Biomedicinske baze podataka dostupne u Hrvatskoj

Biomedicinske baze Biomedicinske baze podataka dostupne u podataka dostupne u

HrvatskojHrvatskoj

Goran Škvarč, M.A., CARNetGoran Škvarč, M.A., CARNetmmr.sc. Jadranka Stojanovski, IRBr.sc. Jadranka Stojanovski, IRB

MICC 2006, Zagreb, Medicinski fakultet Sveučilišta MICC 2006, Zagreb, Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 7 i 8. lipnja 2006.u Zagrebu, 7 i 8. lipnja 2006.

O Centru za online O Centru za online

baze podatakabaze podataka

Raspoložive baze Raspoložive baze

podatakapodataka

Načini pristupaNačini pristupa

PretraživanjePretraživanje

Posebnosti Posebnosti

biomedicinskih biomedicinskih

informacijainformacija


ZaštoZašto baz baze e podatakapodataka??

vjerodostojnost, ugledvjerodostojnost, ugled – – proizđača proizđača baze, baze, posrednika, informacijskog servisaposrednika, informacijskog servisa

jedinstvenost, ujednačenostjedinstvenost, ujednačenostpokrivenost pokrivenost - - kojikoji časopisi su uključeni u časopisi su uključeni u

bazu, retrospektivnost, sadržaj baze, bazu, retrospektivnost, sadržaj baze, koliko i koje baze pokriva sam serviskoliko i koje baze pokriva sam servis

ažurnostažurnost - kako često se baza ažurira - kako često se baza ažurirapristuppristup – – da li se pretraživanje provodi da li se pretraživanje provodi

dovoljno brzo na poslužiocu dovoljno brzo na poslužiocu proizvođača/agregatoraproizvođača/agregatora


...značajke...značajke......mogućnosti pretraživanjamogućnosti pretraživanja - Booleovi - Booleovi

operatori, indeksi koje se može pregledavati, operatori, indeksi koje se može pregledavati, pretraživanje više pretraživanje više baza podatakabaza podataka istovremeno, ograničavanje pretraživanja, istovremeno, ograničavanje pretraživanja, složena pretraživanja, pohrana rezultata složena pretraživanja, pohrana rezultata pretraživanja...pretraživanja...

Pretraživanje Pretraživanje uz pomoć uz pomoć tezaurusatezaurusaPretraživanje slobodnog tekstaPretraživanje slobodnog teksta, upiti na , upiti na

prirodnom jezikuprirodnom jezikukomandna sintaksa komandna sintaksa


......značajkeznačajke prikaz i izlaz (output)prikaz i izlaz (output) - broj - broj rezultatarezultata, , skraćeni prikaz, skraćeni prikaz,

redanje rezultataredanje rezultata, označavanje, formati za učitavanje , označavanje, formati za učitavanje na drugo računalona drugo računalo

lakoća korištenjalakoća korištenja, intuitivnost sučelja, intuitivnost sučelja podrška i izobrazbapodrška i izobrazba –– materijali, upute, materijali, upute, context context

sensitive helpsensitive help...... dokumentacijadokumentacija odnos vrijednostiodnos vrijednosti, dodane vrijednosti, dodane vrijednosti i cijene i cijene


http://http://www.online-bazewww.online-baze.hr.hr


Centar za online baze Centar za online baze podatakapodataka

Centar za online Centar za online baze podatakabaze podataka

je informacijski servis i projekt je informacijski servis i projekt

Ministarstva znanosti, Ministarstva znanosti,

obrazovanja i športa, CARNeta i obrazovanja i športa, CARNeta i

Instituta Ruđer BoškovićInstituta Ruđer Bošković

Osnovna je zadaća Centra Osnovna je zadaća Centra

omogućavanje što omogućavanje što

jednostavnijeg pristupa jednostavnijeg pristupa

komercijalnim i drugim bazamakomercijalnim i drugim bazama

podataka akademskoj i podataka akademskoj i

znanstvenoj zajednici RHznanstvenoj zajednici RH

Nacionalni konzorcijNacionalni konzorcij Projekt je pokrenut Projekt je pokrenut

1995. godine 1995. godine Centar je u početku Centar je u početku

nudio jednu bazu nudio jednu bazu podataka, a danas ih podataka, a danas ih nudi šezdesetak, nudi šezdesetak, uključujući zbirke uključujući zbirke elektroničkih časopisa i elektroničkih časopisa i arhive u otvorenom arhive u otvorenom pristupupristupu


