of 21/21
xii DAFTAR ISI Halaman SAMPUL DALAM ..................................................................................... i PRASYARAT GELAR............................................................................... ii LEMBAR PERSETUJUAN........................................................................ iii PENETAPAN PANITIA PENGUJI .......................................................... iv PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME ................................................ v UCAPAN TERIMA KASIH ....................................................................... vi ABSTRAK .................................................................................................. x ABSTRACT ................................................................................................ xi DAFTAR ISI ............................................................................................... xii DAFTAR TABEL ....................................................................................... xv DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xvi DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH ................. xviii DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xxii BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1 1.1 Latar Belakang ..................................................................................... 1 1.2 Rumusan Masalah ................................................................................ 5 1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................. 5

DAFTAR ISI Halaman...xii DAFTAR ISI Halaman SAMPUL DALAM ..... i PRASYARAT GELAR ..... ii LEMBAR PERSETUJUAN

  • View
    5

  • Download
    0

Embed Size (px)

Text of DAFTAR ISI Halaman...xii DAFTAR ISI Halaman SAMPUL DALAM ..... i PRASYARAT GELAR ..... ii LEMBAR...

  • xii

    DAFTAR ISI

    Halaman

    SAMPUL DALAM ..................................................................................... i

    PRASYARAT GELAR ............................................................................... ii

    LEMBAR PERSETUJUAN........................................................................ iii

    PENETAPAN PANITIA PENGUJI .......................................................... iv

    PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME ................................................ v

    UCAPAN TERIMA KASIH ....................................................................... vi

    ABSTRAK .................................................................................................. x

    ABSTRACT ................................................................................................ xi

    DAFTAR ISI ............................................................................................... xii

    DAFTAR TABEL ....................................................................................... xv

    DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xvi

    DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH ................. xviii

    DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xxii

    BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1

    1.1 Latar Belakang ..................................................................................... 1

    1.2 Rumusan Masalah ................................................................................ 5

    1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................. 5

  • xiii

    1.4 Manfaat Penelitian ............................................................................... 7

    BAB II KAJIAN PUSTAKA ..................................................................... 8

    2.1 Flavivirus .............................................................................................. 8

    2.1.1 Struktur Flavivirus ............................................................................. 9

    2.1.2 Siklus HidupFlavivirus ...................................................................... 12

    2.1.3 Klasifikasiflavivirus ........................................................................... 14

    2.1.4 Penularan ISF ..................................................................................... 22

    2.1.5 Superinfeksi virus pada nyamuk ........................................................ 23

    2.1.6 Analisis Filogenetik ........................................................................... 24

    2.1.7 Mutasi ................................................................................................. 30

    2.2 Nyamuk Culexspp. ................................................................................ 31

    2.2.1 Morfologi dan bionomik .................................................................... 31

    2.2.2 Siklus penularan antara nyamuk, flavivirus, danvertebrata ............... 45

    2.2.3 Patogenesis virus di dalam tubuh nyamuk ......................................... 46

    2.2.4 Nyamuk Culex sebagai vektor flavivirus ........................................... 49

    2.2.5 Propagasi dan identifikasi flavivirus dari nyamuk ............................. 50

    2.2.5.1 Propagasi Virus ............................................................................... 51

    2.2.5.2 Cytopathic effect.............................................................................. 55

    2.2.5.3 Identifikasi Virus ............................................................................. 60

    BAB III KERANGKA BERPIKIR, KONSEP DAN HIPOTESIS

    PENELITIAN ............................................................................................. 61

  • xiv

    3.1 Kerangka Berpikir ................................................................................. 61

    3.2 Kerangka Konsep …………………………………………………….. 63

    BAB IV METODE PENELITIAN ............................................................. 64

    4.1 Rancangan Penelitian ............................................................................ 64

    4.2 Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................................ 65

