Upload
others
View
7
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
xii
DAFTAR ISI
Halaman
SAMPUL DALAM ..................................................................................... i
PRASYARAT GELAR ............................................................................... ii
LEMBAR PERSETUJUAN........................................................................ iii
PENETAPAN PANITIA PENGUJI .......................................................... iv
PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME ................................................ v
UCAPAN TERIMA KASIH ....................................................................... vi
ABSTRAK .................................................................................................. x
ABSTRACT ................................................................................................ xi
DAFTAR ISI ............................................................................................... xii
DAFTAR TABEL ....................................................................................... xv
DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xvi
DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH ................. xviii
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xxii
BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1
1.1 Latar Belakang ..................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ................................................................................ 5
1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................. 5
xiii
1.4 Manfaat Penelitian ............................................................................... 7
BAB II KAJIAN PUSTAKA ..................................................................... 8
2.1 Flavivirus .............................................................................................. 8
2.1.1 Struktur Flavivirus ............................................................................. 9
2.1.2 Siklus HidupFlavivirus ...................................................................... 12
2.1.3 Klasifikasiflavivirus ........................................................................... 14
2.1.4 Penularan ISF ..................................................................................... 22
2.1.5 Superinfeksi virus pada nyamuk ........................................................ 23
2.1.6 Analisis Filogenetik ........................................................................... 24
2.1.7 Mutasi ................................................................................................. 30
2.2 Nyamuk Culexspp. ................................................................................ 31
2.2.1 Morfologi dan bionomik .................................................................... 31
2.2.2 Siklus penularan antara nyamuk, flavivirus, danvertebrata ............... 45
2.2.3 Patogenesis virus di dalam tubuh nyamuk ......................................... 46
2.2.4 Nyamuk Culex sebagai vektor flavivirus ........................................... 49
2.2.5 Propagasi dan identifikasi flavivirus dari nyamuk ............................. 50
2.2.5.1 Propagasi Virus ............................................................................... 51
2.2.5.2 Cytopathic effect.............................................................................. 55
2.2.5.3 Identifikasi Virus ............................................................................. 60
BAB III KERANGKA BERPIKIR, KONSEP DAN HIPOTESIS
PENELITIAN ............................................................................................. 61
xiv
3.1 Kerangka Berpikir ................................................................................. 61
3.2 Kerangka Konsep …………………………………………………….. 63
BAB IV METODE PENELITIAN ............................................................. 64
4.1 Rancangan Penelitian ............................................................................ 64
4.2 Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................................ 65
4.2.1 Lokasi penelitian ……………………………………………………. 65
4.2.2 Waktu penelitian …………………………………………………….. 66
4.3 Penentuan Sumber Data ........................................................................ 66
4.4 Definisi Operasional Variabel Penelitian ............................................. 66
4.5 Bahan penelitian .................................................................................... 68
4.6 Instrumen Penelitian.............................................................................. 69
