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27ème journée ISS France

Caractérisation de milieux cellulaires

partiellement observé par imagerie microscopique 3D

David Legland - INRA

TPV-URPOITransformation des Produits Végétaux Unité de Recherche sur les Polysaccharides, leur Organisation et leurs interactions

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Plan

Contexte Développements

– Correction des défauts d’acquisition– Amélioration de l’image– Segmentation– Mesures et estimations

Prolongements

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Contexte biologique

Objectif : caractériser un matériau cellulaire végétal

Paramètres physico-

chimiques, mécaniques,

sensoriels ou génétiques

Analyse par

imagerie

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Démarche générale

Échantillonnage

Prélèvements et acquisition images

Segmentation

Développement d’estimateurs

Étude des différences entre variétés

(...)fwk

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Choix et échantillonnage du matériau

Étude du péricarpe de tomate

Traversées le long du péricarpe Échantillonnage uniforme à la surface de la tomate

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Acquisition des images

Pile d’images (512 x 512 x 30)

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Correction baisse de luminosité

Image de référence

Image à corriger

Image corrigée

Utilisation du « Matching » d’histogramme

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Amélioration des lignes

Maximum de plusieurs filtres directionnels

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Segmentation : Ligne de partage des eaux

Détection des marqueurs : minima étendus + filtrage morphologique

Image améliorée Détection desminima

Ligne de partagedes eaux

Traitement morphologique

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Segmentation 2D

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Segmentation 3D

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Prolongements :

Classification des différentes phases Développements d’estimateurs adaptés à la

nature partielle des observations

Cartographie des propriétés géométriques des espaces cellulaires et intercellulaires

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Deux variétés de tomate :

Cameron

Quest