xii

DAFTAR ISI

Halaman

SAMPUL DALAM ..................................................................................... i

PRASYARAT GELAR ............................................................................... ii

LEMBAR PERSETUJUAN........................................................................ iii

PENETAPAN PANITIA PENGUJI .......................................................... iv

PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME ................................................ v

UCAPAN TERIMA KASIH ....................................................................... vi

ABSTRAK .................................................................................................. x

ABSTRACT ................................................................................................ xi

DAFTAR ISI ............................................................................................... xii

DAFTAR TABEL ....................................................................................... xv

DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xvi

DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH ................. xviii

DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xxii

BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1

1.1 Latar Belakang ..................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah ................................................................................ 5

1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................. 5

xiii

1.4 Manfaat Penelitian ............................................................................... 7

BAB II KAJIAN PUSTAKA ..................................................................... 8

2.1 Flavivirus .............................................................................................. 8

2.1.1 Struktur Flavivirus ............................................................................. 9

2.1.2 Siklus HidupFlavivirus ...................................................................... 12

2.1.3 Klasifikasiflavivirus ........................................................................... 14

2.1.4 Penularan ISF ..................................................................................... 22

2.1.5 Superinfeksi virus pada nyamuk ........................................................ 23

2.1.6 Analisis Filogenetik ........................................................................... 24

2.1.7 Mutasi ................................................................................................. 30

2.2 Nyamuk Culexspp. ................................................................................ 31

2.2.1 Morfologi dan bionomik .................................................................... 31

2.2.2 Siklus penularan antara nyamuk, flavivirus, danvertebrata ............... 45

2.2.3 Patogenesis virus di dalam tubuh nyamuk ......................................... 46

2.2.4 Nyamuk Culex sebagai vektor flavivirus ........................................... 49

2.2.5 Propagasi dan identifikasi flavivirus dari nyamuk ............................. 50

2.2.5.1 Propagasi Virus ............................................................................... 51

2.2.5.2 Cytopathic effect.............................................................................. 55

2.2.5.3 Identifikasi Virus ............................................................................. 60

BAB III KERANGKA BERPIKIR, KONSEP DAN HIPOTESIS

PENELITIAN ............................................................................................. 61

xiv

3.1 Kerangka Berpikir ................................................................................. 61

3.2 Kerangka Konsep …………………………………………………….. 63

BAB IV METODE PENELITIAN ............................................................. 64

4.1 Rancangan Penelitian ............................................................................ 64

4.2 Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................................ 65

4.2.1 Lokasi penelitian ……………………………………………………. 65

4.2.2 Waktu penelitian …………………………………………………….. 66

4.3 Penentuan Sumber Data ........................................................................ 66

4.4 Definisi Operasional Variabel Penelitian ............................................. 66

4.5 Bahan penelitian .................................................................................... 68

4.6 Instrumen Penelitian.............................................................................. 69

4.7 Prosedur Penelitian ............................................................................... 69

4.8 Analisis data .......................................................................................... 80

BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................... 81

5.1 Koleksi Nyamuk ................................................................................... 81

5.2 Karakteristik CPE.................................................................................. 83

5.3 Jenis Strain Flavivirus ........................................................................... 91

5.4 Jarak Genetik ......................................................................................... 95

5.5 Pohon filogenetik .................................................................................. 99

5.6 Mutasi .................................................................................................... 104

5.7 Novelty .................................................................................................. 107

xv

BAB VI SIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 108

6.1 Simpulan ............................................................................................... 108

6.2 Saran ...................................................................................................... 109

Daftar Pustaka ............................................................................................. 110

Lampiran ..................................................................................................... 119

xvi

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1 Distribusi Culexspp. yang sering ditemui di Asia Tenggara .............. 33

Tabel 5.1 Lokasi penangkapan nyamuk dan jumlah nyamuk Culex .................. 81

Tabel 5.2 Jumlah nyamuk Culex betina yang ditangkap .................................... 82