Centar za online baze podataka:Centar za online baze podataka:

osigurava:osigurava:Nabavu bibliografskih baza podataka i baza Nabavu bibliografskih baza podataka i baza

podataka s cjelovitim tekstom;podataka s cjelovitim tekstom;Pristup;Pristup;Administraciju;Administraciju;Financiranje;Financiranje;Promociju;Promociju;Edukaciju.Edukaciju.


Podrška korisnicima, izobrazba i Podrška korisnicima, izobrazba i seminariseminari

usprkos prijateljskim sučeljima i pomoći na usprkos prijateljskim sučeljima i pomoći na svim razinama - izobrazba je nezaobilaznasvim razinama - izobrazba je nezaobilazna

jednodnevni ili dvodnevni besplatni jednodnevni ili dvodnevni besplatni seminariseminari

učenje na daljinu (online tečajevi)učenje na daljinu (online tečajevi)

elektronički (elektronički ([email protected]@baze.szi.hr) i telefonski ) i telefonski ""help deskhelp desk" (01 4561 043 Jurica Grzunov)." (01 4561 043 Jurica Grzunov).

priručnik za pretraživanjepriručnik za pretraživanje



ŠTO JE NA RASPOLAGANJU?ŠTO JE NA RASPOLAGANJU?


Područje biomedicinskih znanostiPodručje biomedicinskih znanosti


32 biomedicinske baze podataka32 biomedicinske baze podataka



Neke od baza podataka u CentruNeke od baza podataka u Centru Current Contents Current Contents (Institute for Scientific Information) 1993 do danas (Institute for Scientific Information) 1993 do danas MEDLINEMEDLINE (National Library of Medicine) 1966 do danas (National Library of Medicine) 1966 do danas Ovid Core Biomedical CollectionOvid Core Biomedical Collection (Ovid Technologies) 1993 do danas (Ovid Technologies) 1993 do danas - -

uključen u Journalsuključen u Journals@Ovid@Ovid Full Text Full Text INSPECINSPEC (Institute for Electrical Engineers) 1969 do danas (Institute for Electrical Engineers) 1969 do danas EVIDENCE-BASED MEDICINE REVIEWEVIDENCE-BASED MEDICINE REVIEW (Ovid Technologies) 1991 do (Ovid Technologies) 1991 do

danasdanas AGRICOLAAGRICOLA (National Agricultural Library ) 1979 do danas (National Agricultural Library ) 1979 do danas ERICERIC (ERIC Processing and Reference Facility) 1966 do danas (ERIC Processing and Reference Facility) 1966 do danas PsycInfoPsycInfo (American Psychological Society) 1887 do danas (American Psychological Society) 1887 do danas Web of Science Web of Science ((IISI ThomsonSI Thomson)) od 1991 do danas od 1991 do danas Journal Citation ReportsJournal Citation Reports ((IISI ThomsonSI Thomson)) ScopusScopus (Elsevier) (Elsevier) EI VILLAGEEI VILLAGE (Engineering Information) 1970 do danas (Engineering Information) 1970 do danas

Compendex, EngnetBase, US Patent Office, CSSInform (standardi)Compendex, EngnetBase, US Patent Office, CSSInform (standardi) INISINIS (International Nuclear Information System) 1970 do danas (International Nuclear Information System) 1970 do danas HeinOnline – od 1885. do danasHeinOnline – od 1885. do danas FSTA – Food Science and Technology AbstractsFSTA – Food Science and Technology Abstracts MathSciNet – 1946. do danasMathSciNet – 1946. do danas