    4.2.1 Lokasi penelitian ……………………………………………………. 65

    4.2.2 Waktu penelitian …………………………………………………….. 66

    4.3 Penentuan Sumber Data ........................................................................ 66

    4.4 Definisi Operasional Variabel Penelitian ............................................. 66

    4.5 Bahan penelitian .................................................................................... 68

    4.6 Instrumen Penelitian.............................................................................. 69

    4.7 Prosedur Penelitian ............................................................................... 69

    4.8 Analisis data .......................................................................................... 80

    BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................... 81

    5.1 Koleksi Nyamuk ................................................................................... 81

    5.2 Karakteristik CPE.................................................................................. 83

    5.3 Jenis Strain Flavivirus ........................................................................... 91

    5.4 Jarak Genetik ......................................................................................... 95

    5.5 Pohon filogenetik .................................................................................. 99

    5.6 Mutasi .................................................................................................... 104

    5.7 Novelty .................................................................................................. 107

  • xv

    BAB VI SIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 108

    6.1 Simpulan ............................................................................................... 108

    6.2 Saran ...................................................................................................... 109

    Daftar Pustaka ............................................................................................. 110

    Lampiran ..................................................................................................... 119

  • xvi

    DAFTAR TABEL

    Tabel 2.1 Distribusi Culexspp. yang sering ditemui di Asia Tenggara .............. 33

    Tabel 5.1 Lokasi penangkapan nyamuk dan jumlah nyamuk Culex .................. 81

    Tabel 5.2 Jumlah nyamuk Culex betina yang ditangkap .................................... 82

    Tabel 5.3 Proporsi RT-PCR positif .................................................................... 93

    Tabel 5.4 Susunan nukleotida sebelas isolat flavivirus ...................................... 94

    Tabel 5.5 Jarak genetik susunan nukleotida sebelas isolat MFB........................ 96

    Tabel 5.6 Daftar strain virus ISF yang homolog ................................................ 97

    Tabel 5.7 Jarak Genetik dan persentase identity ................................................ 98

    Tabel 5.8 Perubahan (variasi) nukleotidapada gen parsial NS5 flavivirus ......... 105

  • xvii

    DAFTAR GAMBAR

    Gambar 2.1 Klasifikasi Arbovirus .................................................................. 8

    Gambar 2.2 Struktur dan organisasi flavivirus................................................ 10

    Gambar 2.3 Siklus Hidup Flavivirus .............................................................. 14

    Gambar 2.4 Pohon filogenetik Flavivirus yang masuk ke dalam MBFV ....... 16

    Gambar 2.5 Peningkatan jumlah penemuan ISF pada rentang tahun

    1975-2015 ................................................................................... 19

    Gambar 2.6 Pohon filogenetik flavivirus ........................................................ 21

    Gambar 2.7 Komponen pohon filogentik ....................................................... 26

    Gambar 2.8 Morfologi khas nyamuk genus Culex dewasa ............................. 32

    Gambar 2.9 Morfologi nyamuk dewasa Cx. fuscocephala Theobald ............. 34

    Gambar 2.10 Morfologi nyamuk dewasa Cx. quinquefasciatus ....................... 36

    Gambar 2.11 Morfologi nyamuk dewasa Cx. gelidus ....................................... 38

    Gambar 2.12 Morfologi nyamuk dewasa Cx. sitiens ........................................ 40

    Gambar 2.13 Morfologi nyamuk dewasa Cx. tritaeniorhynchus ...................... 42

    Gambar 2.14 Morfologi nyamuk dewasa Cx.bitaeniorhynchus ........................ 43

    Gambar 2.15 Morfologi nyamuk dewasa Cx. vishnui ....................................... 44

    Gambar 2.16 Siklus penularan antara vertebrata dan vektor arthropod ............ 46

    Gambar 2.17 Perjalanan pathogen pada tubuh nyamuk .................................... 48

  • xviii

    Gambar 2.18 Cell line C6/36 ............................................................................ 57

    Gambar 2.19 Penampakan degenerasi fokal ..................................................... 57

    Gambar 2.20 Fase kontras micrographs sel C6/36 terinfeksi CxFV ................ 57

    Gambar 2.21 Vakuolisasi (foamy degeneration) .............................................. 58

    Gambar 2.22 Penampakan sel C6/36 terinfeksi CxFV ..................................... 59

    Gambar 2.23 Nuclear inclusion body ............................................................... 60

    Gambar 3.1 Kerangka konsep penelitian ........................................................ 63

    Gambar 4.1 Skema rancangan penelitian ........................................................ 64

    Gambar 4.2 Alur Penelitian ............................................................................ 79

    Gambar 5.1 Penampakan CPE pada pool9 dan 10.......................................... 84

    Gambar 5.2 Penampakan CPE pada pool 30, 66, 70, dan 85.......................... 86