Tabel 5.3 Proporsi RT-PCR positif .................................................................... 93

Tabel 5.4 Susunan nukleotida sebelas isolat flavivirus ...................................... 94

Tabel 5.5 Jarak genetik susunan nukleotida sebelas isolat MFB........................ 96

Tabel 5.6 Daftar strain virus ISF yang homolog ................................................ 97

Tabel 5.7 Jarak Genetik dan persentase identity ................................................ 98

Tabel 5.8 Perubahan (variasi) nukleotidapada gen parsial NS5 flavivirus ......... 105

xvii

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Klasifikasi Arbovirus .................................................................. 8

Gambar 2.2 Struktur dan organisasi flavivirus................................................ 10

Gambar 2.3 Siklus Hidup Flavivirus .............................................................. 14

Gambar 2.4 Pohon filogenetik Flavivirus yang masuk ke dalam MBFV ....... 16

Gambar 2.5 Peningkatan jumlah penemuan ISF pada rentang tahun

1975-2015 ................................................................................... 19

Gambar 2.6 Pohon filogenetik flavivirus ........................................................ 21

Gambar 2.7 Komponen pohon filogentik ....................................................... 26

Gambar 2.8 Morfologi khas nyamuk genus Culex dewasa ............................. 32

Gambar 2.9 Morfologi nyamuk dewasa Cx. fuscocephala Theobald ............. 34

Gambar 2.10 Morfologi nyamuk dewasa Cx. quinquefasciatus ....................... 36

Gambar 2.11 Morfologi nyamuk dewasa Cx. gelidus ....................................... 38

Gambar 2.12 Morfologi nyamuk dewasa Cx. sitiens ........................................ 40

Gambar 2.13 Morfologi nyamuk dewasa Cx. tritaeniorhynchus ...................... 42

Gambar 2.14 Morfologi nyamuk dewasa Cx.bitaeniorhynchus ........................ 43

Gambar 2.15 Morfologi nyamuk dewasa Cx. vishnui ....................................... 44

Gambar 2.16 Siklus penularan antara vertebrata dan vektor arthropod ............ 46

Gambar 2.17 Perjalanan pathogen pada tubuh nyamuk .................................... 48

xviii

Gambar 2.18 Cell line C6/36 ............................................................................ 57

Gambar 2.19 Penampakan degenerasi fokal ..................................................... 57

Gambar 2.20 Fase kontras micrographs sel C6/36 terinfeksi CxFV ................ 57

Gambar 2.21 Vakuolisasi (foamy degeneration) .............................................. 58

Gambar 2.22 Penampakan sel C6/36 terinfeksi CxFV ..................................... 59

Gambar 2.23 Nuclear inclusion body ............................................................... 60

Gambar 3.1 Kerangka konsep penelitian ........................................................ 63

Gambar 4.1 Skema rancangan penelitian ........................................................ 64

Gambar 4.2 Alur Penelitian ............................................................................ 79

Gambar 5.1 Penampakan CPE pada pool9 dan 10.......................................... 84

Gambar 5.2 Penampakan CPE pada pool 30, 66, 70, dan 85.......................... 86

Gambar 5.3 Penampakan syncytium pada pool 85 .......................................... 87

Gambar 5.4 Pool 5,24,73,79, dan 90 .............................................................. 89

Gambar 5.5 Hasil Elektroforesis ..................................................................... 92