4.7 Prosedur Penelitian ............................................................................... 69
4.8 Analisis data .......................................................................................... 80
BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................... 81
5.1 Koleksi Nyamuk ................................................................................... 81
5.2 Karakteristik CPE.................................................................................. 83
5.3 Jenis Strain Flavivirus ........................................................................... 91
5.4 Jarak Genetik ......................................................................................... 95
5.5 Pohon filogenetik .................................................................................. 99
5.6 Mutasi .................................................................................................... 104
5.7 Novelty .................................................................................................. 107
xv
BAB VI SIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 108
6.1 Simpulan ............................................................................................... 108
6.2 Saran ...................................................................................................... 109
Daftar Pustaka ............................................................................................. 110
Lampiran ..................................................................................................... 119
xvi
DAFTAR TABEL
Tabel 2.1 Distribusi Culexspp. yang sering ditemui di Asia Tenggara .............. 33
Tabel 5.1 Lokasi penangkapan nyamuk dan jumlah nyamuk Culex .................. 81
Tabel 5.2 Jumlah nyamuk Culex betina yang ditangkap .................................... 82
Tabel 5.3 Proporsi RT-PCR positif .................................................................... 93
Tabel 5.4 Susunan nukleotida sebelas isolat flavivirus ...................................... 94
Tabel 5.5 Jarak genetik susunan nukleotida sebelas isolat MFB........................ 96
Tabel 5.6 Daftar strain virus ISF yang homolog ................................................ 97
Tabel 5.7 Jarak Genetik dan persentase identity ................................................ 98
Tabel 5.8 Perubahan (variasi) nukleotidapada gen parsial NS5 flavivirus ......... 105
xvii
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1 Klasifikasi Arbovirus .................................................................. 8
Gambar 2.2 Struktur dan organisasi flavivirus................................................ 10
Gambar 2.3 Siklus Hidup Flavivirus .............................................................. 14
Gambar 2.4 Pohon filogenetik Flavivirus yang masuk ke dalam MBFV ....... 16
Gambar 2.5 Peningkatan jumlah penemuan ISF pada rentang tahun
1975-2015 ................................................................................... 19
Gambar 2.6 Pohon filogenetik flavivirus ........................................................ 21
Gambar 2.7 Komponen pohon filogentik ....................................................... 26
Gambar 2.8 Morfologi khas nyamuk genus Culex dewasa ............................. 32
Gambar 2.9 Morfologi nyamuk dewasa Cx. fuscocephala Theobald ............. 34
Gambar 2.10 Morfologi nyamuk dewasa Cx. quinquefasciatus ....................... 36
Gambar 2.11 Morfologi nyamuk dewasa Cx. gelidus ....................................... 38
Gambar 2.12 Morfologi nyamuk dewasa Cx. sitiens ........................................ 40
Gambar 2.13 Morfologi nyamuk dewasa Cx. tritaeniorhynchus ...................... 42
Gambar 2.14 Morfologi nyamuk dewasa Cx.bitaeniorhynchus ........................ 43
Gambar 2.15 Morfologi nyamuk dewasa Cx. vishnui ....................................... 44
Gambar 2.16 Siklus penularan antara vertebrata dan vektor arthropod ............ 46
Gambar 2.17 Perjalanan pathogen pada tubuh nyamuk .................................... 48
xviii
Gambar 2.18 Cell line C6/36 ............................................................................ 57
Gambar 2.19 Penampakan degenerasi fokal ..................................................... 57
Gambar 2.20 Fase kontras micrographs sel C6/36 terinfeksi CxFV ................ 57
Gambar 2.21 Vakuolisasi (foamy degeneration) .............................................. 58
Gambar 2.22 Penampakan sel C6/36 terinfeksi CxFV ..................................... 59
Gambar 2.23 Nuclear inclusion body ............................................................... 60