    Gambar 5.3 Penampakan syncytium pada pool 85 .......................................... 87

    Gambar 5.4 Pool 5,24,73,79, dan 90 .............................................................. 89

    Gambar 5.5 Hasil Elektroforesis ..................................................................... 92

    Gambar 5.6 Pohon filogenetik ....................................................................... 99

  • xix

    DAFTAR ARTI LAMBANG, SINGKATAN, DAN ISTILAH

    A : Adenine

    An : Anopheles

    ArboVirus : Arthropod borne Virus

    BHK-21 : Baby Hamster Kidney 21

    BLAST : Basic Local Alignment Search Tool

    C : capsid

    C : Cytosine

    CFAV : Cell Fusing Agent Virus

    cISF : classical Insect Specific flavivirus

    CO2 : carbon dioxide

    CPE : Cytopathic effect

    CTFV : Culex theileri flavivirus

    Cx : Culex

    CxFV : Culex flavivirus

    DBD : Demam Berdarah Dengue

    DDBJ : DNA Data Bank of Japan

    DENV : Dengue

  • xx

    Depkes RI : Departemen Kesehatan Republik Indonesia

    dISF : dual Insect Specific Flavivirus

    Dit.Jen.PP dan PL: Direktorat Jenderal Pengendalaian Penyakit dan Penyehatan

    Lingkungan

    DMEM : Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium

    DMSO : Dimethyl sulfoxide

    DNA : Deoxy Ribonucleic Acid

    E : envelope

    ELISA : enzyme-linked immunosorbent assays

    EMBL : European Molecular Biology Laboratory

    ER : endoplasmic reticulum

    EST : expressed sequence tag

    FBS : Fetal Bovine Serum

    G : Guanine

    HEP-2 : Human Epithelioma 2

    IFA : indirect immunofluorescence assay

    Ig M : Imunoglobulin M

    ISF : Insect Specific Flavivirus

    JE : Japanese encephalitis

    JEV : Japanese encephalitis virus

    kb : Kilo Base

    M : membrane

    MBFV : Mosquito-borne flavivirus

  • xxi

    MEB : midgut escape barrier

    MEGA : Molecular Evolutionary Genetics Analysis.

    MEM : Minimum Essential Medium

    MFB : Mosquito flavivirus Bali

    MIB : Midgut infection barrier

    mm : milimeter

    MoAb : monoclonal antibodies

    NCBI : National Center for Biotechnology Information

    NKV : no known vektor Virus

    nm : Nano meter

    NS : Non Structural

    oC : derajat Celcius

    ORF : Open Reading Frame

    OUT : operational taxonomic unit

    PCR : Polymerase Chain Reaction

    prM : Pre-membrane

    RdRP : RNA-dependent RNA polymerase

    RNA : ribonucleic acid

    RNAi : ribonucleic acid interferance

    RPMI1640 : Roswell Park Memorial Institute 1640

    RT-PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction

    SEB : saliva escape barrier

    SIB : saliva infection barrier

  • xxii

    spp. : species

    TBE : Tick Borne Encephalitis

    TBFV : Tick-borne Flavivirus

    U : Uracyl

    UNICEF : United Nations Children's Fund

    UPGMA : Unweighted pair-group method using arithmetic mean

    WHO : World Health Organization

  • xxiii

    DAFTAR LAMPIRAN

    Lampiran 1 Survei nyamuk dan perangkap nyamuk yang digunakan ............ 116

    Lampiran 2 Identifikasi nyamuk, homogenisasi, dan inokulasi ..................... 117

    Lampiran 3 Media dan bahan kultur ............................................................... 118

    Lampiran 4 Ruang BSL2 tempat ekstraksi RNA ........................................... 119

    Lampiran 5 Ruang BSL 2 untuk PCR berlangsung ........................................ 120

    Lampiran 6 Sekuen nukleotida terdaftar pada GenBank ................................ 121

  • x

    ABSTRAK

    Penelitian mengenai virus Insect-specific flavivirus (ISF) telah dilakukan

    secara ekstensif, karena heterogenitas struktur genomik virus, hospes, dan

    potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen. Virus ISF

    adalah flavivirus yang bereplikasi pada sel nyamuk. Daerah tropis seperti Bali

    merupakan habitat alami berbagai genus nyamuk termasuk Culex yang merupakan

    vektor kompeten dari berbagai strain flavivirus, namun demikian informasi

    mengenai ISF di Indonesia saat ini masih sangat terbatas. Penelitian bertujuan

    untuk mengisolasi dan mengidentifikasi flavivirus dari nyamuk genus

    Culexsehingga dapat dianalisis jenis strain flavivirus, vektor, jarak genetik, dan

    kejadian mutasi.

