Biokemi MNXA10/12Hans-Erik Åkerlund

Proteiner

Aminosyror

Aminogrupp -NH3+

Karboxylsyragrupp -COO-

VäteVariabel sidogrupp 20 olika

Enklaste

PeptidbindningDipeptid

Kovalent bindningSpecialfall av Amidbindning

PrimärstrukturVilka aminosyror och vilken ordning

N - C - C

Riktning Amminoterminal / N-terminalKarboxyterminal / C-terminal

Stommen

Aminosyror

a-helix (Sekundärstruktur)erVätebindningar

Vätebindning

Vätebindning

b-veckstruktur (Sekundärstruktur)

Utsträckt strukturVätebindnigar mellan kedjorAntiparalella eller paralellaR-grupper upp och ner

TertiärstrukturTrediminsionell veckning

Ferritin

FA binding protein Lysozym

Opolära grupper innePolära grupper på ytan

Den hydrofoba effekten

Vattenstruktur

Störande molekyleropolära

Cysteinbryggor = SS Bryggor = DisulfidbryggorStabiliserar tertiärstrukturen

KvartärstrukturAntal och arrangeman av subenheter

Ex. Hemoglobin från människafyra subenheter

HastighetPåskyndar reaktioner utan att själv förbrukas. Kan ingå i delreaktioner men återbildas alltidPåverkar inte jämvikten, K lika som utan enzym.Påskyndar att jämvikten ställer in sig

SpecificitetReglerbarhet

Enzymer, Katalys och Kinetik

Varför påskyndas reaktioner?Aktiveringsenergi

Enzymer

-gör att det krävs mindre aktiveringsenergi.

-påverkar inte energiskillnadenmellan substrat och produkt

Enzymkatalyserad reaktionUpvisar mättnad Karaktäristiskt för enzymkatalyserad reaktion.

Avsätt v0 som funktion av [S]

Michaelis-Menten

v = Vmax*[S]/(KM+[S])

Ex. KarboanhydrasZn2+ prostetisk gruppMetalljonkatalysAktivering av vatten

pKa=7 (jfrt med 15.7 för fritt vatten)

ca 7 miljoner ggr snabbare än utan katalys

Nukleinsyror: DNA och RNA

Nukleotider som byggstenar

Fosfat – Socker -Kvävebas

Sockret

R i RNA D i DNA

Syre saknasDeoxy

Kvävebaser:

Adenin Guanin Cytosin Uracil (i RNA)/Thymin (i DNA)

5´

5´

3´

3´

A G C T C

T C G A G

5´

3´3´5´

DNA struktur.1) polynukleotid, kvävebaser A,G,C,T2) har polaritet: 5´ o 3´ ändar3) basparning mellan två antiparella strängar4) H-bindingar, 2 st mellan A o T, 3 st mellan G o C

DNA dubbelhelix

Stor fåra (major groove)

Liten fåra (minor groove)

Mörk färg: fosfodiester o socker(huvudkedja)Ljus färg: basparade kvävebaser

10 nukleotider

eller

Baspar (bp)

5´ 3´

3´ 5´

Cellulära processer

DNA RNA PROTEIN

Replikation Transkription Translation

Process Huvudsaklig funktionell enhet/ enzymReplikation DNA polymeras. (DNA templat, mall)Transkription RNA polymeras. (DNA templat eller )Translation Ribosom, består av rRNA, protein. (mRNA templat)