Gambar 3.1 Kerangka konsep penelitian ........................................................ 63
Gambar 4.1 Skema rancangan penelitian ........................................................ 64
Gambar 4.2 Alur Penelitian ............................................................................ 79
Gambar 5.1 Penampakan CPE pada pool9 dan 10.......................................... 84
Gambar 5.2 Penampakan CPE pada pool 30, 66, 70, dan 85.......................... 86
Gambar 5.3 Penampakan syncytium pada pool 85 .......................................... 87
Gambar 5.4 Pool 5,24,73,79, dan 90 .............................................................. 89
Gambar 5.5 Hasil Elektroforesis ..................................................................... 92
Gambar 5.6 Pohon filogenetik ....................................................................... 99
xix
DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH
A : Adenine
An : Anopheles
ArboVirus : Arthropod borne Virus
BHK-21 : Baby Hamster Kidney 21
BLAST : Basic Local Alignment Search Tool
C : capsid
C : Cytosine
CFAV : Cell Fusing Agent Virus
cISF : classical Insect Specific flavivirus
CO2 : carbon dioxide
CPE : Cytopathic effect
CTFV : Culex theileri flavivirus
Cx : Culex
CxFV : Culex flavivirus
DBD : Demam Berdarah Dengue
DDBJ : DNA Data Bank of Japan
DENV : Dengue
xx
Depkes RI : Departemen Kesehatan Republik Indonesia
dISF : dual Insect Specific Flavivirus
Dit.Jen.PP dan PL: Direktorat Jenderal Pengendalaian Penyakit dan Penyehatan
Lingkungan
DMEM : Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium
DMSO : Dimethyl sulfoxide
DNA : Deoxy Ribonucleic Acid
E : envelope
ELISA : enzyme-linked immunosorbent assays
EMBL : European Molecular Biology Laboratory
ER : endoplasmic reticulum
EST : expressed sequence tag
FBS : Fetal Bovine Serum
G : Guanine
HEP-2 : Human Epithelioma 2
IFA : indirect immunofluorescence assay
Ig M : Imunoglobulin M
ISF : Insect Specific Flavivirus
JE : Japanese encephalitis
JEV : Japanese encephalitis virus
kb : Kilo Base
M : membrane
MBFV : Mosquito-borne flavivirus
xxi
MEB : midgut escape barrier
MEGA : Molecular Evolutionary Genetics Analysis.
MEM : Minimum Essential Medium
MFB : Mosquito flavivirus Bali
MIB : Midgut infection barrier
mm : milimeter
MoAb : monoclonal antibodies
NCBI : National Center for Biotechnology Information
NKV : no known vektor Virus
nm : Nano meter
NS : Non Structural
oC : derajat Celcius
ORF : Open Reading Frame
OUT : operational taxonomic unit
PCR : Polymerase Chain Reaction
prM : Pre-membrane
RdRP : RNA-dependent RNA polymerase
RNA : ribonucleic acid
RNAi : ribonucleic acid interferance
RPMI1640 : Roswell Park Memorial Institute 1640
RT-PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
SEB : saliva escape barrier
SIB : saliva infection barrier
xxii
spp. : species
TBE : Tick Borne Encephalitis
TBFV : Tick-borne Flavivirus
U : Uracyl
UNICEF : United Nations Children's Fund
UPGMA : Unweighted pair-group method using arithmetic mean
WHO : World Health Organization
xxiii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Survei nyamuk dan perangkap nyamuk yang digunakan ............ 116
Lampiran 2 Identifikasi nyamuk, homogenisasi, dan inokulasi ..................... 117
Lampiran 3 Media dan bahan kultur ............................................................... 118
Lampiran 4 Ruang BSL2 tempat ekstraksi RNA ........................................... 119
Lampiran 5 Ruang BSL 2 untuk PCR berlangsung ........................................ 120
Lampiran 6 Sekuen nukleotida terdaftar pada GenBank ................................ 121
x
ABSTRAK
Penelitian mengenai virus Insect-specific flavivirus (ISF) telah dilakukan
secara ekstensif, karena heterogenitas struktur genomik virus, hospes, dan
potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen. Virus ISF
adalah flavivirus yang bereplikasi pada sel nyamuk. Daerah tropis seperti Bali
merupakan habitat alami berbagai genus nyamuk termasuk Culex yang merupakan
vektor kompeten dari berbagai strain flavivirus, namun demikian informasi
mengenai ISF di Indonesia saat ini masih sangat terbatas. Penelitian bertujuan
untuk mengisolasi dan mengidentifikasi flavivirus dari nyamuk genus
Culexsehingga dapat dianalisis jenis strain flavivirus, vektor, jarak genetik, dan
kejadian mutasi.
Penelitian ini dilakukan di lima kabupaten di Bali dari tahun 2015-2016
dengan metode deskriptif eksploratif.Flavivirus pada nyamuk yang ditangkap
dengan light trap dipropagasi pada sel C6/36 dan BHK. Amplifikasi gen parsial
NS5 flavivirus dengan one step RT-PCR dan dilakukan analisis sekuensing.