    Penelitian ini dilakukan di lima kabupaten di Bali dari tahun 2015-2016

    dengan metode deskriptif eksploratif.Flavivirus pada nyamuk yang ditangkap

    dengan light trap dipropagasi pada sel C6/36 dan BHK. Amplifikasi gen parsial

    NS5 flavivirus dengan one step RT-PCR dan dilakukan analisis sekuensing.

    Sebanyak 11 pool dari total 170 pool nyamuk berhasil diisolasi dari

    spesies Cx. tritaeniorhynchus (7/80 pool), Cx. quinquefasciatus (2/36 pool), dan

    Cx. fuscocephala (2/24 pool) menunjukkan terjadinya cytopathic effect (CPE)

    pada sel C6/36. Karakter CPE pada sel C6/36 berupa pembesaran sel, agregasi,

    dan syncytiayang dimulai pada hari ke-enam pada passage yang pertama. Tidak

    ditemukan CPE pada sel baby hamster kidney (BHK). Hasil sekuensing kesebelas

    isolat flavivirus dari nyamuk Culexdi Bali didaftarkan pada GenBank dengan

    namamosquito flavivirusBali dengan panjang sekuen berkisar dari 190 - 238

    nukleotida. Hasil BLAST sekuen nukleotida gen parsial NS5 mosquito

    flavivirusBali menunjukkan persentase identities 95-97% dengan strain Culex

    theileri flavivirus (CTFV) yang diberi namavirus Wang Thong dari Thailand.

    Pada pohon filogenetik menunjukkan bahwa mosquito flavivirusBali berada satu

    klade dengan virus Wang Thong dari Thailand dengan jarak genetik 0.06 serta

    berada pada satu kluster dengan Mediterranean Culexflavivirus-Spanyol,

    mosquito flavivirus-Turki, dan CTFV-Portugal, dengan jarak genetik sebesar 0,10;

    0,10; dan 0,11. Jenis mutasi yang terdeteksi pada strain mosquito flavivirusBali

    yaitu 13 silent mutation dan 1 missense mutation.

    Mosquito flavivirusBali merupakan strain CTFV pertama yang diisolasi di

    Indonesia dan diisolasi pertama kalinya pada spesies nyamuk Cx.

    tritaeniorhynchus dan Cx. quinquefasciatus. Penelitian lebih lanjut diperlukan

    untuk menganalisis keseluruhan genom dari mosquito flavivirusBali, keragaman

    vektor, efek mutasi, maupun pengaruhnya terhadap replikasi flavivirus patogen

    lainnya di Bali.

  • xi

    Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.

    tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali

    ABSTRACT

    Insect-specific flaviviruses (ISFs) have been studied extensively around

    the world because of their heterogeneity genomic structure, host range, and

    potential role to modulate the transmission of other pathogenic flaviviruses. The

    ISF refers to flavivirus that replicates in mosquito cells. Tropical areas such as

    Bali are the natural habitats of various genera of mosquitoes including Culex

    mosquito which is a competent vector of various flavivirus strains. Currently,

    information about ISF in Indonesia is still very limited.The study aimed to isolate

    and identify flavivirus from Culexmosquito, analyzed flavivirus strain, vector,

    genetic distance, and mutation.

    This research was conducted in five districts in Bali from 2015-2016 with

    explorative descriptive method. Mosquitoes were captured by light trap and

    propagated on C6/36 and BHK cells. Amplification of partial gene of

    NS5flavivirus were conducted with one step RT-PCR, and performed nucleotide

    sequencing.