Gambar 5.6 Pohon filogenetik ....................................................................... 99

xix

DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH

A : Adenine

An : Anopheles

ArboVirus : Arthropod borne Virus

BHK-21 : Baby Hamster Kidney 21

BLAST : Basic Local Alignment Search Tool

C : capsid

C : Cytosine

CFAV : Cell Fusing Agent Virus

cISF : classical Insect Specific flavivirus

CO2 : carbon dioxide

CPE : Cytopathic effect

CTFV : Culex theileri flavivirus

Cx : Culex

CxFV : Culex flavivirus

DBD : Demam Berdarah Dengue

DDBJ : DNA Data Bank of Japan

DENV : Dengue

xx

Depkes RI : Departemen Kesehatan Republik Indonesia

dISF : dual Insect Specific Flavivirus

Dit.Jen.PP dan PL: Direktorat Jenderal Pengendalaian Penyakit dan Penyehatan

Lingkungan

DMEM : Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium

DMSO : Dimethyl sulfoxide

DNA : Deoxy Ribonucleic Acid

E : envelope

ELISA : enzyme-linked immunosorbent assays

EMBL : European Molecular Biology Laboratory

ER : endoplasmic reticulum

EST : expressed sequence tag

FBS : Fetal Bovine Serum

G : Guanine

HEP-2 : Human Epithelioma 2

IFA : indirect immunofluorescence assay

Ig M : Imunoglobulin M

ISF : Insect Specific Flavivirus

JE : Japanese encephalitis

JEV : Japanese encephalitis virus

kb : Kilo Base

M : membrane

MBFV : Mosquito-borne flavivirus

xxi

MEB : midgut escape barrier

MEGA : Molecular Evolutionary Genetics Analysis.

MEM : Minimum Essential Medium

MFB : Mosquito flavivirus Bali

MIB : Midgut infection barrier

mm : milimeter

MoAb : monoclonal antibodies

NCBI : National Center for Biotechnology Information

NKV : no known vektor Virus

nm : Nano meter

NS : Non Structural

oC : derajat Celcius

ORF : Open Reading Frame

OUT : operational taxonomic unit

PCR : Polymerase Chain Reaction

prM : Pre-membrane

RdRP : RNA-dependent RNA polymerase

RNA : ribonucleic acid

RNAi : ribonucleic acid interferance

RPMI1640 : Roswell Park Memorial Institute 1640

RT-PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction

SEB : saliva escape barrier

SIB : saliva infection barrier

xxii

spp. : species

TBE : Tick Borne Encephalitis

TBFV : Tick-borne Flavivirus

U : Uracyl

UNICEF : United Nations Children's Fund

UPGMA : Unweighted pair-group method using arithmetic mean

WHO : World Health Organization

xxiii

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Survei nyamuk dan perangkap nyamuk yang digunakan ............ 116

Lampiran 2 Identifikasi nyamuk, homogenisasi, dan inokulasi ..................... 117

Lampiran 3 Media dan bahan kultur ............................................................... 118

Lampiran 4 Ruang BSL2 tempat ekstraksi RNA ........................................... 119

Lampiran 5 Ruang BSL 2 untuk PCR berlangsung ........................................ 120

Lampiran 6 Sekuen nukleotida terdaftar pada GenBank ................................ 121

x

ABSTRAK

Penelitian mengenai virus Insect-specific flavivirus (ISF) telah dilakukan

secara ekstensif, karena heterogenitas struktur genomik virus, hospes, dan

potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen. Virus ISF

adalah flavivirus yang bereplikasi pada sel nyamuk. Daerah tropis seperti Bali

merupakan habitat alami berbagai genus nyamuk termasuk Culex yang merupakan

vektor kompeten dari berbagai strain flavivirus, namun demikian informasi

mengenai ISF di Indonesia saat ini masih sangat terbatas. Penelitian bertujuan

untuk mengisolasi dan mengidentifikasi flavivirus dari nyamuk genus

Culexsehingga dapat dianalisis jenis strain flavivirus, vektor, jarak genetik, dan

kejadian mutasi.

Penelitian ini dilakukan di lima kabupaten di Bali dari tahun 2015-2016

dengan metode deskriptif eksploratif.Flavivirus pada nyamuk yang ditangkap

dengan light trap dipropagasi pada sel C6/36 dan BHK. Amplifikasi gen parsial

NS5 flavivirus dengan one step RT-PCR dan dilakukan analisis sekuensing.