Sebanyak 11 pool dari total 170 pool nyamuk berhasil diisolasi dari
spesies Cx. tritaeniorhynchus (7/80 pool), Cx. quinquefasciatus (2/36 pool), dan
Cx. fuscocephala (2/24 pool) menunjukkan terjadinya cytopathic effect (CPE)
pada sel C6/36. Karakter CPE pada sel C6/36 berupa pembesaran sel, agregasi,
dan syncytiayang dimulai pada hari ke-enam pada passage yang pertama. Tidak
ditemukan CPE pada sel baby hamster kidney (BHK). Hasil sekuensing kesebelas
isolat flavivirus dari nyamuk Culexdi Bali didaftarkan pada GenBank dengan
namamosquito flavivirusBali dengan panjang sekuen berkisar dari 190 - 238
nukleotida. Hasil BLAST sekuen nukleotida gen parsial NS5 mosquito
flavivirusBali menunjukkan persentase identities 95-97% dengan strain Culex
theileri flavivirus (CTFV) yang diberi namavirus Wang Thong dari Thailand.
Pada pohon filogenetik menunjukkan bahwa mosquito flavivirusBali berada satu
klade dengan virus Wang Thong dari Thailand dengan jarak genetik 0.06 serta
berada pada satu kluster dengan Mediterranean Culexflavivirus-Spanyol,
mosquito flavivirus-Turki, dan CTFV-Portugal, dengan jarak genetik sebesar 0,10;
0,10; dan 0,11. Jenis mutasi yang terdeteksi pada strain mosquito flavivirusBali
yaitu 13 silent mutation dan 1 missense mutation.
Mosquito flavivirusBali merupakan strain CTFV pertama yang diisolasi di
Indonesia dan diisolasi pertama kalinya pada spesies nyamuk Cx.
tritaeniorhynchus dan Cx. quinquefasciatus. Penelitian lebih lanjut diperlukan
untuk menganalisis keseluruhan genom dari mosquito flavivirusBali, keragaman
vektor, efek mutasi, maupun pengaruhnya terhadap replikasi flavivirus patogen
lainnya di Bali.
xi
Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.
tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali
ABSTRACT
Insect-specific flaviviruses (ISFs) have been studied extensively around
the world because of their heterogeneity genomic structure, host range, and
potential role to modulate the transmission of other pathogenic flaviviruses. The
ISF refers to flavivirus that replicates in mosquito cells. Tropical areas such as
Bali are the natural habitats of various genera of mosquitoes including Culex
mosquito which is a competent vector of various flavivirus strains. Currently,
information about ISF in Indonesia is still very limited.The study aimed to isolate
and identify flavivirus from Culexmosquito, analyzed flavivirus strain, vector,
genetic distance, and mutation.
This research was conducted in five districts in Bali from 2015-2016 with
explorative descriptive method. Mosquitoes were captured by light trap and
propagated on C6/36 and BHK cells. Amplification of partial gene of
NS5flavivirus were conducted with one step RT-PCR, and performed nucleotide
sequencing.
A total of eleven of the 175 pools that were isolated from the Cx.
tritaeniorhynchus (7/80 pools), Cx. quinquefasciatus (2/36 pools), andCx.
fuscocephala (2/24 pools) demonstrated CPE on C6/36 cells, characterized by
swelling cell, aggregation, and syncytia formation starting on the sixth day of the
first passage. No CPE was observed on BHK-21 cells. All isolates were registered
in GenBank under the name Mosquito flavivirusBaliwith sequence lengths
ranging from 190 to 238 nucleotides.The result of BLAST nucleotide sequence of
partial gene NS5 mosquito flavivirus Bali showed percentage of identities 95-97%
with strain of Culextheileriflavivirus (CTFV) which was named Wang Thong
virus from Thailand with genetic distance 0.06. In phylogenetic trees showed that
mosquito flavivirus Bali is one clade with Wang Thong virus from Thailand and a
cluster with Mediterranean Culexflavivirus-Spain, mosquito flavivirus-Turkey and
CTFV-Portugal, with genetic distance of 0.10; 0.10; and 0.11 respectively. The
types of mutations detected in the mosquito flavivirus strain of Bali werethirteen
silent mutation and one missense mutation.