    A total of eleven of the 175 pools that were isolated from the Cx.

    tritaeniorhynchus (7/80 pools), Cx. quinquefasciatus (2/36 pools), andCx.

    fuscocephala (2/24 pools) demonstrated CPE on C6/36 cells, characterized by

    swelling cell, aggregation, and syncytia formation starting on the sixth day of the

    first passage. No CPE was observed on BHK-21 cells. All isolates were registered

    in GenBank under the name Mosquito flavivirusBaliwith sequence lengths

    ranging from 190 to 238 nucleotides.The result of BLAST nucleotide sequence of

    partial gene NS5 mosquito flavivirus Bali showed percentage of identities 95-97%

    with strain of Culextheileriflavivirus (CTFV) which was named Wang Thong

    virus from Thailand with genetic distance 0.06. In phylogenetic trees showed that

    mosquito flavivirus Bali is one clade with Wang Thong virus from Thailand and a

    cluster with Mediterranean Culexflavivirus-Spain, mosquito flavivirus-Turkey and

    CTFV-Portugal, with genetic distance of 0.10; 0.10; and 0.11 respectively. The

    types of mutations detected in the mosquito flavivirus strain of Bali werethirteen

    silent mutation and one missense mutation.

    This represents the first CTFV isolated in Indonesia and for the first time

    isolated fromCx. tritaeniorrhynchus and Cx. quinquefasciatus. Further

    investigation of mosquito flavivirus Bali complete genome, vector diversity, effect

    on mutation, and the effect on the replication of mosquito flaviviruses to other

    pathogenic flaviviruses in Bali.

    Keyword: Culextheileriflavivirus, insect-specific flaviviruses, Cx.

    tritaeniorhynchus, Cx. quinquefasciatus, Bali

  • 1

    BAB I

    PENDAHULUAN

    1.1 Latar Belakang Masalah

    Nyamuk adalah serangga penghisap darah yang merupakan vektor

    kompeten berbagai jenis flavivirus. Insect specific flavivirus (ISF) adalah

    kelompokflavivirus yang spesifik bereplikasi hanya di dalam tubuh nyamuk yang

    dapat diturunkan ke beberapa generasi berikutnya. Flavivirus ini merupakan virus

    RNA yang berasal dari famili Flaviviridae. Heterogenitas struktur genomik

    flavivirus yang tinggi, variasi spesies nyamuk sebagai hospes yang beragam, serta

    potensinya dalam mempengaruhi penularan flavivirus yang patogen menyebabkan

    penelitian mengenai flavivirus pada nyamukselama dua dasa warsa di seluruh

    dunia mengalami peningkatan yang sangat pesat.

    Genus flavivirus adalah virus RNA yang yang terdiri dari 70 spesies

    flavivirus. Secara filogenetik flavivirus dibagi menjadi 4 kelompok besar yaitu 1)

    mosquito-borne flavivirus(MBFV); 2) tick-borne flavivirus(TBFV); 3) no known

    vektor virus (NKV); dan 4) insect specific flavivirus(ISF) (Gaunt et al., 2001;

    Huang et al., 2014; Huhtamo et al., 2014). Di antara empat kelompok tersebut

    terdapat dua kelompok flavivirus yaitu MBFV dan ISF yang memerlukan nyamuk

    sebagai tempat replikasinya. Flavivirus yang masuk ke dalam kelompok MBFV

    adalah kelompok flavivirus yang dapat bereplikasi pada sel nyamuk dan sel

    1

  • 2

    vertebrata (manusia, hewan mamalia, dan burung). Contoh flavivirus yang

    termasuk MBFV adalah virus Japanese encephalitis (JE), West Nile,

    Dengue(DEN), Yellow Fever, dan Zika. Sedangkan flavivirus yang masuk ke

    dalam ISF adalah flavivirus yang hanya dapat bereplikasi spesifik pada sel

    nyamuk saja. (Bolling et al., 2015).

    Dalam sepuluh tahun terakhir ini terjadi peningkatan jumlah penelitian

    tentang ISF sehingga banyak ditemukan spesies ISF baru dari berbagai jenis

    nyamuk. Sampai saat ini sudah ditemukan 21 jenis virus ISF yaitu Cell Fusing

    Agent Virus, Kamiti River Virus, Culexflavivirus (CxFV), Culex theileri flavivirus

    (CTFV), Aedes galloisi flavivirus, Aedes flavivirus, Chaoyang virus, Calbertado

    virus, Nounané virus, Nakiwogo virus, Nienokoue virus, Palm Creek virus, Quang

    Binh virus, Hanko virus, Barkedji virus, Donggang virus, Ilomantsi virus,

    Marisma mosquito virus, Nanay virus, Nhumirim virus dan Lammi virus(Blitvich

    and Firth, 2015).