WoSWoS86008600 MEDLINEMEDLINE

50005000

* 2800 naslova časopisa je prisutno u obje baze podataka


Usporedba Medline baze podatakaUsporedba Medline baze podataka

OvidOvid radovi u procesu indeksiranja radovi u procesu indeksiranja

mogu se zasebno pretraživati mogu se zasebno pretraživati ((MEDLINE In-ProcessMEDLINE In-Process))

bolje sučelje za precizno bolje sučelje za precizno provođenje upita temeljeno na provođenje upita temeljeno na Medical Subject Headings Medical Subject Headings (MeSH)(MeSH) i raspoloživim i raspoloživim ograničenjimaograničenjima

više pretraživih poljaviše pretraživih polja potpuna kontrola nad potpuna kontrola nad

korištenjem predmetnicakorištenjem predmetnica ograničavanje naograničavanje na EBMR EBMR bolja kontrola procesa bolja kontrola procesa

pretraživanjapretraživanja

PubMedPubMed integracija s drugim bazama integracija s drugim bazama

podataka i informacijskim podataka i informacijskim servisima kao što su servisima kao što su NCBI, NCBI, uključujućiuključujući BLAST, Entrez, BLAST, Entrez, GenBank, Molecular Modeling GenBank, Molecular Modeling DatabaseDatabase i i OMIM. OMIM.

poveznice napoveznice na MEDLINEplus MEDLINEplus ii NLM Gateway NLM Gateway za knjigeza knjige



Elektronički časopisiElektronički časopisi ScienceDirect (1700)ScienceDirect (1700) SpringerLink (450)+Kluwer (760)SpringerLink (450)+Kluwer (760) WileyInterscience (180)WileyInterscience (180) Blackwell Synergy (800)Blackwell Synergy (800) Oxford Journals (200)Oxford Journals (200) Cambridge Journals Online (200)Cambridge Journals Online (200) LWW (100)LWW (100) EBSCO (ASP - 4600 časopisa cjelovitog teksta)EBSCO (ASP - 4600 časopisa cjelovitog teksta) Nature Publishing GroupNature Publishing Group nekoliko tisunekoliko tisuća časopisa u otvorenom pristupu!ća časopisa u otvorenom pristupu!

više od 11.500 časopisa dostupno hrvatskoj akademskoj više od 11.500 časopisa dostupno hrvatskoj akademskoj zajednici!zajednici!



Elektroničke knjigeElektroničke knjige


PRISTUPPRISTUP

Bežični pristup online bazama Bežični pristup online bazama podataka i elektroničkim podataka i elektroničkim

kolekcijama stranih kolekcijama stranih znanstvenih časopisaznanstvenih časopisa

Informacije s bilo kojeg mjesta!Informacije s bilo kojeg mjesta!


Pristup biomedicinskim sadržajima:Pristup biomedicinskim sadržajima:

Različite metode pristupa:Različite metode pristupa:S računala iz vlastite mreže ustanove (LAN);S računala iz vlastite mreže ustanove (LAN);Preko telefonske parice: modem, ISDN;Preko telefonske parice: modem, ISDN;EDGE;EDGE;GPRS;GPRS;UMTS iUMTS iHSDPA.HSDPA.


Bežični pristup:Bežični pristup:

Alternativna metoda pristupa;Alternativna metoda pristupa;Sve veća potreba za mobilnošću;Sve veća potreba za mobilnošću;Mobilan pristup mrežnim resursima čak i Mobilan pristup mrežnim resursima čak i

na mjestima gdje inače ne postoji na mjestima gdje inače ne postoji standardni priključak na Internet;standardni priključak na Internet;

Pristup Internetu brzinama do 1,5 Mbit/s;Pristup Internetu brzinama do 1,5 Mbit/s;Pristup sadržajima neograničen.Pristup sadržajima neograničen.