This represents the first CTFV isolated in Indonesia and for the first time
isolated fromCx. tritaeniorrhynchus and Cx. quinquefasciatus. Further
investigation of mosquito flavivirus Bali complete genome, vector diversity, effect
on mutation, and the effect on the replication of mosquito flaviviruses to other
pathogenic flaviviruses in Bali.
Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.
tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali
1
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang Masalah
Nyamuk adalah serangga penghisap darah yang merupakan vektor
kompeten berbagai jenis flavivirus. Insect specific flavivirus (ISF) adalah
kelompokflavivirus yang spesifik bereplikasi hanya di dalam tubuh nyamuk yang
dapat diturunkan ke beberapa generasi berikutnya. Flavivirus ini merupakan virus
RNA yang berasal dari famili Flaviviridae. Heterogenitas struktur genomik
flavivirus yang tinggi, variasi spesies nyamuk sebagai hospes yang beragam, serta
potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen menyebabkan
penelitian mengenai flavivirus pada nyamukselama dua dasa warsa di seluruh
dunia mengalami peningkatan yang sangat pesat.
Genus flavivirus adalah virus RNA yang yang terdiri dari 70 spesies
flavivirus. Secara filogenetik flavivirus dibagi menjadi 4 kelompok besar yaitu 1)
mosquito-borne flavivirus(MBFV); 2) tick-borne flavivirus(TBFV); 3) no known
vektor virus (NKV); dan 4) insect specific flavivirus(ISF) (Gaunt et al., 2001;
Huang et al., 2014; Huhtamo et al., 2014). Di antara empat kelompok tersebut
terdapat dua kelompok flavivirus yaitu MBFV dan ISF yang memerlukan nyamuk
sebagai tempat replikasinya. Flavivirus yang masuk ke dalam kelompok MBFV
adalah kelompok flavivirus yang dapat bereplikasi pada sel nyamuk dan sel
1
2
vertebrata (manusia, hewan mamalia, dan burung). Contoh flavivirus yang
termasuk MBFV adalah virus Japanese encephalitis (JE), West Nile,
Dengue(DEN), Yellow Fever, dan Zika. Sedangkan flavivirus yang masuk ke
dalam ISF adalah flavivirus yang hanya dapat bereplikasi spesifik pada sel
nyamuk saja. (Bolling et al., 2015).
Dalam sepuluh tahun terakhir ini terjadi peningkatan jumlah penelitian
tentang ISF sehingga banyak ditemukan spesies ISF baru dari berbagai jenis
nyamuk. Sampai saat ini sudah ditemukan 21 jenis virus ISF yaitu Cell Fusing
Agent Virus, Kamiti River Virus, Culexflavivirus (CxFV), Culex theileri flavivirus
(CTFV), Aedes galloisi flavivirus, Aedes flavivirus, Chaoyang virus, Calbertado
virus, Nounané virus, Nakiwogo virus, Nienokoue virus, Palm Creek virus, Quang
Binh virus, Hanko virus, Barkedji virus, Donggang virus, Ilomantsi virus,
Marisma mosquito virus, Nanay virus, Nhumirim virus dan Lammi virus(Blitvich
and Firth, 2015).