Sebanyak 11 pool dari total 170 pool nyamuk berhasil diisolasi dari

spesies Cx. tritaeniorhynchus (7/80 pool), Cx. quinquefasciatus (2/36 pool), dan

Cx. fuscocephala (2/24 pool) menunjukkan terjadinya cytopathic effect (CPE)

pada sel C6/36. Karakter CPE pada sel C6/36 berupa pembesaran sel, agregasi,

dan syncytiayang dimulai pada hari ke-enam pada passage yang pertama. Tidak

ditemukan CPE pada sel baby hamster kidney (BHK). Hasil sekuensing kesebelas

isolat flavivirus dari nyamuk Culexdi Bali didaftarkan pada GenBank dengan

namamosquito flavivirusBali dengan panjang sekuen berkisar dari 190 - 238

nukleotida. Hasil BLAST sekuen nukleotida gen parsial NS5 mosquito

flavivirusBali menunjukkan persentase identities 95-97% dengan strain Culex

theileri flavivirus (CTFV) yang diberi namavirus Wang Thong dari Thailand.

Pada pohon filogenetik menunjukkan bahwa mosquito flavivirusBali berada satu

klade dengan virus Wang Thong dari Thailand dengan jarak genetik 0.06 serta

berada pada satu kluster dengan Mediterranean Culexflavivirus-Spanyol,

mosquito flavivirus-Turki, dan CTFV-Portugal, dengan jarak genetik sebesar 0,10;

0,10; dan 0,11. Jenis mutasi yang terdeteksi pada strain mosquito flavivirusBali

yaitu 13 silent mutation dan 1 missense mutation.

Mosquito flavivirusBali merupakan strain CTFV pertama yang diisolasi di

Indonesia dan diisolasi pertama kalinya pada spesies nyamuk Cx.

tritaeniorhynchus dan Cx. quinquefasciatus. Penelitian lebih lanjut diperlukan

untuk menganalisis keseluruhan genom dari mosquito flavivirusBali, keragaman

vektor, efek mutasi, maupun pengaruhnya terhadap replikasi flavivirus patogen

lainnya di Bali.

xi

Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.

tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali

ABSTRACT

Insect-specific flaviviruses (ISFs) have been studied extensively around

the world because of their heterogeneity genomic structure, host range, and

potential role to modulate the transmission of other pathogenic flaviviruses. The

ISF refers to flavivirus that replicates in mosquito cells. Tropical areas such as

Bali are the natural habitats of various genera of mosquitoes including Culex

mosquito which is a competent vector of various flavivirus strains. Currently,

information about ISF in Indonesia is still very limited.The study aimed to isolate

and identify flavivirus from Culexmosquito, analyzed flavivirus strain, vector,

genetic distance, and mutation.

This research was conducted in five districts in Bali from 2015-2016 with

explorative descriptive method. Mosquitoes were captured by light trap and

propagated on C6/36 and BHK cells. Amplification of partial gene of

NS5flavivirus were conducted with one step RT-PCR, and performed nucleotide

sequencing.

A total of eleven of the 175 pools that were isolated from the Cx.

tritaeniorhynchus (7/80 pools), Cx. quinquefasciatus (2/36 pools), andCx.

fuscocephala (2/24 pools) demonstrated CPE on C6/36 cells, characterized by

swelling cell, aggregation, and syncytia formation starting on the sixth day of the

first passage. No CPE was observed on BHK-21 cells. All isolates were registered

in GenBank under the name Mosquito flavivirusBaliwith sequence lengths

ranging from 190 to 238 nucleotides.The result of BLAST nucleotide sequence of

partial gene NS5 mosquito flavivirus Bali showed percentage of identities 95-97%

with strain of Culextheileriflavivirus (CTFV) which was named Wang Thong

virus from Thailand with genetic distance 0.06. In phylogenetic trees showed that

mosquito flavivirus Bali is one clade with Wang Thong virus from Thailand and a

cluster with Mediterranean Culexflavivirus-Spain, mosquito flavivirus-Turkey and

CTFV-Portugal, with genetic distance of 0.10; 0.10; and 0.11 respectively. The

types of mutations detected in the mosquito flavivirus strain of Bali werethirteen

silent mutation and one missense mutation.