    Beberapa penelitian mengenai ISFdan MBFV yang diinfeksikan secara in

    vitroke dalam nyamuk telah banyak dilakukan. Hasil penelitian tersebut

    menunjukan bahwa infeksi ISF bersama dengan MBFV pada seekor nyamuk

    (superinfection) ternyata dapat menurunkan replikasi virus MBFV yang

    merupakan flavivirus bersifat patogen bagi manusia. Akibatnya kompetensi

    nyamuk sebagai vektor pun menurun. Seperti misalnya penelitian di Australia

    yang meneliti replikasi virus MBFV yaitu virus West Niledan Murray Valey

    Encephalitis pada nyamuk yang juga diinfeksi sebelumnya oleh virus ISF yang

    diberi nama virus Palm Creek. Hasilnya ternyata replikasi virus West Nile dan

  • 3

    Murray Valey Encephalitis menurun secara signifikan(Hobson et al., 2013). Hal

    serupa juga terjadi pada penelitian di Chicago yaitu terjadi penurunan titer virus

    West Nile yang signifikan pada sel nyamuk C6/36 yang juga terinfeksi ISF

    strainCxFV. Adanya penurunan replikasi MBFV pada sel nyamuk yang juga

    terinfeksi ISF mengindikasikan bahwa ISF berpotensi digunakan dalam usaha

    pengendalian nyamuksecara biologik sehingga dapat menurunkan kasus penyakit

    akibat flavivirus(Blitvich and Firth, 2015; Bolling et al., 2015).

    Nyamuk genus Culexadalah salah satu vektor yang kompeten dalam

    penularan flavivirus. Berbagai spesies Culexmerupakan vektor penting beberapa

    penyakit seperti Cx.annulirostrisyangmerupakan vektor Murray Valey

    Encephalitis; Cx. tritaeniorhynchus, Cx. fuscocephala, Cx. quinquefasciatus, Cx.

    pipiens, Cx gelidus, Cx. vishnui, Cx. bitaeniorchynchus merupakan vektorvirusJE;

    Cx. tarsalis merupakan vektor Saint Louis Encephalitis; dan Cx. univittatus

    merupakan vektor virus West Nile (Reuben et al. 1994; Gaunt et al., 2001;

    Huhtamo et al., 2014).

    Nyamuk Culexspp. tersebut sangat mudah ditemukan di daerah tropis

    seperti Bali. Bali masih endemis dengan penyakit yang ditularkan melalui

    perantara nyamuk Culex spp. sebagai vektornya seperti penyakit JE. Selain karena

    vektornya mudah ditemui juga karena disebabkan oleh adanya banyak amplifier

    host JE di Bali seperti babi dan burung air (heron, wadding bird). Penyakit JE

    pada anak di Bali dilaporkan tertinggi di Indonesia pada tahun 2006, begitu

    pulaserologis virus JE pada babi yangberkisar 32%-100% (Kari et al., 2006;Adi et

    al., 2016;Damayanti et al., 2017). Ini menggambarkan nyamuk Culex di Bali aktif

  • 4

    berperan dalam penularan flavivirus JE yang merupakan virus MBFV. Bukti

    adanya sirkulasi aktif flavivirus MBFV di Bali tidak diikuti dengan adanya bukti

    ISF yang bersirkulasi pada nyamuk Culex di Bali, sehingga diperlukan penelitian

    mengenai ISF pada nyamuk Culex di Bali.

    Identifikasi flavivirus pada nyamuk dilakukan dalam berbagai tahapan.

    Pada tahap awal dilakukan propagasi virus pada cell line(kultur) yang bertujuan

    untuk memperbanyak atau mengamplifikasi virus sehingga memudahkan isolasi

    danidentifikasi. Cell line yang sering digunakan untuk propagasi flavivirusadalah

    sel C6/36 yang berasal dari larva nyamuk Aedes albopictus. Jika terjadi replikasi

    virus maka akan tampak perubahan morfologi sel atau cytopathic effect (CPE)

    pada sel C6/36. Propagasi juga dapat dilakukan pada sel baby hamster kidney

    (BHK)untukmembuktikan virustersebut dapat hidup juga pada sel mamalia.