Beberapa penelitian mengenai ISFdan MBFV yang diinfeksikan secara in
vitroke dalam nyamuk telah banyak dilakukan. Hasil penelitian tersebut
menunjukan bahwa infeksi ISF bersama dengan MBFV pada seekor nyamuk
(superinfection) ternyata dapat menurunkan replikasi virus MBFV yang
merupakan flavivirus bersifat patogen bagi manusia. Akibatnya kompetensi
nyamuk sebagai vektor pun menurun. Seperti misalnya penelitian di Australia
yang meneliti replikasi virus MBFV yaitu virus West Niledan Murray Valey
Encephalitis pada nyamuk yang juga diinfeksi sebelumnya oleh virus ISF yang
diberi nama virus Palm Creek. Hasilnya ternyata replikasi virus West Nile dan
3
Murray Valey Encephalitis menurun secara signifikan(Hobson et al., 2013). Hal
serupa juga terjadi pada penelitian di Chicago yaitu terjadi penurunan titer virus
West Nile yang signifikan pada sel nyamuk C6/36 yang juga terinfeksi ISF
strainCxFV. Adanya penurunan replikasi MBFV pada sel nyamuk yang juga
terinfeksi ISF mengindikasikan bahwa ISF berpotensi digunakan dalam usaha
pengendalian nyamuksecara biologik sehingga dapat menurunkan kasus penyakit
akibat flavivirus(Blitvich and Firth, 2015; Bolling et al., 2015).
Nyamuk genus Culexadalah salah satu vektor yang kompeten dalam
penularan flavivirus. Berbagai spesies Culexmerupakan vektor penting beberapa
penyakit seperti Cx.annulirostrisyangmerupakan vektor Murray Valey
Encephalitis; Cx. tritaeniorhynchus, Cx. fuscocephala, Cx. quinquefasciatus, Cx.
pipiens, Cx gelidus, Cx. vishnui, Cx. bitaeniorchynchus merupakan vektorvirusJE;
Cx. tarsalis merupakan vektor Saint Louis Encephalitis; dan Cx. univittatus
merupakan vektor virus West Nile (Reuben et al. 1994; Gaunt et al., 2001;
Huhtamo et al., 2014).
Nyamuk Culexspp. tersebut sangat mudah ditemukan di daerah tropis
seperti Bali. Bali masih endemis dengan penyakit yang ditularkan melalui
perantara nyamuk Culex spp. sebagai vektornya seperti penyakit JE. Selain karena
vektornya mudah ditemui juga karena disebabkan oleh adanya banyak amplifier
host JE di Bali seperti babi dan burung air (heron, wadding bird). Penyakit JE
pada anak di Bali dilaporkan tertinggi di Indonesia pada tahun 2006, begitu
pulaserologis virus JE pada babi yangberkisar 32%-100% (Kari et al., 2006;Adi et
al., 2016;Damayanti et al., 2017). Ini menggambarkan nyamuk Culex di Bali aktif
4
berperan dalam penularan flavivirus JE yang merupakan virus MBFV. Bukti
adanya sirkulasi aktif flavivirus MBFV di Bali tidak diikuti dengan adanya bukti
ISF yang bersirkulasi pada nyamuk Culex di Bali, sehingga diperlukan penelitian
mengenai ISF pada nyamuk Culex di Bali.
Identifikasi flavivirus pada nyamuk dilakukan dalam berbagai tahapan.
Pada tahap awal dilakukan propagasi virus pada cell line(kultur) yang bertujuan
untuk memperbanyak atau mengamplifikasi virus sehingga memudahkan isolasi
danidentifikasi. Cell line yang sering digunakan untuk propagasi flavivirusadalah
sel C6/36 yang berasal dari larva nyamuk Aedes albopictus. Jika terjadi replikasi
virus maka akan tampak perubahan morfologi sel atau cytopathic effect (CPE)
pada sel C6/36. Propagasi juga dapat dilakukan pada sel baby hamster kidney
(BHK)untukmembuktikan virustersebut dapat hidup juga pada sel mamalia.