Autentifikacija:Autentifikacija:

Izbjegava se potreba za klasičnim Izbjegava se potreba za klasičnim “logiranjem”:“logiranjem”:Korisnik ne treba znati svoje korisničko ime i Korisnik ne treba znati svoje korisničko ime i

zaporku;zaporku;Autologin putem verifikacije IP adrese (koja Autologin putem verifikacije IP adrese (koja

dolazi iz CARNetovog adresnog prostora);dolazi iz CARNetovog adresnog prostora);Preduvjet je postojanje valjane korisničke Preduvjet je postojanje valjane korisničke

oznake [uid]@realm.hr i zaporkeoznake [uid]@realm.hr i zaporke


Pristup biomedicinskim sadržajima:Pristup biomedicinskim sadržajima:

Centralno pristupno mjesto:Centralno pristupno mjesto: http://www.online-baze.hrhttp://www.online-baze.hr

Sa weba Centra preusmjeravanje na Sa weba Centra preusmjeravanje na korisnička sučelja različitih izdavača;korisnička sučelja različitih izdavača;

Autologin autentifikacija;Autologin autentifikacija; Potpuni pristup sadržajima.Potpuni pristup sadržajima.


Ponuda:Ponuda:

Mobile Broadband 512 uz Mobile CARNet promociju:

Naknada za uključenje usluge 1,00

Mjesečna naknada (kn) 95,50

MB uključeni u mjesečnu naknadu 512

Cijena dodatno prenesenih podataka (kn/MB) 0,38

Obračunska jedinica 10KB

APN carnet.C.vip.hr


Ponuda:Ponuda:

Mobile Broadband 128 uz Mobile CARNet promociju:

Naknada za uključenje usluge 1,00

Mjesečna naknada (kn) 45,50

MB uključeni u mjesečnu naknadu 128

Cijena dodatno prenesenih podataka (kn/MB) 0,72

Obračunska jedinica 10KB

APN carnet3g.vip.hr


Više o novim uslugama:Više o novim uslugama:

http://www.carnet.hr/pristupinternetuhttp://www.carnet.hr/pristupinternetu;; http://www.carnet.hr/mobile/sustavhttp://www.carnet.hr/mobile/sustav i i http://www.online-baze.hrhttp://www.online-baze.hr

Kontakti:Kontakti:

CARNetCARNet::E-mail: [email protected]: [email protected]

Tel: +385 1 616 5 616Tel: +385 1 616 5 616

Institut “Ruđer Bošković”Institut “Ruđer Bošković”EE-mail-mail: [email protected]: [email protected]

Tel: +385 1 456 1 043Tel: +385 1 456 1 043


PRETRAŽIVANJE PRETRAŽIVANJE BIOMEDICINSKIH INFORMACIJABIOMEDICINSKIH INFORMACIJA


Što jeŠto je medicina utemeljena na medicina utemeljena na dokazima (EBM)dokazima (EBM)??

Evidence based medicineEvidence based medicine (EBM) (EBM) je osviješteno, ekplicitno i je osviješteno, ekplicitno i na pravu zasnovano korištenje trenutno najboljih praksi pri na pravu zasnovano korištenje trenutno najboljih praksi pri odlučivanju o njezi pacijenata. Praksa medicine zasnovane odlučivanju o njezi pacijenata. Praksa medicine zasnovane na dokazima znači objedinjavanje pojedinačnih kliničkih na dokazima znači objedinjavanje pojedinačnih kliničkih ekspertiza s najboljim rapoloživim kliničkim dokazima iz ekspertiza s najboljim rapoloživim kliničkim dokazima iz sustavnih istraživanja.sustavnih istraživanja.

Sackett DL, Rosenberg WMC, Gray JAM, Haynes RB, Richardson Sackett DL, Rosenberg WMC, Gray JAM, Haynes RB, Richardson WS. WS. Evidence based medicine: what it is and what it isn'tEvidence based medicine: what it is and what it isn't. BMJ. . BMJ. 1996 Jan 13; 312 (7023): 71-2.1996 Jan 13; 312 (7023): 71-2.


EBM – što je, a što nijeEBM – što je, a što nije

Nije medicinska “kuharica” – zahtjeva integraciju u Nije medicinska “kuharica” – zahtjeva integraciju u kliničku ekspertizu i kliničke dokazekliničku ekspertizu i kliničke dokaze

Identificira i primjenjuje intervencije u svrhu Identificira i primjenjuje intervencije u svrhu najbolje kvalitete i kvantitete života pojedinih najbolje kvalitete i kvantitete života pojedinih pacijenatapacijenata

Nije ograničena naNije ograničena na randomizirane kliničke pokuse randomizirane kliničke pokuse (randomized trials) i meta-analize – uključuje (randomized trials) i meta-analize – uključuje prepoznavanje najboljih dokaza koji mogu prepoznavanje najboljih dokaza koji mogu pomoći pri odgovorima na klinička pitanjapomoći pri odgovorima na klinička pitanja


EBM – zašto je potrebnaEBM – zašto je potrebna??