    Mengetahui kemampuan flavivirus dapat bereplikasi pada selnyamuk atau

    mamalia akan menentukan nantinya pengelompokkan jenis flavivirus apakah

    termasuk ke dalam MBFV yang dapat ditularkan ke manusia maupun vertebrata

    lain atau ISF yang hanya spesifik pada serangga (Albrecht et al., 1996;Walker et

    al., 2014).

    Variasi genetik setiap spesies flavivirus sangat luas dan beragam

    tergantung dari susunan nukleotida yang menyusunnya. Susunan nukleotida dapat

    dianalisis secara filogenetik sehingga jarak genetik (genetic distance),

    penyusunan pohon filogenetik, dan mutasidapat diestimasi. Monitoring efek

    mutasi flavivirus terhadap virulensi virus juga harus dilakukan agar mekanisme

    penularan dapat dievaluasi (Kuno et al., 1998).

  • 5

    Di Bali belum pernah ada publikasi mengenai strainflavivirus pada

    nyamuk Culex di Bali, sehingga karakteristik, variasi genetik, dan filogenetik

    flavivirus di Bali belum diketahui. Studi isolasi flaviviruspada nyamuk natinya

    akan bermanfaatdalam berbagai penelitian mengenai flavivirus dan vektor di masa

    mendatang seperti studi mengenai data vektor di Bali, penemuan spesies flavivirus

    baru, potensi ISF dalam menghambat replikasi flavivirus MBFV, efek mutasi,

    teknik diagnosis yang baru, dan studi vaksin. Temuan mengenaiflavivirus dan

    nyamuk Culexsebagai vektornyajuga berperan untuk memahami siklus penularan

    sehingga dapat dilakukan usaha pengendalian nyamuk Culexspp. dalam rangka

    menurunkan berbagai kasus flavivirus di Bali.

    1.2 Rumusan Masalah

    1. Spesies nyamuk Culexapa sajakah yang mengandung flavivirusdi Bali?

    2. Bagaimanakah karakteristik cytopathic effect (CPE) dari isolat flavivirus yang

    berasal dari nyamuk Culexspp. Bali?

    3. Apakah jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk Culexspp.

    Bali?

    4. Bagaimanakah jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5 flavivirus asal

    nyamuk Culexspp. Bali dibandingkan strain flavivirus lain yang homolog?

    5. Bagaimanakahpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk

    Culexspp. Bali?

    6. Apakah terjadi mutasi pada sekuen sekuen nukleotida gen parsial NS5 asam

    amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali?

  • 6

    1.3 Tujuan penelitian

    Tujuan Umum:

    Untuk memahami keragaman nyamuk genus Culexsebagai vektor flavivirusdan

    karakteristik molekuler isolat flavivirus dari nyamuk Culex spp. di Bali

    Tujuan Khusus:

    1. Untuk menganalisis spesies nyamuk Culex yang mengandung flavivirus di

    Bali.

    2. Untuk memahami karakteristik CPE dari isolat flavivirus yang berasal dari

    nyamuk Culexspp. di Bali.

    3. Untuk menganlisis jenis strain flavivirus yang berhasil diisolasi dari nyamuk

    Culexspp. di Bali.

    4. Untuk mengestimasi jarak genetik sekuen nukleotida gen parsial NS5

    flavivirus asal nyamuk Culexspp.Bali dibandingkan strainflavivirus lain yang

    homolog.

    5. Untuk menyusunpohon filogenetikflavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culex

    spp.asal Bali.

    6. Untuk membuktikan adanya mutasi pada sekuen nukleotida gen parsial NS5

    asam amino flavivirusyang diisolasi dari nyamuk Culexspp.asal Bali.

  • 7

    1.4 Manfaat Penelitian

    1.4.1 Manfaat akademis

    Secara akademis penelitian bermanfaat sebagai pengembangan pembelajaran dan

    referensi untuk penelitian dalam bidang entomologi dan virologi, kususnya

    flavivirus yang ditularkan oleh nyamuk Culex spp. di Bali.

    1.4.2 Manfaat praktis

    Secara praktis penelitian ini memberikan manfaat seperti uraian berikut:

    a. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menggugah kewaspadaan bagi semua

    pihak bahwa nyamuk Culexspp. merupakan vektor dari flavivirus.

    b. Hasil penelitian ini dapat memberi sumbangan dalam usaha pengendalian

    nyamuk vektor flavivirus oleh pemerintah melalui dinas terkait.