Mengetahui kemampuan flavivirus dapat bereplikasi pada selnyamuk atau
mamalia akan menentukan nantinya pengelompokkan jenis flavivirus apakah
termasuk ke dalam MBFV yang dapat ditularkan ke manusia maupun vertebrata
lain atau ISF yang hanya spesifik pada serangga (Albrecht et al., 1996;Walker et
al., 2014).
Variasi genetik setiap spesies flavivirus sangat luas dan beragam
tergantung dari susunan nukleotida yang menyusunnya. Susunan nukleotida dapat
dianalisis secara filogenetik sehingga jarak genetik (genetic distance),
penyusunan pohon filogenetik, dan mutasidapat diestimasi. Monitoring efek
mutasi flavivirus terhadap virulensi virus juga harus dilakukan agar mekanisme
penularan dapat dievaluasi (Kuno et al., 1998).
5
Di Bali belum pernah ada publikasi mengenai strainflavivirus pada
nyamuk Culex di Bali, sehingga karakteristik, variasi genetik, dan filogenetik
flavivirus di Bali belum diketahui. Studi isolasi flaviviruspada nyamuk natinya
akan bermanfaatdalam berbagai penelitian mengenai flavivirus dan vektor di masa
mendatang seperti studi mengenai data vektor di Bali, penemuan spesies flavivirus
baru, potensi ISF dalam menghambat replikasi flavivirus MBFV, efek mutasi,
teknik diagnosis yang baru, dan studi vaksin. Temuan mengenaiflavivirus dan
nyamuk Culexsebagai vektornyajuga berperan untuk memahami siklus penularan
sehingga dapat dilakukan usaha pengendalian nyamuk Culexspp. dalam rangka
menurunkan berbagai kasus flavivirus di Bali.
1.2 Rumusan Masalah
1. Spesies nyamuk Culexapa sajakah yang mengandung flavivirusdi Bali?
2. Bagaimanakah karakteristik cytopathic effect (CPE) dari isolat flavivirus yang
berasal dari nyamuk Culexspp. Bali?
3. Apakah jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk Culexspp.
Bali?
4. Bagaimanakah jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5 flavivirus asal
nyamuk Culexspp. Bali dibandingkan strain flavivirus lain yang homolog?
5. Bagaimanakahpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk
Culexspp. Bali?
6. Apakah terjadi mutasi pada sekuen sekuen nukleotida gen parsial NS5 asam
amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali?
6
1.3 Tujuan penelitian
Tujuan Umum:
Untuk memahami keragaman nyamuk genus Culexsebagai vektor flavivirusdan
karakteristik molekuler isolat flavivirus dari nyamuk Culex spp. di Bali
Tujuan Khusus:
1. Untuk menganalisis spesies nyamuk Culex yang mengandung flavivirus di
Bali.
2. Untuk memahami karakteristik CPE dari isolat flavivirus yang berasal dari
nyamuk Culexspp. di Bali.
3. Untuk menganlisis jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk
Culexspp. di Bali.
4. Untuk mengestimasi jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5
flavivirus asal nyamuk Culexspp.Bali dibandingkan strainflavivirus lain yang
homolog.
5. Untuk menyusunpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culex
spp.asal Bali.
6. Untuk membuktikan adanya mutasi pada sekuen nukleotida gen parsial NS5
asam amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali.
7
1.4 Manfaat Penelitian
1.4.1 Manfaat akademis
Secara akademis penelitian bermanfaat sebagai pengembangan pembelajaran dan
referensi untuk penelitian dalam bidang entomologi dan virologi, kususnya
flavivirus yang ditularkan oleh nyamuk Culex spp. di Bali.
1.4.2 Manfaat praktis
Secara praktis penelitian ini memberikan manfaat seperti uraian berikut:
a. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menggugah kewaspadaan bagi semua
pihak bahwa nyamuk Culexspp. merupakan vektor dari flavivirus.
b. Hasil penelitian ini dapat memberi sumbangan dalam usaha pengendalian
nyamuk vektor flavivirus oleh pemerintah melalui dinas terkait.