VRIJEMEVRIJEME – – previše previše je radova iz je radova iz časopisa koje je časopisa koje je potrebno pratiti i potrebno pratiti i sintetiziratisintetizirati ( (2020 radova dnevno samo radova dnevno samo iz opće medicine, a iz opće medicine, a samo sat vremena samo sat vremena tjedno raspoloživog tjedno raspoloživog vremenavremena!)!)


Potraga za dokazima: Probijanje kroz velike količine medicinske literature

Grandage, Karen K, et al. , 2002


Vrlo važno pri pretraživanju Vrlo važno pri pretraživanju medicinskih informacijamedicinskih informacija

pažljivo oblikujte svoje pitanjepažljivo oblikujte svoje pitanje


Kako oblikovati pitanjeKako oblikovati pitanje

Pretraživanje literature uspješnije je Pretraživanje literature uspješnije je ako ga započnete dobro oblikovanim ako ga započnete dobro oblikovanim pitanjempitanjem

Rastavite pitanje na dijeloveRastavite pitanje na dijelove da biste da biste olakšali pronalaženje najboljih dokazaolakšali pronalaženje najboljih dokaza

Neophodno je pitanja Neophodno je pitanja fokusiratifokusirati


Oblikovanje upitaOblikovanje upita 1. Napisati rečenicu koja predstavlja naš upit - pokušati biti 1. Napisati rečenicu koja predstavlja naš upit - pokušati biti

što precizniji (Kakav je utjecaj mobilnih telefona na zdravlje što precizniji (Kakav je utjecaj mobilnih telefona na zdravlje mladih?)mladih?)

2. Rasčlanite svoje pitanje na odvojene koncepte (mobilni 2. Rasčlanite svoje pitanje na odvojene koncepte (mobilni telefon, zdravlje, mladi) telefon, zdravlje, mladi)

3. Svaki koncept “pokriti” što boljom terminologijom, 3. Svaki koncept “pokriti” što boljom terminologijom, sinonimma i gramatičkim oblicima – povezati međusobno sinonimma i gramatičkim oblicima – povezati međusobno operatorom ORoperatorom OR

4. Koncepte međusobno “spojiti” korištenjem operatora 4. Koncepte međusobno “spojiti” korištenjem operatora ANDAND

5. Pregledati rezultate i korigirati izraze po kojima smo 5. Pregledati rezultate i korigirati izraze po kojima smo pretraživalipretraživali

6. Ograničiti pretraživanje6. Ograničiti pretraživanje


AUTORSKO PRETRAŽIVANJEAUTORSKO PRETRAŽIVANJEPREDMETNO PRETRAŽIVANJEPREDMETNO PRETRAŽIVANJEPRETRAŽIVANJE PO ČASOPISUPRETRAŽIVANJE PO ČASOPISU




PICOT format – PICOT format – dijelovi dobrog dijelovi dobrog upitaupita

standardizirani format za oblikovanje standardizirani format za oblikovanje kliničkog pitanjakliničkog pitanjagrupacija pacijenata grupacija pacijenata koja nas zanimakoja nas zanima intervencijaintervencija koja nas zanima koja nas zanimausporedba usporedba koja nas zanimakoja nas zanimazavršni ishod završni ishod (outcome) koji nas (outcome) koji nas

zanimazanimavremenski okvirvremenski okvir


Grupacija pacijenataGrupacija pacijenata

DobDob SpolSpol RasaRasa Određeni poremećajOdređeni poremećaj


IntervencijaIntervencija

izloženost bolestiizloženost bolesti rizično ponašanjerizično ponašanjeodređeni prognostički čimbenikodređeni prognostički čimbeniknajnovija praksa utemeljena na dokazimanajnovija praksa utemeljena na dokazima