This represents the first CTFV isolated in Indonesia and for the first time

isolated fromCx. tritaeniorrhynchus and Cx. quinquefasciatus. Further

investigation of mosquito flavivirus Bali complete genome, vector diversity, effect

on mutation, and the effect on the replication of mosquito flaviviruses to other

pathogenic flaviviruses in Bali.

Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.

tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali

1

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Masalah

Nyamuk adalah serangga penghisap darah yang merupakan vektor

kompeten berbagai jenis flavivirus. Insect specific flavivirus (ISF) adalah

kelompokflavivirus yang spesifik bereplikasi hanya di dalam tubuh nyamuk yang

dapat diturunkan ke beberapa generasi berikutnya. Flavivirus ini merupakan virus

RNA yang berasal dari famili Flaviviridae. Heterogenitas struktur genomik

flavivirus yang tinggi, variasi spesies nyamuk sebagai hospes yang beragam, serta

potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen menyebabkan

penelitian mengenai flavivirus pada nyamukselama dua dasa warsa di seluruh

dunia mengalami peningkatan yang sangat pesat.

Genus flavivirus adalah virus RNA yang yang terdiri dari 70 spesies

flavivirus. Secara filogenetik flavivirus dibagi menjadi 4 kelompok besar yaitu 1)

mosquito-borne flavivirus(MBFV); 2) tick-borne flavivirus(TBFV); 3) no known

vektor virus (NKV); dan 4) insect specific flavivirus(ISF) (Gaunt et al., 2001;

Huang et al., 2014; Huhtamo et al., 2014). Di antara empat kelompok tersebut

terdapat dua kelompok flavivirus yaitu MBFV dan ISF yang memerlukan nyamuk

sebagai tempat replikasinya. Flavivirus yang masuk ke dalam kelompok MBFV

adalah kelompok flavivirus yang dapat bereplikasi pada sel nyamuk dan sel

1

2

vertebrata (manusia, hewan mamalia, dan burung). Contoh flavivirus yang

termasuk MBFV adalah virus Japanese encephalitis (JE), West Nile,

Dengue(DEN), Yellow Fever, dan Zika. Sedangkan flavivirus yang masuk ke

dalam ISF adalah flavivirus yang hanya dapat bereplikasi spesifik pada sel

nyamuk saja. (Bolling et al., 2015).

Dalam sepuluh tahun terakhir ini terjadi peningkatan jumlah penelitian

tentang ISF sehingga banyak ditemukan spesies ISF baru dari berbagai jenis

nyamuk. Sampai saat ini sudah ditemukan 21 jenis virus ISF yaitu Cell Fusing

Agent Virus, Kamiti River Virus, Culexflavivirus (CxFV), Culex theileri flavivirus

(CTFV), Aedes galloisi flavivirus, Aedes flavivirus, Chaoyang virus, Calbertado

virus, Nounané virus, Nakiwogo virus, Nienokoue virus, Palm Creek virus, Quang

Binh virus, Hanko virus, Barkedji virus, Donggang virus, Ilomantsi virus,

Marisma mosquito virus, Nanay virus, Nhumirim virus dan Lammi virus(Blitvich

and Firth, 2015).

