu

prethodna pripremljenost za izvođenje vježbi (ulazni kolokvij)

samostalnost izvođenja,

točnost rezultata

završetak vježbe i predaja izvješća u zadanom vremenu

vođenje laboratorijskog dnevnika

25

Kontinuirana provjera znanja

objektivno mjerenje znanja provodi se zadacima i u obliku prezentacija (seminara)

2 testa, seminar, samostalna analiza rezultata dobivenih visokoprotočnim analizama 'online'

40 Svaki test sadrži maksimalno 10

bodova. Potrebno je

minimalno riješiti 40% testa ili

skupiti 4 boda po testu.

Završni ispit Pismeni ispit Završni ispit uključuje sadržaj predavanja, seminara i vježbi

30 30 bodova,

najviše do 30 pitanja ili zadataka.

Potrebno je minimalno riješiti

40% testa ili skupiti 12 bodova

po testu.

Ukupno 100

Trajanje pojedinačnog testa je 30 min, a završnog pismenog ispita 60 minuta.

Predavanja, seminari i vježbe se održavaju u Sveučilišnom kampusu ili alternativno prema rasporedu na web stranicama Odjela za biotehnologiju.

Pismeni radovi


Diplomski studij



18

UPUTE ZA PISANJE SEMINARSKOG RADA I TEORIJSKOG MODELA Seminarski rad predaje se u pisanom obliku, a piše se u obliku ESEJA prema niže navedenim

uputama.

NASLOV rada treba biti kratak i jasan, iz njega mora biti vidljiva problematika rada. Treba izbjegavati kratice i strane riječi ako postoje hrvatske istoznačnice. Imena vrsta pisati korektno kosim slovima (italic), a uz ime vrste navesti i ime autora koji je tu vrstu prvi odredio.

Format: A4 (210x297 mm).

Korice: ispisuje se naziv sveučilišta, fakulteta i odsjeka, ime i prezime studenta, smjer, naslov rada, vrsta rada (Seminarski rad), mjesto i godina.

SADRŽAJ je kazalo pojedinih naslova s navođenjem stranica. Preporučuje se decimalna numeracija poglavlja i odlomaka u poglavljima (npr. 1.1 1.2 …). Numeracija stranica započinje na stranici UVODA rada; numeriraju se sve stranice, tj. kako stranice s tekstom, tako i stranice sa slikama (grafikoni, sheme, fotografije) i tablicama, ukoliko već nisu uklopljeni u tekst.

UVOD ukratko navodi osnovne podatke o tematici seminarskog rada.

RAZRADA tematike (ili kod teorijskog modela metoda) seminarskog rada – sadrži sve potrebne informacije za razumijevanje tematike koje uključuju definicije, sheme, slike i grafikone potrebne za razradu tematike odnosno opis metoda i protokola kao i očekivanih rezultata za teorijski model.

ZAKLJUČAK – ukratko se navode osnovni zaključci izvedeni iz obrađene tematike.

LITERATURA – sadrži popis svih izvornika koji se spominju u radu. Svaki citat u tekstu mora biti zastupljen u popisu literature i obratno. Literaturni podaci navode se prema "Harwardskome" sustavu.

Akademska čestitost Nastavnik i studenti poštivati će Etički kodeks Sveučilišta u Rijeci, odnosno Etički kodeks za studente/studentice Sveučilišta u Rijeci. Kontaktiranje sa nastavnicima Nastavnik ([email protected] ) i asistenti su je svakodnevno dostupni putem elektronske pošte za sva pitanja koja se tiču nastave. Informiranje o predmetu Informiranje o predmetu studenti dobivaju putem sustava učenja na daljinu (e-learning). Očekivane opće kompetencije pri upisu studenata/studentica pri upisu predmeta S obzirom na položene ispite prethodnih studijskih godina, smatra se kako studenti mogu pratiti nastavu predmeta Sistemska biomedicina. E-learning ili sustav za udaljeno učenje MudRi se temelji na programskome sustavu otvorenoga kôda Moodle (http://moodle.org). Prednost je sustava za e-učenje i mogućnost olakšane komunikacije sa studentima i među studentima. Alati za komunikaciju koji će se koristiti su forum, chat i e-pošta, kao i poruke unutar samoga sustava. Sustavu MudRi pristupa se na sljedećoj adresi:http://mudri.uniri.hr/ Za prijavu je potreban elektronički identitet iz sustava AAI@EduHr. UPUTE STUDENTIMA


http://mudri.uniri.hr/


Diplomski studij



19

Studentima se na početku predavanja daje lozinka kolegija. Kada se studenti budu "spojili" na sustav trebaju pronaći kolegij i kliknuti na njega. Sustav će ih tražiti lozinku za upis na kolegij (lozinku koju je postavio nastavnik i koju su studenti dobili na predavanju) Nakon toga nastavnik će vidjeti popis studenata na kolegiju. Ukoliko se studenti nisu nikada spajali na MudRi, njihovi podaci nisu zabilježeni u sustavu te ih nije moguće vidjeti sve dok se ne prijave u sustav.