UsporedbaUsporedba

ono što uspoređujemoono što uspoređujemo lako se identificira ako se radi o lako se identificira ako se radi o

terapiji npr., no ako je pitanje o terapiji npr., no ako je pitanje o predviđanju ishoda možda neće predviđanju ishoda možda neće biti usporedbebiti usporedbe


Predviđeni ishodPredviđeni ishod

predviđeni ishod prema kojem će se predviđeni ishod prema kojem će se prosuđivati intervencija i usporedbaprosuđivati intervencija i usporedba

rizik bolestirizik bolesti točnost dijagnozetočnost dijagnozeučestalost pojavljivanja drugačijeg ishodaučestalost pojavljivanja drugačijeg ishoda


Vremenski okvirVremenski okvir

ne koristi se uvijekne koristi se uvijek

svaki aspekt svaki aspekt PICOT forma PICOT formata vodi ta vodi do uspješnog i učinkovitog do uspješnog i učinkovitog pretraživanjapretraživanja


Oblikovanje pitanjaOblikovanje pitanja

Da li steroidi pomažu pacijentima Da li steroidi pomažu pacijentima oboljelima od sepseoboljelima od sepse??

pacijenti sapacijenti sa sepssepsomom ((grupacijagrupacija)) da li tretmanda li tretman steroidsteroidimaima ((intervenintervencijacija)) uspoređujući ih s onima koji ne uzimajuuspoređujući ih s onima koji ne uzimaju

steroidsteroidee ( (usporedbausporedba)) mijenjamijenja smtnostsmtnost ((ishodishod)?)?


Ključni koraci u strategiji Ključni koraci u strategiji pretraživanjapretraživanja

Dobro formulirajte kliničko pitanje, bez Dobro formulirajte kliničko pitanje, bez žargona žargona

Odaberite bazu podatakaOdaberite bazu podatakaUnesite izraz po kojem pretražujete, Unesite izraz po kojem pretražujete,

kombinirajte međusobno rezultatekombinirajte međusobno rezultateOgraničite rezultate sukladno studijamaOgraničite rezultate sukladno studijama, ,

metodama, jeziku, publikacijimetodama, jeziku, publikaciji, etc., etc.


Bibliotekari su tu da vam pomognu!Bibliotekari su tu da vam pomognu!

Dođite na naše Dođite na naše tečajevetečajeve!!

Pitajte nas ako ne Pitajte nas ako ne znate nešto pronaći!znate nešto pronaći!

Zovite nas i šaljite Zovite nas i šaljite nam porukenam poruke

[email protected]


PlanoviPlanovi POVEĆATI BROJ BAZA PODATAKA POD ŠTO POVEĆATI BROJ BAZA PODATAKA POD ŠTO

POVOLJNIJIM LICENCNIM UVJETIMAPOVOLJNIJIM LICENCNIM UVJETIMAEMBASEEMBASE

CINAHLCINAHL

SCIFINDER (CHEMICAL ABSTRACTS)SCIFINDER (CHEMICAL ABSTRACTS)

ULRICH’S INTERNATIONALULRICH’S INTERNATIONAL

PROQUEST (DISSERTATION ABSTRACTS)PROQUEST (DISSERTATION ABSTRACTS)

ULLMANN’S ENCYCLOPEDIA OF INDUSTRIAL CHEMISTRYULLMANN’S ENCYCLOPEDIA OF INDUSTRIAL CHEMISTRY

PROŠIRITI I OBOGATITI IZOBRAZBU KORISNIKAPROŠIRITI I OBOGATITI IZOBRAZBU KORISNIKA NACIONALNE LICENCIJENACIONALNE LICENCIJE INTEGRIRATI SUSTAVEINTEGRIRATI SUSTAVE

EČASOPISA, BAZA PODATAKA, EČASOPISA, BAZA PODATAKA, OPAC-a i dr. – SEARCHSOLVEROPAC-a i dr. – SEARCHSOLVER

Documents

Biomedicinske baze podataka dostupne u Hrvatskoj