Beberapa penelitian mengenai ISFdan MBFV yang diinfeksikan secara in

vitroke dalam nyamuk telah banyak dilakukan. Hasil penelitian tersebut

menunjukan bahwa infeksi ISF bersama dengan MBFV pada seekor nyamuk

(superinfection) ternyata dapat menurunkan replikasi virus MBFV yang

merupakan flavivirus bersifat patogen bagi manusia. Akibatnya kompetensi

nyamuk sebagai vektor pun menurun. Seperti misalnya penelitian di Australia

yang meneliti replikasi virus MBFV yaitu virus West Niledan Murray Valey

Encephalitis pada nyamuk yang juga diinfeksi sebelumnya oleh virus ISF yang

diberi nama virus Palm Creek. Hasilnya ternyata replikasi virus West Nile dan

3

Murray Valey Encephalitis menurun secara signifikan(Hobson et al., 2013). Hal

serupa juga terjadi pada penelitian di Chicago yaitu terjadi penurunan titer virus

West Nile yang signifikan pada sel nyamuk C6/36 yang juga terinfeksi ISF

strainCxFV. Adanya penurunan replikasi MBFV pada sel nyamuk yang juga

terinfeksi ISF mengindikasikan bahwa ISF berpotensi digunakan dalam usaha

pengendalian nyamuksecara biologik sehingga dapat menurunkan kasus penyakit

akibat flavivirus(Blitvich and Firth, 2015; Bolling et al., 2015).

Nyamuk genus Culexadalah salah satu vektor yang kompeten dalam

penularan flavivirus. Berbagai spesies Culexmerupakan vektor penting beberapa

penyakit seperti Cx.annulirostrisyangmerupakan vektor Murray Valey

Encephalitis; Cx. tritaeniorhynchus, Cx. fuscocephala, Cx. quinquefasciatus, Cx.

pipiens, Cx gelidus, Cx. vishnui, Cx. bitaeniorchynchus merupakan vektorvirusJE;

Cx. tarsalis merupakan vektor Saint Louis Encephalitis; dan Cx. univittatus

merupakan vektor virus West Nile (Reuben et al. 1994; Gaunt et al., 2001;

Huhtamo et al., 2014).

Nyamuk Culexspp. tersebut sangat mudah ditemukan di daerah tropis

seperti Bali. Bali masih endemis dengan penyakit yang ditularkan melalui

perantara nyamuk Culex spp. sebagai vektornya seperti penyakit JE. Selain karena

vektornya mudah ditemui juga karena disebabkan oleh adanya banyak amplifier

host JE di Bali seperti babi dan burung air (heron, wadding bird). Penyakit JE

pada anak di Bali dilaporkan tertinggi di Indonesia pada tahun 2006, begitu

pulaserologis virus JE pada babi yangberkisar 32%-100% (Kari et al., 2006;Adi et

al., 2016;Damayanti et al., 2017). Ini menggambarkan nyamuk Culex di Bali aktif

4

berperan dalam penularan flavivirus JE yang merupakan virus MBFV. Bukti

adanya sirkulasi aktif flavivirus MBFV di Bali tidak diikuti dengan adanya bukti

ISF yang bersirkulasi pada nyamuk Culex di Bali, sehingga diperlukan penelitian

mengenai ISF pada nyamuk Culex di Bali.

Identifikasi flavivirus pada nyamuk dilakukan dalam berbagai tahapan.

Pada tahap awal dilakukan propagasi virus pada cell line(kultur) yang bertujuan

untuk memperbanyak atau mengamplifikasi virus sehingga memudahkan isolasi

danidentifikasi. Cell line yang sering digunakan untuk propagasi flavivirusadalah

sel C6/36 yang berasal dari larva nyamuk Aedes albopictus. Jika terjadi replikasi

virus maka akan tampak perubahan morfologi sel atau cytopathic effect (CPE)

pada sel C6/36. Propagasi juga dapat dilakukan pada sel baby hamster kidney

(BHK)untukmembuktikan virustersebut dapat hidup juga pada sel mamalia.