Diplomski studij



20

Prilog. Tjedni raspored po predavaonicama BIOTEHNOLOGIJA I ISTRAŽIVANJE LIJEKOVA Tjedan 1 – 14.5. – 18.5.2018.

Vrijeme Ponedjeljak 14.5

Vrijeme Utorak 15.5

Vrijeme Srijeda 16.5.

Vrijeme Četvrtak 17.5.

Vrijeme Petak 18.5.

9:00 – 12:30

P1 P2 P2 P2 P3

9:00 – 11:30

P4 P4 P5

9:00 – 10:45

P6 9:00 – 11:00

P8 P9

9:00 – 12:00

S1 S1 S2 S2

P7

11:00 – 12:30

V1 – 1. grupa

V1 – 1. grupa

12:45 – 14:15

V1 – 2. grupa

V1 – 2. grupa

Predavanja i seminari održat će se u prostoriji O-269 (II kat). Vježbe će se održati u Laboratoriju za sistemsku biomedicinu i genomiku, II kat Odjela za biotehnologiju.


Diplomski studij



21

Tjedan 2 – 21.5-25.5.2018.

Vrijeme Ponedjeljak 21.5.

Vrijeme Utorak 22.5.


Četvrtak 24.5.

Vrijeme Petak 25.5.

9:00 – 10:00

T1

9:00 – 11:15

S5, S6

9:00 – 10:30

P10 P11

9:00 – 10:30

P12 P13

9:00 – 13:00

P14 P15 P16 P17

10:45 – 11:30

S12

10:15 - 13:15

S3 S3 S4

11:30 – 13:45

S7, S8, S9

10:30 – 12:00

S10, S11

Predavanja i seminari u ponedjeljak održat će se u prostoriji O-269 (II kat). Nastava će se 23. i 24.5. održati u učionici O-363 za bioinformatiku na 3. katu i u predavaonici O-269 na 2. katu. Ispit T1 će se održati u prostoriji O-269.


Diplomski studij



22

Tjedan 3 – 29.5.- 2.6.2017.


Vrijeme Utorak 29.5.


Četvrtak 31.5.

9:00 – 10:30

V2 – demonstracija,

grupa 1

9:00 – 10:30

V2 – 1.grupa

9:00 – 10:30

V3 –

2.grupa

Tijelovo - praznik

V2 – demonstracija,

grupa 2

V2 – 1.grupa

10:45 – 12:15

P18 P18

V3 – 2.grupa

10:45 – 12:15

V2 – 2.grupa

10:45 – 12:15

V3 –

1.grupa

12:30 – 14:00

S13 S14

V2 – 2.grupa

V3 – 1.grupa

12:30- 13:30

T2

Nastava će se odvijati u predavaonici O-269 (II kat). Ispit T2 će se održati u prostoriji O-269. Vježbe V2 i V3 će se održati u Laboratoriju za sistemsku biomedicinu i genomiku, II kat Odjela za biotehnologiju.


Diplomski studij



23

Tjedan 4 – 4.6. – 5.6.2018.


Vrijeme Utorak 5.6.

9:00 - 11:00

V4 – 1. grupa 9:00 -10:00

Popravak T1 i T2

V4 – 1.grupa

13:00 – 15:00

V4 – 2.grupa

12:30-14:00

Završni pismeni ispit 1. rok

V4 – 2.grupa

Popravak T1 i T2 i ispit će se održati u prostoriji O-269. Vježbe V4 će se održati u Laboratoriju za visokopropusne metode, II kat Odjela za biotehnologiju. 1.Ispitni rok – PISMENI ISPIT – utorak 5.6.2018. 2.ispitni rok – PISMENI ISPIT – 2 tjedna nakon prvog roka u dogovoru sa studentima Legenda: P – predavanja S – seminari V – eksperimentalne laboratorijske vježbe Laboratorijske vježbe se održavaju u 2 grupe prema rasporedu kojeg će nastavnik predati studentima na prvom predavanju.

Documents

Detaljni izvedbeni plan za akademsku godinu 2017/2018 ... 2017/BUM_101_Syllabus... · P14 Imunološko modeliranje u razvoju novih lijekova I 1 P15 Imunološko modeliranje u razvoju