Mengetahui kemampuan flavivirus dapat bereplikasi pada selnyamuk atau

mamalia akan menentukan nantinya pengelompokkan jenis flavivirus apakah

termasuk ke dalam MBFV yang dapat ditularkan ke manusia maupun vertebrata

lain atau ISF yang hanya spesifik pada serangga (Albrecht et al., 1996;Walker et

al., 2014).

Variasi genetik setiap spesies flavivirus sangat luas dan beragam

tergantung dari susunan nukleotida yang menyusunnya. Susunan nukleotida dapat

dianalisis secara filogenetik sehingga jarak genetik (genetic distance),

penyusunan pohon filogenetik, dan mutasidapat diestimasi. Monitoring efek

mutasi flavivirus terhadap virulensi virus juga harus dilakukan agar mekanisme

penularan dapat dievaluasi (Kuno et al., 1998).

5

Di Bali belum pernah ada publikasi mengenai strainflavivirus pada

nyamuk Culex di Bali, sehingga karakteristik, variasi genetik, dan filogenetik

flavivirus di Bali belum diketahui. Studi isolasi flaviviruspada nyamuk natinya

akan bermanfaatdalam berbagai penelitian mengenai flavivirus dan vektor di masa

mendatang seperti studi mengenai data vektor di Bali, penemuan spesies flavivirus

baru, potensi ISF dalam menghambat replikasi flavivirus MBFV, efek mutasi,

teknik diagnosis yang baru, dan studi vaksin. Temuan mengenaiflavivirus dan

nyamuk Culexsebagai vektornyajuga berperan untuk memahami siklus penularan

sehingga dapat dilakukan usaha pengendalian nyamuk Culexspp. dalam rangka

menurunkan berbagai kasus flavivirus di Bali.

1.2 Rumusan Masalah

1. Spesies nyamuk Culexapa sajakah yang mengandung flavivirusdi Bali?

2. Bagaimanakah karakteristik cytopathic effect (CPE) dari isolat flavivirus yang

berasal dari nyamuk Culexspp. Bali?

3. Apakah jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk Culexspp.

Bali?

4. Bagaimanakah jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5 flavivirus asal

nyamuk Culexspp. Bali dibandingkan strain flavivirus lain yang homolog?

5. Bagaimanakahpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk

Culexspp. Bali?

6. Apakah terjadi mutasi pada sekuen sekuen nukleotida gen parsial NS5 asam

amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali?

6

1.3 Tujuan penelitian

Tujuan Umum:

Untuk memahami keragaman nyamuk genus Culexsebagai vektor flavivirusdan

karakteristik molekuler isolat flavivirus dari nyamuk Culex spp. di Bali

Tujuan Khusus:

1. Untuk menganalisis spesies nyamuk Culex yang mengandung flavivirus di

Bali.

2. Untuk memahami karakteristik CPE dari isolat flavivirus yang berasal dari

nyamuk Culexspp. di Bali.

3. Untuk menganlisis jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk

Culexspp. di Bali.

4. Untuk mengestimasi jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5

flavivirus asal nyamuk Culexspp.Bali dibandingkan strainflavivirus lain yang

homolog.

5. Untuk menyusunpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culex

spp.asal Bali.

6. Untuk membuktikan adanya mutasi pada sekuen nukleotida gen parsial NS5

asam amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali.

7

1.4 Manfaat Penelitian

1.4.1 Manfaat akademis

Secara akademis penelitian bermanfaat sebagai pengembangan pembelajaran dan

referensi untuk penelitian dalam bidang entomologi dan virologi, kususnya

flavivirus yang ditularkan oleh nyamuk Culex spp. di Bali.

1.4.2 Manfaat praktis

Secara praktis penelitian ini memberikan manfaat seperti uraian berikut:

a. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menggugah kewaspadaan bagi semua

pihak bahwa nyamuk Culexspp. merupakan vektor dari flavivirus.

b. Hasil penelitian ini dapat memberi sumbangan dalam usaha pengendalian

nyamuk vektor flavivirus oleh pemerintah melalui dinas terkait.